# Contreras-Moreira,B. (2010) 3D-footprint: a database for the structural analysis of protein-DNA complexes. Nucleic Acids Research, 38: D91-D97 # Wed Dec 18 20:15:19 2024 # LEGEND: H = hydrogen bond, w = water-mediated hydrogen bond, V = hydrophobic interaction # LEGEND: x = generic side-chain contact | <- interaction distance -> >10mh_A:S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=TERNARY STRUCTURE OF HHAI METHYLTRANSFERASE WITH ADOHCY AND HEMIMETHYLATED DNA CONTAINING 5,6-DIHYDRO-5-AZACYTOSINE AT THE TARGET organism=Haemophilus haemolyticus : H : SER OG A0087 <- 3.30 -> DG N3 C0426 : score 2.26731 : H : SER OG A0087 <- 3.30 -> DG N3 C0426 : score 2.26731 : w : ARG NH2 A0228 <- 6.05 -> DA N7 C0425 : score 1.743 : H : ARG NH1 A0240 <- 2.89 -> DG N7 C0426 : score 6.00783 : H : ARG NH1 A0240 <- 2.89 -> DG N7 C0426 : score 6.00783 : H : ARG NH2 A0240 <- 2.77 -> DG O6 C0426 : score 6.67055 : H : ARG NH2 A0240 <- 2.77 -> DG O6 C0426 : score 6.67055 : w : SER OG A0252 <- 5.83 -> DG N7 C0428 : score 2.881 : x : ILE xxxx A0086 <- 3.29 -> DT xxx B0410 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0237 <- 3.42 -> DG xxx C0426 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0260 <- 4.40 -> DT xxx B0405 : score x.xxxxx >1a02_FJN:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=STRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAINS OF NFAT, FOS AND JUN BOUND TO DNA organism=HOMO SAPIENS : H : ASN OD1 F0147 <- 2.73 -> DC N4 A4016 : score 4.2887 : H : ASN ND2 F0147 <- 2.87 -> DT O4 B5006 : score 5.18156 : w : ASN ND2 F0147 <- 6.06 -> DA N6 B5005 : score 2.759 : H : ASN OD1 J0272 <- 2.86 -> DC N4 B5011 : score 4.17873 : w : ASN OD1 J0272 <- 5.96 -> DT O4 A4011 : score 3.053 : w : ARG NH1 J0280 <- 5.71 -> DA N6 B5009 : score 1.456 : H : ARG NH1 N0421 <- 2.98 -> DG N7 A4004 : score 5.8977 : H : ARG NH2 N0421 <- 2.86 -> DG O6 A4004 : score 6.5512 : H : GLU OE2 N0427 <- 2.83 -> DC N4 B5019 : score 5.46573 : H : ARG NH1 N0430 <- 3.18 -> DG N7 A4003 : score 5.65298 : H : ARG NH2 N0430 <- 3.02 -> DG O6 A4003 : score 6.33902 : H : GLN OE1 N0571 <- 2.94 -> DA N6 A4005 : score 5.73729 : H : GLN NE2 N0571 <- 3.10 -> DA N7 A4005 : score 5.69544 : w : GLN OE1 N0571 <- 5.86 -> DT O4 B5017 : score 3.148 : V : ALA CB F0150 <- 3.58 -> DT C7 B5006 : score 5.91016 : x : TYR xxxx N0424 <- 3.20 -> DT xxx B5018 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx N0537 <- 3.11 -> DT xxx A4010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx N0572 <- 3.00 -> DT xxx B5015 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx F0151 <- 4.13 -> DT xxx A4015 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0155 <- 3.24 -> DT xxx A4014 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx J0275 <- 4.02 -> DT xxx A4010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx J0279 <- 3.55 -> DT xxx A4011 : score x.xxxxx >1a02_J:Leucine_zipper_domain;A_DNA-binding_domain_in_eukaryotic_transcription_factors; title=STRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAINS OF NFAT, FOS AND JUN BOUND TO DNA organism=HOMO SAPIENS : H : ASN OD1 J0272 <- 2.86 -> DC N4 B5011 : score 4.17873 : w : ASN OD1 J0272 <- 5.96 -> DT O4 A4011 : score 3.053 : w : ARG NH1 J0280 <- 5.71 -> DA N6 B5009 : score 1.456 : x : ALA xxxx J0275 <- 4.02 -> DT xxx A4010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx J0279 <- 3.55 -> DT xxx A4011 : score x.xxxxx >1a0a_AB: title=PHOSPHATE SYSTEM POSITIVE REGULATORY PROTEIN PHO4/DNA COMPLEX organism=Saccharomyces cerevisiae : H : GLU OE1 A0009 <- 3.04 -> DC N4 C0005 : score 5.48987 : H : GLU OE2 A0009 <- 2.61 -> DA N6 C0006 : score 3.42806 : H : ARG NH1 A0013 <- 3.47 -> DG O6 D0011 : score 5.3259 : H : HIS NE2 B0005 <- 2.75 -> DG O6 C0010 : score 8.04633 : H : HIS NE2 B0005 <- 2.58 -> DG O6 C0011 : score 8.3172 : H : GLU OE1 B0009 <- 2.68 -> DA N6 D0009 : score 3.08907 : H : ARG NH2 B0013 <- 3.18 -> DG O6 C0008 : score 6.12683 : x : LYS xxxx A0001 <- 3.89 -> DT xxx C0002 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0002 <- 3.73 -> DC xxx C0001 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0005 <- 3.47 -> DG xxx D0013 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0012 <- 4.34 -> DA xxx C0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0002 <- 2.91 -> DG xxx C0011 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0006 <- 4.02 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0012 <- 4.04 -> DC xxx D0007 : score x.xxxxx >1a1f_A:beta-beta-alpha_zinc_fingers; title=DSNR (ZIF268 VARIANT) ZINC FINGER-DNA COMPLEX (GACC SITE) organism=Mus musculus : H : SER OG A0120 <- 2.67 -> DG O6 C0052 : score 4.02902 : H : ASN OD1 A0121 <- 2.97 -> DA N6 B0009 : score 5.72045 : H : ASN ND2 A0121 <- 2.97 -> DA N7 B0009 : score 5.51115 : H : ARG NH1 A0124 <- 3.03 -> DG O6 B0008 : score 5.8671 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.93 -> DG N7 B0008 : score 6.27106 : w : ARG NH1 A0124 <- 5.92 -> DT O4 C0054 : score 1.904 : H : ARG NH1 A0146 <- 3.13 -> DG N7 B0007 : score 5.71416 : H : ARG NH2 A0146 <- 2.98 -> DG O6 B0007 : score 6.39206 : H : ASP OD2 A0148 <- 2.92 -> DC N4 C0055 : score 6.01742 : w : ASP OD2 A0148 <- 5.57 -> DT O4 C0054 : score 2.829 : H : HIS NE2 A0149 <- 2.90 -> DG N7 B0006 : score 6.42654 : H : ARG NH1 A0174 <- 2.86 -> DG N7 B0004 : score 6.04453 : H : ARG NH2 A0174 <- 2.94 -> DG O6 B0004 : score 6.44511 : w : ASP OD1 A0176 <- 5.96 -> DC N4 C0057 : score 2.382 : w : ASP OD2 A0176 <- 5.77 -> DC N4 B0003 : score 3.848 : w : ASP OD2 A0176 <- 6.07 -> DC N4 C0059 : score 3.848 : H : ARG NH1 A0180 <- 2.76 -> DG O6 B0002 : score 6.1992 : H : ARG NH2 A0180 <- 2.82 -> DG N7 B0002 : score 6.41271 : x : ASP xxxx A0118 <- 2.94 -> DC xxx B0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0147 <- 3.60 -> DT xxx C0054 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0152 <- 4.35 -> DT xxx B0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0175 <- 4.28 -> DC xxx C0056 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0177 <- 3.10 -> DC xxx B0003 : score x.xxxxx >1a1g_A:beta-beta-alpha_zinc_fingers; title=DSNR (ZIF268 VARIANT) ZINC FINGER-DNA COMPLEX (GCGT SITE) organism=Mus musculus : w : SER OG A0120 <- 5.40 -> DA N7 C0052 : score 2.337 : H : ASN OD1 A0121 <- 3.35 -> DC N4 B0009 : score 3.76424 : H : ARG NH1 A0124 <- 3.02 -> DG O6 B0008 : score 5.8794 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.86 -> DG N7 B0008 : score 6.3612 : w : ARG NH1 A0124 <- 5.59 -> DG O6 C0054 : score 2.757 : H : ARG NH1 A0146 <- 2.94 -> DG N7 B0007 : score 5.94665 : H : ARG NH2 A0146 <- 2.88 -> DG O6 B0007 : score 6.52468 : w : SER OG A0147 <- 6.40 -> DG N7 C0054 : score 2.881 : H : ASP OD2 A0148 <- 3.16 -> DC N4 C0055 : score 5.72148 : w : ASP OD2 A0148 <- 5.53 -> DC N4 C0056 : score 3.848 : H : HIS NE2 A0149 <- 2.99 -> DG O6 B0006 : score 7.66393 : H : ARG NH1 A0174 <- 2.85 -> DG N7 B0004 : score 6.05677 : H : ARG NH2 A0174 <- 2.75 -> DG O6 B0004 : score 6.69708 : w : ASP OD1 A0176 <- 5.82 -> DC N4 C0057 : score 2.382 : w : ASP OD2 A0176 <- 5.69 -> DC N4 B0003 : score 3.848 : H : ARG NH1 A0180 <- 2.82 -> DG O6 B0002 : score 6.1254 : H : ARG NH2 A0180 <- 2.80 -> DG N7 B0002 : score 6.43846 : w : ARG NH1 A0180 <- 6.18 -> DG O6 C0060 : score 2.757 : x : THR xxxx A0152 <- 4.28 -> DT xxx B0005 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0177 <- 3.29 -> DC xxx B0003 : score x.xxxxx >1a1h_A:C2H2_and_C2HC_zinc_fingers; title=QGSR (ZIF268 VARIANT) ZINC FINGER-DNA COMPLEX (GCAC SITE) organism=Mus musculus : H : GLN OE1 A0118 <- 3.02 -> DA N6 B0010 : score 5.64285 : H : GLN NE2 A0118 <- 2.83 -> DA N7 B0010 : score 6.02262 : w : GLN OE1 A0118 <- 6.58 -> DG O6 C0052 : score 3.101 : H : ARG NH1 A0124 <- 3.01 -> DG O6 B0008 : score 5.8917 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.93 -> DG N7 B0008 : score 6.27106 : w : ARG NH1 A0124 <- 5.12 -> DG O6 C0054 : score 2.757 : H : ARG NH1 A0146 <- 2.86 -> DG N7 B0007 : score 6.04453 : H : ARG NH2 A0146 <- 2.77 -> DG O6 B0007 : score 6.67055 : H : ASP OD2 A0148 <- 3.17 -> DC N4 C0055 : score 5.70915 : w : ASP OD2 A0148 <- 5.66 -> DC N4 C0056 : score 3.848 : H : HIS NE2 A0149 <- 2.71 -> DG N7 B0006 : score 6.67573 : H : ARG NH1 A0174 <- 2.91 -> DG N7 B0004 : score 5.98335 : H : ARG NH2 A0174 <- 2.86 -> DG O6 B0004 : score 6.5512 : w : ASP OD1 A0176 <- 5.96 -> DC N4 C0057 : score 2.382 : w : ASP OD2 A0176 <- 5.78 -> DC N4 B0003 : score 3.848 : H : ARG NH1 A0180 <- 2.72 -> DG O6 B0002 : score 6.2484 : H : ARG NH2 A0180 <- 2.67 -> DG N7 B0002 : score 6.60586 : w : ARG NH1 A0180 <- 5.90 -> DG O6 C0060 : score 2.757 : x : SER xxxx A0121 <- 3.50 -> DC xxx B0009 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0147 <- 4.38 -> DG xxx C0054 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0152 <- 4.19 -> DT xxx B0005 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0177 <- 3.07 -> DC xxx B0003 : score x.xxxxx >1a1i_A:beta-beta-alpha_zinc_fingers; title=RADR (ZIF268 VARIANT) ZINC FINGER-DNA COMPLEX (GCAC SITE) organism=Mus musculus : w : ASP OD1 A0121 <- 5.74 -> DC N4 B0009 : score 2.382 : H : ARG NH1 A0124 <- 3.05 -> DG O6 B0008 : score 5.8425 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.86 -> DG N7 B0008 : score 6.3612 : w : ARG NH1 A0124 <- 5.86 -> DG O6 C0054 : score 2.757 : H : ARG NH1 A0146 <- 2.91 -> DG N7 B0007 : score 5.98335 : H : ARG NH2 A0146 <- 2.80 -> DG O6 B0007 : score 6.63077 : w : SER OG A0147 <- 5.97 -> DG N7 C0054 : score 2.881 : H : ASP OD2 A0148 <- 2.93 -> DC N4 C0055 : score 6.00508 : w : ASP OD2 A0148 <- 5.66 -> DC N4 C0056 : score 3.848 : H : HIS NE2 A0149 <- 2.79 -> DG N7 B0006 : score 6.57081 : H : ARG NH1 A0174 <- 2.98 -> DG N7 B0004 : score 5.8977 : H : ARG NH2 A0174 <- 2.78 -> DG O6 B0004 : score 6.65729 : H : ASP OD2 A0176 <- 3.25 -> DA N6 C0058 : score 3.46733 : w : ASP OD1 A0176 <- 5.61 -> DC N4 C0057 : score 2.382 : w : ASP OD2 A0176 <- 5.83 -> DC N4 B0003 : score 3.848 : H : ARG NH1 A0180 <- 2.97 -> DG O6 B0002 : score 5.9409 : H : ARG NH2 A0180 <- 2.78 -> DG N7 B0002 : score 6.46422 : w : ARG NH1 A0180 <- 5.74 -> DG O6 C0060 : score 2.757 : x : ARG xxxx A0118 <- 3.58 -> DC xxx B0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0152 <- 4.17 -> DT xxx B0005 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0177 <- 3.77 -> DC xxx B0003 : score x.xxxxx >1a1j_A:beta-beta-alpha_zinc_fingers; title=RADR (ZIF268 VARIANT) ZINC FINGER-DNA COMPLEX (GCGT SITE) organism=Mus musculus : H : ARG NH1 A0124 <- 2.88 -> DG O6 B0008 : score 6.0516 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.83 -> DG N7 B0008 : score 6.39983 : w : ARG NH1 A0124 <- 5.92 -> DG O6 C0054 : score 2.757 : H : ARG NH1 A0146 <- 2.78 -> DG N7 B0007 : score 6.14242 : H : ARG NH2 A0146 <- 2.65 -> DG O6 B0007 : score 6.82969 : w : SER OG A0147 <- 6.27 -> DG N7 C0054 : score 2.881 : H : ASP OD2 A0148 <- 3.21 -> DC N4 C0055 : score 5.65982 : w : ASP OD2 A0148 <- 5.47 -> DC N4 C0056 : score 3.848 : H : HIS NE2 A0149 <- 2.66 -> DG N7 B0006 : score 6.74131 : H : ARG NH1 A0174 <- 2.89 -> DG N7 B0004 : score 6.00783 : H : ARG NH2 A0174 <- 2.86 -> DG O6 B0004 : score 6.5512 : w : ASP OD1 A0176 <- 5.59 -> DC N4 C0057 : score 2.382 : w : ASP OD2 A0176 <- 5.80 -> DC N4 B0003 : score 3.848 : H : ARG NH1 A0180 <- 2.81 -> DG O6 B0002 : score 6.1377 : H : ARG NH2 A0180 <- 2.94 -> DG N7 B0002 : score 6.25818 : w : ARG NH1 A0180 <- 5.67 -> DG O6 C0060 : score 2.757 : x : ARG xxxx A0118 <- 3.83 -> DC xxx B0009 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0121 <- 3.18 -> DC xxx B0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0152 <- 4.05 -> DT xxx B0005 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0177 <- 3.01 -> DC xxx B0003 : score x.xxxxx >1a1k_A:beta-beta-alpha_zinc_fingers; title=RADR (ZIF268 VARIANT) ZINC FINGER-DNA COMPLEX (GACC SITE) organism=Mus musculus : H : ARG NH1 A0124 <- 2.63 -> DG N7 B0008 : score 6.32596 : H : ARG NH1 A0124 <- 3.04 -> DG O6 B0008 : score 5.8548 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.79 -> DT O4 C0054 : score 3.64188 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.97 -> DG O6 B0008 : score 6.40532 : H : ARG NH1 A0146 <- 2.86 -> DG N7 B0007 : score 6.04453 : H : ARG NH2 A0146 <- 2.68 -> DG O6 B0007 : score 6.78991 : H : ASP OD2 A0148 <- 2.88 -> DC N4 C0055 : score 6.06674 : w : ASP OD2 A0148 <- 5.64 -> DC N4 C0056 : score 3.848 : H : HIS NE2 A0149 <- 2.55 -> DG N7 B0006 : score 6.88558 : H : ARG NH1 A0174 <- 2.88 -> DG N7 B0004 : score 6.02006 : H : ARG NH2 A0174 <- 2.74 -> DG O6 B0004 : score 6.71034 : H : ASP OD2 A0176 <- 3.18 -> DA N6 C0058 : score 3.52068 : w : ASP OD1 A0176 <- 5.39 -> DC N4 C0057 : score 2.382 : w : ASP OD2 A0176 <- 5.73 -> DC N4 B0003 : score 3.848 : H : ARG NH1 A0180 <- 2.86 -> DG O6 B0002 : score 6.0762 : H : ARG NH2 A0180 <- 2.66 -> DG N7 B0002 : score 6.61874 : w : ARG NH1 A0180 <- 5.79 -> DG O6 C0060 : score 2.757 : x : ARG xxxx A0118 <- 4.08 -> DC xxx B0010 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0121 <- 3.59 -> DG xxx B0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0147 <- 3.46 -> DT xxx C0054 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0152 <- 4.22 -> DT xxx B0005 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0177 <- 3.03 -> DC xxx B0003 : score x.xxxxx >1a1l_A:beta-beta-alpha_zinc_fingers; title=ZIF268 ZINC FINGER-DNA COMPLEX (GCAC SITE) organism=Mus musculus : w : ASP OD2 A0120 <- 6.20 -> DG N7 C0052 : score 2.782 : H : ARG NH1 A0124 <- 2.99 -> DG O6 B0008 : score 5.9163 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.77 -> DG N7 B0008 : score 6.47709 : w : ARG NH1 A0124 <- 5.41 -> DG O6 C0054 : score 2.757 : H : ARG NH1 A0146 <- 2.88 -> DG N7 B0007 : score 6.02006 : H : ARG NH2 A0146 <- 2.86 -> DG O6 B0007 : score 6.5512 : w : SER OG A0147 <- 5.98 -> DG N7 C0054 : score 2.881 : H : ASP OD2 A0148 <- 3.11 -> DC N4 C0055 : score 5.78313 : w : ASP OD2 A0148 <- 5.69 -> DC N4 C0056 : score 3.848 : H : HIS NE2 A0149 <- 2.64 -> DG N7 B0006 : score 6.76754 : H : ARG NH1 A0174 <- 3.01 -> DG N7 B0004 : score 5.86099 : H : ARG NH2 A0174 <- 2.84 -> DG O6 B0004 : score 6.57772 : w : ASP OD1 A0176 <- 5.67 -> DC N4 C0057 : score 2.382 : w : ASP OD2 A0176 <- 5.67 -> DC N4 B0003 : score 3.848 : H : ARG NH1 A0180 <- 2.88 -> DG O6 B0002 : score 6.0516 : H : ARG NH2 A0180 <- 2.73 -> DG N7 B0002 : score 6.5286 : w : ARG NH1 A0180 <- 5.34 -> DG O6 C0060 : score 2.757 : x : ARG xxxx A0118 <- 3.70 -> DC xxx B0009 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0121 <- 3.77 -> DC xxx B0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0152 <- 4.05 -> DT xxx B0005 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0177 <- 2.91 -> DC xxx B0003 : score x.xxxxx >1a35_A:Eukaryotic_DNA_topoisomerase_I,_N-terminal_DNA-binding_fragment;DNA_breaking-rejoining_enzymes; title=HUMAN TOPOISOMERASE I/DNA COMPLEX organism=Homo sapiens : H : ARG NH2 A0364 <- 3.39 -> DG N3 C0012 : score 3.18651 : w : ARG NH2 A0364 <- 5.30 -> DA N3 D0113 : score 1.61 : w : LYS NZ A0425 <- 5.66 -> DA N7 D0113 : score 1.7 : H : LYS NZ A0532 <- 2.94 -> DT O2 C0010 : score 3.61509 : w : LYS NZ A0532 <- 5.45 -> DG N3 D0115 : score 1.798 : w : LYS NZ A0587 <- 5.49 -> DG N2 D0115 : score 0.413 : x : TYR xxxx A0426 <- 3.09 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0428 <- 4.20 -> DC xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0491 <- 3.94 -> DC xxx D0117 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0493 <- 3.59 -> DT xxx D0116 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0718 <- 3.77 -> DA xxx C0011 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0722 <- 4.43 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx >1a36_A:Eukaryotic_DNA_topoisomerase_I,_N-terminal_DNA-binding_fragment;DNA_breaking-rejoining_enzymes;Eukaryotic_DNA_topoisomerase_I,_dispensable_insert_domain; title=TOPOISOMERASE I/DNA COMPLEX organism=Homo sapiens : H : ARG NH2 A0364 <- 2.49 -> DG N3 B0012 : score 3.83682 : H : LYS NZ A0532 <- 3.03 -> DT O2 B0010 : score 3.54815 : x : ASN xxxx A0352 <- 4.15 -> DT xxx C0112 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0426 <- 2.77 -> DA xxx B0007 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0428 <- 3.78 -> DT xxx B0009 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0491 <- 3.67 -> DT xxx C0116 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0493 <- 4.03 -> DG xxx C0115 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0718 <- 3.80 -> DA xxx B0011 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0722 <- 4.32 -> DT xxx B0010 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0745 <- 3.54 -> DT xxx C0109 : score x.xxxxx >1a3q_AB: title=HUMAN NF-KAPPA-B P52 BOUND TO DNA organism=Homo sapiens : H : ARG NH1 A0052 <- 2.89 -> DG O6 D0607 : score 6.0393 : H : ARG NH2 A0052 <- 2.82 -> DG O6 D0607 : score 6.60425 : w : ARG NH2 A0052 <- 6.13 -> DC N4 C0512 : score 0.971 : H : ARG NH1 A0054 <- 3.14 -> DG O6 D0606 : score 5.7318 : H : ARG NH2 A0054 <- 3.04 -> DG N7 D0606 : score 6.12942 : H : GLU OE1 A0058 <- 3.01 -> DC N4 C0513 : score 5.52447 : w : GLU OE2 A0058 <- 5.93 -> DC N4 C0512 : score 3.453 : H : HIS ND1 A0062 <- 2.82 -> DG N7 D0605 : score 6.38206 : H : LYS NZ A0221 <- 2.84 -> DG O6 D0608 : score 5.74088 : H : ARG NH1 B0052 <- 2.85 -> DG N7 C0506 : score 6.05677 : H : ARG NH2 B0052 <- 3.29 -> DG O6 C0507 : score 5.98095 : H : ARG NH1 B0054 <- 2.99 -> DG O6 C0506 : score 5.9163 : H : ARG NH2 B0054 <- 3.03 -> DG N7 C0506 : score 6.14229 : H : GLU OE1 B0058 <- 2.60 -> DC N4 D0613 : score 5.99733 : H : LYS NZ B0221 <- 2.76 -> DG O6 C0508 : score 5.83348 : x : TYR xxxx A0055 <- 3.87 -> DT xxx C0511 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0057 <- 4.12 -> DC xxx C0512 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0055 <- 3.68 -> DT xxx D0611 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0057 <- 3.85 -> DC xxx D0612 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0062 <- 3.86 -> DG xxx C0505 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0252 <- 4.33 -> DT xxx D0610 : score x.xxxxx >1a6y_AB: title=REVERBA ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR/DNA COMPLEX organism=Homo sapiens : H : GLU OE1 A0119 <- 2.61 -> DC N4 D0633 : score 5.9858 : H : LYS NZ A0122 <- 3.27 -> DA N7 C0605 : score 2.72032 : H : LYS NZ A0122 <- 2.80 -> DG O6 C0606 : score 5.78718 : H : ARG NH2 A0126 <- 3.07 -> DG O6 C0607 : score 6.27271 : H : ARG NH2 A0127 <- 2.39 -> DG N7 D0631 : score 6.96642 : H : GLU OE2 B0119 <- 3.07 -> DC N4 D0625 : score 5.20179 : H : LYS NZ B0122 <- 2.92 -> DG N7 C0614 : score 5.26414 : H : LYS NZ B0122 <- 3.07 -> DG O6 C0614 : score 5.47467 : H : ARG NH2 B0127 <- 3.10 -> DG N7 D0623 : score 6.05215 : w : ARG NE B0127 <- 6.38 -> DG O6 D0623 : score 1.084 : x : HIS xxxx A0112 <- 4.13 -> DA xxx C0605 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0173 <- 3.57 -> DT xxx D0638 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0126 <- 3.55 -> DG xxx C0615 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0175 <- 3.79 -> DA xxx C0610 : score x.xxxxx >1a74_AB:His-Me_finger_endonucleases; title=I-PPOL HOMING ENDONUCLEASE/DNA COMPLEX organism=Physarum polycephalum : H : ARG NE A0061 <- 3.23 -> DA N7 D0415 : score -0.392551 : H : GLN OE1 A0063 <- 2.80 -> DA N6 D0417 : score 5.90256 : H : GLN NE2 A0063 <- 3.00 -> DA N7 D0417 : score 5.81662 : w : GLN OE1 A0063 <- 5.87 -> DC N4 C0405 : score 3.576 : H : LYS NZ A0065 <- 2.85 -> DG N7 C0403 : score 5.33965 : H : ARG NH2 A0074 <- 2.75 -> DG N7 D0418 : score 6.50285 : H : LYS NZ A0120 <- 2.70 -> DT O2 C0411 : score 3.79362 : w : LYS NZ A0120 <- 5.61 -> DA N3 C0412 : score 1.7 : H : ARG NE B0061 <- 3.17 -> DA N7 C0415 : score -0.397705 : H : GLN OE1 B0063 <- 2.73 -> DA N6 C0417 : score 5.9852 : H : GLN NE2 B0063 <- 2.97 -> DA N7 C0417 : score 5.85297 : w : GLN OE1 B0063 <- 5.97 -> DC N4 D0405 : score 3.576 : H : LYS NZ B0065 <- 3.00 -> DG N7 D0403 : score 5.17785 : w : LYS NZ B0065 <- 6.17 -> DA N6 D0404 : score 2.036 : H : ARG NH2 B0074 <- 2.95 -> DG N7 C0418 : score 6.24531 : H : ARG NH2 B0074 <- 3.11 -> DG O6 C0418 : score 6.21966 : H : LYS NZ B0120 <- 2.95 -> DT O2 D0411 : score 3.60765 : V : VAL CG2 A0072 <- 3.72 -> DT C7 C0402 : score 6.37317 : x : ALA xxxx A0055 <- 3.71 -> DA xxx C0404 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0057 <- 3.05 -> DG xxx D0416 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0067 <- 3.81 -> DT xxx C0402 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0116 <- 3.50 -> DT xxx C0411 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0055 <- 3.82 -> DA xxx D0404 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0057 <- 2.93 -> DG xxx C0416 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0067 <- 3.95 -> DT xxx D0402 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0116 <- 3.57 -> DA xxx C0413 : score x.xxxxx >1a74_B:His-Me_finger_endonucleases; title=I-PPOL HOMING ENDONUCLEASE/DNA COMPLEX organism=Physarum polycephalum : H : ARG NE B0061 <- 3.17 -> DA N7 C0415 : score -0.397705 : H : GLN OE1 B0063 <- 2.73 -> DA N6 C0417 : score 5.9852 : H : GLN NE2 B0063 <- 2.97 -> DA N7 C0417 : score 5.85297 : w : GLN OE1 B0063 <- 5.97 -> DC N4 D0405 : score 3.576 : H : LYS NZ B0065 <- 3.00 -> DG N7 D0403 : score 5.17785 : w : LYS NZ B0065 <- 6.17 -> DA N6 D0404 : score 2.036 : H : ARG NH2 B0074 <- 2.95 -> DG N7 C0418 : score 6.24531 : H : ARG NH2 B0074 <- 3.11 -> DG O6 C0418 : score 6.21966 : H : LYS NZ B0120 <- 2.95 -> DT O2 D0411 : score 3.60765 : x : ALA xxxx B0055 <- 3.82 -> DA xxx D0404 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0057 <- 2.93 -> DG xxx C0416 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0067 <- 3.95 -> DT xxx D0402 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0116 <- 3.57 -> DA xxx C0413 : score x.xxxxx >1aay_A:beta-beta-alpha_zinc_fingers; title=ZIF268 ZINC FINGER-DNA COMPLEX organism=Mus musculus : H : ARG NH1 A0118 <- 2.92 -> DG N7 B0010 : score 5.97112 : H : ARG NH2 A0118 <- 2.81 -> DG O6 B0010 : score 6.61751 : w : ASP OD2 A0120 <- 5.92 -> DC N4 B0009 : score 3.848 : w : ASP OD2 A0120 <- 5.82 -> DC N4 C0053 : score 3.848 : H : ARG NH1 A0124 <- 2.86 -> DG O6 B0008 : score 6.0762 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.68 -> DG N7 B0008 : score 6.59298 : w : ARG NH1 A0124 <- 5.87 -> DG O6 C0054 : score 2.757 : H : ARG NH1 A0146 <- 2.80 -> DG N7 B0007 : score 6.11795 : H : ARG NH2 A0146 <- 2.78 -> DG O6 B0007 : score 6.65729 : w : SER OG A0147 <- 5.99 -> DG N7 C0054 : score 2.881 : H : ASP OD2 A0148 <- 2.99 -> DC N4 C0055 : score 5.9311 : w : ASP OD2 A0148 <- 5.37 -> DC N4 C0056 : score 3.848 : H : HIS NE2 A0149 <- 2.70 -> DG N7 B0006 : score 6.68885 : H : ARG NH1 A0174 <- 2.90 -> DG N7 B0004 : score 5.99559 : H : ARG NH2 A0174 <- 2.88 -> DG O6 B0004 : score 6.52468 : w : ASP OD1 A0176 <- 5.77 -> DC N4 C0057 : score 2.382 : w : ASP OD2 A0176 <- 5.95 -> DC N4 B0003 : score 3.848 : w : ASP OD2 A0176 <- 5.86 -> DC N4 C0059 : score 3.848 : H : ARG NH1 A0180 <- 2.91 -> DG O6 B0002 : score 6.0147 : H : ARG NH2 A0180 <- 2.71 -> DG N7 B0002 : score 6.55435 : w : ARG NH1 A0180 <- 5.70 -> DG O6 C0060 : score 2.757 : x : GLU xxxx A0121 <- 3.55 -> DC xxx B0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0152 <- 4.24 -> DT xxx B0005 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0177 <- 3.96 -> DG xxx B0002 : score x.xxxxx >1ahd_P:Homeodomain-like; title=DETERMINATION OF THE NMR SOLUTION STRUCTURE OF AN ANTENNAPEDIA HOMEODOMAIN-DNA COMPLEX organism=DROSOPHILA SUBOBSCURA : H : ARG NH1 P0003 <- 3.03 -> DG N3 A0012 : score 2.79718 : H : GLN OE1 P0050 <- 2.89 -> DC N4 A0007 : score 4.39256 : x : ARG xxxx P0028 <- 3.35 -> DA xxx A0003 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx P0046 <- 4.24 -> DA xxx A0004 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx P0047 <- 3.39 -> DT xxx B0021 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx P0051 <- 3.63 -> DA xxx B0019 : score x.xxxxx : x : MET xxxx P0054 <- 3.50 -> DC xxx A0007 : score x.xxxxx >1ais_AB: title=TATA-BINDING PROTEIN/TRANSCRIPTION FACTOR (II)B/TATA-BOX COMPLEX FROM PYROCOCCUS WOESEI organism=PYROCOCCUS WOESEI : H : ASN ND2 A0013 <- 3.11 -> DA N3 E1423 : score 3.47782 : H : ASN ND2 A0013 <- 3.40 -> DA N3 E1424 : score 3.26277 : H : THR OG1 A0068 <- 3.46 -> DT O2 E1422 : score 2.28351 : H : SER OG A0159 <- 3.14 -> DT O2 C1410 : score 3.43765 : x : VAL xxxx A0015 <- 3.69 -> DA xxx E1423 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0043 <- 3.20 -> DT xxx E1421 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0044 <- 3.37 -> DA xxx C1415 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0058 <- 3.47 -> DT xxx E1421 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0060 <- 3.69 -> DA xxx C1414 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0066 <- 3.42 -> DA xxx C1413 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0106 <- 3.59 -> DA xxx E1424 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0134 <- 3.08 -> DT xxx C1409 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0135 <- 3.07 -> DA xxx E1427 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0149 <- 3.14 -> DT xxx C1409 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0151 <- 3.72 -> DA xxx E1426 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0157 <- 3.49 -> DA xxx E1425 : score x.xxxxx >1akh_A:Homeodomain-like; title=MAT A1/ALPHA2/DNA TERNARY COMPLEX organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ASN OD1 A0120 <- 3.15 -> DA N6 D0026 : score 5.50727 : H : ASN ND2 A0120 <- 3.32 -> DA N7 D0026 : score 5.11179 : H : ARG NH1 A0124 <- 2.80 -> DG N7 D0025 : score 6.11795 : H : ARG NH2 A0124 <- 3.00 -> DG N7 D0025 : score 6.18092 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.48 -> DG O6 D0025 : score 7.05514 : V : ARG CZ A0115 <- 3.52 -> DT C7 C0015 : score 2.33425 : x : VAL xxxx A0116 <- 4.15 -> DA xxx D0026 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0119 <- 3.15 -> DT xxx C0015 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0123 <- 2.96 -> DC xxx C0017 : score x.xxxxx >1akh_AB: title=MAT A1/ALPHA2/DNA TERNARY COMPLEX organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ASN OD1 A0120 <- 3.15 -> DA N6 D0026 : score 5.50727 : H : ASN ND2 A0120 <- 3.32 -> DA N7 D0026 : score 5.11179 : H : ARG NH1 A0124 <- 2.80 -> DG N7 D0025 : score 6.11795 : H : ARG NH2 A0124 <- 3.00 -> DG N7 D0025 : score 6.18092 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.48 -> DG O6 D0025 : score 7.05514 : H : ARG NE B0132 <- 3.38 -> DA N3 D0038 : score 1.82467 : w : ARG NH2 B0132 <- 5.64 -> DT O2 C0007 : score 2.047 : H : ARG NH2 B0135 <- 2.54 -> DT O2 D0035 : score 4.58429 : w : ASN OD1 B0178 <- 6.17 -> DT O4 C0005 : score 3.053 : w : SER OG B0181 <- 5.18 -> DA N7 C0004 : score 2.337 : w : SER OG B0181 <- 6.11 -> DT O4 C0005 : score 2.13 : H : ARG NH2 B0185 <- 2.68 -> DG N7 C0006 : score 6.59298 : H : ARG NH2 B0185 <- 2.79 -> DG O6 C0006 : score 6.64403 : V : ASN CG B0182 <- 3.71 -> DT C7 D0037 : score 2.92592 : V : ARG CZ A0115 <- 3.52 -> DT C7 C0015 : score 2.33425 : x : VAL xxxx A0116 <- 4.15 -> DA xxx D0026 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0119 <- 3.15 -> DT xxx C0015 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0123 <- 2.96 -> DC xxx C0017 : score x.xxxxx >1am9_AB: title=HUMAN SREBP-1A BOUND TO LDL RECEPTOR PROMOTER organism=Homo sapiens : H : HIS NE2 A0328 <- 2.50 -> DG O6 G0051 : score 8.44467 : w : HIS ND1 A0328 <- 5.88 -> DA N6 F0024 : score 2.598 : H : GLU OE1 A0332 <- 2.61 -> DC N4 F0026 : score 5.9858 : H : ARG NH2 A0336 <- 2.73 -> DG N7 G0049 : score 6.5286 : H : HIS NE2 B0328 <- 2.86 -> DG N7 G0044 : score 6.479 : H : HIS NE2 B0328 <- 2.94 -> DG O6 G0044 : score 7.7436 : H : GLU OE1 B0332 <- 3.14 -> DC N4 F0030 : score 5.37453 : H : GLU OE2 B0332 <- 2.67 -> DC N4 F0031 : score 5.64168 : w : ARG NH1 B0336 <- 5.62 -> DC N4 F0029 : score 1.531 : V : ILE CG2 A0331 <- 3.69 -> DT C7 F0025 : score 7.3158 : x : ASN xxxx A0329 <- 3.46 -> DT xxx G0050 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0335 <- 3.53 -> DC xxx F0026 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0325 <- 3.01 -> DC xxx F0030 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0329 <- 4.38 -> DC xxx F0030 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0331 <- 3.50 -> DG xxx G0044 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0335 <- 3.40 -> DG xxx G0046 : score x.xxxxx >1am9_CD: title=HUMAN SREBP-1A BOUND TO LDL RECEPTOR PROMOTER organism=Homo sapiens : H : HIS NE2 C0328 <- 2.56 -> DG O6 E0013 : score 8.34907 : w : HIS ND1 C0328 <- 5.55 -> DA N6 H0062 : score 2.598 : H : GLU OE1 C0332 <- 2.48 -> DC N4 H0064 : score 6.13573 : H : HIS NE2 D0328 <- 2.78 -> DG N7 E0006 : score 6.58392 : H : GLU OE2 D0332 <- 2.75 -> DC N4 H0069 : score 5.55371 : w : ARG NH1 D0336 <- 6.14 -> DC N4 H0067 : score 1.531 : V : ILE CG2 C0331 <- 3.79 -> DT C7 H0063 : score 7.1378 : x : ASN xxxx C0329 <- 3.48 -> DT xxx E0012 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx C0335 <- 3.37 -> DC xxx H0064 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0336 <- 3.64 -> DG xxx E0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0325 <- 3.25 -> DC xxx H0068 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx D0329 <- 4.38 -> DC xxx H0068 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx D0331 <- 3.75 -> DG xxx E0006 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0335 <- 3.43 -> DG xxx E0008 : score x.xxxxx >1an2_A:HLH,_helix-loop-helix_DNA-binding_domain; title=RECOGNITION BY MAX OF ITS COGNATE DNA THROUGH A DIMERIC B/HLH/Z DOMAIN organism=Mus musculus : V : GLU CB A0032 <- 3.76 -> DT C7 B0013 : score 2.0345 : x : HIS xxxx A0028 <- 3.83 -> DG xxx B0014 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0029 <- 3.43 -> DT xxx B0013 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0036 <- 3.36 -> DG xxx B0012 : score x.xxxxx >1an4_AB: title=STRUCTURE AND FUNCTION OF THE B/HLH/Z DOMAIN OF USF organism=Homo sapiens : H : GLU OE1 A0208 <- 2.51 -> DC N4 C0309 : score 6.10113 : H : ARG NH2 A0212 <- 2.57 -> DG N7 D0333 : score 6.73463 : H : ARG NH2 A0212 <- 3.32 -> DT O4 D0334 : score 3.25662 : H : ARG NH1 B0212 <- 2.99 -> DG O6 C0312 : score 5.9163 : x : GLN xxxx A0203 <- 3.21 -> DG xxx C0306 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0207 <- 4.38 -> DT xxx C0308 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0211 <- 3.02 -> DC xxx C0309 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0238 <- 4.47 -> DG xxx D0328 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0200 <- 2.61 -> DA xxx D0326 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0204 <- 3.82 -> DG xxx C0314 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx B0208 <- 3.30 -> DT xxx C0313 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0211 <- 3.66 -> DC xxx D0330 : score x.xxxxx >1aoi_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=COMPLEX BETWEEN NUCLEOSOME CORE PARTICLE (H3,H4,H2A,H2B) AND 146 BP LONG DNA FRAGMENT organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 A0040 <- 3.07 -> DA N3 J0229 : score 3.28432 : H : ARG NH1 D0027 <- 3.13 -> DT O2 J0191 : score 4.09044 : H : ARG NH1 E0040 <- 3.03 -> DA N3 I0082 : score 3.47598 : H : ARG NH2 E0040 <- 3.28 -> DA N3 I0082 : score 3.1385 : x : TYR xxxx A0041 <- 4.40 -> DT xxx J0152 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0065 <- 4.02 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0083 <- 4.32 -> DA xxx J0245 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0045 <- 3.47 -> DT xxx J0226 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0042 <- 4.12 -> DA xxx J0257 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0077 <- 4.13 -> DG xxx J0277 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0028 <- 3.70 -> DC xxx I0026 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx E0041 <- 3.99 -> DT xxx I0006 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0065 <- 3.68 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0083 <- 3.54 -> DC xxx J0196 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0045 <- 4.04 -> DC xxx I0079 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx G0042 <- 4.36 -> DT xxx J0184 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx H0028 <- 3.73 -> DA xxx J0173 : score x.xxxxx >1apl_CD: title=CRYSTAL STRUCTURE OF A MAT-ALPHA2 HOMEODOMAIN-OPERATOR COMPLEX SUGGESTS A GENERAL MODEL FOR HOMEODOMAIN-DNA INTERACTIONS organism=Saccharomyces cerevisiae : H : ARG NH1 C0135 <- 3.37 -> DA N3 B0031 : score 3.22822 : H : ARG NH2 C0135 <- 2.88 -> DT O2 B0032 : score 4.28797 : H : ASN OD1 C0182 <- 2.98 -> DA N6 A0016 : score 5.70861 : H : ASN ND2 C0182 <- 3.11 -> DA N7 A0016 : score 5.35141 : H : ARG NH2 C0185 <- 2.93 -> DG N7 B0027 : score 6.27106 : H : ARG NH1 D0135 <- 2.96 -> DT O2 A0010 : score 4.23934 : H : ASN OD1 D0182 <- 3.27 -> DA N6 B0038 : score 5.36515 : H : ASN ND2 D0182 <- 3.14 -> DA N7 B0038 : score 5.31718 : x : TYR xxxx C0131 <- 3.61 -> DA xxx B0029 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0178 <- 4.35 -> DC xxx A0017 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0181 <- 3.87 -> DT xxx B0026 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx D0178 <- 3.86 -> DC xxx B0039 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0181 <- 3.92 -> DT xxx A0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0185 <- 2.99 -> DT xxx A0004 : score x.xxxxx >1apl_D:Homeodomain-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A MAT-ALPHA2 HOMEODOMAIN-OPERATOR COMPLEX SUGGESTS A GENERAL MODEL FOR HOMEODOMAIN-DNA INTERACTIONS organism=Saccharomyces cerevisiae : H : ARG NH1 D0135 <- 2.96 -> DT O2 A0010 : score 4.23934 : H : ASN OD1 D0182 <- 3.27 -> DA N6 B0038 : score 5.36515 : H : ASN ND2 D0182 <- 3.14 -> DA N7 B0038 : score 5.31718 : V : ARG CZ D0185 <- 3.80 -> DT C7 A0004 : score 2.18154 : x : ASN xxxx D0178 <- 3.86 -> DC xxx B0039 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0181 <- 3.92 -> DT xxx A0004 : score x.xxxxx >1au7_AB: title=PIT-1 MUTANT/DNA COMPLEX organism=Rattus norvegicus : H : GLN OE1 A0044 <- 3.09 -> DA N6 C0460 : score 5.56022 : H : GLN NE2 A0044 <- 2.91 -> DA N7 C0460 : score 5.92568 : H : THR OG1 A0045 <- 3.34 -> DT O4 C0461 : score 3.50282 : H : ARG NH2 A0049 <- 2.50 -> DG O6 D0484 : score 7.02862 : H : ARG NH2 A0105 <- 2.98 -> DA N3 C0458 : score 3.34681 : H : GLN NE2 A0154 <- 3.22 -> DA N7 C0454 : score 5.55002 : H : GLN OE1 B0044 <- 3.09 -> DA N6 D0488 : score 5.56022 : H : GLN NE2 B0044 <- 3.22 -> DA N7 D0488 : score 5.55002 : H : THR OG1 B0045 <- 3.48 -> DT O4 D0489 : score 3.39286 : H : THR OG1 B0045 <- 3.14 -> DT O4 C0457 : score 3.65989 : H : ARG NH1 B0049 <- 2.91 -> DG N7 C0456 : score 5.98335 : H : ARG NH2 B0049 <- 2.22 -> DG O6 C0456 : score 7.39994 : H : ARG NH2 B0105 <- 2.43 -> DA N3 C0462 : score 3.72871 : w : ARG NH1 B0146 <- 5.76 -> DT O4 D0480 : score 1.904 : w : ARG NH2 B0146 <- 5.49 -> DT O4 D0480 : score 2.172 : H : ASN OD1 B0151 <- 2.93 -> DA N6 C0464 : score 5.76783 : H : GLN OE1 B0154 <- 3.03 -> DA N6 D0482 : score 5.63105 : H : GLN NE2 B0154 <- 2.83 -> DA N7 D0482 : score 6.02262 : V : VAL CG1 A0147 <- 3.77 -> DT C7 D0493 : score 5.94787 : V : LEU CD2 B0055 <- 3.63 -> DT C7 C0455 : score 6.04436 : V : VAL CG1 B0147 <- 3.82 -> DT C7 C0465 : score 5.87407 : x : SER xxxx A0043 <- 3.54 -> DT xxx D0485 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0048 <- 3.61 -> DA xxx C0460 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0055 <- 4.02 -> DT xxx D0483 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0059 <- 4.33 -> DT xxx D0483 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0146 <- 4.00 -> DC xxx C0451 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0150 <- 3.73 -> DT xxx C0452 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0151 <- 3.31 -> DA xxx D0492 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0155 <- 4.33 -> DC xxx D0491 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0027 <- 4.31 -> DT xxx D0487 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0043 <- 3.52 -> DT xxx C0457 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0048 <- 3.83 -> DA xxx D0488 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0150 <- 3.62 -> DT xxx D0480 : score x.xxxxx >1az0_A:Restriction_endonuclease-like; title=ECORV ENDONUCLEASE/DNA COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI : H : ASN OD1 A0185 <- 2.81 -> DA N6 D0805 : score 5.90995 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.97 -> DA N7 D0805 : score 5.51115 : H : THR OG1 A0186 <- 2.78 -> DT O4 C0908 : score 3.94263 : V : THR CB A0106 <- 3.81 -> DT C7 C0908 : score 3.86621 : x : LYS xxxx A0104 <- 4.32 -> DT xxx C0910 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.27 -> DG xxx D0804 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 3.41 -> DT xxx C0908 : score x.xxxxx >1az0_AB: title=ECORV ENDONUCLEASE/DNA COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI : H : ASN OD1 A0185 <- 2.81 -> DA N6 D0805 : score 5.90995 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.97 -> DA N7 D0805 : score 5.51115 : H : THR OG1 A0186 <- 2.78 -> DT O4 C0908 : score 3.94263 : H : ASN ND2 B0070 <- 3.04 -> DC O2 C0909 : score 4.42314 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.87 -> DA N6 C0905 : score 5.83889 : H : ASN ND2 B0185 <- 2.90 -> DA N7 C0905 : score 5.59103 : H : THR OG1 B0186 <- 2.70 -> DT O4 D0808 : score 4.00546 : V : THR CB A0106 <- 3.81 -> DT C7 C0908 : score 3.86621 : x : LYS xxxx A0104 <- 4.32 -> DT xxx C0910 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.27 -> DG xxx D0804 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 3.41 -> DT xxx C0908 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 3.64 -> DT xxx D0808 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.26 -> DG xxx C0904 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0188 <- 3.42 -> DT xxx D0808 : score x.xxxxx >1azp_A:Chromo_domain-like; title=HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D BOUND WITH KINKED DNA DUPLEX organism=SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS : w : TYR OH A0008 <- 5.32 -> DT O2 C0113 : score 2.878 : H : TRP NE1 A0024 <- 3.03 -> DG N3 B0103 : score -8.71565 : H : SER OG A0031 <- 3.01 -> DG N2 B0103 : score 3.4095 : H : ARG NH1 A0042 <- 2.99 -> DT O2 B0105 : score 4.21307 : H : ARG NH1 A0042 <- 3.05 -> DC O2 B0106 : score 3.50769 : w : ARG NH2 A0042 <- 5.42 -> DC O2 B0106 : score 1.782 : x : VAL xxxx A0026 <- 3.26 -> DC xxx B0102 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0029 <- 3.39 -> DC xxx C0114 : score x.xxxxx >1azq_A:Chromo_domain-like; title=HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D BOUND WITH KINKED DNA DUPLEX organism=SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS : w : TYR OH A0008 <- 5.62 -> DA N3 C0112 : score 1.413 : H : TRP NE1 A0024 <- 3.03 -> DA N3 B0104 : score -8.71565 : x : VAL xxxx A0026 <- 3.44 -> DA xxx B0104 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0029 <- 3.64 -> DT xxx C0114 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0031 <- 3.52 -> DT xxx C0113 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0042 <- 3.20 -> DT xxx B0106 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0044 <- 4.25 -> DT xxx C0113 : score x.xxxxx >1b01_AB: title=TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG/DNA COMPLEX organism=Streptococcus agalactiae : H : ARG NE A0004 <- 2.96 -> DT O4 F0113 : score 1.90622 : H : ARG NH1 A0004 <- 3.07 -> DG N7 E0106 : score 5.78758 : H : ARG NH2 A0004 <- 3.22 -> DT O4 F0113 : score 3.32931 : H : ARG NH2 A0004 <- 2.52 -> DG O6 F0114 : score 7.00209 : H : ARG NH2 A0004 <- 3.11 -> DG O6 E0106 : score 6.21966 : H : THR OG1 A0006 <- 2.49 -> DT O4 E0105 : score 4.17039 : H : ARG NH2 B0004 <- 2.73 -> DG O6 E0104 : score 6.7236 : H : THR OG1 B0006 <- 3.28 -> DC N4 F0115 : score 3.46649 A : x : THR xxxx B0008 <- 3.47 -> DG xxx F0112 : score x.xxxxx >1b3t_A:Viral_DNA-binding_domain; title=EBNA-1 NUCLEAR PROTEIN/DNA COMPLEX organism=Human herpesvirus 4 : w : ARG NH1 A0469 <- 5.46 -> DT O2 C0111 : score 1.824 : H : LYS NZ A0477 <- 3.02 -> DG O6 D0202 : score 5.53254 : H : LYS NZ A0477 <- 2.86 -> DG O6 D0203 : score 5.71773 : w : LYS NZ A0477 <- 6.44 -> DT O4 C0115 : score 1.845 : w : LYS NZ A0477 <- 5.84 -> DG O6 D0203 : score 2.896 : w : LYS NZ A0514 <- 5.45 -> DG N7 C0112 : score 2.357 : w : THR OG1 A0515 <- 6.84 -> DA N6 D0204 : score 3.187 : w : ASN ND2 A0519 <- 6.38 -> DG O6 D0203 : score 3.331 : x : LYS xxxx A0461 <- 3.06 -> DA xxx D0204 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx A0464 <- 3.60 -> DG xxx C0112 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0465 <- 3.85 -> DT xxx C0114 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0475 <- 4.07 -> DT xxx C0115 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0478 <- 4.31 -> DT xxx C0114 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0518 <- 3.44 -> DC xxx C0113 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0522 <- 4.05 -> DT xxx C0114 : score x.xxxxx >1b3t_AB:Viral_DNA-binding_domain; title=EBNA-1 NUCLEAR PROTEIN/DNA COMPLEX organism=Human herpesvirus 4 : w : ARG NH1 A0469 <- 5.46 -> DT O2 C0111 : score 1.824 : H : LYS NZ A0477 <- 3.02 -> DG O6 D0202 : score 5.53254 : H : LYS NZ A0477 <- 2.86 -> DG O6 D0203 : score 5.71773 : w : LYS NZ A0477 <- 6.44 -> DT O4 C0115 : score 1.845 : w : LYS NZ A0514 <- 5.45 -> DG N7 C0112 : score 2.357 : w : THR OG1 A0515 <- 6.84 -> DA N6 D0204 : score 3.187 : w : LYS NZ B0461 <- 5.90 -> DG N2 C0103 : score 0.413 : w : ARG NH1 B0469 <- 6.15 -> DT O2 C0109 : score 1.824 : H : LYS NZ B0477 <- 2.93 -> DG N7 C0102 : score 5.25336 : H : LYS NZ B0477 <- 2.76 -> DG O6 C0102 : score 5.83348 : w : LYS NZ B0477 <- 6.35 -> DG O6 C0103 : score 2.896 : w : LYS NZ B0477 <- 6.30 -> DT O4 D0215 : score 1.845 : w : LYS NZ B0514 <- 5.53 -> DG N7 D0212 : score 2.357 : w : ASN ND2 B0519 <- 6.73 -> DG O6 C0103 : score 3.331 : x : LYS xxxx A0461 <- 3.06 -> DA xxx D0204 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx A0464 <- 3.60 -> DG xxx C0112 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0465 <- 3.85 -> DT xxx C0114 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0475 <- 4.07 -> DT xxx C0115 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0478 <- 4.31 -> DT xxx C0114 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0518 <- 3.44 -> DC xxx C0113 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0519 <- 4.02 -> DG xxx D0202 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0522 <- 4.05 -> DT xxx C0114 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx B0464 <- 3.98 -> DG xxx D0212 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0465 <- 3.52 -> DT xxx D0214 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0478 <- 4.36 -> DT xxx D0214 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0515 <- 3.79 -> DG xxx C0103 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0518 <- 3.41 -> DC xxx D0213 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0522 <- 4.40 -> DT xxx D0214 : score x.xxxxx >1b72_AB: title=PBX1, HOMEOBOX PROTEIN HOX-B1/DNA TERNARY COMPLEX organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH2 A0207 <- 2.59 -> DT O2 D0011 : score 4.54072 : H : ASN OD1 A0253 <- 3.07 -> DA N6 D0013 : score 5.60202 : H : ASN ND2 A0253 <- 2.99 -> DA N7 D0013 : score 5.48833 : w : ASN OD1 A0253 <- 5.68 -> DT O4 D0014 : score 3.053 : w : ASN OD1 A0253 <- 5.98 -> DA N6 E0028 : score 2.759 : H : ASN OD1 B0286 <- 2.84 -> DA N6 D0009 : score 5.87442 : H : ASN ND2 B0286 <- 2.96 -> DA N7 D0009 : score 5.52256 : w : ASN OD1 B0286 <- 6.23 -> DT O4 D0010 : score 3.053 : w : ASN OD1 B0286 <- 5.85 -> DA N6 E0032 : score 2.759 : H : ARG NH1 B0290 <- 3.07 -> DG N7 D0008 : score 5.78758 : H : ARG NH2 B0290 <- 2.65 -> DG O6 D0008 : score 6.82969 : V : ASN CG B0282 <- 3.89 -> DT C7 D0010 : score 2.79715 : x : ILE xxxx A0249 <- 3.72 -> DA xxx D0013 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0252 <- 3.65 -> DC xxx E0026 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0256 <- 3.48 -> DG xxx E0027 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0237 <- 2.70 -> DT xxx E0036 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0289 <- 4.10 -> DA xxx E0031 : score x.xxxxx >1b8i_A:Homeodomain-like; title=STRUCTURE OF THE HOMEOTIC UBX/EXD/DNA TERNARY COMPLEX organism=DROSOPHILA MELANOGASTER : H : ARG NH1 A0105 <- 2.90 -> DA N3 C0011 : score 3.57072 : w : GLN NE2 A0150 <- 5.79 -> DT O4 D0026 : score 1.944 : H : ASN ND2 A0151 <- 3.24 -> DA N7 D0025 : score 5.20308 : w : ASN OD1 A0151 <- 5.93 -> DT O4 D0026 : score 3.053 : w : ASN OD1 A0151 <- 6.17 -> DA N6 C0007 : score 2.759 : V : ILE CG1 A0147 <- 3.61 -> DT C7 D0026 : score 4.41562 : x : MET xxxx A0154 <- 3.83 -> DC xxx C0006 : score x.xxxxx >1b8i_AB:Homeodomain-like; title=STRUCTURE OF THE HOMEOTIC UBX/EXD/DNA TERNARY COMPLEX organism=DROSOPHILA MELANOGASTER : H : ARG NH1 A0105 <- 2.90 -> DA N3 C0011 : score 3.57072 : w : GLN NE2 A0150 <- 5.79 -> DT O4 D0026 : score 1.944 : H : ASN ND2 A0151 <- 3.24 -> DA N7 D0025 : score 5.20308 : w : ASN OD1 A0151 <- 5.93 -> DT O4 D0026 : score 3.053 : w : ASN OD1 A0151 <- 6.17 -> DA N6 C0007 : score 2.759 : H : ARG NH2 B0205 <- 2.29 -> DT O2 D0019 : score 4.80218 : H : ARG NH1 B0258 <- 2.98 -> DG N7 D0020 : score 5.8977 : H : ARG NH2 B0258 <- 2.49 -> DG O6 D0020 : score 7.04188 : V : ILE CG1 A0147 <- 3.61 -> DT C7 D0026 : score 4.41562 : x : MET xxxx A0154 <- 3.83 -> DC xxx C0006 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0250 <- 3.69 -> DT xxx D0022 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0254 <- 2.83 -> DA xxx D0021 : score x.xxxxx >1b94_A:Restriction_endonuclease-like; title=RESTRICTION ENDONUCLEASE ECORV WITH CALCIUM organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 A0070 <- 3.07 -> DC O2 D0009 : score 4.39526 : w : ASN OD1 A0070 <- 5.81 -> DT O2 C0006 : score 2.097 : w : LYS NZ A0104 <- 6.01 -> DT O4 C0011 : score 1.845 : H : ASN OD1 A0185 <- 3.06 -> DA N6 D0005 : score 5.61386 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.98 -> DA N7 D0005 : score 5.49974 : H : THR OG1 A0186 <- 2.60 -> DT O4 C0008 : score 4.084 : V : THR CB A0106 <- 3.90 -> DT C7 C0008 : score 3.779 : x : SER xxxx A0183 <- 3.30 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 3.45 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx >1b94_AB: title=RESTRICTION ENDONUCLEASE ECORV WITH CALCIUM organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 A0070 <- 3.07 -> DC O2 D0009 : score 4.39526 : w : ASN OD1 A0070 <- 5.81 -> DT O2 C0006 : score 2.097 : w : LYS NZ A0104 <- 6.01 -> DT O4 C0011 : score 1.845 : H : ASN OD1 A0185 <- 3.06 -> DA N6 D0005 : score 5.61386 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.98 -> DA N7 D0005 : score 5.49974 : H : THR OG1 A0186 <- 2.60 -> DT O4 C0008 : score 4.084 : w : LYS NZ B0038 <- 6.10 -> DT O2 C0006 : score 0.459 : w : LYS NZ B0104 <- 5.33 -> DT O4 D0010 : score 1.845 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.84 -> DA N6 C0005 : score 5.87442 : H : ASN ND2 B0185 <- 2.90 -> DA N7 C0005 : score 5.59103 : H : THR OG1 B0186 <- 2.58 -> DT O4 D0008 : score 4.09971 : V : ASN CG B0188 <- 3.58 -> DT C7 D0008 : score 3.01892 : V : THR CB A0106 <- 3.90 -> DT C7 C0008 : score 3.779 : x : SER xxxx A0183 <- 3.30 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 3.45 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0070 <- 2.98 -> DC xxx C0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 3.77 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.27 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx >1b95_AB: title=ANALYSIS OF A MUTATIONAL HOT-SPOT IN THE ECORV RESTRICTION ENDONUCLEASE: A CATALYTIC ROLE FOR A MAIN CHAIN CARBONYL GROUP organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 A0070 <- 2.88 -> DC O2 D0009 : score 4.57182 A : H : ASN OD1 A0185 <- 3.02 -> DA N6 D0005 : score 5.66124 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.91 -> DA N7 D0005 : score 5.57962 : H : THR OG1 A0186 <- 2.58 -> DT O4 C0008 : score 4.09971 : w : LYS NZ B0038 <- 5.64 -> DT O2 C0006 : score 0.459 : w : LYS NZ B0104 <- 5.80 -> DT O4 D0011 : score 1.845 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.86 -> DA N6 C0005 : score 5.85073 : H : ASN ND2 B0185 <- 2.89 -> DA N7 C0005 : score 5.60244 : H : THR OG1 B0186 <- 2.61 -> DT O4 D0008 : score 4.07615 : V : THR CB A0106 <- 3.87 -> DT C7 C0008 : score 3.80807 : V : ASN CG B0188 <- 3.56 -> DT C7 D0008 : score 3.03323 : x : LYS xxxx A0104 <- 4.02 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.06 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 3.33 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0070 <- 3.31 -> DC xxx C0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 3.74 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.22 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx >1b95_B:Restriction_endonuclease-like; title=ANALYSIS OF A MUTATIONAL HOT-SPOT IN THE ECORV RESTRICTION ENDONUCLEASE: A CATALYTIC ROLE FOR A MAIN CHAIN CARBONYL GROUP organism=Escherichia coli : w : LYS NZ B0038 <- 5.64 -> DT O2 C0006 : score 0.459 : w : LYS NZ B0104 <- 5.80 -> DT O4 D0011 : score 1.845 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.86 -> DA N6 C0005 : score 5.85073 : H : ASN ND2 B0185 <- 2.89 -> DA N7 C0005 : score 5.60244 : H : THR OG1 B0186 <- 2.61 -> DT O4 D0008 : score 4.07615 : V : ASN CG B0188 <- 3.56 -> DT C7 D0008 : score 3.03323 : x : ASN xxxx B0070 <- 3.31 -> DC xxx C0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 3.74 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.22 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx >1b96_A:Restriction_endonuclease-like; title=ANALYSIS OF A MUTATIONAL HOT-SPOT IN THE ECORV RESTRICTION ENDONUCLEASE: A CATALYTIC ROLE FOR A MAIN CHAIN CARBONYL GROUP organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 A0070 <- 2.92 -> DC O2 D0009 : score 4.53465 : w : ASN OD1 A0070 <- 5.60 -> DT O2 C0006 : score 2.097 : H : ASN OD1 A0185 <- 3.02 -> DA N6 D0005 : score 5.66124 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.98 -> DA N7 D0005 : score 5.49974 : H : THR OG1 A0186 <- 2.62 -> DT O4 C0008 : score 4.06829 : V : ASN CG A0188 <- 3.62 -> DT C7 C0008 : score 2.99031 : x : LYS xxxx A0104 <- 3.80 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0106 <- 3.46 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.13 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx >1b96_AB: title=ANALYSIS OF A MUTATIONAL HOT-SPOT IN THE ECORV RESTRICTION ENDONUCLEASE: A CATALYTIC ROLE FOR A MAIN CHAIN CARBONYL GROUP organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 A0070 <- 2.92 -> DC O2 D0009 : score 4.53465 : H : ASN OD1 A0185 <- 3.02 -> DA N6 D0005 : score 5.66124 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.98 -> DA N7 D0005 : score 5.49974 : H : THR OG1 A0186 <- 2.62 -> DT O4 C0008 : score 4.06829 : w : LYS NZ B0038 <- 5.93 -> DT O2 C0006 : score 0.459 : w : LYS NZ B0104 <- 5.70 -> DT O4 D0011 : score 1.845 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.88 -> DA N6 C0005 : score 5.82705 : H : ASN ND2 B0185 <- 2.94 -> DA N7 C0005 : score 5.54538 : H : THR OG1 B0186 <- 2.74 -> DT O4 D0008 : score 3.97405 : V : ASN CG A0188 <- 3.62 -> DT C7 C0008 : score 2.99031 : V : ASN CG B0188 <- 3.64 -> DT C7 D0008 : score 2.976 : x : LYS xxxx A0104 <- 3.80 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0106 <- 3.46 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.13 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0070 <- 3.38 -> DC xxx C0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 3.62 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.27 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx >1b97_AB: title=ANALYSIS OF A MUTATIONAL HOT-SPOT IN THE ECORV RESTRICTION ENDONUCLEASE: A CATALYTIC ROLE FOR A MAIN CHAIN CARBONYL GROUP organism=Escherichia coli : H : ASN OD1 A0185 <- 3.02 -> DA N6 D0005 : score 5.66124 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.98 -> DA N7 D0005 : score 5.49974 : H : THR OG1 A0186 <- 2.64 -> DT O4 C0008 : score 4.05258 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.89 -> DA N6 C0005 : score 5.8152 : H : ASN ND2 B0185 <- 3.05 -> DA N7 C0005 : score 5.41987 : H : THR OG1 B0186 <- 2.55 -> DT O4 D0008 : score 4.12327 : V : ASN CG A0188 <- 3.59 -> DT C7 C0008 : score 3.01177 : V : ASN CG B0188 <- 3.55 -> DT C7 D0008 : score 3.04038 : x : ASN xxxx A0070 <- 3.81 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0104 <- 4.17 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0106 <- 3.65 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.26 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0070 <- 3.31 -> DC xxx C0009 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0104 <- 4.12 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 3.75 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.40 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx >1b97_B:Restriction_endonuclease-like; title=ANALYSIS OF A MUTATIONAL HOT-SPOT IN THE ECORV RESTRICTION ENDONUCLEASE: A CATALYTIC ROLE FOR A MAIN CHAIN CARBONYL GROUP organism=Escherichia coli : H : ASN OD1 B0185 <- 2.89 -> DA N6 C0005 : score 5.8152 : H : ASN ND2 B0185 <- 3.05 -> DA N7 C0005 : score 5.41987 : H : THR OG1 B0186 <- 2.55 -> DT O4 D0008 : score 4.12327 : V : ASN CG B0188 <- 3.55 -> DT C7 D0008 : score 3.04038 : x : ASN xxxx B0070 <- 3.31 -> DC xxx C0009 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0104 <- 4.12 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 3.75 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.40 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx >1bbx_CD: title=NON-SPECIFIC PROTEIN-DNA INTERACTIONS IN THE SSO7D-DNA COMPLEX, NMR, 1 STRUCTURE organism=SULFOLOBUS SOLFATARICUS : H : LYS NZ C0027 <- 2.41 -> DC O2 A0005 : score 3.19807 : H : ARG NH2 C0042 <- 2.68 -> DG N3 A0004 : score 3.69953 : H : LYS NZ D0027 <- 2.41 -> DC O2 B0017 : score 3.19807 : H : ARG NH2 D0042 <- 2.67 -> DG N3 B0016 : score 3.70675 : x : TRP xxxx C0023 <- 3.53 -> DC xxx B0021 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx C0025 <- 2.60 -> DG xxx B0020 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0030 <- 4.36 -> DG xxx B0020 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx D0023 <- 3.53 -> DC xxx A0009 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx D0025 <- 2.60 -> DG xxx A0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0030 <- 4.35 -> DG xxx A0008 : score x.xxxxx >1bc7_C:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=SERUM RESPONSE FACTOR ACCESSORY PROTEIN 1A (SAP-1)/DNA COMPLEX organism=Homo sapiens : H : ARG NE C0061 <- 2.69 -> DG O6 A0006 : score 3.96877 : H : ARG NH2 C0061 <- 3.00 -> DG N7 A0006 : score 6.18092 : H : TYR OH C0065 <- 3.01 -> DA N6 A0007 : score 4.12308 : H : TYR OH C0065 <- 3.00 -> DA N6 B0015 : score 4.13169 : w : TYR OH C0065 <- 5.46 -> DT O4 A0008 : score 2.878 : x : LYS xxxx C0058 <- 3.93 -> DT xxx B0016 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0064 <- 3.13 -> DG xxx A0005 : score x.xxxxx >1bdh_A:Periplasmic_binding_protein-like_I;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=PURINE REPRESSOR MUTANT-HYPOXANTHINE-PALINDROMIC OPERATOR COMPLEX organism=Escherichia coli : H : THR OG1 A0016 <- 2.83 -> DC N4 B0703 : score 3.81161 : H : ARG NH1 A0026 <- 2.78 -> DG O6 B0702 : score 6.1746 : H : ARG NH2 A0026 <- 2.89 -> DG N7 B0702 : score 6.32257 : x : SER xxxx A0014 <- 4.06 -> DG xxx B0702 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0054 <- 3.59 -> DC xxx B0707 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0055 <- 3.87 -> DC xxx B0707 : score x.xxxxx >1bdi_A:Periplasmic_binding_protein-like_I;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=PURINE REPRESSOR MUTANT-HYPOXANTHINE-PALINDROMIC OPERATOR COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI : H : THR OG1 A0016 <- 3.25 -> DC N4 B0703 : score 3.4895 : H : ARG NH1 A0026 <- 2.83 -> DG O6 B0702 : score 6.1131 : H : ARG NH2 A0026 <- 2.93 -> DG N7 B0702 : score 6.27106 : H : ARG NH2 A0026 <- 3.21 -> DG O6 B0702 : score 6.08705 : x : SER xxxx A0014 <- 4.10 -> DG xxx B0702 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0054 <- 3.47 -> DC xxx B0707 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0055 <- 3.39 -> DA xxx B0706 : score x.xxxxx >1bdt_ABCD: title=WILD TYPE GENE-REGULATING PROTEIN ARC/DNA COMPLEX organism=Enterobacteria phage P22 : H : GLN OE1 A0009 <- 2.81 -> DA N6 F0018 : score 5.89076 : H : ASN OD1 A0011 <- 2.79 -> DC N4 F0016 : score 4.23795 : H : ARG NH2 A0013 <- 2.74 -> DG O6 E0008 : score 6.71034 : H : GLN OE1 B0009 <- 2.86 -> DA N6 E0007 : score 5.83173 : H : GLN NE2 B0009 <- 3.07 -> DA N7 E0007 : score 5.73179 : H : ARG NH1 B0013 <- 3.15 -> DA N7 E0004 : score 2.45854 : w : ARG NH2 B0013 <- 5.67 -> DG O6 E0005 : score 2.55 : H : ASN OD1 C0011 <- 2.70 -> DC N4 E0016 : score 4.31408 : H : ARG NH2 C0013 <- 2.68 -> DG O6 F0008 : score 6.78991 : H : GLN OE1 D0009 <- 3.05 -> DA N6 F0007 : score 5.60744 : H : GLN NE2 D0009 <- 2.92 -> DA N7 F0007 : score 5.91356 : H : ASN ND2 D0011 <- 2.65 -> DT O4 F0006 : score 5.41278 : V : MET CE A0004 <- 3.86 -> DT C7 E0003 : score 6.76165 : V : MET CG C0004 <- 3.66 -> DT C7 F0003 : score 6.13251 : V : MET CE B0004 <- 3.83 -> DT C7 F0015 : score 6.81313 : x : SER xxxx B0005 <- 4.36 -> DA xxx F0013 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0011 <- 3.19 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0005 <- 3.58 -> DA xxx F0002 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx C0009 <- 3.12 -> DA xxx E0018 : score x.xxxxx : x : MET xxxx D0004 <- 3.90 -> DT xxx E0014 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0005 <- 3.29 -> DT xxx E0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0013 <- 3.46 -> DG xxx F0004 : score x.xxxxx >1bdv_ABCD: title=ARC FV10 COCRYSTAL organism=Enterobacteria phage P22 : H : GLN OE1 A0009 <- 2.94 -> DA N6 F0018 : score 5.73729 : H : ASN OD1 A0011 <- 2.89 -> DC N4 F0016 : score 4.15336 : H : ARG NH2 A0013 <- 2.87 -> DG O6 E0008 : score 6.53794 : H : GLN OE1 B0009 <- 2.74 -> DA N6 E0007 : score 5.97339 : H : GLN NE2 B0009 <- 3.04 -> DA N7 E0007 : score 5.76814 : H : ASN OD1 C0011 <- 2.76 -> DC N4 E0016 : score 4.26332 : H : ARG NH2 C0013 <- 2.85 -> DG O6 F0008 : score 6.56446 : H : GLN OE1 D0009 <- 3.03 -> DA N6 F0007 : score 5.63105 : H : GLN NE2 D0009 <- 3.05 -> DA N7 F0007 : score 5.75603 : H : ASN ND2 D0011 <- 2.66 -> DT O4 F0006 : score 5.40227 : x : MET xxxx B0004 <- 3.57 -> DC xxx F0014 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0005 <- 4.35 -> DA xxx F0013 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0011 <- 3.10 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0013 <- 2.81 -> DT xxx E0003 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx C0009 <- 3.44 -> DA xxx E0018 : score x.xxxxx : x : MET xxxx D0004 <- 4.08 -> DT xxx E0014 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0005 <- 3.56 -> DT xxx E0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0013 <- 3.80 -> DG xxx F0004 : score x.xxxxx >1bdv_D:Ribbon-helix-helix; title=ARC FV10 COCRYSTAL organism=Enterobacteria phage P22 : H : GLN OE1 D0009 <- 3.03 -> DA N6 F0007 : score 5.63105 : H : GLN NE2 D0009 <- 3.05 -> DA N7 F0007 : score 5.75603 : H : ASN ND2 D0011 <- 2.66 -> DT O4 F0006 : score 5.40227 : x : MET xxxx D0004 <- 4.08 -> DT xxx E0014 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0005 <- 3.56 -> DT xxx E0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0013 <- 3.80 -> DG xxx F0004 : score x.xxxxx >1bf4_A:Chromo_domain-like; title=CHROMOSOMAL DNA-BINDING PROTEIN SSO7D/D(GCGAACGC) COMPLEX organism=Sulfolobus acidocaldarius : w : TYR OH A0008 <- 5.48 -> DA N3 C0113 : score 1.413 : w : LYS NZ A0009 <- 6.12 -> DA N3 C0112 : score 1.7 : H : TRP NE1 A0024 <- 2.93 -> DG N3 B0103 : score -8.89836 : H : SER OG A0031 <- 2.85 -> DG N2 B0103 : score 3.52338 : w : SER OG A0031 <- 6.38 -> DC O2 C0114 : score 1.788 : H : ARG NH1 A0043 <- 2.91 -> DC O2 B0106 : score 3.61108 : w : ARG NH2 A0043 <- 5.42 -> DC O2 B0106 : score 1.782 : x : VAL xxxx A0026 <- 3.30 -> DC xxx B0102 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0029 <- 3.56 -> DC xxx C0114 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0045 <- 4.46 -> DC xxx C0114 : score x.xxxxx >1bgb_A:Restriction_endonuclease-like; title=ECORV ENDONUCLEASE COMPLEX WITH 5'-CGGGATATCCC DNA organism=Escherichia coli : w : GLN NE2 A0069 <- 5.88 -> DT O2 D0906 : score 0.847 : H : ASN OD1 A0185 <- 3.09 -> DA N6 C0805 : score 5.57833 : H : THR OG1 A0186 <- 2.57 -> DT O4 D0908 : score 4.10756 : V : THR CB A0106 <- 3.78 -> DT C7 D0908 : score 3.89528 : x : SER xxxx A0183 <- 3.36 -> DG xxx C0804 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 3.51 -> DT xxx D0908 : score x.xxxxx >1bgb_AB: title=ECORV ENDONUCLEASE COMPLEX WITH 5'-CGGGATATCCC DNA organism=Escherichia coli : w : GLN NE2 A0069 <- 5.88 -> DT O2 D0906 : score 0.847 : H : ASN OD1 A0185 <- 3.09 -> DA N6 C0805 : score 5.57833 : H : THR OG1 A0186 <- 2.57 -> DT O4 D0908 : score 4.10756 : w : LYS NZ B0104 <- 5.73 -> DC N4 C0810 : score 0.705 : H : ASN OD1 B0185 <- 3.02 -> DA N6 D0905 : score 5.66124 : H : ASN ND2 B0185 <- 3.15 -> DA N7 D0905 : score 5.30577 : H : THR OG1 B0186 <- 2.77 -> DT O4 C0808 : score 3.95048 : V : THR CG2 B0106 <- 3.82 -> DT C7 C0808 : score 4.30656 : V : THR CB A0106 <- 3.78 -> DT C7 D0908 : score 3.89528 : x : SER xxxx A0183 <- 3.36 -> DG xxx C0804 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 3.51 -> DT xxx D0908 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0070 <- 3.17 -> DC xxx D0909 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.42 -> DC xxx C0809 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0188 <- 3.76 -> DT xxx C0808 : score x.xxxxx >1bhm_A:Restriction_endonuclease-like; title=RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI COMPLEX WITH DNA organism=Bacillus amyloliquefaciens : H : ASN ND2 A0116 <- 2.84 -> DG O6 C0005 : score 5.58572 : H : ASN ND2 A0116 <- 2.93 -> DT O4 D0007 : score 5.11849 : H : ASP OD2 A0154 <- 2.92 -> DC N4 D0009 : score 6.01742 : w : ASP OD1 A0154 <- 5.60 -> DT O4 C0003 : score 2.136 : H : ARG NE A0155 <- 2.59 -> DG O6 C0004 : score 4.04643 : H : ARG NH2 A0155 <- 2.95 -> DG N7 C0004 : score 6.24531 : H : ASP OD2 A0196 <- 3.08 -> DG N2 D0005 : score 5.31424 : x : ARG xxxx A0122 <- 4.09 -> DG xxx D0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0153 <- 3.85 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0156 <- 4.33 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0198 <- 4.46 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx >1bhm_AB: title=RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI COMPLEX WITH DNA organism=Bacillus amyloliquefaciens : H : ASN ND2 A0116 <- 2.84 -> DG O6 C0005 : score 5.58572 : H : ASN ND2 A0116 <- 2.93 -> DT O4 D0007 : score 5.11849 : H : ASP OD2 A0154 <- 2.92 -> DC N4 D0009 : score 6.01742 : w : ASP OD1 A0154 <- 5.60 -> DT O4 C0003 : score 2.136 : H : ARG NE A0155 <- 2.59 -> DG O6 C0004 : score 4.04643 : H : ARG NH2 A0155 <- 2.95 -> DG N7 C0004 : score 6.24531 : H : ASP OD2 A0196 <- 3.08 -> DG N2 D0005 : score 5.31424 : w : LYS NZ B0052 <- 5.62 -> DT O4 D0003 : score 1.845 : H : ASN ND2 B0116 <- 2.81 -> DT O4 C0007 : score 5.24462 : H : ASN ND2 B0116 <- 2.96 -> DG O6 D0005 : score 5.45058 : H : ASP OD2 B0154 <- 2.90 -> DC N4 C0009 : score 6.04208 : w : ASP OD1 B0154 <- 5.34 -> DT O4 D0003 : score 2.136 : w : ASP OD2 B0154 <- 6.95 -> DT O4 D0003 : score 2.829 : H : ARG NE B0155 <- 3.38 -> DG N7 D0004 : score 3.91113 : H : ARG NE B0155 <- 3.13 -> DG O6 D0004 : score 3.62703 : H : ARG NH2 B0155 <- 3.22 -> DG N7 D0004 : score 5.89763 : x : ARG xxxx A0122 <- 4.09 -> DG xxx D0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0153 <- 3.85 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0156 <- 4.33 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0198 <- 4.46 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0122 <- 4.03 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0153 <- 3.52 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0156 <- 4.20 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx >1bl0_A:Homeodomain-like; title=MULTIPLE ANTIBIOTIC RESISTANCE PROTEIN (MARA)/DNA COMPLEX organism=Escherichia coli : H : ARG NH2 A0046 <- 2.66 -> DG O6 B0420 : score 6.81643 : H : ARG NH2 A0046 <- 2.90 -> DG O6 C0430 : score 6.49815 : H : ARG NH1 A0096 <- 2.91 -> DG O6 B0410 : score 6.0147 : H : ARG NH1 A0096 <- 3.09 -> DG O6 C0440 : score 5.7933 : H : ARG NH2 A0096 <- 2.80 -> DG N7 C0440 : score 6.43846 : V : THR CG2 A0095 <- 3.76 -> DT C7 B0408 : score 4.37149 : x : SER xxxx A0040 <- 4.09 -> DG xxx C0430 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx A0042 <- 3.14 -> DC xxx C0432 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0043 <- 4.47 -> DT xxx C0429 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0045 <- 3.19 -> DG xxx B0417 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0091 <- 3.88 -> DT xxx B0406 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0092 <- 3.29 -> DT xxx B0407 : score x.xxxxx >1bnk_A:FMT_C-terminal_domain-like; title=HUMAN 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE COMPLEXED TO DNA organism=Homo sapiens : w : TYR OH A0165 <- 5.99 -> DT O2 D0009 : score 2.878 : x : TYR xxxx A0162 <- 3.11 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0164 <- 3.74 -> DT xxx E0019 : score x.xxxxx >1bnz_A:Chromo_domain-like; title=SSO7D HYPERTHERMOPHILE PROTEIN/DNA COMPLEX organism=SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS : w : TYR OH A0008 <- 5.42 -> DA N3 C0077 : score 1.413 : H : TRP NE1 A0024 <- 3.10 -> DA N3 B0069 : score -8.58774 : H : SER OG A0031 <- 3.35 -> DT O2 C0078 : score 3.28273 : H : ARG NH1 A0043 <- 2.58 -> DT O2 B0071 : score 4.57218 : x : VAL xxxx A0026 <- 3.61 -> DA xxx B0068 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0029 <- 3.41 -> DT xxx C0078 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0045 <- 4.20 -> DT xxx C0078 : score x.xxxxx >1bp7_AB:Homing_endonucleases; title=GROUP I MOBILE INTRON ENDONUCLEASE I-CREI COMPLEXED WITH HOMING SITE DNA organism=Chlamydomonas reinhardtii : H : LYS NZ A0028 <- 2.52 -> DG O6 10019 : score 6.11126 : H : SER OG A0032 <- 3.09 -> DG N7 20002 : score 4.2547 : H : SER OG A0032 <- 3.34 -> DG O6 20002 : score 3.50282 : H : TYR OH A0033 <- 2.74 -> DA N7 20003 : score 4.15569 : H : TYR OH A0033 <- 2.86 -> DA N6 20003 : score 4.2522 : H : GLN OE1 A0038 <- 3.43 -> DA N6 20004 : score 5.15884 : H : GLN NE2 A0038 <- 2.91 -> DA N7 20004 : score 5.92568 : H : GLN NE2 A0044 <- 3.31 -> DA N7 10016 : score 5.44096 : H : ARG NH1 A0068 <- 3.12 -> DG N7 20008 : score 5.7264 : H : ARG NH2 A0068 <- 2.71 -> DG O6 20008 : score 6.75012 : H : ARG NH1 A0070 <- 2.99 -> DG O6 10015 : score 5.9163 : H : ARG NH2 A0070 <- 3.34 -> DG N7 10015 : score 5.74311 : H : LYS NZ B0028 <- 2.69 -> DT O4 20019 : score 3.61762 : H : ASN ND2 B0030 <- 3.05 -> DT O4 20021 : score 4.99237 : H : TYR OH B0033 <- 2.60 -> DA N7 10003 : score 4.27067 : H : TYR OH B0033 <- 2.80 -> DA N6 10003 : score 4.30385 : H : GLN OE1 B0038 <- 3.33 -> DA N6 10004 : score 5.27689 : H : GLN NE2 B0038 <- 2.73 -> DA N7 10004 : score 6.1438 : H : GLN NE2 B0044 <- 3.22 -> DA N7 20016 : score 5.55002 : H : ARG NH1 B0068 <- 3.21 -> DG N7 10008 : score 5.61628 : H : ARG NH2 B0068 <- 2.64 -> DG O6 10008 : score 6.84295 : H : ARG NH1 B0070 <- 2.69 -> DG O6 20015 : score 6.2853 : H : ARG NH2 B0070 <- 3.15 -> DG N7 20015 : score 5.98777 : x : SER xxxx A0022 <- 4.34 -> DA xxx 10016 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0024 <- 4.25 -> DC xxx 10017 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0026 <- 3.02 -> DA xxx 10018 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0030 <- 3.48 -> DT xxx 10021 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0046 <- 3.76 -> DG xxx 10015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0066 <- 4.32 -> DC xxx 20006 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0073 <- 3.90 -> DG xxx 10013 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0139 <- 4.43 -> DT xxx 20011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0140 <- 4.11 -> DA xxx 10016 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0022 <- 4.21 -> DA xxx 20016 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0024 <- 3.63 -> DA xxx 20016 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0026 <- 2.86 -> DG xxx 20018 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0032 <- 3.04 -> DC xxx 10002 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0046 <- 4.07 -> DG xxx 20015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0066 <- 4.37 -> DA xxx 10006 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0073 <- 3.91 -> DC xxx 20014 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0075 <- 4.41 -> DA xxx 20016 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0140 <- 3.79 -> DC xxx 10010 : score x.xxxxx >1bp7_CD:Homing_endonucleases; title=GROUP I MOBILE INTRON ENDONUCLEASE I-CREI COMPLEXED WITH HOMING SITE DNA organism=Chlamydomonas reinhardtii : H : LYS NZ C0028 <- 2.51 -> DT O4 40019 : score 3.74505 : H : ASN ND2 C0030 <- 3.04 -> DT O4 40021 : score 5.00288 : H : SER OG C0032 <- 2.97 -> DC N4 30002 : score 3.72901 : H : TYR OH C0033 <- 2.55 -> DA N7 30003 : score 4.31173 : H : TYR OH C0033 <- 2.72 -> DA N6 30003 : score 4.37271 : H : GLN OE1 C0038 <- 3.35 -> DA N6 30004 : score 5.25328 : H : GLN NE2 C0038 <- 2.83 -> DA N7 30004 : score 6.02262 : H : GLN NE2 C0044 <- 3.23 -> DA N7 40016 : score 5.5379 : H : ARG NH1 C0068 <- 3.34 -> DG N7 30008 : score 5.45721 : H : ARG NH2 C0068 <- 2.76 -> DG O6 30008 : score 6.68382 : H : ARG NH1 C0070 <- 2.84 -> DG O6 40015 : score 6.1008 : H : ARG NH2 C0070 <- 3.32 -> DG N7 40015 : score 5.76886 : H : LYS NZ D0028 <- 2.59 -> DG O6 30019 : score 6.03024 : H : SER OG D0032 <- 3.07 -> DG N7 40002 : score 4.27277 : H : TYR OH D0033 <- 2.80 -> DA N7 40003 : score 4.10641 : H : TYR OH D0033 <- 2.96 -> DA N6 40003 : score 4.16612 : H : GLN OE1 D0038 <- 3.34 -> DA N6 40004 : score 5.26509 : H : GLN NE2 D0038 <- 2.98 -> DA N7 40004 : score 5.84085 : H : GLN NE2 D0044 <- 3.07 -> DA N7 30016 : score 5.73179 : H : ARG NH1 D0068 <- 3.33 -> DG N7 40008 : score 5.46945 : H : ARG NH2 D0068 <- 2.74 -> DG O6 40008 : score 6.71034 : H : ARG NH1 D0070 <- 2.90 -> DG O6 30015 : score 6.027 : H : ARG NH2 D0070 <- 3.20 -> DG N7 30015 : score 5.92338 : x : SER xxxx C0022 <- 4.09 -> DA xxx 40016 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx C0024 <- 3.63 -> DA xxx 40016 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx C0026 <- 2.94 -> DG xxx 40018 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0046 <- 4.02 -> DG xxx 40015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx C0066 <- 4.23 -> DA xxx 30006 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx C0073 <- 3.70 -> DC xxx 40014 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx C0075 <- 4.46 -> DA xxx 40016 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx C0139 <- 4.35 -> DG xxx 40015 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0140 <- 3.81 -> DC xxx 30010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0022 <- 4.25 -> DA xxx 30016 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx D0024 <- 4.07 -> DA xxx 30016 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx D0026 <- 3.06 -> DA xxx 30018 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx D0030 <- 3.33 -> DT xxx 30021 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0046 <- 3.73 -> DG xxx 30015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0066 <- 4.31 -> DC xxx 40006 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx D0073 <- 4.03 -> DG xxx 30013 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0139 <- 4.22 -> DT xxx 40011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0140 <- 4.14 -> DC xxx 40010 : score x.xxxxx >1bp7_D:Homing_endonucleases; title=GROUP I MOBILE INTRON ENDONUCLEASE I-CREI COMPLEXED WITH HOMING SITE DNA organism=Chlamydomonas reinhardtii : H : LYS NZ D0028 <- 2.59 -> DG O6 30019 : score 6.03024 : H : SER OG D0032 <- 3.07 -> DG N7 40002 : score 4.27277 : H : TYR OH D0033 <- 2.80 -> DA N7 40003 : score 4.10641 : H : TYR OH D0033 <- 2.96 -> DA N6 40003 : score 4.16612 : H : GLN OE1 D0038 <- 3.34 -> DA N6 40004 : score 5.26509 : H : GLN NE2 D0038 <- 2.98 -> DA N7 40004 : score 5.84085 : H : GLN NE2 D0044 <- 3.07 -> DA N7 30016 : score 5.73179 : H : ARG NH1 D0068 <- 3.33 -> DG N7 40008 : score 5.46945 : H : ARG NH2 D0068 <- 2.74 -> DG O6 40008 : score 6.71034 : H : ARG NH1 D0070 <- 2.90 -> DG O6 30015 : score 6.027 : H : ARG NH2 D0070 <- 3.20 -> DG N7 30015 : score 5.92338 : x : SER xxxx D0022 <- 4.25 -> DA xxx 30016 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx D0024 <- 4.07 -> DA xxx 30016 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx D0026 <- 3.06 -> DA xxx 30018 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx D0030 <- 3.33 -> DT xxx 30021 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0046 <- 3.73 -> DG xxx 30015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0066 <- 4.31 -> DC xxx 40006 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx D0073 <- 4.03 -> DG xxx 30013 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0139 <- 4.22 -> DT xxx 40011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0140 <- 4.14 -> DC xxx 40010 : score x.xxxxx >1bss_AB: title=ECORV-T93A/DNA/CA2+ organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 A0070 <- 2.91 -> DC O2 D0809 : score 4.54394 : H : ASN OD1 A0185 <- 2.66 -> DA N6 D0805 : score 6.0876 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.66 -> DA N7 D0805 : score 5.86487 : H : THR OG1 A0186 <- 2.92 -> DT O4 C0908 : score 3.83268 : H : ASN ND2 B0070 <- 2.86 -> DC O2 C0909 : score 4.5904 : w : LYS NZ B0104 <- 6.39 -> DT O4 D0810 : score 1.845 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.91 -> DA N6 C0905 : score 5.79152 : H : ASN ND2 B0185 <- 2.94 -> DA N7 C0905 : score 5.54538 : H : THR OG1 B0186 <- 2.73 -> DT O4 D0808 : score 3.9819 : V : ASN CG B0188 <- 3.59 -> DT C7 D0808 : score 3.01177 : x : THR xxxx A0106 <- 3.51 -> DT xxx C0908 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.16 -> DT xxx C0908 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 2.99 -> DT xxx C0908 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 3.59 -> DT xxx D0808 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.17 -> DG xxx C0904 : score x.xxxxx >1bss_B:Restriction_endonuclease-like; title=ECORV-T93A/DNA/CA2+ organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 B0070 <- 2.86 -> DC O2 C0909 : score 4.5904 : w : LYS NZ B0104 <- 6.39 -> DT O4 D0810 : score 1.845 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.91 -> DA N6 C0905 : score 5.79152 : H : ASN ND2 B0185 <- 2.94 -> DA N7 C0905 : score 5.54538 : H : THR OG1 B0186 <- 2.73 -> DT O4 D0808 : score 3.9819 : V : ASN CG B0188 <- 3.59 -> DT C7 D0808 : score 3.01177 : x : THR xxxx B0106 <- 3.59 -> DT xxx D0808 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.17 -> DG xxx C0904 : score x.xxxxx >1bsu_AB: title=STRUCTURAL AND ENERGETIC ORIGINS OF INDIRECT READOUT IN SITE-SPECIFIC DNA CLEAVAGE BY A RESTRICTION ENDONUCLEASE organism=Escherichia coli : H : ASN OD1 A0185 <- 2.89 -> DA N6 D0805 : score 5.8152 : H : ASN ND2 A0185 <- 3.01 -> DA N7 D0805 : score 5.46551 : H : THR OG1 A0186 <- 2.63 -> DT O4 C0908 : score 4.06044 : H : ASN ND2 B0070 <- 2.88 -> DC O2 C0909 : score 4.57182 : w : LYS NZ B0104 <- 6.01 -> DT O4 D0810 : score 1.845 : H : ASN OD1 B0185 <- 3.05 -> DA N6 C0905 : score 5.62571 : H : ASN ND2 B0185 <- 3.24 -> DA N7 C0905 : score 5.20308 : H : THR OG1 B0186 <- 2.66 -> DT O4 D0808 : score 4.03688 : V : SER CB B0183 <- 3.84 -> DT C7 D0808 : score 3.19948 : V : ASN CG A0188 <- 3.53 -> DT C7 C0908 : score 3.05469 : x : ASN xxxx A0070 <- 3.97 -> DC xxx D0809 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0104 <- 4.42 -> DT xxx C0910 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0106 <- 3.59 -> DT xxx C0908 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.33 -> DG xxx D0804 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 3.63 -> DT xxx D0808 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0188 <- 3.53 -> DT xxx D0808 : score x.xxxxx >1bsu_B:Restriction_endonuclease-like; title=STRUCTURAL AND ENERGETIC ORIGINS OF INDIRECT READOUT IN SITE-SPECIFIC DNA CLEAVAGE BY A RESTRICTION ENDONUCLEASE organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 B0070 <- 2.88 -> DC O2 C0909 : score 4.57182 : w : LYS NZ B0104 <- 6.01 -> DT O4 D0810 : score 1.845 : w : ASN ND2 B0120 <- 6.46 -> DG N2 D0804 : score 1.135 : H : ASN OD1 B0185 <- 3.05 -> DA N6 C0905 : score 5.62571 : H : ASN ND2 B0185 <- 3.24 -> DA N7 C0905 : score 5.20308 : H : THR OG1 B0186 <- 2.66 -> DT O4 D0808 : score 4.03688 : V : SER CB B0183 <- 3.84 -> DT C7 D0808 : score 3.19948 : x : THR xxxx B0106 <- 3.63 -> DT xxx D0808 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0188 <- 3.53 -> DT xxx D0808 : score x.xxxxx >1bua_A:Restriction_endonuclease-like; title=STRUCTURAL AND ENERGETIC ORIGINS OF INDIRECT READOUT IN SITE-SPECIFIC DNA CLEAVAGE BY A RESTRICTION ENDONUCLEASE organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 A0070 <- 2.96 -> DC O2 D0809 : score 4.49748 : w : ASN OD1 A0070 <- 5.63 -> DT O2 D0808 : score 2.097 : H : ASN OD1 A0185 <- 2.82 -> DA N6 D0805 : score 5.89811 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.91 -> DA N7 D0805 : score 5.57962 : H : THR OG1 A0186 <- 2.54 -> DT O4 C0908 : score 4.13112 : V : ASN CG A0188 <- 3.58 -> DT C7 C0908 : score 3.01892 : x : THR xxxx A0106 <- 3.66 -> DT xxx C0908 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.37 -> DG xxx D0804 : score x.xxxxx >1bua_AB: title=STRUCTURAL AND ENERGETIC ORIGINS OF INDIRECT READOUT IN SITE-SPECIFIC DNA CLEAVAGE BY A RESTRICTION ENDONUCLEASE organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 A0070 <- 2.96 -> DC O2 D0809 : score 4.49748 : H : ASN OD1 A0185 <- 2.82 -> DA N6 D0805 : score 5.89811 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.91 -> DA N7 D0805 : score 5.57962 : H : THR OG1 A0186 <- 2.54 -> DT O4 C0908 : score 4.13112 : w : ASN OD1 B0070 <- 6.16 -> DC O2 D0806 : score 2.12 : w : ASN ND2 B0070 <- 6.24 -> DC O2 D0806 : score 1.833 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.85 -> DA N6 C0905 : score 5.86258 : H : ASN ND2 B0185 <- 2.92 -> DA N7 C0905 : score 5.5682 : H : THR OG1 B0186 <- 2.54 -> DT O4 D0808 : score 4.13112 : V : ASN CG A0188 <- 3.58 -> DT C7 C0908 : score 3.01892 : V : ASN CG B0188 <- 3.64 -> DT C7 D0808 : score 2.976 : x : THR xxxx A0106 <- 3.66 -> DT xxx C0908 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.37 -> DG xxx D0804 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0104 <- 4.08 -> DT xxx D0810 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 3.66 -> DT xxx D0808 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.23 -> DG xxx C0904 : score x.xxxxx >1bvo_A:p53-like_transcription_factors; title=DORSAL HOMOLOGUE GAMBIF1 BOUND TO DNA organism=Anopheles gambiae : H : ARG NH1 A0062 <- 2.63 -> DG O6 E0025 : score 6.3591 : H : ARG NH2 A0062 <- 3.12 -> DG N7 E0025 : score 6.0264 : H : ARG NH1 A0064 <- 2.68 -> DG O6 E0024 : score 6.2976 : H : ARG NH2 A0064 <- 2.52 -> DG N7 E0024 : score 6.79902 : H : ARG NH1 A0070 <- 2.86 -> DG N7 E0023 : score 6.04453 : H : ARG NH2 A0070 <- 2.80 -> DG N7 E0023 : score 6.43846 : H : ARG NH2 A0070 <- 2.49 -> DG O6 E0023 : score 7.04188 : H : LYS NZ A0222 <- 3.30 -> DG N7 E0025 : score 4.85423 >1by4_A:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=STRUCTURE AND MECHANISM OF THE HOMODIMERIC ASSEMBLY OF THE RXR ON DNA organism=Homo sapiens : H : ARG NH2 A1161 <- 2.48 -> DG N7 F1540 : score 6.85052 : x : GLU xxxx A1153 <- 3.53 -> DC xxx F1542 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A1156 <- 3.58 -> DG xxx E1497 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A1160 <- 3.51 -> DG xxx E1498 : score x.xxxxx >1by4_BC: title=STRUCTURE AND MECHANISM OF THE HOMODIMERIC ASSEMBLY OF THE RXR ON DNA organism=Homo sapiens : H : GLU OE1 B1253 <- 2.33 -> DC N4 F1535 : score 6.30873 : H : LYS NZ B1256 <- 3.00 -> DG O6 E1504 : score 5.55569 : H : ARG NH1 B1261 <- 2.99 -> DG N7 F1533 : score 5.88547 : H : LYS NZ C2156 <- 3.30 -> DG N7 G2497 : score 4.85423 : w : LYS NZ C2160 <- 6.04 -> DT O4 G2499 : score 1.845 : w : LYS NZ C2160 <- 6.07 -> DG O6 G2498 : score 2.896 : H : ARG NH2 C2161 <- 2.52 -> DG N7 H2540 : score 6.79902 : w : ARG NE C2161 <- 5.82 -> DG O6 H2540 : score 1.084 : w : ARG NH2 C2161 <- 5.76 -> DG O6 H2540 : score 2.55 : x : LYS xxxx B1260 <- 3.86 -> DT xxx E1506 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx C2153 <- 2.97 -> DC xxx H2542 : score x.xxxxx >1c0w_ABCD: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE COBALT-ACTIVATED DIPHTHERIA TOXIN REPRESSOR- DNA COMPLEX REVEALS A METAL BINDING SH-LIKE DOMAIN organism=Corynebacterium diphtheriae : H : GLN OE1 B0043 <- 2.82 -> DC N4 E0416 : score 4.45518 : H : GLN OE1 C0043 <- 3.12 -> DC N4 E0411 : score 4.1868 : H : GLN OE1 D0043 <- 2.98 -> DC N4 F0516 : score 4.31205 : V : PRO CG C0039 <- 3.87 -> DT C7 E0413 : score 6.17111 : V : PRO CG A0039 <- 3.83 -> DT C7 F0513 : score 6.23392 : x : SER xxxx A0037 <- 3.16 -> DT xxx F0513 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0040 <- 3.41 -> DC xxx F0512 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0043 <- 3.43 -> DG xxx F0511 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0047 <- 3.61 -> DG xxx F0510 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0037 <- 2.87 -> DT xxx E0418 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0039 <- 3.18 -> DT xxx E0418 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0040 <- 3.15 -> DC xxx E0417 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0042 <- 4.06 -> DT xxx F0502 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0037 <- 2.95 -> DT xxx E0413 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0040 <- 3.45 -> DC xxx E0412 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0047 <- 3.72 -> DG xxx E0410 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0037 <- 3.15 -> DT xxx F0518 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx D0039 <- 3.41 -> DT xxx E0403 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0040 <- 3.20 -> DC xxx F0517 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0042 <- 4.35 -> DT xxx E0402 : score x.xxxxx >1c0w_D:Iron-dependent_repressor_protein,_dimerization_domain;"Winged_helix"_DNA-binding_domain;C-terminal_domain_of_transcriptional_repressors; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE COBALT-ACTIVATED DIPHTHERIA TOXIN REPRESSOR- DNA COMPLEX REVEALS A METAL BINDING SH-LIKE DOMAIN organism=Corynebacterium diphtheriae : H : GLN OE1 D0043 <- 2.98 -> DC N4 F0516 : score 4.31205 : x : SER xxxx D0037 <- 3.15 -> DT xxx F0518 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx D0039 <- 3.41 -> DT xxx E0403 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0040 <- 3.20 -> DC xxx F0517 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0042 <- 4.35 -> DT xxx E0402 : score x.xxxxx >1c7u_AB:SRF-like; title=COMPLEX OF THE DNA BINDING CORE DOMAIN OF THE TRANSCRIPTION FACTOR MEF2A WITH A 20MER OLIGONUCLEOTIDE organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NE A0002 <- 3.36 -> DT O2 C0207 : score 2.25188 : H : ARG NH2 A0014 <- 3.03 -> DG N7 C0204 : score 6.14229 : H : ARG NE B0102 <- 3.36 -> DT O2 D0227 : score 2.25188 : H : ARG NH2 B0114 <- 3.03 -> DG N7 D0224 : score 6.14229 : x : VAL xxxx A0018 <- 3.99 -> DG xxx D0235 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0022 <- 2.98 -> DA xxx D0234 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0118 <- 3.99 -> DG xxx C0215 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0122 <- 2.97 -> DA xxx C0214 : score x.xxxxx >1c8c_A:Chromo_domain-like; title=CRYSTAL STRUCTURES OF THE CHROMOSOMAL PROTEINS SSO7D/SAC7D BOUND TO DNA CONTAINING T-G MISMATCHED BASE PAIRS organism=SULFOLOBUS SOLFATARICUS : H : TRP NE1 A0024 <- 3.02 -> DG N3 B0103 : score -8.73392 : H : SER OG A0031 <- 2.88 -> DG N2 B0103 : score 3.50203 : H : ARG NH1 A0043 <- 2.99 -> DT O2 B0105 : score 4.21307 : H : ARG NH1 A0043 <- 2.88 -> DC O2 B0106 : score 3.63323 : w : ARG NH2 A0043 <- 5.80 -> DC O2 B0106 : score 1.782 : x : TYR xxxx A0008 <- 4.26 -> DT xxx C0113 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0026 <- 3.44 -> DT xxx B0102 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0029 <- 3.50 -> DG xxx B0103 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0045 <- 4.49 -> DC xxx C0114 : score x.xxxxx >1c9b_AEIM: title=CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN TBP CORE DOMAIN-HUMAN TFIIB CORE DOMAIN COMPLEX BOUND TO AN EXTENDED, MODIFIED ADENOVIRAL MAJOR LATE PROMOTER (ADMLP) organism=HOMO SAPIENS : w : ARG NH1 A0286 <- 5.38 -> DG N7 C0002 : score 1.777 : w : ASP OD1 E0282 <- 6.80 -> DC N4 H0117 : score 2.382 : x : VAL xxxx A0283 <- 4.26 -> DC xxx D0115 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx E0283 <- 4.35 -> DC xxx H0115 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0286 <- 3.66 -> DG xxx G0001 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx I0283 <- 4.34 -> DC xxx L0115 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx M0283 <- 4.22 -> DC xxx P0115 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx M0286 <- 3.39 -> DG xxx O0001 : score x.xxxxx >1c9b_QR: title=CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN TBP CORE DOMAIN-HUMAN TFIIB CORE DOMAIN COMPLEX BOUND TO AN EXTENDED, MODIFIED ADENOVIRAL MAJOR LATE PROMOTER (ADMLP) organism=HOMO SAPIENS : x : VAL xxxx Q0283 <- 4.30 -> DC xxx T0115 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx R0167 <- 3.62 -> DT xxx T0108 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx R0169 <- 3.49 -> DA xxx S0012 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx R0197 <- 3.04 -> DT xxx T0106 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx R0212 <- 3.71 -> DT xxx T0107 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx R0214 <- 3.22 -> DA xxx S0014 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx R0220 <- 3.55 -> DA xxx S0013 : score x.xxxxx : x : THR xxxx R0222 <- 3.74 -> DT xxx T0107 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx R0257 <- 3.27 -> DA xxx S0011 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx R0259 <- 3.44 -> DT xxx T0109 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx R0288 <- 3.06 -> DA xxx S0009 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx R0289 <- 3.49 -> DA xxx T0112 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx R0303 <- 3.69 -> DA xxx S0009 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx R0305 <- 3.11 -> DT xxx T0111 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx R0311 <- 3.30 -> DA xxx T0110 : score x.xxxxx : x : THR xxxx R0313 <- 3.33 -> DA xxx S0011 : score x.xxxxx >1ca5_A:Chromo_domain-like; title=INTERCALATION SITE OF HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SSO7D/SAC7D BOUND TO DNA organism=SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS : H : TYR OH A0008 <- 2.73 -> DT O2 C0113 : score 3.5048 : H : TRP NE1 A0024 <- 3.14 -> DG N3 B0103 : score -8.51466 : H : SER OG A0031 <- 2.79 -> DG N2 B0103 : score 3.56609 : H : ARG NH1 A0042 <- 2.36 -> DT O2 B0105 : score 4.76488 : H : ARG NH2 A0042 <- 2.96 -> DC O2 B0106 : score 3.47859 : x : VAL xxxx A0026 <- 3.15 -> DG xxx B0103 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0029 <- 3.43 -> DA xxx C0115 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0044 <- 4.45 -> DC xxx C0114 : score x.xxxxx >1ca6_A:Chromo_domain-like; title=INTERCALATION SITE OF HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SSO7D/SAC7D BOUND TO DNA organism=SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS : w : TYR OH A0008 <- 5.61 -> DT O2 C0113 : score 2.878 : H : TRP NE1 A0024 <- 3.06 -> DG N3 B0103 : score -8.66083 : H : SER OG A0031 <- 2.90 -> DG N2 B0103 : score 3.48779 : w : ARG NH1 A0042 <- 6.10 -> DC O2 B0106 : score 1.194 : x : VAL xxxx A0026 <- 3.35 -> DT xxx B0102 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0029 <- 3.27 -> DG xxx B0103 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0044 <- 4.33 -> DC xxx C0114 : score x.xxxxx >1cez_A:DNA/RNA_polymerases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A T7 RNA POLYMERASE-T7 PROMOTER COMPLEX organism=Enterobacteria phage T7 : H : ARG NH1 A0096 <- 3.29 -> DA N3 N0102 : score 3.28652 : H : ASP OD2 A0240 <- 2.97 -> DG N2 T0005 : score 5.43808 : H : ARG NH1 A0746 <- 2.90 -> DG O6 T0007 : score 6.027 : H : ARG NH2 A0746 <- 2.94 -> DG N7 T0007 : score 6.25818 : H : ASN ND2 A0748 <- 3.32 -> DG N7 N0107 : score 4.05727 : H : ARG NH1 A0756 <- 2.69 -> DG N7 T0009 : score 6.25254 : H : ARG NH2 A0756 <- 2.81 -> DG O6 T0009 : score 6.61751 : H : GLN OE1 A0758 <- 2.94 -> DA N6 T0008 : score 5.73729 : H : GLN NE2 A0758 <- 3.00 -> DA N7 T0008 : score 5.81662 : x : LYS xxxx A0098 <- 2.98 -> DA xxx N0105 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0231 <- 3.96 -> DT xxx T0006 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0237 <- 3.22 -> DG xxx T0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0760 <- 4.14 -> DT xxx T0006 : score x.xxxxx >1cf7_AB: title=STRUCTURAL BASIS OF DNA RECOGNITION BY THE HETERODIMERIC CELL CYCLE TRANSCRIPTION FACTOR E2F-DP organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH1 A0017 <- 3.27 -> DT O2 C0504 : score 3.96782 : H : ARG NH2 A0017 <- 2.95 -> DC O2 C0505 : score 3.48578 : w : ARG NH1 A0017 <- 6.21 -> DA N3 D0613 : score 2.497 : H : ARG NE A0056 <- 3.04 -> DG O6 D0607 : score 3.69693 : H : ARG NH2 A0056 <- 3.00 -> DG N7 D0607 : score 6.18092 : H : ARG NH1 A0057 <- 3.24 -> DG N7 C0508 : score 5.57957 : H : ARG NH2 A0057 <- 2.70 -> DG O6 C0508 : score 6.76338 : H : ARG NE B0121 <- 3.30 -> DG O6 C0506 : score 3.495 : H : ARG NH2 B0121 <- 2.98 -> DG N7 C0506 : score 6.20668 : H : ARG NH2 B0122 <- 3.09 -> DG N7 D0609 : score 6.06503 : H : ARG NH2 B0122 <- 2.90 -> DG O6 D0609 : score 6.49815 : x : TYR xxxx A0059 <- 3.74 -> DC xxx D0606 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0118 <- 4.21 -> DG xxx D0609 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0124 <- 3.69 -> DC xxx C0505 : score x.xxxxx >1cit_A:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=DNA-BINDING MECHANISM OF THE MONOMERIC ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR NGFI-B organism=Rattus norvegicus : H : GLU OE1 A0250 <- 2.87 -> DC N4 C0426 : score 5.68593 : H : LYS NZ A0253 <- 2.56 -> DG O6 B0409 : score 6.06496 : H : ARG NH1 A0311 <- 2.99 -> DT O2 C0428 : score 4.21307 : x : CYS xxxx A0241 <- 4.08 -> DA xxx B0407 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0257 <- 3.86 -> DG xxx B0410 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0258 <- 3.30 -> DG xxx C0424 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0313 <- 2.82 -> DT xxx C0431 : score x.xxxxx >1cjg_A:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=NMR STRUCTURE OF LAC REPRESSOR HP62-DNA COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI : H : TYR OH A0007 <- 3.00 -> DC N4 D0013 : score 4.34338 : x : LEU xxxx A0006 <- 3.71 -> DC xxx D0013 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0017 <- 3.75 -> DG xxx C0008 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0018 <- 3.59 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0029 <- 3.53 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0053 <- 4.02 -> DG xxx D0012 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0056 <- 3.30 -> DG xxx C0012 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0057 <- 2.97 -> DC xxx D0013 : score x.xxxxx >1cjg_AB: title=NMR STRUCTURE OF LAC REPRESSOR HP62-DNA COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI : H : TYR OH A0007 <- 3.00 -> DC N4 D0013 : score 4.34338 : H : TYR OH B0007 <- 3.01 -> DC N4 C0013 : score 4.33434 : x : LEU xxxx A0006 <- 3.71 -> DC xxx D0013 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0017 <- 3.75 -> DG xxx C0008 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0018 <- 3.59 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0029 <- 3.53 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0053 <- 4.02 -> DG xxx D0012 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0056 <- 3.30 -> DG xxx C0012 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0057 <- 2.97 -> DC xxx D0013 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0006 <- 3.75 -> DC xxx C0013 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0017 <- 3.70 -> DG xxx D0008 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0018 <- 3.68 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0029 <- 3.66 -> DT xxx D0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0053 <- 4.48 -> DG xxx C0012 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0056 <- 3.36 -> DG xxx D0012 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0057 <- 2.98 -> DC xxx C0013 : score x.xxxxx >1ckq_A:Restriction_endonuclease-like; title=PRE-TRANSITION STATE ECO RI ENDONUCLEASE/COGNATE DNA (TCGCGAATTCGCG) COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NE A0145 <- 3.16 -> DA N7 B0007 : score -0.398564 : x : GLN xxxx A0115 <- 3.35 -> DT xxx B0008 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0137 <- 4.06 -> DC xxx B0010 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0138 <- 3.74 -> DC xxx B0010 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0141 <- 3.27 -> DT xxx B0008 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0142 <- 3.22 -> DT xxx B0008 : score x.xxxxx >1clq_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A REPLICATION FORK DNA POLYMERASE EDITING COMPLEX AT 2.7 A RESOLUTION organism=Enterobacteria phage RB69 : H : SER OG A0220 <- 2.98 -> DG O6 E0002 : score 3.78555 : x : ASN xxxx A0217 <- 3.90 -> DG xxx D0003 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0255 <- 2.88 -> DC xxx D0005 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0260 <- 3.32 -> DG xxx E0002 : score x.xxxxx >1cma_A:Ribbon-helix-helix; title=MET REPRESSOR/DNA COMPLEX + S-ADENOSYL-METHIONINE organism=ESCHERICHIA COLI : H : LYS NZ A0023 <- 3.36 -> DA N7 D0011 : score 2.66628 : H : LYS NZ A0023 <- 2.77 -> DG N7 D0012 : score 5.42595 : H : THR OG1 A0025 <- 3.11 -> DA N7 C0005 : score 3.12667 >1cma_AB: title=MET REPRESSOR/DNA COMPLEX + S-ADENOSYL-METHIONINE organism=ESCHERICHIA COLI : H : LYS NZ A0023 <- 3.36 -> DA N7 D0011 : score 2.66628 : H : LYS NZ A0023 <- 2.77 -> DG N7 D0012 : score 5.42595 : H : THR OG1 A0025 <- 3.11 -> DA N7 C0005 : score 3.12667 : H : LYS NZ B0023 <- 2.85 -> DG O6 C0004 : score 5.72931 : w : LYS NZ B0023 <- 5.18 -> DT O4 D0016 : score 1.845 : H : THR OG1 B0025 <- 2.91 -> DA N7 D0013 : score 3.26 >1co0_AB: title=NMR STUDY OF TRP REPRESSOR-MTR OPERATOR DNA COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NE A0069 <- 3.32 -> DT O4 F0003 : score 1.76443 : H : LYS NZ A0072 <- 3.15 -> DT O4 E0017 : score 3.29196 : V : ALA CB A0077 <- 3.82 -> DT C7 E0014 : score 5.57404 : x : ILE xxxx A0079 <- 2.71 -> DG xxx E0016 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0080 <- 2.51 -> DG xxx E0015 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0081 <- 3.96 -> DT xxx E0014 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0082 <- 3.50 -> DT xxx F0003 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0083 <- 2.94 -> DA xxx F0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0084 <- 3.50 -> DC xxx E0013 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0079 <- 3.75 -> DA xxx F0015 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0080 <- 3.09 -> DA xxx F0015 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0083 <- 3.03 -> DC xxx E0005 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0084 <- 3.86 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx >1cqt_AI: title=CRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY COMPLEX CONTAINING AN OCA-B PEPTIDE, THE OCT-1 POU DOMAIN, AND AN OCTAMER ELEMENT organism=HOMO SAPIENS : H : GLN OE1 A0044 <- 3.35 -> DA N6 M0204 : score 5.25328 : H : GLN NE2 A0044 <- 2.84 -> DA N7 M0204 : score 6.0105 : H : THR OG1 A0045 <- 3.25 -> DT O4 M0205 : score 3.5735 : H : ARG NH1 A0049 <- 2.69 -> DG N7 N0225 : score 6.25254 : H : ARG NH2 A0049 <- 2.69 -> DG O6 N0225 : score 6.77665 : H : ARG NH2 A0105 <- 2.83 -> DA N3 M0208 : score 3.45096 : H : ASN OD1 A0151 <- 2.70 -> DA N6 M0210 : score 6.04023 : H : GLN OE1 A0154 <- 3.20 -> DA N6 N0221 : score 5.43036 : H : GLN NE2 A0154 <- 2.99 -> DA N7 N0221 : score 5.82873 : V : VAL CG1 A0147 <- 3.63 -> DT C7 M0211 : score 6.15449 : x : SER xxxx A0043 <- 4.21 -> DG xxx N0225 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0048 <- 3.85 -> DT xxx M0205 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0055 <- 4.06 -> DT xxx N0224 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0059 <- 4.14 -> DT xxx N0224 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0102 <- 3.50 -> DT xxx N0223 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0150 <- 3.82 -> DT xxx N0219 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx I0303 <- 3.76 -> DC xxx M0207 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx I0306 <- 3.55 -> DT xxx N0223 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx I0308 <- 3.91 -> DT xxx N0224 : score x.xxxxx >1cqt_BJ: title=CRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY COMPLEX CONTAINING AN OCA-B PEPTIDE, THE OCT-1 POU DOMAIN, AND AN OCTAMER ELEMENT organism=HOMO SAPIENS : H : GLN OE1 B0544 <- 3.12 -> DA N6 O0704 : score 5.5248 : H : GLN NE2 B0544 <- 2.76 -> DA N7 O0704 : score 6.10745 : H : THR OG1 B0545 <- 3.21 -> DC N4 P0726 : score 3.52018 : H : ARG NH2 B0549 <- 2.91 -> DG O6 P0725 : score 6.48489 : H : ASN ND2 B0651 <- 3.02 -> DA N7 O0710 : score 5.4541 : x : SER xxxx B0543 <- 4.22 -> DG xxx P0725 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0546 <- 4.36 -> DT xxx P0724 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0548 <- 4.35 -> DT xxx O0705 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0555 <- 4.08 -> DT xxx P0724 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0559 <- 4.34 -> DT xxx P0724 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0605 <- 3.16 -> DG xxx P0725 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0647 <- 3.65 -> DA xxx O0710 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0650 <- 4.25 -> DT xxx P0719 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0654 <- 3.03 -> DA xxx P0721 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx J0806 <- 3.49 -> DT xxx P0723 : score x.xxxxx >1cyq_A:His-Me_finger_endonucleases; title=INTRON ENCODED HOMING ENDONUCLEASE I-PPOI (H98A)/DNA HOMING SITE COMPLEX organism=Physarum polycephalum : H : ASN ND2 A0057 <- 3.11 -> DG O6 D0516 : score 5.28166 : H : ARG NE A0061 <- 3.12 -> DA N7 D0515 : score -0.402 : H : GLN OE1 A0063 <- 2.81 -> DA N6 D0517 : score 5.89076 : H : GLN NE2 A0063 <- 3.01 -> DA N7 D0517 : score 5.8045 : w : GLN OE1 A0063 <- 5.93 -> DC N4 C0405 : score 3.576 : H : LYS NZ A0065 <- 2.90 -> DG N7 C0403 : score 5.28572 : H : ARG NH1 A0074 <- 3.06 -> DG N7 D0518 : score 5.79982 : H : ARG NH2 A0074 <- 2.80 -> DG O6 D0518 : score 6.63077 : H : LYS NZ A0120 <- 2.83 -> DT O2 C0411 : score 3.69692 : w : LYS NZ A0120 <- 5.53 -> DA N3 C0412 : score 1.7 : V : VAL CG2 A0072 <- 3.84 -> DT C7 C0402 : score 6.18572 : x : ALA xxxx A0055 <- 3.80 -> DA xxx C0404 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0067 <- 3.50 -> DT xxx C0402 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0116 <- 3.63 -> DA xxx D0513 : score x.xxxxx >1cyq_AB:His-Me_finger_endonucleases; title=INTRON ENCODED HOMING ENDONUCLEASE I-PPOI (H98A)/DNA HOMING SITE COMPLEX organism=Physarum polycephalum : H : ASN ND2 A0057 <- 3.11 -> DG O6 D0516 : score 5.28166 : H : ARG NE A0061 <- 3.12 -> DA N7 D0515 : score -0.402 : H : GLN OE1 A0063 <- 2.81 -> DA N6 D0517 : score 5.89076 : H : GLN NE2 A0063 <- 3.01 -> DA N7 D0517 : score 5.8045 : w : GLN OE1 A0063 <- 5.93 -> DC N4 C0405 : score 3.576 : H : LYS NZ A0065 <- 2.90 -> DG N7 C0403 : score 5.28572 : H : ARG NH1 A0074 <- 3.06 -> DG N7 D0518 : score 5.79982 : H : ARG NH2 A0074 <- 2.80 -> DG O6 D0518 : score 6.63077 : H : LYS NZ A0120 <- 2.83 -> DT O2 C0411 : score 3.69692 : w : LYS NZ A0120 <- 5.53 -> DA N3 C0412 : score 1.7 : H : ASN ND2 B0257 <- 3.02 -> DG O6 C0416 : score 5.38302 : H : ARG NE B0261 <- 3.16 -> DA N7 C0415 : score -0.398564 : H : GLN OE1 B0263 <- 2.96 -> DA N6 C0417 : score 5.71368 : H : GLN NE2 B0263 <- 3.03 -> DA N7 C0417 : score 5.78026 : w : GLN OE1 B0263 <- 5.87 -> DC N4 D0505 : score 3.576 : H : LYS NZ B0265 <- 2.98 -> DG N7 D0503 : score 5.19942 : w : LYS NZ B0265 <- 6.07 -> DA N6 D0504 : score 2.036 : H : ARG NH1 B0274 <- 3.02 -> DG N7 C0418 : score 5.84876 : H : ARG NH2 B0274 <- 2.71 -> DG O6 C0418 : score 6.75012 : H : LYS NZ B0320 <- 2.94 -> DT O2 D0511 : score 3.61509 : w : LYS NZ B0320 <- 5.77 -> DA N3 D0512 : score 1.7 : V : VAL CG2 A0072 <- 3.84 -> DT C7 C0402 : score 6.18572 : x : ALA xxxx A0055 <- 3.80 -> DA xxx C0404 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0067 <- 3.50 -> DT xxx C0402 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0116 <- 3.63 -> DA xxx D0513 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0255 <- 3.84 -> DA xxx D0504 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0267 <- 3.89 -> DT xxx D0502 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0316 <- 3.78 -> DA xxx C0413 : score x.xxxxx >1cz0_AB:His-Me_finger_endonucleases; title=INTRON ENCODED HOMING ENDONUCLEASE I-PPOI/DNA COMPLEX LACKING CATALYTIC METAL ION organism=Physarum polycephalum : H : ASN ND2 A0057 <- 3.07 -> DG O6 D0516 : score 5.32671 : H : ARG NE A0061 <- 3.06 -> DA N7 D0515 : score -0.407154 : H : GLN OE1 A0063 <- 2.93 -> DA N6 D0517 : score 5.7491 : H : GLN NE2 A0063 <- 3.04 -> DA N7 D0517 : score 5.76814 : w : GLN OE1 A0063 <- 5.94 -> DC N4 C0405 : score 3.576 : H : LYS NZ A0065 <- 3.00 -> DG N7 C0403 : score 5.17785 : H : LYS NZ A0065 <- 3.22 -> DG O6 C0403 : score 5.30106 : w : LYS NZ A0065 <- 6.24 -> DA N6 C0404 : score 2.036 : H : ARG NH1 A0074 <- 3.05 -> DG N7 D0518 : score 5.81205 : H : ARG NH2 A0074 <- 2.86 -> DG O6 D0518 : score 6.5512 : H : LYS NZ A0120 <- 2.82 -> DT O2 C0411 : score 3.70435 : w : LYS NZ A0120 <- 5.73 -> DA N3 C0412 : score 1.7 : H : ASN ND2 B0257 <- 3.03 -> DG O6 C0416 : score 5.37175 : H : GLN OE1 B0263 <- 2.86 -> DA N6 C0417 : score 5.83173 : H : GLN NE2 B0263 <- 2.99 -> DA N7 C0417 : score 5.82873 : w : GLN OE1 B0263 <- 5.92 -> DC N4 D0505 : score 3.576 : H : LYS NZ B0265 <- 3.18 -> DG N7 D0503 : score 4.98368 : w : LYS NZ B0265 <- 6.34 -> DA N6 D0504 : score 2.036 : w : LYS NZ B0265 <- 5.12 -> DA N6 D0504 : score 2.036 : H : ARG NH1 B0274 <- 3.08 -> DG N7 C0418 : score 5.77534 : H : ARG NH2 B0274 <- 2.67 -> DG O6 C0418 : score 6.80317 : H : LYS NZ B0320 <- 2.92 -> DT O2 D0511 : score 3.62997 : w : LYS NZ B0320 <- 5.89 -> DA N3 D0512 : score 1.7 : x : ALA xxxx A0055 <- 3.78 -> DA xxx C0404 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0067 <- 3.74 -> DT xxx C0402 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0072 <- 4.15 -> DT xxx C0402 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0116 <- 3.74 -> DA xxx D0513 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0255 <- 3.91 -> DA xxx D0504 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0261 <- 3.17 -> DA xxx C0415 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0267 <- 4.14 -> DT xxx D0502 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0316 <- 3.77 -> DT xxx D0511 : score x.xxxxx >1cz0_B:His-Me_finger_endonucleases; title=INTRON ENCODED HOMING ENDONUCLEASE I-PPOI/DNA COMPLEX LACKING CATALYTIC METAL ION organism=Physarum polycephalum : H : ASN ND2 B0257 <- 3.03 -> DG O6 C0416 : score 5.37175 : H : GLN OE1 B0263 <- 2.86 -> DA N6 C0417 : score 5.83173 : H : GLN NE2 B0263 <- 2.99 -> DA N7 C0417 : score 5.82873 : w : GLN OE1 B0263 <- 5.92 -> DC N4 D0505 : score 3.576 : H : LYS NZ B0265 <- 3.18 -> DG N7 D0503 : score 4.98368 : w : LYS NZ B0265 <- 6.34 -> DA N6 D0504 : score 2.036 : w : LYS NZ B0265 <- 5.12 -> DA N6 D0504 : score 2.036 : H : ARG NH1 B0274 <- 3.08 -> DG N7 C0418 : score 5.77534 : H : ARG NH2 B0274 <- 2.67 -> DG O6 C0418 : score 6.80317 : H : LYS NZ B0320 <- 2.92 -> DT O2 D0511 : score 3.62997 : w : LYS NZ B0320 <- 5.89 -> DA N3 D0512 : score 1.7 : x : ALA xxxx B0255 <- 3.91 -> DA xxx D0504 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0261 <- 3.17 -> DA xxx C0415 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0267 <- 4.14 -> DT xxx D0502 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0316 <- 3.77 -> DT xxx D0511 : score x.xxxxx >1d02_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF MUNI RESTRICTION ENDONUCLEASE IN COMPLEX WITH COGNATE DNA organism=MYCOPLASMA : w : LYS NZ A0045 <- 5.30 -> DC O2 C0010 : score 1.398 : w : LYS NZ A0045 <- 5.50 -> DG N3 D0001 : score 1.798 : H : ARG NE A0115 <- 2.77 -> DG O6 D0008 : score 3.90663 : H : ARG NH2 A0115 <- 3.05 -> DG N7 D0008 : score 6.11654 : H : ASN OD1 A0117 <- 2.90 -> DA N6 C0004 : score 5.80336 : H : ASN OD1 A0117 <- 2.84 -> DA N6 C0005 : score 5.87442 : H : ASN ND2 A0117 <- 3.14 -> DA N7 C0004 : score 5.31718 : H : ARG NH1 A0121 <- 3.03 -> DA N7 D0005 : score 2.52198 : w : LYS NZ B0045 <- 6.06 -> DC O2 D0010 : score 1.398 : H : ARG NE B0115 <- 2.77 -> DG O6 C0008 : score 3.90663 : H : ARG NH2 B0115 <- 2.99 -> DG N7 C0008 : score 6.1938 : H : ASN OD1 B0117 <- 2.80 -> DA N6 D0004 : score 5.92179 : H : ASN OD1 B0117 <- 2.86 -> DA N6 D0005 : score 5.85073 : H : ASN ND2 B0117 <- 3.19 -> DA N7 D0004 : score 5.26013 : H : ARG NH1 B0121 <- 3.04 -> DA N7 C0005 : score 2.5167 : V : GLN CG B0102 <- 3.89 -> DT C7 C0006 : score 3.15607 : V : GLN CG A0102 <- 3.79 -> DT C7 D0006 : score 3.23679 : x : ALA xxxx A0118 <- 3.25 -> DT xxx D0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0118 <- 3.33 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx >1d0e_A:DNA/RNA_polymerases; title=CRYSTAL STRUCTURES OF THE N-TERMINAL FRAGMENT FROM MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH NUCLEIC ACID: FUNCTIONAL IMPLICATIONS FOR TEMPLATE-PRIMER BINDING TO THE FINGERS DOMAIN organism=Moloney murine leukemia virus : H : ARG NH2 A0116 <- 2.98 -> DA N3 E0005 : score 3.34681 : x : LEU xxxx A0099 <- 2.94 -> DG xxx F0011 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0101 <- 4.44 -> DC xxx E0004 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0112 <- 3.95 -> DG xxx F0011 : score x.xxxxx >1d1u_A:DNA/RNA_polymerases; title=USE OF AN N-TERMINAL FRAGMENT FROM MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE TO FACILITATE CRYSTALLIZATION AND ANALYSIS OF A PSEUDO-16-MER DNA MOLECULE CONTAINING G-A MISPAIRS organism=Moloney murine leukemia virus : H : ASP OD2 A0114 <- 3.15 -> DG N2 C0016 : score 5.23542 : H : ARG NH1 A0116 <- 3.22 -> DC O2 B0003 : score 3.38215 : H : ARG NH2 A0116 <- 2.79 -> DT O2 B0002 : score 4.36641 : x : TYR xxxx A0064 <- 2.99 -> DC xxx B0001 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0099 <- 3.04 -> DG xxx C0016 : score x.xxxxx >1d2i_A:Restriction_endonuclease-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE BGLII COMPLEXED WITH DNA 16-MER organism=BACILLUS SUBTILIS : H : SER OG A0097 <- 2.70 -> DA N7 C0009 : score 4.49192 : w : ASN OD1 A0098 <- 5.88 -> DG O6 D0024 : score 2.926 : H : ASN ND2 A0140 <- 3.05 -> DT O4 C0012 : score 4.99237 : w : ASN OD1 A0140 <- 6.15 -> DA N6 D0021 : score 2.759 : H : SER OG A0141 <- 2.75 -> DA N7 D0023 : score 4.44788 : H : SER OG A0141 <- 2.96 -> DA N6 D0023 : score 3.29492 : w : TYR OH A0190 <- 5.33 -> DT O2 C0010 : score 2.878 : w : ARG NH2 A0192 <- 6.00 -> DA N3 C0007 : score 1.61 : w : ARG NH2 A0192 <- 5.94 -> DG N3 C0008 : score 1.084 : V : GLN CG A0039 <- 3.83 -> DT C7 C0012 : score 3.2045 : x : TYR xxxx A0099 <- 3.34 -> DA xxx D0023 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0101 <- 3.91 -> DG xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0139 <- 4.00 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0142 <- 4.40 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx >1d2i_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE BGLII COMPLEXED WITH DNA 16-MER organism=BACILLUS SUBTILIS : H : SER OG A0097 <- 2.70 -> DA N7 C0009 : score 4.49192 : w : ASN OD1 A0098 <- 5.88 -> DG O6 D0024 : score 2.926 : H : ASN ND2 A0140 <- 3.05 -> DT O4 C0012 : score 4.99237 : w : ASN OD1 A0140 <- 6.15 -> DA N6 D0021 : score 2.759 : H : SER OG A0141 <- 2.75 -> DA N7 D0023 : score 4.44788 : H : SER OG A0141 <- 2.96 -> DA N6 D0023 : score 3.29492 : w : TYR OH A0190 <- 5.45 -> DT O2 D0026 : score 2.878 : w : THR OG1 B0081 <- 6.29 -> DT O2 D0022 : score 2.745 : H : SER OG B0097 <- 2.75 -> DA N7 D0025 : score 4.44788 : w : ASN OD1 B0098 <- 5.80 -> DG O6 C0008 : score 2.926 : H : ASN ND2 B0140 <- 2.98 -> DT O4 D0028 : score 5.06594 : w : ASN OD1 B0140 <- 5.50 -> DA N7 C0005 : score 2.199 : w : ASN ND2 B0140 <- 6.13 -> DA N6 C0005 : score 2.759 : H : SER OG B0141 <- 2.74 -> DA N7 C0007 : score 4.45669 : H : SER OG B0141 <- 2.95 -> DA N6 C0007 : score 3.30173 : w : TYR OH B0190 <- 5.43 -> DT O2 D0026 : score 2.878 : w : ARG NH2 B0192 <- 5.96 -> DG N3 D0024 : score 1.084 : V : GLN CG A0039 <- 3.83 -> DT C7 C0012 : score 3.2045 : x : TYR xxxx A0099 <- 3.34 -> DA xxx D0023 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0101 <- 3.91 -> DG xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0139 <- 4.00 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0142 <- 4.40 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0039 <- 3.91 -> DT xxx D0028 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0099 <- 3.34 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0101 <- 4.00 -> DG xxx D0024 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0139 <- 4.04 -> DT xxx D0026 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0142 <- 4.37 -> DT xxx D0026 : score x.xxxxx >1d3u_A:TATA-box_binding_protein-like; title=TATA-BINDING PROTEIN/TRANSCRIPTION FACTOR (II)B/BRE+TATA-BOX COMPLEX FROM PYROCOCCUS WOESEI organism=PYROCOCCUS WOESEI : H : ASN ND2 A0013 <- 2.86 -> DT O2 D1435 : score 4.83867 : H : ASN ND2 A0013 <- 3.08 -> DT O2 D1436 : score 4.62318 : H : ASN ND2 A0104 <- 3.20 -> DA N3 C1413 : score 3.41108 : H : ASN ND2 A0104 <- 3.19 -> DA N3 C1414 : score 3.41849 : H : SER OG A0159 <- 2.97 -> DT O2 C1412 : score 3.56305 : x : VAL xxxx A0015 <- 3.68 -> DA xxx C1414 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0043 <- 3.21 -> DA xxx D1433 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0044 <- 3.25 -> DA xxx C1417 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0058 <- 3.66 -> DA xxx D1433 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0060 <- 3.18 -> DT xxx C1416 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0066 <- 3.47 -> DA xxx C1415 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0068 <- 3.51 -> DT xxx D1435 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0106 <- 3.32 -> DT xxx D1436 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0134 <- 3.05 -> DT xxx C1411 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0135 <- 3.51 -> DA xxx D1439 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0149 <- 3.47 -> DT xxx C1411 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0151 <- 3.59 -> DA xxx D1438 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0157 <- 3.64 -> DA xxx D1437 : score x.xxxxx >1d3u_AB: title=TATA-BINDING PROTEIN/TRANSCRIPTION FACTOR (II)B/BRE+TATA-BOX COMPLEX FROM PYROCOCCUS WOESEI organism=PYROCOCCUS WOESEI : H : ASN ND2 A0013 <- 2.86 -> DT O2 D1435 : score 4.83867 : H : ASN ND2 A0013 <- 3.08 -> DT O2 D1436 : score 4.62318 : H : ASN ND2 A0104 <- 3.20 -> DA N3 C1413 : score 3.41108 : H : ASN ND2 A0104 <- 3.19 -> DA N3 C1414 : score 3.41849 : H : SER OG A0159 <- 2.97 -> DT O2 C1412 : score 3.56305 : H : ARG NE B1283 <- 3.26 -> DG N7 C1404 : score 4.01732 : H : ARG NH2 B1283 <- 3.13 -> DG N7 C1404 : score 6.01352 : w : ASN ND2 B1284 <- 6.49 -> DT O4 D1442 : score 2.886 : V : VAL CG2 B1280 <- 3.72 -> DT C7 D1443 : score 6.37317 : x : VAL xxxx A0015 <- 3.68 -> DA xxx C1414 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0043 <- 3.21 -> DA xxx D1433 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0044 <- 3.25 -> DA xxx C1417 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0058 <- 3.66 -> DA xxx D1433 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0060 <- 3.18 -> DT xxx C1416 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0066 <- 3.47 -> DA xxx C1415 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0068 <- 3.51 -> DT xxx D1435 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0106 <- 3.32 -> DT xxx D1436 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0134 <- 3.05 -> DT xxx C1411 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0135 <- 3.51 -> DA xxx D1439 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0149 <- 3.47 -> DT xxx C1411 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0151 <- 3.59 -> DA xxx D1438 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0157 <- 3.64 -> DA xxx D1437 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B1278 <- 3.88 -> DT xxx D1443 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B1281 <- 3.73 -> DT xxx D1442 : score x.xxxxx >1d5y_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI ROB TRANSCRIPTION FACTOR IN COMPLEX WITH DNA organism=Escherichia coli : H : ARG NH2 A0040 <- 2.89 -> DG O6 M0006 : score 6.51142 : V : TRP CD1 A0036 <- 3.82 -> DT C7 N0015 : score 7.41913 : x : SER xxxx A0034 <- 3.80 -> DA xxx M0005 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0037 <- 3.68 -> DC xxx M0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0039 <- 3.21 -> DG xxx N0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0090 <- 4.28 -> DT xxx M0010 : score x.xxxxx >1d5y_C:Probable_bacterial_effector-binding_domain;Homeodomain-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI ROB TRANSCRIPTION FACTOR IN COMPLEX WITH DNA organism=Escherichia coli : H : ARG NH2 C0040 <- 2.58 -> DG O6 O0006 : score 6.92252 : x : SER xxxx C0034 <- 3.96 -> DA xxx O0005 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx C0036 <- 3.03 -> DT xxx P0015 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx C0037 <- 3.80 -> DC xxx O0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx C0039 <- 3.13 -> DG xxx P0014 : score x.xxxxx >1d5y_CD: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI ROB TRANSCRIPTION FACTOR IN COMPLEX WITH DNA organism=Escherichia coli : H : ARG NH2 C0040 <- 2.58 -> DG O6 O0006 : score 6.92252 : x : SER xxxx C0034 <- 3.96 -> DA xxx O0005 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx C0036 <- 3.03 -> DT xxx P0015 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx C0037 <- 3.80 -> DC xxx O0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx C0039 <- 3.13 -> DG xxx P0014 : score x.xxxxx >1d66_AB: title=DNA RECOGNITION BY GAL4: STRUCTURE OF A PROTEIN/DNA COMPLEX organism=Saccharomyces cerevisiae : H : LYS NZ A0018 <- 2.67 -> DG O6 D0004 : score 5.93765 : H : LYS NZ B0018 <- 2.77 -> DG N7 E0022 : score 5.42595 : H : LYS NZ B0018 <- 2.53 -> DG O6 E0022 : score 6.09969 : x : ARG xxxx A0015 <- 3.26 -> DT xxx E0034 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0019 <- 3.80 -> DC xxx D0002 : score x.xxxxx >1dc1_AB: title=RESTRICTION ENZYME BSOBI/DNA COMPLEX STRUCTURE: ENCIRCLEMENT OF THE DNA AND HISTIDINE-CATALYZED HYDROLYSIS WITHIN A CANONICAL RESTRICTION ENZYME FOLD organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0081 <- 2.99 -> DA N7 W0008 : score 2.88847 : H : LYS NZ A0081 <- 2.84 -> DG O6 W0009 : score 5.74088 : H : ARG NE A0131 <- 3.28 -> DG N3 C0008 : score 1.25633 : H : ARG NH2 A0131 <- 3.32 -> DG N3 C0008 : score 3.23709 : H : ASN OD1 A0132 <- 2.88 -> DG N2 W0009 : score 4.75978 : H : ASN ND2 A0132 <- 2.89 -> DG N3 W0009 : score 4.75011 : H : GLU OE2 A0252 <- 3.05 -> DC N4 W0006 : score 5.22378 : H : HIS NE2 A0253 <- 2.91 -> DG N7 C0008 : score 6.41342 : H : LYS NZ B0081 <- 3.03 -> DA N7 C0009 : score 2.86445 : H : LYS NZ B0081 <- 2.81 -> DG O6 C0010 : score 5.77561 : H : ARG NE B0131 <- 3.41 -> DG N3 W0007 : score 1.22019 : H : ASN OD1 B0132 <- 2.90 -> DG N2 C0010 : score 4.74044 : H : ASN ND2 B0132 <- 2.87 -> DG N3 C0010 : score 4.76946 : H : GLU OE2 B0252 <- 2.97 -> DC N4 C0007 : score 5.31176 : H : HIS NE2 B0253 <- 3.03 -> DG N7 W0007 : score 6.25604 : x : ASP xxxx A0246 <- 3.87 -> DG xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0248 <- 3.59 -> DG xxx C0010 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0246 <- 3.82 -> DG xxx W0007 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0248 <- 3.59 -> DG xxx W0009 : score x.xxxxx >1ddn_ABCD: title=DIPHTHERIA TOX REPRESSOR (C102D MUTANT)/TOX DNA OPERATOR COMPLEX organism=Corynebacterium diphtheriae : H : GLN OE1 A0043 <- 2.72 -> DC N4 F0420 : score 4.54465 : H : GLN NE2 A0043 <- 3.23 -> DG N7 F0419 : score 3.847 : H : GLN OE1 B0043 <- 2.91 -> DC N4 E0321 : score 4.37467 : H : GLN NE2 C0043 <- 3.17 -> DT O4 E0317 : score 5.0004 : H : GLN OE1 D0043 <- 3.27 -> DC N4 F0424 : score 4.05261 : V : PRO CG A0039 <- 3.75 -> DT C7 F0421 : score 6.35954 : V : PRO CG C0039 <- 3.58 -> DT C7 E0318 : score 6.62648 : x : SER xxxx A0037 <- 3.76 -> DT xxx F0421 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0040 <- 3.80 -> DC xxx F0420 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0047 <- 4.08 -> DA xxx F0418 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0060 <- 4.41 -> DG xxx E0310 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0037 <- 3.48 -> DT xxx E0323 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0039 <- 3.42 -> DT xxx E0323 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0040 <- 3.18 -> DC xxx E0322 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0042 <- 3.74 -> DT xxx F0410 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0047 <- 3.63 -> DA xxx E0320 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0037 <- 3.69 -> DT xxx E0318 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0040 <- 2.96 -> DT xxx E0317 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0047 <- 3.97 -> DG xxx E0315 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0037 <- 3.38 -> DT xxx F0426 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx D0039 <- 3.36 -> DT xxx F0426 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0040 <- 3.34 -> DC xxx F0425 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0042 <- 3.86 -> DT xxx E0307 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0047 <- 3.58 -> DT xxx F0423 : score x.xxxxx >1de8_B:DNase_I-like; title=HUMAN APURINIC/APYRIMIDINIC ENDONUCLEASE-1 (APE1) BOUND TO ABASIC DNA organism=Homo sapiens : w : ASP OD1 B0070 <- 6.04 -> DT O2 Y0019 : score 2.136 : x : ARG xxxx B0177 <- 2.91 -> DG xxx X0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0229 <- 4.00 -> DG xxx X0007 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0269 <- 4.00 -> DG xxx Y0018 : score x.xxxxx : x : MET xxxx B0270 <- 3.48 -> DG xxx Y0018 : score x.xxxxx : x : MET xxxx B0271 <- 3.97 -> DG xxx X0007 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0308 <- 4.40 -> DG xxx Y0018 : score x.xxxxx >1dew_B:DNase_I-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN APE1 BOUND TO ABASIC DNA organism=Homo sapiens : w : ASP OD1 B0070 <- 5.76 -> DC O2 X0006 : score 1.284 : w : ASP OD1 B0070 <- 5.58 -> DG N3 Y0026 : score 2.782 : w : LYS NZ B0098 <- 5.90 -> DA N3 Y0027 : score 1.7 : w : ASN ND2 B0229 <- 6.01 -> DG N7 X0009 : score 2.926 : x : ARG xxxx B0177 <- 3.36 -> DG xxx Y0024 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0269 <- 3.90 -> DG xxx Y0025 : score x.xxxxx : x : MET xxxx B0270 <- 3.65 -> DC xxx X0008 : score x.xxxxx : x : MET xxxx B0271 <- 3.25 -> DG xxx Y0023 : score x.xxxxx >1dfm_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE BGLII COMPLEXED WITH DNA 16-MER organism=Bacillus subtilis : H : SER OG A0097 <- 2.75 -> DA N7 C0009 : score 4.44788 : w : ASN OD1 A0098 <- 5.80 -> DG O6 D0024 : score 2.926 : H : ASN ND2 A0140 <- 2.99 -> DT O4 C0012 : score 5.05543 : w : ASN OD1 A0140 <- 5.67 -> DA N7 D0021 : score 2.199 : H : SER OG A0141 <- 2.73 -> DA N7 D0023 : score 4.4655 : H : SER OG A0141 <- 2.91 -> DA N6 D0023 : score 3.32896 : w : TYR OH A0190 <- 5.46 -> DT O2 D0026 : score 2.878 : w : THR OG1 B0081 <- 6.04 -> DT O2 D0022 : score 2.745 : H : SER OG B0097 <- 2.80 -> DA N7 D0025 : score 4.40385 : w : ASN OD1 B0098 <- 5.77 -> DG O6 C0008 : score 2.926 : H : ASN ND2 B0140 <- 2.97 -> DT O4 D0028 : score 5.07645 : w : ASN OD1 B0140 <- 5.48 -> DA N7 C0005 : score 2.199 : w : ASN ND2 B0140 <- 6.03 -> DA N6 C0005 : score 2.759 : H : SER OG B0141 <- 2.76 -> DA N7 C0007 : score 4.43908 : H : SER OG B0141 <- 3.00 -> DA N6 C0007 : score 3.26769 : w : TYR OH B0190 <- 5.40 -> DT O2 D0026 : score 2.878 : w : ARG NH2 B0192 <- 6.05 -> DG N3 D0024 : score 1.084 : V : GLN CG A0039 <- 3.86 -> DT C7 C0012 : score 3.18029 : V : GLN CG B0039 <- 3.89 -> DT C7 D0028 : score 3.15607 : x : TYR xxxx A0099 <- 3.29 -> DA xxx D0023 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0101 <- 3.97 -> DG xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0139 <- 3.98 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0142 <- 4.40 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0099 <- 3.35 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0101 <- 3.98 -> DG xxx D0024 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0139 <- 4.02 -> DT xxx D0026 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0142 <- 4.32 -> DT xxx D0026 : score x.xxxxx >1dgc_A:Leucine_zipper_domain; title=THE X-RAY STRUCTURE OF THE GCN4-BZIP BOUND TO ATF/CREB SITE DNA SHOWS THE COMPLEX DEPENDS ON DNA FLEXIBILITY organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ASN OD1 A0235 <- 3.20 -> DC N4 B0003 : score 3.89113 : H : ARG NH2 A0243 <- 2.69 -> DG N7 B0001 : score 6.58011 : V : ALA CB A0239 <- 3.55 -> DT C7 B0002 : score 5.95218 : x : THR xxxx A0236 <- 4.49 -> DT xxx B0002 : score x.xxxxx >1dh3_AC: title=CRYSTAL STRUCTURE OF A CREB BZIP-CRE COMPLEX REVEALS THE BASIS FOR CREB FAIMLY SELECTIVE DIMERIZATION AND DNA BINDING organism=Mus musculus : H : ASN OD1 A0293 <- 3.30 -> DC N4 B0003 : score 3.80654 : H : ASN ND2 C0293 <- 3.00 -> DT O4 B-004 : score 5.04492 : w : ARG NH1 C0301 <- 5.55 -> DG O6 D0001 : score 2.757 : V : ALA CB C0296 <- 3.52 -> DT C7 B-004 : score 5.99419 : V : ALA CB A0297 <- 3.57 -> DT C7 B0002 : score 5.92417 : V : ALA CB A0296 <- 3.67 -> DT C7 D-004 : score 5.78412 : x : ARG xxxx A0294 <- 4.48 -> DT xxx B0002 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0300 <- 4.36 -> DT xxx D-004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0301 <- 3.48 -> DG xxx B0001 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx C0297 <- 4.44 -> DT xxx B-004 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0300 <- 3.78 -> DT xxx B-004 : score x.xxxxx >1diz_B:DNA-glycosylase;TATA-box_binding_protein-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE (ALKA) COMPLEXED WITH DNA organism=Escherichia coli : w : ARG NH1 B0178 <- 5.38 -> DT O2 C0009 : score 1.824 : w : ARG NH2 B0178 <- 5.91 -> DA N3 D0018 : score 1.61 : x : LEU xxxx B0125 <- 3.42 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0126 <- 3.89 -> DT xxx D0019 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0239 <- 4.44 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx >1dnk_A:DNase_I-like; title=THE X-RAY STRUCTURE OF THE DNASE I-D(GGTATACC)2 COMPLEX AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION organism=BOS TAURUS : H : ARG NH1 A0041 <- 2.96 -> DT O2 B0305 : score 4.23934 : H : ARG NH2 A0041 <- 2.87 -> DT O2 B0305 : score 4.29668 : w : SER OG A0075 <- 5.95 -> DA N3 C0312 : score 0.26 : x : TYR xxxx A0076 <- 4.16 -> DA xxx C0312 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0175 <- 4.20 -> DC xxx C0315 : score x.xxxxx >1drg_A:DNA_breaking-rejoining_enzymes;lambda_integrase-like,_N-terminal_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF TRIMERIC CRE RECOMBINASE-LOX COMPLEX organism=Enterobacteria phage P1 : H : LYS NZ A0086 <- 2.79 -> DG O6 B0015 : score 5.79875 : H : GLN NE2 A0090 <- 2.85 -> DT O4 B0013 : score 5.346 : H : GLN NE2 A0090 <- 2.96 -> DT O4 C0007 : score 5.2272 : w : ARG NH2 A0241 <- 5.09 -> DA N3 B0005 : score 1.61 : H : ARG NH1 A0243 <- 3.17 -> DT O2 C0017 : score 4.05541 : H : ARG NH2 A0243 <- 2.91 -> DT O2 C0017 : score 4.26182 : H : LYS NZ A0244 <- 2.58 -> DT O2 B0003 : score 3.88288 : H : LYS NZ A0244 <- 2.60 -> DT O2 C0019 : score 3.868 : H : ARG NE A0259 <- 2.61 -> DG O6 C0012 : score 4.0309 : H : ARG NH2 A0259 <- 2.66 -> DG N7 C0012 : score 6.61874 : w : GLU OE1 A0262 <- 5.54 -> DC N4 C0011 : score 3.596 : H : ARG NH2 A0282 <- 2.60 -> DA N3 B0012 : score 3.61067 : w : ARG NH1 A0282 <- 5.99 -> DT O2 C0009 : score 1.824 : x : HIS xxxx A0040 <- 3.07 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0041 <- 3.69 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0043 <- 3.29 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0044 <- 3.46 -> DT xxx B0013 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0047 <- 4.01 -> DT xxx B0011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0087 <- 3.43 -> DT xxx B0013 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0094 <- 4.18 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0257 <- 3.72 -> DT xxx B0008 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0320 <- 4.16 -> DC xxx B0016 : score x.xxxxx >1dsz_AB: title=STRUCTURE OF THE RXR/RAR DNA-BINDING DOMAIN HETERODIMER IN COMPLEX WITH THE RETINOIC ACID RESPONSE ELEMENT DR1 organism=HOMO SAPIENS : H : GLU OE2 A1153 <- 2.96 -> DC N4 D1542 : score 5.32276 : w : GLU OE1 A1153 <- 5.76 -> DC N4 D1543 : score 3.596 : w : GLU OE2 A1153 <- 5.94 -> DA N6 D1541 : score 2.759 : H : LYS NZ A1156 <- 2.80 -> DG O6 C1497 : score 5.78718 : w : LYS NZ A1156 <- 5.97 -> DA N6 C1496 : score 2.036 : w : ARG NH2 A1160 <- 5.58 -> DG O6 C1498 : score 2.55 : H : ARG NH1 A1161 <- 2.97 -> DG N7 D1540 : score 5.90994 : H : GLU OE2 B1253 <- 2.90 -> DC N4 D1535 : score 5.38874 : w : GLU OE1 B1253 <- 5.65 -> DC N4 D1536 : score 3.596 : w : GLU OE2 B1253 <- 5.89 -> DA N6 D1534 : score 2.759 : H : LYS NZ B1256 <- 3.10 -> DG O6 C1504 : score 5.43995 : w : LYS NZ B1256 <- 6.48 -> DA N6 C1503 : score 2.036 : w : LYS NZ B1260 <- 5.52 -> DG N7 C1505 : score 2.357 : w : LYS NZ B1260 <- 5.37 -> DT O4 C1506 : score 1.845 : H : ARG NH1 B1261 <- 3.00 -> DG N7 D1533 : score 5.87323 : w : ARG NH1 B1261 <- 5.44 -> DG O6 D1533 : score 2.757 : w : ARG NH1 B1309 <- 5.42 -> DA N3 C1503 : score 2.497 >1du0_AB: title=ENGRAILED HOMEODOMAIN Q50A VARIANT DNA COMPLEX organism=Drosophila melanogaster : H : ASN OD1 A0051 <- 3.10 -> DA N6 C0213 : score 5.56649 : H : ASN ND2 A0051 <- 3.22 -> DA N7 C0213 : score 5.2259 : w : ASN OD1 A0051 <- 5.76 -> DT O4 C0214 : score 3.053 : w : ASN OD1 A0051 <- 5.65 -> DA N6 D0309 : score 2.759 : w : ASN OD1 B0151 <- 5.63 -> DT O4 D0302 : score 3.053 : w : ASN OD1 B0151 <- 5.72 -> DA N6 C0221 : score 2.759 : x : ILE xxxx A0047 <- 3.53 -> DT xxx C0214 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0050 <- 4.20 -> DT xxx D0307 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0055 <- 4.23 -> DT xxx C0211 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0147 <- 3.88 -> DT xxx D0302 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0150 <- 4.07 -> DT xxx C0219 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0153 <- 4.43 -> DT xxx C0219 : score x.xxxxx >1e3m_AB:DNA_repair_protein_MutS,_domain_III;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=THE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MUTS BINDING TO DNA WITH A G:T MISMATCH organism=ESCHERICHIA COLI : H : GLU OE2 A0038 <- 2.79 -> DT N3 F0022 : score 2.6052 : H : GLU OE2 A0038 <- 3.11 -> DG N2 E0010 : score 3.88909 : H : ARG NH1 A0058 <- 3.09 -> DC O2 E0011 : score 3.47815 : H : ARG NH2 A0058 <- 3.00 -> DC O2 E0011 : score 3.44985 : V : PHE CZ A0036 <- 3.89 -> DT C7 F0022 : score 6.96882 : x : MET xxxx A0033 <- 3.59 -> DG xxx E0010 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0035 <- 4.46 -> DG xxx E0009 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0068 <- 3.30 -> DT xxx F0022 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0072 <- 3.72 -> DT xxx F0023 : score x.xxxxx >1e7j_A:HMG-box; title=HMG-D COMPLEXED TO A BULGE DNA organism=DROSOPHILA MELANOGASTER : x : SER xxxx A0010 <- 4.14 -> DT xxx B0004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0012 <- 4.04 -> DA xxx C0023 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0013 <- 3.40 -> DA xxx B0005 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0032 <- 3.80 -> DT xxx B0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0033 <- 4.16 -> DA xxx C0021 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0036 <- 4.28 -> DT xxx C0022 : score x.xxxxx >1ea4_DEFG: title=TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG/22BP DSDNA COMPLEX organism=STREPTOCOCCUS AGALACTIAE : H : ARG NE D0004 <- 3.06 -> DT O4 W0216 : score 1.86683 : H : ARG NH2 D0004 <- 3.31 -> DT O4 W0216 : score 3.26388 : H : ARG NH2 D0004 <- 2.98 -> DG O6 W0217 : score 6.39206 : H : ARG NH2 D0004 <- 3.22 -> DG O6 X0206 : score 6.07378 : H : THR OG1 D0006 <- 2.97 -> DT O4 X0205 : score 3.79341 : H : ARG NH1 E0004 <- 2.89 -> DA N7 X0203 : score 2.596 : H : THR OG1 E0006 <- 3.30 -> DG N7 W0217 : score 3.11308 : H : ARG NH1 F0004 <- 2.91 -> DG N7 W0208 : score 5.98335 : H : ARG NH2 F0004 <- 3.03 -> DT O4 X0214 : score 3.46742 : H : ARG NH2 F0004 <- 2.83 -> DG O6 X0215 : score 6.59098 : H : THR OG1 F0006 <- 3.47 -> DT O4 W0207 : score 3.40072 : x : THR xxxx E0008 <- 3.80 -> DT xxx W0216 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx G0004 <- 3.12 -> DC xxx W0205 : score x.xxxxx : x : THR xxxx G0006 <- 3.50 -> DC xxx X0216 : score x.xxxxx : x : THR xxxx G0008 <- 3.64 -> DG xxx X0213 : score x.xxxxx >1ea4_H:Ribbon-helix-helix; title=TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG/22BP DSDNA COMPLEX organism=STREPTOCOCCUS AGALACTIAE : H : ARG NH1 H0004 <- 3.25 -> DG O6 U0208 : score 5.5965 : H : ARG NH2 H0004 <- 3.05 -> DG O6 U0208 : score 6.29923 : H : ARG NH2 H0004 <- 2.91 -> DT O4 V0214 : score 3.55465 : H : THR OG1 H0006 <- 2.61 -> DT O4 U0207 : score 4.07615 >1ea4_HKL: title=TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG/22BP DSDNA COMPLEX organism=STREPTOCOCCUS AGALACTIAE : H : ARG NH1 H0004 <- 3.25 -> DG O6 U0208 : score 5.5965 : H : ARG NH2 H0004 <- 3.05 -> DG O6 U0208 : score 6.29923 : H : ARG NH2 H0004 <- 2.91 -> DT O4 V0214 : score 3.55465 : H : THR OG1 H0006 <- 2.61 -> DT O4 U0207 : score 4.07615 : H : ARG NH1 K0004 <- 3.18 -> DG O6 V0206 : score 5.6826 : H : ARG NH2 K0004 <- 2.70 -> DT O4 U0216 : score 3.70731 : H : THR OG1 K0006 <- 3.19 -> DT O4 V0205 : score 3.62062 : x : ARG xxxx L0004 <- 3.26 -> DT xxx V0204 : score x.xxxxx : x : THR xxxx L0006 <- 3.88 -> DG xxx U0217 : score x.xxxxx : x : THR xxxx L0008 <- 3.26 -> DA xxx U0215 : score x.xxxxx >1ebm_A:DNA-glycosylase;TATA-box_binding_protein-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN 8-OXOGUANINE GLYCOSYLASE (HOGG1) BOUND TO A SUBSTRATE OLIGONUCLEOTIDE organism=Homo sapiens : w : SER OG A0148 <- 5.74 -> DG N3 C0026 : score 2.37 : w : ASN ND2 A0149 <- 6.54 -> DA N6 C0024 : score 2.759 : w : TYR OH A0203 <- 5.68 -> DG N3 C0026 : score 3.342 : H : ARG NH1 A0204 <- 2.90 -> DC O2 D0009 : score 3.61846 : H : ARG NH2 A0204 <- 3.08 -> DC N3 D0009 : score 2.39994 : x : ASN xxxx A0151 <- 3.49 -> DA xxx C0024 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0154 <- 2.71 -> DC xxx D0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0207 <- 4.49 -> DT xxx C0027 : score x.xxxxx >1ecr_A:Replication_terminator_protein_Tus; title=ESCHERICHIA COLI REPLICATION TERMINATOR PROTEIN (TUS) COMPLEXED WITH DNA organism=Escherichia coli : H : LYS NZ A0089 <- 2.70 -> DT O2 B0322 : score 3.79362 : H : LYS NZ A0089 <- 2.85 -> DT O2 C0332 : score 3.68204 : H : LYS NZ A0175 <- 2.88 -> DT O4 C0337 : score 3.48311 : w : LYS NZ A0175 <- 5.93 -> DG N7 C0336 : score 2.357 : H : ARG NH2 A0232 <- 2.77 -> DG N7 C0333 : score 6.47709 : w : GLN OE1 A0237 <- 5.38 -> DG N7 C0336 : score 2.878 : w : GLN NE2 A0237 <- 5.80 -> DG O6 C0336 : score 2.878 : H : GLN OE1 A0250 <- 3.23 -> DA N6 B0312 : score 5.39494 : H : GLN NE2 A0250 <- 2.89 -> DA N7 B0312 : score 5.94991 : w : GLN NE2 A0252 <- 5.98 -> DG O6 B0313 : score 2.878 : V : VAL CG1 A0234 <- 3.68 -> DT C7 C0335 : score 6.0807 : x : ARG xxxx A0093 <- 4.32 -> DT xxx C0335 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0136 <- 4.03 -> DT xxx B0322 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0153 <- 4.16 -> DG xxx C0333 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0173 <- 3.38 -> DT xxx B0314 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0177 <- 3.50 -> DA xxx B0319 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0178 <- 3.42 -> DC xxx B0317 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0198 <- 3.28 -> DG xxx C0329 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0239 <- 4.27 -> DG xxx B0313 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0241 <- 3.51 -> DA xxx B0312 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0254 <- 4.09 -> DG xxx C0336 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0288 <- 3.57 -> DA xxx B0312 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0290 <- 3.06 -> DT xxx B0314 : score x.xxxxx >1efa_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE LAC REPRESSOR DIMER BOUND TO OPERATOR AND THE ANTI-INDUCER ONPF organism=Escherichia coli : H : TYR OH A0007 <- 3.19 -> DC N4 E0013 : score 4.17146 : H : TYR OH A0017 <- 2.88 -> DG O6 D0008 : score 3.06049 : H : ARG NH2 A0022 <- 2.91 -> DG N7 D0006 : score 6.29682 : H : TYR OH B0017 <- 3.16 -> DG O6 E0008 : score 2.88632 : H : ARG NH2 B0022 <- 3.17 -> DG N7 E0006 : score 5.96202 : H : ARG NH2 B0022 <- 3.00 -> DG O6 E0006 : score 6.36554 : x : LEU xxxx A0006 <- 4.42 -> DT xxx E0014 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0016 <- 4.24 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0018 <- 2.70 -> DC xxx E0015 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0021 <- 3.83 -> DT xxx E0014 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0053 <- 3.43 -> DG xxx E0012 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0056 <- 3.80 -> DG xxx D0012 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0057 <- 2.99 -> DC xxx E0013 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0006 <- 4.22 -> DT xxx D0014 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0007 <- 3.57 -> DC xxx D0013 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0016 <- 4.04 -> DG xxx E0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0018 <- 2.72 -> DC xxx D0015 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0021 <- 3.88 -> DT xxx D0014 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0029 <- 3.36 -> DT xxx E0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0053 <- 3.62 -> DG xxx D0012 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0056 <- 3.89 -> DG xxx E0012 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0057 <- 3.24 -> DC xxx D0013 : score x.xxxxx >1egw_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF MEF2A CORE BOUND TO DNA organism=Homo sapiens : H : ARG NE A0003 <- 2.77 -> DT O2 E0006 : score 2.55111 : H : ARG NH2 A0003 <- 3.05 -> DT O2 E0006 : score 4.13981 : H : LYS NZ A0023 <- 3.00 -> DA N7 F0013 : score 2.88246 : w : LYS NZ A0023 <- 6.08 -> DG O6 E0004 : score 2.896 : H : ARG NE B0003 <- 2.82 -> DT O2 F0006 : score 2.52575 : H : ARG NH2 B0003 <- 3.05 -> DT O2 F0006 : score 4.13981 : H : LYS NZ B0023 <- 2.82 -> DA N7 E0013 : score 2.99055 : H : LYS NZ B0023 <- 2.86 -> DG O6 E0014 : score 5.71773 : w : LYS NZ B0023 <- 5.91 -> DG O6 E0014 : score 2.896 : w : LYS NZ B0023 <- 5.99 -> DG N7 E0014 : score 2.357 : x : ARG xxxx A0015 <- 3.12 -> DA xxx E0002 : score x.xxxxx >1ej9_A:Eukaryotic_DNA_topoisomerase_I,_N-terminal_DNA-binding_fragment;DNA_breaking-rejoining_enzymes; title=CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TOPOISOMERASE I DNA COMPLEX organism=Homo sapiens : H : ARG NH2 A0364 <- 2.99 -> DG N3 C0012 : score 3.47553 : w : ASN OD1 A0491 <- 6.80 -> DC N4 D0117 : score 2.813 : H : LYS NZ A0532 <- 2.89 -> DC O2 C0010 : score 2.91327 : w : LYS NZ A0532 <- 5.87 -> DG N3 D0115 : score 1.798 : w : ASP OD1 A0533 <- 5.93 -> DG N3 D0113 : score 2.782 : w : ASP OD2 A0533 <- 5.90 -> DG N3 D0113 : score 2.377 : w : ASN OD1 A0722 <- 6.26 -> DA N7 C0011 : score 2.199 : x : ASN xxxx A0352 <- 4.44 -> DT xxx D0112 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0424 <- 4.33 -> DG xxx C0006 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0426 <- 3.31 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0428 <- 4.44 -> DC xxx C0008 : score x.xxxxx >1emj_A:Uracil-DNA_glycosylase-like; title=URACIL-DNA GLYCOSYLASE BOUND TO DNA CONTAINING A 4'-THIO- 2'DEOXYURIDINE ANALOG PRODUCT organism=Homo sapiens : w : ARG NH1 A0276 <- 5.35 -> DT O2 C0026 : score 1.824 : x : PRO xxxx A0271 <- 3.21 -> DT xxx B0004 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0272 <- 3.49 -> DA xxx C0028 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0275 <- 4.19 -> DA xxx C0027 : score x.xxxxx >1eo3_AB: title=INHIBITION OF ECORV ENDONUCLEASE BY DEOXYRIBO-3'-S- PHOSPHOROTHIOLATES: A HIGH RESOLUTION X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDY organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 A0070 <- 2.70 -> DC O2 D0009 : score 4.73908 : H : ASN OD1 A0185 <- 2.91 -> DA N6 D0005 : score 5.79152 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.95 -> DA N7 D0005 : score 5.53397 : H : THR OG1 A0186 <- 2.70 -> DT O4 C0008 : score 4.00546 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.90 -> DA N6 C0005 : score 5.80336 : H : ASN ND2 B0185 <- 2.94 -> DA N7 C0005 : score 5.54538 : H : THR OG1 B0186 <- 2.77 -> DT O4 D0008 : score 3.95048 : V : THR CB A0106 <- 3.76 -> DT C7 C0008 : score 3.91466 : V : THR CB B0106 <- 3.75 -> DT C7 D0008 : score 3.92435 : x : LYS xxxx A0104 <- 4.26 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.24 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 3.53 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.11 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0188 <- 3.45 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >1eo3_B:Restriction_endonuclease-like; title=INHIBITION OF ECORV ENDONUCLEASE BY DEOXYRIBO-3'-S- PHOSPHOROTHIOLATES: A HIGH RESOLUTION X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDY organism=Escherichia coli : H : ASN OD1 B0185 <- 2.90 -> DA N6 C0005 : score 5.80336 : H : ASN ND2 B0185 <- 2.94 -> DA N7 C0005 : score 5.54538 : H : THR OG1 B0186 <- 2.77 -> DT O4 D0008 : score 3.95048 : V : THR CB B0106 <- 3.75 -> DT C7 D0008 : score 3.92435 : x : SER xxxx B0183 <- 3.11 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0188 <- 3.45 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >1eo4_AB: title=ECORV BOUND TO MN2+ AND COGNATE DNA CONTAINING A 3'S SUBSTITION AT THE CLEAVAGE SITE organism=Escherichia coli : H : ASN OD1 A0185 <- 2.90 -> DA N6 D0005 : score 5.80336 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.99 -> DA N7 D0005 : score 5.48833 : H : THR OG1 A0186 <- 2.62 -> DT O4 C0008 : score 4.06829 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.92 -> DA N6 C0005 : score 5.77967 : H : ASN ND2 B0185 <- 3.12 -> DA N7 C0005 : score 5.34 : H : THR OG1 B0186 <- 2.64 -> DT O4 D0008 : score 4.05258 : V : ASN CG B0188 <- 3.61 -> DT C7 D0008 : score 2.99746 : V : ASN CG A0188 <- 3.55 -> DT C7 C0008 : score 3.04038 : x : ASN xxxx A0070 <- 3.31 -> DC xxx D0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0106 <- 3.62 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.31 -> DC xxx C0009 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0070 <- 3.61 -> DC xxx C0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 3.95 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.35 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx >1eo4_B:Restriction_endonuclease-like; title=ECORV BOUND TO MN2+ AND COGNATE DNA CONTAINING A 3'S SUBSTITION AT THE CLEAVAGE SITE organism=Escherichia coli : w : ASN ND2 B0070 <- 5.52 -> DA N3 D0005 : score 1.912 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.92 -> DA N6 C0005 : score 5.77967 : H : ASN ND2 B0185 <- 3.12 -> DA N7 C0005 : score 5.34 : H : THR OG1 B0186 <- 2.64 -> DT O4 D0008 : score 4.05258 : V : ASN CG B0188 <- 3.61 -> DT C7 D0008 : score 2.99746 : x : THR xxxx B0106 <- 3.95 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.35 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx >1eon_AB: title=ECORV BOUND TO 3'-S-PHOSPHOROTHIOLATE DNA AND CA2+ organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 A0070 <- 2.94 -> DC O2 D0009 : score 4.51606 : H : ASN OD1 A0185 <- 2.96 -> DA N6 D0005 : score 5.7323 : H : ASN ND2 A0185 <- 3.00 -> DA N7 D0005 : score 5.47692 : H : THR OG1 A0186 <- 2.70 -> DT O4 C0008 : score 4.00546 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.95 -> DA N6 C0005 : score 5.74414 : H : ASN ND2 B0185 <- 2.87 -> DA N7 C0005 : score 5.62526 : H : THR OG1 B0186 <- 2.59 -> DT O4 D0008 : score 4.09185 : V : ASN CG A0188 <- 3.51 -> DT C7 C0008 : score 3.069 : x : THR xxxx A0106 <- 3.52 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.26 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 3.63 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.31 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0188 <- 3.44 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >1eoo_A:Restriction_endonuclease-like; title=ECORV BOUND TO COGNATE DNA organism=Escherichia coli : w : ASN ND2 A0070 <- 5.65 -> DA N3 C0005 : score 1.912 : w : LYS NZ A0104 <- 6.15 -> DT O4 C0010 : score 1.845 : H : ASN OD1 A0185 <- 2.62 -> DA N6 D0005 : score 6.13498 : H : ASN ND2 A0185 <- 3.03 -> DA N7 D0005 : score 5.44269 : H : THR OG1 A0186 <- 2.55 -> DT O4 C0008 : score 4.12327 : V : THR CG2 A0106 <- 3.57 -> DT C7 C0008 : score 4.57708 : x : SER xxxx A0183 <- 3.37 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 3.42 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx >1eoo_AB: title=ECORV BOUND TO COGNATE DNA organism=Escherichia coli : w : LYS NZ A0104 <- 6.15 -> DT O4 C0010 : score 1.845 : H : ASN OD1 A0185 <- 2.62 -> DA N6 D0005 : score 6.13498 : H : ASN ND2 A0185 <- 3.03 -> DA N7 D0005 : score 5.44269 : H : THR OG1 A0186 <- 2.55 -> DT O4 C0008 : score 4.12327 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.84 -> DA N6 C0005 : score 5.87442 : H : ASN ND2 B0185 <- 3.03 -> DA N7 C0005 : score 5.44269 : H : THR OG1 B0186 <- 2.65 -> DT O4 D0008 : score 4.04473 : V : THR CB B0106 <- 3.80 -> DT C7 D0008 : score 3.8759 : V : THR CG2 A0106 <- 3.57 -> DT C7 C0008 : score 4.57708 : x : ASN xxxx A0070 <- 3.85 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.37 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 3.42 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0070 <- 4.09 -> DT xxx D0006 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.51 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0188 <- 3.49 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >1eop_A:Restriction_endonuclease-like; title=ECORV BOUND TO COGNATE DNA organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 A0070 <- 2.91 -> DC O2 D0009 : score 4.54394 : H : ASN OD1 A0185 <- 3.03 -> DA N6 D0005 : score 5.64939 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.94 -> DA N7 D0005 : score 5.54538 : H : THR OG1 A0186 <- 2.92 -> DT O4 C0008 : score 3.83268 : V : THR CB A0106 <- 3.70 -> DT C7 C0008 : score 3.97279 : x : LYS xxxx A0104 <- 3.73 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.30 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 3.41 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx >1eop_AB: title=ECORV BOUND TO COGNATE DNA organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 A0070 <- 2.91 -> DC O2 D0009 : score 4.54394 : H : ASN OD1 A0185 <- 3.03 -> DA N6 D0005 : score 5.64939 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.94 -> DA N7 D0005 : score 5.54538 : H : THR OG1 A0186 <- 2.92 -> DT O4 C0008 : score 3.83268 : H : ASN OD1 B0185 <- 3.02 -> DA N6 C0005 : score 5.66124 : H : ASN ND2 B0185 <- 3.03 -> DA N7 C0005 : score 5.44269 : H : THR OG1 B0186 <- 2.64 -> DT O4 D0008 : score 4.05258 : V : ASN CG B0188 <- 3.67 -> DT C7 D0008 : score 2.95454 : V : THR CB A0106 <- 3.70 -> DT C7 C0008 : score 3.97279 : x : LYS xxxx A0104 <- 3.73 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.30 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 3.41 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0070 <- 3.82 -> DT xxx D0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 4.01 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.25 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx >1eqz_ABCDEFGH:Histone-fold;PH_domain-like;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=X-RAY STRUCTURE OF THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE AT 2.5 A RESOLUTION organism=GALLUS GALLUS : H : ARG NH2 B0029 <- 2.62 -> DT O2 J0191 : score 4.51457 : H : ARG NH2 C0040 <- 2.65 -> DA N3 J0229 : score 3.57595 : w : ARG NH1 C0040 <- 5.39 -> DC O2 J0230 : score 1.194 : H : ARG NH2 G0040 <- 3.32 -> DA N3 I0082 : score 3.11073 : x : LYS xxxx B0031 <- 4.34 -> DG xxx J0268 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0033 <- 3.75 -> DG xxx J0267 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx C0041 <- 4.36 -> DT xxx J0152 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx C0065 <- 3.37 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0083 <- 3.88 -> DC xxx I0050 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0045 <- 4.24 -> DT xxx J0226 : score x.xxxxx : x : SER xxxx E0122 <- 4.48 -> DT xxx I0143 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx G0065 <- 3.92 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx G0083 <- 3.84 -> DC xxx J0196 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx H0032 <- 4.38 -> DT xxx J0208 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H0045 <- 4.22 -> DC xxx I0079 : score x.xxxxx >1eri_A:Restriction_endonuclease-like; title=X-RAY STRUCTURE OF THE DNA-ECO RI ENDONUCLEASE-DNA RECOGNITION COMPLEX: THE RECOGNITION NETWORK AND THE INTEGRATION OF RECOGNITION AND CLEAVAGE organism=ESCHERICHIA COLI : w : LYS NZ A0089 <- 6.36 -> DC O2 B0004 : score 1.398 : H : ARG NE A0145 <- 3.10 -> DA N7 B0007 : score -0.403718 : V : GLN CG A0115 <- 3.81 -> DT C7 B0008 : score 3.22065 : x : MET xxxx A0137 <- 4.09 -> DC xxx B0010 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0138 <- 3.89 -> DC xxx B0010 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0141 <- 3.50 -> DT xxx B0008 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0142 <- 3.15 -> DT xxx B0008 : score x.xxxxx >1esg_AB: title=RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI BOUND TO A NON-SPECIFIC DNA. organism=Bacillus amyloliquefaciens : H : ARG NH2 A0155 <- 3.43 -> DG O6 D0002 : score 5.79529 : H : SER OG A0195 <- 3.29 -> DA N3 D0008 : score 2.83899 : x : ASP xxxx A0196 <- 4.31 -> DA xxx D0008 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0155 <- 3.82 -> DG xxx C0002 : score x.xxxxx >1ewn_A:FMT_C-terminal_domain-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN AAG DNA REPAIR GLYCOSYLASE COMPLEXED WITH 1,N6-ETHENOADENINE-DNA organism=Homo sapiens : V : TYR CZ A0162 <- 3.84 -> DT C7 D0008 : score 5.39778 : x : MET xxxx A0164 <- 3.35 -> DA xxx E0018 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0165 <- 3.10 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >1ewq_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE TAQ MUTS COMPLEXED WITH A HETERODUPLEX DNA AT 2.2 A RESOLUTION organism=Thermus aquaticus : x : PHE xxxx A0039 <- 3.37 -> DG xxx C1914 : score x.xxxxx >1exi_A:Probable_bacterial_effector-binding_domain;Putative_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR, FROM B. SUBTILIS, BOUND TO 21 BASE PAIR BMR OPERATOR AND TPSB organism=Bacillus subtilis : x : ARG xxxx A0023 <- 2.91 -> DC xxx M-008 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0042 <- 2.86 -> DC xxx M-010 : score x.xxxxx >1exj_A:Probable_bacterial_effector-binding_domain;Putative_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR, FROM B. SUBTILIS, BOUND TO 21 BASE PAIR BMR OPERATOR AND TPP organism=Bacillus subtilis : x : ARG xxxx A0023 <- 2.79 -> DT xxx M-007 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0042 <- 3.31 -> DC xxx M-010 : score x.xxxxx >1eyg_ABD:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF CHYMOTRYPTIC FRAGMENT OF E. COLI SSB BOUND TO TWO 35-MER SINGLE STRAND DNAS organism=Escherichia coli : H : ARG NH1 D4003 <- 2.43 -> DC O2 Q0003 : score 3.96554 : H : ARG NH2 D4003 <- 2.73 -> DC N3 Q0004 : score 2.5779 : H : ASN OD1 D4013 <- 3.11 -> DC N4 Q0020 : score 3.96726 : w : GLU OE2 D4053 <- 5.96 -> DC N4 Q0024 : score 3.453 : w : THR OG1 D4085 <- 5.59 -> DC O2 Q0007 : score 2.01 >1eyg_D:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF CHYMOTRYPTIC FRAGMENT OF E. COLI SSB BOUND TO TWO 35-MER SINGLE STRAND DNAS organism=Escherichia coli : H : ARG NH1 D4003 <- 2.43 -> DC O2 Q0003 : score 3.96554 : H : ARG NH2 D4003 <- 2.73 -> DC N3 Q0004 : score 2.5779 : H : ASN OD1 D4013 <- 3.11 -> DC N4 Q0020 : score 3.96726 : w : GLU OE2 D4053 <- 5.96 -> DC N4 Q0024 : score 3.453 : w : THR OG1 D4085 <- 5.59 -> DC O2 Q0007 : score 2.01 >1eyu_AB: title=HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF THE PVUII ENDONCULEASE/COGNATE DNA COMPLEX AT PH 4.6 organism=Proteus vulgaris : H : ASP OD1 A0034 <- 3.25 -> DG N2 D0008 : score 4.86267 : H : HIS ND1 A0084 <- 2.81 -> DG O6 C0008 : score 6.22343 : H : ASN ND2 A0141 <- 3.05 -> DG O6 D0011 : score 5.34923 : H : LYS NZ A0143 <- 2.94 -> DG O6 D0011 : score 5.62514 : H : LYS NZ A0143 <- 2.69 -> DG O6 D0012 : score 5.9145 : w : GLN NE2 B0033 <- 5.68 -> DC O2 D0009 : score 3.037 : H : ASP OD1 B0034 <- 3.17 -> DG N2 C0008 : score 4.94816 : w : THR OG1 B0077 <- 5.48 -> DG N7 C0012 : score 3.509 : H : HIS ND1 B0084 <- 2.86 -> DG O6 D0008 : score 6.16107 : H : ASN OD1 B0140 <- 2.88 -> DA N6 D0007 : score 5.82705 : H : ASN ND2 B0140 <- 3.08 -> DA N7 D0007 : score 5.38564 : H : ASN ND2 B0141 <- 2.94 -> DG O6 C0011 : score 5.47311 : H : LYS NZ B0143 <- 2.95 -> DG O6 C0011 : score 5.61356 : H : LYS NZ B0143 <- 2.81 -> DG O6 C0012 : score 5.77561 : x : THR xxxx A0077 <- 4.48 -> DT xxx D0013 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0081 <- 3.28 -> DG xxx D0011 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0140 <- 2.84 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0081 <- 3.37 -> DG xxx C0011 : score x.xxxxx >1eyu_B:Restriction_endonuclease-like; title=HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF THE PVUII ENDONCULEASE/COGNATE DNA COMPLEX AT PH 4.6 organism=Proteus vulgaris : w : GLN NE2 B0033 <- 5.68 -> DC O2 D0009 : score 3.037 : H : ASP OD1 B0034 <- 3.17 -> DG N2 C0008 : score 4.94816 : w : THR OG1 B0077 <- 5.48 -> DG N7 C0012 : score 3.509 : H : HIS ND1 B0084 <- 2.86 -> DG O6 D0008 : score 6.16107 : H : ASN OD1 B0140 <- 2.88 -> DA N6 D0007 : score 5.82705 : H : ASN ND2 B0140 <- 3.08 -> DA N7 D0007 : score 5.38564 : H : ASN ND2 B0141 <- 2.94 -> DG O6 C0011 : score 5.47311 : H : LYS NZ B0143 <- 2.95 -> DG O6 C0011 : score 5.61356 : H : LYS NZ B0143 <- 2.81 -> DG O6 C0012 : score 5.77561 : x : SER xxxx B0081 <- 3.37 -> DG xxx C0011 : score x.xxxxx >1f0o_AB: title=PVUII ENDONUCLEASE/COGNATE DNA COMPLEX (GLUTARALDEHYDE-CROSSLINKED CRYSTAL) AT PH 7.5 WITH TWO CALCIUM IONS AT EACH ACTIVE SITE organism=Proteus vulgaris : H : ASP OD1 A0034 <- 2.79 -> DG N2 D0008 : score 5.35428 : w : THR OG1 A0077 <- 6.02 -> DT O4 D0013 : score 2.457 : H : ASN ND2 A0141 <- 2.94 -> DG O6 D0011 : score 5.47311 : H : LYS NZ A0143 <- 2.48 -> DG O6 D0012 : score 6.15756 : H : ASP OD1 B0034 <- 2.90 -> DG N2 C0008 : score 5.23672 : w : ASP OD2 B0034 <- 6.20 -> DT O2 D0010 : score 1.039 : H : HIS ND1 B0084 <- 2.85 -> DG O6 D0008 : score 6.17354 : H : ASN OD1 B0140 <- 2.87 -> DA N6 D0007 : score 5.83889 : H : ASN ND2 B0140 <- 3.09 -> DA N7 D0007 : score 5.37423 : H : ASN ND2 B0141 <- 2.85 -> DG O6 C0011 : score 5.57446 : H : LYS NZ B0143 <- 2.93 -> DG O6 C0011 : score 5.63671 : H : LYS NZ B0143 <- 2.71 -> DG O6 C0012 : score 5.89135 : V : SER CB B0081 <- 3.89 -> DT C7 C0010 : score 3.15908 : x : SER xxxx A0081 <- 3.28 -> DG xxx D0011 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0084 <- 3.15 -> DG xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0140 <- 2.86 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0033 <- 4.11 -> DG xxx C0008 : score x.xxxxx >1f0o_B:Restriction_endonuclease-like; title=PVUII ENDONUCLEASE/COGNATE DNA COMPLEX (GLUTARALDEHYDE-CROSSLINKED CRYSTAL) AT PH 7.5 WITH TWO CALCIUM IONS AT EACH ACTIVE SITE organism=Proteus vulgaris : H : ASP OD1 B0034 <- 2.90 -> DG N2 C0008 : score 5.23672 : w : ASP OD2 B0034 <- 6.20 -> DT O2 D0010 : score 1.039 : H : HIS ND1 B0084 <- 2.85 -> DG O6 D0008 : score 6.17354 : H : ASN OD1 B0140 <- 2.87 -> DA N6 D0007 : score 5.83889 : H : ASN ND2 B0140 <- 3.09 -> DA N7 D0007 : score 5.37423 : H : ASN ND2 B0141 <- 2.85 -> DG O6 C0011 : score 5.57446 : H : LYS NZ B0143 <- 2.93 -> DG O6 C0011 : score 5.63671 : H : LYS NZ B0143 <- 2.71 -> DG O6 C0012 : score 5.89135 : V : SER CB B0081 <- 3.89 -> DT C7 C0010 : score 3.15908 : x : GLN xxxx B0033 <- 4.11 -> DG xxx C0008 : score x.xxxxx >1f0v_AB:RNase_A-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF AN RNASE A DIMER DISPLAYING A NEW TYPE OF 3D DOMAIN SWAPPING organism=BOS TAURUS : H : HIS NE2 A0012 <- 2.95 -> DG O6 M0752 : score 7.72767 : H : THR OG1 A0045 <- 2.71 -> DG N7 M0752 : score 3.52124 : w : GLU OE1 A0086 <- 5.57 -> DC N4 M0751 : score 3.596 >1f0v_CD:RNase_A-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF AN RNASE A DIMER DISPLAYING A NEW TYPE OF 3D DOMAIN SWAPPING organism=BOS TAURUS : H : THR OG1 D0645 <- 2.75 -> DG N7 P0758 : score 3.49356 : w : GLU OE1 D0686 <- 5.59 -> DC N4 P0757 : score 3.596 >1f2i_GH: title=COCRYSTAL STRUCTURE OF SELECTED ZINC FINGER DIMER BOUND TO DNA organism=Mus musculus : H : ARG NH1 G1118 <- 3.19 -> DG N7 A1007 : score 5.64075 : H : ARG NH2 G1118 <- 2.71 -> DG O6 A1007 : score 6.75012 : w : ASP OD2 G1120 <- 6.35 -> DC N4 A1006 : score 3.848 : w : ASP OD2 G1120 <- 5.72 -> DC N4 B2008 : score 3.848 : H : ARG NH2 G1124 <- 3.13 -> DG O6 B2009 : score 6.19314 : H : ARG NH2 G1124 <- 2.70 -> DG O6 A1005 : score 6.76338 : H : ARG NH1 G1146 <- 2.85 -> DG N7 A1004 : score 6.05677 : H : ARG NH2 G1146 <- 2.71 -> DG O6 A1004 : score 6.75012 : H : ASP OD2 G1148 <- 3.06 -> DC N4 B2010 : score 5.84478 : w : ASP OD2 G1148 <- 6.07 -> DC N4 B2011 : score 3.848 : H : HIS NE2 G1149 <- 2.57 -> DG N7 A1003 : score 6.85935 : H : ARG NH1 H2118 <- 3.17 -> DG N7 B2007 : score 5.66522 : H : ARG NH2 H2118 <- 2.71 -> DG O6 B2007 : score 6.75012 : H : ARG NH1 H2124 <- 2.93 -> DG O6 B2005 : score 5.9901 : H : ARG NH2 H2124 <- 2.91 -> DG N7 B2005 : score 6.29682 : w : ARG NH1 H2124 <- 5.96 -> DG O6 A1009 : score 2.757 : H : ARG NH1 H2146 <- 2.92 -> DG N7 B2004 : score 5.97112 : H : ARG NH2 H2146 <- 2.92 -> DG O6 B2004 : score 6.47163 : H : ASP OD2 H2148 <- 3.14 -> DC N4 A1010 : score 5.74614 : H : HIS NE2 H2149 <- 2.73 -> DG N7 B2003 : score 6.6495 : x : GLU xxxx G1121 <- 3.27 -> DC xxx A1006 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx H2120 <- 3.89 -> DC xxx A1008 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx H2121 <- 3.66 -> DC xxx B2006 : score x.xxxxx >1f2i_IJ: title=COCRYSTAL STRUCTURE OF SELECTED ZINC FINGER DIMER BOUND TO DNA organism=Mus musculus : H : ARG NH2 I3118 <- 2.97 -> DG O6 C3007 : score 6.40532 : w : ASP OD2 I3120 <- 5.70 -> DC N4 D4008 : score 3.848 : H : ARG NH1 I3124 <- 3.30 -> DG O6 C3005 : score 5.535 : H : ARG NH2 I3124 <- 3.05 -> DG N7 C3005 : score 6.11654 : H : ARG NH1 I3146 <- 2.98 -> DG N7 C3004 : score 5.8977 : H : ARG NH2 I3146 <- 2.83 -> DG O6 C3004 : score 6.59098 : w : SER OG I3147 <- 5.95 -> DG N7 D4009 : score 2.881 : H : ASP OD2 I3148 <- 3.09 -> DC N4 D4010 : score 5.80779 : H : HIS NE2 I3149 <- 2.81 -> DG N7 C3003 : score 6.54458 : H : ARG NH1 J4118 <- 3.19 -> DG N7 D4007 : score 5.64075 : H : ARG NH2 J4118 <- 2.87 -> DG O6 D4007 : score 6.53794 : w : ASP OD2 J4120 <- 5.77 -> DC N4 C3008 : score 3.848 : H : ARG NH1 J4124 <- 2.74 -> DG O6 D4005 : score 6.2238 : H : ARG NH2 J4124 <- 2.59 -> DG N7 D4005 : score 6.70888 : w : ARG NH1 J4124 <- 5.75 -> DG O6 C3009 : score 2.757 : H : ARG NH1 J4146 <- 2.74 -> DG N7 D4004 : score 6.19136 : H : ARG NH2 J4146 <- 2.80 -> DG O6 D4004 : score 6.63077 : H : ASP OD2 J4148 <- 2.93 -> DC N4 C3010 : score 6.00508 : w : ASP OD2 J4148 <- 6.23 -> DC N4 C3011 : score 3.848 : H : HIS NE2 J4149 <- 2.82 -> DG N7 D4003 : score 6.53146 : x : GLU xxxx I3121 <- 3.33 -> DG xxx C3005 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx J4121 <- 3.43 -> DC xxx D4006 : score x.xxxxx >1f2i_KL: title=COCRYSTAL STRUCTURE OF SELECTED ZINC FINGER DIMER BOUND TO DNA organism=Mus musculus : H : ARG NH1 K5118 <- 3.00 -> DG N7 E5007 : score 5.87323 : H : ARG NH1 K5118 <- 3.14 -> DG O6 E5007 : score 5.7318 : H : ARG NH2 K5118 <- 2.72 -> DG O6 E5007 : score 6.73686 : w : ASP OD2 K5120 <- 5.95 -> DC N4 E5006 : score 3.848 : w : ASP OD2 K5120 <- 5.75 -> DC N4 F6008 : score 3.848 : H : ARG NH1 K5124 <- 3.05 -> DG O6 E5005 : score 5.8425 : H : ARG NH2 K5124 <- 3.03 -> DG N7 E5005 : score 6.14229 : w : ARG NH1 K5124 <- 5.50 -> DG O6 F6009 : score 2.757 : H : ARG NH1 K5146 <- 3.09 -> DG N7 E5004 : score 5.76311 : H : ARG NH2 K5146 <- 2.87 -> DG O6 E5004 : score 6.53794 : H : ASP OD2 K5148 <- 3.01 -> DC N4 F6010 : score 5.90644 : H : HIS NE2 K5149 <- 2.76 -> DG N7 E5003 : score 6.61015 : H : ARG NH1 L6118 <- 3.18 -> DG N7 F6007 : score 5.65298 : H : ARG NH2 L6118 <- 2.54 -> DG O6 F6007 : score 6.97557 : H : ARG NH1 L6124 <- 3.06 -> DG O6 F6005 : score 5.8302 : H : ARG NH2 L6124 <- 3.01 -> DG N7 F6005 : score 6.16805 : H : ARG NH1 L6146 <- 3.02 -> DG N7 F6004 : score 5.84876 : H : ARG NH2 L6146 <- 3.04 -> DG O6 F6004 : score 6.31249 : H : HIS NE2 L6149 <- 2.81 -> DG N7 F6003 : score 6.54458 : x : GLU xxxx K5121 <- 3.28 -> DC xxx E5006 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx L6120 <- 3.79 -> DC xxx E5008 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx L6121 <- 3.25 -> DC xxx F6006 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx L6148 <- 3.42 -> DC xxx E5010 : score x.xxxxx >1f44_A:DNA_breaking-rejoining_enzymes;lambda_integrase-like,_N-terminal_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF TRIMERIC CRE RECOMBINASE-LOX COMPLEX organism=Enterobacteria phage P1 : H : LYS NZ A0043 <- 2.87 -> DG N7 M0010 : score 5.31808 : H : MET SD A0044 <- 3.33 -> DA N6 M0012 : score 5.47976 : H : GLN NE2 A0090 <- 3.19 -> DT O4 N0007 : score 4.9788 : H : GLN NE2 A0090 <- 2.75 -> DT O4 M0013 : score 5.454 : w : ARG NH2 A0241 <- 5.38 -> DA N3 M0005 : score 1.61 : w : ARG NH2 A0241 <- 5.49 -> DT O2 N0016 : score 2.047 : H : ARG NH1 A0243 <- 2.64 -> DT O2 N0017 : score 4.51963 : w : ARG NH1 A0243 <- 5.43 -> DA N3 N0018 : score 2.497 : H : LYS NZ A0244 <- 2.34 -> DT O2 N0019 : score 4.0614 : H : LYS NZ A0244 <- 2.32 -> DT O2 M0003 : score 4.07628 : H : ARG NE A0259 <- 2.93 -> DG O6 N0012 : score 3.78237 : H : ARG NH2 A0259 <- 2.98 -> DG N7 N0012 : score 6.20668 : w : GLU OE1 A0262 <- 5.81 -> DC N4 N0011 : score 3.596 : H : ARG NH2 A0282 <- 2.64 -> DA N3 M0012 : score 3.58289 : w : ARG NH2 A0282 <- 5.04 -> DA N3 N0010 : score 1.61 : x : HIS xxxx A0040 <- 3.33 -> DT xxx N0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0041 <- 3.78 -> DT xxx N0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0047 <- 3.77 -> DT xxx M0011 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0086 <- 3.21 -> DA xxx M0014 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0087 <- 3.46 -> DT xxx M0013 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0094 <- 4.03 -> DT xxx N0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0257 <- 3.72 -> DT xxx M0008 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0320 <- 3.71 -> DC xxx M0016 : score x.xxxxx >1f4k_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE REPLICATION TERMINATOR PROTEIN/B-SITE DNA COMPLEX organism=Bacillus subtilis : H : HIS NE2 A0054 <- 2.97 -> DG O6 E0005 : score 7.6958 : H : ARG NH1 A0059 <- 3.11 -> DG O6 D0014 : score 5.7687 : H : ARG NH2 A0059 <- 2.82 -> DG N7 D0014 : score 6.41271 : H : HIS NE2 B0054 <- 2.86 -> DG O6 D0005 : score 7.87107 : H : THR OG1 B0055 <- 3.21 -> DT O4 E0015 : score 3.60492 : H : ARG NH1 B0059 <- 2.74 -> DG O6 E0014 : score 6.2238 : H : ARG NH2 B0059 <- 2.88 -> DG N7 E0014 : score 6.33545 : V : ASN CG A0053 <- 3.65 -> DT C7 D0015 : score 2.96885 : V : ASN CG B0053 <- 3.61 -> DT C7 E0015 : score 2.99746 : x : ARG xxxx A0016 <- 3.22 -> DT xxx D0013 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0035 <- 3.79 -> DA xxx E0003 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0055 <- 2.94 -> DT xxx D0015 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0056 <- 4.46 -> DT xxx D0013 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0058 <- 3.37 -> DT xxx E0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0016 <- 3.16 -> DT xxx E0013 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0035 <- 3.84 -> DA xxx D0003 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx B0056 <- 4.32 -> DT xxx E0013 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0058 <- 3.32 -> DT xxx D0004 : score x.xxxxx >1f4r_A:FMT_C-terminal_domain-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN AAG DNA REPAIR GLYCOSYLASE COMPLEXED WITH 1,N6-ETHENOADENINE-DNA organism=Homo sapiens : V : TYR CZ A0162 <- 3.80 -> DT C7 D0008 : score 5.45231 : x : MET xxxx A0164 <- 3.44 -> DA xxx E0018 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0165 <- 3.14 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >1f4s_P:Zn2/Cys6_DNA-binding_domain; title=STRUCTURE OF TRANSCRIPTIONAL FACTOR ALCR IN COMPLEX WITH A TARGET DNA organism=EMERICELLA NIDULANS : H : ARG NE P0006 <- 2.84 -> DA N3 B0002 : score 2.04759 : H : LYS NZ P0019 <- 2.42 -> DG N7 A0007 : score 5.8035 : H : ARG NE P0020 <- 2.69 -> DG N7 B0006 : score 4.52169 : H : ARG NE P0020 <- 2.64 -> DG O6 B0006 : score 4.0076 : H : ARG NH2 P0020 <- 2.77 -> DG N7 B0006 : score 6.47709 : H : ARG NH2 P0044 <- 2.92 -> DT O4 A0003 : score 3.54738 : x : MET xxxx P0001 <- 2.51 -> DT xxx A0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx P0005 <- 3.06 -> DG xxx A0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx P0016 <- 4.19 -> DT xxx B0003 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx P0021 <- 3.17 -> DC xxx B0004 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx P0045 <- 2.55 -> DG xxx A0004 : score x.xxxxx >1f5t_ABCD: title=DIPHTHERIA TOX REPRESSOR (C102D MUTANT) COMPLEXED WITH NICKEL AND DTXR CONSENSUS BINDING SEQUENCE organism=Corynebacterium diphtheriae : H : GLN OE1 B2043 <- 2.90 -> DC N4 E0321 : score 4.38362 : H : GLN OE1 D4043 <- 3.04 -> DC N4 F0424 : score 4.25837 : V : PRO CG D4039 <- 3.77 -> DT C7 F0426 : score 6.32813 : x : SER xxxx A1037 <- 3.23 -> DT xxx F0421 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A1039 <- 3.50 -> DT xxx F0421 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A1040 <- 3.24 -> DC xxx F0420 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A1043 <- 3.38 -> DG xxx F0418 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A1047 <- 4.10 -> DG xxx F0418 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B2002 <- 4.37 -> DT xxx F0416 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B2037 <- 3.31 -> DT xxx E0323 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B2039 <- 3.10 -> DT xxx E0323 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B2040 <- 3.69 -> DC xxx E0322 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B2042 <- 4.08 -> DT xxx F0410 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B2047 <- 3.75 -> DA xxx E0320 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C3037 <- 2.99 -> DT xxx E0318 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx C3039 <- 3.39 -> DT xxx F0416 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C3040 <- 3.40 -> DC xxx E0317 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C3042 <- 4.46 -> DT xxx F0415 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx C3043 <- 3.09 -> DC xxx E0317 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C3047 <- 4.33 -> DG xxx E0315 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D4002 <- 3.66 -> DA xxx F0423 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D4037 <- 3.56 -> DT xxx F0426 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D4040 <- 3.33 -> DC xxx F0425 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D4042 <- 4.46 -> DT xxx E0307 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D4047 <- 3.69 -> DA xxx F0423 : score x.xxxxx >1f66_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=2.6 A CRYSTAL STRUCTURE OF A NUCLEOSOME CORE PARTICLE CONTAINING THE VARIANT HISTONE H2A.Z organism=HOMO SAPIENS / XENOPUS LAEVIS / MUS MUSCULUS : H : ARG NH2 A0440 <- 2.72 -> DA N3 J0229 : score 3.52734 : H : ARG NH1 E0640 <- 3.14 -> DA N3 I0082 : score 3.39583 : H : ARG NH1 H1430 <- 3.08 -> DG N3 I0122 : score 2.76786 : x : LEU xxxx A0465 <- 4.10 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0483 <- 4.08 -> DC xxx I0050 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0045 <- 4.17 -> DT xxx J0226 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx E0641 <- 4.05 -> DT xxx I0006 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0665 <- 4.24 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0683 <- 3.98 -> DC xxx J0196 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx F0232 <- 4.37 -> DT xxx J0208 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0245 <- 4.35 -> DG xxx J0214 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx G1045 <- 4.23 -> DA xxx I0111 : score x.xxxxx >1f6o_A:FMT_C-terminal_domain-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN AAG DNA REPAIR GLYCOSYLASE COMPLEXED WITH DNA organism=Homo sapiens : V : TYR CZ A0162 <- 3.77 -> DT C7 D0008 : score 5.4932 : x : MET xxxx A0164 <- 3.27 -> DT xxx E0019 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0165 <- 3.14 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >1fjx_A:S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=STRUCTURE OF TERNARY COMPLEX OF HHAI METHYLTRANSFERASE MUTANT (T250G) IN COMPLEX WITH DNA AND ADOHCY organism=HAEMOPHILUS HAEMOLYTICUS : H : ARG NH2 A0240 <- 2.62 -> DG N7 D0426 : score 6.67025 : H : ARG NH2 A0240 <- 3.09 -> DG O6 D0426 : score 