,Espinosa Angarica,V. et al.(2008) Prediction of TF target sites based on atomistic models of protein-DNA complexes. BMC Bioinformatics, 9:436. ,Fri Jul 18 16:21:05 2025 entries=635 ,----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- , AMINOACIDS THYMINE CYTOSINE ADENINE GUANINE AMINOACIDS ,----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ,----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- , C2 C4 C5 C5M/C7 C6 C2 C4 C5 C6 C8 C5 C6 C2 C4 C8 C5 C6 C2 C4 ,----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- , , ARG R ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ARG R CB -7.133 -7.133 -7.133 0.947 -7.133 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -7.133 -7.133 -7.133 0.947 -7.133 - - - - - - - - - - - - - - CG CZ -7.133 -7.133 -7.133 2.125 -7.133 - - - - - - - - - - - - - - CZ , LYS K ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- LYS K CB -6.203 -6.203 -6.203 2.341 -6.203 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -6.203 -6.203 -6.203 2.004 -6.203 - - - - - - - - - - - - - - CG CE -6.203 -6.203 -6.203 2.341 -6.203 - - - - - - - - - - - - - - CE , SER S ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- SER S CB -5.525 -5.525 -5.525 3.144 -5.525 - - - - - - - - - - - - - - CB , THR T ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- THR T CB -4.970 -4.970 -4.970 3.783 -4.970 - - - - - - - - - - - - - - CB CG2 -4.970 -4.970 -4.970 4.225 -4.970 - - - - - - - - - - - - - - CG2 , ASN N ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ASN N CB -6.004 -6.004 -6.004 2.097 -6.004 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -6.004 -6.004 -6.004 2.790 -6.004 - - - - - - - - - - - - - - CG , GLN Q ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- GLN Q CB -5.652 -5.652 -5.652 1.767 -5.652 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -5.652 -5.652 -5.652 3.153 -5.652 - - - - - - - - - - - - - - CG , HIS H ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- HIS H CB -4.736 -4.736 -4.736 4.298 -4.736 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -4.736 -4.736 -4.736 2.912 -4.736 - - - - - - - - - - - - - - CG CD2 -4.736 -4.736 -4.736 -4.736 -4.736 - - - - - - - - - - - - - - CD2 , TYR Y ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- TYR Y CB -4.927 -4.927 -4.927 4.706 -4.927 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -4.927 -4.927 -4.927 3.608 -4.927 - - - - - - - - - - - - - - CG CD1 -4.927 -4.927 -4.927 4.301 -4.927 - - - - - - - - - - - - - - CD1 CD2 -4.927 -4.927 -4.927 3.608 -4.927 - - - - - - - - - - - - - - CD2 CZ -4.927 -4.927 -4.927 5.312 -4.927 - - - - - - - - - - - - - - CZ , ALA A ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ALA A CB -3.497 -3.497 -3.497 5.467 -3.497 - - - - - - - - - - - - - - CB , GLU E ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- GLU E CB -5.318 -5.318 -5.318 1.976 -5.318 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -5.318 -5.318 -5.318 2.487 -5.318 - - - - - - - - - - - - - - CG , ILE I ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ILE I CB -2.944 -2.944 -2.944 -2.944 -2.944 - - - - - - - - - - - - - - CB CG1 -2.944 -2.944 -2.944 4.111 -2.944 - - - - - - - - - - - - - - CG1 CG2 -2.944 -2.944 -2.944 6.943 -2.944 - - - - - - - - - - - - - - CG2 CD1 -2.944 -2.944 -2.944 -2.944 -2.944 - - - - - - - - - - - - - - CD1 , ASP D ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ASP D CB -5.231 -5.231 -5.231 2.634 -5.231 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -5.231 -5.231 -5.231 3.039 -5.231 - - - - - - - - - - - - - - CG , VAL V ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- VAL V CB -3.664 -3.664 -3.664 3.744 -3.664 - - - - - - - - - - - - - - CB CG1 -3.664 -3.664 -3.664 5.759 -3.664 - - - - - - - - - - - - - - CG1 CG2 -3.664 -3.664 -3.664 6.095 -3.664 - - - - - - - - - - - - - - CG2 , CYS C ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- CYS C CB -2.773 -2.773 -2.773 5.018 -2.773 - - - - - - - - - - - - - - CB , PHE F ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- PHE F CB -3.689 -3.689 -3.689 5.593 -3.689 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -3.689 -3.689 -3.689 5.082 -3.689 - - - - - - - - - - - - - - CG CD1 -3.689 -3.689 -3.689 3.984 -3.689 - - - - - - - - - - - - - - CD1 CD2 -3.689 -3.689 -3.689 6.286 -3.689 - - - - - - - - - - - - - - CD2 CZ -3.689 -3.689 -3.689 6.979 -3.689 - - - - - - - - - - - - - - CZ , LEU L ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- LEU L CB -3.367 -3.367 -3.367 4.273 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -3.367 -3.367 -3.367 4.273 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CG CD1 -3.367 -3.367 -3.367 5.476 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CD1 CD2 -3.367 -3.367 -3.367 5.659 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CD2 , MET M ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- MET M CB -2.773 -2.773 -2.773 5.782 -2.773 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -2.773 -2.773 -2.773 5.782 -2.773 - - - - - - - - - - - - - - CG CE -2.773 -2.773 -2.773 6.698 -2.773 - - - - - - - - - - - - - - CE , TRP W ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- TRP W CB -3.367 -3.367 -3.367 5.198 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -3.367 -3.367 -3.367 5.891 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CG CD1 -3.367 -3.367 -3.367 7.277 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CD1 CD2 -3.367 -3.367 -3.367 5.198 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CD2 , PRO P ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- PRO P CB -2.773 -2.773 -2.773 5.727 -2.773 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -2.773 -2.773 -2.773 6.132 -2.773 - - - - - - - - - - - - - - CG