,Espinosa Angarica,V. et al.(2008) Prediction of TF target sites based on atomistic models of protein-DNA complexes. BMC Bioinformatics, 9:436. ,Fri Dec 13 01:49:46 2024 entries=634 ,----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- , AMINOACIDS THYMINE CYTOSINE ADENINE GUANINE AMINOACIDS ,----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ,----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- , C2 C4 C5 C5M/C7 C6 C2 C4 C5 C6 C8 C5 C6 C2 C4 C8 C5 C6 C2 C4 ,----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- , , ARG R ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ARG R CB -7.126 -7.126 -7.126 0.948 -7.126 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -7.126 -7.126 -7.126 0.948 -7.126 - - - - - - - - - - - - - - CG CZ -7.126 -7.126 -7.126 2.127 -7.126 - - - - - - - - - - - - - - CZ , LYS K ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- LYS K CB -6.205 -6.205 -6.205 2.340 -6.205 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -6.205 -6.205 -6.205 2.003 -6.205 - - - - - - - - - - - - - - CG CE -6.205 -6.205 -6.205 2.340 -6.205 - - - - - - - - - - - - - - CE , SER S ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- SER S CB -5.517 -5.517 -5.517 3.151 -5.517 - - - - - - - - - - - - - - CB , THR T ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- THR T CB -4.970 -4.970 -4.970 3.779 -4.970 - - - - - - - - - - - - - - CB CG2 -4.970 -4.970 -4.970 4.220 -4.970 - - - - - - - - - - - - - - CG2 , ASN N ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ASN N CB -6.004 -6.004 -6.004 2.097 -6.004 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -6.004 -6.004 -6.004 2.790 -6.004 - - - - - - - - - - - - - - CG , GLN Q ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- GLN Q CB -5.652 -5.652 -5.652 1.762 -5.652 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -5.652 -5.652 -5.652 3.148 -5.652 - - - - - - - - - - - - - - CG , HIS H ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- HIS H CB -4.745 -4.745 -4.745 4.287 -4.745 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -4.745 -4.745 -4.745 2.901 -4.745 - - - - - - - - - - - - - - CG CD2 -4.745 -4.745 -4.745 -4.745 -4.745 - - - - - - - - - - - - - - CD2 , TYR Y ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- TYR Y CB -4.920 -4.920 -4.920 4.710 -4.920 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -4.920 -4.920 -4.920 3.612 -4.920 - - - - - - - - - - - - - - CG CD1 -4.920 -4.920 -4.920 4.305 -4.920 - - - - - - - - - - - - - - CD1 CD2 -4.920 -4.920 -4.920 3.612 -4.920 - - - - - - - - - - - - - - CD2 CZ -4.920 -4.920 -4.920 5.316 -4.920 - - - - - - - - - - - - - - CZ , ALA A ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ALA A CB -3.555 -3.555 -3.555 5.462 -3.555 - - - - - - - - - - - - - - CB , GLU E ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- GLU E CB -5.328 -5.328 -5.328 1.964 -5.328 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -5.328 -5.328 -5.328 2.474 -5.328 - - - - - - - - - - - - - - CG , ILE I ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ILE I CB -2.944 -2.944 -2.944 -2.944 -2.944 - - - - - - - - - - - - - - CB CG1 -2.944 -2.944 -2.944 4.110 -2.944 - - - - - - - - - - - - - - CG1 CG2 -2.944 -2.944 -2.944 6.942 -2.944 - - - - - - - - - - - - - - CG2 CD1 -2.944 -2.944 -2.944 -2.944 -2.944 - - - - - - - - - - - - - - CD1 , ASP D ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ASP D CB -5.215 -5.215 -5.215 2.647 -5.215 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -5.215 -5.215 -5.215 3.052 -5.215 - - - - - - - - - - - - - - CG , VAL V ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- VAL V CB -3.664 -3.664 -3.664 3.741 -3.664 - - - - - - - - - - - - - - CB CG1 -3.664 -3.664 -3.664 5.756 -3.664 - - - - - - - - - - - - - - CG1 CG2 -3.664 -3.664 -3.664 6.092 -3.664 - - - - - - - - - - - - - - CG2 , CYS C ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- CYS C CB -2.773 -2.773 -2.773 5.016 -2.773 - - - - - - - - - - - - - - CB , PHE F ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- PHE F CB -3.664 -3.664 -3.664 5.616 -3.664 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -3.664 -3.664 -3.664 5.105 -3.664 - - - - - - - - - - - - - - CG CD1 -3.664 -3.664 -3.664 4.007 -3.664 - - - - - - - - - - - - - - CD1 CD2 -3.664 -3.664 -3.664 6.309 -3.664 - - - - - - - - - - - - - - CD2 CZ -3.664 -3.664 -3.664 6.951 -3.664 - - - - - - - - - - - - - - CZ , LEU L ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- LEU L CB -3.367 -3.367 -3.367 4.267 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -3.367 -3.367 -3.367 4.267 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CG CD1 -3.367 -3.367 -3.367 5.471 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CD1 CD2 -3.367 -3.367 -3.367 5.653 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CD2 , MET M ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- MET M CB -2.773 -2.773 -2.773 5.777 -2.773 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -2.773 -2.773 -2.773 5.777 -2.773 - - - - - - - - - - - - - - CG CE -2.773 -2.773 -2.773 6.693 -2.773 - - - - - - - - - - - - - - CE , TRP W ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- TRP W CB -3.367 -3.367 -3.367 5.191 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -3.367 -3.367 -3.367 5.884 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CG CD1 -3.367 -3.367 -3.367 7.270 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CD1 CD2 -3.367 -3.367 -3.367 5.191 -3.367 - - - - - - - - - - - - - - CD2 , PRO P ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- PRO P CB -2.773 -2.773 -2.773 5.718 -2.773 - - - - - - - - - - - - - - CB CG -2.773 -2.773 -2.773 6.124 -2.773 - - - - - - - - - - - - - - CG