6.24618 : w : ARG NH1 A0240 <- 5.79 -> DA N6 D0425 : score 1.456 : x : ILE xxxx A0086 <- 3.18 -> DT xxx C0410 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0087 <- 3.54 -> DG xxx D0428 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0228 <- 3.88 -> DA xxx D0425 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0237 <- 3.12 -> DC xxx C0407 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0239 <- 4.08 -> DG xxx C0406 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0254 <- 4.07 -> DC xxx D0429 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0260 <- 4.40 -> DA xxx C0405 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0296 <- 4.04 -> DT xxx C0404 : score x.xxxxx >1fn7_A:DNA-glycosylase;TATA-box_binding_protein-like; title=COUPLING OF DAMAGE RECOGNITION AND CATALYSIS BY A HUMAN BASE-EXCISION DNA REPAIR PROTEIN organism=Homo sapiens : H : ASN ND2 A0151 <- 3.26 -> DA N3 D0022 : score 3.36658 : H : ARG NH1 A0154 <- 3.16 -> DC O2 C0008 : score 3.42646 : H : ARG NH2 A0154 <- 2.60 -> DC O2 C0008 : score 3.73733 : H : TYR OH A0203 <- 3.35 -> DG N2 D0024 : score 4.34845 : H : ARG NH1 A0204 <- 2.76 -> DC O2 C0008 : score 3.72185 : H : ARG NH2 A0204 <- 3.16 -> DC N3 C0008 : score 2.35926 : x : ASN xxxx A0149 <- 3.09 -> DG xxx D0024 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0150 <- 4.12 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx >1fos_EF: title=TWO HUMAN C-FOS:C-JUN:DNA COMPLEXES organism=HOMO SAPIENS : H : ASN OD1 E0147 <- 2.90 -> DC N4 A0012 : score 4.1449 : H : ASN ND2 E0147 <- 3.32 -> DT O4 B0029 : score 4.70859 : H : ARG NH2 E0155 <- 2.63 -> DG N7 A0010 : score 6.65737 : H : ASN ND2 F0271 <- 3.36 -> DT O4 A0007 : score 4.66655 : V : ALA CB E0150 <- 3.86 -> DT C7 B0029 : score 5.51802 : V : ALA CB F0275 <- 3.68 -> DT C7 B0033 : score 5.77011 : V : ALA CB F0274 <- 3.88 -> DT C7 A0007 : score 5.49001 : V : ALA CB E0151 <- 3.67 -> DT C7 A0011 : score 5.78412 : x : ARG xxxx F0279 <- 2.76 -> DC xxx B0032 : score x.xxxxx >1fos_GH: title=TWO HUMAN C-FOS:C-JUN:DNA COMPLEXES organism=HOMO SAPIENS : H : ASN OD1 G0147 <- 2.97 -> DC N4 D0034 : score 4.08568 : H : ASN ND2 G0147 <- 2.88 -> DT O4 C0007 : score 5.17105 : H : ARG NH1 H0279 <- 2.93 -> DG N7 C0010 : score 5.95888 : H : ARG NH2 H0279 <- 3.27 -> DG N7 C0010 : score 5.83325 : H : ARG NH2 H0279 <- 2.74 -> DG O6 C0010 : score 6.71034 : V : ALA CB G0151 <- 3.75 -> DT C7 D0033 : score 5.67208 : x : ARG xxxx G0143 <- 3.87 -> DG xxx C0005 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx G0150 <- 3.91 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx G0155 <- 2.81 -> DC xxx D0032 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx H0271 <- 3.18 -> DC xxx C0012 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx H0274 <- 4.12 -> DA xxx D0028 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx H0275 <- 3.50 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : SER xxxx H0278 <- 4.17 -> DT xxx D0029 : score x.xxxxx >1fos_H:Leucine_zipper_domain;A_DNA-binding_domain_in_eukaryotic_transcription_factors; title=TWO HUMAN C-FOS:C-JUN:DNA COMPLEXES organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH1 H0279 <- 2.93 -> DG N7 C0010 : score 5.95888 : H : ARG NH2 H0279 <- 3.27 -> DG N7 C0010 : score 5.83325 : H : ARG NH2 H0279 <- 2.74 -> DG O6 C0010 : score 6.71034 : x : ASN xxxx H0271 <- 3.18 -> DC xxx C0012 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx H0274 <- 4.12 -> DA xxx D0028 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx H0275 <- 3.50 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : SER xxxx H0278 <- 4.17 -> DT xxx D0029 : score x.xxxxx >1fw6_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF A TAQ MUTS-DNA-ADP TERNARY COMPLEX organism=Thermus aquaticus : x : PHE xxxx A0039 <- 3.48 -> DG xxx C1914 : score x.xxxxx >1g2d_F:beta-beta-alpha_zinc_fingers; title=STRUCTURE OF A CYS2HIS2 ZINC FINGER/TATA BOX COMPLEX (CLONE #2) organism=Mus musculus : H : GLN OE1 F0218 <- 2.98 -> DA N6 D0063 : score 5.69007 : H : GLN NE2 F0218 <- 3.08 -> DA N7 D0063 : score 5.71967 : H : ASN OD1 F0221 <- 2.99 -> DA N6 D0062 : score 5.69677 : H : ASN ND2 F0221 <- 2.95 -> DA N7 D0062 : score 5.53397 : H : GLN OE1 F0246 <- 2.80 -> DA N6 D0060 : score 5.90256 : H : GLN NE2 F0246 <- 3.05 -> DA N7 D0060 : score 5.75603 : w : GLN OE1 F0246 <- 5.54 -> DT O4 E0073 : score 3.148 : H : THR OG1 F0248 <- 2.66 -> DT O4 E0074 : score 4.03688 : w : THR OG1 F0248 <- 5.98 -> DT O4 E0073 : score 2.457 : H : GLN OE1 F0252 <- 2.77 -> DA N6 D0058 : score 5.93798 : H : GLN NE2 F0252 <- 3.29 -> DA N7 D0058 : score 5.46519 : w : THR OG1 F0274 <- 5.43 -> DT O4 D0057 : score 2.457 : H : THR OG1 F0277 <- 3.14 -> DC N4 D0056 : score 3.57386 : H : ARG NH1 F0280 <- 2.98 -> DG O6 E0078 : score 5.9286 : H : ARG NH1 F0280 <- 2.82 -> DG O6 D0055 : score 6.1254 : H : ARG NH2 F0280 <- 3.02 -> DG N7 D0055 : score 6.15517 : H : ARG NH2 F0280 <- 2.84 -> DG O6 D0055 : score 6.57772 : V : HIS CG F0247 <- 3.55 -> DT C7 E0073 : score 3.16135 : V : HIS CB F0276 <- 3.90 -> DT C7 E0076 : score 4.287 : V : THR CG2 F0274 <- 3.81 -> DT C7 D0057 : score 4.31738 : x : THR xxxx F0220 <- 3.10 -> DC xxx E0070 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx F0275 <- 3.42 -> DA xxx E0075 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx F0279 <- 4.45 -> DT xxx E0076 : score x.xxxxx >1g38_A:DNA_methylase_specificity_domain;S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=ADENINE-SPECIFIC METHYLTRANSFERASE M. TAQ I/DNA COMPLEX organism=Thermus aquaticus : H : LYS NZ A0116 <- 2.75 -> DC O2 C0706 : score 2.99633 : w : LYS NZ A0116 <- 5.68 -> DT O2 C0705 : score 0.459 : H : TYR OH A0117 <- 3.05 -> DG N2 C0707 : score 4.6416 : H : LYS NZ A0139 <- 2.83 -> DT O2 B0603 : score 3.69692 : H : LYS NZ A0200 <- 3.39 -> DG N7 B0608 : score 4.75715 : H : LYS NZ A0200 <- 2.79 -> DG O6 B0608 : score 5.79875 : w : LYS NZ A0200 <- 6.06 -> DT O4 B0609 : score 1.845 : H : ARG NE A0271 <- 2.91 -> DT O4 B0603 : score 1.92591 : H : ARG NH2 A0271 <- 2.77 -> DG O6 C0707 : score 6.67055 : w : GLU OE2 A0274 <- 5.58 -> DT O4 B0602 : score 2.588 : w : ARG NH2 A0296 <- 5.59 -> DC O2 C0703 : score 1.782 : H : HIS NE2 A0394 <- 2.91 -> DG O6 B0605 : score 7.7914 : V : PRO CG A0393 <- 3.54 -> DT C7 C0705 : score 6.68929 : x : VAL xxxx A0021 <- 3.32 -> DA xxx B0606 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0105 <- 2.98 -> DA xxx B0606 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0108 <- 3.25 -> DA xxx B0606 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0196 <- 3.82 -> DA xxx B0606 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0199 <- 3.46 -> DA xxx B0606 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0201 <- 4.43 -> DA xxx B0606 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0268 <- 3.70 -> DT xxx B0603 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0272 <- 3.45 -> DG xxx C0707 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0273 <- 4.15 -> DG xxx C0707 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0323 <- 3.36 -> DT xxx B0602 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0335 <- 3.65 -> DC xxx B0604 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0336 <- 3.83 -> DT xxx C0705 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0353 <- 4.16 -> DC xxx C0706 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0354 <- 3.19 -> DC xxx C0706 : score x.xxxxx >1g9y_A:Homing_endonucleases; title=HOMING ENDONUCLEASE I-CREI / DNA SUBSTRATE COMPLEX WITH CALCIUM organism=Chlamydomonas reinhardtii : w : GLN NE2 A0026 <- 5.81 -> DA N6 D0518 : score 2.962 : H : LYS NZ A0028 <- 3.00 -> DG O6 D0519 : score 5.55569 : w : LYS NZ A0028 <- 5.76 -> DA N6 C0405 : score 2.036 : w : LYS NZ A0028 <- 5.96 -> DA N6 D0518 : score 2.036 : w : ASN OD1 A0030 <- 6.50 -> DT O4 D0522 : score 3.053 : w : ASN ND2 A0030 <- 6.18 -> DT O4 D0522 : score 2.886 : w : ASN ND2 A0030 <- 6.25 -> DT O4 D0520 : score 2.886 : H : SER OG A0032 <- 3.37 -> DG N7 C0402 : score 4.00177 : w : SER OG A0032 <- 6.31 -> DT O4 D0522 : score 2.13 : H : TYR OH A0033 <- 3.02 -> DA N7 C0403 : score 3.92573 : H : TYR OH A0033 <- 3.07 -> DA N6 C0403 : score 4.07144 : H : GLN OE1 A0038 <- 3.20 -> DA N6 C0404 : score 5.43036 : H : GLN NE2 A0038 <- 2.98 -> DA N7 C0404 : score 5.84085 : w : GLN OE1 A0038 <- 5.54 -> DA N6 C0405 : score 2.78 : w : GLN OE1 A0038 <- 6.09 -> DT O4 D0520 : score 3.148 : H : GLN NE2 A0044 <- 2.92 -> DA N7 D0516 : score 5.91356 : w : GLN OE1 A0044 <- 5.78 -> DC N4 D0517 : score 3.576 : H : ARG NH1 A0068 <- 3.11 -> DG N7 C0408 : score 5.73864 : H : ARG NH2 A0068 <- 2.72 -> DG O6 C0408 : score 6.73686 : H : ARG NH1 A0070 <- 2.69 -> DG O6 D0515 : score 6.2853 : H : ARG NH2 A0070 <- 2.92 -> DG N7 D0515 : score 6.28394 : w : LYS NZ A0139 <- 6.44 -> DC O2 C0412 : score 1.398 : w : THR OG1 A0140 <- 5.58 -> DC O2 D0517 : score 2.01 : x : SER xxxx A0022 <- 4.32 -> DA xxx D0516 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0024 <- 3.63 -> DA xxx D0516 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0046 <- 3.54 -> DG xxx D0515 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0066 <- 4.20 -> DC xxx C0406 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0073 <- 3.90 -> DA xxx D0514 : score x.xxxxx >1g9y_AB:Homing_endonucleases; title=HOMING ENDONUCLEASE I-CREI / DNA SUBSTRATE COMPLEX WITH CALCIUM organism=Chlamydomonas reinhardtii : w : GLN NE2 A0026 <- 5.81 -> DA N6 D0518 : score 2.962 : H : LYS NZ A0028 <- 3.00 -> DG O6 D0519 : score 5.55569 : w : LYS NZ A0028 <- 5.76 -> DA N6 C0405 : score 2.036 : w : LYS NZ A0028 <- 5.96 -> DA N6 D0518 : score 2.036 : w : ASN OD1 A0030 <- 6.50 -> DT O4 D0522 : score 3.053 : w : ASN ND2 A0030 <- 6.18 -> DT O4 D0522 : score 2.886 : w : ASN ND2 A0030 <- 6.25 -> DT O4 D0520 : score 2.886 : H : SER OG A0032 <- 3.37 -> DG N7 C0402 : score 4.00177 : w : SER OG A0032 <- 6.31 -> DT O4 D0522 : score 2.13 : H : TYR OH A0033 <- 3.02 -> DA N7 C0403 : score 3.92573 : H : TYR OH A0033 <- 3.07 -> DA N6 C0403 : score 4.07144 : H : GLN OE1 A0038 <- 3.20 -> DA N6 C0404 : score 5.43036 : H : GLN NE2 A0038 <- 2.98 -> DA N7 C0404 : score 5.84085 : w : GLN OE1 A0038 <- 5.54 -> DA N6 C0405 : score 2.78 : w : GLN OE1 A0038 <- 6.09 -> DT O4 D0520 : score 3.148 : H : GLN NE2 A0044 <- 2.92 -> DA N7 D0516 : score 5.91356 : w : GLN OE1 A0044 <- 5.78 -> DC N4 D0517 : score 3.576 : H : ARG NH1 A0068 <- 3.11 -> DG N7 C0408 : score 5.73864 : H : ARG NH2 A0068 <- 2.72 -> DG O6 C0408 : score 6.73686 : H : ARG NH1 A0070 <- 2.69 -> DG O6 D0515 : score 6.2853 : H : ARG NH2 A0070 <- 2.92 -> DG N7 D0515 : score 6.28394 : w : LYS NZ A0139 <- 6.44 -> DC O2 C0412 : score 1.398 : w : THR OG1 A0140 <- 5.58 -> DC O2 D0517 : score 2.01 : w : GLN NE2 B0226 <- 5.35 -> DG O6 C0418 : score 2.878 : w : LYS NZ B0228 <- 5.72 -> DG O6 C0418 : score 2.896 : w : ASN OD1 B0230 <- 5.88 -> DT O4 C0422 : score 3.053 : w : ASN ND2 B0230 <- 6.22 -> DT O4 C0420 : score 2.886 : H : SER OG B0232 <- 3.17 -> DC N4 D0502 : score 3.5746 : w : SER OG B0232 <- 5.51 -> DT O4 C0422 : score 2.13 : H : TYR OH B0233 <- 2.45 -> DA N7 D0503 : score 4.39386 : H : TYR OH B0233 <- 2.91 -> DA N6 D0503 : score 4.20916 : H : GLN OE1 B0238 <- 3.23 -> DA N6 D0504 : score 5.39494 : H : GLN NE2 B0238 <- 3.05 -> DA N7 D0504 : score 5.75603 : w : GLN OE1 B0238 <- 6.10 -> DA N6 D0505 : score 2.78 : w : GLN OE1 B0238 <- 5.69 -> DT O4 C0420 : score 3.148 : w : SER OG B0240 <- 6.48 -> DA N6 D0505 : score 2.203 : H : GLN NE2 B0244 <- 3.10 -> DA N7 C0416 : score 5.69544 : w : GLN OE1 B0244 <- 5.78 -> DC N4 C0417 : score 3.576 : H : ARG NH1 B0268 <- 2.93 -> DG N7 D0508 : score 5.95888 : H : ARG NH2 B0268 <- 2.67 -> DG O6 D0508 : score 6.80317 : H : ARG NH1 B0270 <- 2.82 -> DG O6 C0415 : score 6.1254 : H : ARG NH2 B0270 <- 3.11 -> DG N7 C0415 : score 6.03928 : w : SER OG B0272 <- 5.82 -> DA N7 C0413 : score 2.337 : w : THR OG1 B0340 <- 5.35 -> DC O2 C0417 : score 2.01 : x : SER xxxx A0022 <- 4.32 -> DA xxx D0516 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0024 <- 3.63 -> DA xxx D0516 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0046 <- 3.54 -> DG xxx D0515 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0066 <- 4.20 -> DC xxx C0406 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0073 <- 3.90 -> DA xxx D0514 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0222 <- 4.03 -> DA xxx C0416 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0224 <- 3.66 -> DA xxx C0416 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0246 <- 3.87 -> DG xxx C0415 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0266 <- 4.49 -> DA xxx D0505 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0273 <- 3.69 -> DC xxx C0414 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0339 <- 4.15 -> DG xxx D0511 : score x.xxxxx >1ga5_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR REV-ERB(ALPHA) DNA- BINDING DOMAIN BOUND TO ITS COGNATE RESPONSE ELEMENT organism=Homo sapiens : H : GLU OE1 A0019 <- 2.62 -> DC N4 D0625 : score 5.97427 : H : ARG NH2 A0027 <- 2.82 -> DG N7 D0623 : score 6.41271 : H : ARG NH1 A0075 <- 2.71 -> DA N3 D0632 : score 3.70917 : H : GLU OE1 B0019 <- 3.18 -> DC N4 D0633 : score 5.3284 : H : LYS NZ B0022 <- 3.09 -> DG N7 C0606 : score 5.08076 : H : LYS NZ B0022 <- 2.76 -> DG O6 C0606 : score 5.83348 : H : ARG NH2 B0027 <- 2.66 -> DG N7 D0631 : score 6.61874 : w : ARG NH2 B0027 <- 5.98 -> DG O6 D0631 : score 2.55 : x : LYS xxxx A0022 <- 3.31 -> DG xxx C0614 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0026 <- 2.94 -> DG xxx C0614 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0073 <- 3.88 -> DT xxx C0612 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0012 <- 4.49 -> DA xxx C0605 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0026 <- 3.13 -> DG xxx C0607 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0073 <- 3.88 -> DT xxx D0638 : score x.xxxxx >1ga5_B:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR REV-ERB(ALPHA) DNA- BINDING DOMAIN BOUND TO ITS COGNATE RESPONSE ELEMENT organism=Homo sapiens : H : GLU OE1 B0019 <- 3.18 -> DC N4 D0633 : score 5.3284 : w : GLU OE1 B0019 <- 6.48 -> DA N6 D0632 : score 2.913 : H : LYS NZ B0022 <- 3.09 -> DG N7 C0606 : score 5.08076 : H : LYS NZ B0022 <- 2.76 -> DG O6 C0606 : score 5.83348 : H : ARG NH2 B0027 <- 2.66 -> DG N7 D0631 : score 6.61874 : w : ARG NH2 B0027 <- 5.98 -> DG O6 D0631 : score 2.55 : x : HIS xxxx B0012 <- 4.49 -> DA xxx C0605 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0026 <- 3.13 -> DG xxx C0607 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0073 <- 3.88 -> DT xxx D0638 : score x.xxxxx >1ga5_EF: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR REV-ERB(ALPHA) DNA- BINDING DOMAIN BOUND TO ITS COGNATE RESPONSE ELEMENT organism=Homo sapiens : H : LYS NZ E0022 <- 2.78 -> DG N7 G0614 : score 5.41516 : w : LYS NZ E0022 <- 5.07 -> DG O6 G0615 : score 2.896 : H : ARG NH2 E0027 <- 2.78 -> DG N7 H0623 : score 6.46422 : H : ARG NH1 E0075 <- 2.45 -> DA N3 H0632 : score 3.89864 : H : GLU OE1 F0019 <- 2.66 -> DC N4 H0633 : score 5.92813 : H : LYS NZ F0022 <- 3.17 -> DG N7 G0606 : score 4.99446 : H : LYS NZ F0022 <- 2.81 -> DG O6 G0606 : score 5.77561 : w : ARG NH1 F0026 <- 5.12 -> DG O6 G0607 : score 2.757 : H : ARG NH2 F0027 <- 2.64 -> DG N7 H0631 : score 6.64449 : x : GLU xxxx E0019 <- 2.51 -> DC xxx H0625 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0026 <- 2.98 -> DG xxx G0614 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx E0073 <- 4.02 -> DT xxx G0612 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx F0073 <- 4.35 -> DT xxx H0638 : score x.xxxxx >1gau_A:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=SOLUTION STRUCTURE OF THE SPECIFIC DNA COMPLEX OF THE ZINC CONTAINING DNA BINDING DOMAIN OF THE ERYTHROID TRANSCRIPTION FACTOR GATA-1 BY MULTIDIMENSIONAL NMR organism=? : V : LEU CG A0017 <- 3.84 -> DT C7 C0125 : score 4.33265 : x : THR xxxx A0016 <- 2.67 -> DT xxx C0125 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0029 <- 3.66 -> DA xxx C0124 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0033 <- 3.16 -> DA xxx C0124 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0037 <- 3.88 -> DT xxx C0122 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0057 <- 3.86 -> DT xxx B0109 : score x.xxxxx >1gji_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF C-REL BOUND TO DNA organism=Gallus gallus : H : ARG NH2 A0021 <- 3.27 -> DG O6 D0305 : score 6.00748 : H : ARG NH2 A0023 <- 2.67 -> DG O6 D0304 : score 6.80317 : H : ARG NH1 B0021 <- 3.02 -> DG N7 C0010 : score 5.84876 : H : ARG NH2 B0021 <- 3.12 -> DG N7 C0010 : score 6.0264 : H : ARG NH2 B0021 <- 2.65 -> DG O6 C0010 : score 6.82969 : H : GLU OE2 B0027 <- 2.58 -> DC N4 D0311 : score 5.74066 A : x : TYR xxxx A0024 <- 3.24 -> DT xxx C0015 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0026 <- 3.77 -> DT xxx C0015 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0027 <- 3.65 -> DC xxx C0016 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0178 <- 3.48 -> DT xxx C0015 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0023 <- 3.94 -> DA xxx C0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0024 <- 3.60 -> DT xxx D0310 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0026 <- 3.93 -> DT xxx D0310 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0178 <- 3.74 -> DT xxx D0309 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0209 <- 3.45 -> DT xxx D0308 : score x.xxxxx >1glu_A:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE INTERACTION OF THE GLUCOCORTICOID RECEPTOR WITH DNA organism=Rattus norvegicus : w : LYS NZ A0461 <- 5.59 -> DT O4 C0006 : score 1.845 : H : ARG NH1 A0466 <- 2.96 -> DG O6 C0004 : score 5.9532 : H : ARG NH2 A0466 <- 2.66 -> DG N7 C0004 : score 6.61874 : H : ARG NH2 A0466 <- 2.87 -> DG O6 C0004 : score 6.53794 : x : VAL xxxx A0462 <- 3.06 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0511 <- 3.33 -> DC xxx D-009 : score x.xxxxx >1glu_AB:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE INTERACTION OF THE GLUCOCORTICOID RECEPTOR WITH DNA organism=Rattus norvegicus : w : LYS NZ A0461 <- 5.59 -> DT O4 C0006 : score 1.845 : H : ARG NH1 A0466 <- 2.96 -> DG O6 C0004 : score 5.9532 : H : ARG NH2 A0466 <- 2.66 -> DG N7 C0004 : score 6.61874 : H : ARG NH2 A0466 <- 2.87 -> DG O6 C0004 : score 6.53794 : x : VAL xxxx A0462 <- 3.06 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0511 <- 3.33 -> DC xxx D-009 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0461 <- 2.73 -> DG xxx C-007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0466 <- 3.42 -> DT xxx D0003 : score x.xxxxx >1gt0_C:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;Homeodomain-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A POU/HMG/DNA TERNARY COMPLEX organism=HOMO SAPIENS : H : GLN OE1 C0044 <- 2.96 -> DA N6 A0013 : score 5.71368 : H : GLN NE2 C0044 <- 3.03 -> DA N7 A0013 : score 5.78026 : H : THR OG1 C0045 <- 2.77 -> DT O4 A0014 : score 3.95048 : H : THR OG1 C0045 <- 2.83 -> DC N4 B0035 : score 3.81161 : H : ARG NH1 C0049 <- 3.36 -> DG O6 A0015 : score 5.4612 : H : ARG NH2 C0049 <- 3.23 -> DG N7 A0015 : score 5.88475 : H : ARG NH1 C0105 <- 2.91 -> DT O2 A0017 : score 4.28314 : H : ARG NH2 C0105 <- 3.03 -> DT O2 A0017 : score 4.15724 : H : ASN OD1 C0151 <- 2.88 -> DA N6 A0019 : score 5.82705 : H : ASN ND2 C0151 <- 2.92 -> DA N7 A0019 : score 5.5682 : V : VAL CG2 C0147 <- 3.74 -> DT C7 A0020 : score 6.34193 : x : SER xxxx C0043 <- 3.96 -> DG xxx B0034 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0048 <- 3.75 -> DT xxx A0014 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0150 <- 3.16 -> DC xxx B0029 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx C0154 <- 3.63 -> DA xxx B0030 : score x.xxxxx >1gt0_CD: title=CRYSTAL STRUCTURE OF A POU/HMG/DNA TERNARY COMPLEX organism=HOMO SAPIENS / MUS MUSCULUS : H : GLN OE1 C0044 <- 2.96 -> DA N6 A0013 : score 5.71368 : H : GLN NE2 C0044 <- 3.03 -> DA N7 A0013 : score 5.78026 : H : THR OG1 C0045 <- 2.77 -> DT O4 A0014 : score 3.95048 : H : THR OG1 C0045 <- 2.83 -> DC N4 B0035 : score 3.81161 : H : ARG NH1 C0049 <- 3.36 -> DG O6 A0015 : score 5.4612 : H : ARG NH2 C0049 <- 3.23 -> DG N7 A0015 : score 5.88475 : H : ARG NH1 C0105 <- 2.91 -> DT O2 A0017 : score 4.28314 : H : ARG NH2 C0105 <- 3.03 -> DT O2 A0017 : score 4.15724 : H : ASN OD1 C0151 <- 2.88 -> DA N6 A0019 : score 5.82705 : H : ASN ND2 C0151 <- 2.92 -> DA N7 A0019 : score 5.5682 : H : ARG NH1 D0005 <- 3.05 -> DT O2 A0008 : score 4.16051 : H : ARG NH1 D0005 <- 2.88 -> DC O2 B0043 : score 3.63323 : H : ARG NH2 D0005 <- 3.01 -> DT O2 A0008 : score 4.17467 : H : ASN ND2 D0008 <- 3.06 -> DT O2 A0006 : score 4.64277 : H : ASN ND2 D0030 <- 2.60 -> DG N3 B0047 : score 5.03067 : H : SER OG D0031 <- 3.23 -> DC O2 A0003 : score 2.30844 : H : SER OG D0034 <- 2.54 -> DT O2 A0004 : score 3.88026 : H : TYR OH D0072 <- 2.90 -> DA N3 B0042 : score 4.21777 : V : VAL CG2 C0147 <- 3.74 -> DT C7 A0020 : score 6.34193 : x : SER xxxx C0043 <- 3.96 -> DG xxx B0034 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0048 <- 3.75 -> DT xxx A0014 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0150 <- 3.16 -> DC xxx B0029 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx C0154 <- 3.63 -> DA xxx B0030 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx D0010 <- 3.63 -> DT xxx A0005 : score x.xxxxx : x : MET xxxx D0011 <- 3.07 -> DA xxx B0045 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0018 <- 2.98 -> DA xxx B0046 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0076 <- 3.54 -> DG xxx A0011 : score x.xxxxx >1gtw_A:Leucine_zipper_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE TOM-1A PROMOTER organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH1 A0278 <- 3.11 -> DA N7 C0011 : score 2.47969 : H : ASN OD1 A0281 <- 2.91 -> DA N6 C0011 : score 5.79152 : H : ASN ND2 A0281 <- 3.01 -> DT O4 D0106 : score 5.03441 : w : ASN ND2 A0281 <- 6.16 -> DA N6 D0105 : score 2.759 : H : ARG NH1 A0289 <- 2.60 -> DG O6 C0009 : score 6.396 : H : ARG NH2 A0289 <- 2.96 -> DG N7 C0009 : score 6.23243 : w : ARG NH1 A0289 <- 6.48 -> DG O6 D0108 : score 2.757 : x : ALA xxxx A0284 <- 4.03 -> DA xxx D0105 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0285 <- 3.26 -> DT xxx D0107 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0288 <- 4.26 -> DT xxx D0107 : score x.xxxxx >1gtw_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE TOM-1A PROMOTER organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH1 A0278 <- 3.11 -> DA N7 C0011 : score 2.47969 : H : ASN OD1 A0281 <- 2.91 -> DA N6 C0011 : score 5.79152 : H : ASN ND2 A0281 <- 3.01 -> DT O4 D0106 : score 5.03441 : w : ASN ND2 A0281 <- 6.16 -> DA N6 D0105 : score 2.759 : H : ARG NH1 A0289 <- 2.60 -> DG O6 C0009 : score 6.396 : H : ARG NH2 A0289 <- 2.96 -> DG N7 C0009 : score 6.23243 : w : ARG NH1 A0289 <- 6.48 -> DG O6 D0108 : score 2.757 : w : ARG NH1 B0278 <- 6.48 -> DA N6 D0113 : score 1.456 : H : ASN OD1 B0281 <- 2.81 -> DC N4 D0112 : score 4.22103 : H : ASN ND2 B0281 <- 2.99 -> DT O4 C0005 : score 5.05543 : w : ASN ND2 B0281 <- 5.78 -> DG N7 C0004 : score 2.926 : w : ASN OD1 B0282 <- 5.91 -> DC N4 D0111 : score 2.813 : H : ARG NH1 B0289 <- 2.71 -> DG O6 D0110 : score 6.2607 : H : ARG NH2 B0289 <- 3.17 -> DG O6 D0110 : score 6.14009 : H : ARG NH2 B0289 <- 2.68 -> DG O6 C0007 : score 6.78991 : w : ARG NH2 B0289 <- 5.62 -> DG N7 C0007 : score 1.931 : x : ALA xxxx A0284 <- 4.03 -> DA xxx D0105 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0285 <- 3.26 -> DT xxx D0107 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0288 <- 4.26 -> DT xxx D0107 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0284 <- 4.02 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx 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C0012 : score 2.49026 : H : ASN OD1 A0281 <- 2.92 -> DA N6 C0012 : score 5.77967 : H : ASN ND2 A0281 <- 3.07 -> DT O4 D0105 : score 4.97135 : w : ASN ND2 A0281 <- 6.03 -> DA N6 D0104 : score 2.759 : H : ARG NH1 A0289 <- 2.69 -> DG O6 C0010 : score 6.2853 : H : ARG NH2 A0289 <- 3.06 -> DG N7 C0010 : score 6.10366 : w : ARG NH1 A0289 <- 6.24 -> DG O6 D0107 : score 2.757 : H : ARG NH1 B0278 <- 3.02 -> DA N7 D0111 : score 2.52727 : H : ASN OD1 B0281 <- 2.97 -> DA N6 D0111 : score 5.72045 : H : ASN ND2 B0281 <- 2.98 -> DT O4 C0006 : score 5.06594 : w : ASN ND2 B0281 <- 6.15 -> DA N6 C0005 : score 2.759 : w : ASN OD1 B0282 <- 5.88 -> DC N4 D0110 : score 2.813 : H : ARG NH1 B0289 <- 3.49 -> DG O6 C0008 : score 5.3013 : H : ARG NH2 B0289 <- 3.25 -> DG N7 C0008 : score 5.859 : w : ARG NH1 B0289 <- 5.05 -> DG O6 D0109 : score 2.757 : x : ALA xxxx A0284 <- 4.11 -> DT xxx D0105 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0285 <- 3.27 -> DT xxx D0106 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0288 <- 4.17 -> DT xxx D0106 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0284 <- 4.07 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0285 <- 3.35 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0288 <- 3.92 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx >1gu5_A:Leucine_zipper_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE MIM-1 PROMOTER organism=HOMO SAPIENS : H : ASN OD1 A0281 <- 2.97 -> DA N6 C0012 : score 5.72045 : H : ASN ND2 A0281 <- 2.96 -> DT O4 D0105 : score 5.08696 : w : ASN ND2 A0281 <- 6.60 -> DA N6 D0104 : score 2.759 : w : ASN OD1 A0282 <- 5.95 -> DC N4 C0011 : score 2.813 : H : ARG NH1 A0289 <- 3.15 -> DG O6 D0107 : score 5.7195 : H : ARG NH2 A0289 <- 2.60 -> DG N7 D0107 : score 6.696 : w : ARG NH1 A0289 <- 5.95 -> DC N4 C0010 : score 1.531 : V : ALA CB A0284 <- 3.86 -> DT C7 D0105 : score 5.51802 : x : ARG xxxx A0278 <- 3.10 -> DC xxx C0011 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0285 <- 3.14 -> DT xxx D0106 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0288 <- 3.89 -> DT xxx D0106 : score x.xxxxx >1gu5_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE MIM-1 PROMOTER organism=HOMO SAPIENS : H : ASN OD1 A0281 <- 2.97 -> DA N6 C0012 : score 5.72045 : H : ASN ND2 A0281 <- 2.96 -> DT O4 D0105 : score 5.08696 : w : ASN ND2 A0281 <- 6.60 -> DA N6 D0104 : score 2.759 : w : ASN OD1 A0282 <- 5.95 -> DC N4 C0011 : score 2.813 : H : ARG NH1 A0289 <- 3.15 -> DG O6 D0107 : score 5.7195 : H : ARG NH2 A0289 <- 2.60 -> DG N7 D0107 : score 6.696 : w : ARG NH1 A0289 <- 5.95 -> DC N4 C0010 : score 1.531 : H : ARG NH1 B0278 <- 3.15 -> DA N7 D0111 : score 2.45854 : H : ASN OD1 B0281 <- 2.80 -> DA N6 D0111 : score 5.92179 : H : ASN ND2 B0281 <- 2.90 -> DT O4 C0006 : score 5.15003 : w : ASN ND2 B0281 <- 6.41 -> DG O6 C0005 : score 3.331 : w : ASN OD1 B0282 <- 5.80 -> DC N4 D0110 : score 2.813 : V : ALA CB A0284 <- 3.86 -> DT C7 D0105 : score 5.51802 : x : ARG xxxx A0278 <- 3.10 -> DC xxx C0011 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0285 <- 3.14 -> DT xxx D0106 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0288 <- 3.89 -> DT xxx D0106 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0284 <- 4.08 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0285 <- 3.28 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0288 <- 3.96 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0289 <- 3.78 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx >1gxp_A:C-terminal_effector_domain_of_the_bipartite_response_regulators; title=PHOB EFFECTOR DOMAIN IN COMPLEX WITH PHO BOX DNA. organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH1 A0201 <- 2.77 -> DG O6 C0006 : score 6.1869 : V : VAL CG2 A0197 <- 3.88 -> DT C7 C0007 : score 6.12324 : x : ARG xxxx A0193 <- 3.49 -> DT xxx D0014 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0194 <- 3.64 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0196 <- 4.23 -> DA xxx D0015 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0200 <- 4.06 -> DG xxx D0017 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0219 <- 3.22 -> DA xxx C0013 : score x.xxxxx >1gxp_AB: title=PHOB EFFECTOR DOMAIN IN COMPLEX WITH PHO BOX DNA. organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH1 A0201 <- 2.77 -> DG O6 C0006 : score 6.1869 : H : ARG NH1 B0201 <- 2.71 -> DG O6 C0017 : score 6.2607 : V : VAL CG2 A0197 <- 3.88 -> DT C7 C0007 : score 6.12324 : V : VAL CG2 B0197 <- 3.57 -> DT C7 C0018 : score 6.60748 : x : ARG xxxx A0193 <- 3.49 -> DT xxx D0014 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0194 <- 3.64 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0196 <- 4.23 -> DA xxx D0015 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0200 <- 4.06 -> DG xxx D0017 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0219 <- 3.22 -> DA xxx C0013 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0193 <- 3.75 -> DC xxx D0003 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0194 <- 4.06 -> DT xxx C0018 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0200 <- 3.77 -> DG xxx D0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0219 <- 3.21 -> DC xxx D0002 : score x.xxxxx >1gxp_EF: title=PHOB EFFECTOR DOMAIN IN COMPLEX WITH PHO BOX DNA. organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH2 E0201 <- 2.78 -> DG O6 G0006 : score 6.65729 : H : ARG NH2 F0201 <- 2.79 -> DG O6 G0017 : score 6.64403 : V : VAL CB F0197 <- 3.55 -> DT C7 G0018 : score 4.07673 : x : ARG xxxx E0193 <- 3.45 -> DT xxx H0014 : score x.xxxxx : x : THR xxxx E0194 <- 4.06 -> DT xxx G0007 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx E0197 <- 3.93 -> DC xxx G0008 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0200 <- 3.75 -> DG xxx H0017 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0219 <- 3.29 -> DT xxx H0012 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0193 <- 3.88 -> DC xxx H0003 : score x.xxxxx : x : THR xxxx F0194 <- 4.21 -> DT xxx G0018 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0200 <- 2.81 -> DG xxx H0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0219 <- 3.40 -> DC xxx H0002 : score x.xxxxx >1h0m_AB: title=THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE QUORUM SENSING PROTEIN TRAR BOUND TO ITS AUTOINDUCER AND TO ITS TARGET DNA organism=Rhizobium radiobacter : H : ARG NH1 A0206 <- 2.88 -> DG O6 F0005 : score 6.0516 : H : ARG NH2 A0206 <- 3.09 -> DG N7 F0005 : score 6.06503 : H : ARG NH2 A0210 <- 2.89 -> DT O4 F0004 : score 3.56919 : H : ARG NH1 B0206 <- 2.79 -> DG O6 E0005 : score 6.1623 : H : ARG NH2 B0206 <- 3.10 -> DG N7 E0005 : score 6.05215 : H : ARG NH2 B0210 <- 2.82 -> DT O4 E0004 : score 3.62008 : V : VAL CG2 A0207 <- 3.85 -> DT C7 F0004 : score 6.1701 : V : VAL CG2 B0207 <- 3.54 -> DT C7 E0004 : score 6.65434 : x : TYR xxxx A0202 <- 4.24 -> DT xxx E0012 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0203 <- 3.73 -> DT xxx F0004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0202 <- 4.23 -> DT xxx F0012 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0203 <- 4.18 -> DT xxx E0004 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx B0211 <- 3.94 -> DT xxx E0002 : score x.xxxxx >1h0m_C:Pheromone-binding_domain_of_LuxR-like_quorum-sensing_transcription_factors;C-terminal_effector_domain_of_the_bipartite_response_regulators; title=THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE QUORUM SENSING PROTEIN TRAR BOUND TO ITS AUTOINDUCER AND TO ITS TARGET DNA organism=Rhizobium radiobacter : H : ARG NH1 C0206 <- 2.84 -> DG O6 H0005 : score 6.1008 : H : ARG NH2 C0206 <- 2.97 -> DG N7 H0005 : score 6.21955 : H : ARG NH2 C0210 <- 2.89 -> DT O4 H0004 : score 3.56919 : V : VAL CG2 C0207 <- 3.73 -> DT C7 H0004 : score 6.35755 : x : TYR xxxx C0202 <- 4.37 -> DT xxx G0012 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0203 <- 3.86 -> DT xxx H0004 : score x.xxxxx >1h0m_CD: title=THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE QUORUM SENSING PROTEIN TRAR BOUND TO ITS AUTOINDUCER AND TO ITS TARGET DNA organism=Rhizobium radiobacter : H : ARG NH1 C0206 <- 2.84 -> DG O6 H0005 : score 6.1008 : H : ARG NH2 C0206 <- 2.97 -> DG N7 H0005 : score 6.21955 : H : ARG NH2 C0210 <- 2.89 -> DT O4 H0004 : score 3.56919 : H : ARG NH1 D0206 <- 2.94 -> DG O6 G0005 : score 5.9778 : H : ARG NH2 D0206 <- 3.12 -> DG N7 G0005 : score 6.0264 : H : ARG NH2 D0210 <- 2.78 -> DT O4 G0004 : score 3.64915 : V : VAL CG2 C0207 <- 3.73 -> DT C7 H0004 : score 6.35755 : x : TYR xxxx C0202 <- 4.37 -> DT xxx G0012 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0203 <- 3.86 -> DT xxx H0004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0202 <- 4.50 -> DT xxx H0012 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx D0203 <- 4.29 -> DT xxx G0004 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx D0207 <- 3.43 -> DT xxx G0004 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx D0211 <- 3.82 -> DT xxx G0002 : score x.xxxxx >1h38_C:DNA/RNA_polymerases; title=STRUCTURE OF A T7 RNA POLYMERASE ELONGATION COMPLEX AT 2.9A RESOLUTION organism=BACTERIOPHAGE T7 : x : PHE xxxx C0644 <- 3.04 -> DA xxx K0009 : score x.xxxxx >1h6f_AB: title=HUMAN TBX3, A TRANSCRIPTION FACTOR RESPONSIBLE FOR ULNAR-MAMMARY SYNDROME, BOUND TO A PALINDROMIC DNA SITE organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH2 A0130 <- 3.00 -> DG N7 D0018 : score 6.18092 : H : ARG NH2 B0130 <- 3.04 -> DG N7 C0018 : score 6.12942 : V : ALA CB B0263 <- 3.73 -> DT C7 D0005 : score 5.70009 : V : ALA CB A0263 <- 3.80 -> DT C7 C0005 : score 5.60205 : x : THR xxxx A0262 <- 3.43 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0279 <- 3.41 -> DG xxx D0015 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0283 <- 3.39 -> DG xxx D0018 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0262 <- 3.48 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0279 <- 4.00 -> DT xxx D0013 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0283 <- 3.34 -> DG xxx C0018 : score x.xxxxx >1h88_ABC: title=CRYSTAL STRUCTURE OF TERNARY PROTEIN-DNA COMPLEX1 organism=HOMO SAPIENS / MUS MUSCULUS : H : ARG NH1 A0278 <- 2.57 -> DA N7 D0011 : score 2.76519 : H : ASN OD1 A0281 <- 3.42 -> DA N6 D0011 : score 5.18749 : H : ASN ND2 A0281 <- 3.16 -> DT O4 E0016 : score 4.87676 : H : ARG NH1 A0289 <- 3.29 -> DG N7 D0009 : score 5.51839 : H : ARG NH2 A0289 <- 2.54 -> DG O6 D0009 : score 6.97557 : H : ASN OD1 B0281 <- 3.18 -> DC N4 E0022 : score 3.90805 : H : ASN ND2 B0281 <- 3.25 -> DT O4 D0005 : score 4.78217 : w : ASN ND2 B0281 <- 6.21 -> DG O6 D0004 : score 3.331 : H : ARG NH1 B0289 <- 2.79 -> DG O6 E0020 : score 6.1623 : H : ARG NH2 B0289 <- 2.61 -> DG O6 D0007 : score 6.88274 : H : LYS NZ C0128 <- 2.40 -> DG O6 D0022 : score 6.25015 : H : GLU OE1 C0132 <- 3.13 -> DC N4 D0020 : score 5.38607 : H : ASN OD1 C0179 <- 3.19 -> DA N6 D0019 : score 5.45989 : H : ASN ND2 C0179 <- 3.22 -> DA N7 D0019 : score 5.2259 : H : LYS NZ C0182 <- 3.05 -> DG N7 E0008 : score 5.12391 : H : LYS NZ C0182 <- 2.65 -> DT O4 E0009 : score 3.64594 : H : ASN OD1 C0183 <- 3.08 -> DA N6 D0018 : score 5.59017 : H : ASN ND2 C0183 <- 2.92 -> DA N7 D0018 : score 5.5682 : V : VAL CG2 B0285 <- 3.88 -> DT C7 D0005 : score 6.12324 : x : ALA xxxx A0284 <- 4.16 -> DA xxx E0015 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0285 <- 3.24 -> DT xxx E0017 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0288 <- 4.31 -> DT xxx E0016 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0278 <- 3.22 -> DC xxx E0022 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0282 <- 3.87 -> DC xxx E0021 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0284 <- 4.27 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0288 <- 4.07 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0131 <- 4.09 -> DT xxx E0005 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx C0178 <- 4.45 -> DC xxx E0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0186 <- 3.55 -> DT xxx E0009 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0187 <- 4.10 -> DT xxx D0016 : score x.xxxxx >1h88_C:Homeodomain-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF TERNARY PROTEIN-DNA COMPLEX1 organism=MUS MUSCULUS : H : LYS NZ C0128 <- 2.40 -> DG O6 D0022 : score 6.25015 : H : GLU OE1 C0132 <- 3.13 -> DC N4 D0020 : score 5.38607 : H : ASN OD1 C0179 <- 3.19 -> DA N6 D0019 : score 5.45989 : H : ASN ND2 C0179 <- 3.22 -> DA N7 D0019 : score 5.2259 : H : LYS NZ C0182 <- 3.05 -> DG N7 E0008 : score 5.12391 : H : LYS NZ C0182 <- 2.65 -> DT O4 E0009 : score 3.64594 : H : ASN OD1 C0183 <- 3.08 -> DA N6 D0018 : score 5.59017 : H : ASN ND2 C0183 <- 2.92 -> DA N7 D0018 : score 5.5682 : x : ARG xxxx C0131 <- 4.09 -> DT xxx E0005 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx C0178 <- 4.45 -> DC xxx E0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0186 <- 3.55 -> DT xxx E0009 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0187 <- 4.10 -> DT xxx D0016 : score x.xxxxx >1h89_A:Leucine_zipper_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF TERNARY PROTEIN-DNA COMPLEX2 organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH1 A0278 <- 3.04 -> DA N7 D0011 : score 2.5167 : H : ASN OD1 A0281 <- 3.25 -> DA N6 D0011 : score 5.38883 : H : ASN ND2 A0281 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-> DG N7 D0004 : score 2.926 : w : ASN OD1 B0282 <- 6.02 -> DC N4 E0021 : score 2.813 : H : ARG NH1 B0289 <- 2.49 -> DG O6 E0020 : score 6.5313 : H : ARG NH2 B0289 <- 3.18 -> DG O6 E0020 : score 6.12683 : H : ARG NH2 B0289 <- 2.58 -> DG O6 D0007 : score 6.92252 : H : LYS NZ C0128 <- 2.57 -> DG O6 D0022 : score 6.05339 : H : GLU OE2 C0132 <- 3.03 -> DC N4 D0020 : score 5.24578 : w : GLU OE1 C0132 <- 5.63 -> DG O6 D0021 : score 2.387 : w : GLU OE2 C0132 <- 5.76 -> DC N4 E0007 : score 3.453 : H : ASN OD1 C0179 <- 3.07 -> DA N6 D0019 : score 5.60202 : H : LYS NZ C0182 <- 2.54 -> DG N7 E0008 : score 5.67406 : H : ASN OD1 C0183 <- 2.91 -> DA N6 D0018 : score 5.79152 : H : ASN ND2 C0183 <- 3.02 -> DA N7 D0018 : score 5.4541 : w : ASN OD1 C0183 <- 5.57 -> DT O4 E0009 : score 3.053 : w : ASN ND2 C0186 <- 6.00 -> DT O4 E0009 : score 2.886 : V : VAL CG2 A0285 <- 3.76 -> DT C7 E0016 : score 6.31069 : V : VAL CG2 B0285 <- 3.72 -> DT C7 D0005 : score 6.37317 : x : ALA xxxx A0284 <- 4.03 -> DA xxx E0015 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0288 <- 4.33 -> DT xxx E0017 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0278 <- 3.37 -> DC xxx E0021 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0284 <- 4.35 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0288 <- 3.95 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0131 <- 3.96 -> DT xxx E0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0187 <- 4.23 -> DT xxx D0017 : score x.xxxxx >1h8a_ABC: title=CRYSTAL STRUCTURE OF TERNARY PROTEIN-DNA COMPLEX3 organism=HOMO SAPIENS / AVIAN MYELOBLASTOSIS VIRUS : H : ARG NH1 A0278 <- 3.12 -> DA N7 D0011 : score 2.4744 : H : ASN OD1 A0281 <- 2.93 -> DA N6 D0011 : score 5.76783 : H : ASN ND2 A0281 <- 3.06 -> DT O4 E0016 : score 4.98186 : w : ASN ND2 A0281 <- 6.57 -> DA N6 E0015 : score 2.759 : H : ARG NH1 A0289 <- 3.13 -> DG N7 D0009 : score 5.71416 : H : ARG NH2 A0289 <- 2.64 -> DG O6 D0009 : score 6.84295 : w : ARG NH2 A0289 <- 6.34 -> DG O6 E0018 : score 2.55 : w : ARG NH1 B0278 <- 6.11 -> DA N6 E0023 : score 1.456 : H : ASN OD1 B0281 <- 3.08 -> DC N4 E0022 : score 3.99264 : H : ASN ND2 B0281 <- 2.78 -> DT O4 D0005 : score 5.27615 : w : ASN ND2 B0281 <- 5.68 -> DG N7 D0004 : score 2.926 : w : ASN OD1 B0282 <- 5.87 -> DC N4 E0021 : score 2.813 : H : ARG NH1 B0289 <- 2.62 -> DG O6 E0020 : score 6.3714 : H : ARG NH2 B0289 <- 3.09 -> DG O6 E0020 : score 6.24618 : H : ARG NH2 B0289 <- 2.65 -> DG O6 D0007 : score 6.82969 : H : LYS NZ C0128 <- 2.59 -> DG O6 D0022 : score 6.03024 : H : GLU OE1 C0132 <- 3.09 -> DC N4 D0020 : score 5.4322 : H : ASN OD1 C0179 <- 3.07 -> DA N6 D0019 : score 5.60202 : H : LYS NZ C0182 <- 2.81 -> DG N7 E0008 : score 5.3828 : H : ASN OD1 C0183 <- 2.91 -> DA N6 D0018 : score 5.79152 : H : ASN ND2 C0183 <- 3.18 -> DA N7 D0018 : score 5.27154 : V : VAL CG2 B0285 <- 3.61 -> DT C7 D0005 : score 6.54499 : x : ALA xxxx A0284 <- 4.13 -> DA xxx E0015 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0285 <- 3.29 -> DT xxx E0017 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0288 <- 4.19 -> DT xxx E0017 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0284 <- 4.08 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0288 <- 4.19 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0131 <- 4.20 -> DT xxx E0005 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0186 <- 3.57 -> DT xxx E0009 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0187 <- 4.18 -> DT xxx D0017 : score x.xxxxx >1h8a_B:Leucine_zipper_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF TERNARY PROTEIN-DNA COMPLEX3 organism=? : w : ARG NH1 B0278 <- 6.11 -> DA N6 E0023 : score 1.456 : H : ASN OD1 B0281 <- 3.08 -> DC N4 E0022 : score 3.99264 : H : ASN ND2 B0281 <- 2.78 -> DT O4 D0005 : score 5.27615 : w : ASN ND2 B0281 <- 5.68 -> DG N7 D0004 : score 2.926 : w : ASN OD1 B0282 <- 5.87 -> DC N4 E0021 : score 2.813 : H : ARG NH1 B0289 <- 2.62 -> DG O6 E0020 : score 6.3714 : H : ARG NH2 B0289 <- 2.65 -> DG O6 D0007 : score 6.82969 : H : ARG NH2 B0289 <- 3.09 -> DG O6 E0020 : score 6.24618 : V : VAL CG2 B0285 <- 3.61 -> DT C7 D0005 : score 6.54499 : x : ALA xxxx B0284 <- 4.08 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0288 <- 4.19 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx >1h9d_C:p53-like_transcription_factors; title=AML1/CBF-BETA/DNA COMPLEX organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH1 C0080 <- 2.77 -> DG N7 G0004 : score 6.15466 : H : ARG NH2 C0080 <- 2.63 -> DG O6 G0004 : score 6.85622 : H : ARG NH1 C0142 <- 3.21 -> DA N3 H0002 : score 3.34482 : H : ARG NH2 C0142 <- 3.02 -> DC O2 H0001 : score 3.43547 : H : ASP OD1 C0171 <- 2.94 -> DC N4 H0005 : score 5.12917 : H : ASP OD2 C0171 <- 3.10 -> DC N4 H0004 : score 5.79546 : H : ARG NH1 C0174 <- 3.18 -> DG O6 G0006 : score 5.6826 : H : ARG NH2 C0174 <- 3.17 -> DG N7 G0006 : score 5.96202 : H : ARG NH2 C0177 <- 2.83 -> DG O6 G0007 : score 6.59098 : x : VAL xxxx C0170 <- 3.56 -> DC xxx H0005 : score x.xxxxx >1h9t_AB: title=FADR, FATTY ACID RESPONSIVE TRANSCRIPTION FACTOR FROM E. COLI IN COMPLEX WITH FADB OPERATOR organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH2 A0035 <- 3.01 -> DG O6 Y0006 : score 6.35228 : H : ARG NH1 A0045 <- 2.68 -> DG O6 Y0007 : score 6.2976 : H : ARG NH2 A0045 <- 2.74 -> DG N7 Y0007 : score 6.51572 : H : ARG NH2 A0045 <- 3.24 -> DG O6 Y0007 : score 6.04726 : H : THR OG1 A0046 <- 3.32 -> DC N4 X0010 : score 3.43582 : H : HIS NE2 A0065 <- 2.99 -> DA N3 X0015 : score 4.05767 : H : ARG NH1 B0035 <- 2.64 -> DG N7 X0006 : score 6.31372 : H : ARG NH2 B0035 <- 2.96 -> DG O6 X0006 : score 6.41858 : H : ARG NH1 B0045 <- 2.84 -> DG O6 X0007 : score 6.1008 : H : ARG NH2 B0045 <- 2.66 -> DG N7 X0007 : score 6.61874 : H : THR OG1 B0046 <- 3.05 -> DG O6 Y0010 : score 3.96686 : x : THR xxxx A0044 <- 3.77 -> DC xxx X0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0049 <- 3.44 -> DT xxx Y0008 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0050 <- 4.08 -> DT xxx X0008 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0044 <- 3.40 -> DG xxx Y0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0049 <- 3.45 -> DT xxx X0008 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx B0050 <- 4.12 -> DT xxx Y0008 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0065 <- 3.51 -> DA xxx Y0015 : score x.xxxxx >1hao_H:?;Trypsin-like_serine_proteases;?;?; title=COMPLEX OF HUMAN ALPHA-THROMBIN WITH A 15MER OLIGONUCLEOTIDE GGTTGGTGTGGTTGG (BASED ON NMR MODEL OF DNA) organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH2 H0075 <- 2.33 -> DT O4 D0413 : score 3.97627 : H : ARG NE H0077 <- 2.59 -> DT O2 D0413 : score 2.64241 : x : ILE xxxx H0024 <- 3.81 -> DT xxx D0412 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx H0071 <- 3.86 -> DT xxx D0412 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx H0076 <- 3.40 -> DT xxx D0403 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx H0078 <- 4.20 -> DT xxx D0413 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx H0079 <- 2.50 -> DT xxx D0412 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx H0082 <- 3.81 -> DT xxx D0403 : score x.xxxxx >1hbx_ABG: title=TERNARY COMPLEX OF SAP-1 AND SRF WITH SPECIFIC SRE DNA organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH1 A0143 <- 2.95 -> DT O2 C-002 : score 4.2481 : H : ARG NH1 A0143 <- 2.79 -> DA N3 W-001 : score 3.65088 : H : LYS NZ A0163 <- 2.84 -> DG O6 C-005 : score 5.74088 : H : THR OG1 B0140 <- 2.50 -> DC O2 C0004 : score 2.18115 : H : ARG NH1 B0143 <- 3.16 -> DT O2 W0002 : score 4.06416 : H : LYS NZ B0163 <- 3.13 -> DG N7 W0004 : score 5.03761 : H : ARG NE G0061 <- 3.09 -> DG O6 W-010 : score 3.6581 : H : ARG NH2 G0061 <- 2.72 -> DG N7 W-010 : score 6.54148 : H : ARG NH1 G0064 <- 2.77 -> DG N7 W-011 : score 6.15466 : H : ARG NH1 G0064 <- 2.38 -> DG O6 W-011 : score 6.6666 : H : TYR OH G0065 <- 3.02 -> DA N6 W-009 : score 4.11448 : x : THR xxxx A0140 <- 2.84 -> DC xxx W-004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0158 <- 3.41 -> DA xxx W-009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0159 <- 4.23 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0162 <- 3.99 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx G0058 <- 4.34 -> DT xxx C-009 : score x.xxxxx >1hbx_DH: title=TERNARY COMPLEX OF SAP-1 AND SRF WITH SPECIFIC SRE DNA organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH1 D0143 <- 2.92 -> DA N3 X-001 : score 3.55614 : H : ARG NE H0061 <- 3.04 -> DG O6 X-010 : score 3.69693 : H : ARG NH2 H0061 <- 3.11 -> DG N7 X-010 : score 6.03928 : H : ARG NH1 H0064 <- 3.26 -> DG N7 X-011 : score 5.5551 : H : ARG NH1 H0064 <- 2.59 -> DG O6 X-011 : score 6.4083 : H : TYR OH H0065 <- 2.89 -> DA N6 X-009 : score 4.22638 : x : THR xxxx D0140 <- 3.26 -> DG xxx F-005 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0158 <- 3.13 -> DA xxx X-009 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0163 <- 3.01 -> DG xxx F-005 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx H0057 <- 3.81 -> DC xxx F-011 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx H0058 <- 4.09 -> DT xxx F-009 : score x.xxxxx >1hcq_AB: title=THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE ESTROGEN RECEPTOR DNA-BINDING DOMAIN BOUND TO DNA: HOW RECEPTORS DISCRIMINATE BETWEEN THEIR RESPONSE ELEMENTS organism=Homo sapiens : H : GLU OE1 A0025 <- 2.68 -> DC N4 D0033 : score 5.90507 : w : GLU OE1 A0025 <- 6.13 -> DA N6 D0032 : score 2.913 : H : LYS NZ A0028 <- 3.22 -> DG O6 C0004 : score 5.30106 : H : LYS NZ A0032 <- 2.92 -> DG N7 C0005 : score 5.26414 : H : LYS NZ A0032 <- 3.06 -> DT O4 C0006 : score 3.35568 : H : ARG NH1 A0033 <- 3.09 -> DG N7 D0031 : score 5.76311 : H : GLU OE1 B0025 <- 3.00 -> DC N4 C0015 : score 5.536 : w : GLU OE1 B0025 <- 6.54 -> DA N6 C0014 : score 2.913 : H : LYS NZ B0028 <- 3.15 -> DG N7 D0022 : score 5.01604 : H : LYS NZ B0028 <- 2.71 -> DG O6 D0022 : score 5.89135 : H : LYS NZ B0032 <- 3.28 -> DG N7 D0023 : score 4.87581 : w : LYS NZ B0032 <- 5.51 -> DG O6 C0013 : score 2.896 : H : ARG NH1 B0033 <- 3.20 -> DG N7 C0013 : score 5.62851 : w : ARG NH1 B0033 <- 5.24 -> DG O6 C0013 : score 2.757 : x : ALA xxxx A0029 <- 3.47 -> DG xxx D0031 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0029 <- 3.86 -> DG xxx C0013 : score x.xxxxx >1hcq_EF: title=THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE ESTROGEN RECEPTOR DNA-BINDING DOMAIN BOUND TO DNA: HOW RECEPTORS DISCRIMINATE BETWEEN THEIR RESPONSE ELEMENTS organism=Homo sapiens : H : GLU OE1 E0025 <- 2.48 -> DC N4 H0033 : score 6.13573 : w : GLU OE1 E0025 <- 5.98 -> DA N6 H0032 : score 2.913 : H : LYS NZ E0028 <- 2.75 -> DG O6 G0004 : score 5.84505 : H : LYS NZ E0032 <- 2.83 -> DG N7 G0005 : score 5.36123 : H : ARG NH1 E0033 <- 2.70 -> DG N7 H0031 : score 6.24031 : H : GLU OE1 F0025 <- 2.92 -> DC N4 G0015 : score 5.62827 : H : LYS NZ F0028 <- 2.96 -> DG N7 H0022 : score 5.22099 : H : LYS NZ F0032 <- 3.15 -> DG N7 H0023 : score 5.01604 : H : ARG NH1 F0033 <- 3.20 -> DG N7 G0013 : score 5.62851 : w : ARG NH1 F0033 <- 5.94 -> DT O4 H0024 : score 1.904 : x : ALA xxxx E0029 <- 3.51 -> DG xxx H0031 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx F0029 <- 3.44 -> DG xxx G0013 : score x.xxxxx >1hcr_A:Homeodomain-like; title=HIN RECOMBINASE BOUND TO DNA: THE ORIGIN OF SPECIFICITY IN MAJOR AND MINOR GROOVE INTERACTIONS organism=? : H : SER OG A0174 <- 2.60 -> DA N7 B0010 : score 4.58 : H : SER OG A0174 <- 3.04 -> DT O4 B0011 : score 3.30149 : H : ARG NH2 A0178 <- 2.62 -> DG N7 B0009 : score 6.67025 : w : ARG NE A0178 <- 6.17 -> DT O4 C0022 : score 1.131 : x : ARG xxxx A0140 <- 3.23 -> DA xxx C0026 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0175 <- 3.49 -> DG xxx B0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0177 <- 3.30 -> DT xxx C0019 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0185 <- 2.95 -> DG xxx B0014 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0186 <- 4.47 -> DT xxx C0020 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0187 <- 4.31 -> DT xxx C0020 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0190 <- 3.13 -> DA xxx B0010 : score x.xxxxx >1hdd_C:Homeodomain-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF AN ENGRAILED HOMEODOMAIN-DNA COMPLEX AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION: A FRAMEWORK FOR UNDERSTANDING HOMEODOMAIN-DNA INTERACTIONS organism=Drosophila melanogaster : H : ARG NH1 C0005 <- 2.50 -> DT O2 A0011 : score 4.64226 : H : ASN OD1 C0051 <- 3.14 -> DA N6 A0013 : score 5.51911 : H : ASN ND2 C0051 <- 3.43 -> DA N7 A0013 : score 4.98628 : V : GLN CG C0050 <- 3.59 -> DT C7 B0028 : score 3.39823 : x : ARG xxxx C0003 <- 3.86 -> DA xxx A0012 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx C0047 <- 2.94 -> DT xxx A0014 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx C0055 <- 4.36 -> DT xxx A0011 : score x.xxxxx >1hdd_CD: title=CRYSTAL STRUCTURE OF AN ENGRAILED HOMEODOMAIN-DNA COMPLEX AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION: A FRAMEWORK FOR UNDERSTANDING HOMEODOMAIN-DNA INTERACTIONS organism=Drosophila melanogaster : H : ARG NH1 C0005 <- 2.50 -> DT O2 A0011 : score 4.64226 : H : ASN OD1 C0051 <- 3.14 -> DA N6 A0013 : score 5.51911 : H : ASN ND2 C0051 <- 3.43 -> DA N7 A0013 : score 4.98628 : V : ILE CG2 D0047 <- 3.54 -> DT C7 B0023 : score 7.5828 : V : GLN CG C0050 <- 3.59 -> DT C7 B0028 : score 3.39823 : x : ARG xxxx C0003 <- 3.86 -> DA xxx A0012 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx C0047 <- 2.94 -> DT xxx A0014 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx C0055 <- 4.36 -> DT xxx A0011 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx D0050 <- 3.48 -> DT xxx A0019 : score x.xxxxx >1hf0_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA-BINDING DOMAIN OF OCT-1 BOUND TO DNA AS A DIMER organism=HOMO SAPIENS : H : GLN OE1 A0044 <- 2.92 -> DA N6 M0011 : score 5.7609 : H : GLN NE2 A0044 <- 2.45 -> DA N7 M0011 : score 6.4831 : H : THR OG1 A0045 <- 3.05 -> DC N4 N0010 : score 3.64288 : H : THR OG1 A0045 <- 3.13 -> DG O6 M0012 : score 3.90005 : H : ARG NH1 A0049 <- 3.03 -> DG N7 N0009 : score 5.83652 : H : ARG NH2 A0049 <- 2.44 -> DG O6 N0009 : score 7.10818 : H : ARG NH1 A0105 <- 2.68 -> DA N3 M0015 : score 3.73104 : w : ARG NH1 A0105 <- 5.99 -> DT O2 N0008 : score 1.824 : w : ARG NH2 A0105 <- 5.83 -> DC O2 M0014 : score 1.782 : w : SER OG A0150 <- 5.35 -> DC N4 N0004 : score 2.124 : H : ASN OD1 A0151 <- 3.22 -> DA N6 M0017 : score 5.42436 : H : ASN ND2 A0151 <- 3.24 -> DA N7 M0017 : score 5.20308 : H : GLN NE2 B0044 <- 2.42 -> DT O4 N0012 : score 5.8104 : H : THR OG1 B0045 <- 3.03 -> DT O4 N0013 : score 3.74628 : H : THR OG1 B0045 <- 2.77 -> DA N6 M0009 : score 2.17193 : H : ARG NH2 B0049 <- 2.41 -> DG O6 M0008 : score 7.14797 : H : ARG NH1 B0105 <- 2.69 -> DA N3 N0016 : score 3.72375 : w : SER OG B0150 <- 6.29 -> DC N4 M0003 : score 2.124 : H : ASN ND2 B0151 <- 3.17 -> DA N7 N0018 : score 5.28295 : w : ASN OD1 B0151 <- 6.06 -> DC N4 M0003 : score 2.813 : V : VAL CG1 A0147 <- 3.84 -> DT C7 M0018 : score 5.84455 : x : GLN xxxx A0027 <- 4.49 -> DA xxx M0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0043 <- 3.91 -> DG xxx N0009 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0048 <- 3.69 -> DA xxx M0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0102 <- 3.29 -> DT xxx N0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0146 <- 3.87 -> DT xxx N0002 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0154 <- 2.92 -> DA xxx N0005 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0027 <- 3.55 -> DT xxx N0012 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0043 <- 3.80 -> DG xxx M0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0048 <- 3.81 -> DT xxx N0013 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0102 <- 3.92 -> DT xxx M0006 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0147 <- 3.87 -> DA xxx N0018 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0154 <- 3.06 -> DC xxx M0003 : score x.xxxxx >1hf0_B:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;Homeodomain-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA-BINDING DOMAIN OF OCT-1 BOUND TO DNA AS A DIMER organism=HOMO SAPIENS : H : GLN NE2 B0044 <- 2.42 -> DT O4 N0012 : score 5.8104 : H : THR OG1 B0045 <- 3.03 -> DT O4 N0013 : score 3.74628 : H : THR OG1 B0045 <- 2.77 -> DA N6 M0009 : score 2.17193 : H : ARG NH2 B0049 <- 2.41 -> DG O6 M0008 : score 7.14797 : H : ARG NH1 B0105 <- 2.69 -> DA N3 N0016 : score 3.72375 : w : SER OG B0150 <- 6.29 -> DC N4 M0003 : score 2.124 : H : ASN ND2 B0151 <- 3.17 -> DA N7 N0018 : score 5.28295 : w : ASN OD1 B0151 <- 6.06 -> DC N4 M0003 : score 2.813 : x : GLN xxxx B0027 <- 3.55 -> DT xxx N0012 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0043 <- 3.80 -> DG xxx M0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0048 <- 3.81 -> DT xxx N0013 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0102 <- 3.92 -> DT xxx M0006 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0147 <- 3.87 -> DA xxx N0018 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0154 <- 3.06 -> DC xxx M0003 : score x.xxxxx >1hht_R:DNA/RNA_polymerases; title=RNA DEPENDENT RNA POLYMERASE FROM DSRNA BACTERIOPHAGE PHI6 PLUS TEMPLATE organism=BACTERIOPHAGE PHI-6 : H : SER OG R0393 <- 3.03 -> DT O2 F0005 : score 3.51879 : H : THR OG1 R0633 <- 3.19 -> DC O2 F0007 : score 1.89719 : H : GLU OE1 R0634 <- 2.80 -> DC N4 F0007 : score 5.76667 : V : VAL CG2 R0202 <- 3.65 -> DT C7 F0005 : score 6.48251 : x : GLN xxxx R0026 <- 3.77 -> DT xxx F0003 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx R0030 <- 3.40 -> DT xxx F0003 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx R0144 <- 3.61 -> DC xxx F0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx R0204 <- 2.72 -> DT xxx F0005 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx R0272 <- 3.76 -> DT xxx F0005 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx R0288 <- 3.68 -> DC xxx F0007 : score x.xxxxx : x : THR xxxx R0398 <- 3.64 -> DC xxx F0006 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx R0530 <- 3.71 -> DT xxx F0005 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx R0626 <- 3.60 -> DC xxx F0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx R0629 <- 3.18 -> DC xxx F0006 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx R0642 <- 3.85 -> DC xxx F0007 : score x.xxxxx : x : MET xxxx R0646 <- 3.36 -> DC xxx F0007 : score x.xxxxx >1hjb_ABC: title=CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER organism=HOMO SAPIENS / MUS MUSCULUS : H : ARG NH2 A0278 <- 2.98 -> DA N7 H0021 : score 1.29769 : H : ASN OD1 A0281 <- 3.43 -> DA N6 H0021 : score 5.17565 : H : ASN ND2 A0281 <- 3.28 -> DT O4 G0006 : score 4.75064 : H : ARG NH1 A0289 <- 3.25 -> DG N7 H0019 : score 5.56733 : H : ARG NH2 A0289 <- 2.34 -> DG O6 H0019 : score 7.2408 : H : ASN OD1 B0281 <- 2.90 -> DA N6 G0012 : score 5.80336 : H : ARG NH2 C0080 <- 3.10 -> DG N7 G0018 : score 6.05215 : H : ARG NH1 C0142 <- 2.98 -> DA N3 H0005 : score 3.51242 : H : ARG NH2 C0142 <- 3.16 -> DC O2 H0004 : score 3.33485 : H : ASP OD2 C0171 <- 3.18 -> DC N4 H0008 : score 5.69682 : H : ARG NH1 C0174 <- 2.77 -> DG O6 G0020 : score 6.1869 : H : ARG NH1 C0177 <- 3.20 -> DG N7 G0021 : score 5.62851 : H : ARG NH2 C0177 <- 2.85 -> DG O6 G0021 : score 6.56446 : V : VAL CG2 A0285 <- 3.83 -> DT C7 G0007 : score 6.20134 : x : ALA xxxx A0284 <- 4.39 -> DA xxx G0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0288 <- 4.03 -> DT xxx G0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0278 <- 2.93 -> DA xxx G0012 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0282 <- 4.18 -> DA xxx G0011 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0284 <- 4.21 -> DT xxx H0015 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0285 <- 3.82 -> DT xxx H0016 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0288 <- 4.18 -> DT xxx H0016 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0289 <- 4.31 -> DT xxx H0017 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx C0170 <- 4.21 -> DC xxx H0008 : score x.xxxxx >1hjb_D:Leucine_zipper_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER organism=? : H : ASN ND2 D0281 <- 3.11 -> DT O4 I0006 : score 4.92931 : H : ARG NH1 D0289 <- 3.07 -> DG N7 J0019 : score 5.78758 : H : ARG NH1 D0289 <- 3.32 -> DG O6 J0019 : score 5.5104 : V : VAL CG2 D0285 <- 3.53 -> DT C7 I0006 : score 6.66996 : x : ARG xxxx D0278 <- 3.50 -> DA xxx J0021 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0288 <- 4.20 -> DT xxx I0006 : score x.xxxxx >1hjb_DEF: title=CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER organism=MUS MUSCULUS / HOMO SAPIENS : H : ASN ND2 D0281 <- 3.11 -> DT O4 I0006 : score 4.92931 : H : ARG NH1 D0289 <- 3.07 -> DG N7 J0019 : score 5.78758 : H : ARG NH1 D0289 <- 3.32 -> DG O6 J0019 : score 5.5104 : H : ARG NH2 E0278 <- 3.09 -> DA N7 I0012 : score 1.26808 : H : ASN ND2 E0281 <- 3.34 -> DT O4 J0015 : score 4.68757 : H : ARG NH2 F0080 <- 2.85 -> DG O6 I0018 : score 6.56446 : H : ARG NH1 F0142 <- 2.64 -> DA N3 J0005 : score 3.76018 : H : ASP OD2 F0171 <- 2.98 -> DC N4 J0008 : score 5.94343 : H : ARG NH1 F0174 <- 2.46 -> DG O6 I0020 : score 6.5682 : H : ARG NH2 F0174 <- 2.96 -> DG N7 I0020 : score 6.23243 : H : ARG NH2 F0177 <- 2.69 -> DG N7 I0021 : score 6.58011 : H : ARG NH2 F0177 <- 2.53 -> DG O6 I0021 : score 6.98883 : V : VAL CG2 E0285 <- 3.68 -> DT C7 J0015 : score 6.43565 : V : VAL CG2 D0285 <- 3.53 -> DT C7 I0006 : score 6.66996 : x : ARG xxxx D0278 <- 3.50 -> DA xxx J0021 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0288 <- 4.20 -> DT xxx I0006 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx E0282 <- 3.98 -> DA xxx I0011 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx E0284 <- 4.06 -> DG xxx J0014 : score x.xxxxx : x : SER xxxx E0288 <- 3.88 -> DT xxx J0016 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0289 <- 3.47 -> DG xxx J0018 : score x.xxxxx >1hlo_AB: title=THE CRYSTAL STRUCTURE OF AN INTACT HUMAN MAX-DNA COMPLEX: NEW INSIGHTS INTO MECHANISMS OF TRANSCRIPTIONAL CONTROL organism=Homo sapiens : H : GLU OE1 A0022 <- 2.89 -> DC N4 D0118 : score 5.66287 : H : ARG NH1 A0026 <- 2.86 -> DG N7 C0108 : score 6.04453 : H : HIS NE2 B0018 <- 2.86 -> DG O6 D0124 : score 7.87107 : H : GLU OE1 B0022 <- 2.89 -> DC N4 C0105 : score 5.66287 : w : GLU OE2 B0022 <- 5.19 -> DG O6 D0121 : score 2.674 : H : ARG NH1 B0026 <- 2.96 -> DG N7 D0121 : score 5.92217 : w : ARG NH1 B0026 <- 5.60 -> DG O6 D0121 : score 2.757 : x : HIS xxxx A0018 <- 2.66 -> DG xxx C0110 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0019 <- 3.36 -> DT xxx C0109 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0025 <- 3.59 -> DC xxx D0118 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0019 <- 3.02 -> DT xxx D0122 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0021 <- 4.36 -> DC xxx C0102 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0025 <- 3.54 -> DC xxx C0105 : score x.xxxxx >1hlo_B:HLH,_helix-loop-helix_DNA-binding_domain; title=THE CRYSTAL STRUCTURE OF AN INTACT HUMAN MAX-DNA COMPLEX: NEW INSIGHTS INTO MECHANISMS OF TRANSCRIPTIONAL CONTROL organism=Homo sapiens : H : HIS NE2 B0018 <- 2.86 -> DG O6 D0124 : score 7.87107 : H : GLU OE1 B0022 <- 2.89 -> DC N4 C0105 : score 5.66287 : w : GLU OE2 B0022 <- 5.19 -> DG O6 D0121 : score 2.674 : H : ARG NH1 B0026 <- 2.96 -> DG N7 D0121 : score 5.92217 : w : ARG NH1 B0026 <- 5.60 -> DG O6 D0121 : score 2.757 : x : ASN xxxx B0019 <- 3.02 -> DT xxx D0122 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0021 <- 4.36 -> DC xxx C0102 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0025 <- 3.54 -> DC xxx C0105 : score x.xxxxx >1hlv_A:Homeodomain-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-B(1-129) COMPLEXED WITH THE CENP-B BOX DNA organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH1 A0005 <- 2.77 -> DT O2 B0009 : score 4.40576 : H : ARG NH2 A0005 <- 3.06 -> DT O2 B0009 : score 4.13109 : w : ARG NH1 A0005 <- 5.67 -> DA N3 C0013 : score 2.497 : H : SER OG A0040 <- 2.64 -> DG N7 C0016 : score 4.6612 : H : SER OG A0040 <- 2.57 -> DG O6 C0016 : score 4.10756 : w : THR OG1 A0068 <- 6.25 -> DG N2 B0011 : score 2.005 : H : LYS NZ A0070 <- 2.86 -> DT O2 C0010 : score 3.6746 : H : ASN ND2 A0120 <- 3.08 -> DG O6 B0018 : score 5.31545 : w : ASN OD1 A0120 <- 6.23 -> DT O4 C0003 : score 3.053 : H : ARG NH2 A0125 <- 2.29 -> DG O6 B0016 : score 7.30711 : x : GLN xxxx A0007 <- 4.30 -> DG xxx B0010 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0039 <- 4.14 -> DT xxx B0004 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0041 <- 3.67 -> DC xxx C0015 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0043 <- 3.44 -> DT xxx B0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0044 <- 3.28 -> DC xxx C0015 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0119 <- 3.63 -> DG xxx B0016 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0124 <- 3.63 -> DC xxx C0004 : score x.xxxxx >1hlz_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR REV-ERB(ALPHA) DNA- BINDING DOMAIN BOUND TO ITS COGNATE RESPONSE ELEMENT organism=Homo sapiens : H : GLU OE1 A0019 <- 2.56 -> DC N4 D0625 : score 6.04347 : H : LYS NZ A0022 <- 2.92 -> DG O6 C0614 : score 5.64829 : H : ARG NH2 A0027 <- 2.62 -> DG N7 D0623 : score 6.67025 : H : GLU OE1 B0019 <- 2.91 -> DC N4 D0633 : score 5.6398 : H : LYS NZ B0022 <- 2.80 -> DG O6 C0606 : score 5.78718 : H : ARG NH2 B0027 <- 2.62 -> DG N7 D0631 : score 6.67025 : x : ARG xxxx A0026 <- 2.32 -> DG xxx C0615 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0075 <- 4.28 -> DA xxx C0610 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0026 <- 3.01 -> DG xxx C0607 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0073 <- 4.07 -> DT xxx D0638 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0075 <- 2.98 -> DA xxx C0601 : score x.xxxxx >1hlz_B:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE ORPHAN NUCLEAR RECEPTOR REV-ERB(ALPHA) DNA- BINDING DOMAIN BOUND TO ITS COGNATE RESPONSE ELEMENT organism=Homo sapiens : H : GLU OE1 B0019 <- 2.91 -> DC N4 D0633 : score 5.6398 : H : LYS NZ B0022 <- 2.80 -> DG O6 C0606 : score 5.78718 : H : ARG NH2 B0027 <- 2.62 -> DG N7 D0631 : score 6.67025 : x : ARG xxxx B0026 <- 3.01 -> DG xxx C0607 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0073 <- 4.07 -> DT xxx D0638 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0075 <- 2.98 -> DA xxx C0601 : score x.xxxxx >1hrz_A:HMG-box; title=THE 3D STRUCTURE OF THE HUMAN SRY-DNA COMPLEX SOLVED BY MULTI- DIMENSIONAL HETERONUCLEAR-EDITED AND-FILTERED NMR organism=? : H : SER OG A0033 <- 2.83 -> DG N2 C0009 : score 3.53762 : H : SER OG A0036 <- 3.29 -> DT O2 C0010 : score 3.32699 : x : ASN xxxx A0010 <- 2.69 -> DG xxx C0013 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0012 <- 2.66 -> DT xxx C0012 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0013 <- 3.21 -> DA xxx B0005 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0017 <- 4.40 -> DA xxx B0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0020 <- 3.83 -> DA xxx B0007 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0035 <- 4.28 -> DC xxx B0008 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0074 <- 3.36 -> DA xxx B0003 : score x.xxxxx >1hu0_A:DNA-glycosylase;TATA-box_binding_protein-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF AN HOGG1-DNA BOROHYDRIDE TRAPPED INTERMEDIATE COMPLEX organism=Homo sapiens : w : SER OG A0148 <- 5.50 -> DG N3 E0024 : score 2.37 : w : ASN OD1 A0149 <- 6.24 -> DG O6 E0024 : score 2.926 : H : ASN ND2 A0151 <- 3.30 -> DA N3 E0022 : score 3.33692 : H : ARG NH2 A0154 <- 2.50 -> DC O2 D0008 : score 3.80921 : w : TYR OH A0203 <- 5.52 -> DG N3 E0024 : score 3.342 : H : ARG NH1 A0204 <- 2.95 -> DC O2 D0008 : score 3.58154 : H : ARG NH2 A0204 <- 3.19 -> DC N3 D0008 : score 2.34401 : x : ASN xxxx A0150 <- 4.18 -> DA xxx E0022 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0207 <- 3.96 -> DT xxx E0025 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0293 <- 3.90 -> DT xxx D0003 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0294 <- 4.41 -> DT xxx D0003 : score x.xxxxx >1huo_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF DNA POLYMERASE BETA COMPLEXED WITH DNA AND CR- TMPPCP organism=Rattus norvegicus : H : LYS NZ A0234 <- 2.86 -> DC O2 T0007 : score 2.93107 : H : TYR OH A0271 <- 2.66 -> DC O2 P0007 : score 3.20393 : x : ASN xxxx A0279 <- 3.98 -> DA xxx T0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0283 <- 3.22 -> DA xxx T0004 : score x.xxxxx >1hut_H:Trypsin-like_serine_proteases; title=THE STRUCTURE OF ALPHA-THROMBIN INHIBITED BY A 15-MER SINGLE-STRANDED DNA APTAMER organism=HOMO SAPIENS : V : ILE CB H0024 <- 3.89 -> DT C7 D0407 : score -2.95155 : x : HIS xxxx H0071 <- 2.68 -> DT xxx D0407 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H0075 <- 2.20 -> DG xxx D0408 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx H0076 <- 3.86 -> DG xxx D0408 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx H0077 <- 2.50 -> DT xxx D0407 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx H0079 <- 2.94 -> DT xxx D0409 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx H0117 <- 3.59 -> DT xxx D0409 : score x.xxxxx >1hut_HL:Trypsin-like_serine_proteases; title=THE STRUCTURE OF ALPHA-THROMBIN INHIBITED BY A 15-MER SINGLE-STRANDED DNA APTAMER organism=HOMO SAPIENS : V : ILE CB H0024 <- 3.89 -> DT C7 D0407 : score -2.95155 : x : HIS xxxx H0071 <- 2.68 -> DT xxx D0407 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H0075 <- 2.20 -> DG xxx D0408 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx H0076 <- 3.86 -> DG xxx D0408 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx H0077 <- 2.50 -> DT xxx D0407 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx H0079 <- 2.94 -> DT xxx D0409 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx H0117 <- 3.59 -> DT xxx D0409 : score x.xxxxx >1huz_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF DNA POLYMERASE COMPLEXED WITH DNA AND CR-PCP organism=Rattus norvegicus : H : LYS NZ A0234 <- 2.84 -> DC O2 T0007 : score 2.94293 : w : LYS NZ A0234 <- 5.11 -> DC O2 P0006 : score 1.398 : H : TYR OH A0271 <- 2.92 -> DC O2 P0007 : score 3.04187 : V : ASP CB A0276 <- 3.72 -> DT C7 P0008 : score 2.76917 : x : ASN xxxx A0279 <- 3.70 -> DT xxx P0008 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0283 <- 3.42 -> DA xxx T0004 : score x.xxxxx >1hw2_A:GntR_ligand-binding_domain-like;"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=FADR-DNA COMPLEX: TRANSCRIPTIONAL CONTROL OF FATTY ACID METABOLISM IN ECHERICHIA COLI organism=Escherichia coli : H : ARG NH1 A0035 <- 3.25 -> DG N7 E0007 : score 5.56733 : H : ARG NH2 A0035 <- 3.07 -> DG O6 E0007 : score 6.27271 : H : ARG NH2 A0045 <- 2.73 -> DG O6 E0008 : score 6.7236 : H : THR OG1 A0046 <- 3.05 -> DC N4 D0011 : score 3.64288 : H : HIS NE2 A0065 <- 3.06 -> DA N3 D0016 : score 3.99862 : x : THR xxxx A0044 <- 3.86 -> DC xxx D0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0049 <- 3.00 -> DT xxx E0009 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0050 <- 4.32 -> DT xxx D0009 : score x.xxxxx >1hw2_AB: title=FADR-DNA COMPLEX: TRANSCRIPTIONAL CONTROL OF FATTY ACID METABOLISM IN ECHERICHIA COLI organism=Escherichia coli : H : ARG NH1 A0035 <- 3.25 -> DG N7 E0007 : score 5.56733 : H : ARG NH2 A0035 <- 3.07 -> DG O6 E0007 : score 6.27271 : H : ARG NH2 A0045 <- 2.73 -> DG O6 E0008 : score 6.7236 : H : THR OG1 A0046 <- 3.05 -> DC N4 D0011 : score 3.64288 : H : HIS NE2 A0065 <- 3.06 -> DA N3 D0016 : score 3.99862 : H : ARG NH1 B0035 <- 3.07 -> DG N7 D0007 : score 5.78758 : H : ARG NH2 B0035 <- 2.56 -> DG O6 D0007 : score 6.94905 : H : ARG NH2 B0045 <- 2.76 -> DG O6 D0008 : score 6.68382 : x : THR xxxx A0044 <- 3.86 -> DC xxx D0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0049 <- 3.00 -> DT xxx E0009 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0050 <- 4.32 -> DT xxx D0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0044 <- 3.40 -> DG xxx E0011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0046 <- 3.36 -> DG xxx E0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0049 <- 3.03 -> DT xxx D0009 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx B0050 <- 4.13 -> DT xxx E0009 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0065 <- 3.43 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx >1hys_AB:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN COMPLEX WITH A POLYPURINE TRACT RNA:DNA organism=HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 : H : TYR OH A0183 <- 2.81 -> DT O2 F0898 : score 3.4495 : x : TYR xxxx A0115 <- 4.40 -> DG xxx F0899 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0258 <- 3.74 -> DT xxx F0894 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx A0266 <- 4.09 -> DG xxx F0896 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0448 <- 3.50 -> DC xxx F0883 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0475 <- 4.14 -> DT xxx F0885 : score x.xxxxx >1i6h_A:beta_and_beta-prime_subunits_of_DNA_dependent_RNA-polymerase; title=RNA POLYMERASE II ELONGATION COMPLEX organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ARG NH2 A1386 <- 3.25 -> DA N3 D0001 : score 3.15933 : x : PRO xxxx A0448 <- 4.17 -> DG xxx D0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0831 <- 3.50 -> DT xxx D0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0832 <- 4.06 -> DT xxx D0004 : score x.xxxxx >1i6h_AB: title=RNA POLYMERASE II ELONGATION COMPLEX organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ARG NH2 A1386 <- 3.25 -> DA N3 D0001 : score 3.15933 : x : PRO xxxx A0448 <- 4.17 -> DG xxx D0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0831 <- 3.50 -> DT xxx D0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0832 <- 4.06 -> DT xxx D0004 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B1097 <- 4.11 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >1i6j_A:DNA/RNA_polymerases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A PSEUDO-16-MER DNA WITH STACKED GUANINES AND TWO G-A MISPAIRS COMPLEXED WITH THE N-TERMINAL FRAGMENT OF MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE organism=Moloney murine leukemia virus : w : ASP OD2 A0114 <- 5.74 -> DG N2 B0001 : score 1.684 : H : ARG NH1 A0116 <- 2.87 -> DT O2 B0002 : score 4.31817 : H : ARG NH2 A0116 <- 2.60 -> DT O2 B0002 : score 4.532 : x : LEU xxxx A0099 <- 3.34 -> DG xxx B0001 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0112 <- 4.18 -> DC xxx C0016 : score x.xxxxx >1ic8_A:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;Homeodomain-like; title=HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1A BOUND TO DNA : MODY3 GENE PRODUCT organism=Homo sapiens : H : GLN OE1 A0141 <- 3.19 -> DA N6 E0312 : score 5.44216 : H : GLN NE2 A0141 <- 3.13 -> DA N7 E0312 : score 5.65908 : H : GLN NE2 A0146 <- 3.17 -> DG O6 F0407 : score 5.49308 : H : ASN OD1 A0270 <- 2.65 -> DA N6 F0416 : score 6.09945 : H : ASN ND2 A0270 <- 3.30 -> DA N7 F0416 : score 5.13462 : H : LYS NZ A0273 <- 2.37 -> DG N7 E0304 : score 5.85744 : H : LYS NZ A0273 <- 2.86 -> DG O6 E0304 : score 5.71773 : V : TYR CZ A0265 <- 3.87 -> DT C7 E0302 : score 5.35689 : x : ASN xxxx A0140 <- 2.93 -> DG xxx F0407 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0142 <- 2.94 -> DA xxx F0408 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0143 <- 4.29 -> DG xxx F0407 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0145 <- 3.72 -> DT xxx E0313 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0153 <- 3.73 -> DG xxx F0405 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0266 <- 4.08 -> DA xxx F0416 : score x.xxxxx >1ic8_AB:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;Homeodomain-like; title=HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1A BOUND TO DNA : MODY3 GENE PRODUCT organism=Homo sapiens : H : GLN OE1 A0141 <- 3.19 -> DA N6 E0312 : score 5.44216 : H : GLN NE2 A0141 <- 3.13 -> DA N7 E0312 : score 5.65908 : H : GLN NE2 A0146 <- 3.17 -> DG O6 F0407 : score 5.49308 : H : ASN OD1 A0270 <- 2.65 -> DA N6 F0416 : score 6.09945 : H : ASN ND2 A0270 <- 3.30 -> DA N7 F0416 : score 5.13462 : H : LYS NZ A0273 <- 2.37 -> DG N7 E0304 : score 5.85744 : H : LYS NZ A0273 <- 2.86 -> DG O6 E0304 : score 5.71773 : H : GLN OE1 B0141 <- 3.02 -> DA N6 F0412 : score 5.64285 : H : SER OG B0142 <- 3.08 -> DT O4 F0413 : score 3.27374 : H : LYS NZ B0273 <- 3.10 -> DG N7 F0404 : score 5.06997 : H : LYS NZ B0273 <- 2.95 -> DG N7 F0405 : score 5.23178 : H : LYS NZ B0273 <- 2.38 -> DG O6 F0405 : score 6.2733 : V : THR CG2 B0152 <- 3.85 -> DT C7 E0306 : score 4.2741 : x : ASN xxxx A0140 <- 2.93 -> DG xxx F0407 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0142 <- 2.94 -> DA xxx F0408 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0143 <- 4.29 -> DG xxx F0407 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0145 <- 3.72 -> DT xxx E0313 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0153 <- 3.73 -> DG xxx F0405 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0265 <- 3.00 -> DT xxx E0302 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0266 <- 4.08 -> DA xxx F0416 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0140 <- 3.37 -> DT xxx E0307 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0143 <- 3.75 -> DT xxx E0307 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0145 <- 3.83 -> DT xxx F0413 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0146 <- 3.08 -> DT xxx F0414 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0153 <- 4.05 -> DG xxx E0305 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0203 <- 3.35 -> DT xxx E0314 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0265 <- 3.22 -> DC xxx F0402 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0266 <- 4.15 -> DA xxx E0316 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0269 <- 4.49 -> DT xxx F0403 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0270 <- 3.09 -> DA xxx E0316 : score x.xxxxx >1id3_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE YEAST NUCLEOSOME CORE PARTICLE REVEALS FUNDAMENTAL DIFFERENCES IN INTER-NUCLEOSOME INTERACTIONS organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ARG NH2 D0036 <- 3.25 -> DA N3 I0027 : score 3.15933 : H : ARG NH1 E0040 <- 2.92 -> DA N3 I0082 : score 3.55614 : H : ARG NH2 E0040 <- 3.16 -> DA N3 I0082 : score 3.22183 : V : PRO CG F0032 <- 3.77 -> DT C7 J0208 : score 6.32813 : x : ARG xxxx A0040 <- 3.22 -> DA xxx J0229 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0065 <- 3.74 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0083 <- 3.78 -> DA xxx J0245 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0045 <- 4.38 -> DT xxx J0226 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0043 <- 4.15 -> DT xxx I0038 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx E0041 <- 4.38 -> DT xxx I0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0083 <- 4.01 -> DC xxx J0196 : score x.xxxxx >1if1_AB: title=INTERFERON REGULATORY FACTOR 1 (IRF-1) COMPLEX WITH DNA organism=Mus musculus : H : ARG NH2 A0082 <- 2.70 -> DG N7 C0207 : score 6.56723 : H : CYS SG A0083 <- 3.30 -> DT O4 C0216 : score 6.33 : w : CYS SG A0083 <- 6.05 -> DA N6 C0208 : score 4.425 : H : ARG NH2 B0082 <- 2.63 -> DG N7 D0507 : score 6.65737 : H : CYS SG B0083 <- 3.32 -> DT O4 D0516 : score 6.30187 : w : CYS SG B0083 <- 6.16 -> DA N7 D0508 : score 4.425 : w : ASN ND2 B0086 <- 5.73 -> DA N7 D0508 : score 1.912 : x : ASN xxxx A0080 <- 3.44 -> DT xxx C0216 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0087 <- 3.40 -> DT xxx C0215 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0040 <- 4.41 -> DC xxx D0523 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0080 <- 3.36 -> DT xxx D0516 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0087 <- 3.48 -> DT xxx D0515 : score x.xxxxx >1ig4_A:DNA-binding_domain; title=SOLUTION STRUCTURE OF THE METHYL-CPG-BINDING DOMAIN OF HUMAN MBD1 IN COMPLEX WITH METHYLATED DNA organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH2 A0022 <- 2.63 -> DG N7 B0107 : score 6.65737 : H : ARG NH1 A0044 <- 3.19 -> DG O6 C0120 : score 5.6703 : x : THR xxxx A0027 <- 3.51 -> DG xxx B0107 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0032 <- 4.31 -> DG xxx B0107 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0034 <- 4.23 -> DG xxx B0107 : score x.xxxxx >1ig9_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=STRUCTURE OF THE REPLICATING COMPLEX OF A POL ALPHA FAMILY DNA POLYMERASE organism=Enterobacteria phage RB69 : w : TYR OH A0567 <- 5.36 -> DG N3 T0004 : score 3.342 : w : ASP OD1 A0621 <- 6.22 -> DG N2 T0005 : score 2.377 : w : THR OG1 A0622 <- 6.51 -> DG N2 T0005 : score 2.005 : H : LYS NZ A0706 <- 2.56 -> DC O2 P0114 : score 3.10907 : w : LYS NZ A0706 <- 6.13 -> DG N2 T0005 : score 0.413 : w : LYS NZ A0734 <- 6.08 -> DA N3 T0008 : score 1.7 : H : LYS NZ A0800 <- 2.67 -> DT O2 P0108 : score 3.81593 : x : PRO xxxx A0361 <- 4.16 -> DA xxx T0003 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0561 <- 3.65 -> DA xxx T0003 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0565 <- 3.34 -> DA xxx T0003 : score x.xxxxx >1ijw_C:Homeodomain-like; title=TESTING THE WATER-MEDIATED HIN RECOMBINASE DNA RECOGNITION BY SYSTEMATIC MUTATIONS. organism=? : H : ARG NH1 C0140 <- 3.19 -> DA N3 B0026 : score 3.35939 : H : SER OG C0174 <- 2.69 -> DA N7 A0010 : score 4.50073 : H : ARG NH1 C0178 <- 2.45 -> DG N7 A0009 : score 6.54621 : w : ARG NE C0178 <- 5.81 -> DT O4 B0022 : score 1.131 : x : THR xxxx C0175 <- 3.54 -> DG xxx A0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx C0177 <- 3.39 -> DT xxx B0020 : score x.xxxxx >1imh_CD: title=TONEBP/DNA COMPLEX organism=Homo sapiens : H : ARG NH1 C0217 <- 3.28 -> DG N7 A4007 : score 5.53063 : H : ARG NH2 C0217 <- 2.88 -> DG O6 A4007 : score 6.52468 : H : GLU OE1 C0223 <- 2.74 -> DC N4 B5011 : score 5.83587 : H : ARG NH1 C0226 <- 2.93 -> DG N7 A4006 : score 5.95888 : H : ARG NH2 C0226 <- 3.12 -> DG O6 A4006 : score 6.2064 : H : GLU OE2 D0223 <- 3.17 -> DC N4 B5003 : score 5.09181 : x : TYR xxxx C0220 <- 3.39 -> DT xxx B5010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0222 <- 4.48 -> DT xxx B5010 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx C0364 <- 3.09 -> DA xxx A4008 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0220 <- 3.85 -> DT xxx A4013 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0222 <- 4.39 -> DT xxx A4013 : score x.xxxxx >1io4_A:Leucine_zipper_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN-CBFBETA CORE DOMAIN HETERODIMER AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH1 A0278 <- 2.93 -> DA N7 F0021 : score 2.57486 : H : ARG NH1 A0289 <- 3.32 -> DG O6 F0019 : score 5.5104 : H : ARG NH2 A0289 <- 2.84 -> DG N7 F0019 : score 6.38695 : V : VAL CG2 A0285 <- 3.71 -> DT C7 E0006 : score 6.38879 : x : ASN xxxx A0281 <- 3.60 -> DA xxx F0021 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0282 <- 4.25 -> DA xxx F0020 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0284 <- 3.99 -> DA xxx E0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0288 <- 3.95 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx >1io4_ABC: title=CRYSTAL STRUCTURE OF RUNX-1/AML1/CBFALPHA RUNT DOMAIN-CBFBETA CORE DOMAIN HETERODIMER AND C/EBPBETA BZIP HOMODIMER BOUND TO A DNA FRAGMENT FROM THE CSF-1R PROMOTER organism=MUS MUSCULUS / HOMO SAPIENS : H : ARG NH1 A0278 <- 2.93 -> DA N7 F0021 : score 2.57486 : H : ARG NH1 A0289 <- 3.32 -> DG O6 F0019 : score 5.5104 : H : ARG NH2 A0289 <- 2.84 -> DG N7 F0019 : score 6.38695 : H : ASN OD1 B0281 <- 3.32 -> DA N6 E0012 : score 5.30593 : H : ARG NH1 C0080 <- 3.09 -> DG N7 E0018 : score 5.76311 : H : ARG NH2 C0080 <- 2.74 -> DG O6 E0018 : score 6.71034 : H : ARG NH2 C0142 <- 3.12 -> DA N3 F0005 : score 3.2496 : H : ASP OD1 C0171 <- 2.94 -> DC N4 F0007 : score 5.12917 : H : ASP OD2 C0171 <- 2.83 -> DC N4 F0008 : score 6.12839 : H : ARG NH1 C0174 <- 2.39 -> DG O6 E0020 : score 6.6543 : H : ARG NH2 C0174 <- 2.84 -> DG N7 E0020 : score 6.38695 : H : ARG NH1 C0177 <- 2.59 -> DG N7 E0021 : score 6.3749 : H : ARG NH2 C0177 <- 2.48 -> DG O6 E0021 : score 7.05514 : V : VAL CG2 A0285 <- 3.71 -> DT C7 E0006 : score 6.38879 : x : ASN xxxx A0281 <- 3.60 -> DA xxx F0021 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0282 <- 4.25 -> DA xxx F0020 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0284 <- 3.99 -> DA xxx E0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0288 <- 3.95 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0278 <- 3.23 -> DA xxx E0011 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0282 <- 3.93 -> DA xxx E0011 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0284 <- 4.30 -> DT xxx F0015 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0285 <- 3.79 -> DT xxx F0016 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0288 <- 3.83 -> DT xxx F0016 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0289 <- 3.44 -> DT xxx E0008 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx C0170 <- 3.79 -> DC xxx F0008 : score x.xxxxx >1ipp_A:His-Me_finger_endonucleases; title=HOMING ENDONUCLEASE/DNA COMPLEX organism=Physarum polycephalum : H : GLN OE1 A0063 <- 2.77 -> DA N6 D0217 : score 5.93798 : H : GLN NE2 A0063 <- 2.92 -> DA N7 D0217 : score 5.91356 : w : GLN OE1 A0063 <- 6.18 -> DC N4 C0205 : score 3.576 : H : LYS NZ A0065 <- 2.63 -> DG N7 C0203 : score 5.57697 : H : LYS NZ A0065 <- 3.01 -> DG O6 C0203 : score 5.54412 : w : LYS NZ A0065 <- 6.26 -> DA N6 C0204 : score 2.036 : H : ARG NH2 A0074 <- 3.04 -> DG N7 D0218 : score 6.12942 : H : ARG NH2 A0074 <- 2.47 -> DG O6 D0218 : score 7.0684 : H : LYS NZ A0120 <- 2.91 -> DT O2 C0211 : score 3.63741 : w : LYS NZ A0120 <- 5.56 -> DA N3 C0212 : score 1.7 : V : VAL CG2 A0072 <- 3.80 -> DT C7 C0202 : score 6.24821 : x : ALA xxxx A0055 <- 3.77 -> DA xxx C0204 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0057 <- 2.91 -> DG xxx D0216 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0061 <- 3.16 -> DA xxx D0215 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0067 <- 3.57 -> DT xxx C0202 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0116 <- 3.36 -> DA xxx D0213 : score x.xxxxx >1ipp_AB:His-Me_finger_endonucleases; title=HOMING ENDONUCLEASE/DNA COMPLEX organism=Physarum polycephalum : H : GLN OE1 A0063 <- 2.77 -> DA N6 D0217 : score 5.93798 : H : GLN NE2 A0063 <- 2.92 -> DA N7 D0217 : score 5.91356 : w : GLN OE1 A0063 <- 6.18 -> DC N4 C0205 : score 3.576 : H : LYS NZ A0065 <- 