,Espinosa Angarica,V. et al.(2008) Prediction of TF target sites based on atomistic models of protein-DNA complexes. BMC Bioinformatics, 9:436. ,Sun Jan 4 10:13:56 2026 entries=588 ,----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- , AMINOACIDS THYMINE CYTOSINE ADENINE GUANINE AMINOACIDS ,----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ,----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- , C2 C4 C5 C5M/C7 C6 C2 C4 C5 C6 C8 C5 C6 C2 C4 C8 C5 C6 C2 C4 ,----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- , , ARG R ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ARG R CB -7.030 -7.030 -7.030 1.023 -7.030 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -7.030 -7.030 -7.030 0.735 -7.030 - - - - - - - - - - - - - - CG CZ -7.030 -7.030 -7.030 2.202 -7.030 - - - - - - - - - - - - - - CZ , LYS K ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- LYS K CB -6.133 -6.133 -6.133 2.382 -6.133 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -6.133 -6.133 -6.133 1.823 -6.133 - - - - - - - - - - - - - - CG CE -6.133 -6.133 -6.133 2.382 -6.133 - - - - - - - - - - - - - - CE , SER S ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- SER S CB -5.451 -5.451 -5.451 3.139 -5.451 - - - - - - - - - - - - - - CB , THR T ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- THR T CB -4.920 -4.920 -4.920 3.701 -4.920 - - - - - - - - - - - - - - CB CG2 -4.920 -4.920 -4.920 4.330 -4.920 - - - - - - - - - - - - - - CG2 , ASN N ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ASN N CB -5.924 -5.924 -5.924 2.155 -5.924 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -5.924 -5.924 -5.924 2.965 -5.924 - - - - - - - - - - - - - - CG , GLN Q ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- GLN Q CB -5.561 -5.561 -5.561 1.848 -5.561 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -5.561 -5.561 -5.561 3.351 -5.561 - - - - - - - - - - - - - - CG , HIS H ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- HIS H CB -4.710 -4.710 -4.710 4.312 -4.710 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -4.710 -4.710 -4.710 2.926 -4.710 - - - - - - - - - - - - - - CG CD2 -4.710 -4.710 -4.710 -4.710 -4.710 - - - - - - - - - - - - - - CD2 , TYR Y ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- TYR Y CB -4.852 -4.852 -4.852 4.750 -4.852 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -4.852 -4.852 -4.852 3.651 -4.852 - - - - - - - - - - - - - - CG CD1 -4.852 -4.852 -4.852 4.344 -4.852 - - - - - - - - - - - - - - CD1 CD2 -4.852 -4.852 -4.852 3.651 -4.852 - - - - - - - - - - - - - - CD2 CZ -4.852 -4.852 -4.852 4.904 -4.852 - - - - - - - - - - - - - - CZ , ALA A ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ALA A CB -3.555 -3.555 -3.555 5.447 -3.555 - - - - - - - - - - - - - - CB , GLU E ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- GLU E CB -5.231 -5.231 -5.231 2.042 -5.231 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -5.231 -5.231 -5.231 2.553 -5.231 - - - - - - - - - - - - - - CG , ILE I ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ILE I CB -2.833 -2.833 -2.833 -2.833 -2.833 - - - - - - - - - - - - - - CB CG1 -2.833 -2.833 -2.833 4.193 -2.833 - - - - - - - - - - - - - - CG1 CG2 -2.833 -2.833 -2.833 6.901 -2.833 - - - - - - - - - - - - - - CG2 CD1 -2.833 -2.833 -2.833 -2.833 -2.833 - - - - - - - - - - - - - - CD1 , ASP D ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ASP D CB -5.124 -5.124 -5.124 2.427 -5.124 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -5.124 -5.124 -5.124 2.938 -5.124 - - - - - - - - - - - - - - CG , VAL V ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- VAL V CB -3.611 -3.611 -3.611 3.082 -3.611 - - - - - - - - - - - - - - CB CG1 -3.611 -3.611 -3.611 5.789 -3.611 - - - - - - - - - - - - - - CG1 CG2 -3.611 -3.611 -3.611 6.076 -3.611 - - - - - - - - - - - - - - CG2 , CYS C ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- CYS C CB -2.890 -2.890 -2.890 4.873 -2.890 - - - - - - - - - - - - - - CB , PHE F ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- PHE F CB -3.526 -3.526 -3.526 5.509 -3.526 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -3.526 -3.526 -3.526 4.123 -3.526 - - - - - - - - - - - - - - CG CD1 -3.526 -3.526 -3.526 4.123 -3.526 - - - - - - - - - - - - - - CD1 CD2 -3.526 -3.526 -3.526 6.320 -3.526 - - - - - - - - - - - - - - CD2 CZ -3.526 -3.526 -3.526 7.013 -3.526 - - - - - - - - - - - - - - CZ , LEU L ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- LEU L CB -3.296 -3.296 -3.296 4.330 -3.296 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -3.296 -3.296 -3.296 4.330 -3.296 - - - - - - - - - - - - - - CG CD1 -3.296 -3.296 -3.296 5.533 -3.296 - - - - - - - - - - - - - - CD1 CD2 -3.296 -3.296 -3.296 5.533 -3.296 - - - - - - - - - - - - - - CD2 , MET M ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- MET M CB -2.773 -2.773 -2.773 5.073 -2.773 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -2.773 -2.773 -2.773 5.766 -2.773 - - - - - - - - - - - - - - CG CE -2.773 -2.773 -2.773 6.682 -2.773 - - - - - - - - - - - - - - CE , TRP W ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- TRP W CB -3.332 -3.332 -3.332 5.209 -3.332 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -3.332 -3.332 -3.332 5.209 -3.332 - - - - - - - - - - - - - - CG CD1 -3.332 -3.332 -3.332 7.155 -3.332 - - - - - - - - - - - - - - CD1 CD2 -3.332 -3.332 -3.332 5.209 -3.332 - - - - - - - - - - - - - - CD2 , PRO P ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- PRO P CB -2.773 -2.773 -2.773 5.710 -2.773 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -2.773 -2.773 -2.773 6.116 -2.773 - - - - - - - - - - - - - - CG