2.63 -> DG N7 C0203 : score 5.57697 : H : LYS NZ A0065 <- 3.01 -> DG O6 C0203 : score 5.54412 : w : LYS NZ A0065 <- 6.26 -> DA N6 C0204 : score 2.036 : H : ARG NH2 A0074 <- 3.04 -> DG N7 D0218 : score 6.12942 : H : ARG NH2 A0074 <- 2.47 -> DG O6 D0218 : score 7.0684 : H : LYS NZ A0120 <- 2.91 -> DT O2 C0211 : score 3.63741 : w : LYS NZ A0120 <- 5.56 -> DA N3 C0212 : score 1.7 : H : GLN OE1 B0063 <- 3.14 -> DA N6 C0217 : score 5.50119 : H : GLN NE2 B0063 <- 3.00 -> DA N7 C0217 : score 5.81662 : w : GLN OE1 B0063 <- 6.21 -> DC N4 D0205 : score 3.576 : H : LYS NZ B0065 <- 2.69 -> DG N7 D0203 : score 5.51225 : w : LYS NZ B0065 <- 6.31 -> DA N6 D0204 : score 2.036 : H : ARG NH2 B0074 <- 2.94 -> DG N7 C0218 : score 6.25818 : H : ARG NH2 B0074 <- 2.54 -> DG O6 C0218 : score 6.97557 : H : LYS NZ B0120 <- 2.96 -> DT O2 D0211 : score 3.60022 : w : LYS NZ B0120 <- 5.67 -> DA N3 D0212 : score 1.7 : V : VAL CG2 A0072 <- 3.80 -> DT C7 C0202 : score 6.24821 : x : ALA xxxx A0055 <- 3.77 -> DA xxx C0204 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0057 <- 2.91 -> DG xxx D0216 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0061 <- 3.16 -> DA xxx D0215 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0067 <- 3.57 -> DT xxx C0202 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0116 <- 3.36 -> DA xxx D0213 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0055 <- 4.03 -> DA xxx D0204 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0057 <- 2.75 -> DG xxx C0216 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0061 <- 3.31 -> DA xxx C0215 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0067 <- 3.64 -> DT xxx D0202 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0116 <- 3.65 -> DA xxx C0213 : score x.xxxxx >1iv6_A:Homeodomain-like; title=SOLUTION STRUCTURE OF THE DNA COMPLEX OF HUMAN TRF1 organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH1 A0380 <- 2.76 -> DT O2 B0009 : score 4.41452 : H : ARG NH2 A0380 <- 2.96 -> DT O2 B0009 : score 4.21825 : H : ASP OD2 A0422 <- 2.79 -> DC N4 C0021 : score 6.17772 : H : ARG NH1 A0425 <- 2.75 -> DG N7 B0006 : score 6.17913 : H : ARG NH2 A0425 <- 2.82 -> DG O6 B0006 : score 6.60425 : x : SER xxxx A0417 <- 3.56 -> DT xxx B0003 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0418 <- 3.46 -> DT xxx B0003 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0419 <- 3.74 -> DC xxx C0020 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0421 <- 3.44 -> DG xxx B0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0426 <- 4.00 -> DA xxx C0018 : score x.xxxxx >1j1v_A:TrpR-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF DNAA DOMAINIV COMPLEXED WITH DNAABOX DNA organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH1 A0399 <- 3.10 -> DA N3 C0210 : score 3.42497 : w : ARG NH1 A0399 <- 5.60 -> DA N3 C0211 : score 2.497 : w : ARG NH2 A0399 <- 6.14 -> DT O2 C0209 : score 2.047 : w : ASP OD2 A0433 <- 6.11 -> DA N6 B0109 : score 2.972 : H : THR OG1 A0435 <- 2.94 -> DC N4 B0108 : score 3.72725 : V : HIS CB A0439 <- 3.63 -> DT C7 B0106 : score 4.58379 : V : PRO CG A0423 <- 3.61 -> DT C7 C0203 : score 6.57937 : V : LEU CD2 A0438 <- 3.56 -> DT C7 C0205 : score 6.14583 : x : LEU xxxx A0422 <- 4.49 -> DT xxx C0203 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0434 <- 3.13 -> DG xxx C0204 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0436 <- 3.52 -> DC xxx B0107 : score x.xxxxx >1j3e_A:Replication_modulator_SeqA,_C-terminal_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE E.COLI SEQA PROTEIN COMPLEXED WITH N6- METHYLADENINE- GUANINE MISMATCH DNA organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH2 A0051 <- 2.92 -> DT O2 C0212 : score 4.25311 : H : ASN ND2 A0085 <- 2.56 -> DG O6 C0216 : score 5.90105 : H : ASN ND2 A0085 <- 2.98 -> DG O6 B0204 : score 5.42806 : H : ASN ND2 A0087 <- 2.93 -> DT O4 B0206 : score 5.11849 : w : ASN ND2 A0087 <- 5.64 -> DG O6 C0214 : score 3.331 : x : ARG xxxx A0053 <- 3.67 -> DA xxx C0215 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0071 <- 3.92 -> DG xxx B0203 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0090 <- 3.33 -> DG xxx C0213 : score x.xxxxx >1j46_A:HMG-box; title=3D SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE WILD TYPE HMG-BOX DOMAIN OF THE HUMAN MALE SEX DETERMINING FACTOR SRY COMPLEXED TO DNA organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH2 A0007 <- 2.53 -> DT O2 C0123 : score 4.59301 : H : ASN ND2 A0010 <- 2.66 -> DG N3 C0122 : score 4.97262 : H : ASN ND2 A0032 <- 3.23 -> DA N3 B0110 : score 3.38883 : H : SER OG A0033 <- 3.33 -> DG N3 C0118 : score 2.25219 : H : SER OG A0036 <- 2.55 -> DT O2 C0119 : score 3.87288 : H : TYR OH A0074 <- 2.41 -> DA N3 B0106 : score 4.63955 : x : PHE xxxx A0012 <- 3.07 -> DT xxx C0120 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0013 <- 2.95 -> DA xxx B0108 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0020 <- 3.54 -> DA xxx B0110 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0076 <- 4.39 -> DG xxx C0124 : score x.xxxxx >1j47_A:HMG-box; title=3D SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE M9I MUTANT OF THE HMG-BOX DOMAIN OF THE HUMAN MALE SEX DETERMINING FACTOR SRY COMPLEXED TO DNA organism=HOMO SAPIENS : H : ASN ND2 A0010 <- 2.45 -> DG N3 C0122 : score 5.17578 : H : ASN ND2 A0032 <- 3.42 -> DA N3 B0110 : score 3.24794 : H : SER OG A0033 <- 2.69 -> DG N3 C0118 : score 2.57465 : H : SER OG A0036 <- 2.66 -> DT O2 C0119 : score 3.79174 : H : TYR OH A0074 <- 2.78 -> DA N3 B0106 : score 4.32106 : x : ARG xxxx A0007 <- 3.41 -> DT xxx C0123 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0012 <- 3.22 -> DT xxx C0121 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0013 <- 3.18 -> DA xxx B0109 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0020 <- 3.54 -> DA xxx B0110 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0076 <- 4.37 -> DG xxx C0124 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0078 <- 4.03 -> DG xxx B0104 : score x.xxxxx >1j59_A:cAMP-binding_domain-like;"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN (CAP)/DNA COMPLEX + ADENOSINE-3',5'- CYCLIC-MONOPHOSPHATE organism=Escherichia coli : H : ARG NH2 A0180 <- 3.35 -> DG N7 C0005 : score 5.73023 : H : ARG NH2 A0180 <- 2.54 -> DG O6 C0005 : score 6.97557 : H : GLU OE2 A0181 <- 2.74 -> DC N4 F0007 : score 5.5647 : H : ARG NH1 A0185 <- 2.83 -> DG N7 C0007 : score 6.08124 : w : ARG NH1 A0185 <- 6.35 -> DG N7 C0007 : score 1.777 : x : GLN xxxx A0170 <- 3.92 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0179 <- 4.31 -> DT xxx F0008 : score x.xxxxx >1j5o_AB:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF MET184ILE MUTANT OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN COMPLEX WITH DOUBLE STRANDED DNA TEMPLATE-PRIMER organism=HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 : H : TYR OH A0183 <- 2.50 -> DC O2 P0837 : score 3.30367 : x : ILE xxxx A0094 <- 4.34 -> DG xxx T0804 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0115 <- 4.40 -> DA xxx P0838 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0157 <- 4.18 -> DT xxx T0802 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0184 <- 3.72 -> DA xxx P0838 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0265 <- 4.21 -> DC xxx T0807 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx A0266 <- 3.99 -> DG xxx P0835 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0475 <- 3.87 -> DC xxx P0824 : score x.xxxxx >1jb7_B:Nucleic_acid-binding_proteins; title=DNA G-QUARTETS IN A 1.86 A RESOLUTION STRUCTURE OF AN OXYTRICHA NOVA TELOMERIC PROTEIN-DNA COMPLEX organism=STERKIELLA NOVA : H : GLU OE2 B0045 <- 2.84 -> DG N2 D0009 : score 4.11298 A : w : TYR OH B0134 <- 6.27 -> DT O4 D0006 : score 2.878 : w : TYR OH B0134 <- 5.29 -> DT O4 D0006 : score 2.878 : H : LYS NZ B0145 <- 2.83 -> DG N7 D0010 : score 5.36123 >1je8_A:C-terminal_effector_domain_of_the_bipartite_response_regulators; title=TWO-COMPONENT RESPONSE REGULATOR NARL/DNA COMPLEX: DNA BENDING FOUND IN A HIGH AFFINITY SITE organism=Escherichia coli : w : LYS NZ A0188 <- 5.54 -> DT O4 C0013 : score 1.845 : w : LYS NZ A0188 <- 5.40 -> DA N7 C0012 : score 1.7 : H : LYS NZ A0192 <- 2.86 -> DG N7 C0015 : score 5.32887 : H : LYS NZ A0192 <- 2.91 -> DG O6 C0015 : score 5.65986 : H : LYS NZ A0192 <- 3.05 -> DG O6 C0016 : score 5.49782 : V : VAL CG1 A0189 <- 3.65 -> DT C7 D0023 : score 6.12497 : V : LYS CE A0188 <- 3.83 -> DT C7 C0013 : score 2.382 : x : SER xxxx A0185 <- 3.51 -> DC xxx D0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0186 <- 3.50 -> DA xxx D0024 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0190 <- 3.91 -> DT xxx D0023 : score x.xxxxx >1je8_AB: title=TWO-COMPONENT RESPONSE REGULATOR NARL/DNA COMPLEX: DNA BENDING FOUND IN A HIGH AFFINITY SITE organism=Escherichia coli : w : LYS NZ A0188 <- 5.54 -> DT O4 C0013 : score 1.845 : w : LYS NZ A0188 <- 5.40 -> DA N7 C0012 : score 1.7 : H : LYS NZ A0192 <- 2.86 -> DG N7 C0015 : score 5.32887 : H : LYS NZ A0192 <- 2.91 -> DG O6 C0015 : score 5.65986 : H : LYS NZ A0192 <- 3.05 -> DG O6 C0016 : score 5.49782 : w : LYS NZ B0188 <- 5.74 -> DT O4 D0033 : score 1.845 : w : LYS NZ B0188 <- 5.41 -> DA N7 D0032 : score 1.7 : H : LYS NZ B0192 <- 3.22 -> DG N7 D0035 : score 4.94053 : H : LYS NZ B0192 <- 3.28 -> DG O6 D0036 : score 5.23161 : V : VAL CG1 A0189 <- 3.65 -> DT C7 D0023 : score 6.12497 : V : LYS CE B0188 <- 3.85 -> DT C7 D0033 : score 2.37 : V : VAL CG1 B0189 <- 3.80 -> DT C7 C0003 : score 5.90359 : V : LYS CE A0188 <- 3.83 -> DT C7 C0013 : score 2.382 : x : SER xxxx A0185 <- 3.51 -> DC xxx D0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0186 <- 3.50 -> DA xxx D0024 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0190 <- 3.91 -> DT xxx D0023 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0185 <- 3.68 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0186 <- 3.30 -> DA xxx C0004 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0190 <- 3.83 -> DT xxx C0003 : score x.xxxxx >1je8_EF: title=TWO-COMPONENT RESPONSE REGULATOR NARL/DNA COMPLEX: DNA BENDING FOUND IN A HIGH AFFINITY SITE organism=Escherichia coli : w : LYS NZ E0188 <- 5.61 -> DT O4 G0013 : score 1.845 : w : LYS NZ E0188 <- 5.19 -> DA N7 G0012 : score 1.7 : H : LYS NZ E0192 <- 3.04 -> DG N7 G0015 : score 5.1347 : H : LYS NZ E0192 <- 3.07 -> DG O6 G0016 : score 5.47467 : w : LYS NZ F0188 <- 5.57 -> DT O4 H0033 : score 1.845 : H : LYS NZ F0192 <- 2.95 -> DG N7 H0035 : score 5.23178 : H : LYS NZ F0192 <- 2.90 -> DG O6 H0035 : score 5.67144 : H : LYS NZ F0192 <- 3.07 -> DG O6 H0036 : score 5.47467 : V : VAL CG1 F0189 <- 3.74 -> DT C7 G0003 : score 5.99214 : V : LYS CE E0188 <- 3.83 -> DT C7 G0013 : score 2.382 : V : VAL CG1 E0189 <- 3.77 -> DT C7 H0023 : score 5.94787 : V : LYS CE F0188 <- 3.79 -> DT C7 H0033 : score 2.406 : x : SER xxxx E0185 <- 3.63 -> DC xxx H0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx E0186 <- 3.29 -> DA xxx H0024 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx E0190 <- 3.80 -> DT xxx H0023 : score x.xxxxx : x : SER xxxx F0185 <- 3.66 -> DC xxx G0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx F0186 <- 3.47 -> DA xxx G0004 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx F0190 <- 3.88 -> DT xxx G0003 : score x.xxxxx >1jey_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE KU HETERODIMER BOUND TO DNA organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH2 B0400 <- 2.59 -> DA N3 D0024 : score 3.61761 >1jfi_ABC: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE NC2-TBP-DNA TERNARY COMPLEX organism=HOMO SAPIENS : H : ASN ND2 C0367 <- 2.75 -> DT O2 E0710 : score 4.94641 : H : ASN ND2 C0367 <- 3.20 -> DT O2 E0711 : score 4.50564 : H : THR OG1 C0513 <- 2.57 -> DA N3 D0609 : score 2.25829 : x : LYS xxxx A0029 <- 3.64 -> DG xxx D0614 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0202 <- 3.40 -> DT xxx D0617 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx C0369 <- 3.53 -> DA xxx D0610 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx C0397 <- 2.90 -> DT xxx E0708 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx C0412 <- 3.28 -> DT xxx E0708 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx C0414 <- 3.43 -> DA xxx D0612 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx C0420 <- 3.34 -> DA xxx D0611 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0422 <- 3.63 -> DT xxx E0709 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0457 <- 3.21 -> DA xxx D0609 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx C0459 <- 3.47 -> DT xxx E0711 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx C0488 <- 3.27 -> DA xxx D0607 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx C0489 <- 3.32 -> DA xxx E0714 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx C0503 <- 3.58 -> DA xxx D0607 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx C0505 <- 2.98 -> DT xxx E0713 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx C0511 <- 3.29 -> DA xxx E0712 : score x.xxxxx >1jfs_A:Periplasmic_binding_protein-like_I;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=PURINE REPRESSOR MUTANT-HYPOXANTHINE-PURF OPERATOR COMPLEX organism=Escherichia coli : H : THR OG1 A0016 <- 3.12 -> DC N4 B0703 : score 3.5892 : H : ARG NH1 A0026 <- 2.69 -> DG O6 B0702 : score 6.2853 : H : ARG NH2 A0026 <- 3.26 -> DG N7 B0702 : score 5.84612 : x : SER xxxx A0014 <- 4.43 -> DG xxx B0702 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0054 <- 3.70 -> DC xxx B0707 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0055 <- 3.23 -> DA xxx B0706 : score x.xxxxx >1jgg_AB: title=EVEN-SKIPPED HOMEODOMAIN COMPLEXED TO AT-RICH DNA organism=Drosophila melanogaster : H : ARG NH1 A0103 <- 2.50 -> DT O2 D0214 : score 4.64226 : H : ARG NH2 A0103 <- 2.94 -> DT O2 D0214 : score 4.23568 : w : GLN NE2 A0150 <- 5.56 -> DT O4 C0209 : score 1.944 : H : ASN OD1 A0151 <- 3.05 -> DA N6 C0208 : score 5.62571 : H : ASN ND2 A0151 <- 2.79 -> DA N7 C0208 : score 5.71654 : w : ASN OD1 A0151 <- 6.04 -> DT O4 C0209 : score 3.053 : H : ARG NH1 B0303 <- 2.88 -> DT O2 D0219 : score 4.30942 : H : ARG NH2 B0303 <- 2.57 -> DT O2 D0219 : score 4.55815 : H : ARG NH2 B0303 <- 2.31 -> DA N3 C0203 : score 3.81203 : H : ARG NH1 B0305 <- 2.82 -> DT O2 C0201 : score 4.36197 : H : GLN NE2 B0350 <- 2.99 -> DT O4 C0204 : score 5.1948 A : H : ASN OD1 B0351 <- 3.12 -> DA N6 C0203 : score 5.5428 : H : ASN ND2 B0351 <- 2.88 -> DA N7 C0203 : score 5.61385 : V : VAL CG2 B0347 <- 3.71 -> DT C7 C0204 : score 6.38879 : V : VAL CG2 A0147 <- 3.78 -> DT C7 C0209 : score 6.27945 : x : TYR xxxx A0104 <- 2.37 -> DA xxx C0207 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0105 <- 3.04 -> DA xxx D0216 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0154 <- 3.13 -> DA xxx D0212 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0158 <- 4.02 -> DT xxx D0213 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0304 <- 2.62 -> DA xxx C0202 : score x.xxxxx : x : MET xxxx B0354 <- 3.11 -> DT xxx D0218 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0355 <- 3.79 -> DT xxx C0201 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0358 <- 3.65 -> DT xxx D0218 : score x.xxxxx >1jh9_A:Periplasmic_binding_protein-like_I;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=PURINE REPRESSOR MUTANT-HYPOXANTHINE-PURF OPERATOR COMPLEX organism=Escherichia coli : H : THR OG1 A0016 <- 2.95 -> DA N6 B0703 : score 2.09421 : H : ARG NH1 A0026 <- 2.65 -> DG O6 B0702 : score 6.3345 : H : ARG NH2 A0026 <- 2.90 -> DG N7 B0702 : score 6.30969 : H : ARG NH2 A0026 <- 2.93 -> DG O6 B0702 : score 6.45837 : x : SER xxxx A0014 <- 4.31 -> DG xxx B0702 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0015 <- 4.39 -> DA xxx B0704 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0054 <- 3.58 -> DC xxx B0707 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0055 <- 3.16 -> DA xxx B0706 : score x.xxxxx >1jj4_AB: title=HUMAN PAPILLOMAVIRUS TYPE 18 E2 DNA-BINDING DOMAIN BOUND TO ITS DNA TARGET organism=Human papillomavirus type 18 : H : ASN OD1 A0297 <- 3.07 -> DC N4 D0905 : score 4.00109 : H : ASN ND2 A0297 <- 3.17 -> DA N7 D0904 : score 5.28295 : H : LYS NZ A0300 <- 2.60 -> DG N7 C0613 : score 5.60933 : H : LYS NZ A0300 <- 2.64 -> DG O6 C0614 : score 5.97237 : H : CYS SG A0301 <- 3.35 -> DA N6 D0904 : score 5.04904 : w : CYS SG A0301 <- 6.32 -> DT O4 C0615 : score 4.101 : w : ARG NE A0305 <- 5.56 -> DA N6 D0903 : score 0.763 : w : ASN ND2 B0297 <- 5.62 -> DC N4 D0912 : score 1.833 : H : LYS NZ B0300 <- 2.62 -> DG N7 D0913 : score 5.58776 : H : LYS NZ B0300 <- 2.83 -> DG O6 D0914 : score 5.75246 : H : CYS SG B0301 <- 3.29 -> DA N6 C0604 : score 5.11712 : V : TYR CZ A0304 <- 3.55 -> DT C7 C0615 : score 5.79308 : V : TYR CZ B0304 <- 3.66 -> DT C7 D0915 : score 5.64314 : x : ARG xxxx B0305 <- 3.24 -> DC xxx C0602 : score x.xxxxx >1jj6_C:Homeodomain-like; title=TESTING THE WATER-MEDIATED HIN RECOMBINASE DNA RECOGNITION BY SYSTEMATIC MUTATIONS. organism=? : H : ARG NH1 C0140 <- 3.22 -> DA N3 B0026 : score 3.33753 : H : SER OG C0174 <- 2.77 -> DA N7 A0010 : score 4.43027 : H : SER OG C0174 <- 2.99 -> DA N6 A0010 : score 3.2745 : H : ARG NH1 C0178 <- 2.51 -> DG N7 A0009 : score 6.47279 : w : ARG NE C0178 <- 6.17 -> DT O4 B0022 : score 1.131 : x : THR xxxx C0175 <- 3.51 -> DG xxx A0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx C0177 <- 3.58 -> DT xxx B0020 : score x.xxxxx >1jj8_C:Homeodomain-like; title=TESTING THE WATER-MEDIATED HIN RECOMBINASE DNA RECOGNITION BY SYSTEMATIC MUTATIONS organism=? : H : ARG NH1 C0140 <- 3.19 -> DA N3 B0026 : score 3.35939 : H : SER OG C0174 <- 2.76 -> DA N7 A0010 : score 4.43908 : H : ARG NH1 C0178 <- 2.79 -> DG N7 A0009 : score 6.13018 : x : THR xxxx C0175 <- 3.29 -> DG xxx A0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx C0177 <- 3.24 -> DT xxx B0020 : score x.xxxxx >1jk1_A:beta-beta-alpha_zinc_fingers; title=ZIF268 D20A MUTANT BOUND TO WT DNA SITE organism=MUS MUSCULUS : H : ARG NH1 A0118 <- 2.98 -> DG O6 B0011 : score 5.9286 : H : ARG NH2 A0118 <- 2.76 -> DG O6 B0010 : score 6.68382 : H : GLU OE2 A0121 <- 3.06 -> DC N4 B0009 : score 5.21278 : H : ARG NH1 A0124 <- 3.07 -> DG O6 B0008 : score 5.8179 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.85 -> DG N7 B0008 : score 6.37408 : w : ARG NH1 A0124 <- 5.58 -> DG O6 C0054 : score 2.757 : H : ARG NH1 A0146 <- 2.92 -> DG N7 B0007 : score 5.97112 : H : ARG NH2 A0146 <- 2.72 -> DG O6 B0007 : score 6.73686 : H : ASP OD1 A0148 <- 3.21 -> DC N4 C0055 : score 4.84422 : w : ASP OD1 A0148 <- 5.75 -> DC N4 C0056 : score 2.382 : w : ASP OD2 A0148 <- 5.58 -> DG N7 C0054 : score 2.782 : H : HIS NE2 A0149 <- 2.76 -> DG N7 B0006 : score 6.61015 : H : ARG NH1 A0174 <- 3.02 -> DG N7 B0004 : score 5.84876 : H : ARG NH2 A0174 <- 2.83 -> DG O6 B0004 : score 6.59098 : H : ASP OD1 A0176 <- 3.24 -> DA N6 C0058 : score 3.47495 : w : ASP OD1 A0176 <- 5.75 -> DC N4 B0003 : score 2.382 : w : ASP OD2 A0176 <- 5.97 -> DC N4 C0057 : score 3.848 : H : ARG NH1 A0180 <- 3.02 -> DG O6 B0002 : score 5.8794 : H : ARG NH2 A0180 <- 2.85 -> DG N7 B0002 : score 6.37408 : w : ARG NH1 A0180 <- 5.57 -> DG O6 C0060 : score 2.757 : x : ALA xxxx A0120 <- 3.88 -> DC xxx C0052 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0152 <- 4.39 -> DT xxx B0005 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0177 <- 3.54 -> DC xxx B0003 : score x.xxxxx >1jk2_A:beta-beta-alpha_zinc_fingers; title=ZIF268 D20A MUTANT BOUND TO THE GCT DNA SITE organism=MUS MUSCULUS : H : GLU OE2 A0121 <- 2.85 -> DC N4 B0009 : score 5.44373 : w : GLU OE1 A0121 <- 5.67 -> DT O4 B0010 : score 2.588 : H : ARG NH1 A0124 <- 3.04 -> DG O6 B0008 : score 5.8548 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.91 -> DG N7 B0008 : score 6.29682 : w : ARG NH1 A0124 <- 5.78 -> DG O6 C0054 : score 2.757 : H : ARG NH1 A0146 <- 2.92 -> DG N7 B0007 : score 5.97112 : H : ARG NH2 A0146 <- 2.74 -> DG O6 B0007 : score 6.71034 : H : ASP OD1 A0148 <- 2.98 -> DC N4 C0055 : score 5.08695 : w : ASP OD1 A0148 <- 5.81 -> DC N4 C0056 : score 2.382 : w : ASP OD2 A0148 <- 5.95 -> DG N7 C0054 : score 2.782 : H : HIS NE2 A0149 <- 2.67 -> DG N7 B0006 : score 6.72819 : H : ARG NH1 A0174 <- 2.88 -> DG N7 B0004 : score 6.02006 : H : ARG NH2 A0174 <- 2.78 -> DG O6 B0004 : score 6.65729 : H : ASP OD1 A0176 <- 3.21 -> DA N6 C0058 : score 3.49782 : w : ASP OD1 A0176 <- 5.91 -> DC N4 B0003 : score 2.382 : w : ASP OD2 A0176 <- 5.97 -> DC N4 C0057 : score 3.848 : H : ARG NH1 A0180 <- 2.99 -> DG O6 B0002 : score 5.9163 : H : ARG NH2 A0180 <- 2.84 -> DG N7 B0002 : score 6.38695 : w : ARG NH1 A0180 <- 5.95 -> DG O6 C0060 : score 2.757 : x : ARG xxxx A0118 <- 3.72 -> DT xxx B0010 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0120 <- 4.12 -> DC xxx C0052 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0152 <- 4.39 -> DT xxx B0005 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0177 <- 3.20 -> DC xxx B0003 : score x.xxxxx >1jkp_C:Homeodomain-like; title=TESTING THE WATER-MEDIATED HIN RECOMBINASE DNA RECOGNITION BY SYSTEMATIC MUTATIONS organism=? : H : ARG NH1 C0140 <- 3.29 -> DA N3 B0026 : score 3.28652 : H : SER OG C0174 <- 2.66 -> DA N7 A0010 : score 4.52715 : H : ARG NH1 C0178 <- 2.92 -> DG N7 A0009 : score 5.97112 A : x : THR xxxx C0175 <- 3.80 -> DG xxx A0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx C0177 <- 3.25 -> DT xxx B0020 : score x.xxxxx >1jkq_C:Homeodomain-like; title=TESTING THE WATER-MEDIATED HIN RECOMBINASE DNA RECOGNITION BY SYSTEMATIC MUTATIONS organism=? : H : ARG NH1 C0140 <- 3.12 -> DA N3 B0026 : score 3.4104 : H : SER OG C0174 <- 2.74 -> DA N7 A0010 : score 4.45669 : x : THR xxxx C0175 <- 3.94 -> DT xxx A0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx C0177 <- 3.30 -> DT xxx B0020 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0178 <- 3.48 -> DT xxx A0009 : score x.xxxxx >1jkr_C:Homeodomain-like; title=TESTING THE WATER-MEDIATED HIN RECOMBINASE DNA RECOGNITION BY SYSTEMATIC MUTATIONS organism=? : H : ARG NH1 C0140 <- 3.03 -> DA N3 B0026 : score 3.47598 : H : SER OG C0174 <- 2.87 -> DA N7 A0010 : score 4.34219 : H : ARG NH1 C0178 <- 2.61 -> DG N7 A0009 : score 6.35043 : x : THR xxxx C0175 <- 3.62 -> DG xxx A0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx C0177 <- 3.62 -> DT xxx B0020 : score x.xxxxx >1jnm_A:A_DNA-binding_domain_in_eukaryotic_transcription_factors; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE JUN/CRE COMPLEX organism=Homo sapiens : w : LYS NZ A0258 <- 5.86 -> DA N7 C0214 : score 1.7 : H : ASN OD1 A0262 <- 3.24 -> DC N4 C0213 : score 3.85729 : H : ASN ND2 A0262 <- 2.85 -> DT O4 D0307 : score 5.20258 : w : ASN ND2 A0262 <- 6.01 -> DA N7 D0306 : score 1.912 : V : ALA CB A0266 <- 3.60 -> DT C7 C0212 : score 5.88215 : x : ALA xxxx A0265 <- 3.93 -> DT xxx D0307 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0269 <- 3.68 -> DT xxx D0307 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0270 <- 3.60 -> DC xxx C0210 : score x.xxxxx >1jnm_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE JUN/CRE COMPLEX organism=Homo sapiens : w : LYS NZ A0258 <- 5.86 -> DA N7 C0214 : score 1.7 : H : ASN OD1 A0262 <- 3.24 -> DC N4 C0213 : score 3.85729 : H : ASN ND2 A0262 <- 2.85 -> DT O4 D0307 : score 5.20258 : w : ASN ND2 A0262 <- 6.01 -> DA N7 D0306 : score 1.912 : H : ASN OD1 B0262 <- 3.11 -> DC N4 D0313 : score 3.96726 : H : ASN ND2 B0262 <- 3.12 -> DT O4 C0207 : score 4.9188 : w : ASN ND2 B0262 <- 5.91 -> DA N7 C0206 : score 1.912 : H : ARG NH2 B0270 <- 2.40 -> DG O6 D0311 : score 7.16123 : V : ALA CB A0266 <- 3.60 -> DT C7 C0212 : score 5.88215 : V : ALA CB B0266 <- 3.60 -> DT C7 D0312 : score 5.88215 : x : ALA xxxx A0265 <- 3.93 -> DT xxx D0307 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0269 <- 3.68 -> DT xxx D0307 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0270 <- 3.60 -> DC xxx C0210 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0265 <- 3.91 -> DT xxx C0207 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0269 <- 3.82 -> DT xxx C0207 : score x.xxxxx >1jt0_ABCD: title=CRYSTAL STRUCTURE OF A COOPERATIVE QACR-DNA COMPLEX organism=STAPHYLOCOCCUS AUREUS : H : LYS NZ A0036 <- 3.07 -> DG N7 F0021 : score 5.10234 : H : LYS NZ B0036 <- 2.72 -> DG N7 E0021 : score 5.47989 : H : LYS NZ C0036 <- 2.71 -> DG N7 E0026 : score 5.49067 : H : LYS NZ C0036 <- 2.77 -> DG O6 E0026 : score 5.8219 : H : LYS NZ D0036 <- 2.62 -> DG N7 F0026 : score 5.58776 : H : LYS NZ D0036 <- 2.53 -> DG O6 F0026 : score 6.09969 : x : THR xxxx A0025 <- 4.13 -> DG xxx F0021 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0035 <- 3.35 -> DC xxx E0016 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0038 <- 3.22 -> DC xxx E0015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0040 <- 3.26 -> DT xxx F0023 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0041 <- 3.54 -> DC xxx E0015 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0025 <- 3.69 -> DG xxx E0021 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0035 <- 3.58 -> DC xxx F0016 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0038 <- 3.29 -> DC xxx F0015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0040 <- 3.26 -> DT xxx E0023 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0041 <- 3.48 -> DA xxx F0014 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0025 <- 3.81 -> DG xxx E0025 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0035 <- 3.32 -> DA xxx F0012 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0038 <- 3.16 -> DT xxx F0011 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx C0040 <- 3.42 -> DT xxx E0027 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx C0041 <- 3.08 -> DT xxx F0011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0025 <- 3.97 -> DG xxx F0025 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0035 <- 3.31 -> DA xxx E0012 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx D0038 <- 3.22 -> DT xxx E0011 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0040 <- 3.45 -> DT xxx F0027 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0041 <- 3.61 -> DT xxx E0011 : score x.xxxxx >1jwl_AB: title=STRUCTURE OF THE DIMERIC LAC REPRESSOR/OPERATOR O1/ONPF COMPLEX organism=Escherichia coli : V : GLN CB A0018 <- 3.66 -> DT C7 D0008 : score 1.87043 : x : HIS xxxx A0029 <- 4.46 -> DT xxx D0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0053 <- 4.29 -> DG xxx E0013 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0056 <- 4.47 -> DC xxx D0012 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0057 <- 3.66 -> DC xxx E0014 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0018 <- 2.78 -> DT xxx E0008 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0029 <- 4.11 -> DG xxx E0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0053 <- 3.52 -> DG xxx D0013 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0056 <- 4.18 -> DC xxx E0012 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0057 <- 3.15 -> DG xxx D0013 : score x.xxxxx >1jwl_B:Periplasmic_binding_protein-like_I;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=STRUCTURE OF THE DIMERIC LAC REPRESSOR/OPERATOR O1/ONPF COMPLEX organism=Escherichia coli : x : GLN xxxx B0018 <- 2.78 -> DT xxx E0008 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0029 <- 4.11 -> DG xxx E0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0053 <- 3.52 -> DG xxx D0013 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0056 <- 4.18 -> DC xxx E0012 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0057 <- 3.15 -> DG xxx D0013 : score x.xxxxx >1jxl_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A Y-FAMILY DNA POLYMERASE IN A TERNARY COMPLEX WITH DNA SUBSTRATES AND AN INCOMING NUCLEOTIDE organism=Sulfolobus solfataricus : x : VAL xxxx A0032 <- 3.79 -> DC xxx T0003 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0042 <- 3.39 -> DC xxx T0003 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0336 <- 4.12 -> DA xxx T0006 : score x.xxxxx >1k3w_A:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAPPED REACTION INTERMEDIATE OF THE DNA REPAIR ENZYME ENDONUCLEASE VIII WITH DNA organism=Escherichia coli : x : GLN xxxx A0069 <- 3.13 -> DG xxx C0428 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0070 <- 3.73 -> DG xxx C0428 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0071 <- 3.31 -> DT xxx B0408 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0252 <- 3.89 -> DG xxx C0428 : score x.xxxxx >1k61_ABCD: title=MATALPHA2 HOMEODOMAIN BOUND TO DNA organism=? : w : HIS NE2 A0134 <- 6.02 -> DT O2 E0015 : score 3.881 : H : ASN OD1 A0182 <- 3.26 -> DA N6 E0016 : score 5.37699 : H : ASN ND2 A0182 <- 3.23 -> DA N7 E0016 : score 5.21449 : H : ARG NH1 A0185 <- 2.86 -> DG N7 F0027 : score 6.04453 : H : ARG NH2 A0185 <- 2.65 -> DG O6 F0027 : score 6.82969 : H : ARG NH2 B0135 <- 2.93 -> DT O2 E0010 : score 4.24439 : w : ASN OD1 B0178 <- 5.94 -> DC N4 F0039 : score 2.813 : w : SER OG B0181 <- 5.52 -> DA N7 E0003 : score 2.337 : H : ASN OD1 B0182 <- 3.28 -> DA N6 F0038 : score 5.3533 : H : ASN ND2 B0182 <- 3.10 -> DA N7 F0038 : score 5.36282 : w : ASN OD1 B0182 <- 6.06 -> DT O4 F0037 : score 3.053 : H : ARG NH1 B0185 <- 2.77 -> DG O6 E0005 : score 6.1869 : H : ARG NH2 B0185 <- 3.05 -> DG N7 E0005 : score 6.11654 : w : ASN OD1 C0178 <- 5.40 -> DC N4 E0021 : score 2.813 : w : ASN OD1 C0178 <- 5.78 -> DG N7 E0020 : score 1.827 : H : ARG NH2 C0185 <- 2.98 -> DG O6 F0023 : score 6.39206 : w : ARG NH1 C0185 <- 5.85 -> DG O6 E0020 : score 2.757 : H : ARG NH2 D0132 <- 3.07 -> DA N3 F0038 : score 3.28432 : w : ARG NE D0132 <- 6.22 -> DT O2 E0006 : score 0.438 : H : LYS NZ D0177 <- 3.01 -> DG N7 F0033 : score 5.16706 : H : ASN OD1 D0178 <- 3.05 -> DA N6 E0008 : score 5.62571 : H : ASN ND2 D0178 <- 3.02 -> DA N7 E0008 : score 5.4541 : w : ASN OD1 D0178 <- 5.57 -> DT O4 E0009 : score 3.053 : w : ASN OD1 D0178 <- 6.45 -> DA N6 F0035 : score 2.759 : w : SER OG D0181 <- 5.98 -> DA N7 F0035 : score 2.337 : w : SER OG D0181 <- 6.81 -> DA N6 F0035 : score 2.203 : x : ARG xxxx A0135 <- 3.37 -> DT xxx E0013 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0178 <- 4.12 -> DC xxx E0017 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0181 <- 4.11 -> DT xxx F0026 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0134 <- 3.53 -> DT xxx E0009 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0182 <- 4.11 -> DC xxx E0019 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx D0174 <- 3.95 -> DA xxx E0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx D0182 <- 3.79 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx >1k6o_ABC: title=CRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY SAP-1/SRF/C-FOS SRE DNA COMPLEX organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NE A0361 <- 2.84 -> DG O6 D0106 : score 3.85227 : H : ARG NH2 A0361 <- 2.65 -> DG N7 D0106 : score 6.63162 : H : TYR OH A0365 <- 2.78 -> DA N6 D0107 : score 4.32106 : H : THR OG1 B0140 <- 2.52 -> DC O2 D0112 : score 2.17292 : H : ARG NH1 B0143 <- 3.08 -> DA N3 E0210 : score 3.43955 : H : LYS NZ B0163 <- 3.09 -> DG O6 E0213 : score 5.45152 : H : THR OG1 C0140 <- 2.60 -> DC O2 E0205 : score 2.14 : H : ARG NH1 C0143 <- 2.71 -> DT O2 D0117 : score 4.45832 : H : LYS NZ C0163 <- 3.37 -> DT O4 E0203 : score 3.13621 : x : LYS xxxx A0358 <- 4.24 -> DT xxx E0217 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0364 <- 3.12 -> DA xxx D0104 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0162 <- 3.57 -> DT xxx D0108 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx C0158 <- 3.88 -> DT xxx E0201 : score x.xxxxx >1k6o_C:SRF-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY SAP-1/SRF/C-FOS SRE DNA COMPLEX organism=HOMO SAPIENS : H : THR OG1 C0140 <- 2.60 -> DC O2 E0205 : score 2.14 : H : ARG NH1 C0143 <- 2.71 -> DT O2 D0117 : score 4.45832 : H : LYS NZ C0163 <- 3.37 -> DT O4 E0203 : score 3.13621 : x : TYR xxxx C0158 <- 3.88 -> DT xxx E0201 : score x.xxxxx >1k78_A:Homeodomain-like; title=PAX5(1-149)+ETS-1(331-440)+DNA organism=HOMO SAPIENS : w : ASN OD1 A0029 <- 6.21 -> DC O2 d0014 : score 2.12 >1k78_BI:Homeodomain-like; title=PAX5(1-149)+ETS-1(331-440)+DNA organism=MUS MUSCULUS / HOMO SAPIENS : w : GLU OE2 B0387 <- 6.40 -> DC N4 C0007 : score 3.453 : w : GLU OE2 B0387 <- 5.80 -> DC N4 D0022 : score 3.453 : H : ARG NE B0391 <- 2.92 -> DG O6 C0009 : score 3.79013 : H : ARG NH2 B0391 <- 2.99 -> DG N7 C0009 : score 6.1938 : H : ARG NE B0394 <- 2.88 -> DG N7 C0008 : score 4.35357 : H : ARG NH2 B0394 <- 2.82 -> DG O6 C0008 : score 6.60425 : w : SER OG I0086 <- 6.27 -> DT O2 C0023 : score 1.724 : H : SER OG I0133 <- 2.75 -> DG N7 D0011 : score 4.56183 : H : ARG NH1 I0137 <- 3.17 -> DG N7 D0010 : score 5.66522 : H : ARG NH2 I0137 <- 2.63 -> DG O6 D0010 : score 6.85622 : x : LYS xxxx B0388 <- 3.87 -> DT xxx D0020 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0395 <- 3.52 -> DT xxx D0018 : score x.xxxxx : x : SER xxxx I0131 <- 3.92 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx I0140 <- 3.49 -> DT xxx C0018 : score x.xxxxx >1k78_EF:Homeodomain-like; title=PAX5(1-149)+ETS-1(331-440)+DNA organism=MUS MUSCULUS / HOMO SAPIENS : H : ASN OD1 E0029 <- 3.00 -> DG N2 G0016 : score 4.64369 : w : ASN OD1 E0029 <- 5.82 -> DC O2 H0015 : score 2.12 : H : HIS NE2 E0062 <- 2.71 -> DG O6 G0011 : score 8.11007 : H : SER OG E0086 <- 2.46 -> DA N3 G0021 : score 3.36146 : H : SER OG E0133 <- 2.76 -> DG N7 G0025 : score 4.5528 : w : GLU OE2 F0387 <- 5.73 -> DC N4 H0022 : score 3.453 : H : ARG NE F0391 <- 2.82 -> DG O6 G0009 : score 3.8678 : H : ARG NH2 F0391 <- 2.75 -> DG N7 G0009 : score 6.50285 : H : ARG NE F0394 <- 2.85 -> DG N7 G0008 : score 4.38012 : H : ARG NH2 F0394 <- 2.82 -> DG O6 G0008 : score 6.60425 : x : SER xxxx E0061 <- 3.55 -> DC xxx H0016 : score x.xxxxx : x : SER xxxx E0066 <- 4.34 -> DG xxx G0011 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx E0067 <- 4.07 -> DT xxx G0013 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx E0083 <- 3.99 -> DA xxx H0012 : score x.xxxxx : x : SER xxxx E0131 <- 3.60 -> DG xxx G0024 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0137 <- 3.45 -> DT xxx G0023 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx F0388 <- 3.86 -> DT xxx H0020 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx F0395 <- 3.59 -> DT xxx H0018 : score x.xxxxx >1k79_D:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=ETS-1(331-440)+GGAA DUPLEX organism=Mus musculus : H : ARG NE D0391 <- 2.81 -> DG O6 E0009 : score 3.87557 : H : ARG NH2 D0391 <- 2.76 -> DG N7 E0009 : score 6.48997 : H : ARG NE D0394 <- 3.06 -> DG N7 E0008 : score 4.19429 : H : ARG NH2 D0394 <- 3.05 -> DG O6 E0008 : score 6.29923 : H : TYR OH D0395 <- 2.99 -> DA N6 E0010 : score 4.1403 : x : LYS xxxx D0388 <- 3.53 -> DT xxx F0007 : score x.xxxxx >1k7a_A:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=ETS-1(331-440)+GGAG DUPLEX organism=Mus musculus : H : ARG NH2 A0391 <- 2.95 -> DG N7 B0009 : score 6.24531 : H : ARG NE A0394 <- 2.87 -> DG N7 B0008 : score 4.36242 : H : ARG NH2 A0394 <- 2.61 -> DG O6 B0008 : score 6.88274 : H : TYR OH A0395 <- 2.78 -> DA N6 B0010 : score 4.32106 : H : TYR OH A0395 <- 2.74 -> DC N4 C0006 : score 4.57865 : x : LYS xxxx A0388 <- 3.66 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx >1kb2_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF VDR DNA-BINDING DOMAIN BOUND TO MOUSE OSTEOPONTIN (SPP) RESPONSE ELEMENT organism=Homo sapiens : H : GLU OE1 A0042 <- 3.27 -> DA N6 D0431 : score 2.7331 : w : GLU OE1 A0042 <- 5.51 -> DA N6 D0430 : score 2.913 : H : LYS NZ A0045 <- 2.58 -> DG O6 C0405 : score 6.04182 : w : LYS NZ A0045 <- 6.15 -> DG N7 C0404 : score 2.357 : w : ARG NH1 A0049 <- 6.17 -> DT O4 C0406 : score 1.904 : w : ARG NH2 A0049 <- 6.36 -> DT O4 C0406 : score 2.172 : w : ARG NH1 A0050 <- 6.09 -> DT O4 C0407 : score 1.904 : w : GLU OE1 B0242 <- 5.52 -> DT O4 C0415 : score 2.588 : H : LYS NZ B0245 <- 3.04 -> DG O6 C0414 : score 5.5094 : w : LYS NZ B0245 <- 6.06 -> DG O6 C0413 : score 2.896 : w : ARG NH1 B0249 <- 5.74 -> DT O4 C0415 : score 1.904 : x : LYS xxxx A0103 <- 4.45 -> DG xxx C0404 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0250 <- 3.27 -> DG xxx D0420 : score x.xxxxx >1kb4_A:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF VDR DNA-BINDING DOMAIN BOUND TO A CANONICAL DIRECT REPEAT WITH THREE BASE PAIR SPACER (DR3) RESPONSE ELEMENT organism=Homo sapiens : H : GLU OE1 A0042 <- 3.08 -> DC N4 D0431 : score 5.44373 : H : LYS NZ A0045 <- 2.83 -> DG O6 C0405 : score 5.75246 : w : ARG NH1 A0050 <- 5.76 -> DG O6 D0429 : score 2.757 : x : ARG xxxx A0049 <- 3.76 -> DG xxx C0405 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0103 <- 3.86 -> DA xxx C0404 : score x.xxxxx >1kb4_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF VDR DNA-BINDING DOMAIN BOUND TO A CANONICAL DIRECT REPEAT WITH THREE BASE PAIR SPACER (DR3) RESPONSE ELEMENT organism=Homo sapiens : H : GLU OE1 A0042 <- 3.08 -> DC N4 D0431 : score 5.44373 : H : LYS NZ A0045 <- 2.83 -> DG O6 C0405 : score 5.75246 : w : ARG NH1 A0050 <- 5.76 -> DG O6 D0429 : score 2.757 : H : GLU OE1 B0242 <- 3.15 -> DC N4 D0422 : score 5.363 : H : LYS NZ B0245 <- 3.07 -> DG O6 C0414 : score 5.47467 : w : LYS NZ B0245 <- 5.64 -> DA N6 C0413 : score 2.036 : H : ARG NH1 B0250 <- 3.26 -> DG N7 D0420 : score 5.5551 : w : ARG NH1 B0250 <- 5.45 -> DG O6 D0420 : score 2.757 : x : ARG xxxx A0049 <- 3.76 -> DG xxx C0405 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0103 <- 3.86 -> DA xxx C0404 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0249 <- 4.05 -> DG xxx C0414 : score x.xxxxx >1kb6_A:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF VDR DNA-BINDING DOMAIN BOUND TO RAT OSTEOCALCIN (OC) RESPONSE ELEMENT organism=Homo sapiens : H : GLU OE1 A0042 <- 2.64 -> DC N4 D0431 : score 5.9512 : w : GLU OE2 A0042 <- 6.42 -> DC N4 D0432 : score 3.453 : H : LYS NZ A0045 <- 2.89 -> DG O6 C0405 : score 5.68301 : w : LYS NZ A0045 <- 6.01 -> DG O6 C0404 : score 2.896 : w : ARG NH1 A0049 <- 5.67 -> DG O6 C0406 : score 2.757 : x : ARG xxxx A0050 <- 3.98 -> DT xxx D0428 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0103 <- 4.18 -> DG xxx C0404 : score x.xxxxx >1kb6_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF VDR DNA-BINDING DOMAIN BOUND TO RAT OSTEOCALCIN (OC) RESPONSE ELEMENT organism=Homo sapiens : H : GLU OE1 A0042 <- 2.64 -> DC N4 D0431 : score 5.9512 : w : GLU OE2 A0042 <- 6.42 -> DC N4 D0432 : score 3.453 : H : LYS NZ A0045 <- 2.89 -> DG O6 C0405 : score 5.68301 : w : LYS NZ A0045 <- 6.01 -> DG O6 C0404 : score 2.896 : w : ARG NH1 A0049 <- 5.67 -> DG O6 C0406 : score 2.757 : H : LYS NZ B0245 <- 2.94 -> DG O6 C0414 : score 5.62514 : w : LYS NZ B0245 <- 6.21 -> DA N6 C0413 : score 2.036 : w : ARG NH1 B0249 <- 5.25 -> DG O6 C0415 : score 2.757 : H : ARG NH2 B0250 <- 2.80 -> DG N7 D0420 : score 6.43846 : x : ARG xxxx A0050 <- 3.98 -> DT xxx D0428 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0103 <- 4.18 -> DG xxx C0404 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx B0242 <- 2.93 -> DC xxx D0422 : score x.xxxxx >1kbu_AB:DNA_breaking-rejoining_enzymes;lambda_integrase-like,_N-terminal_domain; title=CRE RECOMBINASE BOUND TO A LOXP HOLLIDAY JUNCTION organism=Enterobacteria phage P1 : w : GLN OE1 A0090 <- 6.26 -> DA N6 D0013 : score 2.78 : w : ARG NH2 A0241 <- 5.41 -> DA N3 D0004 : score 1.61 : H : LYS NZ A0244 <- 2.34 -> DT O2 D0002 : score 4.0614 : H : ARG NH2 A0282 <- 2.59 -> DA N3 D0011 : score 3.61761 : H : LYS NZ B0043 <- 2.29 -> DG N7 C0009 : score 5.94374 : H : LYS NZ B0086 <- 2.41 -> DA N7 C0014 : score 3.23676 : w : GLN OE1 B0089 <- 5.95 -> DA N6 D0020 : score 2.78 : H : GLN OE1 B0090 <- 2.79 -> DA N6 C0013 : score 5.91437 : H : LYS NZ B0201 <- 2.44 -> DA N3 C0014 : score 2.79819 : w : ARG NH2 B0241 <- 6.03 -> DA N3 C0004 : score 1.61 : H : ARG NH1 B0243 <- 2.93 -> DT O2 D0032 : score 4.26562 : H : ARG NH2 B0243 <- 3.13 -> DT O2 D0032 : score 4.07008 : H : LYS NZ B0244 <- 2.89 -> DT O2 D0034 : score 3.65228 : H : LYS NZ B0244 <- 2.90 -> DT O2 C0002 : score 3.64485 : H : ARG NE B0259 <- 2.73 -> DG O6 D0027 : score 3.9377 : H : ARG NH2 B0259 <- 2.98 -> DG N7 D0027 : score 6.20668 : w : GLU OE1 B0262 <- 5.94 -> DC N4 D0026 : score 3.596 : H : ARG NH2 B0282 <- 2.83 -> DA N3 C0011 : score 3.45096 : w : ARG NH2 B0282 <- 6.66 -> DT O2 C0010 : score 2.047 : V : MET CE B0044 <- 3.68 -> DT C7 C0012 : score 7.07055 : V : MET CE A0044 <- 3.75 -> DT C7 D0012 : score 6.95042 : V : HIS CG B0040 <- 3.69 -> DT C7 D0024 : score 3.05721 : x : SER xxxx A0047 <- 3.83 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0087 <- 3.70 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0257 <- 3.81 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0259 <- 3.04 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0041 <- 3.39 -> DT xxx D0022 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0047 <- 3.48 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0087 <- 3.79 -> DT xxx C0012 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0094 <- 3.68 -> DT xxx D0022 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0121 <- 4.17 -> DA xxx D0018 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0257 <- 3.91 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx >1kc6_A:Restriction_endonuclease-like; title=HINCII BOUND TO COGNATE DNA organism=Haemophilus influenzae : H : GLN NE2 A0109 <- 2.66 -> DC O2 F0007 : score 4.00261 : w : GLN NE2 A0109 <- 5.32 -> DC O2 E0010 : score 3.037 : w : ASN OD1 A0110 <- 5.99 -> DG N3 F0005 : score 3.331 : H : ASN OD1 A0141 <- 2.91 -> DA N6 F0009 : score 5.79152 : H : ASN ND2 A0141 <- 2.97 -> DG N7 F0008 : score 4.37425 : w : ASN ND2 A0141 <- 6.20 -> DT O4 E0006 : score 2.886 : H : ASN ND2 A0201 <- 2.89 -> DG N7 E0005 : score 4.4467 : H : GLN NE2 A0209 <- 3.13 -> DG O6 E0005 : score 5.54054 : V : ALA CB A0205 <- 3.72 -> DT C7 F0006 : score 5.71409 : x : ALA xxxx A0137 <- 4.45 -> DC xxx F0010 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0138 <- 3.08 -> DG xxx E0005 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0140 <- 3.66 -> DA xxx F0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0199 <- 3.66 -> DG xxx E0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0203 <- 4.31 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0204 <- 3.67 -> DG xxx E0005 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0207 <- 4.16 -> DC xxx F0007 : score x.xxxxx >1kc6_CD:Restriction_endonuclease-like; title=HINCII BOUND TO COGNATE DNA organism=Haemophilus influenzae : H : GLN NE2 C0109 <- 3.05 -> DA N3 G0009 : score 3.79513 : H : ASN OD1 C0141 <- 3.22 -> DA N6 H0009 : score 5.42436 : H : ASN ND2 C0141 <- 3.14 -> DG N7 H0008 : score 4.22029 : H : ASN ND2 C0201 <- 3.15 -> DG N7 G0005 : score 4.21123 : H : GLN NE2 C0209 <- 3.18 -> DG O6 G0005 : score 5.48122 : H : ASN ND2 D0141 <- 2.78 -> DG N7 G0008 : score 4.54632 : H : ASN ND2 D0201 <- 2.93 -> DG N7 H0005 : score 4.41047 : H : GLN NE2 D0209 <- 2.99 -> DG O6 H0005 : score 5.70663 : V : ALA CB D0205 <- 3.65 -> DT C7 G0006 : score 5.81213 : V : ALA CB C0205 <- 3.60 -> DT C7 H0006 : score 5.88215 : x : GLN xxxx C0138 <- 3.20 -> DG xxx G0004 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx C0140 <- 3.77 -> DA xxx H0009 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx C0203 <- 4.33 -> DT xxx G0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx C0204 <- 3.39 -> DT xxx G0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx C0207 <- 4.39 -> DC xxx H0007 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx D0109 <- 3.36 -> DC xxx G0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx D0110 <- 4.17 -> DG xxx G0005 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx D0138 <- 3.10 -> DG xxx H0004 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx D0140 <- 3.80 -> DA xxx G0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0199 <- 3.87 -> DG xxx H0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx D0203 <- 4.07 -> DT xxx H0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx D0204 <- 3.55 -> DT xxx H0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx D0207 <- 4.09 -> DC xxx G0007 : score x.xxxxx >1kfv_B:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF LACTOCOCCUS LACTIS FORMAMIDO-PYRIMIDINE DNA GLYCOSYLASE (ALIAS FPG OR MUTM) NON COVALENTLY BOUND TO AN AP SITE CONTAINING DNA. organism=Lactococcus lactis : H : ARG NH1 B0074 <- 2.80 -> DT O2 G0008 : score 4.37949 : H : ARG NE B0109 <- 3.13 -> DC O2 H0020 : score 2.6631 : H : ARG NH2 B0109 <- 3.17 -> DC N3 H0020 : score 2.35418 : V : MET CE B0075 <- 3.51 -> DT C7 G0008 : score 7.3623 : x : PHE xxxx B0111 <- 3.51 -> DC xxx H0020 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0260 <- 3.24 -> DT xxx G0008 : score x.xxxxx >1kln_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=DNA POLYMERASE I KLENOW FRAGMENT (E.C.2.7.7.7) MUTANT/DNA COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI : x : ARG xxxx A0455 <- 3.52 -> DC xxx B0011 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0663 <- 3.85 -> DC xxx B0011 : score x.xxxxx >1ksx_ABEF: title=CRYSTAL STRUCTURES OF TWO INTERMEDIATES IN THE ASSEMBLY OF THE PAPILLOMAVIRUS REPLICATION INITIATION COMPLEX organism=Bovine papillomavirus : x : ASN xxxx A0184 <- 4.02 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0186 <- 4.01 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0187 <- 3.01 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0188 <- 4.49 -> DC xxx G0018 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0184 <- 4.48 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0186 <- 4.01 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0187 <- 3.72 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0188 <- 4.40 -> DC xxx G0015 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx E0184 <- 4.02 -> DT xxx G0005 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx E0186 <- 4.01 -> DT xxx G0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx E0187 <- 3.00 -> DT xxx G0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx E0188 <- 4.36 -> DC xxx C0018 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx F0184 <- 4.48 -> DT xxx G0008 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx F0186 <- 4.01 -> DT xxx G0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx F0187 <- 3.72 -> DT xxx G0008 : score x.xxxxx : x : THR xxxx F0188 <- 4.31 -> DC xxx C0015 : score x.xxxxx >1ksx_I:Origin_of_replication-binding_domain,_RBD-like; title=CRYSTAL STRUCTURES OF TWO INTERMEDIATES IN THE ASSEMBLY OF THE PAPILLOMAVIRUS REPLICATION INITIATION COMPLEX organism=Bovine papillomavirus : x : ASN xxxx I0184 <- 4.02 -> DT xxx K0005 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx I0186 <- 4.01 -> DT xxx K0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx I0187 <- 3.01 -> DT xxx K0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx I0188 <- 4.06 -> DC xxx O0018 : score x.xxxxx >1ksx_IM: title=CRYSTAL STRUCTURES OF TWO INTERMEDIATES IN THE ASSEMBLY OF THE PAPILLOMAVIRUS REPLICATION INITIATION COMPLEX organism=Bovine papillomavirus : x : ASN xxxx I0184 <- 4.02 -> DT xxx K0005 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx I0186 <- 4.01 -> DT xxx K0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx I0187 <- 3.01 -> DT xxx K0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx I0188 <- 4.06 -> DC xxx O0018 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx M0184 <- 4.02 -> DT xxx O0005 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx M0186 <- 4.01 -> DT xxx O0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx M0187 <- 3.01 -> DT xxx O0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx M0188 <- 4.37 -> DC xxx K0018 : score x.xxxxx >1ksx_JN: title=CRYSTAL STRUCTURES OF TWO INTERMEDIATES IN THE ASSEMBLY OF THE PAPILLOMAVIRUS REPLICATION INITIATION COMPLEX organism=Bovine papillomavirus : x : ASN xxxx J0184 <- 4.48 -> DT xxx K0008 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx J0186 <- 4.01 -> DT xxx K0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx J0187 <- 3.72 -> DT xxx K0008 : score x.xxxxx : x : THR xxxx J0188 <- 4.07 -> DC xxx O0015 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx N0184 <- 4.48 -> DT xxx O0008 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx N0186 <- 4.01 -> DT xxx O0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx N0187 <- 3.72 -> DT xxx O0008 : score x.xxxxx : x : THR xxxx N0188 <- 4.36 -> DC xxx K0015 : score x.xxxxx >1ksy_AC: title=CRYSTAL STRUCTURES OF TWO INTERMEDIATES IN THE ASSEMBLY OF THE PAPILLOMAVIRUS REPLICATION INITIATION COMPLEX organism=Bovine papillomavirus : V : LYS CB A0186 <- 3.87 -> DT C7 F0006 : score 2.358 : x : ASN xxxx A0184 <- 3.57 -> DT xxx F0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0187 <- 3.53 -> DT xxx F0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0188 <- 4.19 -> DC xxx D0015 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0184 <- 3.65 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx C0186 <- 3.94 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0187 <- 3.71 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0188 <- 4.36 -> DC xxx F0015 : score x.xxxxx >1ku7_A:Sigma3_and_sigma4_domains_of_RNA_polymerase_sigma_factors; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THERMUS AQUATICS RNA POLYMERASE SIGMAA SUBUNIT REGION 4 BOUND TO-35 ELEMENT DNA organism=Thermus aquaticus : H : ARG NE A0409 <- 2.85 -> DG N7 C0018 : score 4.38012 : H : ARG NH2 A0409 <- 2.57 -> DG O6 C0018 : score 6.93578 : H : GLU OE1 A0410 <- 2.94 -> DC N4 C0020 : score 5.6052 : w : GLU OE2 A0410 <- 6.07 -> DA N6 C0021 : score 2.759 : w : ARG NH1 A0413 <- 6.64 -> DA N6 C0021 : score 1.456 : H : GLN NE2 A0414 <- 3.00 -> DT O4 B0003 : score 5.184 : x : LEU xxxx A0398 <- 4.42 -> DG xxx C0018 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0408 <- 3.94 -> DT xxx B0003 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0411 <- 3.79 -> DC xxx B0002 : score x.xxxxx >1kx3_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=X-RAY STRUCTURE OF THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE, NCP146, AT 2.0 A RESOLUTION organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 A0040 <- 2.56 -> DA N3 J0009 : score 3.63844 : H : ARG NH1 A0083 <- 3.19 -> DA N3 J0025 : score 3.35939 : H : ARG NH2 A0083 <- 2.91 -> DC O2 I-023 : score 3.51453 : w : ARG NH1 C0077 <- 5.34 -> DG N3 J0057 : score 1.371 : w : ARG NH2 C0077 <- 5.79 -> DG N3 J0057 : score 1.084 : H : ARG NH2 E0040 <- 2.61 -> DA N3 I0009 : score 3.60372 : w : ARG NH2 E0040 <- 6.16 -> DA N3 I0010 : score 1.61 : w : ARG NH1 G0077 <- 5.79 -> DG N3 I0058 : score 1.371 : x : TYR xxxx A0041 <- 4.48 -> DT xxx J-068 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0065 <- 3.65 -> DT xxx J0018 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0045 <- 4.14 -> DT xxx J0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0030 <- 4.38 -> DG xxx J0047 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0065 <- 3.95 -> DT xxx I0018 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0083 <- 3.76 -> DC xxx J-024 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx F0032 <- 4.35 -> DT xxx J-012 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0045 <- 4.05 -> DC xxx I0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H0030 <- 3.47 -> DG xxx I0048 : score x.xxxxx >1kx3_C:Histone-fold; title=X-RAY STRUCTURE OF THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE, NCP146, AT 2.0 A RESOLUTION organism=XENOPUS LAEVIS : w : ARG NH1 C0077 <- 5.34 -> DG N3 J0057 : score 1.371 : w : ARG NH2 C0077 <- 5.79 -> DG N3 J0057 : score 1.084 >1kx4_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=X-RAY STRUCTURE OF THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE, NCP146B, AT 2.6 A RESOLUTION organism=XENOPUS LAEVIS : w : ARG NH2 E0040 <- 5.61 -> DT O2 J-009 : score 2.047 : w : ARG NH1 G0077 <- 6.55 -> DG N3 J-056 : score 1.371 : w : ARG NH2 G0077 <- 6.44 -> DG N3 J-056 : score 1.084 : x : ARG xxxx A0040 <- 3.17 -> DA xxx J0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0041 <- 3.73 -> DC xxx J-068 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0083 <- 4.08 -> DC xxx I-024 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0035 <- 4.16 -> DT xxx J0040 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0042 <- 4.25 -> DG xxx I-037 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0026 <- 3.44 -> DG xxx J-028 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx E0041 <- 3.36 -> DC xxx I-067 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0065 <- 4.05 -> DT xxx I0018 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0083 <- 4.08 -> DT xxx J-024 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0045 <- 4.13 -> DT xxx I0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx G0042 <- 4.01 -> DC xxx I0038 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H0030 <- 3.07 -> DA xxx J-047 : score x.xxxxx >1kx4_G:Histone-fold; title=X-RAY STRUCTURE OF THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE, NCP146B, AT 2.6 A RESOLUTION organism=? : w : ARG NH1 G0077 <- 6.55 -> DG N3 J-056 : score 1.371 : w : ARG NH2 G0077 <- 6.44 -> DG N3 J-056 : score 1.084 : x : ARG xxxx G0042 <- 4.01 -> DC xxx I0038 : score x.xxxxx >1kx5_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=X-RAY STRUCTURE OF THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE, NCP147, AT 1.9 A RESOLUTION organism=XENOPUS LAEVIS : w : HIS NE2 A0039 <- 5.25 -> DA N3 J-069 : score 3.29 : H : ARG NH2 A0040 <- 2.98 -> DA N3 J0009 : score 3.34681 : w : ARG NH1 A0040 <- 6.05 -> DA N3 J0010 : score 2.497 : w : ARG NH2 A0040 <- 6.67 -> DG N2 J0008 : score 1.594 : w : TYR OH A0041 <- 5.56 -> DT O2 I0069 : score 2.878 : w : TYR OH A0041 <- 5.73 -> DA N3 J-069 : score 1.413 : w : ARG NH1 A0083 <- 5.01 -> DC O2 I-024 : score 1.194 : w : ARG NH1 A0083 <- 5.66 -> DA N3 J0026 : score 2.497 : w : ARG NH1 A0083 <- 6.28 -> DG N3 J0025 : score 1.371 : w : ARG NH2 A0083 <- 5.21 -> DC O2 I-024 : score 1.782 : w : ARG NH2 A0083 <- 6.15 -> DG N3 J0025 : score 1.084 : w : ARG NH2 B0017 <- 6.02 -> DC N4 J0016 : score 0.971 : w : ARG NH2 B0045 <- 5.74 -> DC O2 I-005 : score 1.782 : w : ARG NH2 B0045 <- 5.52 -> DC O2 J0006 : score 1.782 : w : ARG NH2 C0042 <- 5.25 -> DT O2 I-036 : score 2.047 : w : ARG NH1 C0077 <- 5.61 -> DG N3 J0058 : score 1.371 : w : ARG NH2 C0077 <- 6.16 -> DG N2 I-056 : score 1.594 : w : LYS NZ D0009 <- 6.35 -> DA N7 I-046 : score 1.7 : H : LYS NZ D0024 <- 2.42 -> DT O2 J0050 : score 4.00189 : w : ARG NH2 D0027 <- 5.35 -> DG N3 J0049 : score 1.084 : H : ARG NH2 D0030 <- 2.92 -> DG N3 J0048 : score 3.52611 : w : ARG NH2 D0030 <- 6.24 -> DG N3 J0049 : score 1.084 : w : HIS NE2 E0039 <- 5.20 -> DT O2 J0070 : score 3.881 : H : ARG NH2 E0040 <- 2.97 -> DA N3 I0009 : score 3.35375 : w : ARG NH1 E0040 <- 5.99 -> DA N3 I0010 : score 2.497 : w : ARG NH2 E0040 <- 5.84 -> DG N2 I0008 : score 1.594 : w : TYR OH E0041 <- 5.65 -> DT O2 I-068 : score 2.878 : w : ARG NH1 E0083 <- 6.36 -> DC O2 J-024 : score 1.194 : w : ARG NH2 E0083 <- 5.65 -> DA N3 I0026 : score 1.61 : w : ARG NH2 E0083 <- 5.95 -> DC O2 J-024 : score 1.782 : w : SER OG F0001 <- 6.64 -> DG O6 I0025 : score 2.881 : w : ARG NH2 F0045 <- 5.43 -> DC O2 I0006 : score 1.782 : H : LYS NZ G0013 <- 2.34 -> DT O2 I0045 : score 4.0614 : w : LYS NZ G0013 <- 5.68 -> DT O2 I0046 : score 0.459 : w : ARG NH2 G0042 <- 5.77 -> DA N3 I0038 : score 1.61 : w : ARG NH1 G0077 <- 5.50 -> DG N3 I0058 : score 1.371 : w : ARG NH2 G0077 <- 5.63 -> DT O2 I0057 : score 2.047 : H : ARG NH1 H0030 <- 3.25 -> DG N3 I0048 : score 2.66817 : x : LEU xxxx A0065 <- 4.14 -> DT xxx J0018 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx C0128 <- 3.30 -> DG xxx J-006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0026 <- 3.16 -> DG xxx J-028 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0065 <- 3.90 -> DT xxx I0018 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx F0032 <- 4.32 -> DT xxx J-012 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx G0005 <- 4.08 -> DT xxx J-040 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H0027 <- 3.40 -> DG xxx I-028 : score x.xxxxx >1l1m_AB: title=SOLUTION STRUCTURE OF A DIMER OF LAC REPRESSOR DNA-BINDING DOMAIN COMPLEXED TO ITS NATURAL OPERATOR O1 organism=ESCHERICHIA COLI : H : TYR OH A0007 <- 2.82 -> DC N4 D0014 : score 4.50626 : H : TYR OH A0017 <- 2.70 -> DG N7 C0008 : score 4.37031 : H : TYR OH A0017 <- 2.90 -> DG O6 C0008 : score 3.04805 : H : TYR OH A0017 <- 2.81 -> DA N6 C0009 : score 4.29524 : H : GLN OE1 A0018 <- 2.64 -> DC N4 D0016 : score 4.61622 : H : GLN OE1 A0018 <- 2.79 -> DA N6 D0017 : score 5.91437 : H : TYR OH B0017 <- 2.48 -> DA N7 C0014 : score 4.36922 : H : TYR OH B0017 <- 2.57 -> DT O4 C0015 : score 3.61541 : H : GLN OE1 B0018 <- 2.72 -> DA N6 C0016 : score 5.997 : x : LEU xxxx A0006 <- 3.49 -> DT xxx D0015 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0016 <- 3.38 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0021 <- 3.62 -> DT xxx D0015 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0022 <- 3.49 -> DG xxx C0006 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0029 <- 3.08 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0053 <- 3.59 -> DG xxx D0013 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0056 <- 3.15 -> DG xxx C0012 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0057 <- 2.80 -> DC xxx D0014 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0007 <- 3.86 -> DA xxx C0014 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0016 <- 3.34 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0021 <- 3.50 -> DT xxx C0015 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0022 <- 3.17 -> DC xxx C0018 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0029 <- 3.14 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0053 <- 4.02 -> DG xxx C0012 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0056 <- 2.96 -> DG xxx D0013 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0057 <- 3.06 -> DG xxx C0013 : score x.xxxxx >1l1t_A:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=MUTM (FPG) BOUND TO ABASIC-SITE CONTAINING DNA organism=GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS : H : ARG NH1 A0076 <- 3.26 -> DG N3 C0019 : score 2.6623 : w : ARG NH1 A0076 <- 5.35 -> DT O2 C0020 : score 1.824 : w : GLU OE1 A0078 <- 6.18 -> DT O2 B0008 : score 2.434 : w : GLU OE1 A0078 <- 6.25 -> DA N3 C0017 : score 0.968 : H : ARG NE A0112 <- 2.84 -> DC O2 B0007 : score 2.82847 : H : ARG NH1 A0112 <- 3.02 -> DC N3 B0007 : score 1.46342 : w : ARG NH2 A0112 <- 6.36 -> DA N3 C0017 : score 1.61 : x : MET xxxx A0077 <- 3.60 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0114 <- 3.47 -> DC xxx B0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0264 <- 4.08 -> DT xxx C0020 : score x.xxxxx >1l1z_A:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=MUTM (FPG) COVALENT-DNA INTERMEDIATE organism=GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS : w : GLU OE2 A0078 <- 5.84 -> DT O2 B0008 : score 2.251 : H : ARG NE A0112 <- 2.93 -> DC O2 B0007 : score 2.77715 : H : ARG NH1 A0112 <- 3.16 -> DC N3 B0007 : score 1.42055 : w : ARG NH2 A0112 <- 6.35 -> DA N3 C0017 : score 1.61 : w : ARG NH2 A0112 <- 6.37 -> DG O6 C0019 : score 2.55 : x : ARG xxxx A0076 <- 3.32 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0077 <- 3.55 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0114 <- 3.46 -> DC xxx B0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0264 <- 4.18 -> DT xxx C0020 : score x.xxxxx >1l2c_A:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=MUTM (FPG)-DNA ESTRANGED THYMINE MISMATCH RECOGNITION COMPLEX organism=GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS : w : ARG NH1 A0076 <- 5.92 -> DG N2 C0019 : score 1.084 : w : GLU OE2 A0078 <- 5.67 -> DT O2 B0008 : score 2.251 : H : ARG NE A0112 <- 3.18 -> DT O2 B0007 : score 2.34317 : x : MET xxxx A0077 <- 3.66 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0111 <- 4.47 -> DT xxx B0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0114 <- 3.43 -> DT xxx B0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0264 <- 4.13 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx >1l2d_A:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=MUTM (FPG)-DNA ESTRANGED GUANINE MISMATCH RECOGNITION COMPLEX organism=GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS : H : ARG NE A0112 <- 3.14 -> DG N7 B0007 : score 4.1235 : H : ARG NH1 A0112 <- 3.06 -> DG O6 B0007 : score 5.8302 : w : ARG NH2 A0112 <- 5.80 -> DA N3 C0017 : score 1.61 : x : ARG xxxx A0076 <- 3.10 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0077 <- 3.52 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0114 <- 3.43 -> DG xxx B0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0264 <- 4.22 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx >1l3l_AC: title=CRYSTAL STRUCTURE OF A BACTERIAL QUORUM-SENSING TRANSCRIPTION FACTOR COMPLEXED WITH PHEROMONE AND DNA organism=Agrobacterium tumefaciens : w : TYR OH A0202 <- 5.64 -> DT O4 F0113 : score 2.878 : H : ARG NH1 A0206 <- 2.90 -> DG O6 H0106 : score 6.027 : H : ARG NH2 A0206 <- 2.94 -> DG N7 H0106 : score 6.25818 : w : ARG NH1 A0206 <- 5.35 -> DG O6 F0114 : score 2.757 : H : ARG NH1 A0210 <- 3.21 -> DT O4 H0105 : score 2.85992 : H : ARG NH2 A0210 <- 2.80 -> DT O4 H0105 : score 3.63462 : w : ARG NH1 A0210 <- 5.35 -> DG O6 F0114 : score 2.757 : w : TYR OH C0202 <- 5.97 -> DT O4 H0113 : score 2.878 : H : ARG NH1 C0206 <- 2.90 -> DG O6 F0106 : score 6.027 : H : ARG NH2 C0206 <- 2.92 -> DG N7 F0106 : score 6.28394 : w : ARG NH1 C0206 <- 5.33 -> DG O6 H0114 : score 2.757 : H : ARG NH1 C0210 <- 3.15 -> DT O4 F0105 : score 2.89731 : H : ARG NH2 C0210 <- 2.96 -> DT O4 F0105 : score 3.51831 : w : ARG NH1 C0210 <- 5.58 -> DG O6 H0114 : score 2.757 : w : ARG NH2 C0210 <- 5.74 -> DG N7 F0104 : score 1.931 : V : VAL CG2 C0207 <- 3.69 -> DT C7 F0105 : score 6.42003 : V : VAL CG2 A0207 <- 3.63 -> DT C7 H0105 : score 6.51375 : x : MET xxxx A0191 <- 3.92 -> DT xxx F0113 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0203 <- 4.03 -> DT xxx H0105 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0211 <- 3.80 -> DT xxx H0103 : score x.xxxxx : x : MET xxxx C0191 <- 3.98 -> DT xxx H0113 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0203 <- 4.16 -> DT xxx F0105 : score x.xxxxx >1l3l_BD: title=CRYSTAL STRUCTURE OF A BACTERIAL QUORUM-SENSING TRANSCRIPTION FACTOR COMPLEXED WITH PHEROMONE AND DNA organism=Agrobacterium tumefaciens : w : TYR OH B0202 <- 5.78 -> DT O4 E0013 : score 2.878 : H : ARG NH1 B0206 <- 2.97 -> DG O6 G0006 : score 5.9409 : H : ARG NH2 B0206 <- 3.03 -> DG N7 G0006 : score 6.14229 : w : ARG NH1 B0206 <- 5.43 -> DG O6 E0014 : score 2.757 : H : ARG NH1 B0210 <- 3.24 -> DT O4 G0005 : score 2.84123 : H : ARG NH2 B0210 <- 2.87 -> DT O4 G0005 : score 3.58373 : w : ARG NH1 B0210 <- 5.47 -> DG O6 E0014 : score 2.757 : w : TYR OH D0202 <- 5.78 -> DT O4 G0013 : score 2.878 : H : ARG NH1 D0206 <- 2.85 -> DG O6 E0006 : score 6.0885 : H : ARG NH2 D0206 <- 3.04 -> DG N7 E0006 : score 6.12942 : w : ARG NH1 D0206 <- 5.41 -> DG O6 G0014 : score 2.757 : H : ARG NH1 D0210 <- 3.15 -> DT O4 E0005 : score 2.89731 : H : ARG NH2 D0210 <- 2.84 -> DT O4 E0005 : score 3.60554 : w : ARG NH1 D0210 <- 5.48 -> DG O6 G0014 : score 2.757 : w : ARG NH2 D0210 <- 6.30 -> DG O6 E0004 : score 2.55 : V : VAL CG2 D0207 <- 3.61 -> DT C7 E0005 : score 6.54499 : V : VAL CG2 B0207 <- 3.51 -> DT C7 G0005 : score 6.7012 : x : MET xxxx B0191 <- 4.01 -> DT xxx E0013 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0203 <- 4.04 -> DT xxx G0005 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx B0211 <- 3.93 -> DT xxx G0003 : score x.xxxxx : x : MET xxxx D0191 <- 3.97 -> DT xxx G0013 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx D0203 <- 4.13 -> DT xxx E0005 : score x.xxxxx >1l3s_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS DNA POLYMERASE I FRAGMENT COMPLEXED TO 9 BASE PAIRS OF DUPLEX DNA. organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.80 -> DC O2 B0026 : score 2.96667 : w : LYS NZ A0582 <- 5.60 -> DA N3 C0010 : score 1.7 : w : LYS NZ A0582 <- 5.82 -> DT O2 B0025 : score 0.459 : w : THR OG1 A0586 <- 5.55 -> DA N3 C0010 : score 2.6 : w : TYR OH A0587 <- 5.89 -> DG N2 C0009 : score 2.831 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.99 -> DG N3 B0029 : score 2.82063 : H : ARG NH2 A0615 <- 3.25 -> DG N3 B0029 : score 3.28767 : w : ARG NH1 A0615 <- 5.73 -> DG N3 C0007 : score 1.371 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.69 -> DT O2 C0008 : score 2.097 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.13 -> DA N3 B0027 : score 3.46298 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.56 -> DG N3 C0009 : score 3.08 : H : ARG NH2 A0629 <- 2.92 -> DG N7 B0029 : score 6.28394 : w : GLU OE1 A0658 <- 6.19 -> DC O2 C0006 : score 2.497 : w : ASN ND2 A0793 <- 6.41 -> DC O2 C0006 : score 1.833 : w : GLN NE2 A0797 <- 6.32 -> DC O2 C0006 : score 3.037 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.57 -> DC O2 B0028 : score 3.211 : x : TYR xxxx A0714 <- 3.29 -> DC xxx C0006 : score x.xxxxx >1l3t_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS DNA POLYMERASE I FRAGMENT PRODUCT COMPLEX WITH 10 BASE PAIRS OF DUPLEX DNA FOLLOWING ADDITION OF A SINGLE DTTP RESIDUE organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 3.00 -> DA N3 B0026 : score 2.50585 : w : LYS NZ A0582 <- 5.95 -> DG N2 C0008 : score 0.413 : w : LYS NZ A0582 <- 5.99 -> DC O2 B0027 : score 1.398 : w : THR OG1 A0586 <- 6.33 -> DG N2 C0008 : score 2.005 : w : TYR OH A0587 <- 6.39 -> DC O2 B0027 : score 2.026 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.78 -> DT O2 B0029 : score 4.39701 : H : ARG NH2 A0615 <- 3.03 -> DT O2 B0029 : score 4.15724 : w : ARG NH1 A0615 <- 5.78 -> DC O2 C0005 : score 1.194 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.79 -> DG N3 C0006 : score 3.08 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.14 -> DC O2 B0027 : score 4.33022 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.94 -> DT O2 C0007 : score 2.097 : w : GLU OE1 A0658 <- 6.01 -> DA N3 C0004 : score 0.968 : w : ASN ND2 A0793 <- 6.28 -> DA N3 C0004 : score 1.912 : w : GLN NE2 A0797 <- 6.26 -> DA N3 C0004 : score 1.864 : x : TYR xxxx A0714 <- 3.38 -> DA xxx C0004 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0829 <- 4.05 -> DG xxx B0028 : score x.xxxxx >1l3u_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS DNA POLYMERASE I FRAGMENT PRODUCT COMPLEX WITH 11 BASE PAIRS OF DUPLEX DNA FOLLOWING ADDITION OF A DTTP AND A DATP RESIDUE. organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.71 -> DC O2 B0026 : score 3.02007 : w : LYS NZ A0582 <- 5.70 -> DA N3 B0025 : score 1.7 : w : LYS NZ A0582 <- 5.50 -> DT O2 C0008 : score 0.459 : w : THR OG1 A0586 <- 5.39 -> DT O2 C0008 : score 2.745 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.93 -> DA N3 B0029 : score 3.54886 : w : ARG NH1 A0615 <- 5.81 -> DA N3 C0005 : score 2.497 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.77 -> DC O2 C0006 : score 1.833 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.05 -> DG N3 B0027 : score 4.59532 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.51 -> DG N3 C0007 : score 3.08 : H : ARG NH2 A0629 <- 2.94 -> DA N7 B0029 : score 1.30846 : w : GLU OE1 A0658 <- 6.10 -> DT O2 C0004 : score 2.434 : w : ASN ND2 A0793 <- 6.43 -> DT O2 C0004 : score 2.097 : w : GLN NE2 A0797 <- 6.46 -> DT O2 C0004 : score 0.847 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.59 -> DT O2 B0028 : score 3.881 : x : TYR xxxx A0587 <- 4.36 -> DG xxx B0027 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.35 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx >1l3v_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS DNA POLYMERASE I FRAGMENT PRODUCT COMPLEX WITH 15 BASE PAIRS OF DUPLEX DNA FOLLOWING ADDITION OF DTTP, DATP, DCTP, AND DGTP RESIDUES. organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.81 -> DC O2 B0031 : score 2.96073 : w : LYS NZ A0582 <- 5.81 -> DA N3 B0030 : score 1.7 : w : LYS NZ A0582 <- 5.58 -> DT O2 C0008 : score 0.459 : w : THR OG1 A0586 <- 5.38 -> DT O2 C0008 : score 2.745 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.80 -> DC O2 B0034 : score 3.69231 : H : ARG NH2 A0615 <- 3.10 -> DC O2 B0034 : score 3.37797 : w : ARG NH1 A0615 <- 5.78 -> DA N3 C0005 : score 2.497 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.72 -> DC O2 C0006 : score 1.833 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.07 -> DG N3 B0032 : score 4.57597 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.67 -> DG N3 C0007 : score 3.08 : w : GLU OE1 A0658 <- 6.04 -> DG N3 C0004 : score 2.674 : w : ASN ND2 A0793 <- 6.48 -> DG N3 C0004 : score 3.08 : w : GLN NE2 A0797 <- 6.30 -> DG N3 C0004 : score 1.492 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.48 -> DT O2 B0033 : score 3.881 : x : TYR xxxx A0587 <- 4.38 -> DG xxx B0032 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.46 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx >1l5u_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS DNA POLYMERASE I FRAGMENT PRODUCT COMPLEX WITH 12 BASE PAIRS OF DUPLEX DNA FOLLOWING ADDITION OF A DTTP, A DATP, AND A DCTP RESIDUE. organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.90 -> DG N3 B0026 : score 1.66851 : w : LYS NZ A0582 <- 5.69 -> DG N3 C0008 : score 1.798 : w : THR OG1 A0586 <- 5.57 -> DG N3 C0008 : score 2.005 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.82 -> DC O2 B0029 : score 3.67754 : H : ARG NH2 A0615 <- 3.14 -> DC O2 B0029 : score 3.34923 : w : ARG NH1 A0615 <- 5.68 -> DT O2 C0005 : score 1.824 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.78 -> DA N3 C0006 : score 1.912 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.03 -> DT O2 B0027 : score 4.67215 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.80 -> DC O2 C0007 : score 1.833 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.68 -> DA N3 B0028 : score 3.29 : x : TYR xxxx A0587 <- 4.39 -> DT xxx B0027 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.40 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0797 <- 3.45 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx >1lat_AB: title=GLUCOCORTICOID RECEPTOR MUTANT/DNA COMPLEX organism=Rattus norvegicus : w : GLU OE1 A0458 <- 5.28 -> DT O4 D0014 : score 2.588 : H : LYS NZ A0461 <- 3.11 -> DG N7 C0006 : score 5.05919 : H : LYS NZ A0461 <- 2.97 -> DG O6 C0006 : score 5.59042 : w : LYS NZ A0461 <- 6.20 -> DA N6 C0005 : score 2.036 : H : ARG NH1 A0466 <- 2.92 -> DG N7 D0012 : score 5.97112 : H : ARG NH2 A0466 <- 2.63 -> DG O6 D0012 : score 6.85622 : w : GLU OE1 B0458 <- 5.50 -> DT O4 C0014 : score 2.588 : w : GLU OE2 B0458 <- 6.02 -> DA N6 D0005 : score 2.759 : H : LYS NZ B0461 <- 3.13 -> DG N7 D0006 : score 5.03761 : H : LYS NZ B0461 <- 3.14 -> DG O6 D0006 : score 5.39365 : w : LYS NZ B0461 <- 5.99 -> DT O4 C0014 : score 1.845 : H : ARG NH1 B0466 <- 3.12 -> DG N7 C0012 : score 5.7264 : H : ARG NH2 B0466 <- 2.97 -> DG O6 C0012 : score 6.40532 : V : ALA CB A0462 <- 3.71 -> DT C7 D0013 : score 5.7281 : x : ALA xxxx B0462 <- 3.95 -> DT xxx C0013 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0510 <- 3.14 -> DC xxx D0004 : score x.xxxxx >1lb2_ABE: title=STRUCTURE OF THE E. COLI ALPHA C-TERMINAL DOMAIN OF RNA POLYMERASE IN COMPLEX WITH CAP AND DNA organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH2 A0180 <- 3.02 -> DG N7 K0018 : score 6.15517 : H : ARG NH2 A0180 <- 2.55 -> DG O6 K0018 : score 6.96231 : H : ARG NH1 A0185 <- 3.01 -> DT O4 J0015 : score 2.98454 : H : ARG NH2 A0185 <- 2.90 -> DG N7 K0016 : score 6.30969 : H : ARG NH2 A0185 <- 3.10 -> DG O6 K0016 : score 6.23292 : H : ARG NH2 A0185 <- 3.15 -> DT O4 J0015 : score 3.38019 : w : ARG NH1 B0265 <- 6.69 -> DA N3 J0031 : score 2.497 : w : ARG NH2 B0265 <- 6.74 -> DA N3 J0031 : score 1.61 : V : GLU CB A0181 <- 3.55 -> DT C7 J0015 : score 2.14026 : x : GLN xxxx A0170 <- 4.23 -> DA xxx K0020 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0179 <- 4.04 -> DT xxx J0015 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0182 <- 4.40 -> DA xxx J0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0265 <- 4.08 -> DA xxx J0029 : score x.xxxxx >1lb2_B:C-terminal_domain_of_RNA_polymerase_alpha_subunit; title=STRUCTURE OF THE E. COLI ALPHA C-TERMINAL DOMAIN OF RNA POLYMERASE IN COMPLEX WITH CAP AND DNA organism=ESCHERICHIA COLI : w : ARG NH1 B0265 <- 6.69 -> DA N3 J0031 : score 2.497 : w : ARG NH2 B0265 <- 6.74 -> DA N3 J0031 : score 1.61 >1lcc_A:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=STRUCTURE OF THE COMPLEX OF LAC REPRESSOR HEADPIECE AND AN 11 BASE- PAIR HALF-OPERATOR DETERMINED BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY AND RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS organism=ESCHERICHIA COLI : w : TYR OH A0007 <- 6.24 -> DC N4 C0003 : score 1.334 : w : TYR OH A0017 <- 6.15 -> DA N6 B0008 : score 2.51 : H : GLN OE1 A0018 <- 2.73 -> DC N4 C0005 : score 4.5357 : H : GLN NE2 A0018 <- 3.06 -> DT O4 B0006 : score 5.1192 : H : ARG NH1 A0022 <- 2.95 -> DG O6 B0005 : score 5.9655 : w : ASN ND2 A0050 <- 6.48 -> DG N3 C0002 : score 3.08 : V : TYR CZ A0017 <- 3.90 -> DT C7 C0004 : score 5.316 : x : THR xxxx A0019 <- 4.49 -> DT xxx B0004 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0021 <- 3.19 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0026 <- 3.26 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0029 <- 3.40 -> DT xxx B0003 : score x.xxxxx >1lcd_A:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=STRUCTURE OF THE COMPLEX OF LAC REPRESSOR HEADPIECE AND AN 11 BASE- PAIR HALF-OPERATOR DETERMINED BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY AND RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS organism=ESCHERICHIA COLI : w : TYR OH A0017 <- 5.73 -> DG O6 B0007 : score 3.524 : H : GLN OE1 A0018 <- 2.70 -> DC N4 C0005 : score 4.56254 : H : ARG NH1 A0022 <- 3.32 -> DG O6 B0005 : score 5.5104 : H : ARG NH2 A0022 <- 2.99 -> DA N7 C0006 : score 1.295 : x : SER xxxx A0021 <- 3.34 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0026 <- 2.82 -> DA xxx C0006 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0029 <- 3.70 -> DT xxx B0003 : score x.xxxxx >1le5_A:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A NF-KB HETERODIMER BOUND TO AN IFNB-KB organism=MUS MUSCULUS : H : ARG NH1 A0033 <- 2.83 -> DG N7 D0016 : score 6.08124 : H : ARG NH2 A0033 <- 2.99 -> DG O6 D0016 : score 6.3788 : H : GLU OE1 A0039 <- 2.80 -> DC N4 C0010 : score 5.76667 : H : ARG NH2 A0187 <- 2.57 -> DT O4 C0009 : score 3.80181 : x : ARG xxxx A0035 <- 3.28 -> DC xxx C0010 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0036 <- 3.23 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0038 <- 3.84 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0043 <- 4.44 -> DA xxx D0014 : score x.xxxxx >1le5_AB:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A NF-KB HETERODIMER BOUND TO AN IFNB-KB organism=MUS MUSCULUS : H : ARG NH1 A0033 <- 2.83 -> DG N7 D0016 : score 6.08124 : H : ARG NH2 A0033 <- 2.99 -> DG O6 D0016 : score 6.3788 : H : GLU OE1 A0039 <- 2.80 -> DC N4 C0010 : score 5.76667 : H : ARG NH2 A0187 <- 2.57 -> DT O4 C0009 : score 3.80181 : H : ARG NH1 B0054 <- 2.80 -> DG O6 C0004 : score 6.15 : H : ARG NH2 B0054 <- 2.32 -> DT O4 D0021 : score 3.98354 : H : HIS ND1 B0064 <- 2.70 -> DG O6 C0002 : score 6.36062 : V : TYR CZ B0057 <- 3.51 -> DT C7 D0020 : score 5.8476 : x : ARG xxxx A0035 <- 3.28 -> DC xxx C0010 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0036 <- 3.23 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0038 <- 3.84 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0043 <- 4.44 -> DA xxx D0014 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx B0060 <- 3.32 -> DT xxx D0021 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0241 <- 3.47 -> DT xxx D0020 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0243 <- 4.43 -> DT xxx D0019 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0272 <- 4.38 -> DT xxx D0019 : score x.xxxxx >1le5_EF:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A NF-KB HETERODIMER BOUND TO AN IFNB-KB organism=MUS MUSCULUS : H : ARG NH2 E0033 <- 3.31 -> DG N7 H0016 : score 5.78174 : H : ARG NH2 E0033 <- 2.55 -> DG O6 H0016 : score 6.96231 : H : ARG NH2 E0035 <- 3.05 -> DG N7 H0015 : score 6.11654 : H : ARG NH2 E0035 <- 2.71 -> DG O6 H0015 : score 6.75012 : H : GLU OE2 E0039 <- 3.24 -> DC N4 G0010 : score 5.01483 : H : ARG NH1 F0054 <- 3.26 -> DG N7 G0004 : score 5.5551 : H : ARG NH2 F0054 <- 2.47 -> DG O6 G0004 : score 7.0684 : H : ARG NH1 F0056 <- 2.49 -> DG O6 G0003 : score 6.5313 : H : ARG NH2 F0056 <- 2.53 -> DG N7 G0003 : score 6.78614 : H : GLU OE1 F0060 <- 2.83 -> DC N4 H0022 : score 5.73207 : H : HIS ND1 F0064 <- 2.99 -> DG N7 G0002 : score 6.1642 : H : HIS ND1 F0064 <- 2.66 -> DG O6 G0002 : score 6.4105 : V : ARG CZ E0187 <- 3.84 -> DT C7 G0009 : score 2.15972 : x : TYR xxxx E0036 <- 3.31 -> DT xxx G0009 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx E0038 <- 4.46 -> DT xxx G0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0246 <- 4.11 -> DA xxx G0005 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx F0057 <- 3.10 -> DT xxx H0021 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx F0059 <- 3.79 -> DT xxx H0021 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx F0241 <- 3.31 -> DA xxx G0005 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx F0272 <- 4.00 -> DT xxx H0019 : score x.xxxxx >1le8_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE MATA1/MATALPHA2-3A HETERODIMER BOUND TO DNA COMPLEX organism=Saccharomyces cerevisiae : H : ASN OD1 A0120 <- 2.99 -> DA N6 D0026 : score 5.69677 : H : ASN ND2 A0120 <- 3.04 -> DA N7 D0026 : score 5.43128 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.86 -> DG N7 D0025 : score 6.3612 : V : VAL CG2 A0116 <- 3.89 -> DT C7 D0027 : score 6.10762 : V : ALA CB B0182 <- 3.75 -> DT C7 D0037 : score 5.67208 : x : ARG xxxx A0115 <- 3.33 -> DT xxx C0015 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0119 <- 3.26 -> DA xxx C0016 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0123 <- 3.40 -> DC xxx C0017 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0134 <- 3.38 -> DT xxx D0037 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0135 <- 3.47 -> DA xxx C0011 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0178 <- 3.11 -> DC xxx D0039 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0181 <- 4.19 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0185 <- 4.12 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx >1le9_A:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A NF-KB HETERODIMER BOUND TO THE IG/HIV-KB SITI organism=? : H : ARG NH2 A0033 <- 2.72 -> DG O6 D0716 : score 6.73686 : H : ARG NH1 A0035 <- 3.42 -> DG N7 D0715 : score 5.35932 : H : ARG NH2 A0035 <- 3.00 -> DG O6 D0715 : score 6.36554 : H : GLU OE1 A0039 <- 3.24 -> DC N4 C0710 : score 5.2592 : x : TYR xxxx A0036 <- 3.59 -> DT xxx C0709 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0038 <- 4.37 -> DT xxx C0709 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0043 <- 4.50 -> DA xxx D0714 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0187 <- 2.77 -> DT xxx C0709 : score x.xxxxx >1le9_AB:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A NF-KB HETERODIMER BOUND TO THE IG/HIV-KB SITI organism=MUS MUSCULUS : H : ARG NH2 A0033 <- 2.72 -> DG O6 D0716 : score 6.73686 : H : ARG NH1 A0035 <- 3.42 -> DG N7 D0715 : score 5.35932 : H : ARG NH2 A0035 <- 3.00 -> DG O6 D0715 : score 6.36554 : H : GLU OE1 A0039 <- 3.24 -> DC N4 C0710 : score 5.2592 : H : ARG NH2 B0054 <- 3.33 -> DG O6 C0704 : score 5.92791 : H : ARG NH1 B0056 <- 3.16 -> DG N7 C0703 : score 5.67746 : H : ARG NH1 B0056 <- 2.53 -> DG O6 C0703 : score 6.4821 : H : ARG NH2 B0056 <- 2.71 -> DG N7 C0703 : score 6.55435 : H : LYS NZ B0241 <- 2.65 -> DG N7 D0720 : score 5.5554 : x : TYR xxxx A0036 <- 3.59 -> DT xxx C0709 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0038 <- 4.37 -> DT xxx C0709 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0043 <- 4.50 -> DA xxx D0714 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0187 <- 2.77 -> DT xxx C0709 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0057 <- 3.37 -> DT xxx D0721 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0059 <- 4.33 -> DT xxx D0721 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx B0060 <- 3.43 -> DT xxx D0721 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0064 <- 3.54 -> DG xxx C0703 : score x.xxxxx >1le9_EF:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A NF-KB HETERODIMER BOUND TO THE IG/HIV-KB SITI organism=MUS MUSCULUS : H : ARG NH1 F0054 <- 2.60 -> DG O6 G0804 : score 6.396 : V : ARG CZ E0187 <- 3.64 -> DT C7 G0808 : score 2.2688 : x : ARG xxxx E0033 <- 3.73 -> DG xxx H0815 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0035 <- 4.35 -> DG xxx H0815 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx E0036 <- 3.58 -> DT xxx G0809 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx E0038 <- 3.20 -> DT xxx G0809 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx E0039 <- 2.73 -> DT xxx G0809 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0056 <- 3.00 -> DC xxx H0822 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx F0057 <- 3.46 -> DG xxx H0820 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx F0060 <- 2.95 -> DC xxx H0822 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx F0064 <- 4.12 -> DC xxx H0823 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx F0241 <- 3.65 -> DA xxx H0819 : score x.xxxxx >1lei_AB:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=THE KB DNA SEQUENCE FROM THE HLV-LTR FUNCTIONS AS AN ALLOSTERIC REGULATOR OF HIV TRANSCRIPTION organism=MUS MUSCULUS : H : ARG NH2 A0035 <- 2.51 -> DG O6 D0004 : score 7.01535 : H : GLU OE2 A0039 <- 2.74 -> DA N6 C0013 : score 3.34219 : H : ARG NH2 B0054 <- 3.24 -> DG O6 C0007 : score 6.04726 : H : GLU OE1 B0060 <- 3.01 -> DC N4 D0011 : score 5.52447 : H : HIS ND1 B0064 <- 3.07 -> DG N7 C0005 : score 6.06168 : x : TYR xxxx A0036 <- 3.58 -> DT xxx C0012 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0038 <- 3.54 -> DT xxx C0012 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0187 <- 3.68 -> DG xxx C0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0056 <- 3.25 -> DG xxx C0006 : score x.xxxxx >1lei_B:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=THE KB DNA SEQUENCE FROM THE HLV-LTR FUNCTIONS AS AN ALLOSTERIC REGULATOR OF HIV TRANSCRIPTION organism=MUS MUSCULUS : H : ARG NH2 B0054 <- 3.24 -> DG O6 C0007 : score 6.04726 : H : GLU OE1 B0060 <- 3.01 -> DC N4 D0011 : score 5.52447 : H : HIS ND1 B0064 <- 3.07 -> DG N7 C0005 : score 6.06168 : x : ARG xxxx B0056 <- 3.25 -> DG xxx C0006 : score x.xxxxx >1lfu_P:Homeodomain-like; title=NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE EXTENDED PBX HOMEODOMAIN BOUND TO DNA organism=MUS MUSCULUS : H : LYS NZ P0004 <- 2.50 -> DT O2 B0024 : score 3.94238 : H : LYS NZ P0004 <- 2.53 -> DT O2 A0006 : score 3.92007 : x : ARG xxxx P0003 <- 3.61 -> DA xxx A0008 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx P0005 <- 3.49 -> DT xxx A0006 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx P0047 <- 3.89 -> DT xxx A0009 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx P0051 <- 3.02 -> DA xxx A0008 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx P0054 <- 3.34 -> DA xxx B0019 : score x.xxxxx >1lli_AB:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=THE CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT PROTEIN WITH ALTERED BUT IMPROVED HYDROPHOBIC CORE PACKING organism=Enterobacteria phage lambda : H : LYS NZ A0004 <- 2.93 -> DG O6 E0014 : score 5.63671 : H : GLN OE1 A0044 <- 2.94 -> DA N6 D0004 : score 5.73729 : H : GLN NE2 A0044 <- 3.23 -> DA N7 D0004 : score 5.5379 : H : SER OG A0045 <- 2.81 -> DG N7 E0016 : score 4.50763 : H : SER OG A0045 <- 2.94 -> DG O6 E0016 : score 3.81697 : H : SER OG B0001 <- 2.81 -> DG O6 D0011 : score 3.91907 : H : LYS NZ B0003 <- 2.79 -> DG N7 D0011 : score 5.40438 : H : LYS NZ B0004 <- 2.98 -> DG O6 D0013 : score 5.57884 : H : LYS NZ B0004 <- 2.93 -> DG O6 D0014 : score 5.63671 : H : GLN OE1 B0044 <- 2.97 -> DA N6 E0004 : score 5.70188 : H : GLN NE2 B0044 <- 2.83 -> DA N7 E0004 : score 6.02262 : H : SER OG B0045 <- 2.94 -> DG N7 D0016 : score 4.3902 : H : SER OG B0045 <- 3.16 -> DG O6 D0016 : score 3.64418 : x : ASN xxxx A0055 <- 2.73 -> DG xxx E0014 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0002 <- 4.46 -> DC xxx E0009 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0054 <- 4.45 -> DT xxx E0005 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0055 <- 2.97 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx >1lli_B:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=THE CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT PROTEIN WITH ALTERED BUT IMPROVED HYDROPHOBIC CORE PACKING organism=Enterobacteria phage lambda : H : SER OG B0001 <- 2.81 -> DG O6 D0011 : score 3.91907 : H : LYS NZ B0003 <- 2.79 -> DG N7 D0011 : score 5.40438 : H : LYS NZ B0004 <- 2.98 -> DG O6 D0013 : score 5.57884 : H : LYS NZ B0004 <- 2.93 -> DG O6 D0014 : score 5.63671 : H : GLN OE1 B0044 <- 2.97 -> DA N6 E0004 : score 5.70188 : H : GLN NE2 B0044 <- 2.83 -> DA N7 E0004 : score 6.02262 : H : SER OG B0045 <- 2.94 -> DG N7 D0016 : score 4.3902 : H : SER OG B0045 <- 3.16 -> DG O6 D0016 : score 3.64418 : x : THR xxxx B0002 <- 4.46 -> DC xxx E0009 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0054 <- 4.45 -> DT xxx E0005 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0055 <- 2.97 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx >1llm_CD: title=CRYSTAL STRUCTURE OF A ZIF23-GCN4 CHIMERA BOUND TO DNA organism=MUS MUSCULUS, SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ARG NH1 C0115 <- 2.63 -> DG O6 B0032 : score 6.3591 : H : ARG NH2 C0115 <- 2.48 -> DG N7 B0032 : score 6.85052 : H : HIS NE2 C0118 <- 2.95 -> DG N7 B0031 : score 6.36096 : H : ARG NH1 C0143 <- 2.93 -> DG N7 B0029 : score 5.95888 : H : ARG NH2 C0143 <- 2.74 -> DG O6 B0029 : score 6.71034 : H : ASP OD1 C0145 <- 2.96 -> DA N6 A0005 : score 3.68833 : w : ASP OD2 C0145 <- 6.03 -> DC N4 A0004 : score 3.848 : H : ARG NH1 D0215 <- 2.82 -> DG N7 A0012 : score 6.09348 : H : ARG NH2 D0215 <- 2.70 -> DG O6 A0012 : score 6.76338 : H : ASP OD1 D0217 <- 2.81 -> DC N4 B0022 : score 5.26637 : w : ASP OD1 D0217 <- 5.93 -> DC N4 B0023 : score 2.382 : H : HIS NE2 D0218 <- 2.83 -> DG N7 A0011 : score 6.51835 : H : ARG NH1 D0243 <- 2.95 -> DG N7 A0009 : score 5.93441 : H : ARG NH2 D0243 <- 2.75 -> DG O6 A0009 : score 6.69708 : H : ASP OD1 D0245 <- 3.02 -> DA N6 B0025 : score 3.64261 : H : ARG NH1 D0249 <- 3.03 -> DG O6 B0027 : score 5.8671 A : H : ARG NH2 D0249 <- 2.65 -> DG O6 A0007 : score 6.82969 A : w : ARG NH2 D0249 <- 5.86 -> DG N7 A0007 : score 1.931 A : x : ASP xxxx C0117 <- 3.38 -> DC xxx A0002 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0121 <- 4.26 -> DT xxx B0030 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx C0146 <- 3.17 -> DC xxx B0028 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0149 <- 3.06 -> DC xxx B0028 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0221 <- 4.28 -> DT xxx A0010 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx D0246 <- 3.11 -> DC xxx A0008 : score x.xxxxx >1lmb_34:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=REFINED 1.8 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF THE LAMBDA REPRESSOR- OPERATOR COMPLEX organism=ENTEROBACTERIA PHAGE LAMBDA : H : GLN OE1 30044 <- 3.12 -> DA N6 10004 : score 5.5248 : H : GLN NE2 30044 <- 3.32 -> DA N7 10004 : score 5.42884 : w : GLN OE1 30044 <- 6.29 -> DG O6 20037 : score 3.101 : H : SER OG 30045 <- 2.60 -> DG O6 20036 : score 4.084 : w : SER OG 30045 <- 6.03 -> DG O6 20037 : score 2.881 : H : LYS NZ 40003 <- 2.99 -> DG O6 20030 : score 5.56727 : H : LYS NZ 40003 <- 2.57 -> DG O6 10011 : score 6.05339 : H : LYS NZ 40004 <- 2.80 -> DG O6 10013 : score 5.78718 : H : LYS NZ 40004 <- 2.90 -> DG O6 10014 : score 5.67144 : H : GLN OE1 40044 <- 2.94 -> DA N6 20024 : score 5.73729 : H : GLN NE2 40044 <- 2.91 -> DA N7 20024 : score 5.92568 : H : SER OG 40045 <- 3.18 -> DG N7 10016 : score 4.1734 : H : SER OG 40045 <- 2.88 -> DG O6 10016 : score 3.86409 : H : ASN ND2 40055 <- 2.91 -> DG N7 10014 : score 4.42858 : x : GLU xxxx 30034 <- 4.22 -> DT xxx 10003 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx 30055 <- 3.06 -> DG xxx 20034 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx 40034 <- 3.13 -> DT xxx 20023 : score x.xxxxx >1lpq_A:Eukaryotic_DNA_topoisomerase_I,_N-terminal_DNA-binding_fragment;DNA_breaking-rejoining_enzymes;Eukaryotic_DNA_topoisomerase_I,_dispensable_insert_domain; title=HUMAN DNA TOPOISOMERASE I (70 KDA) IN NON-COVALENT COMPLEX WITH A 22 BASE PAIR DNA DUPLEX CONTAINING AN 8-OXOG LESION organism=Homo sapiens : H : LYS NZ A0532 <- 2.96 -> DT O2 B0010 : score 3.60022 : V : MET CE A0428 <- 3.58 -> DT C7 B0009 : score 7.24217 : x : ARG xxxx A0364 <- 3.45 -> DG xxx B0012 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0426 <- 3.17 -> DA xxx B0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0491 <- 3.78 -> DC xxx C0117 : score x.xxxxx >1lq1_AB: title=DNA COMPLEXED STRUCTURE OF THE KEY TRANSCRIPTION FACTOR INITIATING DEVELOPMENT IN SPORULATION BACTERIA organism=Bacillus subtilis : H : GLU OE2 A0213 <- 3.15 -> DC N4 H0123 : score 5.11381 : H : ARG NE A0214 <- 3.20 -> DG N7 G0006 : score 4.07041 : H : ARG NH2 A0214 <- 3.30 -> DG O6 G0006 : score 5.96769 : H : ARG NH1 A0217 <- 3.05 -> DG N7 H0124 : score 5.81205 : H : ARG NH2 A0217 <- 3.02 -> DG O6 H0124 : score 6.33902 : H : ARG NE B0214 <- 3.12 -> DG N7 G0016 : score 4.1412 : H : ARG NH2 B0214 <- 3.27 -> DG O6 G0016 : score 6.00748 : x : THR xxxx A0194 <- 3.97 -> DT xxx H0121 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0210 <- 3.67 -> DC xxx G0008 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0218 <- 3.60 -> DT xxx G0005 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0218 <- 3.30 -> DT xxx G0015 : score x.xxxxx >1lws_A:Hedgehog/intein_Hint_domain;Homing_endonucleases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE INTEIN HOMING ENDONUCLEASE PI-SCEI BOUND TO ITS RECOGNITION SEQUENCE organism=Saccharomyces cerevisiae : H : GLN OE1 A0055 <- 3.06 -> DG N2 B0023 : score 5.1824 : H : ARG NH1 A0094 <- 3.22 -> DT O4 C0007 : score 2.85369 : H : HIS NE2 A0170 <- 3.08 -> DT O4 C0010 : score 5.40864 : H : GLU OE2 A0366 <- 3.06 -> DC N4 C0022 : score 5.21278 : H : HIS NE2 A0377 <- 3.01 -> DG O6 B0014 : score 7.63207 : V : HIS CG A0333 <- 3.71 -> DT C7 C0017 : score 3.04233 : V : THR CB A0375 <- 3.73 -> DT C7 B0013 : score 3.94373 : x : ARG xxxx A0057 <- 3.14 -> DT xxx C0019 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0090 <- 2.81 -> DA xxx B0028 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0096 <- 4.44 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0103 <- 4.31 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0127 <- 3.61 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0129 <- 4.50 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0169 <- 3.96 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0220 <- 4.27 -> DC xxx C0029 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0223 <- 3.64 -> DT xxx B0008 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0328 <- 3.10 -> DA xxx B0018 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0336 <- 4.31 -> DT xxx C0018 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0340 <- 3.39 -> DG xxx B0017 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0364 <- 3.87 -> DC xxx C0020 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0371 <- 4.40 -> DG xxx C0024 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0380 <- 4.41 -> DC xxx B0015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0384 <- 3.45 -> DT xxx C0018 : score x.xxxxx >1lwv_A:DNA-glycosylase;TATA-box_binding_protein-like; title=BOROHYDRIDE-TRAPPED HOGG1 INTERMEDIATE STRUCTURE CO-CRYSTALLIZED WITH 8-AMINOGUANINE organism=Homo sapiens : w : SER OG A0148 <- 5.52 -> DG N3 E0024 : score 2.37 : w : ASN ND2 A0149 <- 6.40 -> DA N6 E0022 : score 2.759 : H : ARG NH1 A0154 <- 3.08 -> DC O2 D0008 : score 3.48554 : w : TYR OH A0203 <- 5.46 -> DG N3 E0024 : score 3.342 : H : ARG NH1 A0204 <- 2.68 -> DC O2 D0008 : score 3.78092 : H : ARG NH2 A0204 <- 2.81 -> DC N3 D0008 : score 2.53722 : x : ASN xxxx A0150 <- 4.35 -> DA xxx E0022 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0151 <- 3.60 -> DA xxx E0022 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0293 <- 4.12 -> DT xxx D0003 : score x.xxxxx >1lww_A:DNA-glycosylase;TATA-box_binding_protein-like; title=BOROHYDRIDE-TRAPPED HOGG1 INTERMEDIATE STRUCTURE CO-CRYSTALLIZED WITH 8-BROMOGUANINE organism=Homo sapiens : w : SER OG A0148 <- 5.68 -> DG N3 E0024 : score 2.37 : H : ASN ND2 A0151 <- 3.22 -> DA N3 E0022 : score 3.39625 : H : ARG NH1 A0154 <- 3.17 -> DC O2 D0008 : score 3.41908 : H : ARG NH2 A0154 <- 2.84 -> DT O2 D0009 : score 4.32283 : w : TYR OH A0203 <- 5.53 -> DG N3 E0024 : score 3.342 : H : ARG NH1 A0204 <- 2.76 -> DC O2 D0008 : score 3.72185 : H : ARG NH2 A0204 <- 2.91 -> DC N3 D0008 : score 2.48638 : x : ASN xxxx A0149 <- 2.86 -> DC xxx D0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0150 <- 4.34 -> DA xxx E0022 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0207 <- 4.24 -> DT xxx E0025 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0293 <- 4.10 -> DT xxx D0003 : score x.xxxxx >1lwy_A:DNA-glycosylase;TATA-box_binding_protein-like; title=HOGG1 BOROHYDRIDE-TRAPPED INTERMEDIATE WITHOUT 8-OXOGUANINE organism=Homo sapiens : w : SER OG A0148 <- 5.50 -> DG N3 E0024 : score 2.37 : H : ASN ND2 A0151 <- 3.28 -> DA N3 E0022 : score 3.35175 : H : ASN ND2 A0151 <- 3.28 -> DA N3 E0022 : score 3.35175 : H : ARG NH1 A0154 <- 3.15 -> DC O2 D0008 : score 3.43385 : w : TYR OH A0203 <- 5.43 -> DG N3 E0024 : score 3.342 : H : ARG NH1 A0204 <- 2.84 -> DC O2 D0008 : score 3.66277 : H : ARG NH2 A0204 <- 3.01 -> DC N3 D0008 : score 2.43553 : x : ASN xxxx A0149 <- 2.97 -> DC xxx D0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0150 <- 4.23 -> DA xxx E0022 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0207 <- 4.18 -> DT xxx E0025 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0293 <- 4.02 -> DT xxx D0003 : score x.xxxxx >1m0e_A:S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=ZEBULARINE: A NOVEL DNA METHYLATION INHIBITOR THAT FORMS A COVALENT COMPLEX WITH DNA METHYLTRANSFERASE organism=Haemophilus haemolyticus : H : ARG NH1 A0240 <- 2.87 -> DG N7 D0426 : score 6.0323 : H : ARG NH2 A0240 <- 2.83 -> DG O6 D0426 : score 6.59098 : w : ARG NH2 A0240 <- 5.98 -> DC N4 C0409 : score 0.971 : w : LYS NZ A0261 <- 5.67 -> DT O4 C0405 : score 1.845 : V : ALA CB A0260 <- 3.52 -> DT C7 C0405 : score 5.99419 : x : ILE xxxx A0086 <- 3.45 -> DT xxx C0410 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0087 <- 3.33 -> DG xxx D0428 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0228 <- 4.41 -> DA xxx D0425 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0237 <- 3.28 -> DC xxx C0407 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0239 <- 4.31 -> DC xxx C0407 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0254 <- 4.39 -> DC xxx D0429 : score x.xxxxx >1m18_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=LIGAND BINDING ALTERS THE STRUCTURE AND DYNAMICS OF NUCLEOSOMAL DNA organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 A0440 <- 2.68 -> DA N3 J0229 : score 3.55512 : H : ARG NH1 E0640 <- 3.28 -> DA N3 I0082 : score 3.29381 : x : HIS xxxx A0439 <- 4.46 -> DA xxx J0151 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0441 <- 4.47 -> DT xxx J0152 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0465 <- 3.65 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0483 <- 3.36 -> DC xxx I0049 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0045 <- 4.18 -> DT xxx J0226 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0842 <- 4.35 -> DT xxx J0258 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0665 <- 4.11 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0683 <- 3.97 -> DC xxx J0196 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx F0232 <- 4.36 -> DT xxx J0208 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0235 <- 4.10 -> DG xxx I0081 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0245 <- 4.31 -> DC xxx I0079 : score x.xxxxx >1m19_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=LIGAND BINDING ALTERS THE STRUCTURE AND DYNAMICS OF NUCLEOSOMAL DNA organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 A0440 <- 3.06 -> DA N3 J0229 : score 3.29126 : w : ARG NH1 A0483 <- 5.55 -> DG N3 J0246 : score 1.371 : x : TYR xxxx A0441 <- 4.21 -> DT xxx J0152 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0465 <- 4.08 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0045 <- 4.37 -> DT xxx J0226 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0640 <- 3.29 -> DA xxx I0082 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx E0641 <- 4.29 -> DT xxx I0006 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0665 <- 4.14 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0683 <- 3.78 -> DC xxx J0196 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx F0232 <- 4.42 -> DT xxx J0208 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0245 <- 4.39 -> DC xxx I0079 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx G1042 <- 4.04 -> DT xxx J0184 : score x.xxxxx >1m19_G:Histone-fold; title=LIGAND BINDING ALTERS THE STRUCTURE AND DYNAMICS OF NUCLEOSOMAL DNA organism=? : x : ARG xxxx G1042 <- 4.04 -> DT xxx J0184 : score x.xxxxx >1m1a_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=LIGAND BINDING ALTERS THE STRUCTURE AND DYNAMICS OF NUCLEOSOMAL DNA organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 A0440 <- 2.72 -> DA N3 J0228 : score 3.52734 : H : ARG NH2 E0640 <- 2.62 -> DA N3 I0083 : score 3.59678 : x : TYR xxxx A0441 <- 4.35 -> DT xxx J0152 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0465 <- 3.81 -> DT xxx J0237 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0483 <- 3.55 -> DA xxx J0245 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0032 <- 4.21 -> DT xxx I0062 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0045 <- 3.97 -> DC xxx J0225 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0665 <- 3.47 -> DT xxx I0092 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0683 <- 3.33 -> DT xxx J0194 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0245 <- 4.07 -> DT xxx I0080 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx G1042 <- 3.14 -> DT xxx I0112 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx H1436 <- 4.49 -> DT xxx I0123 : score x.xxxxx >1m1a_E:Histone-fold; title=LIGAND BINDING ALTERS THE STRUCTURE AND DYNAMICS OF NUCLEOSOMAL DNA organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 E0640 <- 2.62 -> DA N3 I0083 : score 3.59678 : x : LEU xxxx E0665 <- 3.47 -> DT xxx I0092 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0683 <- 3.33 -> DT xxx J0194 : score x.xxxxx >1m3q_A:DNA-glycosylase;TATA-box_binding_protein-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF HOGG1 D268E MUTANT WITH BASE-EXCISED DNA AND 8- AMINOGUANINE organism=Homo sapiens : w : ASN OD1 A0151 <- 6.07 -> DG N3 B0010 : score 3.331 : H : ARG NH2 A0154 <- 2.69 -> DC O2 B0008 : score 3.67265 : H : ARG NH1 A0204 <- 2.72 -> DC O2 B0008 : score 3.75138 : H : ARG NH2 A0204 <- 2.77 -> DC N3 B0008 : score 2.55756 : x : ASN xxxx A0149 <- 3.10 -> DC xxx B0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0150 <- 4.39 -> DA xxx C0022 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0203 <- 3.37 -> DG xxx C0024 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0207 <- 4.46 -> DT xxx C0025 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0293 <- 4.40 -> DT xxx B0003 : score x.xxxxx >1m5x_A:Homing_endonucleases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE HOMING ENDONUCLEASE I-MSOI BOUND TO ITS DNA SUBSTRATE organism=Monomastix sp. : w : TYR OH A0026 <- 5.79 -> DC N4 C0517 : score 1.334 : H : LYS NZ A0028 <- 2.70 -> DA N7 C0518 : score 3.06262 : H : ARG NH2 A0032 <- 2.76 -> DG N7 D0553 : score 6.48997 : w : SER OG A0047 <- 5.70 -> DA N7 C0516 : score 2.337 : H : ARG NH1 A0072 <- 2.90 -> DG N7 D0558 : score 5.99559 : H : ARG NH2 A0072 <- 2.89 -> DG O6 D0558 : score 6.51142 : H : ARG NH1 A0075 <- 2.92 -> DG N7 C0515 : score 5.97112 : H : ARG NH1 A0075 <- 3.05 -> DG O6 C0515 : score 5.8425 : H : ARG NH2 A0075 <- 2.74 -> DG O6 C0515 : score 6.71034 : w : ARG NH1 A0075 <- 6.14 -> DA N6 C0516 : score 1.456 : w : ASP OD1 A0077 <- 6.15 -> DA N6 C0514 : score 3.154 : w : ASP OD1 A0081 <- 5.90 -> DA N6 C0516 : score 3.154 : w : THR OG1 A0083 <- 5.72 -> DC N4 C0517 : score 2.521 : V : ASP CG A0077 <- 3.88 -> DT C7 D0559 : score 3.06765 : x : SER xxxx A0024 <- 4.12 -> DA xxx C0516 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0034 <- 4.30 -> DG xxx D0552 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0035 <- 3.76 -> DG xxx D0553 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0041 <- 4.26 -> DA xxx D0554 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0049 <- 3.85 -> DG xxx C0515 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0079 <- 4.00 -> DA xxx C0514 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0085 <- 3.82 -> DA xxx D0555 : score x.xxxxx >1m5x_AB:Homing_endonucleases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE HOMING ENDONUCLEASE I-MSOI BOUND TO ITS DNA SUBSTRATE organism=Monomastix sp. : w : TYR OH A0026 <- 5.79 -> DC N4 C0517 : score 1.334 : H : LYS NZ A0028 <- 2.70 -> DA N7 C0518 : score 3.06262 : H : ARG NH2 A0032 <- 2.76 -> DG N7 D0553 : score 6.48997 : w : SER OG A0047 <- 5.70 -> DA N7 C0516 : score 2.337 : H : ARG NH1 A0072 <- 2.90 -> DG N7 D0558 : score 5.99559 : H : ARG NH2 A0072 <- 2.89 -> DG O6 D0558 : score 6.51142 : H : ARG NH1 A0075 <- 2.92 -> DG N7 C0515 : score 5.97112 : H : ARG NH1 A0075 <- 3.05 -> DG O6 C0515 : score 5.8425 : H : ARG NH2 A0075 <- 2.74 -> DG O6 C0515 : score 6.71034 : w : ARG NH1 A0075 <- 6.14 -> DA N6 C0516 : score 1.456 : w : ASP OD1 A0077 <- 6.15 -> DA N6 C0514 : score 3.154 : w : ASP OD1 A0081 <- 5.90 -> DA N6 C0516 : score 3.154 : w : THR OG1 A0083 <- 5.72 -> DC N4 C0517 : score 2.521 : w : TYR OH B0226 <- 6.08 -> DC N4 D0567 : score 1.334 : H : LYS NZ B0228 <- 2.83 -> DG N7 D0568 : score 5.36123 : H : LYS NZ B0228 <- 2.75 -> DT O4 D0569 : score 3.57514 : H : ARG NH1 B0232 <- 2.80 -> DG O6 C0504 : score 6.15 : H : ARG NH2 B0232 <- 2.86 -> DG N7 C0504 : score 6.3612 : w : ARG NH1 B0232 <- 5.71 -> DA N6 C0503 : score 1.456 : H : ASP OD1 B0234 <- 2.57 -> DC N4 C0502 : score 5.51966 : w : ASP OD2 B0234 <- 5.90 -> DA N6 C0503 : score 2.972 : w : SER OG B0247 <- 5.74 -> DA N7 D0566 : score 2.337 : H : ARG NH1 B0272 <- 3.25 -> DG O6 C0508 : score 5.5965 : H : ARG NH2 B0272 <- 2.92 -> DG N7 C0508 : score 6.28394 : H : ARG NH1 B0275 <- 2.55 -> DG N7 D0565 : score 6.42385 : H : ARG NH2 B0275 <- 2.58 -> DG O6 D0565 : score 6.92252 : w : ARG NH1 B0275 <- 5.61 -> DA N6 D0566 : score 1.456 : w : ASP OD2 B0281 <- 5.83 -> DA N6 D0566 : score 2.972 : w : THR OG1 B0283 <- 6.18 -> DC N4 D0567 : score 2.521 : V : ASP CG B0277 <- 3.79 -> DT C7 C0509 : score 3.13808 : V : ASP CG A0077 <- 3.88 -> DT C7 D0559 : score 3.06765 : x : SER xxxx A0024 <- 4.12 -> DA xxx C0516 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0034 <- 4.30 -> DG xxx D0552 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0035 <- 3.76 -> DG xxx D0553 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0041 <- 4.26 -> DA xxx D0554 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0049 <- 3.85 -> DG xxx C0515 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0079 <- 4.00 -> DA xxx C0514 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0085 <- 3.82 -> DA xxx D0555 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0224 <- 4.02 -> DA xxx D0566 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0230 <- 3.99 -> DT xxx D0570 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0235 <- 3.12 -> DA xxx C0503 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0249 <- 4.23 -> DG xxx D0565 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0279 <- 3.48 -> DC xxx D0564 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0285 <- 3.89 -> DA xxx C0505 : score x.xxxxx >1ma7_A:DNA_breaking-rejoining_enzymes;lambda_integrase-like,_N-terminal_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF CRE SITE-SPECIFIC RECOMBINASE COMPLEXED WITH A MUTANT DNA SUBSTRATE, LOXP-A8/T27 organism=Enterobacteria phage P1 : H : LYS NZ A0086 <- 3.14 -> DG N7 D0014 : score 5.02683 : H : GLN NE2 A0090 <- 3.00 -> DT O4 C0022 : score 5.184 : w : ARG NE A0243 <- 6.07 -> DT O2 C0032 : score 0.438 : H : LYS NZ A0244 <- 2.99 -> DT O2 C0034 : score 3.5779 : H : LYS NZ A0244 <- 2.32 -> DT O2 D0002 : score 4.07628 : w : ARG NH2 A0282 <- 5.78 -> DT O2 D0012 : score 2.047 : V : HIS CG A0040 <- 3.81 -> DT C7 C0024 : score 2.96795 : V : ARG CB A0259 <- 3.67 -> DT C7 D0006 : score 1.00391 : x : THR xxxx A0041 <- 3.84 -> DT xxx C0022 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0043 <- 4.39 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0044 <- 3.40 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0047 <- 3.91 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0087 <- 3.40 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0094 <- 3.64 -> DT xxx C0022 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0241 <- 4.20 -> DA xxx D0004 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0257 <- 3.63 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0262 <- 3.85 -> DA xxx C0025 : score x.xxxxx >1ma7_AB:DNA_breaking-rejoining_enzymes;lambda_integrase-like,_N-terminal_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF CRE SITE-SPECIFIC RECOMBINASE COMPLEXED WITH A MUTANT DNA SUBSTRATE, LOXP-A8/T27 organism=Enterobacteria phage P1 : H : LYS NZ A0086 <- 3.14 -> DG N7 D0014 : score 5.02683 : H : GLN NE2 A0090 <- 3.00 -> DT O4 C0022 : score 5.184 : w : ARG NE A0243 <- 6.07 -> DT O2 C0032 : score 0.438 : H : LYS NZ A0244 <- 2.32 -> DT O2 D0002 : score 4.07628 : H : LYS NZ A0244 <- 2.99 -> DT O2 C0034 : score 3.5779 : w : ARG NH2 A0282 <- 5.88 -> DT O2 C0024 : score 2.047 : H : LYS NZ B0086 <- 2.31 -> DA N7 C0014 : score 3.29682 : H : GLN NE2 B0090 <- 2.94 -> DT O4 D0022 : score 5.2488 : H : LYS NZ B0201 <- 2.52 -> DA N3 C0014 : score 2.75643 : w : ARG NH2 B0241 <- 5.58 -> DA N3 C0004 : score 1.61 : H : ARG NH1 B0243 <- 2.80 -> DT O2 D0032 : score 4.37949 : H : ARG NH2 B0243 <- 3.18 -> DT O2 D0032 : score 4.02651 : H : LYS NZ B0244 <- 2.69 -> DT O2 C0002 : score 3.80105 : w : ARG NE B0259 <- 6.10 -> DA N6 D0028 : score 0.763 : w : GLU OE1 B0262 <- 5.70 -> DC N4 D0026 : score 3.596 : V : ARG CB A0259 <- 3.67 -> DT C7 D0006 : score 1.00391 : V : HIS CG B0040 <- 3.87 -> DT C7 D0024 : score 2.92332 : V : ARG CB B0259 <- 3.82 -> DT C7 C0007 : score 0.967446 : V : MET CE B0044 <- 3.76 -> DT C7 C0012 : score 6.93326 : V : HIS CG A0040 <- 3.81 -> DT C7 C0024 : score 2.96795 : x : THR xxxx A0041 <- 3.84 -> DT xxx C0022 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0043 <- 4.39 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0044 <- 3.40 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0047 <- 3.91 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0087 <- 3.40 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0094 <- 3.64 -> DT xxx C0022 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0241 <- 4.20 -> DA xxx D0004 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0257 <- 3.63 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0262 <- 3.85 -> DA xxx C0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0041 <- 3.51 -> DT xxx D0022 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0043 <- 3.00 -> DT xxx D0024 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0047 <- 3.89 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0087 <- 3.30 -> DT xxx C0012 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0094 <- 3.61 -> DT xxx D0022 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0121 <- 3.88 -> DA xxx D0018 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0257 <- 3.80 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0282 <- 3.38 -> DA xxx D0025 : score x.xxxxx >1mdm_AB:Homeodomain-like; title=INHIBITED FRAGMENT OF ETS-1 AND PAIRED DOMAIN OF PAX5 BOUND TO DNA organism=HOMO SAPIENS / MUS MUSCULUS : H : ASN OD1 A0029 <- 2.64 -> DG N2 C0014 : score 4.99197 : H : HIS NE2 A0062 <- 2.65 -> DG O6 C0009 : score 8.20567 : H : SER OG A0086 <- 2.72 -> DA N3 C0019 : score 3.19779 : H : SER OG A0133 <- 2.87 -> DG N7 C0023 : score 4.45343 : H : ARG NE B0391 <- 2.67 -> DG O6 C0007 : score 3.9843 : H : ARG NH2 B0391 <- 2.88 -> DG N7 C0007 : score 6.33545 : H : ARG NE B0394 <- 3.04 -> DG N7 C0006 : score 4.21199 : H : ARG NH2 B0394 <- 2.86 -> DG O6 C0006 : score 6.5512 : x : SER xxxx A0061 <- 3.43 -> DC xxx D0016 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0066 <- 4.24 -> DG xxx C0009 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0067 <- 3.64 -> DC xxx D0015 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0083 <- 3.54 -> DA xxx D0012 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0131 <- 3.64 -> DG xxx C0022 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0134 <- 3.38 -> DG xxx C0022 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0136 <- 4.13 -> DA xxx D0002 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0137 <- 3.19 -> DT xxx C0021 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx B0387 <- 3.93 -> DC xxx D0022 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0388 <- 3.93 -> DT xxx D0020 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0395 <- 3.85 -> DT xxx D0018 : score x.xxxxx >1mdm_B:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=INHIBITED FRAGMENT OF ETS-1 AND PAIRED DOMAIN OF PAX5 BOUND TO DNA organism=MUS MUSCULUS : H : ARG NE B0391 <- 2.67 -> DG O6 C0007 : score 3.9843 : H : ARG NH2 B0391 <- 2.88 -> DG N7 C0007 : score 6.33545 : H : ARG NE B0394 <- 3.04 -> DG N7 C0006 : score 4.21199 : H : ARG NH2 B0394 <- 2.86 -> DG O6 C0006 : score 6.5512 : x : GLU xxxx B0387 <- 3.93 -> DC xxx D0022 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0388 <- 3.93 -> DT xxx D0020 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0395 <- 3.85 -> DT xxx D0018 : score x.xxxxx >1mdy_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF MYOD BHLH DOMAIN BOUND TO DNA: PERSPECTIVES ON DNA RECOGNITION AND IMPLICATIONS FOR TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION organism=MUS MUSCULUS : H : ARG NH2 A0111 <- 2.74 -> DG N7 F0024 : score 6.51572 : H : GLU OE1 A0118 <- 3.10 -> DC N4 E0005 : score 5.42067 : w : GLU OE1 A0118 <- 5.10 -> DA N7 E0004 : score 0.968 : w : GLU OE2 A0118 <- 6.26 -> DC N4 F0022 : score 3.453 : w : ARG NH2 B0111 <- 5.01 -> DG O6 E0010 : score 2.55 : H : GLU OE1 B0118 <- 2.97 -> DC N4 F0019 : score 5.5706 : x : THR xxxx A0115 <- 4.37 -> DT xxx F0023 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0117 <- 4.18 -> DA xxx E0003 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0121 <- 3.47 -> DC xxx E0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0115 <- 4.28 -> DT xxx E0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0117 <- 4.13 -> DA xxx F0017 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0121 <- 3.96 -> DC xxx F0019 : score x.xxxxx >1mdy_C:HLH,_helix-loop-helix_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF MYOD BHLH DOMAIN BOUND TO DNA: PERSPECTIVES ON DNA RECOGNITION AND IMPLICATIONS FOR TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION organism=MUS MUSCULUS : H : ARG NH2 C0111 <- 2.68 -> DG N7 H0052 : score 6.59298 : x : THR xxxx C0115 <- 3.38 -> DT xxx H0051 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0117 <- 3.85 -> DA xxx G0031 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx C0118 <- 2.87 -> DC xxx G0033 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0121 <- 3.41 -> DC xxx G0033 : score x.xxxxx >1mdy_CD: title=CRYSTAL STRUCTURE OF MYOD BHLH DOMAIN BOUND TO DNA: PERSPECTIVES ON DNA RECOGNITION AND IMPLICATIONS FOR TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION organism=MUS MUSCULUS : H : ARG NH2 C0111 <- 2.68 -> DG N7 H0052 : score 6.59298 : H : ARG NH2 D0111 <- 2.57 -> DG N7 G0038 : score 6.73463 : x : THR xxxx C0115 <- 3.38 -> DT xxx H0051 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0117 <- 3.85 -> DA xxx G0031 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx C0118 <- 2.87 -> DC xxx G0033 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0121 <- 3.41 -> DC xxx G0033 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0117 <- 4.16 -> DA xxx H0045 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx D0118 <- 3.08 -> DC xxx H0047 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0121 <- 3.00 -> DC xxx H0047 : score x.xxxxx >1mhd_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF A SMAD MH1 DOMAIN BOUND TO DNA organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH1 A0074 <- 2.92 -> DG N7 D2004 : score 5.97112 : H : ARG NH2 A0074 <- 2.62 -> DG O6 D2004 : score 6.86948 : H : GLN OE1 A0076 <- 3.35 -> DA N6 C1007 : score 5.25328 : H : LYS NZ A0081 <- 3.01 -> DA N7 C1007 : score 2.87646 : H : ARG NH1 B0074 <- 3.29 -> DG N7 C1003 : score 5.51839 : H : ARG NH2 B0074 <- 2.75 -> DG O6 C1003 : score 6.69708 : H : GLN OE1 B0076 <- 2.94 -> DA N6 D2008 : score 5.73729 : H : LYS NZ B0081 <- 3.08 -> DA N7 D2008 : score 2.83442 >1mhd_B:SMAD_MH1_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A SMAD MH1 DOMAIN BOUND TO DNA organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH1 B0074 <- 3.29 -> DG N7 C1003 : score 5.51839 : H : ARG NH2 B0074 <- 2.75 -> DG O6 C1003 : score 6.69708 : H : GLN OE1 B0076 <- 2.94 -> DA N6 D2008 : score 5.73729 : H : LYS NZ B0081 <- 3.08 -> DA N7 D2008 : score 2.83442 >1mht_A:S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=COVALENT TERNARY STRUCTURE OF HHAI METHYLTRANSFERASE, DNA AND S- ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE organism=Haemophilus haemolyticus : H : ARG NH2 A0240 <- 2.61 -> DG N7 C0426 : score 6.68312 : H : ARG NH2 A0240 <- 3.05 -> DG O6 C0426 : score 6.29923 : x : ILE xxxx A0086 <- 3.46 -> DT xxx B0410 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0087 <- 3.40 -> DG xxx C0428 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0237 <- 3.33 -> DG xxx C0426 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0252 <- 4.47 -> DG xxx C0428 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0254 <- 4.23 -> DC xxx C0429 : score x.xxxxx >1mj2_A:Ribbon-helix-helix; title=METHIONINE REPRESSOR MUTANT (Q44K) PLUS COREPRESSOR (S-ADENOSYL METHIONINE) COMPLEXED TO A CONSENSUS OPERATOR SEQUENCE organism=Escherichia coli : H : LYS NZ A0023 <- 3.02 -> DA N7 G0009 : score 2.87045 : H : LYS NZ A0023 <- 2.99 -> DG N7 G0010 : score 5.18863 : H : THR OG1 A0025 <- 3.36 -> DA N7 F0003 : score 2.96 : H : THR OG1 A0025 <- 2.80 -> DC N4 F0004 : score 3.83462 : x : SER xxxx A0027 <- 4.46 -> DA xxx F0001 : score x.xxxxx >1mj2_ABCD: title=METHIONINE REPRESSOR MUTANT (Q44K) PLUS COREPRESSOR (S-ADENOSYL METHIONINE) COMPLEXED TO A CONSENSUS OPERATOR SEQUENCE organism=Escherichia coli : H : LYS NZ A0023 <- 3.02 -> DA N7 G0009 : score 2.87045 : H : LYS NZ A0023 <- 2.99 -> DG N7 G0010 : score 5.18863 : H : THR OG1 A0025 <- 3.36 -> DA N7 F0003 : score 2.96 : H : THR OG1 A0025 <- 2.80 -> DC N4 F0004 : score 3.83462 : H : LYS NZ B0023 <- 3.01 -> DG N7 F0002 : score 5.16706 : H : LYS NZ B0023 <- 2.93 -> DG O6 F0002 : score 5.63671 : w : LYS NZ B0023 <- 5.48 -> DA N6 F0001 : score 2.036 : H : THR OG1 B0025 <- 2.50 -> DA N7 G0011 : score 3.53333 : w : THR OG1 B0025 <- 5.77 -> DC N4 G0012 : score 2.521 : H : LYS NZ C0023 <- 2.50 -> DG N7 F0010 : score 5.71721 : H : THR OG1 C0025 <- 3.06 -> DC N4 G0004 : score 3.63522 : H : LYS NZ D0023 <- 3.09 -> DA N7 G0001 : score 2.82842 : H : LYS NZ D0023 <- 2.81 -> DG N7 G0002 : score 5.3828 : H : THR OG1 D0025 <- 2.47 -> DA N7 F0011 : score 3.55333 : x : SER xxxx A0027 <- 4.46 -> DA xxx F0001 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0027 <- 4.18 -> DA xxx G0009 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0027 <- 4.45 -> DA xxx G0001 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0027 <- 4.02 -> DA xxx F0009 : score x.xxxxx >1mjm_AB: title=METHIONINE APOREPRESSOR MUTANT (Q44K) COMPLEXED TO HALF OF THE CONSENSUS OPERATOR SEQUENCE organism=Escherichia coli : H : LYS NZ A0023 <- 3.21 -> DA N7 D0412 : score 2.75635 : H : LYS NZ A0023 <- 2.77 -> DG N7 D0413 : score 5.42595 : H : THR OG1 A0025 <- 3.36 -> DA N7 C0404 : score 2.96 : H : THR OG1 A0025 <- 2.97 -> DC N4 C0405 : score 3.70424 : w : THR OG1 A0025 <- 6.32 -> DC N4 D0415 : score 2.521 : H : LYS NZ B0023 <- 2.87 -> DG O6 C0403 : score 5.70616 : w : LYS NZ B0023 <- 5.72 -> DT O4 D0417 : score 1.845 : H : THR OG1 B0025 <- 2.78 -> DA N7 D0414 : score 3.34667 : H : THR OG1 B0025 <- 3.05 -> DC N4 D0415 : score 3.64288 : w : THR OG1 B0025 <- 5.50 -> DC N4 D0415 : score 2.521 >1mjm_B:Ribbon-helix-helix; title=METHIONINE APOREPRESSOR MUTANT (Q44K) COMPLEXED TO HALF OF THE CONSENSUS OPERATOR SEQUENCE organism=Escherichia coli : H : LYS NZ B0023 <- 2.87 -> DG O6 C0403 : score 5.70616 : w : LYS NZ B0023 <- 5.72 -> DT O4 D0417 : score 1.845 : H : THR OG1 B0025 <- 2.78 -> DA N7 D0414 : score 3.34667 : H : THR OG1 B0025 <- 3.05 -> DC N4 D0415 : score 3.64288 : w : THR OG1 B0025 <- 5.50 -> DC N4 D0415 : score 2.521 >1mjo_ABCD: title=METHIONINE HOLOREPRESSOR MUTANT (Q44K) PLUS COREPRESSOR (S-ADENOSYL METHIONINE) COMPLEXED TO THE MINIMAL MET CONSENSUS OPERATOR WITH THE CENTRAL TA STEP MUTATED TO AT organism=Escherichia coli : H : LYS NZ A0023 <- 3.11 -> DG N7 G0010 : score 5.05919 : H : THR OG1 A0025 <- 3.22 -> DA N7 F0003 : score 3.05333 : H : THR OG1 A0025 <- 2.91 -> DC N4 F0004 : score 3.75025 : H : LYS NZ B0023 <- 2.91 -> DG N7 F0002 : score 5.27493 : H : LYS NZ B0023 <- 2.89 -> DG O6 F0002 : score 5.68301 : w : LYS NZ B0023 <- 5.41 -> DT O4 G0014 : score 1.845 : w : LYS NZ B0023 <- 5.71 -> DA N6 F0001 : score 2.036 : H : THR OG1 B0025 <- 2.59 -> DA N7 G0011 : score 3.47333 : w : THR OG1 B0025 <- 6.28 -> DC N4 G0012 : score 2.521 : H : LYS NZ C0023 <- 3.30 -> DG N7 F0010 : score 4.85423 : w : LYS NZ C0023 <- 5.86 -> DT O4 G0006 : score 1.845 : H : THR OG1 C0025 <- 3.02 -> DC N4 G0004 : score 3.66589 : w : THR OG1 C0025 <- 5.83 -> DC N4 F0012 : score 2.521 : H : LYS NZ D0023 <- 3.00 -> DG N7 G0002 : score 5.17785 : w : LYS NZ D0023 <- 5.46 -> DA N6 G0001 : score 2.036 : H : THR OG1 D0025 <- 2.61 -> DA N7 F0011 : score 3.46 : w : THR OG1 D0025 <- 5.72 -> DC N4 F0012 : score 2.521 : x : SER xxxx A0027 <- 4.42 -> DA xxx F0001 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0027 <- 4.30 -> DA xxx G0001 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0027 <- 4.43 -> DT xxx F0009 : score x.xxxxx >1mjp_A:Ribbon-helix-helix; title=METHIONINE APOREPRESSOR MUTANT (Q44K) COMPLEXED TO THE MINIMAL MET CONSENSUS OPERATOR organism=Escherichia coli : H : LYS NZ A0023 <- 3.36 -> DA N7 D0001 : score 2.66628 : H : THR OG1 A0025 <- 3.13 -> DC N4 C0006 : score 3.58153 : x : SER xxxx A0027 <- 4.40 -> DA xxx C0003 : score x.xxxxx >1mjp_AB: title=METHIONINE APOREPRESSOR MUTANT (Q44K) COMPLEXED TO THE MINIMAL MET CONSENSUS OPERATOR organism=Escherichia coli : H : LYS NZ A0023 <- 3.36 -> DA N7 D0001 : score 2.66628 : H : THR OG1 A0025 <- 3.13 -> DC N4 C0006 : score 3.58153 : H : LYS NZ B0023 <- 2.85 -> DG N7 C0004 : score 5.33965 : H : LYS NZ B0023 <- 2.82 -> DG O6 C0004 : score 5.76403 : H : THR OG1 B0025 <- 2.73 -> DA N7 D0003 : score 3.38 : H : THR OG1 B0025 <- 3.36 -> DC N4 D0004 : score 3.40514 : x : SER xxxx A0027 <- 4.40 -> DA xxx C0003 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0027 <- 4.43 -> DA xxx D0001 : score x.xxxxx >1mjq_A:Ribbon-helix-helix; title=METHIONINE REPRESSOR MUTANT (Q44K) PLUS COREPRESSOR (S-ADENOSYL METHIONINE) COMPLEXED TO AN ALTERED MET CONSENSUS OPERATOR SEQUENCE organism=Escherichia coli : H : LYS NZ A0023 <- 3.12 -> DG N7 F0010 : score 5.0484 : H : LYS NZ A0023 <- 2.57 -> DG O6 F0010 : score 6.05339 : H : THR OG1 A0025 <- 3.21 -> DT O4 E0004 : score 3.60492 : x : SER xxxx A0027 <- 4.30 -> DA xxx E0001 : score x.xxxxx >1mjq_ABCD: title=METHIONINE REPRESSOR MUTANT (Q44K) PLUS COREPRESSOR (S-ADENOSYL METHIONINE) COMPLEXED TO AN ALTERED MET CONSENSUS OPERATOR SEQUENCE organism=Escherichia coli : H : LYS NZ A0023 <- 3.12 -> DG N7 F0010 : score 5.0484 : H : LYS NZ A0023 <- 2.57 -> DG O6 F0010 : score 6.05339 : H : THR OG1 A0025 <- 3.21 -> DT O4 E0004 : score 3.60492 : H : LYS NZ B0023 <- 2.46 -> DG N7 E0002 : score 5.76035 : H : LYS NZ B0023 <- 3.02 -> DG O6 E0002 : score 5.53254 : H : THR OG1 B0025 <- 2.44 -> DA N7 F0011 : score 3.57333 : H : LYS NZ C0023 <- 3.02 -> DA N7 E0009 : score 2.87045 : H : LYS NZ C0023 <- 3.03 -> DG N7 E0010 : score 5.14548 : H : LYS NZ C0023 <- 2.74 -> DG O6 E0010 : score 5.85663 : H : THR OG1 C0025 <- 3.03 -> DT O4 F0004 : score 3.74628 : H : LYS NZ D0023 <- 2.52 -> DG N7 F0002 : score 5.69563 : H : THR OG1 D0025 <- 2.37 -> DA N7 E0011 : score 3.62 : x : SER xxxx A0027 <- 4.30 -> DA xxx E0001 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0027 <- 4.11 -> DA xxx F0001 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0027 <- 4.41 -> DA xxx E0009 : score x.xxxxx >1mjq_GHIJ: title=METHIONINE REPRESSOR MUTANT (Q44K) PLUS COREPRESSOR (S-ADENOSYL METHIONINE) COMPLEXED TO AN ALTERED MET CONSENSUS OPERATOR SEQUENCE organism=Escherichia coli : H : LYS NZ G0023 <- 2.27 -> DG O6 L0010 : score 6.40062 : H : THR OG1 G0025 <- 2.79 -> DT O4 K0004 : score 3.93478 : H : LYS NZ H0023 <- 2.46 -> DG N7 K0002 : score 5.76035 : H : LYS NZ H0023 <- 2.87 -> DG O6 K0002 : score 5.70616 : H : THR OG1 H0025 <- 2.34 -> DA N7 L0011 : score 3.64 : H : LYS NZ I0023 <- 3.33 -> DA N7 K0009 : score 2.68429 : H : LYS NZ I0023 <- 2.77 -> DG O6 K0010 : score 5.8219 : H : THR OG1 I0025 <- 2.71 -> DT O4 L0004 : score 3.99761 : H : LYS NZ J0023 <- 2.73 -> DG N7 L0002 : score 5.4691 : H : LYS NZ J0023 <- 2.80 -> DG O6 L0002 : score 5.78718 : H : THR OG1 J0025 <- 2.38 -> DA N7 K0011 : score 3.61333 : x : SER xxxx G0027 <- 4.41 -> DA xxx K0001 : score x.xxxxx : x : SER xxxx H0027 <- 4.44 -> DA xxx L0009 : score x.xxxxx : x : SER xxxx I0027 <- 4.23 -> DA xxx L0001 : score x.xxxxx : x : SER xxxx J0027 <- 4.39 -> DA xxx K0009 : score x.xxxxx >1mm8_A:Ribonuclease_H-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF TN5 TRANSPOSASE COMPLEXED WITH ME DNA organism=Escherichia coli : H : GLN OE1 A0243 <- 3.22 -> DA N6 B0115 : score 5.40675 : H : GLN NE2 A0243 <- 2.92 -> DA N7 B0115 : score 5.91356 : H : LYS NZ A0244 <- 2.50 -> DG N7 C0203 : score 5.71721 : H : LYS NZ A0330 <- 3.22 -> DC O2 B0118 : score 2.71747 : w : LYS NZ A0330 <- 6.46 -> DT O2 C0204 : score 0.459 : H : SER OG A0438 <- 2.91 -> DC N4 C0207 : score 3.77533 : H : LYS NZ A0439 <- 2.90 -> DG N7 B0114 : score 5.28572 : H : LYS NZ A0439 <- 2.80 -> DG O6 B0114 : score 5.78718 : x : PRO xxxx A0242 <- 4.22 -> DT xxx C0204 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0255 <- 4.41 -> DG xxx B0114 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0256 <- 4.05 -> DT xxx C0204 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx A0323 <- 4.06 -> DG xxx C0203 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0440 <- 3.40 -> DA xxx B0112 : score x.xxxxx >1mnm_ABCD: title=YEAST MATALPHA2/MCM1/DNA TERNARY TRANSCRIPTION COMPLEX CRYSTAL STRUCTURE organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ARG NH2 A0019 <- 2.38 -> DT O2 E0008 : score 4.72374 : H : LYS NZ A0038 <- 2.98 -> DG O6 F0048 : score 5.57884 : w : LYS NZ A0038 <- 5.59 -> DA N6 E0005 : score 2.036 : H : LYS NZ B0038 <- 2.69 -> DG N7 E0014 : score 5.51225 : H : LYS NZ B0038 <- 2.72 -> DG O6 E0015 : score 5.87977 : H : ARG NE C0132 <- 2.89 -> DA N3 E0022 : score 2.02695 : H : ARG NH2 C0132 <- 2.80 -> DC O2 E0023 : score 3.59359 : H : ARG NH1 C0135 <- 3.25 -> DA N3 F0035 : score 3.31567 : H : ARG NH2 C0135 <- 2.52 -> DT O2 F0036 : score 4.60172 : H : ARG NH1 C0185 <- 3.09 -> DG N7 F0031 : score 5.76311 : H : ARG NH2 C0185 <- 2.53 -> DG O6 F0031 : score 6.98883 : H : ARG NH2 D0135 <- 3.08 -> DG N3 F0048 : score 3.4105 : H : ASN OD1 D0182 <- 3.17 -> DA N6 F0051 : score 5.48358 : H : ASN ND2 D0182 <- 3.19 -> DA N7 F0051 : score 5.26013 : H : ARG NH1 D0185 <- 2.92 -> DT O4 E0003 : score 3.04062 : H : ARG NH2 D0185 <- 2.89 -> DA N7 E0002 : score 1.32192 : V : ASN CG D0178 <- 3.74 -> DT C7 F0052 : score 2.90446 : V : VAL CG2 A0034 <- 3.88 -> DT C7 E0004 : score 6.12324 : x : THR xxxx A0030 <- 4.03 -> DT xxx E0003 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0018 <- 3.65 -> DA xxx F0043 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0034 <- 3.27 -> DT xxx F0037 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0037 <- 3.48 -> DT xxx F0036 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0178 <- 3.89 -> DC xxx E0023 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0181 <- 4.09 -> DT xxx F0030 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0182 <- 2.96 -> DA xxx E0022 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0131 <- 3.28 -> DC xxx E0007 : score x.xxxxx >1msf_C:Homeodomain-like; title=SOLUTION STRUCTURE OF A SPECIFIC DNA COMPLEX OF THE MYB DNA-BINDING DOMAIN WITH COOPERATIVE RECOGNITION HELICES organism=MUS MUSCULUS : H : LYS NZ C0182 <- 2.77 -> DA N7 B0026 : score 3.02058 : V : ASN CG C0183 <- 3.63 -> DT C7 A0003 : score 2.98315 : x : LYS xxxx C0128 <- 3.43 -> DT xxx A0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0131 <- 3.90 -> DC xxx A0006 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx C0132 <- 3.39 -> DC xxx A0006 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0136 <- 3.92 -> DA xxx A0004 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx C0178 <- 3.57 -> DC xxx B0025 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0179 <- 3.26 -> DA xxx A0005 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx C0184 <- 4.38 -> DT xxx A0003 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0186 <- 4.01 -> DT xxx B0028 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0187 <- 3.76 -> DC xxx A0002 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0188 <- 4.10 -> DC xxx A0002 : score x.xxxxx >1mtl_A:Uracil-DNA_glycosylase-like; title=NON-PRODUCTIVE MUG-DNA COMPLEX organism=Escherichia coli : H : GLN NE2 A0110 <- 2.75 -> DG O6 C0204 : score 5.99137 : w : GLN OE1 A0110 <- 6.30 -> DC N4 C0203 : score 3.576 : H : ARG NH1 A0146 <- 3.10 -> DC O2 D0223 : score 3.47077 : H : ARG NH2 A0146 <- 2.52 -> DC O2 D0223 : score 3.79483 : x : GLU xxxx A0079 <- 4.31 -> DC xxx C0201 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0144 <- 3.69 -> DC xxx C0201 : score x.xxxxx >1mtl_AB: title=NON-PRODUCTIVE MUG-DNA COMPLEX organism=Escherichia coli : H : GLN NE2 A0110 <- 2.75 -> DG O6 C0204 : score 5.99137 : w : GLN OE1 A0110 <- 6.30 -> DC N4 C0203 : score 3.576 : H : ARG NH1 A0146 <- 3.10 -> DC O2 D0223 : score 3.47077 : H : ARG NH2 A0146 <- 2.52 -> DC O2 D0223 : score 3.79483 : x : GLU xxxx A0079 <- 4.31 -> DC xxx C0201 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0144 <- 3.69 -> DC xxx C0201 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0032 <- 4.42 -> DC xxx C0201 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0033 <- 3.80 -> DC xxx C0201 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0034 <- 3.52 -> DC xxx C0201 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0036 <- 3.82 -> DG xxx D0224 : score x.xxxxx >1muh_A:Ribonuclease_H-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF TN5 TRANSPOSASE COMPLEXED WITH TRANSPOSON END DNA organism=Escherichia coli : H : GLN OE1 A0243 <- 3.27 -> DA N6 B0015 : score 5.34772 : H : GLN NE2 A0243 <- 2.99 -> DA N7 B0015 : score 5.82873 : H : LYS NZ A0330 <- 2.86 -> DC O2 B0018 : score 2.93107 : H : SER OG A0438 <- 2.78 -> DC N4 C0007 : score 3.8757 : H : LYS NZ A0439 <- 2.89 -> DG O6 B0014 : score 5.68301 : x : LYS xxxx A0244 <- 3.35 -> DG xxx B0016 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx A0323 <- 4.17 -> DG xxx C0003 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0440 <- 3.49 -> DA xxx B0012 : score x.xxxxx >1mwj_A:Uracil-DNA_glycosylase-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A MUG-DNA PSEUDO SUBSTRATE COMPLEX organism=Escherichia coli : x : ARG xxxx A0146 <- 3.15 -> DG xxx D0012 : score x.xxxxx >1n39_A:DNA-glycosylase;TATA-box_binding_protein-like; title=STRUCTURAL AND BIOCHEMICAL EXPLORATION OF A CRITICAL AMINO ACID IN HUMAN 8-OXOGUANINE GLYCOSYLASE organism=Homo sapiens : w : ASN ND2 A0149 <- 6.11 -> DG O6 C0024 : score 3.331 : w : ASN ND2 A0149 <- 5.93 -> DA N7 C0022 : score 1.912 : H : ARG NH1 A0154 <- 3.01 -> DC O2 B0008 : score 3.53723 : H : ARG NH1 A0204 <- 2.63 -> DC O2 B0008 : score 3.81785 : H : ARG NH2 A0204 <- 3.10 -> DC N3 B0008 : score 2.38977 : x : ASN xxxx A0150 <- 4.10 -> DA xxx C0022 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0151 <- 3.46 -> DA xxx C0022 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0203 <- 3.24 -> DG xxx C0024 : score x.xxxxx >1n3a_A:DNA-glycosylase;TATA-box_binding_protein-like; title=STRUCTURAL AND BIOCHEMICAL EXPLORATION OF A CRITICAL AMINO ACID IN HUMAN 8-OXOGUANINE GLYCOSYLASE organism=Homo sapiens : H : ASN ND2 A0151 <- 3.34 -> DA N3 C0022 : score 3.30726 : H : ASN ND2 A0151 <- 3.34 -> DA N3 C0022 : score 3.30726 : H : ARG NH1 A0204 <- 2.66 -> DC O2 B0008 : score 3.79569 : H : ARG NH2 A0204 <- 2.78 -> DC N3 B0008 : score 2.55248 : x : ASN xxxx A0149 <- 3.01 -> DC xxx B0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0150 <- 4.29 -> DA xxx C0022 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0154 <- 2.74 -> DC xxx B0008 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0203 <- 3.37 -> DG xxx C0024 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0207 <- 4.47 -> DT xxx C0025 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0293 <- 4.31 -> DT xxx B0003 : score x.xxxxx >1n3c_A:DNA-glycosylase;TATA-box_binding_protein-like; title=STRUCTURAL AND BIOCHEMICAL EXPLORATION OF A CRITICAL AMINO ACID IN HUMAN 8-OXOGUANINE GLYCOSYLASE organism=Homo sapiens : w : ASN ND2 A0149 <- 6.26 -> DA N6 C0022 : score 2.759 : H : ARG NH2 A0154 <- 2.51 -> DC O2 B0008 : score 3.80202 : H : ARG NH1 A0204 <- 2.75 -> DC O2 B0008 : score 3.72923 : H : ARG NH2 A0204 <- 3.09 -> DC N3 B0008 : score 2.39485 : x : ASN xxxx A0150 <- 4.27 -> DT xxx B0009 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0151 <- 3.27 -> DA xxx C0022 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0203 <- 3.48 -> DG xxx C0024 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0207 <- 4.29 -> DT xxx C0025 : score x.xxxxx >1n48_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=Y-FAMILY DNA POLYMERASE DPO4 IN COMPLEX WITH DNA CONTAINING ABASIC LESION organism=Sulfolobus solfataricus : H : LYS NZ A0243 <- 3.01 -> DG N7 B1805 : score 5.16706 : w : LYS NZ A0243 <- 5.24 -> DT O4 C1913 : score 1.845 : x : ALA xxxx A0042 <- 3.60 -> DT xxx C1906 : score x.xxxxx >1n56_B:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=Y-FAMILY DNA POLYMERASE DPO4 IN COMPLEX WITH DNA CONTAINING ABASIC LESION organism=Sulfolobus solfataricus : w : LYS NZ B0221 <- 5.73 -> DA N3 E1810 : score 1.7 : x : VAL xxxx B0032 <- 3.54 -> DT xxx F1905 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0042 <- 3.59 -> DT xxx F1905 : score x.xxxxx >1n5y_AB:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE CROSSLINKED TO POST-TRANSLOCATION AZTMP- TERMINATED DNA (COMPLEX P) organism=HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 : H : TYR OH A0183 <- 2.69 -> DC O2 P0821 : score 3.18523 : H : ARG NH1 A0448 <- 3.02 -> DT O2 P0806 : score 4.18679 : x : ILE xxxx A0094 <- 3.82 -> DG xxx T0708 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0184 <- 3.66 -> DG xxx T0707 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0356 <- 4.27 -> DG xxx T0714 : score x.xxxxx >1n6j_AB: title=STRUCTURAL BASIS OF SEQUENCE-SPECIFIC RECRUITMENT OF HISTONE DEACETYLASES BY MYOCYTE ENHANCER FACTOR-2 organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NE A0003 <- 2.64 -> DT O2 C0006 : score 2.61705 : H : ARG NE B0003 <- 2.63 -> DT O2 D0006 : score 2.62212 : H : ARG NH2 B0003 <- 3.12 -> DT O2 D0006 : score 4.0788 : w : LYS NZ B0023 <- 5.98 -> DA N7 C0014 : score 1.7 : w : LYS NZ B0023 <- 5.71 -> DC N4 D0004 : score 0.705 : x : LYS xxxx A0023 <- 3.55 -> DA xxx D0013 : score x.xxxxx >1n6q_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE CROSSLINKED TO PRE-TRANSLOCATION AZTMP- TERMINATED DNA (COMPLEX N) organism=HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 : H : TYR OH A0183 <- 2.94 -> DC O2 P0821 : score 3.0294 : H : ARG NH1 A0448 <- 3.13 -> DT O2 P0806 : score 4.09044 : x : ILE xxxx A0094 <- 4.08 -> DG xxx T0708 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0151 <- 3.35 -> DA xxx T0705 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0157 <- 4.26 -> DT xxx T0706 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0356 <- 4.30 -> DT xxx P0813 : score x.xxxxx >1n6q_AB:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE CROSSLINKED TO PRE-TRANSLOCATION AZTMP- TERMINATED DNA (COMPLEX N) organism=HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 : H : TYR OH A0183 <- 2.94 -> DC O2 P0821 : score 3.0294 : H : ARG NH1 A0448 <- 3.13 -> DT O2 P0806 : score 4.09044 : x : ILE xxxx A0094 <- 4.08 -> DG xxx T0708 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0151 <- 3.35 -> DA xxx T0705 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0157 <- 4.26 -> DT xxx T0706 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0356 <- 4.30 -> DT xxx P0813 : score x.xxxxx >1nfk_AB: title=STRUCTURE OF THE NUCLEAR FACTOR KAPPA-B (NF-KB) P50 HOMODIMER organism=MUS MUSCULUS : H : ARG NH1 A0054 <- 3.18 -> DG N7 D0003 : score 5.65298 : H : ARG NH2 A0054 <- 3.02 -> DG O6 D0003 : score 6.33902 : H : ARG NH1 A0056 <- 2.64 -> DG O6 D0002 : score 6.3468 : H : ARG NH2 A0056 <- 3.27 -> DG N7 D0002 : score 5.83325 : H : GLU OE1 A0060 <- 3.20 -> DC N4 C0010 : score 5.30533 : w : GLU OE2 A0060 <- 5.85 -> DC N4 C0009 : score 3.453 : H : LYS NZ A0241 <- 2.92 -> DT O4 C0008 : score 3.45479 : H : ARG NH2 B0054 <- 2.69 -> DG O6 C0003 : score 6.77665 : H : ARG NH1 B0056 <- 2.95 -> DG N7 C0002 : score 5.93441 : H : ARG NH2 B0056 <- 2.83 -> DG O6 C0002 : score 6.59098 : H : GLU OE2 B0060 <- 2.93 -> DC N4 D0010 : score 5.35575 : x : TYR xxxx A0057 <- 3.41 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0059 <- 3.53 -> DC xxx C0009 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0243 <- 4.22 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0272 <- 3.34 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0305 <- 3.47 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0057 <- 3.33 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0059 <- 3.52 -> DC xxx D0009 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0241 <- 3.15 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0243 <- 4.49 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0272 <- 3.52 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0305 <- 4.34 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx >1ng9_A:DNA_repair_protein_MutS,_domain_III;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=E.COLI MUTS R697A: AN ATPASE-ASYMMETRY MUTANT organism=Escherichia coli : H : GLU OE2 A0038 <- 2.64 -> DT N3 F0022 : score 2.6832 : w : ARG NH1 A0058 <- 5.72 -> DC O2 E0011 : score 1.194 : x : MET xxxx A0033 <- 3.77 -> DG xxx E0010 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0036 <- 3.18 -> DG xxx E0009 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0068 <- 4.15 -> DC xxx F0021 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0072 <- 3.25 -> DT xxx F0023 : score x.xxxxx >1ng9_AB:DNA_repair_protein_MutS,_domain_III;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=E.COLI MUTS R697A: AN ATPASE-ASYMMETRY MUTANT organism=Escherichia coli : H : GLU OE2 A0038 <- 2.64 -> DT N3 F0022 : score 2.6832 : w : ARG NH1 A0058 <- 5.72 -> DC O2 E0011 : score 1.194 : x : MET xxxx A0033 <- 3.77 -> DG xxx E0010 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0036 <- 3.18 -> DG xxx E0009 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0068 <- 4.15 -> DC xxx F0021 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0072 <- 3.25 -> DT xxx F0023 : score x.xxxxx >1ngm_I:TATA-box_binding_protein-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A YEAST BRF1-TBP-DNA TERNARY COMPLEX organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ASN ND2 I0069 <- 2.67 -> DT O2 L0014 : score 5.02477 : H : ASN ND2 I0069 <- 3.10 -> DT O2 L0015 : score 4.60359 : H : THR OG1 I0215 <- 2.83 -> DA N3 K0005 : score 2.14602 : x : VAL xxxx I0071 <- 3.35 -> DA xxx K0006 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx I0099 <- 2.88 -> DT xxx L0012 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx I0114 <- 3.25 -> DT xxx L0012 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx I0116 <- 3.67 -> DA xxx K0008 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx I0122 <- 3.37 -> DA xxx K0007 : score x.xxxxx : x : THR xxxx I0124 <- 3.66 -> DT xxx L0013 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx I0159 <- 3.12 -> DA xxx K0005 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx I0161 <- 3.70 -> DA xxx K0005 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx I0190 <- 3.08 -> DA xxx K0003 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx I0191 <- 3.23 -> DA xxx L0018 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx I0205 <- 3.73 -> DA xxx K0003 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx I0207 <- 3.38 -> DT xxx L0017 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx I0213 <- 3.44 -> DA xxx L0016 : score x.xxxxx >1nh2_AC:TATA-box_binding_protein-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A YEAST TFIIA/TBP/DNA COMPLEX organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ASN ND2 A0069 <- 2.82 -> DT O2 F0004 : score 4.87785 : H : ASN ND2 A0069 <- 3.17 -> DT O2 F0005 : score 4.53503 : H : ASN ND2 A0159 <- 3.26 -> DA N3 E0012 : score 3.36658 : H : THR OG1 A0215 <- 2.75 -> DA N3 E0012 : score 2.18056 : x : VAL xxxx A0071 <- 3.63 -> DT xxx F0004 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0099 <- 3.28 -> DT xxx F0002 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0114 <- 3.40 -> DT xxx F0002 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0116 <- 3.65 -> DA xxx E0015 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0122 <- 3.62 -> DA xxx E0014 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0124 <- 3.57 -> DT xxx F0003 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0161 <- 3.45 -> DT xxx F0005 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0190 <- 3.21 -> DA xxx E0010 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0191 <- 3.31 -> DA xxx F0008 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0205 <- 3.67 -> DA xxx E0010 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0207 <- 3.31 -> DT xxx F0007 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0213 <- 3.53 -> DA xxx F0006 : score x.xxxxx >1njw_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=GUANINE-THYMINE MISMATCH AT THE POLYMERASE ACTIVE SITE organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.98 -> DG N3 B0026 : score 1.64127 : w : LYS NZ A0582 <- 5.84 -> DA N3 B0025 : score 1.7 : w : LYS NZ A0582 <- 5.57 -> DT O2 C0008 : score 0.459 : w : THR OG1 A0586 <- 5.29 -> DT O2 C0008 : score 2.745 : H : ARG NH1 A0615 <- 3.15 -> DG N3 B0029 : score 2.72681 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.90 -> DG N2 C0006 : score 1.135 : w : ASN ND2 A0622 <- 6.17 -> DC O2 C0007 : score 1.833 : H : ASN ND2 A0625 <- 2.90 -> DC O2 B0027 : score 4.55323 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.82 -> DC O2 C0007 : score 1.833 : x : PHE xxxx A0710 <- 3.82 -> DG xxx B0029 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.24 -> DG xxx B0029 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0716 <- 3.56 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx >1njx_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=THYMINE-GUANINE MISMATCH AT THE POLYMERASE ACTIVE SITE organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 3.02 -> DG N3 B0026 : score 1.62765 : w : LYS NZ A0582 <- 5.55 -> DA N3 C0008 : score 1.7 : w : LYS NZ A0582 <- 5.74 -> DT O2 B0025 : score 0.459 : w : THR OG1 A0586 <- 5.52 -> DA N3 C0008 : score 2.6 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.84 -> DG N2 C0006 : score 1.135 : w : ASN ND2 A0622 <- 6.20 -> DC O2 C0007 : score 1.833 : H : ASN ND2 A0625 <- 2.94 -> DC O2 B0027 : score 4.51606 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.87 -> DC O2 C0007 : score 1.833 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.96 -> DT O2 B0028 : score 3.881 : x : PHE xxxx A0710 <- 3.40 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 2.96 -> DT xxx B0029 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0716 <- 3.91 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx >1njy_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=THYMINE-THYMINE MISMATCH AT THE POLYMERASE ACTIVE SITE organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.68 -> DC O2 B0026 : score 3.03787 : w : LYS NZ A0582 <- 5.52 -> DT O2 C0008 : score 0.459 : w : LYS NZ A0582 <- 6.03 -> DA N3 B0025 : score 1.7 : w : THR OG1 A0586 <- 5.55 -> DT O2 C0008 : score 2.745 : H : ARG NH1 A0615 <- 3.10 -> DT O2 B0029 : score 4.11672 : w : ARG NH1 A0615 <- 6.23 -> DA N3 C0005 : score 2.497 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.46 -> DC O2 C0006 : score 1.833 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.12 -> DG N3 B0027 : score 4.5276 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.90 -> DG N3 C0007 : score 3.08 : w : GLU OE1 A0658 <- 5.98 -> DT O2 C0004 : score 2.434 : w : ASN ND2 A0793 <- 6.44 -> DT O2 C0004 : score 2.097 : H : GLN NE2 A0797 <- 2.93 -> DT O2 C0004 : score 4.15823 : w : GLN NE2 A0797 <- 6.28 -> DT O2 C0004 : score 0.847 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.46 -> DT O2 B0028 : score 3.881 : x : TYR xxxx A0587 <- 4.38 -> DG xxx B0027 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.43 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx >1njz_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=CYTOSINE-THYMINE MISMATCH AT THE POLYMERASE ACTIVE SITE organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.96 -> DA N3 B0026 : score 2.52673 : w : LYS NZ A0582 <- 5.87 -> DG N3 C0010 : score 1.798 : w : THR OG1 A0586 <- 5.99 -> DG N3 C0010 : score 2.005 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.78 -> DC O2 B0029 : score 3.70708 A : w : ARG NH1 A0615 <- 5.76 -> DG N3 C0007 : score 1.371 A : w : ARG NH2 A0615 <- 6.07 -> DT O2 C0006 : score 2.047 A : w : ASN ND2 A0622 <- 5.61 -> DC O2 C0008 : score 1.833 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.13 -> DG N3 B0027 : score 4.51793 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.61 -> DT O2 C0009 : score 2.097 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.86 -> DC O2 B0028 : score 3.211 : x : TYR xxxx A0714 <- 3.45 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0797 <- 3.32 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx >1nk0_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=ADENINE-GUANINE MISMATCH AT THE POLYMERASE ACTIVE SITE organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 3.02 -> DG N3 B0026 : score 1.62765 : w : LYS NZ A0582 <- 5.75 -> DA N3 B0025 : score 1.7 : w : LYS NZ A0582 <- 5.41 -> DT O2 C0008 : score 0.459 : w : THR OG1 A0586 <- 5.40 -> DT O2 C0008 : score 2.745 : H : ARG NH2 A0615 <- 3.14 -> DA N3 B0029 : score 3.23571 : w : ARG NH2 A0615 <- 5.58 -> DT O2 C0005 : score 2.047 : w : ASN ND2 A0622 <- 6.05 -> DG N2 C0006 : score 1.135 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.95 -> DC O2 C0007 : score 1.833 : H : ASN ND2 A0625 <- 2.94 -> DC O2 B0027 : score 4.51606 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.82 -> DC O2 C0007 : score 1.833 : H : ARG NH2 A0629 <- 2.94 -> DA N7 B0029 : score 1.30846 : w : ASN ND2 A0724 <- 6.02 -> DG N7 C0004 : score 2.926 : w : GLN OE1 A0797 <- 5.85 -> DG N2 C0004 : score 1.492 : w : GLN NE2 A0797 <- 5.75 -> DG N3 C0004 : score 1.492 : w : HIS NE2 A0829 <- 6.00 -> DA N3 B0028 : score 3.29 : x : PHE xxxx A0710 <- 3.70 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.09 -> DA xxx B0029 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0716 <- 3.51 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx >1nk3_P:Homeodomain-like; title=VND/NK-2 HOMEODOMAIN/DNA COMPLEX, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE organism=DROSOPHILA MELANOGASTER : H : ARG NE P0105 <- 3.11 -> DC O2 A0006 : score 2.6745 : H : ARG NH2 P0105 <- 2.91 -> DT O2 A0005 : score 4.26182 : H : ARG NH2 P0105 <- 3.08 -> DC O2 A0006 : score 3.39235 : H : ARG NH2 P0105 <- 2.66 -> DC O2 B0029 : score 3.69421 : x : LYS xxxx P0103 <- 3.58 -> DG xxx B0027 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx P0147 <- 3.91 -> DA xxx A0008 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx P0150 <- 3.74 -> DC xxx B0021 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx P0151 <- 3.35 -> DA xxx A0007 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx P0154 <- 4.00 -> DA xxx B0023 : score x.xxxxx >1nk4_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=GUANINE-GUANINE MISMATCH AT THE POLYMERASE ACTIVE SITE organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.76 -> DC O2 B0026 : score 2.9904 : w : LYS NZ A0582 <- 5.91 -> DT O2 B0025 : score 0.459 : w : LYS NZ A0582 <- 5.57 -> DA N3 C0008 : score 1.7 : w : THR OG1 A0586 <- 5.66 -> DA N3 C0008 : score 2.6 : w : TYR OH A0587 <- 5.83 -> DG N2 C0007 : score 2.831 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.81 -> DT O2 C0006 : score 2.097 : w : ASN ND2 A0622 <- 6.13 -> DG N3 C0007 : score 3.08 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.06 -> DA N3 B0027 : score 3.51489 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.80 -> DG N3 C0007 : score 3.08 : x : ARG xxxx A0615 <- 3.60 -> DG xxx B0029 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0710 <- 3.24 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 2.95 -> DG xxx B0029 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0716 <- 3.88 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx >1nk5_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=ADENINE-ADENINE MISMATCH AT THE POLYMERASE ACTIVE SITE organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.96 -> DG N3 B0026 : score 1.64808 : w : LYS NZ A0582 <- 5.54 -> DT O2 B0025 : score 0.459 : w : LYS NZ A0582 <- 5.55 -> DA N3 C0008 : score 1.7 : w : THR OG1 A0586 <- 5.83 -> DA N3 C0008 : score 2.6 : H : ARG NH1 A0615 <- 3.03 -> DA N3 B0029 : score 3.47598 : w : ARG NH1 A0615 <- 6.02 -> DA N3 C0005 : score 2.497 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.67 -> DT O2 C0006 : score 2.097 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.29 -> DA N3 B0027 : score 3.34434 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.95 -> DC O2 C0007 : score 1.833 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.38 -> DT O2 B0028 : score 3.881 : x : ARG xxxx A0629 <- 3.10 -> DA xxx B0029 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.32 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0797 <- 3.19 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx >1nk6_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=CYTOSINE-CYTOSINE MISMATCH AT THE POLYMERASE ACTIVE SITE organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.82 -> DG N3 B0026 : score 1.69575 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.61 -> DT O2 C0006 : score 2.097 : w : ASN ND2 A0622 <- 6.10 -> DC O2 C0007 : score 1.833 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.29 -> DA N3 B0027 : score 3.34434 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.71 -> DC O2 C0007 : score 1.833 : w : GLN OE1 A0797 <- 5.66 -> DG N2 C0004 : score 1.492 : w : GLN NE2 A0797 <- 5.53 -> DG N3 C0004 : score 1.492 : x : TYR xxxx A0587 <- 4.44 -> DA xxx B0027 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0710 <- 3.86 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.59 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0716 <- 3.65 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0829 <- 3.87 -> DT xxx B0028 : score x.xxxxx >1nk7_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=GUANINE-ADENINE MISMATCH AT THE POLYMERASE ACTIVE SITE organism=Geobacillus stearothermophilus : w : LYS NZ A0582 <- 5.96 -> DT O2 C0009 : score 0.459 : w : LYS NZ A0582 <- 5.96 -> DG N2 C0010 : score 0.413 : w : THR OG1 A0586 <- 6.14 -> DG N2 C0010 : score 2.005 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.93 -> DC O2 B0029 : score 3.59631 : H : ARG NH2 A0615 <- 3.02 -> DC O2 B0029 : score 3.43547 : w : ARG NH1 A0615 <- 5.98 -> DC O2 C0007 : score 1.194 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.95 -> DA N3 C0008 : score 1.912 : H : ASN ND2 A0625 <- 2.99 -> DT O2 B0027 : score 4.71133 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.96 -> DT O2 C0009 : score 2.097 : x : TYR xxxx A0587 <- 4.48 -> DT xxx B0027 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.87 -> DG xxx C0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0797 <- 3.46 -> DG xxx C0006 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0829 <- 3.98 -> DG xxx B0028 : score x.xxxxx >1nk8_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=A BACILLUS DNA POLYMERASE I PRODUCT COMPLEX BOUND TO A GUANINE- THYMINE MISMATCH AFTER A SINGLE ROUND OF PRIMER EXTENSION, FOLLOWING INCORPORATION OF DCTP. organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 3.02 -> DG N3 B0026 : score 1.62765 : w : LYS NZ A0582 <- 5.84 -> DA N3 B0025 : score 1.7 : w : LYS NZ A0582 <- 5.39 -> DT O2 C0008 : score 0.459 : w : THR OG1 A0586 <- 5.46 -> DT O2 C0008 : score 2.745 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.83 -> DC O2 B0029 : score 3.67015 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.90 -> DC O2 C0007 : score 1.833 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.99 -> DG N2 C0006 : score 1.135 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.01 -> DC O2 B0027 : score 4.45102 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.63 -> DC O2 C0007 : score 1.833 : w : GLN NE2 A0797 <- 6.25 -> DG N3 C0004 : score 1.492 : x : PHE xxxx A0710 <- 3.80 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.27 -> DC xxx B0029 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0716 <- 3.56 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0829 <- 4.08 -> DG xxx B0028 : score x.xxxxx >1nk9_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=A BACILLUS DNA POLYMERASE I PRODUCT COMPLEX BOUND TO A GUANINE- THYMINE MISMATCH AFTER TWO ROUNDS OF PRIMER EXTENSION, FOLLOWING INCORPORATION OF DCTP AND DGTP. organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.69 -> DC O2 B0026 : score 3.03193 : w : LYS NZ A0582 <- 5.51 -> DC O2 C0008 : score 1.398 : w : THR OG1 A0586 <- 5.48 -> DC O2 C0008 : score 2.01 : w : TYR OH A0587 <- 5.67 -> DG N2 C0007 : score 2.831 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.90 -> DG N3 B0029 : score 2.87341 : w : ASN ND2 A0622 <- 6.02 -> DG N3 C0007 : score 3.08 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.30 -> DG N3 B0027 : score 4.35346 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.62 -> DG N3 C0007 : score 3.08 : H : ARG NH2 A0629 <- 2.98 -> DG N7 B0029 : score 6.20668 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.89 -> DC O2 B0028 : score 3.211 : x : TYR xxxx A0714 <- 3.14 -> DC xxx C0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0797 <- 3.81 -> DG xxx B0029 : score x.xxxxx >1nkb_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=A BACILLUS DNA POLYMERASE I PRODUCT COMPLEX BOUND TO A GUANINE- THYMINE MISMATCH AFTER THREE ROUNDS OF PRIMER EXTENSION, FOLLOWING INCORPORATION OF DCTP, DGTP, AND DTTP. organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 3.27 -> DG N3 B0026 : score 1.54252 : w : LYS NZ A0582 <- 5.87 -> DC O2 B0025 : score 1.398 : w : LYS NZ A0582 <- 6.25 -> DG N2 C0008 : score 0.413 : w : THR OG1 A0586 <- 5.69 -> DG N2 C0008 : score 2.005 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.76 -> DT O2 B0029 : score 4.41452 : H : ARG NH2 A0615 <- 2.91 -> DT O2 B0029 : score 4.26182 : w : ARG NH1 A0615 <- 5.90 -> DC O2 C0005 : score 1.194 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.88 -> DG N3 C0006 : score 3.08 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.25 -> DC O2 B0027 : score 4.228 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.80 -> DT O2 C0007 : score 2.097 : x : TYR xxxx A0587 <- 4.43 -> DC xxx B0027 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0710 <- 4.35 -> DA xxx C0004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.29 -> DA xxx C0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0797 <- 3.70 -> DA xxx C0004 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0829 <- 4.34 -> DG xxx B0028 : score x.xxxxx >1nkc_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=A BACILLUS DNA POLYMERASE I PRODUCT COMPLEX BOUND TO A GUANINE- THYMINE MISMATCH AFTER FIVE ROUNDS OF PRIMER EXTENSION, FOLLOWING INCORPORATION OF DCTP, DGTP, DTTP, AND DATP. organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 3.00 -> DG N3 B0013 : score 1.63446 : w : LYS NZ A0582 <- 5.92 -> DC O2 B0012 : score 1.398 : w : LYS NZ A0582 <- 5.82 -> DG N3 C0031 : score 1.798 : w : THR OG1 A0586 <- 5.58 -> DG N3 C0031 : score 2.005 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.86 -> DC O2 B0016 : score 3.648 : H : ARG NH2 A0615 <- 3.24 -> DC O2 B0016 : score 3.27735 : w : ARG NH1 A0615 <- 5.54 -> DT O2 C0028 : score 1.824 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.83 -> DA N3 C0029 : score 1.912 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.05 -> DT O2 B0014 : score 4.65256 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.66 -> DC O2 C0030 : score 1.833 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.77 -> DA N3 B0015 : score 3.29 : x : TYR xxxx A0587 <- 4.43 -> DT xxx B0014 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.38 -> DG xxx C0027 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0797 <- 3.42 -> DG xxx C0027 : score x.xxxxx >1nke_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=A BACILLUS DNA POLYMERASE I PRODUCT COMPLEX BOUND TO A CYTOSINE- THYMINE MISMATCH AFTER A SINGLE ROUND OF PRIMER EXTENSION, FOLLOWING INCORPORATION OF DCTP. organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.95 -> DG N3 B0026 : score 1.65149 : w : LYS NZ A0582 <- 6.10 -> DA N3 B0025 : score 1.7 : w : LYS NZ A0582 <- 5.53 -> DT O2 C0010 : score 0.459 : w : THR OG1 A0586 <- 5.30 -> DT O2 C0010 : score 2.745 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.88 -> DC O2 B0029 : score 3.63323 A : H : ARG NH2 A0615 <- 3.24 -> DC O2 B0029 : score 3.27735 A : w : ASN ND2 A0622 <- 5.92 -> DG N3 C0008 : score 3.08 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.03 -> DC O2 B0027 : score 4.43243 : w : ASN ND2 A0625 <- 6.31 -> DC O2 C0009 : score 1.833 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.72 -> DC O2 B0028 : score 3.211 : x : TYR xxxx A0587 <- 4.38 -> DC xxx B0027 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.20 -> DG xxx C0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0797 <- 3.75 -> DG xxx C0006 : score x.xxxxx >1nkp_A:HLH,_helix-loop-helix_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF MYC-MAX RECOGNIZING DNA organism=HOMO SAPIENS : H : HIS NE2 A0906 <- 3.05 -> DG O6 G0313 : score 7.56833 : H : GLU OE1 A0910 <- 2.95 -> DC N4 F0108 : score 5.59367 : w : GLU OE1 A0910 <- 5.61 -> DG N7 F0107 : score 1.289 : w : GLU OE2 A0910 <- 5.24 -> DG O6 G0311 : score 2.674 : H : ARG NH2 A0914 <- 2.33 -> DG N7 G0311 : score 7.04368 : w : ARG NE A0914 <- 5.45 -> DG O6 G0311 : score 1.084 : w : ARG NH2 A0914 <- 5.74 -> DG O6 G0311 : score 2.55 : x : LYS xxxx A0902 <- 4.49 -> DT xxx F0105 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0907 <- 3.33 -> DT xxx G0312 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0913 <- 3.36 -> DC xxx F0108 : score x.xxxxx >1nkp_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF MYC-MAX RECOGNIZING DNA organism=HOMO SAPIENS : H : HIS NE2 A0906 <- 3.05 -> DG O6 G0313 : score 7.56833 : H : GLU OE1 A0910 <- 2.95 -> DC N4 F0108 : score 5.59367 : w : GLU OE1 A0910 <- 5.61 -> DG N7 F0107 : score 1.289 : H : ARG NH2 A0914 <- 2.33 -> DG N7 G0311 : score 7.04368 : H : HIS NE2 B0207 <- 2.79 -> DG O6 F0113 : score 7.9826 : w : HIS ND1 B0207 <- 5.93 -> DA N7 G0306 : score 2.598 : H : GLU OE1 B0211 <- 3.20 -> DC N4 G0308 : score 5.30533 : w : GLU OE1 B0211 <- 5.35 -> DG N7 G0307 : score 1.289 : w : GLU OE2 B0211 <- 5.39 -> DG O6 F0111 : score 2.674 : w : ARG NH1 B0215 <- 5.79 -> DG O6 F0111 : score 2.757 : x : LYS xxxx A0902 <- 4.49 -> DT xxx F0105 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0907 <- 3.33 -> DT xxx G0312 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0913 <- 3.36 -> DC xxx F0108 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0208 <- 3.36 -> DT xxx F0112 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0214 <- 3.46 -> DC xxx G0308 : score x.xxxxx >1nkp_DE: title=CRYSTAL STRUCTURE OF MYC-MAX RECOGNIZING DNA organism=HOMO SAPIENS : H : HIS NE2 D0506 <- 3.01 -> DG O6 H0613 : score 7.63207 : H : GLU OE1 D0510 <- 3.10 -> DC N4 J0808 : score 5.42067 : w : GLU OE1 D0510 <- 5.87 -> DG N7 J0807 : score 1.289 : w : ARG NH1 D0513 <- 5.76 -> DA N7 J0809 : score 0.357 : H : ARG NH1 D0514 <- 3.12 -> DG N7 H0611 : score 5.7264 : H : HIS NE2 E0707 <- 2.77 -> DG O6 J0813 : score 8.01447 : H : GLU OE1 E0711 <- 3.13 -> DC N4 H0608 : score 5.38607 : w : GLU OE1 E0711 <- 5.45 -> DG N7 H0607 : score 1.289 : w : GLU OE2 E0711 <- 5.35 -> DG O6 J0811 : score 2.674 : H : ARG NH2 E0715 <- 2.52 -> DG N7 J0811 : score 6.79902 : w : ARG NE E0715 <- 5.17 -> DG O6 J0811 : score 1.084 : x : ASN xxxx D0507 <- 3.37 -> DT xxx H0612 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx E0708 <- 3.36 -> DT xxx J0812 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0714 <- 3.59 -> DC xxx H0608 : score x.xxxxx >1nlw_A:HLH,_helix-loop-helix_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF MAD-MAX RECOGNIZING DNA organism=HOMO SAPIENS : H : HIS NE2 A0006 <- 2.89 -> DG O6 F0113 : score 7.82327 : H : GLU OE1 A0010 <- 2.69 -> DC N4 G0308 : score 5.89353 : w : GLU OE2 A0010 <- 5.98 -> DG O6 F0111 : score 2.674 : x : ASN xxxx A0007 <- 3.18 -> DT xxx F0112 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0013 <- 3.50 -> DC xxx G0308 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0014 <- 3.83 -> DC xxx F0110 : score x.xxxxx >1nlw_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF MAD-MAX RECOGNIZING DNA organism=HOMO SAPIENS : H : HIS NE2 A0006 <- 2.89 -> DG O6 F0113 : score 7.82327 : H : GLU OE1 A0010 <- 2.69 -> DC N4 G0308 : score 5.89353 : w : GLU OE2 A0010 <- 5.98 -> DG O6 F0111 : score 2.674 : w : GLU OE1 B0211 <- 5.35 -> DG N7 F0107 : score 1.289 : H : ARG NH2 B0215 <- 2.45 -> DG N7 G0311 : score 6.88915 : x : ASN xxxx A0007 <- 3.18 -> DT xxx F0112 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0013 <- 3.50 -> DC xxx G0308 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0014 <- 3.83 -> DC xxx F0110 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0203 <- 4.25 -> DT xxx F0105 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0207 <- 2.95 -> DG xxx G0313 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0208 <- 3.60 -> DT xxx G0312 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0214 <- 3.48 -> DG xxx F0107 : score x.xxxxx >1nlw_DE: title=CRYSTAL STRUCTURE OF MAD-MAX RECOGNIZING DNA organism=HOMO SAPIENS : H : HIS NE2 D0506 <- 3.30 -> DG O6 J0807 : score 7.17 : H : GLU OE1 D0510 <- 3.26 -> DC N4 J0808 : score 5.23613 : w : GLU OE2 D0510 <- 5.63 -> DG O6 H0611 : score 2.674 : w : ARG NH1 D0514 <- 5.49 -> DG O6 H0611 : score 2.757 : H : HIS NE2 E0707 <- 3.34 -> DG O6 H0607 : score 7.10627 : H : ARG NH2 E0715 <- 3.36 -> DG N7 J0811 : score 5.71735 : x : ASN xxxx D0507 <- 3.58 -> DT xxx H0612 : score x.xxxxx : x : MET xxxx D0509 <- 4.49 -> DT xxx J0805 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0513 <- 3.64 -> DC xxx J0808 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx E0708 <- 3.62 -> DT xxx J0812 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx E0711 <- 3.04 -> DC xxx H0608 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0714 <- 3.53 -> DC xxx H0608 : score x.xxxxx >1nne_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTS-ADPBEF3-DNA COMPLEX organism=THERMUS AQUATICUS : x : PHE xxxx A0039 <- 3.52 -> DG xxx C1914 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B1472 <- 4.43 -> DA xxx C1909 : score x.xxxxx >1nne_B:DNA_repair_protein_MutS,_domain_III;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE MUTS-ADPBEF3-DNA COMPLEX organism=? : x : ASP xxxx B1472 <- 4.43 -> DA xxx C1909 : score x.xxxxx >1nnj_A:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE COMPLEX BETWEEN THE LACTOCOCCUS LACTIS FPG AND AN ABASIC SITE CONTAINING DNA organism=Lactococcus lactis : H : ARG NH1 A0074 <- 2.91 -> DT O2 D0008 : score 4.28314 : H : ARG NH1 A0074 <- 2.91 -> DT O2 D0008 : score 4.28314 : w : ARG NH1 A0074 <- 6.02 -> DA N3 E0022 : score 2.497 : w : GLU OE2 A0076 <- 5.83 -> DT O2 D0006 : score 2.251 : H : ARG NE A0109 <- 2.86 -> DC O2 E0023 : score 2.81707 : H : ARG NH2 A0109 <- 3.01 -> DC N3 E0023 : score 2.43553 : w : ARG NH1 A0109 <- 6.18 -> DT O2 D0006 : score 1.824 : x : MET xxxx A0075 <- 3.50 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0111 <- 3.39 -> DA xxx E0022 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0260 <- 3.41 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >1nvp_AC: title=HUMAN TFIIA/TBP/DNA COMPLEX organism=HOMO SAPIENS : H : ASN ND2 A0167 <- 2.95 -> DT O2 F0005 : score 4.75051 : H : ASN ND2 A0167 <- 3.04 -> DT O2 F0006 : score 4.66236 : H : ASN ND2 A0257 <- 3.16 -> DA N3 E0012 : score 3.44074 : H : ASN ND2 A0257 <- 3.20 -> DA N3 E0013 : score 3.41108 : H : THR OG1 A0313 <- 2.78 -> DA N3 E0012 : score 2.16761 : x : VAL xxxx A0169 <- 3.56 -> DA xxx E0014 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0197 <- 3.36 -> DT xxx F0003 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0212 <- 3.50 -> DT xxx F0003 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0214 <- 3.66 -> DA xxx E0015 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0220 <- 3.51 -> DA xxx E0014 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0222 <- 3.63 -> DT xxx F0004 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0259 <- 3.56 -> DT xxx F0006 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0288 <- 3.11 -> DA xxx E0010 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0289 <- 3.40 -> DA xxx F0009 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0303 <- 3.58 -> DA xxx E0010 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0305 <- 3.27 -> DT xxx F0008 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0311 <- 3.42 -> DA xxx F0007 : score x.xxxxx >1nwq_A:Leucine_zipper_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF C/EBPALPHA-DNA COMPLEX organism=Rattus norvegicus : H : ASN OD1 A0292 <- 3.37 -> DA N6 D0003 : score 5.24671 : H : ARG NH2 A0300 <- 2.70 -> DG O6 D0001 : score 6.76338 : w : ARG NH2 A0300 <- 5.66 -> DG N7 B-002 : score 1.931 : V : VAL CG2 A0296 <- 3.85 -> DT C7 B-004 : score 6.1701 : x : ARG xxxx A0289 <- 2.90 -> DC xxx D0002 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0293 <- 4.20 -> DC xxx D0002 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0295 <- 4.33 -> DA xxx B-005 : score x.xxxxx >1nwq_AC:Leucine_zipper_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF C/EBPALPHA-DNA COMPLEX organism=Rattus norvegicus : H : ASN OD1 A0292 <- 3.37 -> DA N6 D0003 : score 5.24671 : H : ARG NH2 A0300 <- 2.70 -> DG O6 D0001 : score 6.76338 : w : ARG NH2 A0300 <- 5.66 -> DG N7 B-002 : score 1.931 : H : ARG NH1 C0289 <- 3.03 -> DA N7 B0003 : score 2.52198 : H : ASN OD1 C0292 <- 2.98 -> DA N6 B0003 : score 5.70861 : H : ASN ND2 C0292 <- 3.10 -> DT O4 D-004 : score 4.93982 : H : ARG NH1 C0300 <- 2.97 -> DG O6 B0001 : score 5.9409 : H : ARG NH2 C0300 <- 2.83 -> DG O6 D-002 : score 6.59098 : H : ARG NH2 C0300 <- 3.15 -> DG O6 B0001 : score 6.16662 : V : VAL CG2 A0296 <- 3.85 -> DT C7 B-004 : score 6.1701 : x : ARG xxxx A0289 <- 2.90 -> DC xxx D0002 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0293 <- 4.20 -> DC xxx D0002 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0295 <- 4.33 -> DA xxx B-005 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx C0295 <- 3.99 -> DA xxx D-005 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx C0296 <- 2.94 -> DT xxx D-003 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0299 <- 4.35 -> DT xxx D-004 : score x.xxxxx >1nzb_AB:DNA_breaking-rejoining_enzymes;lambda_integrase-like,_N-terminal_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF WILD TYPE CRE RECOMBINASE-LOXP SYNAPSE organism=Enterobacteria phage P1 : H : LYS NZ A0086 <- 2.99 -> DG O6 D0115 : score 5.56727 : H : ARG NE A0259 <- 2.68 -> DG O6 C0128 : score 3.97653 : H : ARG NH2 A0259 <- 2.59 -> DG N7 C0128 : score 6.70888 : H : LYS NZ B0201 <- 3.06 -> DT O2 D0123 : score 3.52583 : H : LYS NZ B0244 <- 3.17 -> DT O2 D0135 : score 3.44401 : H : ARG NE B0259 <- 2.36 -> DG O6 D0128 : score 4.22507 : H : ARG NH2 B0259 <- 3.23 -> DG N7 D0128 : score 5.88475 : H : ARG NH2 B0282 <- 2.68 -> DA N3 C0112 : score 3.55512 : V : MET CE B0044 <- 3.67 -> DT C7 C0111 : score 7.08772 : V : GLN CG B0090 <- 3.90 -> DT C7 C0113 : score 3.148 : V : ASN CG B0317 <- 3.63 -> DT C7 C0118 : score 2.98315 : V : GLN CG A0090 <- 3.80 -> DT C7 D0113 : score 3.22872 : V : HIS CG B0040 <- 3.64 -> DT C7 D0125 : score 3.0944 : x : HIS xxxx A0040 <- 3.54 -> DT xxx C0125 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0041 <- 3.22 -> DT xxx C0123 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0044 <- 3.50 -> DA xxx C0124 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0047 <- 3.87 -> DT xxx D0111 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0087 <- 3.44 -> DT xxx D0113 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0241 <- 4.20 -> DA xxx D0105 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0244 <- 2.81 -> DT xxx D0103 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0257 <- 3.87 -> DT xxx D0108 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0262 <- 3.39 -> DC xxx C0127 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0282 <- 2.69 -> DA xxx D0112 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0317 <- 3.27 -> DA xxx D0117 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0041 <- 3.84 -> DT xxx D0123 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0043 <- 3.52 -> DT xxx D0125 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0047 <- 3.83 -> DT xxx C0111 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0086 <- 3.33 -> DA xxx C0114 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0087 <- 3.27 -> DT xxx C0113 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0094 <- 3.79 -> DT xxx D0123 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0241 <- 4.33 -> DA xxx C0105 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0257 <- 3.75 -> DT xxx C0108 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx B0262 <- 3.56 -> DA xxx D0126 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0319 <- 4.27 -> DT xxx C0118 : score x.xxxxx >1nzb_B:DNA_breaking-rejoining_enzymes;lambda_integrase-like,_N-terminal_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF WILD TYPE CRE RECOMBINASE-LOXP SYNAPSE organism=Enterobacteria phage P1 : H : LYS NZ B0201 <- 3.06 -> DT O2 D0123 : score 3.52583 : H : LYS NZ B0244 <- 3.17 -> DT O2 D0135 : score 3.44401 : H : ARG NE B0259 <- 2.36 -> DG O6 D0128 : score 4.22507 : H : ARG NH2 B0259 <- 3.23 -> DG N7 D0128 : score 5.88475 : H : ARG NH2 B0282 <- 2.68 -> DA N3 C0112 : score 3.55512 : V : MET CE B0044 <- 3.67 -> DT C7 C0111 : score 7.08772 : V : GLN CG B0090 <- 3.90 -> DT C7 C0113 : score 3.148 : V : ASN CG B0317 <- 3.63 -> DT C7 C0118 : score 2.98315 : V : HIS CG B0040 <- 3.64 -> DT C7 D0125 : score 3.0944 : x : THR xxxx B0041 <- 3.84 -> DT xxx D0123 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0043 <- 3.52 -> DT xxx D0125 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0047 <- 3.83 -> DT xxx C0111 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0086 <- 3.33 -> DA xxx C0114 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0087 <- 3.27 -> DT xxx C0113 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0094 <- 3.79 -> DT xxx D0123 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0241 <- 4.33 -> DA xxx C0105 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0257 <- 3.75 -> DT xxx C0108 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx B0262 <- 3.56 -> DA xxx D0126 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0319 <- 4.27 -> DT xxx C0118 : score x.xxxxx >1o3q_A:cAMP-binding_domain-like;"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=PROTEIN-DNA RECOGNITION AND DNA DEFORMATION REVEALED IN CRYSTAL STRUCTURES OF CAP-DNA COMPLEXES organism=Escherichia coli : H : ARG NH1 A0180 <- 3.03 -> DG N7 B0005 : score 5.83652 : H : ARG NH2 A0185 <- 3.16 -> DG O6 B0007 : score 6.15335 : H : ARG NH2 A0185 <- 2.68 -> DT O4 C0008 : score 3.72185 : V : GLU CB A0181 <- 3.82 -> DT C7 C0008 : score 2.00429 : x : SER xxxx A0179 <- 3.64 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0182 <- 4.46 -> DA xxx C0009 : score x.xxxxx >1o3r_A:cAMP-binding_domain-like;"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=PROTEIN-DNA RECOGNITION AND DNA DEFORMATION REVEALED IN CRYSTAL STRUCTURES OF CAP-DNA COMPLEXES organism=Escherichia coli : H : ARG NH1 A0180 <- 2.78 -> DG N7 B0005 : score 6.14242 : H : ARG NH2 A0180 <- 2.84 -> DG O6 B0005 : score 6.57772 : H : GLU OE1 A0181 <- 2.80 -> DC N4 C0007 : score 5.76667 : H : ARG NH1 A0185 <- 3.18 -> DT O4 C0008 : score 2.87862 : H : ARG NH2 A0185 <- 3.07 -> DG O6 B0007 : score 6.27271 : H : ARG NH2 A0185 <- 3.29 -> DT O4 C0008 : score 3.27842 : x : SER xxxx A0179 <- 4.06 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0201 <- 3.90 -> DT xxx C0001 : score x.xxxxx >1o3s_A:cAMP-binding_domain-like;"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=PROTEIN-DNA RECOGNITION AND DNA DEFORMATION REVEALED IN CRYSTAL STRUCTURES OF CAP-DNA COMPLEXES organism=Escherichia coli : H : ASP OD1 A0181 <- 2.99 -> DC N4 B0006 : score 5.0764 : H : ARG NH2 A0185 <- 2.68 -> DG O6 B0007 : score 6.78991 : H : ARG NH2 A0185 <- 2.96 -> DT O4 C0008 : score 3.51831 : x : SER xxxx A0179 <- 3.72 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0180 <- 3.30 -> DG xxx B0005 : score x.xxxxx >1o3t_A:cAMP-binding_domain-like;"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=PROTEIN-DNA RECOGNITION AND DNA DEFORMATION REVEALED IN CRYSTAL STRUCTURES OF CAP-DNA COMPLEXES organism=Escherichia coli : H : ARG NH2 A0185 <- 3.37 -> DT O4 D0008 : score 3.22027 : x : GLN xxxx A0170 <- 4.47 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0180 <- 4.06 -> DC xxx D0007 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0181 <- 3.42 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >1o4x_AB: title=TERNARY COMPLEX OF THE DNA BINDING DOMAINS OF THE OCT1 AND SOX2 TRANSCRIPTION FACTORS WITH A 19MER OLIGONUCLEOTIDE FROM THE HOXB1 REGULATORY ELEMENT organism=HOMO SAPIENS : H : THR OG1 A0049 <- 2.98 -> DC N4 D0326 : score 3.69657 : H : THR OG1 A0049 <- 3.17 -> DT O4 C0312 : score 3.63633 : H : ASN ND2 A0154 <- 3.22 -> DA N7 C0317 : score 5.2259 : H : ARG NH2 B0210 <- 2.99 -> DT O2 C0309 : score 4.1921 : H : ASN ND2 B0213 <- 3.26 -> DT O2 C0307 : score 4.44687 : H : ASN ND2 B0235 <- 3.37 -> DA N3 D0334 : score 3.28502 : H : SER OG B0236 <- 3.21 -> DC O2 C0304 : score 2.31854 : H : SER OG B0239 <- 2.68 -> DT O2 C0305 : score 3.77698 : x : SER xxxx A0047 <- 4.01 -> DG xxx D0325 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0048 <- 3.53 -> DA xxx C0311 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0053 <- 3.10 -> DG xxx C0313 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0150 <- 3.80 -> DA xxx C0317 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0157 <- 3.53 -> DC xxx D0320 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0161 <- 4.45 -> DT xxx C0315 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0215 <- 3.56 -> DT xxx C0306 : score x.xxxxx : x : MET xxxx B0216 <- 3.03 -> DA xxx D0333 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0223 <- 3.74 -> DA xxx D0333 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0277 <- 3.16 -> DA xxx D0330 : score x.xxxxx >1oct_C:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;Homeodomain-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE OCT-1 POU DOMAIN BOUND TO AN OCTAMER SITE: DNA RECOGNITION WITH TETHERED DNA-BINDING MODULES organism=? : H : GLN OE1 C0044 <- 3.37 -> DA N6 A0204 : score 5.22967 : H : GLN NE2 C0044 <- 3.16 -> DA N7 A0204 : score 5.62273 : H : THR OG1 C0045 <- 2.93 -> DT O4 A0205 : score 3.82482 : H : THR OG1 C0045 <- 3.22 -> DC N4 B0226 : score 3.51251 : H : ARG NH1 C0049 <- 2.84 -> DG O6 B0225 : score 6.1008 : H : ARG NH2 C0049 <- 3.21 -> DG O6 B0225 : score 6.08705 : H : ARG NH1 C0105 <- 3.23 -> DA N3 A0208 : score 3.33024 : V : VAL CG1 C0147 <- 3.58 -> DT C7 A0211 : score 6.22829 : x : SER xxxx C0043 <- 3.88 -> DG xxx B0225 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0048 <- 3.93 -> DA xxx A0204 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx C0055 <- 4.28 -> DT xxx B0224 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0102 <- 3.69 -> DT xxx B0223 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx C0150 <- 4.34 -> DT xxx B0219 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0151 <- 3.47 -> DA xxx A0210 : score x.xxxxx >1odg_A:Restriction_endonuclease-like; title=VERY-SHORT-PATCH DNA REPAIR ENDONUCLEASE BOUND TO ITS REACTION PRODUCT SITE organism=ESCHERICHIA COLI : V : TRP CB A0068 <- 3.85 -> DT C7 W0001 : score 5.25755 : V : PRO CG A0079 <- 3.69 -> DT C7 F0007 : score 6.45375 : x : PHE xxxx A0067 <- 3.83 -> DT xxx F0007 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0069 <- 3.67 -> DT xxx W0001 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0085 <- 4.27 -> DG xxx F0008 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx A0086 <- 3.22 -> DG xxx F0008 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0089 <- 2.69 -> DG xxx F0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0093 <- 2.85 -> DT xxx W0001 : score x.xxxxx >1oe5_B:Uracil-DNA_glycosylase-like; title=XENOPUS SMUG1, AN ANTI-MUTATOR URACIL-DNA GLYCOSYLASE organism=XENOPUS LAEVIS : x : VAL xxxx B0147 <- 3.86 -> DG xxx E0292 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0151 <- 3.03 -> DG xxx E0292 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0253 <- 3.71 -> DG xxx E0292 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0259 <- 3.17 -> DG xxx E0292 : score x.xxxxx >1oe6_B:Uracil-DNA_glycosylase-like; title=XENOPUS SMUG1, AN ANTI-MUTATOR URACIL-DNA GLYCOSYLASE organism=XENOPUS LAEVIS : x : VAL xxxx B0147 <- 3.68 -> DG xxx E0292 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0151 <- 3.07 -> DG xxx E0292 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0253 <- 3.85 -> DG xxx E0292 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0259 <- 3.08 -> DG xxx E0292 : score x.xxxxx >1oh5_AB:DNA_repair_protein_MutS,_domain_III;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=THE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MUTS BINDING TO DNA WITH A C:A MISMATCH organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH2 A0058 <- 3.12 -> DC O2 E0011 : score 3.3636 : x : ASP xxxx A0035 <- 3.91 -> DA xxx E0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0036 <- 3.16 -> DA xxx F0022 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0038 <- 2.84 -> DA xxx F0022 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0068 <- 3.79 -> DA xxx F0022 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0072 <- 3.55 -> DT xxx F0023 : score x.xxxxx >1oh6_A:DNA_repair_protein_MutS,_domain_III;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=THE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MUTS BINDING TO DNA WITH AN A:A MISMATCH organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH2 A0058 <- 2.95 -> DC O2 E0011 : score 3.48578 : x : MET xxxx A0033 <- 3.23 -> DG xxx E0010 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0035 <- 4.23 -> DA xxx E0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0036 <- 3.30 -> DA xxx F0022 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0038 <- 2.65 -> DA xxx F0022 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0068 <- 3.94 -> DA xxx F0022 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0072 <- 3.37 -> DT xxx F0023 : score x.xxxxx >1oh6_AB:DNA_repair_protein_MutS,_domain_III;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=THE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MUTS BINDING TO DNA WITH AN A:A MISMATCH organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH2 A0058 <- 2.95 -> DC O2 E0011 : score 3.48578 : x : MET xxxx A0033 <- 3.23 -> DG xxx E0010 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0035 <- 4.23 -> DA xxx E0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0036 <- 3.30 -> DA xxx F0022 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0038 <- 2.65 -> DA xxx F0022 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0068 <- 3.94 -> DA xxx F0022 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0072 <- 3.37 -> DT xxx F0023 : score x.xxxxx >1oh7_AB:DNA_repair_protein_MutS,_domain_III;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=THE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MUTS BINDING TO DNA WITH A G:G MISMATCH organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH2 A0058 <- 3.11 -> DC O2 E0011 : score 3.37079 : x : MET xxxx A0033 <- 3.26 -> DG xxx E0010 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0035 <- 4.09 -> DA xxx E0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0036 <- 3.20 -> DG xxx F0022 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0038 <- 2.43 -> DG xxx F0022 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0068 <- 3.40 -> DG xxx F0022 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0072 <- 3.50 -> DT xxx F0023 : score x.xxxxx >1oh8_AB:DNA_repair_protein_MutS,_domain_III;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=THE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MUTS BINDING TO DNA WITH AN UNPAIRED THYMIDINE organism=ESCHERICHIA COLI : H : GLU OE2 A0038 <- 2.80 -> DT N3 F0022 : score 2.6 : H : ARG NH1 A0058 <- 2.65 -> DC O2 F0021 : score 3.80308 : V : PHE CZ A0036 <- 3.82 -> DT C7 F0022 : score 7.09358 : x : MET xxxx A0033 <- 3.39 -> DG xxx E0010 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0035 <- 4.49 -> DG xxx E0009 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0068 <- 4.13 -> DT xxx F0022 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0072 <- 3.79 -> DT xxx F0023 : score x.xxxxx >1orp_A:DNA-glycosylase; title=STRUCTURE OF A TRAPPED ENDONUCLEASE III-DNA COVALENT INTERMEDIATE: ESTRANGED-ADENINE COMPLEX organism=Geobacillus stearothermophilus : x : GLN xxxx A0042 <- 2.91 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0044 <- 4.28 -> DA xxx C0017 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0082 <- 3.42 -> DA xxx B0006 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0085 <- 4.10 -> DC xxx B0005 : score x.xxxxx >1osb_C:Origin_of_replication-binding_domain,_RBD-like; title=CONJUGATIVE RELAXASE TRWC IN COMPLEX WITH ORIT DNA. METAL-FREE STRUCTURE. organism=Escherichia coli : H : ARG NH1 C0075 <- 3.24 -> DA N3 D0005 : score 3.32295 : H : ARG NH1 C0128 <- 3.35 -> DG N7 D0015 : score 5.44497 : H : ARG NH2 C0128 <- 3.05 -> DG O6 D0003 : score 6.29923 : H : ARG NH2 C0128 <- 3.29 -> DG N7 D0015 : score 5.80749 : H : ARG NH2 C0128 <- 2.36 -> DG O6 D0015 : score 7.21428 : H : LYS NZ C0130 <- 2.76 -> DG N7 D0013 : score 5.43674 : H : LYS NZ C0130 <- 2.89 -> DG O6 D0013 : score 5.68301 : x : ALA xxxx C0073 <- 3.49 -> DG xxx D0013 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0081 <- 4.46 -> DC xxx D0016 : score x.xxxxx >1osl_AB: title=SOLUTION STRUCTURE OF A DIMERIC LACTOSE DNA-BINDING DOMAIN COMPLEXED TO A NONSPECIFIC DNA SEQUENCE organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH2 A0022 <- 2.72 -> DA N7 C0003 : score 1.36769 : H : ARG NH2 A0022 <- 2.67 -> DT O4 C0004 : score 3.72912 : H : ARG NH1 A0051 <- 2.87 -> DT O2 D0009 : score 4.31817 : H : ARG NH2 A0051 <- 3.01 -> DT O2 C0011 : score 4.17467 : H : GLN NE2 B0018 <- 2.56 -> DT O4 C0013 : score 5.6592 : H : ARG NH2 B0022 <- 3.20 -> DA N7 D0003 : score 1.23846 : H : LYS NZ B0059 <- 2.73 -> DT O2 C0009 : score 3.7713 : x : TYR xxxx A0007 <- 3.30 -> DT xxx D0011 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0017 <- 3.69 -> DT xxx D0011 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0018 <- 2.86 -> DA xxx C0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0019 <- 3.35 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0021 <- 4.01 -> DT xxx D0013 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0029 <- 3.62 -> DG xxx C0002 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0007 <- 2.86 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0016 <- 4.50 -> DT xxx D0004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0017 <- 4.36 -> DC xxx C0012 : score x.xxxxx >1osl_B:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=SOLUTION STRUCTURE OF A DIMERIC LACTOSE DNA-BINDING DOMAIN COMPLEXED TO A NONSPECIFIC DNA SEQUENCE organism=ESCHERICHIA COLI : H : GLN NE2 B0018 <- 2.56 -> DT O4 C0013 : score 5.6592 : H : ARG NH2 B0022 <- 3.20 -> DA N7 D0003 : score 1.23846 : H : LYS NZ B0059 <- 2.73 -> DT O2 C0009 : score 3.7713 : x : TYR xxxx B0007 <- 2.86 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0016 <- 4.50 -> DT xxx D0004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0017 <- 4.36 -> DC xxx C0012 : score x.xxxxx >1otc_AB:Nucleic_acid-binding_proteins; title=THE O. NOVA TELOMERE END BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH SINGLE STRAND DNA organism=STERKIELLA NOVA : H : TYR OH A0072 <- 2.93 -> DT O4 D0008 : score 3.36654 : H : LYS NZ A0077 <- 3.42 -> DG N7 D0003 : score 4.72478 : H : LYS NZ A0077 <- 3.01 -> DG O6 D0003 : score 5.54412 : H : GLN OE1 A0135 <- 2.58 -> DG N2 D0002 : score 5.7072 : H : GLN NE2 A0135 <- 2.94 -> DG N3 D0002 : score 4.95471 : H : ASP OD2 A0223 <- 2.95 -> DG N2 D0004 : score 5.4606 : H : ASP OD1 A0225 <- 2.67 -> DG N2 D0003 : score 5.48252 : H : ARG NE A0274 <- 2.96 -> DG O6 D0004 : score 3.75907 : H : ARG NH2 A0274 <- 3.20 -> DG O6 D0004 : score 6.10031 : H : GLU OE2 B0045 <- 2.70 -> DG N2 D0009 : score 4.22908 : V : TYR CZ B0134 <- 3.55 -> DT C7 D0006 : score 5.79308 : x : ASP xxxx A0060 <- 3.95 -> DG xxx D0003 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0062 <- 3.34 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0063 <- 3.35 -> DG xxx D0011 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0065 <- 3.34 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0066 <- 3.79 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0107 <- 3.35 -> DG xxx D0012 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0112 <- 3.66 -> DG xxx D0011 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0114 <- 3.88 -> DG xxx D0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0128 <- 3.60 -> DG xxx D0002 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0130 <- 3.43 -> DG xxx D0002 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0237 <- 4.28 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0239 <- 3.27 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0240 <- 3.55 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0258 <- 4.24 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0260 <- 3.82 -> DG xxx D0011 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0261 <- 4.12 -> DG xxx D0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0272 <- 3.78 -> DG xxx D0003 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0275 <- 3.52 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0291 <- 3.77 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0292 <- 3.38 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0293 <- 3.01 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0044 <- 4.29 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0048 <- 4.28 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0049 <- 3.22 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0051 <- 3.32 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0058 <- 4.11 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0106 <- 4.09 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0109 <- 3.06 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0140 <- 3.25 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0145 <- 3.17 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx >1owr_P:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN NFAT1 BOUND MONOMERICALLY TO DNA organism=Homo sapiens : H : ARG NH1 P0421 <- 3.17 -> DG N7 E4007 : score 5.66522 : H : ARG NH2 P0421 <- 2.78 -> DG O6 E4007 : score 6.65729 : H : GLU OE1 P0427 <- 3.22 -> DC N4 F5011 : score 5.28227 : H : ARG NH1 P0430 <- 3.20 -> DG N7 E4006 : score 5.62851 : H : ARG NH2 P0430 <- 2.92 -> DG O6 E4006 : score 6.47163 : H : GLN OE1 P0571 <- 3.22 -> DA N6 E4008 : score 5.40675 : x : TYR xxxx P0424 <- 3.07 -> DT xxx F5010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx P0426 <- 4.11 -> DT xxx F5010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx P0537 <- 3.78 -> DT xxx F5006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx P0572 <- 3.47 -> DT xxx F5008 : score x.xxxxx >1ozj_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF SMAD3-MH1 BOUND TO DNA AT 2.4 A RESOLUTION organism=Homo sapiens : H : ARG NH1 A0074 <- 2.85 -> DG N7 D2005 : score 6.05677 : H : ARG NH2 A0074 <- 2.70 -> DG O6 D2005 : score 6.76338 : H : GLN OE1 A0076 <- 2.99 -> DA N6 C1008 : score 5.67827 : w : GLN NE2 A0076 <- 5.52 -> DT O4 D2008 : score 1.944 : H : LYS NZ A0081 <- 3.15 -> DA N7 C1008 : score 2.79238 : H : LYS NZ A0081 <- 2.90 -> DG O6 C1009 : score 5.67144 : H : ARG NH1 B0074 <- 3.14 -> DG N7 C1004 : score 5.70193 : H : ARG NH2 B0074 <- 2.76 -> DG O6 C1004 : score 6.68382 : H : GLN OE1 B0076 <- 3.05 -> DA N6 D2009 : score 5.60744 : H : LYS NZ B0081 <- 2.93 -> DA N7 D2009 : score 2.9245 : H : LYS NZ B0081 <- 3.00 -> DG O6 D2010 : score 5.55569 : x : HIS xxxx A0079 <- 4.40 -> DT xxx C1007 : score x.xxxxx >1ozj_B:SMAD_MH1_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF SMAD3-MH1 BOUND TO DNA AT 2.4 A RESOLUTION organism=Homo sapiens : H : ARG NH1 B0074 <- 3.14 -> DG N7 C1004 : score 5.70193 : H : ARG NH2 B0074 <- 2.76 -> DG O6 C1004 : score 6.68382 : H : GLN OE1 B0076 <- 3.05 -> DA N6 D2009 : score 5.60744 : H : LYS NZ B0081 <- 2.93 -> DA N7 D2009 : score 2.9245 : H : LYS NZ B0081 <- 3.00 -> DG O6 D2010 : score 5.55569 >1p34_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF NUCLEOSOME CORE PARTICLES CONTAINING HISTONE 'SIN' MUTANTS organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 A0440 <- 2.86 -> DA N3 J0229 : score 3.43013 : H : ARG NH1 E0640 <- 3.31 -> DA N3 I0082 : score 3.27194 : x : HIS xxxx A0439 <- 4.30 -> DA xxx J0151 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0465 <- 3.38 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0045 <- 4.43 -> DT xxx J0226 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx E0641 <- 4.40 -> DT xxx I0006 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0665 <- 4.01 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0683 <- 4.38 -> DC xxx J0196 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx F0232 <- 4.16 -> DT xxx J0208 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0245 <- 4.48 -> DG xxx J0214 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H1430 <- 3.85 -> DG xxx I0121 : score x.xxxxx >1p3a_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF NUCLEOSOME CORE PARTICLES CONTAINING HISTONE 'SIN' MUTANTS organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 A0440 <- 2.77 -> DA N3 J0229 : score 3.49263 : H : ARG NH2 E0640 <- 2.72 -> DA N3 I0082 : score 3.52734 : x : HIS xxxx A0439 <- 4.32 -> DA xxx J0151 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0465 <- 3.62 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0483 <- 4.01 -> DC xxx I0050 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0045 <- 4.14 -> DT xxx J0226 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0842 <- 4.25 -> DA xxx J0257 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx E0639 <- 4.42 -> DA xxx I0005 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0665 <- 3.35 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0683 <- 4.25 -> DC xxx J0196 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx F0232 <- 4.42 -> DT xxx J0208 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0245 <- 4.38 -> DC xxx I0079 : score x.xxxxx >1p3b_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF NUCLEOSOME CORE PARTICLES CONTAINING HISTONE 'SIN' MUTANTS organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 A0440 <- 2.69 -> DA N3 J0229 : score 3.54817 : H : ARG NH1 E0640 <- 3.36 -> DA N3 I0082 : score 3.23551 : x : HIS xxxx A0439 <- 4.45 -> DA xxx J0151 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0465 <- 3.35 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0483 <- 4.26 -> DA xxx J0245 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0877 <- 4.36 -> DG xxx J0277 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0665 <- 4.09 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0683 <- 4.10 -> DA xxx I0099 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx F0232 <- 4.25 -> DT xxx J0208 : score x.xxxxx >1p3b_F:Histone-fold; title=CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF NUCLEOSOME CORE PARTICLES CONTAINING HISTONE 'SIN' MUTANTS organism=XENOPUS LAEVIS : x : PRO xxxx F0232 <- 4.25 -> DT xxx J0208 : score x.xxxxx >1p3f_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF NUCLEOSOME CORE PARTICLES CONTAINING HISTONE 'SIN' MUTANTS organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 A0440 <- 2.83 -> DA N3 J0229 : score 3.45096 : H : ARG NH1 E0640 <- 3.33 -> DA N3 I0082 : score 3.25737 : H : ARG NH2 E0640 <- 3.19 -> DA N3 I0082 : score 3.20099 : x : HIS xxxx A0439 <- 4.17 -> DT xxx I0143 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0465 <- 3.69 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx E0639 <- 4.43 -> DA xxx I0005 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0665 <- 3.86 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx F0232 <- 4.43 -> DT xxx J0208 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H1430 <- 4.25 -> DG xxx I0121 : score x.xxxxx >1p3g_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF NUCLEOSOME CORE PARTICLES CONTAINING HISTONE 'SIN' MUTANTS organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 A0440 <- 2.79 -> DA N3 J0229 : score 3.47874 : H : ARG NH1 E0640 <- 3.35 -> DA N3 I0082 : score 3.24279 : w : ARG NH2 E0640 <- 5.49 -> DA N3 I0083 : score 1.61 : x : TYR xxxx A0441 <- 4.43 -> DT xxx J0152 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0465 <- 3.15 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0483 <- 4.20 -> DC xxx I0050 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0665 <- 4.06 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0683 <- 4.15 -> DC xxx J0196 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx F0232 <- 4.26 -> DT xxx J0208 : score x.xxxxx >1p3i_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF NUCLEOSOME CORE PARTICLES CONTAINING HISTONE 'SIN' MUTANTS organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 A0440 <- 2.61 -> DA N3 J0229 : score 3.60372 : H : ARG NH2 D1230 <- 2.95 -> DG N3 J0267 : score 3.50444 : H : ARG NH1 E0640 <- 3.41 -> DA N3 I0082 : score 3.19907 : x : HIS xxxx A0439 <- 4.37 -> DA xxx J0151 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0465 <- 3.66 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0483 <- 3.84 -> DC xxx I0050 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0842 <- 4.24 -> DA xxx J0257 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx E0641 <- 4.23 -> DT xxx I0006 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0665 <- 4.05 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0683 <- 4.11 -> DC xxx J0196 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx F0232 <- 4.28 -> DT xxx J0208 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H1430 <- 4.44 -> DG xxx I0121 : score x.xxxxx >1p3k_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF NUCLEOSOME CORE PARTICLES CONTAINING HISTONE 'SIN' MUTANTS organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 A0440 <- 2.66 -> DA N3 J0229 : score 3.56901 : H : ARG NH2 E0640 <- 2.97 -> DA N3 I0082 : score 3.35375 : x : LEU xxxx A0465 <- 3.39 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0483 <- 3.89 -> DC xxx I0050 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx E0639 <- 3.86 -> DT xxx J0289 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0665 <- 3.89 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0683 <- 4.33 -> DA xxx I0099 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx F0232 <- 4.02 -> DT xxx J0208 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0235 <- 4.31 -> DG xxx I0081 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0245 <- 4.02 -> DG xxx J0214 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx G1042 <- 4.48 -> DT xxx J0183 : score x.xxxxx >1p3k_G:Histone-fold; title=CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF NUCLEOSOME CORE PARTICLES CONTAINING HISTONE 'SIN' MUTANTS organism=? : x : ARG xxxx G1042 <- 4.48 -> DT xxx J0183 : score x.xxxxx >1p3l_A:Histone-fold; title=CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF NUCLEOSOME CORE PARTICLES CONTAINING HISTONE 'SIN' MUTANTS organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 A0440 <- 2.56 -> DA N3 J0229 : score 3.63844 : x : LEU xxxx A0465 <- 3.80 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0483 <- 4.20 -> DC xxx I0050 : score x.xxxxx >1p3l_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF NUCLEOSOME CORE PARTICLES CONTAINING HISTONE 'SIN' MUTANTS organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 A0440 <- 2.56 -> DA N3 J0229 : score 3.63844 : H : ARG NH1 E0640 <- 2.97 -> DA N3 I0082 : score 3.51971 : w : ARG NH2 F0245 <- 5.81 -> DG N3 J0214 : score 1.084 : x : LEU xxxx A0465 <- 3.80 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0483 <- 4.20 -> DC xxx I0050 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0665 <- 4.32 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0683 <- 4.18 -> DC xxx J0196 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx F0232 <- 4.35 -> DT xxx J0208 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H1430 <- 4.18 -> DG xxx I0121 : score x.xxxxx >1p3m_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF NUCLEOSOME CORE PARTICLES CONTAINING HISTONE 'SIN' MUTANTS organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 A0440 <- 2.77 -> DA N3 J0229 : score 3.49263 : H : ARG NH2 E0640 <- 2.97 -> DA N3 I0082 : score 3.35375 : x : TYR xxxx A0441 <- 4.47 -> DT xxx J0152 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0465 <- 3.31 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0483 <- 4.29 -> DC xxx I0050 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0045 <- 4.35 -> DG xxx J0227 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0842 <- 4.03 -> DA xxx J0257 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0877 <- 4.16 -> DG xxx J0277 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx E0639 <- 4.14 -> DT xxx J0289 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0665 <- 4.41 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0683 <- 4.26 -> DA xxx I0099 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx F0232 <- 4.40 -> DT xxx J0208 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0245 <- 4.16 -> DT xxx I0080 : score x.xxxxx >1p3o_A:Histone-fold; title=CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF NUCLEOSOME CORE PARTICLES CONTAINING HISTONE 'SIN' MUTANTS organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 A0440 <- 2.67 -> DA N3 J0229 : score 3.56206 : x : TYR xxxx A0441 <- 4.43 -> DT xxx J0152 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0465 <- 3.30 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0483 <- 4.09 -> DC xxx I0050 : score x.xxxxx >1p3o_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF NUCLEOSOME CORE PARTICLES CONTAINING HISTONE 'SIN' MUTANTS organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 A0440 <- 2.67 -> DA N3 J0229 : score 3.56206 : H : ARG NH2 E0640 <- 3.21 -> DA N3 I0082 : score 3.18711 : x : TYR xxxx A0441 <- 4.43 -> DT xxx J0152 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0465 <- 3.30 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0483 <- 4.09 -> DC xxx I0050 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0045 <- 4.18 -> DT xxx J0226 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0877 <- 4.44 -> DG xxx J0277 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0665 <- 4.01 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0683 <- 4.07 -> DC xxx J0196 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx F0232 <- 4.11 -> DT xxx J0208 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0245 <- 3.98 -> DC xxx I0079 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx G1042 <- 4.49 -> DT xxx J0183 : score x.xxxxx >1p3p_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF NUCLEOSOME CORE PARTICLES CONTAINING HISTONE 'SIN' MUTANTS organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 A0440 <- 2.73 -> DA N3 J0229 : score 3.5204 : H : ARG NH1 E0640 <- 3.28 -> DA N3 I0082 : score 3.29381 : H : ARG NH2 E0640 <- 3.33 -> DA N3 I0082 : score 3.10378 : w : ARG NH2 E0640 <- 5.81 -> DA N3 I0083 : score 1.61 : x : TYR xxxx A0441 <- 4.44 -> DT xxx J0152 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0465 <- 3.29 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0483 <- 4.16 -> DC xxx I0050 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0045 <- 4.33 -> DT xxx J0226 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0877 <- 4.50 -> DG xxx J0277 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx E0641 <- 4.38 -> DT xxx I0006 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0665 <- 3.97 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0683 <- 4.01 -> DC xxx J0196 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx F0232 <- 4.40 -> DT xxx J0208 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0245 <- 4.44 -> DC xxx I0079 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H1430 <- 4.15 -> DG xxx I0121 : score x.xxxxx >1p3p_H:Histone-fold; title=CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF NUCLEOSOME CORE PARTICLES CONTAINING HISTONE 'SIN' MUTANTS organism=? : x : ARG xxxx H1430 <- 4.15 -> DG xxx I0121 : score x.xxxxx >1p47_A:beta-beta-alpha_zinc_fingers; title=CRYSTAL STRUCTURE OF TANDEM ZIF268 MOLECULES COMPLEXED TO DNA organism=Mus musculus : H : ARG NH1 A0118 <- 3.22 -> DG N7 C0012 : score 5.60404 : H : ARG NH2 A0118 <- 2.71 -> DG O6 C0012 : score 6.75012 : H : ASP OD2 A0120 <- 2.49 -> DC N4 D0052 : score 6.54764 : w : ASP OD1 A0120 <- 5.99 -> DG O6 D0051 : score 3.293 : H : ARG NH1 A0124 <- 2.85 -> DG O6 C0010 : score 6.0885 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.99 -> DG N7 C0010 : score 6.1938 : w : ARG NH1 A0124 <- 5.42 -> DG O6 D0054 : score 2.757 : H : ARG NH1 A0146 <- 2.79 -> DG N7 C0009 : score 6.13018 : H : ARG NH2 A0146 <- 2.81 -> DG O6 C0009 : score 6.61751 : H : ASP OD2 A0148 <- 3.10 -> DC N4 D0055 : score 5.79546 : w : ASP OD2 A0148 <- 6.05 -> DC N4 D0056 : score 3.848 : H : HIS NE2 A0149 <- 2.31 -> DG N7 C0008 : score 7.20035 : H : ARG NH1 A0174 <- 3.06 -> DG N7 C0006 : score 5.79982 : H : ARG NH2 A0174 <- 2.64 -> DG O6 C0006 : score 6.84295 : w : ASP OD1 A0176 <- 5.55 -> DC N4 D0057 : score 2.382 : w : ASP OD2 A0176 <- 6.01 -> DC N4 C0005 : score 3.848 : H : ARG NH1 A0180 <- 2.95 -> DG O6 C0004 : score 5.9655 : H : ARG NH2 A0180 <- 3.01 -> DG N7 C0004 : score 6.16805 : x : GLU xxxx A0121 <- 3.33 -> DC xxx C0011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0152 <- 4.28 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0177 <- 3.33 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx >1p47_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF TANDEM ZIF268 MOLECULES COMPLEXED TO DNA organism=Mus musculus : H : ARG NH1 A0118 <- 3.22 -> DG N7 C0012 : score 5.60404 : H : ARG NH2 A0118 <- 2.71 -> DG O6 C0012 : score 6.75012 : H : ASP OD2 A0120 <- 2.49 -> DC N4 D0052 : score 6.54764 : w : ASP OD1 A0120 <- 5.99 -> DG O6 D0051 : score 3.293 : H : ARG NH1 A0124 <- 2.85 -> DG O6 C0010 : score 6.0885 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.99 -> DG N7 C0010 : score 6.1938 : w : ARG NH1 A0124 <- 5.42 -> DG O6 D0054 : score 2.757 : H : ARG NH1 A0146 <- 2.79 -> DG N7 C0009 : score 6.13018 : H : ARG NH2 A0146 <- 2.81 -> DG O6 C0009 : score 6.61751 : H : ASP OD2 A0148 <- 3.10 -> DC N4 D0055 : score 5.79546 : w : ASP OD2 A0148 <- 6.05 -> DC N4 D0056 : score 3.848 : H : HIS NE2 A0149 <- 2.31 -> DG N7 C0008 : score 7.20035 : H : ARG NH1 A0174 <- 3.06 -> DG N7 C0006 : score 5.79982 : H : ARG NH2 A0174 <- 2.64 -> DG O6 C0006 : score 6.84295 : w : ASP OD1 A0176 <- 5.55 -> DC N4 D0057 : score 2.382 : w : ASP OD2 A0176 <- 6.01 -> DC N4 C0005 : score 3.848 : H : ARG NH1 A0180 <- 2.95 -> DG O6 C0004 : score 5.9655 : H : ARG NH2 A0180 <- 3.01 -> DG N7 C0004 : score 6.16805 : H : ARG NH1 B0118 <- 2.91 -> DG N7 C0021 : score 5.98335 : H : ARG NH2 B0118 <- 2.84 -> DG O6 C0021 : score 6.57772 : H : ASP OD2 B0120 <- 3.07 -> DA N6 D0043 : score 3.6045 : H : ARG NH1 B0124 <- 2.71 -> DG O6 C0019 : score 6.2607 : H : ARG NH2 B0124 <- 2.73 -> DG N7 C0019 : score 6.5286 : H : ARG NH1 B0146 <- 2.95 -> DG N7 C0018 : score 5.93441 : H : ARG NH2 B0146 <- 2.71 -> DG O6 C0018 : score 6.75012 : H : ASP OD2 B0148 <- 2.78 -> DC N4 D0046 : score 6.19005 : H : HIS NE2 B0149 <- 2.72 -> DG N7 C0017 : score 6.66262 : H : ARG NH1 B0174 <- 3.13 -> DG N7 C0015 : score 5.71416 : H : ARG NH2 B0174 <- 3.00 -> DG O6 C0015 : score 6.36554 : H : ASP OD2 B0176 <- 3.16 -> DA N6 D0049 : score 3.53592 : H : ARG NH1 B0180 <- 2.83 -> DG O6 C0013 : score 6.1131 : H : ARG NH2 B0180 <- 2.75 -> DG N7 C0013 : score 6.50285 : w : ARG NH1 B0180 <- 5.47 -> DG O6 D0051 : score 2.757 : x : GLU xxxx A0121 <- 3.33 -> DC xxx C0011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0152 <- 4.28 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0177 <- 3.33 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx B0121 <- 3.82 -> DC xxx C0020 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0147 <- 4.47 -> DG xxx D0045 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0152 <- 4.24 -> DT xxx C0016 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx B0177 <- 3.48 -> DC xxx C0014 : score x.xxxxx >1p51_BCD: title=ANABAENA HU-DNA COCRYSTAL STRUCTURE (AHU6) organism=Anabaena sp. : H : ARG NH2 D0058 <- 3.13 -> DG N3 f0032 : score 3.37437 >1p59_A:DNA-glycosylase; title=STRUCTURE OF A NON-COVALENT ENDONUCLEASE III-DNA COMPLEX organism=Geobacillus stearothermophilus : x : ALA xxxx A0041 <- 4.11 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0042 <- 3.45 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0043 <- 4.48 -> DG xxx B0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0044 <- 4.37 -> DA xxx C0017 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0082 <- 3.47 -> DG xxx B0006 : score x.xxxxx >1p5w_A:ssDNA_viruses; title=THE STRUCTURES OF HOST RANGE CONTROLLING REGIONS OF THE CAPSIDS OF CANINE AND FELINE PARVOVIRUSES AND MUTANTS organism=Canine parvovirus : H : GLN NE2 A0143 <- 3.01 -> DT O4 B0002 : score 5.1732 : H : TYR OH A0244 <- 2.81 -> DC O2 B0005 : score 3.11043 : V : PHE CB A0266 <- 3.56 -> DT C7 B0002 : score 6.1056 : x : PHE xxxx A0141 <- 3.36 -> DT xxx B0002 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0177 <- 3.63 -> DT xxx B0002 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0179 <- 3.45 -> DT xxx B0002 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0182 <- 4.26 -> DC xxx B0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0263 <- 3.04 -> DT xxx B0002 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0267 <- 3.62 -> DA xxx B0003 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0492 <- 4.28 -> DC xxx B0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0493 <- 3.32 -> DA xxx B0003 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0495 <- 3.82 -> DT xxx B0002 : score x.xxxxx >1p71_AB: title=ANABAENA HU-DNA CORCRYSTAL STRUCTURE (TR3) organism=Anabaena sp. : H : ARG NH1 A0058 <- 3.12 -> DG N3 D0014 : score 2.7444 : w : LYS NZ A0064 <- 5.17 -> DG N3 D0017 : score 1.798 : w : ARG NH1 B0058 <- 6.00 -> DA N3 D0009 : score 2.497 : x : ARG xxxx A0061 <- 3.27 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0063 <- 3.27 -> DT xxx D0016 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0071 <- 4.17 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0061 <- 3.20 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0063 <- 3.36 -> DT xxx C0016 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0064 <- 2.78 -> DT xxx C0016 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0071 <- 4.20 -> DG xxx C0014 : score x.xxxxx >1p78_AB: title=ANABAENA HU-DNA COCRYSTAL STRUCTURE (AHU2) organism=Anabaena sp. : H : ARG NH1 A0058 <- 3.25 -> DG N3 D0014 : score 2.66817 : w : ARG NH1 A0058 <- 5.73 -> DA N3 C0009 : score 2.497 : H : LYS NZ A0064 <- 2.83 -> DT O2 D0016 : score 3.69692 : H : ARG NH1 B0058 <- 3.05 -> DG N3 C0014 : score 2.78545 : w : ARG NH1 B0058 <- 5.93 -> DA N3 D0009 : score 2.497 : x : ARG xxxx A0061 <- 3.14 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0063 <- 3.29 -> DT xxx D0016 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0071 <- 4.26 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0061 <- 3.17 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0063 <- 3.43 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0064 <- 3.09 -> DT xxx C0016 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0071 <- 4.04 -> DG xxx C0014 : score x.xxxxx >1p78_B:IHF-like_DNA-binding_proteins; title=ANABAENA HU-DNA COCRYSTAL STRUCTURE (AHU2) organism=Anabaena sp. : H : ARG NH1 B0058 <- 3.05 -> DG N3 C0014 : score 2.78545 : w : ARG NH1 B0058 <- 5.93 -> DA N3 D0009 : score 2.497 : x : ARG xxxx B0061 <- 3.17 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0063 <- 3.43 -> DT xxx D0005 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0064 <- 3.09 -> DT xxx C0016 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0071 <- 4.04 -> DG xxx C0014 : score x.xxxxx >1p7d_B:DNA_breaking-rejoining_enzymes; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE LAMBDA INTEGRASE (RESIDUES 75-356) BOUND TO DNA organism=ENTEROBACTERIA PHAGE LAMBDA : H : LYS NZ B0095 <- 2.75 -> DG O6 F0030 : score 5.84505 : H : ASN ND2 B0099 <- 3.06 -> DA N7 F0028 : score 5.40846 : H : ASN ND2 B0099 <- 3.00 -> DA N7 F0029 : score 5.47692 : H : LYS NZ B0235 <- 2.74 -> DT O2 E0013 : score 3.76386 : H : ARG NH2 B0287 <- 2.60 -> DG N7 F0033 : score 6.696 : H : ARG NH2 B0287 <- 2.74 -> DG O6 F0033 : score 6.71034 : V : LEU CD1 B0142 <- 3.88 -> DT C7 E0011 : score 5.49906 : x : THR xxxx B0096 <- 3.28 -> DA xxx F0028 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0100 <- 3.14 -> DA xxx F0027 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0102 <- 4.30 -> DA xxx E0009 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0103 <- 4.11 -> DT xxx E0011 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0138 <- 4.13 -> DT xxx E0012 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0139 <- 3.86 -> DT xxx E0011 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0286 <- 3.93 -> DT xxx F0032 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0288 <- 3.41 -> DT xxx E0004 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0335 <- 4.49 -> DT xxx F0016 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0341 <- 3.83 -> DT xxx F0014 : score x.xxxxx >1p7h_L:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=STRUCTURE OF NFAT1 BOUND AS A DIMER TO THE HIV-1 LTR KB ELEMENT organism=Homo sapiens : H : ARG NH2 L0421 <- 3.04 -> DG O6 b0005 : score 6.31249 : H : ARG NH1 L0430 <- 2.99 -> DG N7 b0004 : score 5.88547 : H : ARG NH2 L0430 <- 3.04 -> DG O6 b0004 : score 6.31249 : H : GLN OE1 L0571 <- 3.03 -> DA N6 b0006 : score 5.63105 : H : GLN NE2 L0571 <- 2.85 -> DA N7 b0006 : score 5.99838 >1p7h_LN:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=STRUCTURE OF NFAT1 BOUND AS A DIMER TO THE HIV-1 LTR KB ELEMENT organism=Homo sapiens : H : ARG NH2 L0421 <- 3.04 -> DG O6 B0005 : score 6.31249 : H : GLU OE2 L0427 <- 3.06 -> DC N4 A0013 : score 5.21278 : H : ARG NH1 L0430 <- 2.99 -> DG N7 B0004 : score 5.88547 : H : ARG NH2 L0430 <- 3.04 -> DG O6 B0004 : score 6.31249 : H : GLN OE1 L0571 <- 3.03 -> DA N6 B0006 : score 5.63105 : H : GLN NE2 L0571 <- 2.85 -> DA N7 B0006 : score 5.99838 : H : ARG NH2 N0421 <- 3.13 -> DG O6 C0006 : score 6.19314 : H : GLU OE2 N0427 <- 3.07 -> DC N4 D0012 : score 5.20179 : H : ARG NH1 N0430 <- 3.09 -> DG N7 C0005 : score 5.76311 : H : ARG NH2 N0430 <- 3.22 -> DG O6 C0005 : score 6.07378 : H : GLN NE2 N0571 <- 2.85 -> DG N7 C0007 : score 4.16688 : x : TYR xxxx L0424 <- 2.97 -> DT xxx A0012 : score x.xxxxx : x : THR xxxx L0426 <- 4.42 -> DT xxx A0012 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx L0537 <- 3.60 -> DC xxx B0011 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx L0664 <- 3.93 -> DA xxx C0001 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx L0665 <- 4.45 -> DC xxx A0014 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx N0424 <- 3.43 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx N0426 <- 4.30 -> DC xxx D0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx N0537 <- 3.41 -> DT xxx C0012 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx N0664 <- 3.85 -> DA xxx D0015 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx N0665 <- 4.25 -> DG xxx C0005 : score x.xxxxx >1pa6_B:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXYTRICHA NOVA TELOMERE END-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH NONCOGNATE SSDNA GGGGTTTTGAGG organism=STERKIELLA NOVA : w : LYS NZ B0044 <- 5.76 -> DT O4 D0006 : score 1.845 : H : GLU OE2 B0045 <- 2.53 -> DG N2 D0009 : score 4.37005 : w : GLU OE1 B0045 <- 5.95 -> DG O6 D0009 : score 2.387 : w : TYR OH B0134 <- 6.20 -> DT O4 D0006 : score 2.878 : w : TYR OH B0134 <- 5.21 -> DT O4 D0006 : score 2.878 : x : PRO xxxx B0048 <- 4.22 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0049 <- 3.16 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0051 <- 3.40 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0102 <- 3.83 -> DA xxx D0010 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0106 <- 3.91 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0109 <- 4.00 -> DA xxx D0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0140 <- 3.10 -> DA xxx D0010 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0145 <- 3.92 -> DA xxx D0010 : score x.xxxxx >1par_ABCD: title=DNA RECOGNITION BY BETA-SHEETS IN THE ARC REPRESSOR-OPERATOR CRYSTAL STRUCTURE organism=ENTEROBACTERIA PHAGE P22 : H : GLN OE1 A0009 <- 3.14 -> DA N6 F0018 : score 5.50119 : H : GLN NE2 A0009 <- 3.07 -> DA N7 F0018 : score 5.73179 : H : ASN OD1 A0011 <- 3.15 -> DC N4 F0016 : score 3.93342 : H : ARG NH2 A0013 <- 2.67 -> DG O6 E0008 : score 6.80317 : H : GLN OE1 B0009 <- 2.81 -> DA N6 E0007 : score 5.89076 : H : GLN NE2 B0009 <- 3.12 -> DA N7 E0007 : score 5.6712 : H : ASN ND2 B0011 <- 3.38 -> DT O4 F0017 : score 4.64553 : H : ARG NH1 B0013 <- 3.10 -> DA N7 E0004 : score 2.48497 : w : SER OG C0005 <- 5.17 -> DA N7 F0002 : score 2.337 : H : GLN OE1 C0009 <- 3.40 -> DA N6 E0018 : score 5.19426 : H : GLN NE2 C0009 <- 3.15 -> DA N7 E0018 : score 5.63485 : H : ARG NH1 C0013 <- 2.80 -> DG O6 F0008 : score 6.15 : H : GLN OE1 D0009 <- 2.96 -> DA N6 F0007 : score 5.71368 : H : GLN NE2 D0009 <- 2.81 -> DA N7 F0007 : score 6.04686 : H : ASN ND2 D0011 <- 3.20 -> DT O4 E0017 : score 4.83472 : H : ARG NH1 D0013 <- 2.74 -> DG N7 F0004 : score 6.19136 : H : ARG NH1 D0013 <- 2.67 -> DG O6 F0004 : score 6.3099 : H : ARG NH2 D0013 <- 2.89 -> DG O6 F0004 : score 6.51142 : x : MET xxxx A0004 <- 2.62 -> DT xxx E0003 : score x.xxxxx : x : MET xxxx B0004 <- 3.74 -> DC xxx F0014 : score x.xxxxx : x : MET xxxx C0004 <- 3.54 -> DT xxx F0003 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0011 <- 3.12 -> DA xxx F0007 : score x.xxxxx : x : MET xxxx D0004 <- 3.51 -> DT xxx E0015 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0005 <- 3.64 -> DT xxx E0014 : score x.xxxxx >1par_B:Ribbon-helix-helix; title=DNA RECOGNITION BY BETA-SHEETS IN THE ARC REPRESSOR-OPERATOR CRYSTAL STRUCTURE organism=ENTEROBACTERIA PHAGE P22 : H : GLN OE1 B0009 <- 2.81 -> DA N6 E0007 : score 5.89076 : H : GLN NE2 B0009 <- 3.12 -> DA N7 E0007 : score 5.6712 : H : ASN ND2 B0011 <- 3.38 -> DT O4 F0017 : score 4.64553 : H : ARG NH1 B0013 <- 3.10 -> DA N7 E0004 : score 2.48497 : x : MET xxxx B0004 <- 3.74 -> DC xxx F0014 : score x.xxxxx >1per_LR: title=THE COMPLEX BETWEEN PHAGE 434 REPRESSION DNA-BINDING DOMAIN AND OPERATOR SITE OR3: STRUCTURAL DIFFERENCES BETWEEN CONSENSUS AND NON- CONSENSUS HALF-SITES organism=PHAGE 434 : H : GLN NE2 L0028 <- 3.24 -> DA N7 B0004 : score 5.52578 : H : GLN NE2 L0029 <- 2.37 -> DG O6 A0017 : score 6.44221 : H : GLN NE2 L0033 <- 2.82 -> DT O4 A0015 : score 5.3784 : w : GLN NE2 L0033 <- 6.14 -> DA N7 B0006 : score 1.864 : w : LYS NZ L0038 <- 6.07 -> DA N7 B0006 : score 1.7 : w : ARG NH2 L0043 <- 5.02 -> DT O2 A0012 : score 2.047 : H : GLN OE1 R0028 <- 2.70 -> DA N6 A0005 : score 6.02062 : H : GLN NE2 R0029 <- 2.52 -> DG O6 B0016 : score 6.26425 : x : GLN xxxx L0017 <- 4.41 -> DT xxx B0003 : score x.xxxxx : x : THR xxxx L0027 <- 3.75 -> DT xxx A0016 : score x.xxxxx : x : SER xxxx L0030 <- 3.99 -> DT xxx A0015 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx L0032 <- 3.78 -> DC xxx B0005 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx R0017 <- 4.29 -> DT xxx A0004 : score x.xxxxx : x : THR xxxx R0027 <- 3.83 -> DT xxx B0015 : score x.xxxxx : x : SER xxxx R0030 <- 4.28 -> DC xxx B0014 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx R0032 <- 3.82 -> DC xxx A0006 : score x.xxxxx >1ph1_B:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXYTRICHA NOVA TELOMERE END-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH NONCOGNATE SSDNA GGGGTTTTGGGGT organism=STERKIELLA NOVA : H : GLU OE2 B0045 <- 2.65 -> DG N2 D0010 : score 4.27054 : H : LYS NZ B0145 <- 2.90 -> DG N7 D0011 : score 5.28572 : V : TYR CZ B0134 <- 3.81 -> DT C7 D0006 : score 5.43868 : x : LYS xxxx B0044 <- 4.40 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0048 <- 3.99 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0049 <- 3.23 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0051 <- 3.39 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0058 <- 4.45 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0106 <- 3.90 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0109 <- 3.02 -> DG xxx D0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0140 <- 3.26 -> DG xxx D0011 : score x.xxxxx >1ph2_B:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXYTRICHA NOVA TELOMERE END-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH NONCOGNATE SSDNA GGGGTTTTG organism=STERKIELLA NOVA : w : TYR OH B0134 <- 5.88 -> DT O4 D0006 : score 2.878 : w : TYR OH B0134 <- 6.28 -> DT O4 D0006 : score 2.878 : w : ASN ND2 B0137 <- 6.09 -> DT O2 D0008 : score 2.097 : H : LYS NZ B0145 <- 3.12 -> DG N7 D0009 : score 5.0484 : x : GLU xxxx B0045 <- 2.54 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0049 <- 3.41 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0051 <- 3.60 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0058 <- 4.43 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0106 <- 3.84 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0109 <- 3.11 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0140 <- 2.90 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx >1ph3_B:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXYTRICHA NOVA TELOMERE END-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH NONCOGNATE SSDNA GGGGTTTTGGTG organism=STERKIELLA NOVA : H : GLU OE2 B0045 <- 2.87 -> DG N2 D0009 : score 4.08811 : w : TYR OH B0134 <- 5.35 -> DT O4 D0006 : score 2.878 : w : TYR OH B0134 <- 6.21 -> DT O4 D0006 : score 2.878 : H : LYS NZ B0145 <- 2.77 -> DG N7 D0010 : score 5.42595 : x : PRO xxxx B0048 <- 4.19 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0049 <- 3.31 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0051 <- 3.43 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0058 <- 4.27 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0106 <- 3.95 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0109 <- 2.81 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0140 <- 3.29 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx >1ph4_B:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXYTRICHA NOVA TELOMERE END-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH NONCOGNATE SSDNA GGGGTTTTGGCG organism=STERKIELLA NOVA : H : GLU OE2 B0045 <- 2.73 -> DG N2 D0009 : score 4.2042 : w : TYR OH B0134 <- 6.20 -> DT O4 D0006 : score 2.878 : w : TYR OH B0134 <- 5.42 -> DT O4 D0006 : score 2.878 : H : LYS NZ B0145 <- 2.79 -> DG N7 D0010 : score 5.40438 : x : LYS xxxx B0044 <- 4.28 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0048 <- 4.20 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0049 <- 3.24 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0051 <- 3.29 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0058 <- 4.15 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0106 <- 3.88 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0109 <- 2.93 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0140 <- 3.21 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx >1ph5_B:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXYTRICHA NOVA TELOMERE END-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH NONCOGNATE SSDNA GGGGTTTTG(3DR)GG organism=STERKIELLA NOVA : w : LYS NZ B0044 <- 5.80 -> DT O4 D0007 : score 1.845 : H : GLU OE2 B0045 <- 2.79 -> DG N2 D0009 : score 4.15445 : w : GLU OE1 B0045 <- 6.05 -> DG O6 D0009 : score 2.387 : w : TYR OH B0134 <- 5.94 -> DT O4 D0007 : score 2.878 : w : TYR OH B0134 <- 5.53 -> DT O4 D0007 : score 2.878 : x : PRO xxxx B0048 <- 4.32 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0049 <- 3.33 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0051 <- 3.58 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0058 <- 4.17 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0106 <- 3.83 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx >1ph6_B:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXYTRICHA NOVA TELOMERE END-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH NONCOGNATE SSDNA GGGGTTTTGTGG organism=STERKIELLA NOVA : H : GLU OE2 B0045 <- 2.77 -> DG N2 D0009 : score 4.17103 : x : PRO xxxx B0048 <- 4.17 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0049 <- 3.20 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0051 <- 3.38 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0058 <- 4.27 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0106 <- 3.91 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0109 <- 3.48 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0134 <- 3.31 -> DT xxx D0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0140 <- 3.30 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0145 <- 3.41 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx >1ph7_B:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXYTRICHA NOVA TELOMERE END-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH NONCOGNATE SSDNA GGGGTTTTGIGG organism=STERKIELLA NOVA : w : LYS NZ B0044 <- 5.85 -> DT O4 D0007 : score 1.845 : w : LYS NZ B0044 <- 5.65 -> DT O4 D0007 : score 1.845 : H : GLU OE2 B0045 <- 2.66 -> DG N2 D0009 : score 4.26225 : w : GLU OE1 B0045 <- 5.97 -> DG O6 D0009 : score 2.387 : w : TYR OH B0134 <- 6.18 -> DT O4 D0007 : score 2.878 : w : TYR OH B0134 <- 5.72 -> DT O4 D0007 : score 2.878 : x : PRO xxxx B0048 <- 4.26 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0049 <- 3.36 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0051 <- 3.33 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0058 <- 4.18 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0106 <- 3.67 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0109 <- 3.04 -> DI xxx D0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0140 <- 3.32 -> DI xxx D0010 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0145 <- 2.82 -> DI xxx D0010 : score x.xxxxx >1ph8_B:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXYTRICHA NOVA TELOMERE END-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH NONCOGNATE SSDNA GGGGTTTTGCGG organism=STERKIELLA NOVA : w : LYS NZ B0044 <- 5.76 -> DT O4 D0007 : score 1.845 : w : LYS NZ B0044 <- 6.23 -> DT O4 D0007 : score 1.845 : H : GLU OE2 B0045 <- 2.76 -> DG N2 D0009 : score 4.17932 : w : TYR OH B0134 <- 5.37 -> DT O4 D0007 : score 2.878 : w : TYR OH B0134 <- 6.18 -> DT O4 D0007 : score 2.878 : H : LYS NZ B0145 <- 3.24 -> DC O2 D0010 : score 2.7056 : x : PRO xxxx B0048 <- 4.26 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0049 <- 3.45 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0051 <- 3.31 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0058 <- 4.25 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0106 <- 3.72 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0109 <- 3.49 -> DC xxx D0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0140 <- 3.03 -> DC xxx D0010 : score x.xxxxx >1ph9_B:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXYTRICHA NOVA TELOMERE END-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH NONCOGNATE SSDNA GGGGTTTTGAGG organism=STERKIELLA NOVA : H : GLU OE2 B0045 <- 2.71 -> DG N2 D0009 : score 4.22078 : w : GLU OE1 B0045 <- 5.90 -> DG O6 D0009 : score 2.387 : w : TYR OH B0134 <- 5.81 -> DT O4 D0007 : score 2.878 : w : TYR OH B0134 <- 5.55 -> DT O4 D0007 : score 2.878 : x : LYS xxxx B0044 <- 4.34 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0048 <- 4.20 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0049 <- 3.55 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0051 <- 3.46 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0058 <- 4.45 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0102 <- 3.56 -> DA xxx D0010 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0106 <- 3.94 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0109 <- 3.82 -> DA xxx D0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0140 <- 3.13 -> DA xxx D0010 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0145 <- 3.67 -> DA xxx D0010 : score x.xxxxx >1phj_B:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE OXYTRICHA NOVA TELOMERE END-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH NONCOGNATE SSDNA GG(3DR)GTTTTGGGG organism=STERKIELLA NOVA : H : GLU OE2 B0045 <- 2.90 -> DG N2 D0009 : score 4.06323 : H : LYS NZ B0145 <- 2.98 -> DG N7 D0010 : score 5.19942 : x : LYS xxxx B0044 <- 4.44 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0048 <- 4.04 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0049 <- 3.58 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0051 <- 3.63 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0058 <- 4.23 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0106 <- 4.13 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0109 <- 3.14 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0134 <- 3.40 -> DT xxx D0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0140 <- 3.36 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx >1pji_A:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF WILD TYPE LACTOCOCCUS LACTIS FPG COMPLEXED TO A 1,3 PROPANEDIOL CONTAINING DNA organism=Lactococcus lactis subsp. cremoris : H : ARG NH1 A0074 <- 2.93 -> DT O2 D0008 : score 4.26562 : H : ARG NH1 A0074 <- 2.93 -> DT O2 D0008 : score 4.26562 : w : ARG NH1 A0074 <- 5.88 -> DA N3 E0022 : score 2.497 : w : GLU OE2 A0076 <- 5.85 -> DT O2 D0006 : score 2.251 : H : ARG NE A0109 <- 2.93 -> DC O2 E0023 : score 2.77715 : H : ARG NH2 A0109 <- 3.13 -> DC N3 E0023 : score 2.37452 : w : ARG NH1 A0109 <- 6.15 -> DT O2 D0006 : score 1.824 : x : MET xxxx A0075 <- 3.54 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0111 <- 3.40 -> DA xxx E0022 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0260 <- 3.51 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >1pjj_A:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=COMPLEX BETWEEN THE LACTOCOCCUS LACTIS FPG AND AN ABASIC SITE CONTAINING DNA. organism=Lactococcus lactis : H : ARG NH1 A0074 <- 2.83 -> DT O2 D0008 : score 4.35321 : H : ARG NH1 A0074 <- 2.83 -> DT O2 D0008 : score 4.35321 : w : ARG NH2 A0074 <- 6.36 -> DT O2 D0009 : score 2.047 : H : ARG NE A0109 <- 2.90 -> DC O2 E0023 : score 2.79426 : H : ARG NH2 A0109 <- 3.10 -> DC N3 E0023 : score 2.38977 : w : ARG NH2 A0109 <- 6.03 -> DT O4 D0006 : score 2.172 : x : MET xxxx A0075 <- 3.47 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0111 <- 3.44 -> DA xxx E0022 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0260 <- 3.38 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >1pm5_A:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF WILD TYPE LACTOCOCCUS LACTIS FPG COMPLEXED TO A TETRAHYDROFURAN CONTAINING DNA organism=Lactococcus lactis subsp. cremoris : H : ARG NH1 A0074 <- 2.76 -> DT O2 D0008 : score 4.41452 : H : ARG NH1 A0074 <- 2.76 -> DT O2 D0008 : score 4.41452 : w : ARG NH2 A0074 <- 6.17 -> DT O2 D0009 : score 2.047 : w : GLU OE2 A0076 <- 6.15 -> DT O2 D0006 : score 2.251 : H : ARG NE A0109 <- 2.93 -> DC O2 E0023 : score 2.77715 : H : ARG NH2 A0109 <- 3.16 -> DC N3 E0023 : score 2.35926 : w : ARG NH1 A0109 <- 6.43 -> DT O2 D0006 : score 1.824 : w : ARG NH2 A0109 <- 5.85 -> DT O4 D0006 : score 2.172 : x : MET xxxx A0075 <- 3.42 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0111 <- 3.42 -> DC xxx E0023 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0260 <- 3.42 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >1pnr_A:Periplasmic_binding_protein-like_I;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=PURINE REPRESSOR-HYPOXANTHINE-PURF-OPERATOR COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI : H : THR OG1 A0016 <- 3.32 -> DA N7 B0703 : score 2.98667 : H : ARG NH1 A0026 <- 2.59 -> DG O6 B0702 : score 6.4083 : H : ARG NH2 A0026 <- 3.03 -> DG N7 B0702 : score 6.14229 : x : SER xxxx A0014 <- 3.73 -> DG xxx B0702 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0054 <- 3.40 -> DC xxx B0707 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0055 <- 3.01 -> DA xxx B0706 : score x.xxxxx >1pp8_F:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE T. VAGINALIS IBP39 INITIATOR BINDING DOMAIN (IBD) BOUND TO THE ALPHA-SCS INR ELEMENT organism=Trichomonas vaginalis : H : LYS NZ F0025 <- 2.89 -> DT O2 J0012 : score 3.65228 : H : LYS NZ F0025 <- 3.07 -> DG N3 J0013 : score 1.61063 : H : ASN ND2 F0081 <- 2.94 -> DT O4 J0007 : score 5.10798 : x : SER xxxx F0026 <- 4.06 -> DA xxx K0029 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0028 <- 3.42 -> DT xxx K0027 : score x.xxxxx : x : THR xxxx F0082 <- 3.36 -> DT xxx K0032 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx F0085 <- 4.31 -> DT xxx K0032 : score x.xxxxx >1pp8_FMU: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE T. VAGINALIS IBP39 INITIATOR BINDING DOMAIN (IBD) BOUND TO THE ALPHA-SCS INR ELEMENT organism=Trichomonas vaginalis : H : LYS NZ F0025 <- 2.89 -> DT O2 J0012 : score 3.65228 : H : LYS NZ F0025 <- 3.07 -> DG N3 J0013 : score 1.61063 : H : ASN ND2 F0081 <- 2.94 -> DT O4 J0007 : score 5.10798 : H : LYS NZ M0025 <- 3.29 -> DT O2 R0012 : score 3.35475 : H : ASN OD1 M0081 <- 3.07 -> DC N4 Y0033 : score 4.00109 : H : ASN ND2 M0081 <- 3.12 -> DT O4 R0007 : score 4.9188 : H : LYS NZ U0025 <- 2.68 -> DT O2 G0012 : score 3.80849 : H : ARG NH1 U0028 <- 2.72 -> DC O2 T0003 : score 3.75138 : H : ASN ND2 U0081 <- 3.20 -> DT O4 G0007 : score 4.83472 : V : VAL CG1 M0085 <- 3.69 -> DT C7 Y0032 : score 6.06594 : x : SER xxxx U0026 <- 3.85 -> DA xxx E0029 : score x.xxxxx : x : THR xxxx U0082 <- 3.61 -> DT xxx E0032 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx U0085 <- 4.00 -> DT xxx E0032 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx U0086 <- 4.35 -> DT xxx E0031 : score x.xxxxx : x : SER xxxx F0026 <- 4.06 -> DA xxx K0029 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0028 <- 3.42 -> DT xxx K0027 : score x.xxxxx : x : THR xxxx F0082 <- 3.36 -> DT xxx K0032 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx F0085 <- 4.31 -> DT xxx K0032 : score x.xxxxx : x : SER xxxx M0026 <- 4.41 -> DA xxx Y0029 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx M0028 <- 4.19 -> DA xxx R0014 : score x.xxxxx : x : THR xxxx M0082 <- 3.37 -> DT xxx Y0032 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx M0084 <- 4.02 -> DT xxx R0005 : score x.xxxxx >1pue_E:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=PU.1 ETS DOMAIN-DNA COMPLEX organism=Mus musculus : w : GLU OE1 E0228 <- 5.61 -> DC N4 B0026 : score 3.596 : w : GLU OE2 E0228 <- 6.54 -> DG O6 A0007 : score 2.674 : H : ARG NH1 E0232 <- 2.56 -> DG O6 A0009 : score 6.4452 : H : ARG NH2 E0235 <- 2.75 -> DG N7 A0008 : score 6.50285 : w : ARG NH2 E0235 <- 5.79 -> DG O6 A0008 : score 2.55 : w : ASN OD1 E0236 <- 5.71 -> DT O4 B0023 : score 3.053 : x : LYS xxxx E0229 <- 3.65 -> DT xxx B0024 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx E0233 <- 4.12 -> DT xxx B0023 : score x.xxxxx >1puf_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF HOXA9 AND PBX1 HOMEODOMAINS BOUND TO DNA organism=HOMO SAPIENS / MUS MUSCULUS : w : ARG NH1 A0206 <- 6.00 -> DT O2 E0029 : score 1.824 : w : ARG NH2 A0206 <- 5.75 -> DT O2 E0029 : score 2.047 : w : ARG NH2 A0206 <- 5.57 -> DA N3 E0030 : score 1.61 : H : ARG NH1 A0209 <- 2.93 -> DA N3 E0032 : score 3.54886 : w : GLN OE1 A0254 <- 5.55 -> DC N4 D0014 : score 3.576 : w : GLN NE2 A0254 <- 5.86 -> DG N7 E0025 : score 2.59 : H : ASN OD1 A0255 <- 3.04 -> DA N6 D0013 : score 5.63755 : H : ASN ND2 A0255 <- 2.88 -> DA N7 D0013 : score 5.61385 : w : ASN OD1 A0255 <- 5.68 -> DG O6 E0028 : score 2.926 : H : ARG NH2 B0237 <- 3.20 -> DT O2 E0036 : score 4.00908 : H : ASN OD1 B0286 <- 2.86 -> DA N6 D0009 : score 5.85073 : H : ASN ND2 B0286 <- 3.12 -> DA N7 D0009 : score 5.34 : w : ASN OD1 B0286 <- 6.27 -> DT O4 D0010 : score 3.053 : H : ARG NH1 B0290 <- 3.13 -> DG N7 D0008 : score 5.71416 : H : ARG NH2 B0290 <- 2.80 -> DG O6 D0008 : score 6.63077 : x : ILE xxxx A0251 <- 3.62 -> DA xxx D0013 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0258 <- 4.22 -> DC xxx E0027 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0282 <- 3.34 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0289 <- 4.24 -> DA xxx E0031 : score x.xxxxx >1pv4_A:P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases;Nucleic_acid-binding_proteins;Rho_termination_factor,_N-terminal_domain; title=X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE RHO TRANSCRIPTION TERMINATION FACTOR IN COMPLEX WITH SINGLE STRANDED DNA organism=Escherichia coli : H : ASP OD2 A0078 <- 3.19 -> DC N4 G0004 : score 5.68448 : x : LEU xxxx A0058 <- 3.18 -> DC xxx G0004 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0064 <- 3.48 -> DC xxx G0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0066 <- 2.52 -> DC xxx G0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0074 <- 4.09 -> DC xxx G0004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0080 <- 3.25 -> DC xxx G0003 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0102 <- 3.79 -> DC xxx G0003 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0108 <- 2.82 -> DC xxx G0003 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0109 <- 3.25 -> DC xxx G0003 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0110 <- 3.21 -> DC xxx G0003 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0112 <- 4.17 -> DC xxx G0003 : score x.xxxxx >1pvi_A:Restriction_endonuclease-like; title=STRUCTURE OF PVUII ENDONUCLEASE WITH COGNATE DNA organism=PROTEUS VULGARIS : H : ASP OD1 A0034 <- 3.11 -> DG N2 D0008 : score 5.01229 : H : HIS ND1 A0084 <- 2.90 -> DG O6 C0008 : score 6.11118 : H : ASN OD1 A0140 <- 3.33 -> DA N6 C0007 : score 5.29408 : H : ASN ND2 A0140 <- 3.43 -> DA N7 C0007 : score 4.98628 : H : ASN ND2 A0141 <- 2.93 -> DG O6 D0011 : score 5.48437 : H : LYS NZ A0143 <- 3.07 -> DG O6 D0012 : score 5.47467 : x : SER xxxx A0081 <- 3.36 -> DG xxx D0011 : score x.xxxxx >1pvi_AB: title=STRUCTURE OF PVUII ENDONUCLEASE WITH COGNATE DNA organism=PROTEUS VULGARIS : H : ASP OD1 A0034 <- 3.11 -> DG N2 D0008 : score 5.01229 : H : HIS ND1 A0084 <- 2.90 -> DG O6 C0008 : score 6.11118 : H : ASN OD1 A0140 <- 3.33 -> DA N6 C0007 : score 5.29408 : H : ASN ND2 A0140 <- 3.43 -> DA N7 C0007 : score 4.98628 : H : ASN ND2 A0141 <- 2.93 -> DG O6 D0011 : score 5.48437 : H : LYS NZ A0143 <- 3.07 -> DG O6 D0012 : score 5.47467 : H : HIS ND1 B0084 <- 3.19 -> DG O6 D0008 : score 5.7495 : H : ASN OD1 B0140 <- 2.87 -> DA N6 D0007 : score 5.83889 : H : ASN ND2 B0140 <- 3.08 -> DA N7 D0007 : score 5.38564 : H : ASN ND2 B0141 <- 3.08 -> DG O6 C0011 : score 5.31545 : H : LYS NZ B0143 <- 2.94 -> DG N7 C0011 : score 5.24257 : x : SER xxxx A0081 <- 3.36 -> DG xxx D0011 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0034 <- 3.74 -> DG xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0081 <- 3.72 -> DG xxx C0011 : score x.xxxxx >1pvp_AB:DNA_breaking-rejoining_enzymes;lambda_integrase-like,_N-terminal_domain; title=BASIS FOR A SWITCH IN SUBSTRATE SPECIFICITY: CRYSTAL STRUCTURE OF SELECTED VARIANT OF CRE SITE-SPECIFIC RECOMBINASE, ALSHG BOUND TO THE ENGINEERED RECOGNITION SITE LOXM7 organism=Escherichia phage P1 : H : LYS NZ B0043 <- 3.03 -> DT O4 D0024 : score 3.37692 : H : LYS NZ B0086 <- 2.57 -> DA N7 C0014 : score 3.14068 : w : GLN OE1 B0090 <- 6.21 -> DT O4 D0021 : score 3.148 : H : LYS NZ B0201 <- 2.64 -> DA N3 C0014 : score 2.69378 : w : ARG NH2 B0241 <- 5.37 -> DA N3 C0004 : score 1.61 : H : ARG NH1 B0243 <- 2.31 -> DT O2 D0032 : score 4.80868 : H : LYS NZ B0244 <- 2.81 -> DT O2 C0002 : score 3.71179 : H : SER OG B0259 <- 3.16 -> DC N4 C0007 : score 3.58232 : H : ARG NH2 B0282 <- 3.00 -> DA N3 C0011 : score 3.33292 : V : HIS CG B0040 <- 3.77 -> DT C7 D0024 : score 2.9977 : V : MET CE B0044 <- 3.66 -> DT C7 C0012 : score 7.10488 : x : THR xxxx B0041 <- 3.43 -> DT xxx D0022 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0047 <- 3.61 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0087 <- 3.70 -> DT xxx C0012 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0094 <- 3.62 -> DT xxx D0022 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0257 <- 3.65 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0262 <- 3.93 -> DT xxx D0026 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0317 <- 3.56 -> DG xxx C0016 : score x.xxxxx >1pvq_A:DNA_breaking-rejoining_enzymes;lambda_integrase-like,_N-terminal_domain; title=BASIS FOR A SWITCH IN SUBSTRATE SPECIFICITY: CRYSTAL STRUCTURE OF SELECTED VARIANT OF CRE SITE-SPECIFIC RECOMBINASE, LNSGG BOUND TO THE ENGINEERED RECOGNITION SITE LOXM7 organism=Escherichia phage P1 : H : LYS NZ A0244 <- 2.35 -> DT O2 D0002 : score 4.05396 : H : SER OG A0259 <- 3.18 -> DC N4 D0007 : score 3.56688 : H : ARG NH2 A0282 <- 2.46 -> DA N3 D0011 : score 3.70788 : x : MET xxxx A0044 <- 3.42 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0047 <- 3.74 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0087 <- 3.08 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0090 <- 3.01 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0241 <- 4.06 -> DA xxx D0004 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0257 <- 4.10 -> DT xxx D0006 : score x.xxxxx >1pvq_AB:DNA_breaking-rejoining_enzymes;lambda_integrase-like,_N-terminal_domain; title=BASIS FOR A SWITCH IN SUBSTRATE SPECIFICITY: CRYSTAL STRUCTURE OF SELECTED VARIANT OF CRE SITE-SPECIFIC RECOMBINASE, LNSGG BOUND TO THE ENGINEERED RECOGNITION SITE LOXM7 organism=Escherichia phage P1 : H : LYS NZ A0244 <- 2.35 -> DT O2 D0002 : score 4.05396 : H : SER OG A0259 <- 3.18 -> DC N4 D0007 : score 3.56688 : H : ARG NH2 A0282 <- 2.46 -> DA N3 D0011 : score 3.70788 : H : LYS NZ B0043 <- 3.14 -> DT O4 D0024 : score 3.29904 : H : LYS NZ B0086 <- 2.64 -> DA N7 C0014 : score 3.09865 : H : LYS NZ B0201 <- 2.27 -> DA N3 C0014 : score 2.88694 : w : ARG NH2 B0241 <- 5.35 -> DA N3 C0004 : score 1.61 : H : ARG NH1 B0243 <- 2.68 -> DT O2 D0032 : score 4.48459 : H : LYS NZ B0244 <- 3.41 -> DT O2 D0034 : score 3.26548 : H : LYS NZ B0244 <- 2.68 -> DT O2 C0002 : score 3.80849 : H : SER OG B0259 <- 2.95 -> DC N4 C0007 : score 3.74445 : H : ARG NH2 B0282 <- 2.69 -> DA N3 C0011 : score 3.54817 : V : MET CE B0044 <- 3.72 -> DT C7 C0012 : score 7.00191 : V : HIS CG B0040 <- 3.56 -> DT C7 D0024 : score 3.15391 : x : MET xxxx A0044 <- 3.42 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0047 <- 3.74 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0087 <- 3.08 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0090 <- 3.01 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0241 <- 4.06 -> DA xxx D0004 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0257 <- 4.10 -> DT xxx D0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0041 <- 3.63 -> DT xxx D0022 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0047 <- 3.54 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0087 <- 4.02 -> DT xxx C0012 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0090 <- 2.89 -> DT xxx D0022 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0094 <- 3.63 -> DT xxx D0022 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0257 <- 4.06 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0320 <- 4.37 -> DT xxx C0015 : score x.xxxxx >1pvr_AB:DNA_breaking-rejoining_enzymes;lambda_integrase-like,_N-terminal_domain; title=BASIS FOR A SWITCH IN SUBSTRATE SPECIFICITY: CRYSTAL STRUCTURE OF SELECTED VARIANT OF CRE SITE-SPECIFIC RECOMBINASE, LNSGG BOUND TO THE LOXP (WILDTYPE) RECOGNITION SITE organism=Enterobacteria phage P1 : H : GLN NE2 A0090 <- 2.92 -> DT O4 D0012 : score 5.2704 : w : GLN NE2 A0090 <- 5.05 -> DA N6 D0013 : score 2.962 : H : LYS NZ A0244 <- 2.47 -> DT O2 D0002 : score 3.9647 : H : SER OG A0259 <- 3.41 -> DT O4 D0007 : score 3.04486 : H : LYS NZ B0043 <- 2.91 -> DT O4 D0024 : score 3.46187 : H : LYS NZ B0086 <- 2.30 -> DA N7 C0014 : score 3.30282 : H : LYS NZ B0201 <- 2.33 -> DA N3 C0014 : score 2.85562 : w : ARG NH2 B0241 <- 5.83 -> DA N3 C0004 : score 1.61 : H : ARG NH1 B0243 <- 3.13 -> DT O2 D0032 : score 4.09044 : H : ARG NH2 B0243 <- 2.55 -> DT O2 D0032 : score 4.57558 : H : LYS NZ B0244 <- 3.12 -> DT O2 C0002 : score 3.4812 : H : SER OG B0259 <- 2.50 -> DG O6 D0027 : score 4.16254 : H : SER OG B0259 <- 3.18 -> DT O4 C0007 : score 3.20438 : H : ARG NH2 B0282 <- 2.49 -> DA N3 C0011 : score 3.68705 : V : MET CE B0044 <- 3.64 -> DT C7 C0012 : score 7.1392 : V : MET CE A0044 <- 3.80 -> DT C7 D0012 : score 6.86462 : V : HIS CG B0040 <- 3.69 -> DT C7 D0024 : score 3.05721 : x : SER xxxx A0047 <- 3.79 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0087 <- 3.77 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0241 <- 4.43 -> DA xxx D0004 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0257 <- 3.55 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0282 <- 3.86 -> DA xxx D0011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0041 <- 3.30 -> DT xxx D0022 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0047 <- 3.54 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0087 <- 3.92 -> DT xxx C0012 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0090 <- 2.70 -> DT xxx D0022 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0094 <- 3.65 -> DT xxx D0022 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0257 <- 3.30 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0320 <- 3.89 -> DT xxx C0015 : score x.xxxxx >1pyi_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF A PPR1-DNA COMPLEX: DNA RECOGNITION BY PROTEINS CONTAINING A ZN2CYS6 BINUCLEAR CLUSTER organism=Saccharomyces cerevisiae : H : LYS NZ A0041 <- 2.73 -> DG N7 D0003 : score 5.4691 : w : LYS NZ B0041 <- 5.93 -> DG O6 E0018 : score 2.896 : V : ILE CG2 B0042 <- 3.82 -> DT C7 E0015 : score 7.0844 : x : LYS xxxx A0040 <- 4.30 -> DT xxx D0001 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0042 <- 4.14 -> DC xxx D0002 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0040 <- 4.18 -> DT xxx E0015 : score x.xxxxx >1pzu_BHIM:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=AN ASYMMETRIC NFAT1-RHR HOMODIMER ON A PSEUDO-PALINDROMIC, KAPPA-B SITE organism=Homo sapiens : H : ARG NH1 B0421 <- 3.06 -> DG N7 W0005 : score 5.79982 : H : ARG NH2 B0421 <- 2.59 -> DG O6 W0005 : score 6.90926 : H : GLU OE2 B0427 <- 2.93 -> DC N4 T0012 : score 5.35575 : H : ARG NH2 B0430 <- 3.42 -> DG N7 W0004 : score 5.64009 : H : GLN OE1 B0571 <- 2.78 -> DA N6 W0006 : score 5.92617 : H : GLN NE2 B0571 <- 2.80 -> DA N7 W0006 : score 6.05897 : H : ARG NH1 H0421 <- 2.93 -> DG N7 Z0005 : score 5.95888 : H : ARG NH2 H0421 <- 2.60 -> DG O6 Z0005 : score 6.896 : H : GLU OE2 H0427 <- 2.77 -> DC N4 V0012 : score 5.53171 : H : ARG NH2 H0430 <- 3.08 -> DG N7 Z0004 : score 6.07791 : H : GLN OE1 H0571 <- 2.82 -> DA N6 Z0006 : score 5.87895 : H : GLN NE2 H0571 <- 2.52 -> DA N7 Z0006 : score 6.39828 : H : ARG NH1 I0421 <- 2.99 -> DG N7 V0006 : score 5.88547 : H : ARG NH2 I0421 <- 2.82 -> DG O6 V0006 : score 6.60425 : H : GLU OE2 I0427 <- 2.97 -> DC N4 Z0011 : score 5.31176 : H : ARG NH2 I0430 <- 3.44 -> DG N7 V0005 : score 5.61434 : H : GLN OE1 I0571 <- 2.72 -> DA N6 V0007 : score 5.997 : H : GLN NE2 I0571 <- 2.69 -> DA N7 V0007 : score 6.19227 : H : ARG NH1 M0421 <- 3.00 -> DG N7 X0006 : score 5.87323 : H : ARG NH2 M0421 <- 2.70 -> DG O6 X0006 : score 6.76338 : H : GLU OE2 M0427 <- 3.13 -> DC N4 Y0011 : score 5.1358 : H : ARG NH2 M0430 <- 3.31 -> DG N7 X0005 : score 5.78174 : H : GLN OE1 M0571 <- 2.99 -> DA N6 X0007 : score 5.67827 : H : GLN NE2 M0571 <- 3.13 -> DA N7 X0007 : score 5.65908 : x : TYR xxxx B0424 <- 3.45 -> DT xxx T0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0537 <- 4.18 -> DC xxx W0011 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx H0424 <- 3.09 -> DT xxx V0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H0537 <- 3.26 -> DC xxx Z0011 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx I0424 <- 3.37 -> DT xxx Z0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx I0537 <- 3.05 -> DC xxx V0012 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx M0424 <- 3.07 -> DT xxx Y0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx M0537 <- 2.86 -> DC xxx X0012 : score x.xxxxx >1pzu_M:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=AN ASYMMETRIC NFAT1-RHR HOMODIMER ON A PSEUDO-PALINDROMIC, KAPPA-B SITE organism=Homo sapiens : H : ARG NH1 M0421 <- 3.00 -> DG N7 X0006 : score 5.87323 : H : ARG NH2 M0421 <- 2.70 -> DG O6 X0006 : score 6.76338 : H : GLU OE2 M0427 <- 3.13 -> DC N4 Y0011 : score 5.1358 : H : ARG NH2 M0430 <- 3.31 -> DG N7 X0005 : score 5.78174 : H : GLN OE1 M0571 <- 2.99 -> DA N6 X0007 : score 5.67827 : H : GLN NE2 M0571 <- 3.13 -> DA N7 X0007 : score 5.65908 : x : TYR xxxx M0424 <- 3.07 -> DT xxx Y0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx M0537 <- 2.86 -> DC xxx X0012 : score x.xxxxx >1q0t_AB:S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=TERNARY STRUCTURE OF T4DAM WITH ADOHCY AND DNA organism=Enterobacteria phage T4 : x : ASN xxxx A0135 <- 3.40 -> DT xxx C0411 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0138 <- 3.86 -> DG xxx C0412 : score x.xxxxx >1q3f_A:Uracil-DNA_glycosylase-like; title=URACIL DNA GLYCOSYLASE BOUND TO A CATIONIC 1-AZA-2'-DEOXYRIBOSE- CONTAINING DNA organism=Homo sapiens : w : TYR OH A0275 <- 5.35 -> DA N3 C0027 : score 1.413 : w : ARG NH1 A0276 <- 6.12 -> DT O2 C0026 : score 1.824 : x : PRO xxxx A0271 <- 3.12 -> DT xxx B0004 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0272 <- 3.58 -> DA xxx C0027 : score x.xxxxx >1q3u_A:DNA_breaking-rejoining_enzymes;lambda_integrase-like,_N-terminal_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A WILD-TYPE CRE RECOMBINASE-LOXP SYNAPSE: PRE- CLEAVAGE COMPLEX organism=Enterobacteria phage P1 : H : MET SD A0044 <- 3.33 -> DA N6 D0112 : score 5.47976 : H : LYS NZ A0086 <- 3.23 -> DG N7 D0115 : score 4.92974 : H : LYS NZ A0086 <- 2.86 -> DG O6 D0115 : score 5.71773 : H : LYS NZ A0244 <- 2.89 -> DT O2 C0135 : score 3.65228 : H : LYS NZ A0244 <- 2.95 -> DT O2 D0103 : score 3.60765 : H : ARG NE A0259 <- 2.53 -> DG O6 C0128 : score 4.09303 : H : ARG NH2 A0259 <- 2.70 -> DG N7 C0128 : score 6.56723 : H : ASN OD1 A0317 <- 3.45 -> DA N6 D0117 : score 5.15196 : V : HIS CG A0040 <- 3.89 -> DT C7 C0125 : score 2.90844 : x : THR xxxx A0041 <- 3.80 -> DT xxx C0123 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0047 <- 3.89 -> DT xxx D0111 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0087 <- 3.71 -> DT xxx D0113 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0090 <- 2.87 -> DT xxx C0123 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0094 <- 3.88 -> DT xxx C0123 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0241 <- 4.09 -> DA xxx D0105 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0257 <- 3.74 -> DT xxx D0108 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0260 <- 4.49 -> DT xxx D0107 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0262 <- 3.00 -> DC xxx C0127 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0282 <- 2.74 -> DA xxx D0112 : score x.xxxxx >1q9x_D:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF ENTEROBACTERIA PHAGE RB69 GP43 DNA POLYMERASE COMPLEXED WITH TETRAHYDROFURAN CONTAINING DNA organism=Enterobacteria phage RB69 : H : LYS NZ D0706 <- 2.85 -> DC O2 L0952 : score 2.937 : H : LYS NZ D0800 <- 3.28 -> DT O2 L0946 : score 3.36218 : x : LYS xxxx D0734 <- 3.65 -> DT xxx L0950 : score x.xxxxx >1q9y_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF ENTEROBACTERIA PHAGE RB69 GP43 DNA POLYMERASE COMPLEXED WITH 8-OXOGUANOSINE CONTAINING DNA organism=Enterobacteria phage RB69 : H : LYS NZ A0709 <- 2.53 -> DC O2 P0937 : score 3.12687 : H : LYS NZ A0803 <- 3.00 -> DT O2 P0931 : score 3.57046 : x : LYS xxxx A0737 <- 3.84 -> DT xxx P0935 : score x.xxxxx >1qai_AB: title=CRYSTAL STRUCTURES OF THE N-TERMINAL FRAGMENT FROM MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH NUCLEIC ACID: FUNCTIONAL IMPLICATIONS FOR TEMPLATE-PRIMER BINDING TO THE FINGERS DOMAIN organism=Moloney murine leukemia virus : H : ARG NH1 A0116 <- 3.25 -> DT O2 C0003 : score 3.98533 : H : ARG NH2 A0116 <- 2.91 -> DA N3 C0002 : score 3.39542 : H : ARG NH2 B0116 <- 2.85 -> DA N3 D0002 : score 3.43708 : x : LEU xxxx A0099 <- 3.91 -> DG xxx D0008 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0114 <- 3.32 -> DG xxx D0008 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0064 <- 3.11 -> DC xxx D0001 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0099 <- 3.10 -> DG xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0114 <- 2.99 -> DG xxx C0008 : score x.xxxxx >1qai_B:DNA/RNA_polymerases; title=CRYSTAL STRUCTURES OF THE N-TERMINAL FRAGMENT FROM MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH NUCLEIC ACID: FUNCTIONAL IMPLICATIONS FOR TEMPLATE-PRIMER BINDING TO THE FINGERS DOMAIN organism=Moloney murine leukemia virus : H : ARG NH2 B0116 <- 2.85 -> DA N3 D0002 : score 3.43708 : x : TYR xxxx B0064 <- 3.11 -> DC xxx D0001 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0099 <- 3.10 -> DG xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0114 <- 2.99 -> DG xxx C0008 : score x.xxxxx >1qaj_A:DNA/RNA_polymerases; title=CRYSTAL STRUCTURES OF THE N-TERMINAL FRAGMENT FROM MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH NUCLEIC ACID: FUNCTIONAL IMPLICATIONS FOR TEMPLATE-PRIMER BINDING TO THE FINGERS DOMAIN organism=Moloney murine leukemia virus : H : ARG NH1 A0116 <- 2.68 -> DT O2 C0003 : score 4.48459 : H : ARG NH2 A0116 <- 2.73 -> DA N3 C0002 : score 3.5204 : x : LEU xxxx A0099 <- 2.95 -> DG xxx D0008 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0101 <- 4.23 -> DC xxx C0001 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0112 <- 3.95 -> DG xxx D0008 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0114 <- 3.97 -> DG xxx D0008 : score x.xxxxx >1qln_A:DNA/RNA_polymerases; title=STRUCTURE OF A TRANSCRIBING T7 RNA POLYMERASE INITIATION COMPLEX organism=BACTERIOPHAGE T7 : H : LYS NZ A0098 <- 3.07 -> DA N3 N0105 : score 2.4693 : w : LYS NZ A0098 <- 5.88 -> DT O2 T0018 : score 0.459 : H : ASP OD2 A0240 <- 2.88 -> DG N2 T0010 : score 5.53942 : H : ARG NH1 A0746 <- 3.05 -> DG O6 T0012 : score 5.8425 : H : ARG NH2 A0746 <- 2.83 -> DG N7 T0012 : score 6.39983 : H : ASN ND2 A0748 <- 3.12 -> DG N7 N0107 : score 4.2384 : H : ARG NH1 A0756 <- 3.00 -> DG N7 T0014 : score 5.87323 : H : ARG NH2 A0756 <- 3.10 -> DG O6 T0014 : score 6.23292 : H : GLN OE1 A0758 <- 3.03 -> DA N6 T0013 : score 5.63105 : H : GLN NE2 A0758 <- 3.26 -> DA N7 T0013 : score 5.50155 : x : ARG xxxx A0096 <- 3.25 -> DA xxx N0103 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0135 <- 3.79 -> DA xxx T0009 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0139 <- 2.91 -> DA xxx T0009 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0206 <- 2.82 -> DA xxx T0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0231 <- 4.42 -> DT xxx T0011 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0234 <- 4.21 -> DT xxx N0114 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0237 <- 3.43 -> DG xxx T0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0760 <- 3.93 -> DT xxx T0011 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0761 <- 3.82 -> DA xxx T0009 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0762 <- 3.79 -> DA xxx T0009 : score x.xxxxx >1qn3_A:TATA-box_binding_protein-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE C(-25) ADENOVIRUS MAJOR LATE PROMOTER TATA BOX VARIANT BOUND TO WILD-TYPE TBP (ARABIDOPSIS THALIANA TBP ISOFORM 2). TATA ELEMENT RECOGNITION BY THE TATA BOX-BINDING PROTEIN HAS BEEN CONSERVED THROUGHOUT EVOLUTION. organism=ARABIDOPSIS THALIANA : H : ASN ND2 A0027 <- 2.85 -> DT O2 D0222 : score 4.84846 : H : ASN ND2 A0027 <- 3.16 -> DT O2 D0223 : score 4.54482 : H : ASN ND2 A0117 <- 3.27 -> DA N3 C0206 : score 3.35917 : H : ASN ND2 A0117 <- 3.33 -> DA N3 C0207 : score 3.31468 : H : THR OG1 A0173 <- 2.79 -> DA N3 C0206 : score 2.16329 : x : VAL xxxx A0029 <- 3.57 -> DA xxx C0208 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0057 <- 3.20 -> DG xxx D0220 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0072 <- 3.90 -> DC xxx C0209 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0074 <- 3.39 -> DC xxx C0209 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0080 <- 3.72 -> DA xxx C0208 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0082 <- 3.48 -> DT xxx D0221 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0119 <- 3.52 -> DT xxx D0223 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0148 <- 3.25 -> DA xxx C0204 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0149 <- 3.31 -> DA xxx D0226 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0163 <- 3.74 -> DT xxx C0205 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0165 <- 3.39 -> DT xxx D0225 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0171 <- 3.45 -> DA xxx D0224 : score x.xxxxx >1qn4_A:TATA-box_binding_protein-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE T(-24) ADENOVIRUS MAJOR LATE PROMOTER TATA BOX VARIANT BOUND TO WILD-TYPE TBP (ARABIDOPSIS THALIANA TBP ISOFORM 2). TATA ELEMENT RECOGNITION BY THE TATA BOX-BINDING PROTEIN HAS BEEN CONSERVED THROUGHOUT EVOLUTION. organism=ARABIDOPSIS THALIANA : H : ASN ND2 A0027 <- 2.84 -> DT O2 D0222 : score 4.85826 : H : ASN ND2 A0027 <- 3.14 -> DT O2 D0223 : score 4.56441 : H : THR OG1 A0173 <- 2.87 -> DA N3 C0206 : score 2.12875 : x : VAL xxxx A0029 <- 3.57 -> DA xxx C0207 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0057 <- 3.24 -> DT xxx D0220 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0072 <- 3.45 -> DT xxx D0220 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0074 <- 3.58 -> DA xxx C0209 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0080 <- 3.69 -> DA xxx C0208 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0082 <- 3.53 -> DT xxx D0221 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0117 <- 3.38 -> DA xxx C0206 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0119 <- 3.40 -> DT xxx D0223 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0148 <- 3.26 -> DA xxx C0204 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0149 <- 3.42 -> DA xxx D0226 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0163 <- 3.75 -> DT xxx C0205 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0165 <- 3.29 -> DT xxx D0225 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0171 <- 3.44 -> DA xxx D0224 : score x.xxxxx >1qn5_B:TATA-box_binding_protein-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE G(-26) ADENOVIRUS MAJOR LATE PROMOTER TATA BOX VARIANT BOUND TO WILD-TYPE TBP (ARABIDOPSIS THALIANA TBP ISOFORM 2). TATA ELEMENT RECOGNITION BY THE TATA BOX-BINDING PROTEIN HAS BEEN CONSERVED THROUGHOUT EVOLUTION. organism=ARABIDOPSIS THALIANA : H : ASN ND2 B0027 <- 2.89 -> DT O2 F0222 : score 4.80928 : H : ASN ND2 B0027 <- 3.09 -> DT O2 F0223 : score 4.61338 : H : ASN ND2 B0117 <- 3.27 -> DA N3 E0207 : score 3.35917 : H : THR OG1 B0173 <- 2.89 -> DA N3 E0206 : score 2.12011 : x : VAL xxxx B0029 <- 3.48 -> DA xxx E0207 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0057 <- 3.31 -> DT xxx F0220 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0072 <- 3.44 -> DT xxx F0220 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0074 <- 3.55 -> DA xxx E0209 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0080 <- 3.72 -> DG xxx E0208 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0082 <- 3.16 -> DG xxx E0208 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0119 <- 3.50 -> DT xxx F0223 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0148 <- 3.29 -> DA xxx E0204 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0149 <- 3.15 -> DA xxx F0226 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0163 <- 3.44 -> DA xxx E0204 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0165 <- 3.25 -> DT xxx F0225 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0171 <- 3.43 -> DA xxx F0224 : score x.xxxxx >1qn6_B:TATA-box_binding_protein-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE T(-26) ADENOVIRUS MAJOR LATE PROMOTER TATA BOX VARIANT BOUND TO WILD-TYPE TBP (ARABIDOPSIS THALIANA TBP ISOFORM 2). TATA ELEMENT RECOGNITION BY THE TATA BOX-BINDING PROTEIN HAS BEEN CONSERVED THROUGHOUT EVOLUTION. organism=ARABIDOPSIS THALIANA : H : ASN ND2 B0027 <- 3.08 -> DT O2 F0222 : score 4.62318 : H : ASN ND2 B0027 <- 3.20 -> DT O2 F0223 : score 4.50564 : w : THR OG1 B0082 <- 5.60 -> DA N3 F0221 : score 2.6 : H : ASN ND2 B0117 <- 3.23 -> DA N3 E0207 : score 3.38883 : H : THR OG1 B0173 <- 2.77 -> DA N3 E0206 : score 2.17193 : x : VAL xxxx B0029 <- 3.60 -> DA xxx E0207 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0057 <- 3.24 -> DT xxx F0220 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0072 <- 3.46 -> DT xxx F0220 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0074 <- 3.61 -> DA xxx E0209 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0080 <- 3.52 -> DT xxx E0208 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0119 <- 3.43 -> DT xxx F0223 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0148 <- 3.23 -> DA xxx E0204 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0149 <- 3.19 -> DA xxx F0226 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0163 <- 3.58 -> DT xxx E0205 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0165 <- 3.30 -> DT xxx F0225 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0171 <- 3.46 -> DA xxx F0224 : score x.xxxxx >1qn7_B:TATA-box_binding_protein-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE T(-27) ADENOVIRUS MAJOR LATE PROMOTER TATA BOX VARIANT BOUND TO WILD-TYPE TBP (ARABIDOPSIS THALIANA TBP ISOFORM 2). TATA ELEMENT RECOGNITION BY THE TATA BOX-BINDING PROTEIN HAS BEEN CONSERVED THROUGHOUT EVOLUTION. organism=ARABIDOPSIS THALIANA : H : ASN ND2 B0027 <- 3.10 -> DA N3 F0222 : score 3.48523 : H : ASN ND2 B0027 <- 3.21 -> DT O2 F0223 : score 4.49585 : H : ASN ND2 B0117 <- 3.26 -> DA N3 E0206 : score 3.36658 : H : ASN ND2 B0117 <- 3.11 -> DT O2 E0207 : score 4.59379 : H : THR OG1 B0173 <- 2.76 -> DA N3 E0206 : score 2.17625 : x : VAL xxxx B0029 <- 3.27 -> DT xxx E0207 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0057 <- 3.27 -> DT xxx F0220 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0072 <- 3.39 -> DT xxx F0220 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0074 <- 3.65 -> DA xxx E0209 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0080 <- 3.65 -> DA xxx E0209 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0082 <- 3.34 -> DA xxx F0222 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0119 <- 3.45 -> DT xxx F0223 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0148 <- 3.34 -> DA xxx E0204 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0149 <- 3.27 -> DA xxx F0226 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0163 <- 3.43 -> DA xxx E0204 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0165 <- 3.23 -> DT xxx F0225 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0171 <- 3.38 -> DA xxx F0224 : score x.xxxxx >1qn8_B:TATA-box_binding_protein-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE T(-28) ADENOVIRUS MAJOR LATE PROMOTER TATA BOX VARIANT BOUND TO WILD-TYPE TBP (ARABIDOPSIS THALIANA TBP ISOFORM 2). TATA ELEMENT RECOGNITION BY THE TATA BOX-BINDING PROTEIN HAS BEEN CONSERVED THROUGHOUT EVOLUTION. organism=ARABIDOPSIS THALIANA : H : ASN ND2 B0027 <- 2.99 -> DT O2 F0222 : score 4.71133 : H : ASN ND2 B0027 <- 3.20 -> DA N3 F0223 : score 3.41108 : H : ASN ND2 B0117 <- 2.90 -> DT O2 E0206 : score 4.79949 : H : THR OG1 B0173 <- 2.81 -> DT O2 E0206 : score 2.62551 : x : VAL xxxx B0029 <- 3.45 -> DA xxx E0207 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0057 <- 3.13 -> DT xxx F0220 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0072 <- 3.54 -> DT xxx F0220 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0074 <- 3.42 -> DA xxx E0209 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0080 <- 3.60 -> DA xxx E0208 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0082 <- 3.48 -> DT xxx F0221 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0119 <- 3.64 -> DA xxx F0223 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0148 <- 3.18 -> DA xxx E0204 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0149 <- 3.32 -> DA xxx F0226 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0163 <- 3.66 -> DA xxx E0204 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0165 <- 3.30 -> DT xxx F0225 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0171 <- 3.38 -> DA xxx F0224 : score x.xxxxx >1qn9_B:TATA-box_binding_protein-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE C(-29) ADENOVIRUS MAJOR LATE PROMOTER TATA BOX VARIANT BOUND TO WILD-TYPE TBP (ARABIDOPSIS THALIANA TBP ISOFORM 2). TATA ELEMENT RECOGNITION BY THE TATA BOX-BINDING PROTEIN HAS BEEN CONSERVED THROUGHOUT EVOLUTION. organism=ARABIDOPSIS THALIANA : H : ASN ND2 B0027 <- 2.87 -> DT O2 F0222 : score 4.82887 : H : ASN ND2 B0027 <- 3.12 -> DT O2 F0223 : score 4.584 : H : ASN ND2 B0117 <- 3.32 -> DA N3 E0206 : score 3.32209 : H : ASN ND2 B0117 <- 3.03 -> DA N3 E0207 : score 3.53714 : H : THR OG1 B0173 <- 2.80 -> DA N3 E0206 : score 2.15897 : x : VAL xxxx B0029 <- 3.56 -> DT xxx F0222 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0057 <- 3.21 -> DT xxx F0220 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0072 <- 3.52 -> DT xxx F0220 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0074 <- 3.53 -> DA xxx E0209 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0080 <- 3.68 -> DA xxx E0208 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0082 <- 3.58 -> DT xxx F0221 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0119 <- 3.43 -> DT xxx F0223 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0148 <- 3.29 -> DA xxx E0204 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0149 <- 3.25 -> DA xxx F0226 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0163 <- 3.49 -> DA xxx E0204 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0165 <- 3.28 -> DT xxx F0225 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0171 <- 3.45 -> DG xxx F0224 : score x.xxxxx >1qnb_A:TATA-box_binding_protein-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE T(-25) ADENOVIRUS MAJOR LATE PROMOTER TATA BOX VARIANT BOUND TO WILD-TYPE TBP (ARABIDOPSIS THALIANA TBP ISOFORM 2). TATA ELEMENT RECOGNITION BY THE TATA BOX-BINDING PROTEIN HAS BEEN CONSERVED THROUGHOUT EVOLUTION. organism=ARABIDOPSIS THALIANA : H : ASN ND2 A0027 <- 2.87 -> DT O2 D0222 : score 4.82887 : H : ASN ND2 A0027 <- 3.05 -> DT O2 D0223 : score 4.65256 : H : ASN ND2 A0117 <- 3.15 -> DA N3 C0206 : score 3.44815 : H : ASN ND2 A0117 <- 3.31 -> DA N3 C0207 : score 3.32951 : H : THR OG1 A0173 <- 2.83 -> DA N3 C0206 : score 2.14602 : x : VAL xxxx A0029 <- 3.57 -> DA xxx C0207 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0057 <- 3.38 -> DA xxx D0220 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0072 <- 3.71 -> DA xxx D0220 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0074 <- 3.25 -> DT xxx C0209 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0080 <- 3.58 -> DA xxx C0208 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0082 <- 3.44 -> DT xxx D0221 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0119 <- 3.39 -> DT xxx D0223 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0148 <- 3.29 -> DA xxx C0204 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0149 <- 3.14 -> DA xxx D0226 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0163 <- 3.67 -> DA xxx C0204 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0165 <- 3.32 -> DT xxx D0225 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0171 <- 3.34 -> DA xxx D0224 : score x.xxxxx >1qnc_A:TATA-box_binding_protein-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE A(-31) ADENOVIRUS MAJOR LATE PROMOTER TATA BOX VARIANT BOUND TO WILD-TYPE TBP (ARABIDOPSIS THALIANA TBP ISOFORM 2). TATA ELEMENT RECOGNITION BY THE TATA BOX-BINDING PROTEIN HAS BEEN CONSERVED THROUGHOUT EVOLUTION. organism=ARABIDOPSIS THALIANA : H : ASN ND2 A0027 <- 2.86 -> DT O2 D0222 : score 4.83867 : H : ASN ND2 A0027 <- 3.26 -> DT O2 D0223 : score 4.44687 : H : ASN ND2 A0117 <- 3.41 -> DA N3 C0207 : score 3.25535 : H : THR OG1 A0173 <- 2.84 -> DA N3 C0206 : score 2.1417 : x : VAL xxxx A0029 <- 3.66 -> DT xxx D0222 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0057 <- 3.14 -> DT xxx D0220 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0072 <- 3.47 -> DT xxx D0220 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0074 <- 3.43 -> DA xxx C0209 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0080 <- 3.69 -> DA xxx C0208 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0082 <- 3.50 -> DT xxx D0221 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0119 <- 3.31 -> DT xxx D0223 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0148 <- 3.34 -> DA xxx C0204 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0149 <- 2.99 -> DT xxx D0226 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0163 <- 3.65 -> DT xxx D0225 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0165 <- 3.43 -> DT xxx D0225 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0171 <- 3.59 -> DA xxx D0224 : score x.xxxxx >1qne_B:TATA-box_binding_protein-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE ADENOVIRUS MAJOR LATE PROMOTER TATA BOX BOUND TO WILD-TYPE TBP (ARABIDOPSIS THALIANA TBP ISOFORM 2). organism=ARABIDOPSIS THALIANA : H : ASN ND2 B0027 <- 2.76 -> DT O2 F0222 : score 4.93662 : H : ASN ND2 B0027 <- 3.17 -> DT O2 F0223 : score 4.53503 : H : ASN ND2 B0117 <- 3.19 -> DA N3 E0207 : score 3.41849 : H : THR OG1 B0173 <- 2.77 -> DA N3 E0206 : score 2.17193 : x : VAL xxxx B0029 <- 3.57 -> DA xxx E0207 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0057 <- 3.19 -> DT xxx F0220 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0072 <- 3.59 -> DT xxx F0220 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0074 <- 3.53 -> DA xxx E0209 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0080 <- 3.63 -> DA xxx E0209 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0082 <- 3.56 -> DT xxx F0221 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0119 <- 3.45 -> DT xxx F0223 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0148 <- 3.27 -> DA xxx E0204 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0149 <- 3.35 -> DA xxx F0226 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0163 <- 3.56 -> DA xxx E0204 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0165 <- 3.29 -> DT xxx F0225 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0171 <- 3.45 -> DA xxx F0224 : score x.xxxxx >1qp0_A:Periplasmic_binding_protein-like_I;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=PURINE REPRESSOR-HYPOXANTHINE-PALINDROMIC OPERATOR COMPLEX organism=Escherichia coli : H : THR OG1 A0016 <- 2.75 -> DC N4 M0703 : score 3.87296 : H : ARG NH1 A0026 <- 3.16 -> DG O6 M0702 : score 5.7072 : H : ARG NH2 A0026 <- 3.17 -> DG N7 M0702 : score 5.96202 : x : SER xxxx A0014 <- 4.40 -> DG xxx M0702 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0015 <- 4.41 -> DA xxx M0704 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0054 <- 3.78 -> DG xxx M0708 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0055 <- 3.29 -> DC xxx M0706 : score x.xxxxx >1qp4_A:Periplasmic_binding_protein-like_I;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=PURINE REPRESSOR-HYPOXANTHINE-PALINDROMIC OPERATOR COMPLEX organism=Escherichia coli : H : THR OG1 A0016 <- 2.89 -> DC N4 M0703 : score 3.76559 : H : ARG NH1 A0026 <- 2.71 -> DG O6 M0702 : score 6.2607 : H : ARG NH2 A0026 <- 2.74 -> DG N7 M0702 : score 6.51572 : x : SER xxxx A0014 <- 4.46 -> DG xxx M0702 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0054 <- 3.47 -> DC xxx M0707 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0055 <- 2.99 -> DT xxx M0706 : score x.xxxxx >1qp7_A:Periplasmic_binding_protein-like_I;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=PURINE REPRESSOR MUTANT-HYPOXANTHINE-PALINDROMIC OPERATOR COMPLEX organism=Escherichia coli : H : THR OG1 A0016 <- 2.84 -> DC N4 M0703 : score 3.80394 : H : ARG NH1 A0026 <- 2.69 -> DG O6 M0702 : score 6.2853 : H : ARG NH2 A0026 <- 2.80 -> DG N7 M0702 : score 6.43846 : x : SER xxxx A0014 <- 4.06 -> DG xxx M0702 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0054 <- 3.58 -> DC xxx M0707 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0055 <- 3.96 -> DC xxx M0707 : score x.xxxxx >1qpz_A:Periplasmic_binding_protein-like_I;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=PURINE REPRESSOR-HYPOXANTHINE-PALINDROMIC OPERATOR COMPLEX organism=Escherichia coli : H : THR OG1 A0016 <- 3.01 -> DC N4 M0703 : score 3.67356 : H : ARG NH1 A0026 <- 2.70 -> DG O6 M0702 : score 6.273 : H : ARG NH2 A0026 <- 3.08 -> DG N7 M0702 : score 6.07791 : x : SER xxxx A0014 <- 4.16 -> DG xxx M0702 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0054 <- 3.71 -> DC xxx M0707 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0055 <- 2.81 -> DA xxx M0706 : score x.xxxxx >1qqa_A:Periplasmic_binding_protein-like_I;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=PURINE REPRESSOR MUTANT-HYPOXANTHINE-PALINDROMIC OPERATOR COMPLEX organism=Escherichia coli : H : THR OG1 A0016 <- 2.92 -> DC N4 M0703 : score 3.74258 : H : ARG NH1 A0026 <- 2.65 -> DG O6 M0702 : score 6.3345 : H : ARG NH2 A0026 <- 2.78 -> DG N7 M0702 : score 6.46422 : H : ARG NH2 A0026 <- 3.21 -> DG O6 M0702 : score 6.08705 : x : SER xxxx A0014 <- 3.97 -> DG xxx M0702 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0054 <- 3.59 -> DC xxx M0707 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0055 <- 3.91 -> DC xxx M0707 : score x.xxxxx >1qqb_A:Periplasmic_binding_protein-like_I;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=PURINE REPRESSOR MUTANT-HYPOXANTHINE-PALINDROMIC OPERATOR COMPLEX organism=Escherichia coli : H : THR OG1 A0016 <- 2.83 -> DC N4 M0703 : score 3.81161 : H : ARG NH1 A0026 <- 2.73 -> DG O6 M0702 : score 6.2361 : H : ARG NH2 A0026 <- 2.70 -> DG N7 M0702 : score 6.56723 : x : SER xxxx A0014 <- 4.18 -> DG xxx M0702 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0054 <- 3.54 -> DC xxx M0707 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0055 <- 3.82 -> DC xxx M0707 : score x.xxxxx >1qrh_A:Restriction_endonuclease-like; title=X-RAY STRUCTURE OF THE DNA-ECO RI ENDONUCLEASE COMPLEXES WITH AN R145K MUTATION AT 2.7 A organism=ESCHERICHIA COLI : V : GLN CG A0115 <- 3.76 -> DT C7 M0008 : score 3.26101 : x : MET xxxx A0137 <- 4.16 -> DC xxx M0010 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0138 <- 4.25 -> DC xxx M0010 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0141 <- 3.37 -> DT xxx M0008 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0142 <- 3.28 -> DT xxx M0008 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0145 <- 3.29 -> DA xxx M0007 : score x.xxxxx >1qri_A:Restriction_endonuclease-like; title=X-RAY STRUCTURE OF THE DNA-ECO RI ENDONUCLEASE COMPLEXES WITH AN E144D MUTATION AT 2.7 A organism=ESCHERICHIA COLI : w : LYS NZ A0089 <- 6.55 -> DC O2 M0004 : score 1.398 : H : ARG NE A0145 <- 3.05 -> DA N7 M0007 : score -0.408013 : V : GLN CG A0115 <- 3.83 -> DT C7 M0008 : score 3.2045 : x : MET xxxx A0137 <- 4.10 -> DC xxx M0010 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0138 <- 4.04 -> DC xxx M0010 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0141 <- 3.39 -> DT xxx M0008 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0142 <- 3.32 -> DT xxx M0008 : score x.xxxxx >1qrv_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF HMG-D AND DNA organism=Drosophila melanogaster : w : SER OG A0010 <- 5.44 -> DA N3 C0006 : score 0.26 : H : TYR OH A0012 <- 2.77 -> DT O2 C0005 : score 3.47715 : w : ARG NH1 A0020 <- 5.64 -> DT O2 D0017 : score 1.824 : w : ARG NH2 A0020 <- 5.81 -> DT O2 D0017 : score 2.047 : H : ASN OD1 B0017 <- 2.85 -> DG N2 C0001 : score 4.78881 : H : ASN ND2 B0017 <- 3.22 -> DG N3 C0001 : score 4.43086 : x : ARG xxxx A0007 <- 3.15 -> DC xxx C0008 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0013 <- 3.41 -> DA xxx C0006 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0016 <- 3.92 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0032 <- 3.51 -> DC xxx D0018 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0033 <- 3.27 -> DG xxx C0003 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0036 <- 3.26 -> DA xxx C0004 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0009 <- 3.84 -> DG xxx C0001 : score x.xxxxx : x : MET xxxx B0013 <- 3.74 -> DG xxx C0001 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0020 <- 4.21 -> DG xxx C0001 : score x.xxxxx >1qss_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=DDGTP-TRAPPED CLOSED TERNARY COMPLEX OF THE LARGE FRAGMENT OF DNA POLYMERASE I FROM THERMUS AQUATICUS organism=Thermus aquaticus : H : LYS NZ A0540 <- 2.95 -> DC O2 B0109 : score 2.87767 : w : LYS NZ A0540 <- 5.77 -> DG N3 B0108 : score 1.798 : w : ASN ND2 A0580 <- 6.00 -> DC O2 C0207 : score 1.833 : w : GLU OE1 A0615 <- 6.25 -> DC O2 C0205 : score 2.497 : w : ASN ND2 A0750 <- 6.33 -> DC O2 C0205 : score 1.833 : w : GLN NE2 A0754 <- 6.09 -> DC O2 C0205 : score 3.037 : x : TYR xxxx A0545 <- 4.48 -> DG xxx B0110 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0573 <- 3.46 -> DG xxx C0206 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0583 <- 3.29 -> DG xxx B0110 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0587 <- 3.67 -> DC xxx B0111 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0664 <- 3.91 -> DC xxx C0204 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0671 <- 3.38 -> DC xxx C0204 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0673 <- 4.47 -> DC xxx C0204 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0677 <- 3.63 -> DC xxx C0204 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0784 <- 4.29 -> DG xxx C0206 : score x.xxxxx >1qsy_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=DDATP-TRAPPED CLOSED TERNARY COMPLEX OF THE LARGE FRAGMENT OF DNA POLYMERASE I FROM THERMUS AQUATICUS organism=Thermus aquaticus : H : LYS NZ A0540 <- 3.13 -> DC O2 B0109 : score 2.77087 : w : LYS NZ A0540 <- 6.24 -> DG N3 B0108 : score 1.798 : w : ASN ND2 A0580 <- 5.95 -> DC O2 C0207 : score 1.833 : x : TYR xxxx A0545 <- 4.49 -> DG xxx B0110 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0573 <- 3.41 -> DG xxx C0206 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0583 <- 3.18 -> DG xxx B0110 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0754 <- 4.37 -> DG xxx C0206 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0784 <- 4.47 -> DG xxx C0206 : score x.xxxxx >1qtm_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=DDTTP-TRAPPED CLOSED TERNARY COMPLEX OF THE LARGE FRAGMENT OF DNA POLYMERASE I FROM THERMUS AQUATICUS organism=Thermus aquaticus : H : LYS NZ A0540 <- 3.08 -> DC O2 B0109 : score 2.80053 : w : LYS NZ A0540 <- 5.28 -> DC O2 C0209 : score 1.398 : w : LYS NZ A0540 <- 5.83 -> DG N3 B0108 : score 1.798 : w : THR OG1 A0544 <- 5.72 -> DC O2 C0209 : score 2.01 : w : ASN ND2 A0580 <- 5.86 -> DC O2 C0207 : score 1.833 : w : ASN ND2 A0580 <- 5.72 -> DG N3 C0208 : score 3.08 : w : ASN OD1 A0583 <- 5.67 -> DG N3 C0208 : score 3.331 : w : GLU OE1 A0615 <- 6.06 -> DA N3 C0205 : score 0.968 : w : ASN ND2 A0750 <- 6.58 -> DA N3 C0205 : score 1.912 : w : GLN NE2 A0754 <- 6.19 -> DA N3 C0205 : score 1.864 : x : TYR xxxx A0545 <- 4.45 -> DG xxx B0110 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0573 <- 3.24 -> DG xxx C0206 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0664 <- 4.31 -> DA xxx C0204 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0667 <- 4.03 -> DA xxx C0204 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0671 <- 3.71 -> DA xxx C0204 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0673 <- 4.08 -> DA xxx C0204 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0677 <- 3.89 -> DA xxx C0204 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0784 <- 4.21 -> DG xxx C0206 : score x.xxxxx >1qx0_A:Origin_of_replication-binding_domain,_RBD-like; title=CONJUGATIVE RELAXASE TRWC IN COMPLEX WITH ORIT DNA. METAL-BOUND STRUCTURE organism=Escherichia coli : H : ARG NH1 A0075 <- 2.74 -> DA N3 B0005 : score 3.68731 : H : ARG NH1 A0128 <- 3.35 -> DG N7 B0015 : score 5.44497 : H : ARG NH2 A0128 <- 2.69 -> DG O6 B0003 : score 6.77665 : H : ARG NH2 A0128 <- 2.43 -> DG O6 B0015 : score 7.12145 : H : LYS NZ A0130 <- 3.11 -> DG N7 B0013 : score 5.05919 : x : ALA xxxx A0073 <- 3.46 -> DC xxx B0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0081 <- 4.26 -> DC xxx B0016 : score x.xxxxx >1qzh_BF:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF POT1 (PROTECTION OF TELOMERE)- SSDNA COMPLEX organism=Schizosaccharomyces pombe : H : THR OG1 B0062 <- 3.07 -> DT N3 H0003 : score 2.48871 : H : THR OG1 B0062 <- 3.36 -> DT O2 H0004 : score 2.33612 : H : ASP OD2 B0064 <- 3.04 -> DT N3 H0004 : score 3.64079 : H : THR OG1 B0111 <- 2.70 -> DG O6 H0002 : score 4.25915 : H : GLN OE1 B0120 <- 3.15 -> DC N4 H0006 : score 4.15996 : H : GLN NE2 B0120 <- 3.20 -> DC N3 H0006 : score 1.288 : H : LYS NZ B0124 <- 2.44 -> DG N7 H0001 : score 5.78193 >1qzh_DE:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF POT1 (PROTECTION OF TELOMERE)- SSDNA COMPLEX organism=Schizosaccharomyces pombe : H : THR OG1 D0062 <- 3.14 -> DT N3 J0003 : score 2.45188 : H : ASP OD2 D0064 <- 2.97 -> DT N3 J0004 : score 3.69433 : H : THR OG1 D0111 <- 2.83 -> DG O6 J0002 : score 4.15059 : H : GLN OE1 D0120 <- 3.24 -> DC N4 J0006 : score 4.07945 : H : GLN NE2 D0120 <- 2.69 -> DC N3 J0006 : score 1.4308 : H : LYS NZ D0124 <- 2.75 -> DG N7 J0001 : score 5.44753 >1qzh_E:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF POT1 (PROTECTION OF TELOMERE)- SSDNA COMPLEX organism=Schizosaccharomyces pombe : H : THR OG1 E0062 <- 3.00 -> DT N3 K0003 : score 2.52554 : H : ASP OD2 E0064 <- 2.70 -> DT N3 K0004 : score 3.90085 : H : LYS NZ E0090 <- 3.39 -> DT O4 K0003 : score 3.12205 : H : THR OG1 E0111 <- 2.93 -> DG O6 K0002 : score 4.06707 : H : GLN NE2 E0120 <- 2.81 -> DC N3 K0006 : score 1.3972 : H : LYS NZ E0124 <- 2.57 -> DG N7 K0001 : score 5.6417 >1r0a_AB:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE COVALENTLY TETHERED TO DNA TEMPLATE-PRIMER SOLVED TO 2.8 ANGSTROMS organism=HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 : H : TYR OH A0183 <- 2.83 -> DG N3 P0821 : score 3.97345 : x : ILE xxxx A0094 <- 3.73 -> DG xxx T0708 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0115 <- 4.23 -> DT xxx T0706 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0157 <- 4.00 -> DT xxx T0706 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0184 <- 4.36 -> DC xxx T0707 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0356 <- 3.74 -> DC xxx P0813 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0358 <- 3.13 -> DT xxx P0812 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0448 <- 3.25 -> DC xxx P0806 : score x.xxxxx >1r0n_A:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF HETERODIMERIC ECDSYONE RECEPTOR DNA BINDING COMPLEX organism=HOMO SAPIENS : H : GLU OE1 A0119 <- 3.43 -> DC N4 D0032 : score 5.04007 : H : LYS NZ A0122 <- 3.01 -> DG O6 C0005 : score 5.54412 : w : LYS NZ A0122 <- 5.69 -> DA N7 C0004 : score 1.7 : H : ARG NH1 A0127 <- 2.98 -> DG N7 D0030 : score 5.8977 : x : LYS xxxx A0126 <- 3.20 -> DG xxx C0006 : score x.xxxxx >1r0n_AB:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF HETERODIMERIC ECDSYONE RECEPTOR DNA BINDING COMPLEX organism=DROSOPHILA MELANOGASTER / HOMO SAPIENS : H : GLU OE1 A0119 <- 3.43 -> DC N4 D0032 : score 5.04007 : H : LYS NZ A0122 <- 3.01 -> DG O6 C0005 : score 5.54412 : w : LYS NZ A0122 <- 5.69 -> DA N7 C0004 : score 1.7 : H : ARG NH1 A0127 <- 2.98 -> DG N7 D0030 : score 5.8977 : H : GLU OE1 B0219 <- 2.82 -> DC N4 C0014 : score 5.7436 : H : LYS NZ B0222 <- 2.62 -> DG O6 D0023 : score 5.99552 : H : ARG NH1 B0227 <- 3.03 -> DG N7 C0012 : score 5.83652 : x : LYS xxxx A0126 <- 3.20 -> DG xxx C0006 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0213 <- 3.77 -> DG xxx D0023 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0226 <- 3.53 -> DG xxx D0024 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0251 <- 3.51 -> DT xxx D0029 : score x.xxxxx >1r0o_AB:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE HETERODIMERIC ECDYSONE RECEPTOR DNA-BINDING COMPLEX organism=DROSOPHILA MELANOGASTER : H : GLU OE1 A0025 <- 2.94 -> DC N4 D0033 : score 5.6052 : w : GLU OE1 A0025 <- 5.78 -> DA N6 D0032 : score 2.913 : w : LYS NZ A0028 <- 6.02 -> DG O6 C0006 : score 2.896 : w : LYS NZ A0028 <- 6.43 -> DA N6 C0004 : score 2.036 : w : LYS NZ A0032 <- 5.69 -> DT O4 C0007 : score 1.845 : H : ARG NH1 A0033 <- 3.08 -> DG N7 D0031 : score 5.77534 : H : GLU OE1 B0025 <- 2.76 -> DC N4 C0015 : score 5.8128 : H : LYS NZ B0028 <- 2.62 -> DG O6 D0022 : score 5.99552 : w : LYS NZ B0028 <- 6.03 -> DA N6 D0021 : score 2.036 : H : ARG NH1 B0033 <- 3.04 -> DG N7 C0013 : score 5.82429 : x : TYR xxxx B0019 <- 4.27 -> DG xxx D0022 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0032 <- 3.37 -> DT xxx D0024 : score x.xxxxx >1r0o_B:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE HETERODIMERIC ECDYSONE RECEPTOR DNA-BINDING COMPLEX organism=DROSOPHILA MELANOGASTER : H : GLU OE1 B0025 <- 2.76 -> DC N4 C0015 : score 5.8128 : H : LYS NZ B0028 <- 2.62 -> DG O6 D0022 : score 5.99552 : w : LYS NZ B0028 <- 6.03 -> DA N6 D0021 : score 2.036 : H : ARG NH1 B0033 <- 3.04 -> DG N7 C0013 : score 5.82429 : x : TYR xxxx B0019 <- 4.27 -> DG xxx D0022 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0032 <- 3.37 -> DT xxx D0024 : score x.xxxxx >1r2y_A:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=MUTM (FPG) BOUND TO 8-OXOGUANINE (OXOG) CONTAINING DNA organism=GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS : H : ARG NE A0112 <- 2.72 -> DC O2 B0007 : score 2.8969 : H : ARG NH1 A0112 <- 2.98 -> DC N3 B0007 : score 1.47566 : w : ARG NH2 A0112 <- 5.78 -> DG O6 C0019 : score 2.55 : w : ARG NH2 A0112 <- 5.88 -> DA N3 C0017 : score 1.61 : x : ARG xxxx A0076 <- 3.00 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0077 <- 3.55 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0111 <- 4.46 -> DT xxx B0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0114 <- 3.42 -> DC xxx B0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0223 <- 3.46 -> DA xxx C0017 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0264 <- 3.74 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx >1r2z_A:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=MUTM (FPG) BOUND TO 5,6-DIHYDROURACIL (DHU) CONTAINING DNA organism=GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS : w : GLU OE1 A0078 <- 6.45 -> DT O2 B0008 : score 2.434 : w : GLU OE2 A0078 <- 6.24 -> DT O2 B0008 : score 2.251 : H : ARG NE A0112 <- 2.78 -> DC O2 B0007 : score 2.86269 : H : ARG NH1 A0112 <- 3.03 -> DC N3 B0007 : score 1.46035 : w : ARG NH1 A0112 <- 6.48 -> DG O6 C0019 : score 2.757 : w : ARG NH2 A0112 <- 6.33 -> DA N3 C0017 : score 1.61 : w : ARG NH2 A0112 <- 6.22 -> DG O6 C0019 : score 2.55 : x : ARG xxxx A0076 <- 3.58 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0077 <- 3.71 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0114 <- 3.37 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0264 <- 3.99 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx >1r49_A:Eukaryotic_DNA_topoisomerase_I,_N-terminal_DNA-binding_fragment;DNA_breaking-rejoining_enzymes;Eukaryotic_DNA_topoisomerase_I,_dispensable_insert_domain; title=HUMAN TOPOISOMERASE I (TOPO70) DOUBLE MUTANT K532R/Y723F organism=Homo sapiens : H : ARG NH1 A0364 <- 3.32 -> DG N3 B0012 : score 2.62712 : H : ARG NH1 A0532 <- 2.44 -> DA N3 C0114 : score 3.90593 : H : ARG NH1 A0532 <- 2.98 -> DT O2 B0010 : score 4.22183 : x : TYR xxxx A0426 <- 3.11 -> DA xxx B0007 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0428 <- 3.80 -> DT xxx B0009 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0491 <- 3.30 -> DC xxx C0117 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0493 <- 3.89 -> DT xxx C0116 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0722 <- 4.12 -> DT xxx B0010 : score x.xxxxx >1r4i_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF ANDROGEN RECEPTOR DNA-BINDING DOMAIN BOUND TO A DIRECT REPEAT RESPONSE ELEMENT organism=Rattus norvegicus : H : ARG NH2 A0568 <- 3.10 -> DG N7 D0030 : score 6.05215 : H : ARG NH2 A0568 <- 3.05 -> DG O6 D0030 : score 6.29923 : H : LYS NZ B0563 <- 3.39 -> DG N7 D0021 : score 4.75715 : H : ARG NH1 B0568 <- 3.23 -> DG O6 C0013 : score 5.6211 : H : ARG NH2 B0568 <- 2.71 -> DG N7 C0013 : score 6.55435 : V : VAL CG2 A0564 <- 3.68 -> DT C7 D0031 : score 6.43565 : x : LYS xxxx A0563 <- 3.36 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0553 <- 4.12 -> DT xxx D0020 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0564 <- 4.11 -> DA xxx C0014 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0567 <- 4.23 -> DT xxx D0022 : score x.xxxxx >1r4o_AB:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE INTERACTION OF THE GLUCOCORTICOID RECEPTOR WITH DNA organism=Rattus norvegicus : H : ARG NH1 A0466 <- 2.29 -> DG O6 D0014 : score 6.7773 : H : ARG NH2 A0466 <- 2.80 -> DG N7 D0014 : score 6.43846 : w : ARG NH1 B0466 <- 5.78 -> DA N7 C0012 : score 0.357 : x : LYS xxxx A0461 <- 2.84 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0462 <- 3.24 -> DT xxx D0015 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0511 <- 3.39 -> DC xxx C0002 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0461 <- 3.42 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0462 <- 4.46 -> DT xxx C0013 : score x.xxxxx >1r4o_B:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE INTERACTION OF THE GLUCOCORTICOID RECEPTOR WITH DNA organism=Rattus norvegicus : w : ARG NH1 B0466 <- 5.78 -> DA N7 C0012 : score 0.357 : x : LYS xxxx B0461 <- 3.42 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0462 <- 4.46 -> DT xxx C0013 : score x.xxxxx >1r4r_AB:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE INTERACTION OF THE GLUCOCORTICOID RECEPTOR WITH DNA organism=Rattus norvegicus : H : ARG NH2 A0466 <- 3.30 -> DG O6 D0014 : score 5.96769 : H : ARG NH2 B0466 <- 2.89 -> DG O6 C0013 : score 6.51142 : V : VAL CG2 B0462 <- 3.56 -> DT C7 C0014 : score 6.6231 : x : LYS xxxx A0461 <- 3.40 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0462 <- 3.30 -> DT xxx D0015 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0465 <- 4.41 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0451 <- 4.39 -> DG xxx D0003 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0461 <- 3.93 -> DG xxx D0005 : score x.xxxxx >1r4r_B:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE INTERACTION OF THE GLUCOCORTICOID RECEPTOR WITH DNA organism=Rattus norvegicus : H : ARG NH2 B0466 <- 2.89 -> DG O6 C0013 : score 6.51142 : V : VAL CG2 B0462 <- 3.56 -> DT C7 C0014 : score 6.6231 : x : HIS xxxx B0451 <- 4.39 -> DG xxx D0003 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0461 <- 3.93 -> DG xxx D0005 : score x.xxxxx >1r71_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAIN OF KORB IN COMPLEX WITH THE OPERATOR DNA organism=Escherichia coli : H : THR OG1 A0211 <- 3.26 -> DC N4 F0011 : score 3.48183 A : w : GLU OE2 A0215 <- 6.29 -> DG O6 E0007 : score 2.674 : w : GLU OE2 A0215 <- 6.46 -> DA N7 E0006 : score 0.968 : H : ARG NH1 A0240 <- 3.41 -> DG O6 F0010 : score 5.3997 : H : THR OG1 B0211 <- 2.84 -> DC N4 E0011 : score 3.80394 A : w : GLU OE2 B0215 <- 6.61 -> DG O6 F0007 : score 2.674 : w : GLU OE2 B0215 <- 6.26 -> DA N7 F0006 : score 0.968 : H : ARG NH1 B0240 <- 3.48 -> DG O6 E0010 : score 5.3136 : H : ARG NH2 B0240 <- 3.28 -> DG N7 E0010 : score 5.82037 : V : PRO CB A0182 <- 3.84 -> DT C7 E0003 : score 5.80597 : V : ALA CB A0183 <- 3.83 -> DT C7 E0004 : score 5.56004 : V : ALA CB B0183 <- 3.81 -> DT C7 F0004 : score 5.58805 : x : SER xxxx A0181 <- 3.31 -> DT xxx F0012 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0184 <- 4.23 -> DT xxx F0012 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0186 <- 3.30 -> DT xxx E0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0187 <- 3.91 -> DT xxx F0012 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0209 <- 4.00 -> DC xxx F0009 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0181 <- 3.64 -> DT xxx E0012 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0182 <- 3.28 -> DT xxx F0003 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0184 <- 4.15 -> DT xxx E0012 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0186 <- 3.31 -> DT xxx F0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0187 <- 3.39 -> DT xxx E0012 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0209 <- 3.70 -> DG xxx E0009 : score x.xxxxx >1r71_CD: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAIN OF KORB IN COMPLEX WITH THE OPERATOR DNA organism=Escherichia coli : H : THR OG1 C0211 <- 2.79 -> DC N4 G0011 : score 3.84228 A : w : GLU OE2 C0215 <- 6.82 -> DG O6 H0007 : score 2.674 : H : ARG NH2 C0240 <- 3.28 -> DG N7 G0010 : score 5.82037 : w : GLU OE2 D0215 <- 6.11 -> DG O6 G0007 : score 2.674 : w : GLU OE2 D0215 <- 6.12 -> DA N7 G0006 : score 0.968 : H : ARG NH1 D0240 <- 3.22 -> DG O6 H0010 : score 5.6334 : H : ARG NH2 D0240 <- 3.15 -> DG N7 H0010 : score 5.98777 : w : ARG NH1 D0240 <- 5.92 -> DG N7 G0007 : score 1.777 : V : PRO CB D0182 <- 3.69 -> DT C7 G0003 : score 6.02589 : V : ALA CB C0183 <- 3.55 -> DT C7 G0012 : score 5.95218 : V : ALA CB D0183 <- 3.65 -> DT C7 H0012 : score 5.81213 : x : SER xxxx C0181 <- 3.23 -> DT xxx G0012 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx C0182 <- 3.06 -> DT xxx H0003 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx C0184 <- 4.30 -> DT xxx G0012 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0186 <- 3.58 -> DT xxx H0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx C0187 <- 3.59 -> DC xxx G0011 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx C0209 <- 3.72 -> DG xxx G0009 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0181 <- 4.37 -> DT xxx H0012 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0186 <- 3.61 -> DT xxx G0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx D0187 <- 3.87 -> DT xxx H0012 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx D0209 <- 4.13 -> DC xxx H0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0211 <- 3.50 -> DC xxx H0011 : score x.xxxxx >1r8d_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF MTAN BOUND TO DNA organism=Bacillus subtilis : H : ARG NE A0017 <- 3.09 -> DT O4 D0005 : score 1.85502 : H : ARG NH2 A0017 <- 3.02 -> DG O6 D0004 : score 6.33902 : H : TYR OH A0038 <- 2.94 -> DG N2 D0010 : score 4.74909 : w : TYR OH A0038 <- 5.86 -> DC O2 C-010 : score 2.026 : H : ARG NE B0017 <- 3.24 -> DG N7 C0004 : score 4.03502 : H : ARG NH2 B0017 <- 2.87 -> DG O6 C0004 : score 6.53794 : H : TYR OH B0038 <- 2.86 -> DG N2 C0010 : score 4.82727 : w : TYR OH B0038 <- 5.56 -> DT O2 C0011 : score 2.878 : x : HIS xxxx A0020 <- 3.94 -> DT xxx C-007 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0021 <- 3.21 -> DC xxx D0003 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0020 <- 3.83 -> DT xxx D-007 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0021 <- 3.04 -> DC xxx C0003 : score x.xxxxx >1r8e_A:Probable_bacterial_effector-binding_domain;Putative_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF BMRR BOUND TO DNA AT 2.4A RESOLUTION organism=Bacillus subtilis : x : LYS xxxx A0020 <- 4.08 -> DC xxx B-006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0023 <- 3.45 -> DT xxx B-007 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0042 <- 3.60 -> DC xxx B-010 : score x.xxxxx >1r9s_AB: title=RNA POLYMERASE II STRAND SEPARATED ELONGATION COMPLEX, MATCHED NUCLEOTIDE organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : x : ARG xxxx A0350 <- 3.93 -> DC xxx T0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0447 <- 4.41 -> DT xxx T0005 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0448 <- 4.22 -> DT xxx T0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0831 <- 3.19 -> DA xxx T0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0832 <- 3.52 -> DA xxx T0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A1386 <- 3.47 -> DA xxx T0001 : score x.xxxxx >1ram_AB:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=A NOVEL DNA RECOGNITION MODE BY NF-KB P65 HOMODIMER organism=Mus musculus : H : ARG NH1 A0033 <- 2.91 -> DG N7 D0007 : score 5.98335 : H : ARG NH1 A0033 <- 3.14 -> DG O6 D0007 : score 5.7318 : H : ARG NH2 A0033 <- 2.61 -> DG O6 D0007 : score 6.88274 : H : ARG NH2 A0035 <- 2.97 -> DG N7 D0006 : score 6.21955 : H : ARG NH2 A0035 <- 2.47 -> DG O6 D0006 : score 7.0684 : H : GLU OE2 A0039 <- 3.32 -> DC N4 C0014 : score 4.92685 : V : ARG CZ A0187 <- 3.89 -> DT C7 C0012 : score 2.13245 : x : TYR xxxx A0036 <- 3.12 -> DT xxx C0012 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0038 <- 3.99 -> DT xxx C0013 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0218 <- 3.69 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0036 <- 4.07 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0038 <- 4.33 -> DT xxx D0013 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx B0039 <- 3.21 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0187 <- 3.46 -> DT xxx D0011 : score x.xxxxx >1ram_B:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=A NOVEL DNA RECOGNITION MODE BY NF-KB P65 HOMODIMER organism=Mus musculus : x : TYR xxxx B0036 <- 4.07 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0038 <- 4.33 -> DT xxx D0013 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx B0039 <- 3.21 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0187 <- 3.46 -> DT xxx D0011 : score x.xxxxx >1rcs_A:TrpR-like; title=NMR STUDY OF TRP REPRESSOR-OPERATOR DNA COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH1 A0069 <- 2.88 -> DG N7 F0002 : score 6.02006 : H : ARG NH1 A0069 <- 3.20 -> DG O6 F0002 : score 5.658 : V : THR CG2 A0081 <- 3.89 -> DT C7 E0014 : score 4.23082 : x : GLN xxxx A0068 <- 4.09 -> DT xxx F0003 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0072 <- 3.31 -> DG xxx E0016 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0079 <- 2.93 -> DG xxx E0016 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0080 <- 3.06 -> DT xxx E0014 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0083 <- 3.43 -> DA xxx F0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0084 <- 3.06 -> DT xxx E0014 : score x.xxxxx >1rcs_AB: title=NMR STUDY OF TRP REPRESSOR-OPERATOR DNA COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH1 A0069 <- 2.88 -> DG N7 F0002 : score 6.02006 : H : ARG NH1 A0069 <- 3.20 -> DG O6 F0002 : score 5.658 : H : ARG NH1 B0569 <- 2.86 -> DG N7 E0002 : score 6.04453 : H : ARG NH1 B0569 <- 3.19 -> DT O4 E0003 : score 2.87238 : H : ARG NH2 B0569 <- 3.12 -> DG O6 E0002 : score 6.2064 : H : THR OG1 B0583 <- 3.48 -> DA N7 E0004 : score 2.88 : V : GLN CB B0568 <- 3.61 -> DT C7 E0003 : score 1.89302 : V : THR CG2 A0081 <- 3.89 -> DT C7 E0014 : score 4.23082 : x : GLN xxxx A0068 <- 4.09 -> DT xxx F0003 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0072 <- 3.31 -> DG xxx E0016 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0079 <- 2.93 -> DG xxx E0016 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0080 <- 3.06 -> DT xxx E0014 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0083 <- 3.43 -> DA xxx F0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0084 <- 3.06 -> DT xxx E0014 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0572 <- 3.38 -> DG xxx F0016 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0579 <- 2.91 -> DG xxx F0016 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0580 <- 3.11 -> DA xxx F0015 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0581 <- 3.99 -> DT xxx F0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0584 <- 3.05 -> DT xxx F0014 : score x.xxxxx >1rep_C:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF REPLICATION INITIATOR PROTEIN REPE54 OF MINI-F PLASMID COMPLEXED WITH AN ITERON DNA organism=Escherichia coli : H : GLU OE2 C0077 <- 2.59 -> DC N4 A0015 : score 5.72966 : w : GLU OE1 C0077 <- 5.70 -> DG N7 A0014 : score 1.289 : w : GLU OE1 C0077 <- 5.92 -> DG O6 A0014 : score 2.387 : H : ARG NH2 C0124 <- 2.64 -> DG N3 B0025 : score 3.72843 : H : ARG NH1 C0200 <- 2.66 -> DG O6 A0004 : score 6.3222 : H : ARG NH2 C0200 <- 2.63 -> DT O4 A0005 : score 3.75819 : H : ASP OD1 C0203 <- 3.28 -> DC N4 B0038 : score 4.77034 : H : ARG NH2 C0206 <- 2.88 -> DG O6 A0006 : score 6.52468 : H : ARG NE C0207 <- 2.77 -> DG N7 B0036 : score 4.45091 : H : ARG NH2 C0207 <- 2.34 -> DG O6 B0036 : score 7.2408 : V : PRO CG C0202 <- 3.60 -> DT C7 A0003 : score 6.59508 : x : SER xxxx C0075 <- 3.07 -> DG xxx B0025 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx C0076 <- 3.88 -> DA xxx B0026 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0079 <- 3.65 -> DA xxx B0026 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx C0080 <- 3.28 -> DG xxx B0029 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0083 <- 3.81 -> DG xxx B0027 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0197 <- 3.65 -> DT xxx B0037 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx C0198 <- 3.44 -> DG xxx B0036 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0233 <- 3.79 -> DC xxx A0001 : score x.xxxxx >1rh6_AB:Putative_DNA-binding_domain; title=BACTERIOPHAGE LAMBDA EXCISIONASE (XIS)-DNA COMPLEX organism=ENTEROBACTERIA PHAGE LAMBDA : H : GLU OE2 B0019 <- 3.05 -> DC N4 D0023 : score 5.22378 : w : GLU OE1 B0019 <- 5.97 -> DA N6 D0022 : score 2.913 : H : ARG NH1 B0023 <- 2.90 -> DG N7 C0005 : score 5.99559 : H : ARG NH2 B0023 <- 3.16 -> DT O4 D0024 : score 3.37292 : H : ARG NH2 B0023 <- 2.83 -> DT O4 C0006 : score 3.61281 : H : ARG NH1 B0039 <- 3.06 -> DC O2 D0019 : score 3.50031 : w : ARG NH1 B0039 <- 5.80 -> DA N3 D0018 : score 2.497 : x : THR xxxx B0020 <- 4.44 -> DG xxx C0005 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0022 <- 4.06 -> DG xxx D0021 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0026 <- 3.53 -> DA xxx D0022 : score x.xxxxx >1rh6_B:Putative_DNA-binding_domain; title=BACTERIOPHAGE LAMBDA EXCISIONASE (XIS)-DNA COMPLEX organism=ENTEROBACTERIA PHAGE LAMBDA : H : GLU OE2 B0019 <- 3.05 -> DC N4 D0023 : score 5.22378 : w : GLU OE1 B0019 <- 5.97 -> DA N6 D0022 : score 2.913 : H : ARG NH1 B0023 <- 2.90 -> DG N7 C0005 : score 5.99559 : H : ARG NH2 B0023 <- 2.83 -> DT O4 C0006 : score 3.61281 : H : ARG NH2 B0023 <- 3.16 -> DT O4 D0024 : score 3.37292 : H : ARG NH1 B0039 <- 3.06 -> DC O2 D0019 : score 3.50031 : w : ARG NH1 B0039 <- 5.80 -> DA N3 D0018 : score 2.497 : x : THR xxxx B0020 <- 4.44 -> DG xxx C0005 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0022 <- 4.06 -> DG xxx D0021 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0026 <- 3.53 -> DA xxx D0022 : score x.xxxxx >1rio_A:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=STRUCTURE OF BACTERIOPHAGE LAMBDA CI-NTD IN COMPLEX WITH SIGMA- REGION4 OF THERMUS AQUATICUS BOUND TO DNA organism=ENTEROBACTERIA PHAGE LAMBDA : H : LYS NZ A0004 <- 3.27 -> DG N7 U0011 : score 4.88659 : H : LYS NZ A0004 <- 2.76 -> DG O6 T0016 : score 5.83348 : H : LYS NZ A0005 <- 2.53 -> DG O6 T0018 : score 6.09969 : H : LYS NZ A0005 <- 3.21 -> DG N7 T0019 : score 4.95132 : H : LYS NZ A0005 <- 2.68 -> DG O6 T0019 : score 5.92607 : H : GLN OE1 A0045 <- 3.35 -> DA N6 U0005 : score 5.25328 : H : GLN NE2 A0045 <- 3.34 -> DA N7 U0005 : score 5.40461 : H : SER OG A0046 <- 2.89 -> DG N7 T0021 : score 4.43537 : H : ASN ND2 A0056 <- 2.96 -> DG N7 T0019 : score 4.3833 >1rio_ABH:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=STRUCTURE OF BACTERIOPHAGE LAMBDA CI-NTD IN COMPLEX WITH SIGMA- REGION4 OF THERMUS AQUATICUS BOUND TO DNA organism=THERMUS AQUATICUS / ENTEROBACTERIA PHAGE LAMBDA : H : LYS NZ A0004 <- 2.76 -> DG O6 T0016 : score 5.83348 : H : LYS NZ A0004 <- 3.27 -> DG N7 U0011 : score 4.88659 : H : LYS NZ A0005 <- 2.53 -> DG O6 T0018 : score 6.09969 : H : LYS NZ A0005 <- 3.21 -> DG N7 T0019 : score 4.95132 : H : LYS NZ A0005 <- 2.68 -> DG O6 T0019 : score 5.92607 : H : GLN OE1 A0045 <- 3.35 -> DA N6 U0005 : score 5.25328 : H : GLN NE2 A0045 <- 3.34 -> DA N7 U0005 : score 5.40461 : H : SER OG A0046 <- 2.89 -> DG N7 T0021 : score 4.43537 : H : ASN ND2 A0056 <- 2.96 -> DG N7 T0019 : score 4.3833 : H : LYS NZ B0005 <- 2.92 -> DG O6 U0015 : score 5.64829 : H : GLN OE1 B0045 <- 2.82 -> DA N6 T0009 : score 5.87895 : H : GLN NE2 B0045 <- 3.14 -> DA N7 T0009 : score 5.64696 : H : SER OG B0046 <- 2.76 -> DG O6 U0017 : score 3.95834 : H : ARG NE H0409 <- 3.03 -> DG N7 T0005 : score 4.22084 : H : ARG NH2 H0409 <- 2.86 -> DG O6 T0005 : score 6.5512 : H : GLU OE2 H0410 <- 3.26 -> DA N6 T0008 : score 2.99873 : H : GLN NE2 H0414 <- 2.90 -> DT O4 U0019 : score 5.292 : x : THR xxxx H0408 <- 3.83 -> DT xxx U0019 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H0411 <- 3.77 -> DT xxx U0019 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H0413 <- 3.61 -> DC xxx T0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0056 <- 2.96 -> DG xxx U0015 : score x.xxxxx >1rm1_A:TATA-box_binding_protein-like; title=STRUCTURE OF A YEAST TFIIA/TBP/TATA-BOX DNA COMPLEX organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ASN ND2 A0069 <- 2.85 -> DT O2 E0023 : score 4.84846 : H : ASN ND2 A0159 <- 3.24 -> DA N3 D0013 : score 3.38142 : H : THR OG1 A0215 <- 2.68 -> DA N3 D0013 : score 2.21079 : x : VAL xxxx A0071 <- 3.47 -> DA xxx D0014 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0099 <- 3.05 -> DT xxx E0021 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0114 <- 3.39 -> DT xxx E0021 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0116 <- 3.63 -> DA xxx D0016 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0122 <- 3.59 -> DA xxx D0015 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0124 <- 3.65 -> DT xxx E0022 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0161 <- 3.51 -> DA xxx D0013 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0190 <- 3.38 -> DA xxx D0011 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0191 <- 3.28 -> DA xxx E0027 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0205 <- 3.62 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0207 <- 2.98 -> DT xxx E0026 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0213 <- 3.59 -> DA xxx E0025 : score x.xxxxx >1rm1_AC:Transcription_factor_IIA_TFIIA,_beta-barrel_domain;Transcription_factor_IIA_TFIIA,_alpha-helical_domain; title=STRUCTURE OF A YEAST TFIIA/TBP/TATA-BOX DNA COMPLEX organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ASN ND2 A0069 <- 2.85 -> DT O2 E0023 : score 4.84846 : H : ASN ND2 A0159 <- 3.24 -> DA N3 D0013 : score 3.38142 : H : THR OG1 A0215 <- 2.68 -> DA N3 D0013 : score 2.21079 : x : VAL xxxx A0071 <- 3.47 -> DA xxx D0014 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0099 <- 3.05 -> DT xxx E0021 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0114 <- 3.39 -> DT xxx E0021 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0116 <- 3.63 -> DA xxx D0016 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0122 <- 3.59 -> DA xxx D0015 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0124 <- 3.65 -> DT xxx E0022 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0161 <- 3.51 -> DA xxx D0013 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0190 <- 3.38 -> DA xxx D0011 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0191 <- 3.28 -> DA xxx E0027 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0205 <- 3.62 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0207 <- 2.98 -> DT xxx E0026 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0213 <- 3.59 -> DA xxx E0025 : score x.xxxxx >1rpe_LR: title=THE PHAGE 434 OR2/R1-69 COMPLEX AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION organism=PHAGE 434 : H : GLN OE1 L0028 <- 2.84 -> DA N6 A0025 : score 5.85534 : H : GLN NE2 L0028 <- 2.95 -> DA N7 A0025 : score 5.8772 : H : GLN NE2 L0033 <- 2.78 -> DT O4 B0014 : score 5.4216 : w : LYS NZ L0038 <- 6.15 -> DA N6 A0028 : score 2.036 : w : ARG NH2 L0043 <- 5.36 -> DA N3 B0011 : score 1.61 : H : GLN OE1 R0028 <- 3.03 -> DA N6 B0004 : score 5.63105 : H : GLN NE2 R0028 <- 3.11 -> DA N7 B0004 : score 5.68332 : w : GLN OE1 R0033 <- 5.66 -> DA N6 A0034 : score 2.78 : V : GLN CB R0029 <- 3.60 -> DT C7 A0035 : score 1.89754 : x : GLN xxxx L0017 <- 4.16 -> DA xxx A0024 : score x.xxxxx : x : THR xxxx L0027 <- 4.02 -> DT xxx B0015 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx L0029 <- 3.41 -> DT xxx B0015 : score x.xxxxx : x : SER xxxx L0030 <- 3.25 -> DT xxx B0014 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx L0032 <- 3.79 -> DC xxx A0026 : score x.xxxxx : x : THR xxxx R0027 <- 3.85 -> DT xxx A0035 : score x.xxxxx : x : SER xxxx R0030 <- 2.91 -> DT xxx A0035 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx R0032 <- 3.51 -> DA xxx B0004 : score x.xxxxx >1rpe_R:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=THE PHAGE 434 OR2/R1-69 COMPLEX AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION organism=? : H : GLN OE1 R0028 <- 3.03 -> DA N6 B0004 : score 5.63105 : H : GLN NE2 R0028 <- 3.11 -> DA N7 B0004 : score 5.68332 : w : GLN OE1 R0033 <- 5.66 -> DA N6 A0034 : score 2.78 : V : GLN CB R0029 <- 3.60 -> DT C7 A0035 : score 1.89754 : x : THR xxxx R0027 <- 3.85 -> DT xxx A0035 : score x.xxxxx : x : SER xxxx R0030 <- 2.91 -> DT xxx A0035 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx R0032 <- 3.51 -> DA xxx B0004 : score x.xxxxx >1rr8_C:Eukaryotic_DNA_topoisomerase_I,_N-terminal_DNA-binding_fragment;DNA_breaking-rejoining_enzymes; title=STRUCTURAL MECHANISMS OF CAMPTOTHECIN RESISTANCE BY MUTATIONS IN HUMAN TOPOISOMERASE I organism=Homo sapiens : H : ARG NH2 C0364 <- 2.71 -> DA N3 B0113 : score 3.53429 : H : LYS NZ C0532 <- 2.65 -> DT O2 A0010 : score 3.83081 : x : GLU xxxx C0356 <- 3.79 -> DC xxx B0112 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx C0425 <- 3.93 -> DA xxx B0114 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx C0426 <- 2.95 -> DA xxx A0007 : score x.xxxxx : x : MET xxxx C0428 <- 4.37 -> DC xxx A0008 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx C0436 <- 4.16 -> DT xxx A0009 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0491 <- 3.82 -> DC xxx B0117 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0722 <- 3.81 -> DT xxx A0010 : score x.xxxxx >1rrj_A:Eukaryotic_DNA_topoisomerase_I,_N-terminal_DNA-binding_fragment;DNA_breaking-rejoining_enzymes;Eukaryotic_DNA_topoisomerase_I,_dispensable_insert_domain; title=STRUCTURAL MECHANISMS OF CAMPTOTHECIN RESISTANCE BY MUTATIONS IN HUMAN TOPOISOMERASE I organism=Homo sapiens : w : GLU OE1 A0356 <- 6.72 -> DC N4 C0112 : score 3.596 : H : ARG NH2 A0364 <- 2.68 -> DA N3 C0113 : score 3.55512 : w : ARG NH1 A0364 <- 6.47 -> DG N2 B0011 : score 1.084 : w : LYS NZ A0425 <- 6.34 -> DC N4 B0008 : score 0.705 : H : LYS NZ A0532 <- 2.89 -> DT O2 B0010 : score 3.65228 : V : PHE CZ A0640 <- 3.66 -> DT C7 C0106 : score 7.37875 : x : TYR xxxx A0426 <- 3.10 -> DA xxx B0007 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0428 <- 4.00 -> DC xxx B0008 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0436 <- 4.26 -> DT xxx B0009 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0491 <- 3.93 -> DT xxx C0116 : score x.xxxxx >1rrq_A:Nudix;DNA-glycosylase; title=MUTY ADENINE GLYCOSYLASE IN COMPLEX WITH DNA CONTAINING AN A:OXOG PAIR organism=GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS : w : TRP NE1 A0030 <- 5.73 -> DA N6 C0018 : score 3.907 : w : GLU OE1 A0043 <- 5.80 -> DA N7 C0018 : score 0.968 : w : GLN OE1 A0047 <- 5.91 -> DG N3 C0019 : score 1.492 : H : ARG NH1 A0050 <- 2.54 -> DC O2 C0016 : score 3.88431 : H : ARG NH1 A0050 <- 3.03 -> DA N3 C0017 : score 3.47598 : w : THR OG1 A0053 <- 6.45 -> DG N3 B0008 : score 2.005 : H : CYS SG A0164 <- 3.04 -> DA N6 B0002 : score 5.40077 : x : ARG xxxx A0026 <- 3.30 -> DA xxx C0018 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0028 <- 3.66 -> DA xxx C0018 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0031 <- 3.70 -> DA xxx C0018 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0046 <- 3.36 -> DA xxx C0018 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0048 <- 3.76 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0051 <- 3.35 -> DA xxx C0018 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0088 <- 3.24 -> DC xxx B0005 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0126 <- 3.32 -> DA xxx C0018 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0144 <- 4.39 -> DA xxx C0018 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0191 <- 3.57 -> DA xxx C0018 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0192 <- 3.85 -> DA xxx C0018 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0195 <- 4.45 -> DA xxx C0018 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0308 <- 3.84 -> DC xxx B0005 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0309 <- 4.02 -> DC xxx B0005 : score x.xxxxx >1rrs_A:DNA-glycosylase;Nudix; title=MUTY ADENINE GLYCOSYLASE IN COMPLEX WITH DNA CONTAINING AN ABASIC SITE organism=GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS : w : GLN OE1 A0047 <- 5.71 -> DG N3 C0019 : score 1.492 : x : GLN xxxx A0048 <- 2.89 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0050 <- 4.15 -> DA xxx C0017 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0088 <- 3.19 -> DC xxx B0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0308 <- 3.86 -> DC xxx B0005 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0309 <- 3.83 -> DC xxx B0005 : score x.xxxxx >1rtd_AB:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=STRUCTURE OF A CATALYTIC COMPLEX OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE: IMPLICATIONS FOR NUCLEOSIDE ANALOG DRUG RESISTANCE organism=HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 : H : TYR OH A0183 <- 2.84 -> DG N2 F0021 : score 4.84681 : H : TYR OH A0183 <- 2.67 -> DG N3 F0021 : score 4.10137 : H : ARG NH1 A0448 <- 2.66 -> DC O2 F0006 : score 3.79569 : H : GLN NE2 A0475 <- 3.27 -> DC O2 F0008 : score 3.52759 : x : PHE xxxx A0061 <- 3.59 -> DA xxx E0005 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0074 <- 3.43 -> DA xxx E0005 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0094 <- 3.33 -> DG xxx E0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0115 <- 3.80 -> DG xxx F0022 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0157 <- 4.14 -> DC xxx E0006 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0184 <- 3.58 -> DG xxx F0022 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0258 <- 3.97 -> DC xxx F0017 : score x.xxxxx >1rtd_CD:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=STRUCTURE OF A CATALYTIC COMPLEX OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE: IMPLICATIONS FOR NUCLEOSIDE ANALOG DRUG RESISTANCE organism=HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 : H : TYR OH C0183 <- 3.21 -> DG N2 H0021 : score 4.48525 : H : TYR OH C0183 <- 2.86 -> DG N3 H0021 : score 3.94947 : H : ARG NH1 C0448 <- 2.72 -> DC O2 H0006 : score 3.75138 : H : GLN NE2 C0475 <- 3.11 -> DC O2 H0008 : score 3.65219 : x : PHE xxxx C0061 <- 3.48 -> DA xxx G0005 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx C0074 <- 3.36 -> DA xxx G0005 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx C0094 <- 3.55 -> DG xxx G0008 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx C0115 <- 3.61 -> DG xxx H0022 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx C0157 <- 4.10 -> DC xxx G0006 : score x.xxxxx : x : MET xxxx C0184 <- 3.50 -> DG xxx H0022 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx C0258 <- 3.99 -> DC xxx H0017 : score x.xxxxx >1run_A:cAMP-binding_domain-like;"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN (CAP)/DNA COMPLEX + ADENOSINE-3',5'- CYCLIC-MONOPHOSPHATE organism=Escherichia coli : H : ARG NH1 A0180 <- 3.12 -> DG O6 C0005 : score 5.7564 : H : ARG NH2 A0180 <- 3.07 -> DG O6 C0005 : score 6.27271 : H : GLU OE1 A0181 <- 2.73 -> DC N4 F0007 : score 5.8474 : H : ARG NH1 A0185 <- 2.90 -> DG N7 C0007 : score 5.99559 : x : SER xxxx A0179 <- 3.93 -> DA xxx F0009 : score x.xxxxx >1ruo_A:cAMP-binding_domain-like;"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN (CAP) MUTANT/DNA COMPLEX + ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE organism=Escherichia coli : H : ARG NH1 A0180 <- 2.58 -> DG N7 C0005 : score 6.38714 : H : ARG NH2 A0180 <- 2.81 -> DG O6 C0005 : score 6.61751 : H : ARG NH1 A0185 <- 3.34 -> DG N7 C0007 : score 5.45721 : x : GLN xxxx A0170 <- 4.07 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0179 <- 3.99 -> DT xxx F0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0181 <- 2.73 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0182 <- 4.28 -> DA xxx F0009 : score x.xxxxx >1rv5_A:Restriction_endonuclease-like; title=COMPLEX OF ECORV ENDONUCLEASE WITH D(AAAGAT)/D(ATCTT) organism=ESCHERICHIA COLI : H : ASN OD1 A0185 <- 2.73 -> DA N6 D0005 : score 6.0047 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.98 -> DA N7 D0005 : score 5.49974 : H : THR OG1 A0186 <- 2.89 -> DT O4 C0008 : score 3.85624 : V : ASN CG A0188 <- 3.63 -> DT C7 C0008 : score 2.98315 : x : ASN xxxx A0070 <- 4.10 -> DA xxx C0005 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0104 <- 4.40 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0106 <- 3.70 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.08 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx >1rv5_AB: title=COMPLEX OF ECORV ENDONUCLEASE WITH D(AAAGAT)/D(ATCTT) organism=ESCHERICHIA COLI : H : ASN OD1 A0185 <- 2.73 -> DA N6 D0005 : score 6.0047 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.98 -> DA N7 D0005 : score 5.49974 : H : THR OG1 A0186 <- 2.89 -> DT O4 C0008 : score 3.85624 : H : ASN ND2 B0070 <- 2.79 -> DC O2 C0009 : score 4.65545 : H : ASN ND2 B0070 <- 2.92 -> DA N3 D0005 : score 3.61871 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.94 -> DA N6 C0005 : score 5.75598 : H : ASN ND2 B0185 <- 3.00 -> DA N7 C0005 : score 5.47692 : H : THR OG1 B0186 <- 2.90 -> DT O4 D0008 : score 3.84838 : V : ASN CG A0188 <- 3.63 -> DT C7 C0008 : score 2.98315 : V : ASN CG B0188 <- 3.67 -> DT C7 D0008 : score 2.95454 : x : ASN xxxx A0070 <- 4.10 -> DA xxx C0005 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0104 <- 4.40 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0106 <- 3.70 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.08 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 3.69 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.15 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx >1rva_AB: title=MG2+ BINDING TO THE ACTIVE SITE OF ECO RV ENDONUCLEASE: A CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF COMPLEXES WITH SUBSTRATE AND PRODUCT DNA AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION organism=Escherichia coli : H : ASN OD1 A0185 <- 2.86 -> DA N6 D0005 : score 5.85073 : H : ASN ND2 A0185 <- 3.02 -> DA N7 D0005 : score 5.4541 : H : THR OG1 A0186 <- 2.58 -> DT O4 C0008 : score 4.09971 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.83 -> DA N6 C0005 : score 5.88626 : H : ASN ND2 B0185 <- 2.89 -> DA N7 C0005 : score 5.60244 : H : THR OG1 B0186 <- 2.50 -> DT O4 D0008 : score 4.16254 : V : THR CB A0106 <- 3.87 -> DT C7 C0008 : score 3.80807 : V : THR CG2 B0106 <- 3.85 -> DT C7 D0008 : score 4.2741 : x : ASN xxxx A0070 <- 3.54 -> DA xxx C0005 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0104 <- 4.15 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.29 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 3.50 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0038 <- 4.22 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0070 <- 3.07 -> DC xxx C0009 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.33 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0188 <- 3.51 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >1rva_B:Restriction_endonuclease-like; title=MG2+ BINDING TO THE ACTIVE SITE OF ECO RV ENDONUCLEASE: A CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF COMPLEXES WITH SUBSTRATE AND PRODUCT DNA AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION organism=Escherichia coli : w : ASN ND2 B0120 <- 6.67 -> DG N2 D0004 : score 1.135 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.83 -> DA N6 C0005 : score 5.88626 : H : ASN ND2 B0185 <- 2.89 -> DA N7 C0005 : score 5.60244 : H : THR OG1 B0186 <- 2.50 -> DT O4 D0008 : score 4.16254 : V : THR CG2 B0106 <- 3.85 -> DT C7 D0008 : score 4.2741 : x : LYS xxxx B0038 <- 4.22 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0070 <- 3.07 -> DC xxx C0009 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.33 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0188 <- 3.51 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >1rvb_A:Restriction_endonuclease-like; title=MG2+ BINDING TO THE ACTIVE SITE OF ECO RV ENDONUCLEASE: A CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF COMPLEXES WITH SUBSTRATE AND PRODUCT DNA AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 A0070 <- 3.04 -> DC O2 D0009 : score 4.42314 : w : ASN OD1 A0070 <- 5.95 -> DT O2 C0006 : score 2.097 : H : ASN OD1 A0185 <- 2.83 -> DA N6 D0005 : score 5.88626 : H : ASN ND2 A0185 <- 3.14 -> DA N7 D0005 : score 5.31718 : H : THR OG1 A0186 <- 2.61 -> DT O4 C0008 : score 4.07615 : V : THR CB A0106 <- 3.77 -> DT C7 C0008 : score 3.90497 : x : LYS xxxx A0104 <- 4.26 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.25 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 3.47 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx >1rvb_AB: title=MG2+ BINDING TO THE ACTIVE SITE OF ECO RV ENDONUCLEASE: A CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF COMPLEXES WITH SUBSTRATE AND PRODUCT DNA AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 A0070 <- 3.04 -> DC O2 D0009 : score 4.42314 : w : ASN OD1 A0070 <- 5.95 -> DT O2 C0006 : score 2.097 : H : ASN OD1 A0185 <- 2.83 -> DA N6 D0005 : score 5.88626 : H : ASN ND2 A0185 <- 3.14 -> DA N7 D0005 : score 5.31718 : H : THR OG1 A0186 <- 2.61 -> DT O4 C0008 : score 4.07615 : H : ASN ND2 B0070 <- 2.95 -> DC O2 C0009 : score 4.50677 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.85 -> DA N6 C0005 : score 5.86258 : H : ASN ND2 B0185 <- 2.96 -> DA N7 C0005 : score 5.52256 : H : THR OG1 B0186 <- 2.55 -> DT O4 D0008 : score 4.12327 : V : THR CG2 B0106 <- 3.73 -> DT C7 D0008 : score 4.40395 : V : THR CB A0106 <- 3.77 -> DT C7 C0008 : score 3.90497 : x : LYS xxxx A0104 <- 4.26 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.25 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 3.47 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.27 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0188 <- 3.39 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >1rxw_A:PIN_domain-like;5'_to_3'_exonuclease,_C-terminal_subdomain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A. FULGIDUS FEN-1 BOUND TO DNA organism=Archaeoglobus fulgidus : w : SER OG A0059 <- 5.42 -> DC O2 B0015 : score 1.788 : w : SER OG A0059 <- 5.92 -> DG N3 C0002 : score 2.37 : w : ARG NH1 A0314 <- 5.63 -> DA N3 B0013 : score 2.497 : w : ARG NH2 A0314 <- 5.85 -> DA N3 B0013 : score 1.61 : x : ILE xxxx A0038 <- 3.46 -> DC xxx B0015 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0039 <- 3.60 -> DC xxx B0015 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0047 <- 3.73 -> DG xxx C0002 : score x.xxxxx >1ryr_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=REPLICATION OF A CIS-SYN THYMINE DIMER AT ATOMIC RESOLUTION organism=Sulfolobus solfataricus : w : LYS NZ A0339 <- 6.28 -> DA N7 B1807 : score 1.7 : x : ALA xxxx A0042 <- 3.30 -> DT xxx C1905 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0244 <- 4.06 -> DT xxx C1909 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0336 <- 3.91 -> DA xxx C1908 : score x.xxxxx >1rys_B:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=REPLICATION OF A CIS-SYN THYMINE DIMER AT ATOMIC RESOLUTION organism=Sulfolobus solfataricus : x : VAL xxxx B0032 <- 3.67 -> DT xxx F1904 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0295 <- 4.24 -> DT xxx E1811 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0332 <- 4.39 -> DT xxx F1905 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0336 <- 4.21 -> DA xxx F1907 : score x.xxxxx >1rz9_ABCDE:Origin_of_replication-binding_domain,_RBD-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF AAV REP COMPLEXED WITH THE REP-BINDING SEQUENCE organism=Adeno-associated virus - 5 : H : ARG NH1 A0106 <- 2.99 -> DT O2 F0022 : score 4.21307 : H : ARG NH1 A0106 <- 2.97 -> DC O2 F0023 : score 3.56677 : H : ARG NH2 A0106 <- 2.88 -> DC O2 F0023 : score 3.53609 : H : ARG NH1 B0106 <- 2.88 -> DG N3 F0019 : score 2.88514 : H : LYS NZ B0137 <- 3.04 -> DG N7 F0012 : score 5.1347 : H : LYS NZ B0137 <- 2.74 -> DG O6 F0012 : score 5.85663 : H : ARG NH2 C0106 <- 2.65 -> DC O2 F0015 : score 3.7014 : H : ARG NH1 D0106 <- 3.39 -> DT O2 F0010 : score 3.86271 : H : ARG NH2 D0106 <- 2.57 -> DC O2 F0011 : score 3.75889 : H : ARG NH2 E0106 <- 2.47 -> DC O2 F0007 : score 3.83077 : x : MET xxxx A0102 <- 3.65 -> DG xxx G0006 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0137 <- 3.31 -> DG xxx F0016 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0138 <- 4.10 -> DG xxx F0016 : score x.xxxxx : x : MET xxxx B0102 <- 3.93 -> DG xxx G0010 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0138 <- 4.34 -> DC xxx F0013 : score x.xxxxx : x : MET xxxx C0102 <- 3.52 -> DG xxx G0014 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx C0137 <- 3.77 -> DC xxx F0007 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx C0138 <- 4.32 -> DG xxx F0008 : score x.xxxxx : x : MET xxxx D0102 <- 3.50 -> DG xxx G0018 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0137 <- 3.65 -> DG xxx F0004 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0138 <- 3.25 -> DG xxx F0004 : score x.xxxxx : x : MET xxxx E0102 <- 4.28 -> DT xxx F0006 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx E0137 <- 3.20 -> DG xxx G0026 : score x.xxxxx >1rz9_B:Origin_of_replication-binding_domain,_RBD-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF AAV REP COMPLEXED WITH THE REP-BINDING SEQUENCE organism=Adeno-associated virus - 5 : H : ARG NH1 B0106 <- 2.88 -> DG N3 F0019 : score 2.88514 : H : LYS NZ B0137 <- 3.04 -> DG N7 F0012 : score 5.1347 : H : LYS NZ B0137 <- 2.74 -> DG O6 F0012 : score 5.85663 : x : MET xxxx B0102 <- 3.93 -> DG xxx G0010 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0138 <- 4.34 -> DC xxx F0013 : score x.xxxxx >1rzr_AD: title=CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSCRIPTIONAL REGULATOR-PHOSPHOPROTEIN-DNA COMPLEX organism=BACILLUS MEGATERIUM : H : ARG NH1 A0021 <- 3.15 -> DT O4 B0712 : score 2.89731 : H : ARG NH2 A0021 <- 2.44 -> DG N7 E0702 : score 6.90203 : H : ARG NH1 D0021 <- 3.01 -> DG N7 B0702 : score 5.86099 : H : ARG NH2 D0021 <- 2.34 -> DG O6 B0702 : score 7.2408 : V : MET CE D0016 <- 3.51 -> DT C7 E0710 : score 7.3623 : x : ILE xxxx A0005 <- 4.46 -> DC xxx B0709 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0015 <- 3.53 -> DG xxx E0702 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0016 <- 3.21 -> DT xxx B0710 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0017 <- 2.89 -> DA xxx E0703 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0020 <- 4.04 -> DT xxx B0710 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0052 <- 4.04 -> DG xxx B0708 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0055 <- 3.55 -> DC xxx E0707 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0056 <- 3.18 -> DC xxx B0709 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx D0005 <- 4.08 -> DC xxx E0709 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0015 <- 3.33 -> DT xxx B0703 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx D0017 <- 2.87 -> DT xxx B0703 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0020 <- 4.28 -> DT xxx E0710 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx D0052 <- 3.34 -> DG xxx E0708 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx D0055 <- 3.42 -> DC xxx B0707 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx D0056 <- 3.13 -> DC xxx E0709 : score x.xxxxx >1rzr_CG: title=CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSCRIPTIONAL REGULATOR-PHOSPHOPROTEIN-DNA COMPLEX organism=BACILLUS MEGATERIUM : H : ARG NH1 C0021 <- 3.42 -> DG N7 R0702 : score 5.35932 : H : ARG NH2 C0021 <- 2.96 -> DG O6 R0702 : score 6.41858 : V : MET CE G0016 <- 3.52 -> DT C7 R0710 : score 7.34514 : x : ILE xxxx G0005 <- 3.97 -> DC xxx R0709 : score x.xxxxx : x : SER xxxx G0015 <- 3.53 -> DG xxx H0702 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx G0017 <- 3.03 -> DA xxx H0703 : score x.xxxxx : x : SER xxxx G0020 <- 3.19 -> DT xxx R0711 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx G0021 <- 2.92 -> DT xxx H0701 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx G0052 <- 3.71 -> DG xxx R0708 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx G0055 <- 3.71 -> DC xxx H0707 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx G0056 <- 3.51 -> DC xxx R0709 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx C0005 <- 3.24 -> DT xxx H0710 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0015 <- 2.69 -> DT xxx R0703 : score x.xxxxx : x : MET xxxx C0016 <- 3.65 -> DT xxx H0710 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx C0017 <- 2.91 -> DT xxx R0703 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0018 <- 4.44 -> DT xxx R0701 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0020 <- 4.03 -> DT xxx H0710 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx C0029 <- 3.46 -> DT xxx R0701 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx C0052 <- 3.60 -> DG xxx H0708 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx C0055 <- 3.13 -> DC xxx R0707 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx C0056 <- 3.39 -> DC xxx H0709 : score x.xxxxx >1rzr_D:Periplasmic_binding_protein-like_I;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSCRIPTIONAL REGULATOR-PHOSPHOPROTEIN-DNA COMPLEX organism=? : H : ARG NH1 D0021 <- 3.01 -> DG N7 B0702 : score 5.86099 : H : ARG NH2 D0021 <- 2.34 -> DG O6 B0702 : score 7.2408 : V : MET CE D0016 <- 3.51 -> DT C7 E0710 : score 7.3623 : x : ILE xxxx D0005 <- 4.08 -> DC xxx E0709 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0015 <- 3.33 -> DT xxx B0703 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx D0017 <- 2.87 -> DT xxx B0703 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0020 <- 4.28 -> DT xxx E0710 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx D0052 <- 3.34 -> DG xxx E0708 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx D0055 <- 3.42 -> DC xxx B0707 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx D0056 <- 3.13 -> DC xxx E0709 : score x.xxxxx >1s0m_B:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A BENZO[A]PYRENE DIOL EPOXIDE ADDUCT IN A TERNARY COMPLEX WITH A DNA POLYMERASE organism=Sulfolobus solfataricus : x : SER xxxx B0244 <- 4.21 -> DT xxx F1909 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0332 <- 3.30 -> DA xxx F1906 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0336 <- 4.12 -> DA xxx F1908 : score x.xxxxx >1s0n_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=SNAPSHOTS OF REPLICATION THROUGH AN ABASIC LESION: STRUCTURAL BASIS FOR BASE SUBSTITUTION AND FRAMESHIFT organism=Sulfolobus solfataricus : x : ARG xxxx A0332 <- 4.28 -> DC xxx T0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0336 <- 4.45 -> DT xxx T0008 : score x.xxxxx >1s0o_B:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=SNAPSHOTS OF REPLICATION THROUGH AN ABASIC LESION: STRUCTURAL BASIS FOR BASE SUBSTITUTION AND FRAMESHIFT organism=Sulfolobus solfataricus : w : ARG NH1 B0336 <- 5.75 -> DT O4 F1909 : score 1.904 : x : VAL xxxx B0032 <- 3.36 -> DA xxx F1904 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0042 <- 3.65 -> DA xxx F1904 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0044 <- 4.33 -> DA xxx F1904 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0332 <- 4.03 -> DG xxx F1905 : score x.xxxxx >1s0v_A:DNA/RNA_polymerases; title=STRUCTURAL BASIS FOR SUBSTRATE SELECTION BY T7 RNA POLYMERASE organism=ENTEROBACTERIA PHAGE T7 : w : ARG NH2 A0647 <- 5.41 -> DG N3 G0001 : score 1.084 : w : ASP OD2 A0653 <- 6.74 -> DT O4 E0010 : score 2.829 : x : TYR xxxx A0639 <- 4.28 -> DT xxx E0010 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0644 <- 2.95 -> DA xxx E0009 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0649 <- 3.26 -> DT xxx E0010 : score x.xxxxx >1s10_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=SNAPSHOTS OF REPLICATION THROUGH AN ABASIC LESION: STRUCTURAL BASIS FOR BASE SUBSTITUTION AND FRAMESHIFT organism=Sulfolobus solfataricus : w : SER OG A0297 <- 6.12 -> DG N7 B1808 : score 2.881 : x : ARG xxxx A0336 <- 4.35 -> DG xxx C1908 : score x.xxxxx >1s32_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=MOLECULAR RECOGNITION OF THE NUCLEOSOMAL 'SUPERGROOVE' organism=XENOPUS LAEVIS : w : HIS NE2 A0439 <- 5.29 -> DA N3 J0151 : score 3.29 : H : ARG NH2 A0440 <- 2.65 -> DA N3 J0229 : score 3.57595 : w : TYR OH A0441 <- 5.78 -> DT O2 I0142 : score 2.878 : w : TYR OH A0441 <- 6.07 -> DA N3 J0151 : score 1.413 : w : ARG NH1 D1230 <- 5.56 -> DG N2 J0267 : score 1.084 : w : HIS NE2 E0639 <- 5.39 -> DT O2 J0289 : score 3.881 : H : ARG NH1 E0640 <- 3.26 -> DA N3 I0082 : score 3.30838 : w : ARG NH1 E0640 <- 6.31 -> DG N3 I0081 : score 1.371 : w : ARG NH2 E0640 <- 5.41 -> DA N3 I0083 : score 1.61 : w : ARG NH2 F0245 <- 5.61 -> DC O2 I0079 : score 1.782 : w : ARG NH1 G1077 <- 5.61 -> DG N3 I0131 : score 1.371 : w : ARG NH2 G1077 <- 5.92 -> DT O2 I0130 : score 2.047 : x : LEU xxxx A0465 <- 3.67 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0483 <- 4.39 -> DC xxx I0050 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0045 <- 4.29 -> DT xxx J0226 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D1226 <- 2.95 -> DG xxx J0192 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx E0641 <- 4.49 -> DT xxx I0006 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0665 <- 4.12 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0683 <- 3.86 -> DC xxx J0196 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx F0232 <- 4.32 -> DT xxx J0208 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H1426 <- 2.95 -> DG xxx J0249 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H1430 <- 3.35 -> DG xxx I0121 : score x.xxxxx >1s32_D:Histone-fold; title=MOLECULAR RECOGNITION OF THE NUCLEOSOMAL 'SUPERGROOVE' organism=XENOPUS LAEVIS : w : ARG NH1 D1230 <- 5.56 -> DG N2 J0267 : score 1.084 : x : ARG xxxx D1226 <- 2.95 -> DG xxx J0192 : score x.xxxxx >1s40_A:Nucleic_acid-binding_proteins; title=SOLUTION STRUCTURE OF THE CDC13 DNA-BINDING DOMAIN COMPLEXED WITH A SINGLE-STRANDED TELOMERIC DNA 11-MER organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : SER OG A0038 <- 2.68 -> DG O6 B0006 : score 4.02117 : H : SER OG A0046 <- 2.94 -> DG N7 B0006 : score 4.3902 : H : ASN ND2 A0114 <- 2.58 -> DG O6 B0011 : score 5.87852 : x : GLU xxxx A0024 <- 3.37 -> DG xxx B0001 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0025 <- 4.11 -> DG xxx B0001 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0027 <- 3.20 -> DG xxx B0001 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0040 <- 4.16 -> DG xxx B0006 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0041 <- 3.24 -> DG xxx B0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0043 <- 2.52 -> DT xxx B0004 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0044 <- 4.38 -> DT xxx B0004 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0048 <- 4.14 -> DG xxx B0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0060 <- 3.68 -> DG xxx B0005 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0061 <- 3.11 -> DT xxx B0008 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0062 <- 3.76 -> DG xxx B0007 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0063 <- 3.29 -> DG xxx B0007 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0070 <- 2.37 -> DG xxx B0011 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0081 <- 3.09 -> DG xxx B0005 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0085 <- 3.06 -> DT xxx B0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0111 <- 3.60 -> DG xxx B0011 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0112 <- 2.73 -> DG xxx B0011 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0127 <- 3.64 -> DT xxx B0002 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0131 <- 3.66 -> DG xxx B0005 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0136 <- 2.66 -> DG xxx B0005 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0137 <- 4.26 -> DG xxx B0005 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0140 <- 4.49 -> DT xxx B0002 : score x.xxxxx >1s6m_A:Origin_of_replication-binding_domain,_RBD-like; title=CONJUGATIVE RELAXASE TRWC IN COMPLEX WITH ORIT DNA. METAL-BOUND STRUCTURE organism=ESCHERICHIA COLI : w : SER OG A0072 <- 6.26 -> DA N6 B0010 : score 2.203 : H : ARG NH1 A0075 <- 2.90 -> DA N3 B0005 : score 3.57072 : H : ARG NH1 A0128 <- 3.10 -> DG N7 B0015 : score 5.75087 : H : ARG NH2 A0128 <- 2.78 -> DG O6 B0015 : score 6.65729 : H : LYS NZ A0130 <- 2.96 -> DG N7 B0013 : score 5.22099 : w : LYS NZ A0181 <- 5.94 -> DG O6 B0003 : score 2.896 : x : ALA xxxx A0073 <- 3.59 -> DC xxx B0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0081 <- 4.49 -> DC xxx B0016 : score x.xxxxx >1s76_D:DNA/RNA_polymerases; title=T7 RNA POLYMERASE ALPHA BETA METHYLENE ATP ELONGATION COMPLEX organism=Enterobacteria phage T7 : H : ARG NE D0632 <- 2.94 -> DT O4 T0120 : score 1.91409 : H : ARG NH2 D0632 <- 3.09 -> DT O4 T0120 : score 3.42381 : V : TYR CZ D0178 <- 3.54 -> DT C7 N0016 : score 5.80671 : V : LYS CE D0164 <- 3.83 -> DT C7 N0021 : score 2.382 : x : GLU xxxx D0168 <- 2.33 -> DT xxx N0020 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0172 <- 3.68 -> DA xxx N0017 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0173 <- 2.73 -> DA xxx N0017 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx D0174 <- 4.46 -> DT xxx N0016 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0379 <- 3.45 -> DC xxx N0018 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0385 <- 3.55 -> DT xxx N0016 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0427 <- 4.21 -> DC xxx T0118 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0636 <- 3.05 -> DT xxx T0120 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0639 <- 3.67 -> DT xxx T0120 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0641 <- 4.45 -> DT xxx T0120 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx D0644 <- 3.20 -> DA xxx T0121 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0647 <- 3.43 -> DT xxx N0020 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx D0649 <- 3.33 -> DT xxx T0120 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx D0670 <- 2.93 -> DG xxx N0019 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx D0671 <- 3.61 -> DG xxx N0019 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx D0780 <- 4.11 -> DT xxx T0120 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx D0784 <- 3.67 -> DT xxx T0119 : score x.xxxxx >1s77_D:DNA/RNA_polymerases; title=T7 RNAP PRODUCT PYROPHOSPHATE ELONGATION COMPLEX organism=Enterobacteria phage T7 : H : ARG NH2 D0632 <- 2.93 -> DT O4 T0120 : score 3.54012 : x : ASN xxxx D0165 <- 3.43 -> DT xxx N0020 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx D0168 <- 2.82 -> DG xxx N0019 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0172 <- 3.62 -> DA xxx N0017 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0173 <- 3.53 -> DA xxx N0017 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0178 <- 3.51 -> DT xxx N0016 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0385 <- 3.74 -> DT xxx N0016 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0427 <- 4.33 -> DC xxx T0118 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0636 <- 3.29 -> DT xxx T0120 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0639 <- 3.72 -> DT xxx T0120 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0641 <- 4.23 -> DT xxx T0120 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx D0644 <- 3.02 -> DA xxx T0121 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0647 <- 2.55 -> DT xxx N0020 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx D0649 <- 3.51 -> DT xxx T0120 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx D0669 <- 3.69 -> DG xxx N0019 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx D0670 <- 3.20 -> DG xxx N0019 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx D0671 <- 3.55 -> DG xxx N0019 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx D0780 <- 4.19 -> DT xxx T0120 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx D0784 <- 3.47 -> DT xxx T0119 : score x.xxxxx >1s97_C:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=DPO4 WITH GT MISMATCH organism=Sulfolobus solfataricus : x : VAL xxxx C0032 <- 4.22 -> DG xxx K0005 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx C0042 <- 3.64 -> DG xxx K0005 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx C0044 <- 4.06 -> DG xxx K0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0244 <- 4.13 -> DT xxx K0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0332 <- 3.22 -> DT xxx K0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0336 <- 3.55 -> DG xxx K0008 : score x.xxxxx >1s9f_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=DPO WITH AT MATCHED organism=Sulfolobus solfataricus : w : LYS NZ A0078 <- 5.91 -> DT O2 I0006 : score 0.459 : x : SER xxxx A0244 <- 4.17 -> DT xxx I0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0332 <- 3.53 -> DT xxx I0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0336 <- 4.30 -> DG xxx I0008 : score x.xxxxx >1s9k_CDE:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN NFAT1 AND FOS-JUN ON THE IL-2 ARRE1 SITE organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH1 C0421 <- 3.01 -> DG N7 A4004 : score 5.86099 : H : ARG NH2 C0421 <- 2.73 -> DG O6 A4004 : score 6.7236 : H : GLN OE1 C0571 <- 2.92 -> DA N6 A4005 : score 5.7609 : H : GLN NE2 C0571 <- 3.09 -> DA N7 A4005 : score 5.70755 : H : ASN OD1 D0147 <- 3.39 -> DA N6 A4016 : score 5.22302 : H : ASN ND2 D0147 <- 3.05 -> DT O4 B5006 : score 4.99237 : H : ARG NH1 D0155 <- 3.24 -> DG N7 A4014 : score 5.57957 : H : ARG NH2 D0155 <- 3.00 -> DG O6 A4014 : score 6.36554 : H : ASN OD1 E0272 <- 2.97 -> DC N4 B5011 : score 4.08568 : x : TYR xxxx C0424 <- 3.40 -> DT xxx B5018 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx C0427 <- 2.74 -> DT xxx B5018 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0430 <- 2.59 -> DT xxx A4003 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0537 <- 4.00 -> DA xxx A4010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0572 <- 3.60 -> DT xxx B5015 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0143 <- 4.45 -> DT xxx A4018 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx D0150 <- 4.18 -> DA xxx B5005 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx D0151 <- 3.98 -> DT xxx A4015 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx E0275 <- 3.94 -> DT xxx A4011 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx E0279 <- 4.20 -> DT xxx A4011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0280 <- 4.00 -> DA xxx B5008 : score x.xxxxx >1s9k_E:Leucine_zipper_domain;A_DNA-binding_domain_in_eukaryotic_transcription_factors; title=CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN NFAT1 AND FOS-JUN ON THE IL-2 ARRE1 SITE organism=HOMO SAPIENS : H : ASN OD1 E0272 <- 2.97 -> DC N4 B5011 : score 4.08568 : x : ALA xxxx E0275 <- 3.94 -> DT xxx A4011 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx E0279 <- 4.20 -> DT xxx A4011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0280 <- 4.00 -> DA xxx B5008 : score x.xxxxx >1sax_A:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF S.AUREUS METHICILLIN-RESISTANCE REGULATING TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR MECI IN COMPLEX WITH 25-BP DS- DNA organism=Staphylococcus aureus subsp. aureus : H : LYS NZ A0043 <- 2.51 -> DT O4 D0018 : score 3.74505 : H : THR OG1 A0047 <- 3.11 -> DA N7 D0016 : score 3.12667 : H : THR OG1 A0047 <- 2.77 -> DA N6 D0016 : score 2.17193 : H : ARG NH1 A0051 <- 2.86 -> DG N7 D0014 : score 6.04453 : H : ARG NH2 A0051 <- 2.93 -> DG O6 D0014 : score 6.45837 : x : THR xxxx A0044 <- 3.78 -> DA xxx D0016 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0046 <- 3.32 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0048 <- 4.04 -> DT xxx D0015 : score x.xxxxx >1sax_AB:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF S.AUREUS METHICILLIN-RESISTANCE REGULATING TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR MECI IN COMPLEX WITH 25-BP DS- DNA organism=Staphylococcus aureus subsp. aureus : H : LYS NZ A0043 <- 2.51 -> DT O4 D0018 : score 3.74505 : H : THR OG1 A0047 <- 3.11 -> DA N7 D0016 : score 3.12667 : H : THR OG1 A0047 <- 2.77 -> DA N6 D0016 : score 2.17193 : H : ARG NH1 A0051 <- 2.86 -> DG N7 D0014 : score 6.04453 : H : ARG NH2 A0051 <- 2.93 -> DG O6 D0014 : score 6.45837 : H : LYS NZ B0043 <- 2.68 -> DT O4 C0022 : score 3.6247 : H : THR OG1 B0047 <- 3.06 -> DA N7 C0020 : score 3.16 : H : THR OG1 B0047 <- 2.83 -> DA N6 C0020 : score 2.14602 : H : ARG NH1 B0051 <- 2.78 -> DG N7 C0018 : score 6.14242 : H : ARG NH2 B0051 <- 3.27 -> DG N7 C0018 : score 5.83325 : H : ARG NH2 B0051 <- 2.88 -> DG O6 C0018 : score 6.52468 : x : THR xxxx A0044 <- 3.78 -> DA xxx D0016 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0046 <- 3.32 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0048 <- 4.04 -> DT xxx D0015 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0044 <- 3.88 -> DA xxx C0020 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0046 <- 4.48 -> DA xxx D0004 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0048 <- 3.99 -> DT xxx C0019 : score x.xxxxx >1sfo_A:beta_and_beta-prime_subunits_of_DNA_dependent_RNA-polymerase; title=RNA POLYMERASE II STRAND SEPARATED ELONGATION COMPLEX organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : x : PHE xxxx A0252 <- 3.60 -> DA xxx T0013 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0257 <- 4.30 -> DT xxx T0014 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0317 <- 4.23 -> DT xxx T0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0350 <- 3.84 -> DC xxx T0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0447 <- 4.48 -> DT xxx T0005 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0448 <- 3.90 -> DT xxx T0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0831 <- 3.20 -> DA xxx T0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A1386 <- 3.63 -> DA xxx T0001 : score x.xxxxx >1sfo_AB: title=RNA POLYMERASE II STRAND SEPARATED ELONGATION COMPLEX organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : x : PHE xxxx A0252 <- 3.60 -> DA xxx T0013 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0257 <- 4.30 -> DT xxx T0014 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0317 <- 4.23 -> DT xxx T0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0350 <- 3.84 -> DC xxx T0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0447 <- 4.48 -> DT xxx T0005 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0448 <- 3.90 -> DT xxx T0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0831 <- 3.20 -> DA xxx T0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A1386 <- 3.63 -> DA xxx T0001 : score x.xxxxx >1sfu_A:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE VIRAL ZALPHA DOMAIN BOUND TO LEFT-HANDED Z- DNA organism=Yaba-like disease virus : x : TYR xxxx A0051 <- 3.55 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx >1skm_A:S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=HHAI METHYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH DNA CONTAINING AN ABASIC SOUTH CARBOCYCLIC SUGAR AT ITS TARGET SITE organism=Haemophilus haemolyticus : w : ARG NH2 A0228 <- 6.76 -> DA N7 D0005 : score 1.743 : H : ARG NH1 A0240 <- 2.82 -> DG N7 D0006 : score 6.09348 : H : ARG NH2 A0240 <- 2.83 -> DG O6 D0006 : score 6.59098 : w : LYS NZ A0261 <- 5.55 -> DT O4 C0005 : score 1.845 : V : ALA CB A0260 <- 3.60 -> DT C7 C0005 : score 5.88215 : x : ILE xxxx A0086 <- 3.70 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0087 <- 3.55 -> DG xxx D0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0237 <- 3.26 -> DG xxx D0006 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0239 <- 4.25 -> DC xxx C0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0252 <- 4.12 -> DG xxx D0008 : score x.xxxxx >1skn_P:A_DNA-binding_domain_in_eukaryotic_transcription_factors; title=THE BINDING DOMAIN OF SKN-1 IN COMPLEX WITH DNA: A NEW DNA-BINDING MOTIF organism=Caenorhabditis elegans : H : ASN OD1 P0511 <- 3.36 -> DC N4 A0010 : score 3.75578 : H : ASN ND2 P0511 <- 3.40 -> DT O4 B0007 : score 4.62451 : H : ARG NH1 P0519 <- 3.19 -> DG N7 A0008 : score 5.64075 : H : ARG NH2 P0519 <- 3.11 -> DG N7 A0008 : score 6.03928 : H : ARG NH2 P0519 <- 2.26 -> DG O6 A0008 : score 7.34689 : x : ARG xxxx P0507 <- 3.43 -> DC xxx A0010 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx P0515 <- 3.33 -> DT xxx A0009 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx P0518 <- 4.06 -> DT xxx B0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx P0522 <- 4.47 -> DG xxx B0008 : score x.xxxxx >1skr_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=T7 DNA POLYMERASE COMPLEXED TO DNA PRIMER/TEMPLATE AND DDATP organism=ENTEROBACTERIA PHAGE T7 : w : ARG NH1 A0429 <- 5.53 -> DT O2 T0006 : score 1.824 : w : ASN ND2 A0436 <- 5.69 -> DG N3 T0007 : score 3.08 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.02 -> DC O2 P0020 : score 3.72227 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.03 -> DG N3 T0008 : score 4.86295 : w : HIS NE2 A0653 <- 5.85 -> DA N3 P0021 : score 3.29 : x : LYS xxxx A0394 <- 3.39 -> DC xxx P0019 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0523 <- 4.24 -> DT xxx T0004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0530 <- 3.38 -> DT xxx T0004 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0536 <- 4.18 -> DT xxx T0004 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0540 <- 3.53 -> DT xxx T0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0611 <- 4.19 -> DT xxx T0005 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0615 <- 3.60 -> DT xxx T0005 : score x.xxxxx >1sks_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=BINARY 3' COMPLEX OF T7 DNA POLYMERASE WITH A DNA PRIMER/TEMPLATE CONTAINING A CIS-SYN THYMINE DIMER ON THE TEMPLATE organism=ENTEROBACTERIA PHAGE T7 : H : LYS NZ A0394 <- 2.83 -> DG N3 P0018 : score 1.69235 : w : LYS NZ A0394 <- 5.74 -> DT O2 P0017 : score 0.459 : w : ARG NH1 A0429 <- 5.85 -> DG N3 T0007 : score 1.371 : w : ASN ND2 A0436 <- 5.76 -> DG N3 T0008 : score 3.08 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.18 -> DC O2 P0019 : score 3.59768 : H : GLN NE2 A0439 <- 2.91 -> DC O2 T0009 : score 3.80793 : x : TYR xxxx A0530 <- 3.33 -> DA xxx T0006 : score x.xxxxx >1skw_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=BINARY 3' COMPLEX OF T7 DNA POLYMERASE WITH A DNA PRIMER/TEMPLATE CONTAINING A DISORDERED CIS-SYN THYMINE DIMER ON THE TEMPLATE organism=ENTEROBACTERIA PHAGE T7 : H : LYS NZ A0394 <- 3.17 -> DG N3 P0018 : score 1.57657 : w : ARG NH1 A0429 <- 5.56 -> DG N3 T0007 : score 1.371 : w : ASN ND2 A0436 <- 5.67 -> DG N3 T0008 : score 3.08 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.03 -> DC O2 P0019 : score 3.71448 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.00 -> DC O2 T0009 : score 3.73785 : w : HIS NE2 A0653 <- 5.70 -> DC O2 P0020 : score 3.211 : x : TYR xxxx A0530 <- 3.42 -> DA xxx T0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0615 <- 3.75 -> DA xxx T0006 : score x.xxxxx >1sl0_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=TERNARY 3' COMPLEX OF T7 DNA POLYMERASE WITH A DNA PRIMER/TEMPLATE CONTAINING A DISORDERED CIS-SYN THYMINE DIMER ON THE TEMPLATE AND AN INCOMING NUCLEOTIDE organism=ENTEROBACTERIA PHAGE T7 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.09 -> DC O2 T0009 : score 3.66776 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.08 -> DC O2 P0019 : score 3.67555 : x : LYS xxxx A0394 <- 3.54 -> DG xxx P0018 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0429 <- 4.34 -> DG xxx T0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0436 <- 4.23 -> DG xxx T0008 : score x.xxxxx >1sl1_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=BINARY 5' COMPLEX OF T7 DNA POLYMERASE WITH A DNA PRIMER/TEMPLATE CONTAINING A CIS-SYN THYMINE DIMER ON THE TEMPLATE organism=ENTEROBACTERIA PHAGE T7 : H : LYS NZ A0394 <- 3.18 -> DG N3 P0018 : score 1.57317 : w : ASN ND2 A0436 <- 6.27 -> DG N3 T0008 : score 3.08 : H : GLN NE2 A0439 <- 2.88 -> DC O2 T0009 : score 3.83129 >1sl2_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=TERNARY 5' COMPLEX OF T7 DNA POLYMERASE WITH A DNA PRIMER/TEMPLATE CONTAINING A CIS-SYN THYMINE DIMER ON THE TEMPLATE AND AN INCOMING NUCLEOTIDE organism=ENTEROBACTERIA PHAGE T7 : H : LYS NZ A0394 <- 2.83 -> DC O2 P0019 : score 2.94887 : w : ARG NH1 A0429 <- 5.52 -> DA N3 T0006 : score 2.497 : w : ASN ND2 A0436 <- 5.77 -> DG N3 T0007 : score 3.08 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.00 -> DC O2 P0020 : score 3.73785 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.16 -> DG N3 T0008 : score 4.73042 : w : HIS NE2 A0653 <- 5.60 -> DT O2 P0021 : score 3.881 >1srs_AB: title=SERUM RESPONSE FACTOR (SRF) CORE COMPLEXED WITH SPECIFIC SRE DNA organism=Homo sapiens : H : THR OG1 A0140 <- 3.01 -> DC O2 W-004 : score 1.97127 : H : ARG NH1 A0143 <- 2.93 -> DT O2 C-002 : score 4.26562 : H : THR OG1 B0140 <- 2.83 -> DC O2 C0004 : score 2.04535 : H : LYS NZ B0163 <- 2.99 -> DG N7 W0004 : score 5.18863 : H : LYS NZ B0163 <- 3.13 -> DG O6 W0005 : score 5.40523 : x : LYS xxxx A0163 <- 3.35 -> DG xxx C-005 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0143 <- 3.09 -> DT xxx W0002 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0159 <- 4.40 -> DC xxx W0006 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0162 <- 3.81 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx >1srs_B:SRF-like; title=SERUM RESPONSE FACTOR (SRF) CORE COMPLEXED WITH SPECIFIC SRE DNA organism=Homo sapiens : H : THR OG1 B0140 <- 2.83 -> DC O2 C0004 : score 2.04535 : H : LYS NZ B0163 <- 2.99 -> DG N7 W0004 : score 5.18863 : H : LYS NZ B0163 <- 3.13 -> DG O6 W0005 : score 5.40523 : x : ARG xxxx B0143 <- 3.09 -> DT xxx W0002 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0159 <- 4.40 -> DC xxx W0006 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0162 <- 3.81 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx >1ssp_E:Uracil-DNA_glycosylase-like; title=WILD-TYPE URACIL-DNA GLYCOSYLASE BOUND TO URACIL-CONTAINING DNA organism=Homo sapiens : w : TYR OH E0275 <- 5.23 -> DA N3 B0027 : score 1.413 : x : PRO xxxx E0271 <- 2.91 -> DT xxx A0004 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0272 <- 3.40 -> DA xxx B0027 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0276 <- 3.94 -> DT xxx A0007 : score x.xxxxx >1suz_A:Restriction_endonuclease-like; title=THE STRUCTURE OF K92A ECORV BOUND TO COGNATE DNA AND MG2+ organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 A0070 <- 2.73 -> DC O2 D0009 : score 4.7112 : w : ASN OD1 A0070 <- 5.32 -> DT O2 C0006 : score 2.097 : H : ASN OD1 A0185 <- 2.90 -> DA N6 D0005 : score 5.80336 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.93 -> DA N7 D0005 : score 5.55679 : H : THR OG1 A0186 <- 2.67 -> DT O4 C0008 : score 4.02902 : V : THR CB A0106 <- 3.87 -> DT C7 C0008 : score 3.80807 : x : SER xxxx A0183 <- 3.35 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 3.44 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx >1suz_AB: title=THE STRUCTURE OF K92A ECORV BOUND TO COGNATE DNA AND MG2+ organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 A0070 <- 2.73 -> DC O2 D0009 : score 4.7112 : H : ASN OD1 A0185 <- 2.90 -> DA N6 D0005 : score 5.80336 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.93 -> DA N7 D0005 : score 5.55679 : H : THR OG1 A0186 <- 2.67 -> DT O4 C0008 : score 4.02902 : H : ASN ND2 B0070 <- 2.99 -> DC O2 C0009 : score 4.4696 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.86 -> DA N6 C0005 : score 5.85073 : H : ASN ND2 B0185 <- 2.86 -> DA N7 C0005 : score 5.63667 : H : THR OG1 B0186 <- 2.64 -> DT O4 D0008 : score 4.05258 : V : THR CB A0106 <- 3.87 -> DT C7 C0008 : score 3.80807 : x : SER xxxx A0183 <- 3.35 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 3.44 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 3.67 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.37 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0188 <- 3.40 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >1svc_P:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=NFKB P50 HOMODIMER BOUND TO DNA organism=Homo sapiens : H : GLU OE1 P0063 <- 3.11 -> DC N4 D0013 : score 5.40913 : w : GLU OE2 P0063 <- 6.10 -> DC N4 D0012 : score 3.453 : w : HIS NE2 P0067 <- 5.17 -> DC N4 D0014 : score 3.211 : x : ARG xxxx P0057 <- 3.24 -> DC xxx D0012 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx P0059 <- 3.97 -> DC xxx D0013 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx P0060 <- 3.38 -> DC xxx D0012 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx P0244 <- 3.27 -> DT xxx D0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx P0308 <- 3.84 -> DG xxx D0008 : score x.xxxxx >1sx8_A:Restriction_endonuclease-like; title=ECORV BOUND TO COGNATE DNA AND MN2+ organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 A0070 <- 3.11 -> DC O2 D0009 : score 4.35809 : H : ASN OD1 A0185 <- 3.11 -> DA N6 D0005 : score 5.55464 : H : ASN ND2 A0185 <- 3.17 -> DA N7 D0005 : score 5.28295 : H : THR OG1 A0186 <- 2.62 -> DT O4 C0008 : score 4.06829 : x : THR xxxx A0106 <- 3.37 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.11 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 3.44 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx >1sx8_AB: title=ECORV BOUND TO COGNATE DNA AND MN2+ organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 A0070 <- 3.11 -> DC O2 D0009 : score 4.35809 : H : ASN OD1 A0185 <- 3.11 -> DA N6 D0005 : score 5.55464 : H : ASN ND2 A0185 <- 3.17 -> DA N7 D0005 : score 5.28295 : H : THR OG1 A0186 <- 2.62 -> DT O4 C0008 : score 4.06829 : H : ASN ND2 B0070 <- 3.03 -> DC O2 C0009 : score 4.43243 : H : ASN OD1 B0185 <- 3.21 -> DA N6 C0005 : score 5.43621 : H : ASN ND2 B0185 <- 3.26 -> DA N7 C0005 : score 5.18026 : H : THR OG1 B0186 <- 2.59 -> DT O4 D0008 : score 4.09185 : V : SER CB B0183 <- 3.81 -> DT C7 D0008 : score 3.22372 : x : THR xxxx A0106 <- 3.37 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.11 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0188 <- 3.44 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 3.65 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0188 <- 3.38 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >1sxp_A:UDP-Glycosyltransferase/glycogen_phosphorylase; title=BGT IN COMPLEX WITH A 13MER DNA CONTAINING A CENTRAL A:G MISMATCH organism=Enterobacteria phage T4 : H : ASN OD1 A0070 <- 2.81 -> DG N2 D0020 : score 4.82751 : H : LYS NZ A0075 <- 3.01 -> DA N7 D0021 : score 2.87646 : H : ARG NH1 A0115 <- 2.83 -> DG N7 D0020 : score 6.08124 : H : ARG NH2 A0115 <- 2.72 -> DG O6 D0020 : score 6.73686 : x : ASN xxxx A0010 <- 3.76 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0019 <- 3.85 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0022 <- 3.37 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0066 <- 4.38 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0071 <- 3.93 -> DG xxx D0020 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0072 <- 3.17 -> DA xxx D0021 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0099 <- 3.72 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0100 <- 3.87 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0102 <- 3.15 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0103 <- 3.91 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx >1sxp_AB:UDP-Glycosyltransferase/glycogen_phosphorylase; title=BGT IN COMPLEX WITH A 13MER DNA CONTAINING A CENTRAL A:G MISMATCH organism=Enterobacteria phage T4 : H : ASN OD1 A0070 <- 2.81 -> DG N2 D0020 : score 4.82751 : H : LYS NZ A0075 <- 3.01 -> DA N7 D0021 : score 2.87646 : H : ARG NH1 A0115 <- 2.83 -> DG N7 D0020 : score 6.08124 : H : ARG NH2 A0115 <- 2.72 -> DG O6 D0020 : score 6.73686 : x : ASN xxxx A0010 <- 3.76 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0019 <- 3.85 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0022 <- 3.37 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0066 <- 4.38 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0071 <- 3.93 -> DG xxx D0020 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0072 <- 3.17 -> DA xxx D0021 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0099 <- 3.72 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0100 <- 3.87 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0102 <- 3.15 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0103 <- 3.91 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0215 <- 3.39 -> DG xxx C0013 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0217 <- 3.00 -> DC xxx D0014 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0220 <- 4.47 -> DG xxx C0013 : score x.xxxxx >1t03_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE CROSSLINKED TO TENOFOVIR TERMINATED TEMPLATE-PRIMER (COMPLEX P) organism=HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 : H : TYR OH A0183 <- 2.76 -> DC O2 P0821 : score 3.1416 : x : ILE xxxx A0094 <- 3.63 -> DG xxx T0708 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0184 <- 3.05 -> DG xxx T0707 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0356 <- 4.29 -> DT xxx P0813 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0448 <- 3.22 -> DC xxx T0723 : score x.xxxxx >1t03_AB:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE CROSSLINKED TO TENOFOVIR TERMINATED TEMPLATE-PRIMER (COMPLEX P) organism=HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 : H : TYR OH A0183 <- 2.76 -> DC O2 P0821 : score 3.1416 : x : ILE xxxx A0094 <- 3.63 -> DG xxx T0708 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0184 <- 3.05 -> DG xxx T0707 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0356 <- 4.29 -> DT xxx P0813 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0448 <- 3.22 -> DC xxx T0723 : score x.xxxxx >1t05_AB:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE CROSSLINKED TO TEMPLATE-PRIMER WITH TENOFOVIR-DIPHOSPHATE BOUND AS THE INCOMING NUCLEOTIDE SUBSTRATE organism=HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 : H : TYR OH A0183 <- 2.75 -> DC O2 P0821 : score 3.14783 : H : ARG NH1 A0448 <- 2.57 -> DC O2 T0723 : score 3.86215 : x : ILE xxxx A0094 <- 3.38 -> DG xxx T0708 : score x.xxxxx >1t2k_A:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=STRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAINS OF IRF3, ATF-2 AND JUN BOUND TO DNA organism=? : w : ARG NH1 A0081 <- 5.65 -> DA N7 E0014 : score 0.357 : w : SER OG A0082 <- 6.17 -> DA N7 E0014 : score 2.337 : V : SER CB A0082 <- 3.62 -> DT C7 F0017 : score 3.37723 : x : LEU xxxx A0042 <- 3.33 -> DT xxx F0024 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0078 <- 3.35 -> DT xxx F0018 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0079 <- 4.03 -> DT xxx F0017 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0086 <- 3.35 -> DT xxx F0016 : score x.xxxxx >1t2k_ABCD: title=STRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAINS OF IRF3, ATF-2 AND JUN BOUND TO DNA organism=HOMO SAPIENS : w : ARG NH1 A0081 <- 5.65 -> DA N7 E0014 : score 0.357 : w : SER OG A0082 <- 6.17 -> DA N7 E0014 : score 2.337 : w : HIS NE2 B0040 <- 5.93 -> DA N3 E0017 : score 3.29 : H : ASN OD1 D0344 <- 3.10 -> DC N4 F0027 : score 3.97572 : H : ASN ND2 D0344 <- 3.09 -> DT O4 E0005 : score 4.95033 : H : ARG NH2 D0352 <- 3.08 -> DG N7 F0025 : score 6.07791 : H : ARG NH2 D0352 <- 2.84 -> DG O6 F0025 : score 6.57772 : V : SER CB A0082 <- 3.62 -> DT C7 F0017 : score 3.37723 : V : ALA CB D0348 <- 3.87 -> DT C7 F0026 : score 5.50402 : x : LEU xxxx A0042 <- 3.33 -> DT xxx F0024 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0078 <- 3.35 -> DT xxx F0018 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0079 <- 4.03 -> DT xxx F0017 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0086 <- 3.35 -> DT xxx F0016 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0042 <- 3.44 -> DT xxx F0018 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0078 <- 3.19 -> DT xxx F0012 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0079 <- 4.12 -> DT xxx F0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0081 <- 3.32 -> DG xxx E0020 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0082 <- 3.87 -> DT xxx F0011 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0083 <- 4.41 -> DT xxx F0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0086 <- 3.49 -> DT xxx F0010 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0262 <- 4.43 -> DT xxx E0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0263 <- 4.50 -> DT xxx E0010 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx C0266 <- 3.81 -> DT xxx E0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0269 <- 4.16 -> DT xxx F0022 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0270 <- 2.77 -> DC xxx E0008 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0345 <- 4.27 -> DT xxx F0026 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx D0347 <- 4.05 -> DT xxx E0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0351 <- 4.44 -> DT xxx E0005 : score x.xxxxx >1t2t_A:DNA-binding_domain_of_intron-encoded_endonucleases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA-BINDING DOMAIN OF INTRON ENDONUCLEASE I- TEVI WITH OPERATOR SITE organism=Enterobacteria phage T4 : H : ARG NH1 A0168 <- 2.74 -> DC O2 C0049 : score 3.73662 : H : ARG NH2 A0168 <- 2.97 -> DA N3 C0048 : score 3.35375 : H : ARG NH1 A0170 <- 2.86 -> DT O2 B0005 : score 4.32693 : H : ARG NH2 A0170 <- 2.79 -> DT O2 B0005 : score 4.36641 : w : ARG NH1 A0170 <- 5.11 -> DA N3 B0006 : score 2.497 : H : ASN ND2 A0175 <- 3.31 -> DG N3 B0007 : score 4.34379 : H : SER OG A0176 <- 3.25 -> DA N3 C0048 : score 2.86417 : H : HIS NE2 A0182 <- 3.01 -> DA N3 B0009 : score 4.04079 : H : ASN OD1 A0201 <- 2.94 -> DG N2 C0040 : score 4.70174 : H : ASN ND2 A0201 <- 3.29 -> DC O2 B0014 : score 4.19083 : x : GLN xxxx A0158 <- 3.49 -> DA xxx C0051 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0177 <- 3.59 -> DG xxx B0008 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0190 <- 3.54 -> DG xxx C0043 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0194 <- 3.62 -> DT xxx B0011 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0199 <- 3.39 -> DC xxx B0013 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0225 <- 3.41 -> DT xxx C0034 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0226 <- 4.11 -> DT xxx B0016 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0228 <- 3.93 -> DT xxx C0033 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0230 <- 3.45 -> DT xxx B0017 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0231 <- 3.56 -> DT xxx C0033 : score x.xxxxx >1t38_A:Methylated_DNA-protein_cysteine_methyltransferase,_C-terminal_domain;Methylated_DNA-protein_cysteine_methyltransferase_domain; title=HUMAN O6-ALKYLGUANINE-DNA ALKYLTRANSFERASE BOUND TO DNA CONTAINING O6- METHYLGUANINE organism=Homo sapiens : H : ARG NH2 A0128 <- 3.03 -> DG O6 C0019 : score 6.32575 : H : ARG NH2 A0128 <- 3.03 -> DG O6 C0019 : score 6.32575 : x : ALA xxxx A0129 <- 3.86 -> DC xxx C0021 : score x.xxxxx >1t39_B:Methylated_DNA-protein_cysteine_methyltransferase,_C-terminal_domain;Methylated_DNA-protein_cysteine_methyltransferase_domain; title=HUMAN O6-ALKYLGUANINE-DNA ALKYLTRANSFERASE COVALENTLY CROSSLINKED TO DNA organism=Homo sapiens : x : ARG xxxx B0128 <- 2.66 -> DC xxx F0020 : score x.xxxxx >1t3n_AB: title=STRUCTURE OF THE CATALYTIC CORE OF DNA POLYMERASE IOTA IN COMPLEX WITH DNA AND DTTP organism=Homo sapiens : w : TYR OH B0459 <- 5.36 -> DG N3 T0006 : score 3.342 : w : GLN NE2 B0479 <- 5.43 -> DG N3 T0006 : score 1.492 : w : GLU OE1 B0725 <- 5.34 -> DG N7 T0007 : score 1.289 : w : GLU OE2 B0725 <- 5.23 -> DG N7 T0007 : score 1.981 : w : GLN NE2 B0781 <- 5.17 -> DA N7 P0007 : score 1.864 : x : LEU xxxx A0123 <- 3.93 -> DC xxx T0018 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0305 <- 3.67 -> DG xxx P0001 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0343 <- 3.63 -> DT xxx T0013 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0357 <- 3.57 -> DC xxx T0017 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0361 <- 2.95 -> DT xxx T0013 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0482 <- 3.49 -> DA xxx T0005 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0484 <- 4.48 -> DA xxx T0005 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0519 <- 4.28 -> DG xxx T0006 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0721 <- 4.18 -> DT xxx T0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0763 <- 3.13 -> DA xxx P0007 : score x.xxxxx >1t3n_B:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=STRUCTURE OF THE CATALYTIC CORE OF DNA POLYMERASE IOTA IN COMPLEX WITH DNA AND DTTP organism=Homo sapiens : w : TYR OH B0459 <- 5.36 -> DG N3 T0006 : score 3.342 : w : GLN NE2 B0479 <- 5.43 -> DG N3 T0006 : score 1.492 : w : GLU OE1 B0725 <- 5.34 -> DG N7 T0007 : score 1.289 : w : GLU OE2 B0725 <- 5.23 -> DG N7 T0007 : score 1.981 : w : GLN NE2 B0781 <- 5.17 -> DA N7 P0007 : score 1.864 : x : LEU xxxx B0482 <- 3.49 -> DA xxx T0005 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0484 <- 4.48 -> DA xxx T0005 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0519 <- 4.28 -> DG xxx T0006 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0721 <- 4.18 -> DT xxx T0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0763 <- 3.13 -> DA xxx P0007 : score x.xxxxx >1t7p_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=T7 DNA POLYMERASE COMPLEXED TO DNA PRIMER/TEMPLATE,A NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE, AND ITS PROCESSIVITY FACTOR THIOREDOXIN organism=ENTEROBACTERIA PHAGE T7 : w : ARG NH1 A0429 <- 5.50 -> DT O2 T0006 : score 1.824 : w : ASN ND2 A0436 <- 5.89 -> DG N3 T0007 : score 3.08 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.00 -> DG N3 T0008 : score 4.89354 : H : GLN NE2 A0439 <- 2.90 -> DC O2 P0020 : score 3.81572 : w : HIS NE2 A0653 <- 5.66 -> DA N3 P0021 : score 3.29 : x : LYS xxxx A0394 <- 3.16 -> DC xxx P0019 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0523 <- 3.38 -> DC xxx T0004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0530 <- 3.66 -> DC xxx T0004 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0540 <- 4.32 -> DC xxx T0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0611 <- 4.19 -> DT xxx T0005 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0615 <- 3.32 -> DT xxx T0005 : score x.xxxxx >1t8e_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=T7 DNA POLYMERASE TERNARY COMPLEX WITH DCTP AT THE INSERTION SITE. organism=ENTEROBACTERIA PHAGE T7 : w : ARG NE A0339 <- 5.90 -> DT O2 C1017 : score 0.438 : H : LYS NZ A0394 <- 2.95 -> DC O2 C1019 : score 2.87767 : w : LYS NZ A0394 <- 5.83 -> DC O2 D2009 : score 1.398 : w : ARG NH1 A0429 <- 5.33 -> DT O2 D2006 : score 1.824 : w : ASN ND2 A0436 <- 5.80 -> DG N3 D2007 : score 3.08 : H : GLN NE2 A0439 <- 2.89 -> DC O2 C1020 : score 3.82351 : H : GLN NE2 A0439 <- 2.82 -> DG N3 D2008 : score 5.07705 : w : HIS NE2 A0653 <- 5.68 -> DA N3 C1021 : score 3.29 : x : THR xxxx A0523 <- 3.72 -> DG xxx D2004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0526 <- 4.25 -> DG xxx D2004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0530 <- 3.46 -> DG xxx D2004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0532 <- 4.07 -> DG xxx D2004 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0536 <- 4.47 -> DG xxx D2004 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0540 <- 4.03 -> DG xxx D2004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0611 <- 4.00 -> DG xxx D2004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0615 <- 3.53 -> DA xxx D2005 : score x.xxxxx >1t9i_AB:Homing_endonucleases; title=I-CREI(D20N)/DNA COMPLEX organism=Chlamydomonas reinhardtii : w : GLN NE2 A0026 <- 5.64 -> DA N6 C0518 : score 2.962 : H : LYS NZ A0028 <- 3.02 -> DG O6 C0519 : score 5.53254 : w : LYS NZ A0028 <- 5.72 -> DA N6 D0555 : score 2.036 : w : LYS NZ A0028 <- 5.76 -> DA N6 C0518 : score 2.036 : H : ASN ND2 A0030 <- 3.06 -> DT O4 C0521 : score 4.98186 : w : ASN OD1 A0030 <- 6.29 -> DT O4 C0522 : score 3.053 : w : ASN ND2 A0030 <- 6.18 -> DT O4 C0522 : score 2.886 : w : ASN ND2 A0030 <- 5.87 -> DT O4 C0520 : score 2.886 : H : SER OG A0032 <- 3.18 -> DG N7 D0552 : score 4.1734 : w : SER OG A0032 <- 6.08 -> DT O4 C0522 : score 2.13 : H : TYR OH A0033 <- 2.55 -> DA N7 D0553 : score 4.31173 : H : TYR OH A0033 <- 3.00 -> DA N6 D0553 : score 4.13169 : H : GLN OE1 A0038 <- 2.87 -> DA N6 D0554 : score 5.81993 : H : GLN NE2 A0038 <- 2.73 -> DA N7 D0554 : score 6.1438 : w : GLN OE1 A0038 <- 5.66 -> DA N6 D0555 : score 2.78 : w : GLN OE1 A0038 <- 5.63 -> DT O4 C0520 : score 3.148 : w : SER OG A0040 <- 6.20 -> DA N6 D0555 : score 2.203 : w : GLN NE2 A0044 <- 5.74 -> DA N6 C0516 : score 2.962 : H : ARG NH1 A0068 <- 3.14 -> DG N7 D0558 : score 5.70193 : H : ARG NH2 A0068 <- 2.91 -> DG O6 D0558 : score 6.48489 : w : ARG NH2 A0068 <- 5.92 -> DA N6 C0516 : score 1.861 : H : ARG NH1 A0070 <- 2.68 -> DG O6 C0515 : score 6.2976 : H : ARG NH2 A0070 <- 2.91 -> DG N7 C0515 : score 6.29682 : w : SER OG A0072 <- 5.95 -> DG N7 C0513 : score 2.881 : w : THR OG1 A0140 <- 5.25 -> DC O2 C0517 : score 2.01 : w : THR OG1 A0140 <- 5.58 -> DA N3 C0516 : score 2.6 : w : GLN NE2 B0326 <- 5.59 -> DG O6 D0568 : score 2.878 : H : LYS NZ B0328 <- 2.83 -> DT O4 D0569 : score 3.51851 : w : LYS NZ B0328 <- 5.82 -> DA N6 C0505 : score 2.036 : w : LYS NZ B0328 <- 5.85 -> DG O6 D0568 : score 2.896 : w : ASN OD1 B0330 <- 6.36 -> DT O4 D0572 : score 3.053 : w : ASN ND2 B0330 <- 6.24 -> DT O4 D0572 : score 2.886 : w : ASN ND2 B0330 <- 6.06 -> DT O4 D0570 : score 2.886 : H : SER OG B0332 <- 3.20 -> DC N4 C0502 : score 3.55144 : w : SER OG B0332 <- 6.12 -> DT O4 D0572 : score 2.13 : H : TYR OH B0333 <- 2.66 -> DA N7 C0503 : score 4.22139 : H : TYR OH B0333 <- 3.26 -> DA N6 C0503 : score 3.90789 : H : GLN OE1 B0338 <- 3.40 -> DA N6 C0504 : score 5.19426 : H : GLN NE2 B0338 <- 3.04 -> DA N7 C0504 : score 5.76814 : w : GLN OE1 B0338 <- 5.95 -> DA N6 C0505 : score 2.78 : w : GLN OE1 B0338 <- 5.80 -> DT O4 D0570 : score 3.148 : w : SER OG B0340 <- 6.49 -> DA N6 C0505 : score 2.203 : H : GLN NE2 B0344 <- 2.97 -> DA N7 D0566 : score 5.85297 : w : GLN OE1 B0344 <- 5.62 -> DC N4 D0567 : score 3.576 : H : ARG NH1 B0368 <- 2.96 -> DG N7 C0508 : score 5.92217 : H : ARG NH2 B0368 <- 2.73 -> DG O6 C0508 : score 6.7236 : H : ARG NH1 B0370 <- 2.78 -> DG O6 D0565 : score 6.1746 : H : ARG NH2 B0370 <- 3.03 -> DG N7 D0565 : score 6.14229 : w : SER OG B0372 <- 5.42 -> DA N7 D0563 : score 2.337 : w : LYS NZ B0439 <- 5.92 -> DG N2 C0511 : score 0.413 : w : THR OG1 B0440 <- 5.42 -> DC O2 D0567 : score 2.01 : x : SER xxxx A0022 <- 4.29 -> DA xxx C0516 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0024 <- 3.76 -> DA xxx C0516 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0046 <- 4.15 -> DA xxx C0514 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0066 <- 4.17 -> DC xxx D0556 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0073 <- 3.85 -> DA xxx C0514 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0139 <- 4.05 -> DT xxx D0561 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0322 <- 4.18 -> DA xxx D0566 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0324 <- 3.79 -> DA xxx D0566 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0346 <- 4.23 -> DC xxx D0564 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0366 <- 4.40 -> DA xxx C0505 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0373 <- 3.81 -> DA xxx D0563 : score x.xxxxx >1t9i_B:Homing_endonucleases; title=I-CREI(D20N)/DNA COMPLEX organism=Chlamydomonas reinhardtii : w : GLN NE2 B0326 <- 5.59 -> DG O6 D0568 : score 2.878 : H : LYS NZ B0328 <- 2.83 -> DT O4 D0569 : score 3.51851 : w : LYS NZ B0328 <- 5.82 -> DA N6 C0505 : score 2.036 : w : LYS NZ B0328 <- 5.85 -> DG O6 D0568 : score 2.896 : w : ASN OD1 B0330 <- 6.36 -> DT O4 D0572 : score 3.053 : w : ASN ND2 B0330 <- 6.24 -> DT O4 D0572 : score 2.886 : w : ASN ND2 B0330 <- 6.06 -> DT O4 D0570 : score 2.886 : H : SER OG B0332 <- 3.20 -> DC N4 C0502 : score 3.55144 : w : SER OG B0332 <- 6.12 -> DT O4 D0572 : score 2.13 : H : TYR OH B0333 <- 2.66 -> DA N7 C0503 : score 4.22139 : H : TYR OH B0333 <- 3.26 -> DA N6 C0503 : score 3.90789 : H : GLN OE1 B0338 <- 3.40 -> DA N6 C0504 : score 5.19426 : H : GLN NE2 B0338 <- 3.04 -> DA N7 C0504 : score 5.76814 : w : GLN OE1 B0338 <- 5.95 -> DA N6 C0505 : score 2.78 : w : GLN OE1 B0338 <- 5.80 -> DT O4 D0570 : score 3.148 : w : SER OG B0340 <- 6.49 -> DA N6 C0505 : score 2.203 : H : GLN NE2 B0344 <- 2.97 -> DA N7 D0566 : score 5.85297 : w : GLN OE1 B0344 <- 5.62 -> DC N4 D0567 : score 3.576 : H : ARG NH1 B0368 <- 2.96 -> DG N7 C0508 : score 5.92217 : H : ARG NH2 B0368 <- 2.73 -> DG O6 C0508 : score 6.7236 : H : ARG NH1 B0370 <- 2.78 -> DG O6 D0565 : score 6.1746 : H : ARG NH2 B0370 <- 3.03 -> DG N7 D0565 : score 6.14229 : w : SER OG B0372 <- 5.42 -> DA N7 D0563 : score 2.337 : w : THR OG1 B0440 <- 5.42 -> DC O2 D0567 : score 2.01 : x : SER xxxx B0322 <- 4.18 -> DA xxx D0566 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0324 <- 3.79 -> DA xxx D0566 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0346 <- 4.23 -> DC xxx D0564 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0366 <- 4.40 -> DA xxx C0505 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0373 <- 3.81 -> DA xxx D0563 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0439 <- 4.25 -> DG xxx D0565 : score x.xxxxx >1t9j_A:Homing_endonucleases; title=I-CREI(Q47E)/DNA COMPLEX organism=Chlamydomonas reinhardtii : w : GLN OE1 A0026 <- 5.52 -> DA N6 C0518 : score 2.78 : H : LYS NZ A0028 <- 2.82 -> DG O6 C0519 : score 5.76403 : w : LYS NZ A0028 <- 5.58 -> DA N6 C0518 : score 2.036 : w : LYS NZ A0028 <- 5.69 -> DA N6 D0555 : score 2.036 : w : ASN ND2 A0030 <- 6.13 -> DT O4 C0522 : score 2.886 : w : ASN ND2 A0030 <- 6.05 -> DT O4 C0520 : score 2.886 : H : SER OG A0032 <- 3.08 -> DG N7 D0552 : score 4.26373 : w : SER OG A0032 <- 6.23 -> DT O4 C0522 : score 2.13 : H : TYR OH A0033 <- 2.85 -> DA N7 D0553 : score 4.06535 : H : TYR OH A0033 <- 3.04 -> DA N6 D0553 : score 4.09726 : H : GLN OE1 A0038 <- 2.96 -> DA N6 D0554 : score 5.71368 : H : GLN NE2 A0038 <- 2.79 -> DA N7 D0554 : score 6.07109 : w : GLN OE1 A0038 <- 5.95 -> DT O4 C0520 : score 3.148 : w : GLN OE1 A0038 <- 5.81 -> DA N6 D0555 : score 2.78 : w : SER OG A0040 <- 6.17 -> DA N6 D0555 : score 2.203 : H : GLN NE2 A0044 <- 3.03 -> DA N7 C0516 : score 5.78026 : w : GLN OE1 A0044 <- 5.84 -> DC N4 C0517 : score 3.576 : H : ARG NH1 A0068 <- 3.25 -> DG N7 D0558 : score 5.56733 : H : ARG NH2 A0068 <- 2.89 -> DG O6 D0558 : score 6.51142 : H : ARG NH1 A0070 <- 2.69 -> DG O6 C0515 : score 6.2853 : H : ARG NH2 A0070 <- 3.08 -> DG N7 C0515 : score 6.07791 : w : THR OG1 A0140 <- 5.35 -> DC O2 C0517 : score 2.01 : x : SER xxxx A0022 <- 4.27 -> DA xxx C0516 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0024 <- 3.90 -> DA xxx C0516 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0046 <- 3.57 -> DG xxx C0515 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0066 <- 4.48 -> DC xxx D0556 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0073 <- 3.98 -> DA xxx C0514 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0139 <- 3.75 -> DT xxx D0561 : score x.xxxxx >1t9j_AB:Homing_endonucleases; title=I-CREI(Q47E)/DNA COMPLEX organism=Chlamydomonas reinhardtii : w : GLN OE1 A0026 <- 5.52 -> DA N6 C0518 : score 2.78 : H : LYS NZ A0028 <- 2.82 -> DG O6 C0519 : score 5.76403 : w : LYS NZ A0028 <- 5.58 -> DA N6 C0518 : score 2.036 : w : LYS NZ A0028 <- 5.69 -> DA N6 D0555 : score 2.036 : w : ASN ND2 A0030 <- 6.13 -> DT O4 C0522 : score 2.886 : w : ASN ND2 A0030 <- 6.05 -> DT O4 C0520 : score 2.886 : H : SER OG A0032 <- 3.08 -> DG N7 D0552 : score 4.26373 : w : SER OG A0032 <- 6.23 -> DT O4 C0522 : score 2.13 : H : TYR OH A0033 <- 2.85 -> DA N7 D0553 : score 4.06535 : H : TYR OH A0033 <- 3.04 -> DA N6 D0553 : score 4.09726 : H : GLN OE1 A0038 <- 2.96 -> DA N6 D0554 : score 5.71368 : H : GLN NE2 A0038 <- 2.79 -> DA N7 D0554 : score 6.07109 : w : GLN OE1 A0038 <- 5.95 -> DT O4 C0520 : score 3.148 : w : GLN OE1 A0038 <- 5.81 -> DA N6 D0555 : score 2.78 : w : SER OG A0040 <- 6.17 -> DA N6 D0555 : score 2.203 : H : GLN NE2 A0044 <- 3.03 -> DA N7 C0516 : score 5.78026 : w : GLN OE1 A0044 <- 5.84 -> DC N4 C0517 : score 3.576 : H : ARG NH1 A0068 <- 3.25 -> DG N7 D0558 : score 5.56733 : H : ARG NH2 A0068 <- 2.89 -> DG O6 D0558 : score 6.51142 : H : ARG NH1 A0070 <- 2.69 -> DG O6 C0515 : score 6.2853 : H : ARG NH2 A0070 <- 3.08 -> DG N7 C0515 : score 6.07791 : w : THR OG1 A0140 <- 5.35 -> DC O2 C0517 : score 2.01 : w : GLN OE1 B0326 <- 5.58 -> DG O6 D0568 : score 3.101 : H : LYS NZ B0328 <- 2.97 -> DT O4 D0569 : score 3.41939 : w : LYS NZ B0328 <- 5.86 -> DA N6 C0505 : score 2.036 : w : LYS NZ B0328 <- 5.94 -> DG O6 D0568 : score 2.896 : w : ASN ND2 B0330 <- 6.13 -> DT O4 D0570 : score 2.886 : H : TYR OH B0333 <- 2.42 -> DA N7 C0503 : score 4.4185 : H : TYR OH B0333 <- 3.07 -> DA N6 C0503 : score 4.07144 : H : GLN OE1 B0338 <- 3.03 -> DA N6 C0504 : score 5.63105 : H : GLN NE2 B0338 <- 2.82 -> DA N7 C0504 : score 6.03474 : w : GLN OE1 B0338 <- 6.24 -> DA N6 C0505 : score 2.78 : w : GLN OE1 B0338 <- 5.78 -> DT O4 D0570 : score 3.148 : w : SER OG B0340 <- 6.43 -> DA N6 C0505 : score 2.203 : H : GLN NE2 B0344 <- 2.94 -> DA N7 D0566 : score 5.88932 : w : GLN OE1 B0344 <- 5.66 -> DC N4 D0567 : score 3.576 : H : ARG NH1 B0368 <- 3.10 -> DG N7 C0508 : score 5.75087 : H : ARG NH2 B0368 <- 2.59 -> DG O6 C0508 : score 6.90926 : H : ARG NH1 B0370 <- 2.67 -> DG O6 D0565 : score 6.3099 : H : ARG NH2 B0370 <- 2.88 -> DG N7 D0565 : score 6.33545 : w : THR OG1 B0440 <- 5.35 -> DC O2 D0567 : score 2.01 : x : SER xxxx A0022 <- 4.27 -> DA xxx C0516 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0024 <- 3.90 -> DA xxx C0516 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0046 <- 3.57 -> DG xxx C0515 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0066 <- 4.48 -> DC xxx D0556 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0073 <- 3.98 -> DA xxx C0514 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0139 <- 3.75 -> DT xxx D0561 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0322 <- 4.14 -> DA xxx D0566 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0324 <- 3.75 -> DA xxx D0566 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0332 <- 3.55 -> DC xxx C0502 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0346 <- 3.70 -> DG xxx D0565 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0366 <- 4.43 -> DA xxx C0505 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0373 <- 4.02 -> DC xxx D0564 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0439 <- 4.14 -> DG xxx C0511 : score x.xxxxx >1tau_A:DNA/RNA_polymerases;PIN_domain-like;5'_to_3'_exonuclease,_C-terminal_subdomain;Ribonuclease_H-like; title=TAQ POLYMERASE (E.C.2.7.7.7)/DNA/B-OCTYLGLUCOSIDE COMPLEX organism=Thermus aquaticus : H : ASN ND2 A0583 <- 2.66 -> DC O2 P0953 : score 4.77625 : H : ARG NH2 A0677 <- 2.60 -> DG N7 T0901 : score 6.696 : H : GLN NE2 A0754 <- 3.39 -> DC O2 P0951 : score 3.43415 : x : ASN xxxx A0580 <- 4.41 -> DA xxx T0904 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0667 <- 3.55 -> DC xxx P0951 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0671 <- 3.36 -> DG xxx T0901 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0746 <- 2.98 -> DG xxx T0901 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0750 <- 4.10 -> DG xxx T0901 : score x.xxxxx >1tc3_C:Homeodomain-like; title=TRANSPOSASE TC3A1-65 FROM CAENORHABDITIS ELEGANS organism=Caenorhabditis elegans : H : ARG NE C0203 <- 3.01 -> DT O2 A0012 : score 2.42939 : H : ARG NH2 C0203 <- 3.14 -> DT O2 A0012 : score 4.06137 : H : HIS NE2 C0226 <- 2.87 -> DG N7 A0007 : score 6.46588 : H : ARG NH1 C0236 <- 2.76 -> DG N7 A0008 : score 6.16689 : H : ARG NH2 C0236 <- 3.08 -> DG N7 A0008 : score 6.07791 : H : ARG NH2 C0236 <- 2.65 -> DG O6 A0008 : score 6.82969 : H : HIS ND1 C0237 <- 2.89 -> DG N7 B0110 : score 6.29235 : H : HIS ND1 C0237 <- 2.77 -> DG O6 B0110 : score 6.27331 : H : HIS ND1 C0237 <- 2.72 -> DG O6 B0111 : score 6.33567 : w : ARG NH1 C0240 <- 5.15 -> DT O4 A0009 : score 1.904 : x : PRO xxxx C0202 <- 2.76 -> DT xxx B0108 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0235 <- 4.07 -> DG xxx B0110 : score x.xxxxx >1tdz_A:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE COMPLEX BETWEEN THE LACTOCOCCUS LACTIS FPG (MUTM) AND A FAPY-DG CONTAINING DNA organism=Lactococcus lactis : H : ARG NH1 A0074 <- 2.88 -> DT O2 B0008 : score 4.30942 : H : ARG NH1 A0074 <- 2.88 -> DT O2 B0008 : score 4.30942 : w : ARG NH1 A0074 <- 6.22 -> DT O2 B0009 : score 1.824 : w : ARG NH2 A0074 <- 6.03 -> DT O2 B0009 : score 2.047 : w : GLU OE2 A0076 <- 5.82 -> DT O2 B0006 : score 2.251 : H : ARG NE A0109 <- 2.77 -> DC O2 C0023 : score 2.86839 : H : ARG NH2 A0109 <- 3.08 -> DC N3 C0023 : score 2.39994 : w : ARG NH1 A0109 <- 6.11 -> DT O2 B0006 : score 1.824 : x : MET xxxx A0075 <- 3.56 -> DT xxx B0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0111 <- 3.39 -> DA xxx C0022 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0260 <- 3.57 -> DT xxx B0008 : score x.xxxxx >1tez_A:Cryptochrome/photolyase_FAD-binding_domain;Cryptochrome/photolyase,_N-terminal_domain; title=COMPLEX BETWEEN DNA AND THE DNA PHOTOLYASE FROM ANACYSTIS NIDULANS organism=SYNECHOCOCCUS ELONGATUS : w : GLU OE2 A0283 <- 6.65 -> DT O2 I0007 : score 2.251 : x : ARG xxxx A0232 <- 3.53 -> DT xxx I0007 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx A0286 <- 3.20 -> DT xxx I0007 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0290 <- 3.74 -> DT xxx I0007 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0402 <- 3.16 -> DA xxx J0009 : score x.xxxxx >1tf3_A:beta-beta-alpha_zinc_fingers; title=TFIIIA FINGER 1-3 BOUND TO DNA, NMR, 22 STRUCTURES organism=XENOPUS LAEVIS : H : HIS NE2 A0059 <- 2.86 -> DG O6 E0008 : score 7.87107 : H : HIS NE2 A0059 <- 2.81 -> DG O6 E0009 : score 7.95073 : H : ARG NH1 A0062 <- 2.76 -> DG O6 E0007 : score 6.1992 : H : ARG NH2 A0062 <- 2.75 -> DG N7 E0007 : score 6.50285 : H : ASN OD1 A0089 <- 2.86 -> DA N6 E0005 : score 5.85073 : H : ASN ND2 A0089 <- 2.83 -> DA N7 E0005 : score 5.6709 : H : ARG NH1 A0096 <- 2.89 -> DG N7 E0003 : score 6.00783 : x : ASN xxxx A0025 <- 4.17 -> DG xxx F0017 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0026 <- 3.14 -> DT xxx F0019 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx A0028 <- 3.22 -> DT xxx F0019 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0029 <- 4.42 -> DG xxx E0009 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0058 <- 3.15 -> DT xxx F0021 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0085 <- 4.36 -> DG xxx E0004 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0086 <- 4.43 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0088 <- 3.48 -> DC xxx F0024 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0092 <- 3.21 -> DG xxx E0003 : score x.xxxxx >1tf6_A:C2H2_and_C2HC_zinc_fingers; title=CO-CRYSTAL STRUCTURE OF XENOPUS TFIIIA ZINC FINGER DOMAIN BOUND TO THE 5S RIBOSOMAL RNA GENE INTERNAL CONTROL REGION organism=Xenopus laevis : H : LYS NZ A0026 <- 2.82 -> DG N7 C0035 : score 5.37202 : H : LYS NZ A0026 <- 2.61 -> DG O6 C0035 : score 6.00709 : H : HIS NE2 A0059 <- 3.27 -> DG O6 B0025 : score 7.2178 : H : ARG NH1 A0062 <- 2.93 -> DG O6 B0024 : score 5.9901 : H : ARG NH2 A0062 <- 3.29 -> DG O6 B0024 : score 5.98095 : H : ASN OD1 A0089 <- 3.04 -> DA N6 B0022 : score 5.63755 : H : LYS NZ A0092 <- 2.71 -> DG O6 B0021 : score 5.89135 : H : LYS NZ A0092 <- 2.98 -> DT O4 C0043 : score 3.41231 : H : ARG NH2 A0151 <- 2.93 -> DG N7 B0010 : score 6.27106 : H : ARG NH2 A0151 <- 2.99 -> DG O6 B0010 : score 6.3788 : H : ARG NH2 A0151 <- 3.13 -> DT O4 B0011 : score 3.39473 : H : ARG NH1 A0154 <- 3.35 -> DG O6 B0009 : score 5.4735 : H : ARG NH2 A0154 <- 3.18 -> DG N7 B0009 : score 5.94914 : V : HIS CB A0058 <- 3.81 -> DT C7 C0038 : score 4.38593 : x : TRP xxxx A0028 <- 3.25 -> DT xxx C0036 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0029 <- 3.62 -> DA xxx B0027 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0086 <- 4.42 -> DA xxx B0022 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0088 <- 3.68 -> DC xxx C0041 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0096 <- 3.23 -> DG xxx B0020 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0148 <- 3.08 -> DT xxx C0052 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0150 <- 3.99 -> DT xxx C0052 : score x.xxxxx >1tgh_A:TATA-box_binding_protein-like; title=TATA BINDING PROTEIN (TBP)/DNA COMPLEX organism=HOMO SAPIENS : H : ASN ND2 A0163 <- 2.89 -> DA N3 C0118 : score 3.64095 : H : ASN ND2 A0163 <- 3.16 -> DT O2 C0119 : score 4.54482 : H : ASN ND2 A0253 <- 3.21 -> DA N3 B0106 : score 3.40366 : H : ASN ND2 A0253 <- 2.58 -> DT O2 B0107 : score 5.11292 : H : THR OG1 A0309 <- 2.88 -> DA N3 B0106 : score 2.12443 : x : VAL xxxx A0165 <- 3.49 -> DT xxx B0107 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0193 <- 3.00 -> DA xxx C0116 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0208 <- 2.98 -> DT xxx C0117 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0210 <- 3.40 -> DT xxx B0109 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0216 <- 3.51 -> DA xxx B0108 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0218 <- 3.43 -> DT xxx C0117 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0255 <- 3.30 -> DT xxx C0119 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0284 <- 3.18 -> DA xxx B0104 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0285 <- 3.15 -> DA xxx C0122 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0299 <- 2.96 -> DT xxx B0105 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0301 <- 2.89 -> DT xxx C0121 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0307 <- 3.12 -> DA xxx C0120 : score x.xxxxx >1tk0_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=T7 DNA POLYMERASE TERNARY COMPLEX WITH 8 OXO GUANOSINE AND DDCTP AT THE INSERTION SITE organism=ENTEROBACTERIA PHAGE T7 : H : LYS NZ A0394 <- 3.06 -> DC O2 P0819 : score 2.8124 : w : ARG NH1 A0429 <- 5.35 -> DT O2 T0856 : score 1.824 : w : ASN ND2 A0436 <- 5.86 -> DG N3 T0857 : score 3.08 : H : GLN NE2 A0439 <- 2.84 -> DC O2 P0820 : score 3.86244 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.06 -> DG N3 T0858 : score 4.83237 : w : HIS NE2 A0653 <- 5.81 -> DA N3 P0821 : score 3.29 : x : ASN xxxx A0611 <- 3.89 -> DC xxx T0855 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0615 <- 3.39 -> DC xxx T0855 : score x.xxxxx >1tk5_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=T7 DNA POLYMERASE BINARY COMPLEX WITH 8 OXO GUANOSINE IN THE TEMPLATING STRAND organism=ENTEROBACTERIA PHAGE T7 : H : LYS NZ A0394 <- 2.83 -> DC O2 P0819 : score 2.94887 : w : ARG NH1 A0429 <- 5.52 -> DT O2 T0856 : score 1.824 : w : ASN ND2 A0436 <- 5.78 -> DG N3 T0857 : score 3.08 : H : GLN NE2 A0439 <- 2.95 -> DG N3 T0858 : score 4.94451 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.05 -> DC O2 P0820 : score 3.69891 : w : HIS NE2 A0653 <- 5.76 -> DA N3 P0821 : score 3.29 : x : TYR xxxx A0530 <- 3.36 -> DC xxx T0855 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0615 <- 3.67 -> DC xxx T0855 : score x.xxxxx >1tk8_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=T7 DNA POLYMERASE TERNARY COMPLEX WITH 8 OXO GUANOSINE AND DAMP AT THE ELONGATION SITE organism=ENTEROBACTERIA PHAGE T7 : H : LYS NZ A0394 <- 2.78 -> DC O2 P0819 : score 2.97853 : w : LYS NZ A0394 <- 5.95 -> DG N3 P0818 : score 1.798 : w : LYS NZ A0394 <- 6.08 -> DC O2 T0859 : score 1.398 : w : ARG NH1 A0429 <- 5.59 -> DT O2 T0856 : score 1.824 : w : ASN ND2 A0436 <- 5.67 -> DG N3 T0857 : score 3.08 : H : GLN NE2 A0439 <- 2.75 -> DC O2 P0820 : score 3.93253 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.00 -> DG N3 T0858 : score 4.89354 : w : HIS NE2 A0653 <- 5.78 -> DA N3 P0821 : score 3.29 : x : ARG xxxx A0111 <- 4.43 -> DC xxx P0813 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0615 <- 4.41 -> DT xxx T0856 : score x.xxxxx >1tkd_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=T7 DNA POLYMERASE TERNARY COMPLEX WITH 8 OXO GUANOSINE AND DCMP AT THE ELONGATION SITE organism=ENTEROBACTERIA PHAGE T7 : H : LYS NZ A0394 <- 2.89 -> DC O2 P0819 : score 2.91327 : w : LYS NZ A0394 <- 5.96 -> DG N3 P0818 : score 1.798 : w : LYS NZ A0394 <- 6.44 -> DC O2 T0859 : score 1.398 : w : ARG NH1 A0429 <- 5.38 -> DT O2 T0856 : score 1.824 : w : ASN ND2 A0436 <- 5.60 -> DG N3 T0857 : score 3.08 : H : GLN NE2 A0439 <- 2.99 -> DG N3 T0858 : score 4.90373 : H : GLN NE2 A0439 <- 2.84 -> DC O2 P0820 : score 3.86244 : w : HIS NE2 A0653 <- 5.67 -> DA N3 P0821 : score 3.29 : x : ARG xxxx A0111 <- 4.23 -> DC xxx P0813 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0615 <- 4.44 -> DT xxx T0856 : score x.xxxxx >1tn9_A:DNA-binding_domain; title=THE SOLUTION STRUCTURE OF TN916 INTEGRASE N-TERMINAL DOMAIN/DNA COMPLEX organism=ENTEROCOCCUS FAECALIS : H : ARG NH2 A0020 <- 2.52 -> DA N7 B0105 : score 1.42154 : H : ARG NH2 A0020 <- 3.28 -> DG N7 B0106 : score 5.82037 : H : TYR OH A0040 <- 2.87 -> DA N7 C0120 : score 4.04892 : V : LYS CE A0028 <- 3.77 -> DT C7 C0122 : score 2.418 : x : LYS xxxx A0021 <- 4.31 -> DA xxx B0105 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0024 <- 2.93 -> DT xxx C0119 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0026 <- 3.96 -> DT xxx B0104 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0030 <- 4.15 -> DG xxx B0101 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0036 <- 4.21 -> DT xxx C0122 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0038 <- 2.83 -> DC xxx C0121 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0055 <- 3.95 -> DT xxx B0111 : score x.xxxxx >1tqe_PQ: title=MECHANISM OF RECRUITMENT OF CLASS II HISTONE DEACETYLASES BY MYOCYTE ENHANCER FACTOR-2 organism=HOMO SAPIENS : H : LYS NZ P0023 <- 2.90 -> DA N7 C0013 : score 2.94251 : H : ARG NE Q0003 <- 2.93 -> DT O2 C0006 : score 2.46996 : H : LYS NZ Q0023 <- 2.78 -> DG O6 D0014 : score 5.81033 : x : ARG xxxx P0003 <- 3.21 -> DT xxx D0006 : score x.xxxxx >1tqe_RS: title=MECHANISM OF RECRUITMENT OF CLASS II HISTONE DEACETYLASES BY MYOCYTE ENHANCER FACTOR-2 organism=HOMO SAPIENS : H : LYS NZ R0023 <- 2.88 -> DA N7 E0013 : score 2.95452 : H : ARG NE S0003 <- 2.90 -> DT O2 E0006 : score 2.48518 : H : LYS NZ S0023 <- 2.74 -> DG O6 F0014 : score 5.85663 : x : ARG xxxx R0003 <- 3.28 -> DT xxx F0006 : score x.xxxxx >1tqe_S:SRF-like; title=MECHANISM OF RECRUITMENT OF CLASS II HISTONE DEACETYLASES BY MYOCYTE ENHANCER FACTOR-2 organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NE S0003 <- 2.90 -> DT O2 E0006 : score 2.48518 : H : LYS NZ S0023 <- 2.74 -> DG O6 F0014 : score 5.85663 >1tro_AG: title=CRYSTAL STRUCTURE OF TRP REPRESSOR OPERATOR COMPLEX AT ATOMIC RESOLUTION organism=ESCHERICHIA COLI STR. K12 SUBSTR. : H : ARG NH1 A0069 <- 2.93 -> DG N7 I0002 : score 5.95888 : H : ARG NH2 A0069 <- 2.99 -> DG O6 I0002 : score 6.3788 : w : LYS NZ A0072 <- 6.04 -> DG N7 J0016 : score 2.357 : w : THR OG1 A0083 <- 5.82 -> DA N6 I0004 : score 3.187 : H : ARG NH2 G0069 <- 2.68 -> DG N7 L0002 : score 6.59298 : H : ARG NH2 G0069 <- 3.31 -> DG O6 L0002 : score 5.95443 : w : LYS NZ G0072 <- 5.90 -> DG N7 K0016 : score 2.357 : w : THR OG1 G0083 <- 5.73 -> DA N6 L0004 : score 3.187 : V : ILE CG1 G0079 <- 3.76 -> DT C7 L0003 : score 4.25754 : V : ILE CG1 A0079 <- 3.69 -> DT C7 I0003 : score 4.33131 : x : GLN xxxx A0068 <- 3.53 -> DT xxx I0003 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0080 <- 3.87 -> DC xxx I0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0081 <- 3.25 -> DT xxx J0014 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx G0068 <- 3.66 -> DT xxx L0003 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx G0080 <- 3.79 -> DC xxx L0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx G0081 <- 3.16 -> DT xxx K0014 : score x.xxxxx >1tro_C:TrpR-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF TRP REPRESSOR OPERATOR COMPLEX AT ATOMIC RESOLUTION organism=? : H : ARG NH1 C0069 <- 2.87 -> DG N7 J0002 : score 6.0323 : H : ARG NH2 C0069 <- 2.96 -> DG O6 J0002 : score 6.41858 : w : LYS NZ C0072 <- 6.03 -> DG N7 I0016 : score 2.357 : w : THR OG1 C0083 <- 5.82 -> DA N6 J0004 : score 3.187 : V : ILE CG1 C0079 <- 3.56 -> DT C7 J0003 : score 4.46831 : x : GLN xxxx C0068 <- 3.76 -> DT xxx J0003 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx C0080 <- 3.88 -> DC xxx J0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0081 <- 3.31 -> DT xxx I0014 : score x.xxxxx >1trr_A:TrpR-like; title=TANDEM BINDING IN CRYSTALS OF A TRP REPRESSOR/OPERATOR HALF-SITE COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI : V : ILE CG1 A0079 <- 3.60 -> DT C7 I0006 : score 4.42615 : V : ALA CB A0080 <- 3.51 -> DT C7 C0009 : score 6.0082 : x : ALA xxxx A0002 <- 2.70 -> DG xxx I0015 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0068 <- 3.21 -> DT xxx I0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0069 <- 3.13 -> DC xxx I0004 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0081 <- 3.41 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0083 <- 3.97 -> DT xxx I0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0084 <- 4.37 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx >1trr_AB: title=TANDEM BINDING IN CRYSTALS OF A TRP REPRESSOR/OPERATOR HALF-SITE COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI : V : ALA CB A0080 <- 3.51 -> DT C7 C0009 : score 6.0082 : V : ILE CG1 A0079 <- 3.60 -> DT C7 I0006 : score 4.42615 : V : ALA CB B0080 <- 3.59 -> DT C7 I0017 : score 5.89616 : x : ALA xxxx A0002 <- 2.70 -> DG xxx I0015 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0068 <- 3.21 -> DT xxx I0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0069 <- 3.13 -> DC xxx I0004 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0081 <- 3.41 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0083 <- 3.97 -> DT xxx I0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0084 <- 4.37 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0081 <- 3.05 -> DT xxx I0017 : score x.xxxxx >1trr_DEGH: title=TANDEM BINDING IN CRYSTALS OF A TRP REPRESSOR/OPERATOR HALF-SITE COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI : w : THR OG1 D0083 <- 5.99 -> DA N6 L0007 : score 3.187 : H : ARG NH1 E0069 <- 2.29 -> DA N7 C0013 : score 2.91324 : w : THR OG1 E0083 <- 5.76 -> DC N4 C0016 : score 2.521 : w : THR OG1 G0083 <- 5.88 -> DC N4 C0008 : score 2.521 : V : ALA CB G0080 <- 3.58 -> DT C7 I0009 : score 5.91016 : V : ILE CG1 D0079 <- 3.60 -> DT C7 L0006 : score 4.42615 : V : ALA CB E0080 <- 3.77 -> DT C7 L0017 : score 5.64407 : V : ALA CB H0080 <- 3.56 -> DT C7 C0017 : score 5.93817 : V : ALA CB D0080 <- 3.53 -> DT C7 F0009 : score 5.98019 : x : ALA xxxx D0002 <- 2.70 -> DG xxx L0015 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx D0068 <- 3.18 -> DT xxx L0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0069 <- 3.08 -> DC xxx L0004 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0081 <- 3.41 -> DT xxx F0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0084 <- 4.39 -> DA xxx F0007 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx E0068 <- 4.35 -> DC xxx C0014 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx E0072 <- 4.49 -> DG xxx I0003 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx E0079 <- 2.81 -> DG xxx I0003 : score x.xxxxx : x : THR xxxx E0081 <- 3.03 -> DT xxx L0017 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx G0002 <- 2.87 -> DG xxx C0015 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx G0068 <- 3.35 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx G0069 <- 2.99 -> DC xxx C0004 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx G0079 <- 2.83 -> DG xxx I0011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx G0081 <- 3.47 -> DT xxx I0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx G0084 <- 4.38 -> DA xxx I0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H0069 <- 2.14 -> DA xxx L0013 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx H0072 <- 4.42 -> DG xxx F0003 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx H0079 <- 2.91 -> DG xxx F0003 : score x.xxxxx : x : THR xxxx H0081 <- 3.22 -> DT xxx C0017 : score x.xxxxx >1trr_JK: title=TANDEM BINDING IN CRYSTALS OF A TRP REPRESSOR/OPERATOR HALF-SITE COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI : w : THR OG1 J0083 <- 5.64 -> DA N7 F0007 : score 2.089 : V : ALA CB K0080 <- 3.55 -> DT C7 F0017 : score 5.95218 : V : ALA CB J0080 <- 3.59 -> DT C7 L0009 : score 5.89616 : x : ALA xxxx J0002 <- 2.88 -> DG xxx F0015 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx J0068 <- 3.54 -> DT xxx F0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx J0069 <- 2.94 -> DC xxx F0004 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx J0079 <- 2.91 -> DG xxx L0011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx J0081 <- 3.48 -> DT xxx L0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx J0084 <- 4.48 -> DA xxx L0007 : score x.xxxxx : x : THR xxxx K0081 <- 3.25 -> DT xxx F0017 : score x.xxxxx >1tsr_B:p53-like_transcription_factors; title=P53 CORE DOMAIN IN COMPLEX WITH DNA organism=Homo sapiens : H : LYS NZ B0120 <- 2.67 -> DG N7 F0008 : score 5.53382 : H : LYS NZ B0120 <- 2.41 -> DG O6 F0008 : score 6.23858 : w : ARG NH2 B0248 <- 5.31 -> DG N2 F0013 : score 1.594 : H : CYS SG B0277 <- 3.24 -> DC N4 E0014 : score -3.24228 : H : ARG NH1 B0280 <- 2.82 -> DG O6 E0013 : score 6.1254 : H : ARG NH2 B0280 <- 2.83 -> DG N7 E0013 : score 6.39983 : x : ALA xxxx B0276 <- 4.41 -> DC xxx E0014 : score x.xxxxx >1tsr_BC: title=P53 CORE DOMAIN IN COMPLEX WITH DNA organism=Homo sapiens : H : LYS NZ B0120 <- 2.67 -> DG N7 F0008 : score 5.53382 : H : LYS NZ B0120 <- 2.41 -> DG O6 F0008 : score 6.23858 : w : ARG NH1 B0248 <- 5.74 -> DT O2 E0011 : score 1.824 : w : ARG NH2 B0248 <- 6.55 -> DT O2 E0011 : score 2.047 : H : CYS SG B0277 <- 3.24 -> DC N4 E0014 : score -3.24228 : H : ARG NH1 B0280 <- 2.82 -> DG O6 E0013 : score 6.1254 : H : ARG NH2 B0280 <- 2.83 -> DG N7 E0013 : score 6.39983 : x : ALA xxxx B0276 <- 4.41 -> DC xxx E0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0280 <- 4.41 -> DG xxx F0019 : score x.xxxxx >1ttu_A:DNA-binding_protein_LAG-1_CSL;p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=CRYSTAL STRUCTURE OF CSL BOUND TO DNA organism=Caenorhabditis elegans : H : ARG NH1 A0234 <- 2.75 -> DG O6 B0008 : score 6.2115 : H : ARG NH2 A0234 <- 2.95 -> DG N7 B0008 : score 6.24531 : H : LYS NZ A0368 <- 2.82 -> DT O4 C0007 : score 3.52558 : H : LYS NZ A0368 <- 2.43 -> DG O6 B0010 : score 6.21543 : H : GLN NE2 A0401 <- 3.14 -> DA N3 C0013 : score 3.72322 : x : TYR xxxx A0229 <- 3.45 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0232 <- 3.68 -> DT xxx B0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0367 <- 3.84 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0400 <- 3.99 -> DT xxx B0007 : score x.xxxxx >1tup_B:p53-like_transcription_factors; title=TUMOR SUPPRESSOR P53 COMPLEXED WITH DNA organism=Homo sapiens : H : LYS NZ B0120 <- 2.64 -> DG N7 F1108 : score 5.56618 : H : LYS NZ B0120 <- 2.38 -> DG O6 F1108 : score 6.2733 : w : ARG NH2 B0248 <- 5.26 -> DG N2 F1113 : score 1.594 : H : CYS SG B0277 <- 3.24 -> DC N4 E1014 : score -3.24228 : H : ARG NH1 B0280 <- 2.82 -> DG O6 E1013 : score 6.1254 : H : ARG NH2 B0280 <- 2.83 -> DG N7 E1013 : score 6.39983 : x : ALA xxxx B0276 <- 4.41 -> DC xxx E1014 : score x.xxxxx >1tup_BC: title=TUMOR SUPPRESSOR P53 COMPLEXED WITH DNA organism=Homo sapiens : H : LYS NZ B0120 <- 2.64 -> DG N7 F1108 : score 5.56618 : H : LYS NZ B0120 <- 2.38 -> DG O6 F1108 : score 6.2733 : w : ARG NH1 B0248 <- 5.69 -> DT O2 E1011 : score 1.824 : w : ARG NH2 B0248 <- 6.46 -> DT O2 E1011 : score 2.047 : H : CYS SG B0277 <- 3.24 -> DC N4 E1014 : score -3.24228 : H : ARG NH1 B0280 <- 2.82 -> DG O6 E1013 : score 6.1254 : H : ARG NH2 B0280 <- 2.83 -> DG N7 E1013 : score 6.39983 : x : ALA xxxx B0276 <- 4.41 -> DC xxx E1014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0280 <- 4.38 -> DG xxx F1119 : score x.xxxxx >1u0c_A:Homing_endonucleases; title=Y33C MUTANT OF HOMING ENDONUCLEASE I-CREI organism=Chlamydomonas reinhardtii : w : ASN ND2 A0030 <- 6.45 -> DT O4 C0520 : score 2.886 : H : SER OG A0032 <- 3.06 -> DG N7 D0552 : score 4.2818 : H : GLN OE1 A0038 <- 2.62 -> DA N6 D0554 : score 6.11506 : H : GLN NE2 A0038 <- 2.85 -> DA N7 D0554 : score 5.99838 : w : GLN OE1 A0038 <- 5.82 -> DT O4 C0520 : score 3.148 : H : GLN NE2 A0044 <- 2.91 -> DA N7 C0516 : score 5.92568 : H : ARG NH1 A0068 <- 3.06 -> DG N7 D0558 : score 5.79982 : H : ARG NH2 A0068 <- 2.67 -> DG O6 D0558 : score 6.80317 : H : ARG NH1 A0070 <- 2.71 -> DG O6 C0515 : score 6.2607 : H : ARG NH2 A0070 <- 2.95 -> DG N7 C0515 : score 6.24531 : x : SER xxxx A0022 <- 4.40 -> DA xxx C0516 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0026 <- 3.45 -> DA xxx C0518 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0028 <- 3.63 -> DA xxx D0555 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0033 <- 4.18 -> DT xxx D0553 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0046 <- 3.65 -> DG xxx C0515 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0066 <- 3.81 -> DC xxx D0556 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0073 <- 4.16 -> DA xxx C0514 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0139 <- 4.40 -> DT xxx D0561 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0140 <- 4.47 -> DC xxx D0560 : score x.xxxxx >1u0c_AB:Homing_endonucleases; title=Y33C MUTANT OF HOMING ENDONUCLEASE I-CREI organism=Chlamydomonas reinhardtii : w : ASN ND2 A0030 <- 6.45 -> DT O4 C0520 : score 2.886 : H : SER OG A0032 <- 3.06 -> DG N7 D0552 : score 4.2818 : H : GLN OE1 A0038 <- 2.62 -> DA N6 D0554 : score 6.11506 : H : GLN NE2 A0038 <- 2.85 -> DA N7 D0554 : score 5.99838 : w : GLN OE1 A0038 <- 5.82 -> DT O4 C0520 : score 3.148 : H : GLN NE2 A0044 <- 2.91 -> DA N7 C0516 : score 5.92568 : H : ARG NH1 A0068 <- 3.06 -> DG N7 D0558 : score 5.79982 : H : ARG NH2 A0068 <- 2.67 -> DG O6 D0558 : score 6.80317 : H : ARG NH1 A0070 <- 2.71 -> DG O6 C0515 : score 6.2607 : H : ARG NH2 A0070 <- 2.95 -> DG N7 C0515 : score 6.24531 : w : GLN NE2 B0326 <- 5.44 -> DG O6 D0568 : score 2.878 : w : LYS NZ B0328 <- 6.08 -> DG O6 D0568 : score 2.896 : H : GLN OE1 B0338 <- 3.05 -> DA N6 C0504 : score 5.60744 : H : GLN NE2 B0338 <- 2.67 -> DA N7 C0504 : score 6.21651 : w : GLN OE1 B0344 <- 5.43 -> DC N4 D0567 : score 3.576 : H : ARG NH2 B0368 <- 2.90 -> DG O6 C0508 : score 6.49815 : H : ARG NH1 B0370 <- 3.26 -> DG O6 D0565 : score 5.5842 : H : ARG NH2 B0370 <- 3.43 -> DG N7 D0565 : score 5.62722 : V : LYS CG B0328 <- 3.85 -> DT C7 D0569 : score 2.02868 : x : SER xxxx A0022 <- 4.40 -> DA xxx C0516 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0026 <- 3.45 -> DA xxx C0518 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0028 <- 3.63 -> DA xxx D0555 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0033 <- 4.18 -> DT xxx D0553 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0046 <- 3.65 -> DG xxx C0515 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0066 <- 3.81 -> DC xxx D0556 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0073 <- 4.16 -> DA xxx C0514 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0139 <- 4.40 -> DT xxx D0561 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0140 <- 4.47 -> DC xxx D0560 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0322 <- 3.83 -> DA xxx D0566 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0324 <- 4.16 -> DA xxx D0566 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0330 <- 4.27 -> DA xxx C0504 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0332 <- 3.33 -> DC xxx C0502 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0333 <- 4.07 -> DC xxx C0502 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0346 <- 4.27 -> DG xxx D0565 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0366 <- 4.08 -> DA xxx C0506 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0373 <- 3.39 -> DC xxx D0564 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0439 <- 3.85 -> DG xxx D0565 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0440 <- 3.31 -> DC xxx C0510 : score x.xxxxx >1u0d_A:Homing_endonucleases; title=Y33H MUTANT OF HOMING ENDONUCLEASE I-CREI organism=Chlamydomonas reinhardtii : H : LYS NZ A0028 <- 2.79 -> DG O6 C0519 : score 5.79875 : H : SER OG A0032 <- 2.95 -> DG N7 D0552 : score 4.38117 : H : GLN OE1 A0038 <- 2.70 -> DA N6 D0554 : score 6.02062 : H : GLN NE2 A0038 <- 2.89 -> DA N7 D0554 : score 5.94991 : H : ARG NH1 A0068 <- 3.26 -> DG N7 D0558 : score 5.5551 : H : ARG NH2 A0068 <- 2.57 -> DG O6 D0558 : score 6.93578 : H : ARG NH2 A0070 <- 2.71 -> DG N7 C0515 : score 6.55435 : H : ARG NH2 A0070 <- 2.32 -> DG O6 C0515 : score 7.26732 : x : SER xxxx A0022 <- 3.72 -> DA xxx C0516 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0024 <- 3.54 -> DA xxx C0516 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0026 <- 2.91 -> DA xxx C0518 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0030 <- 3.51 -> DT xxx C0521 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0033 <- 3.44 -> DG xxx D0553 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0044 <- 3.47 -> DA xxx C0516 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0046 <- 3.58 -> DG xxx C0515 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0066 <- 4.32 -> DC xxx D0556 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0073 <- 3.29 -> DA xxx C0514 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0139 <- 3.43 -> DT xxx D0561 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0140 <- 4.16 -> DC xxx D0560 : score x.xxxxx >1u0d_AB:Homing_endonucleases; title=Y33H MUTANT OF HOMING ENDONUCLEASE I-CREI organism=Chlamydomonas reinhardtii : H : LYS NZ A0028 <- 2.79 -> DG O6 C0519 : score 5.79875 : H : SER OG A0032 <- 2.95 -> DG N7 D0552 : score 4.38117 : H : GLN OE1 A0038 <- 2.70 -> DA N6 D0554 : score 6.02062 : H : GLN NE2 A0038 <- 2.89 -> DA N7 D0554 : score 5.94991 : H : ARG NH1 A0068 <- 3.26 -> DG N7 D0558 : score 5.5551 : H : ARG NH2 A0068 <- 2.57 -> DG O6 D0558 : score 6.93578 : H : ARG NH2 A0070 <- 2.71 -> DG N7 C0515 : score 6.55435 : H : ARG NH2 A0070 <- 2.32 -> DG O6 C0515 : score 7.26732 : H : SER OG B0332 <- 2.69 -> DC N4 C0502 : score 3.94518 : H : HIS NE2 B0333 <- 2.92 -> DG N7 C0503 : score 6.40031 : H : GLN NE2 B0338 <- 3.15 -> DA N7 C0504 : score 5.63485 : H : GLN NE2 B0344 <- 3.05 -> DA N7 D0566 : score 5.75603 : H : ARG NH1 B0368 <- 2.86 -> DG O6 C0508 : score 6.0762 : H : ARG NH2 B0368 <- 2.88 -> DG O6 C0508 : score 6.52468 : H : ARG NH1 B0370 <- 2.81 -> DG O6 D0565 : score 6.1377 : H : ARG NH2 B0370 <- 3.00 -> DG N7 D0565 : score 6.18092 : H : ARG NH2 B0370 <- 3.09 -> DG O6 D0565 : score 6.24618 : x : SER xxxx A0022 <- 3.72 -> DA xxx C0516 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0024 <- 3.54 -> DA xxx C0516 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0026 <- 2.91 -> DA xxx C0518 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0030 <- 3.51 -> DT xxx C0521 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0033 <- 3.44 -> DG xxx D0553 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0044 <- 3.47 -> DA xxx C0516 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0046 <- 3.58 -> DG xxx C0515 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0066 <- 4.32 -> DC xxx D0556 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0073 <- 3.29 -> DA xxx C0514 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0139 <- 3.43 -> DT xxx D0561 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0140 <- 4.16 -> DC xxx D0560 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0324 <- 3.39 -> DC xxx D0567 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0326 <- 3.88 -> DC xxx D0567 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0328 <- 3.25 -> DT xxx D0569 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0330 <- 3.34 -> DT xxx D0571 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0346 <- 3.84 -> DG xxx D0565 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0366 <- 4.02 -> DA xxx C0505 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0373 <- 3.74 -> DC xxx D0564 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0440 <- 4.49 -> DC xxx C0510 : score x.xxxxx >1u35_ABCDEFGH:Histone-fold;PH_domain-like;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE CONTAINING THE HISTONE DOMAIN OF MACROH2A organism=HOMO SAPIENS / MUS MUSCULUS : H : ARG NH2 A0440 <- 3.10 -> DA N3 J0227 : score 3.26349 : H : LYS NZ C0814 <- 2.83 -> DT O2 J0263 : score 3.69692 : H : ARG NH1 C0842 <- 2.50 -> DT O2 J0256 : score 4.64226 : H : ARG NH2 E0640 <- 3.15 -> DA N3 I0082 : score 3.22877 : H : LYS NZ G1014 <- 2.65 -> DA N3 J0175 : score 2.68856 : H : ARG NH2 G1042 <- 2.61 -> DT O2 I0111 : score 4.52328 : x : HIS xxxx A0439 <- 4.41 -> DA xxx J0150 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0465 <- 3.69 -> DT xxx J0236 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0483 <- 3.40 -> DC xxx I0049 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0045 <- 4.36 -> DT xxx J0224 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx E0639 <- 4.34 -> DT xxx J0287 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx E0641 <- 4.42 -> DT xxx I0006 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0665 <- 3.63 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0683 <- 4.40 -> DC xxx J0194 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H1430 <- 3.92 -> DA xxx J0172 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx H1436 <- 4.46 -> DT xxx I0122 : score x.xxxxx >1u35_G:Histone-fold; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE CONTAINING THE HISTONE DOMAIN OF MACROH2A organism=? : H : LYS NZ G1014 <- 2.65 -> DA N3 J0175 : score 2.68856 : H : ARG NH2 G1042 <- 2.61 -> DT O2 I0111 : score 4.52328 >1u45_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=8OXOGUANINE AT THE PRE-INSERTION SITE OF THE POLYMERASE ACTIVE SITE organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.76 -> DT O2 C0008 : score 3.74898 : w : LYS NZ A0582 <- 6.15 -> DG N2 C0007 : score 0.413 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.92 -> DG N3 B0029 : score 2.86168 : H : ARG NH2 A0615 <- 3.23 -> DG N3 B0029 : score 3.30212 : w : ARG NH1 A0615 <- 5.86 -> DG N3 C0005 : score 1.371 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.87 -> DA N3 C0006 : score 1.912 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.03 -> DT O2 B0027 : score 4.67215 : w : ASN ND2 A0625 <- 6.14 -> DG N2 C0007 : score 1.135 : H : ARG NH2 A0629 <- 2.93 -> DG N7 B0029 : score 6.27106 : w : GLU OE1 A0658 <- 5.73 -> DC O2 C0004 : score 2.497 : w : ASN ND2 A0793 <- 5.82 -> DC O2 C0004 : score 1.833 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.55 -> DC O2 B0028 : score 3.211 : x : TYR xxxx A0714 <- 3.28 -> DC xxx C0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0797 <- 3.24 -> DC xxx C0004 : score x.xxxxx >1u47_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=CYTOSINE-8-OXOGUANINE BASE PAIR AT THE POLYMERASE ACTIVE SITE organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.80 -> DT O2 B0026 : score 3.71923 : H : ARG NH1 A0615 <- 3.15 -> DC O2 B0029 : score 3.43385 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.78 -> DG N3 C0006 : score 3.08 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.17 -> DC O2 B0027 : score 4.30234 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.66 -> DA N3 C0007 : score 1.912 : x : TYR xxxx A0587 <- 4.50 -> DC xxx B0027 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 2.97 -> DC xxx B0029 : score x.xxxxx >1u48_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=EXTENSION OF A CYTOSINE-8-OXOGUANINE BASE PAIR organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.93 -> DC O2 B0026 : score 2.88953 : w : LYS NZ A0582 <- 5.75 -> DT O2 B0025 : score 0.459 : w : LYS NZ A0582 <- 5.59 -> DA N3 C0008 : score 1.7 : w : THR OG1 A0586 <- 5.56 -> DA N3 C0008 : score 2.6 : w : TYR OH A0587 <- 5.87 -> DG N2 C0007 : score 2.831 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.96 -> DA N3 B0029 : score 3.52699 : H : ARG NH2 A0615 <- 3.28 -> DA N3 B0029 : score 3.1385 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.61 -> DC O2 C0006 : score 1.833 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.20 -> DG N3 B0027 : score 4.4502 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.68 -> DG N3 C0007 : score 3.08 : H : ARG NH2 A0629 <- 2.95 -> DA N7 B0029 : score 1.30577 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.58 -> DC O2 B0028 : score 3.211 : x : TYR xxxx A0714 <- 3.59 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0797 <- 3.27 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx >1u49_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=ADENINE-8OXOGUANINE MISMATCH AT THE POLYMERASE ACTIVE SITE organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.51 -> DT O2 B0026 : score 3.93495 : w : LYS NZ A0582 <- 5.45 -> DG N3 C0008 : score 1.798 : w : THR OG1 A0586 <- 5.51 -> DG N3 C0008 : score 2.005 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.95 -> DA N3 B0029 : score 3.53428 : w : ARG NH1 A0615 <- 6.27 -> DC O2 C0005 : score 1.194 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.86 -> DG N3 C0006 : score 3.08 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.00 -> DC O2 B0027 : score 4.46031 : x : TYR xxxx A0587 <- 4.46 -> DC xxx B0027 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0629 <- 3.04 -> DA xxx B0029 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 4.18 -> DA xxx B0029 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0829 <- 4.40 -> DG xxx B0028 : score x.xxxxx >1u4b_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=EXTENSION OF AN ADENINE-8OXOGUANINE MISMATCH organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.90 -> DG N3 B0026 : score 1.66851 : w : LYS NZ A0582 <- 6.01 -> DG N3 C0008 : score 1.798 : w : LYS NZ A0582 <- 6.12 -> DC O2 B0025 : score 1.398 : w : THR OG1 A0586 <- 6.08 -> DG N3 C0008 : score 2.005 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.98 -> DA N3 B0029 : score 3.51242 : w : ARG NH1 A0615 <- 5.78 -> DA N3 C0005 : score 2.497 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.18 -> DA N3 B0027 : score 3.42591 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.94 -> DC O2 C0007 : score 1.833 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.57 -> DT O2 B0028 : score 3.881 : x : TYR xxxx A0714 <- 3.40 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0797 <- 3.26 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx >1u78_A:Homeodomain-like; title=STRUCTURE OF THE BIPARTITE DNA-BINDING DOMAIN OF TC3 TRANSPOSASE BOUND TO TRANSPOSON DNA organism=Caenorhabditis elegans : H : ARG NE A0003 <- 2.86 -> DT O2 B0011 : score 2.50547 : H : ARG NH2 A0003 <- 2.93 -> DT O2 B0011 : score 4.24439 : H : HIS NE2 A0026 <- 3.16 -> DG N7 B0006 : score 6.08554 : H : ARG NH1 A0036 <- 3.04 -> DG N7 B0007 : score 5.82429 : H : ARG NH2 A0036 <- 2.61 -> DG O6 B0007 : score 6.88274 : H : HIS ND1 A0037 <- 2.76 -> DG N7 C0046 : score 6.45895 : H : ARG NE A0054 <- 2.77 -> DT O2 C0042 : score 2.55111 : H : ARG NH2 A0054 <- 2.64 -> DA N3 C0043 : score 3.58289 : H : ARG NH1 A0057 <- 2.85 -> DT O2 C0039 : score 4.33569 : H : ARG NE A0094 <- 2.81 -> DG O6 C0034 : score 3.87557 : H : ARG NH2 A0094 <- 2.81 -> DG N7 C0034 : score 6.42558 : x : PRO xxxx A0002 <- 3.00 -> DT xxx C0044 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0035 <- 3.76 -> DG xxx C0046 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0040 <- 3.22 -> DT xxx B0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0092 <- 4.18 -> DT xxx B0020 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0093 <- 3.05 -> DG xxx C0032 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0095 <- 3.88 -> DT xxx B0020 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0097 <- 4.33 -> DG xxx C0032 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0098 <- 3.92 -> DT xxx B0020 : score x.xxxxx >1u8r_ABCD:Iron-dependent_repressor_protein,_dimerization_domain;"Winged_helix"_DNA-binding_domain;C-terminal_domain_of_transcriptional_repressors; title=CRYSTAL STRUCTURE OF AN IDER-DNA COMPLEX REVEALS A CONFORMATIONAL CHANGE IN ACTIVATED IDER FOR BASE-SPECIFIC INTERACTIONS organism=Mycobacterium tuberculosis : V : PRO CG D0039 <- 3.85 -> DT C7 F0025 : score 6.20251 : V : PRO CG C0039 <- 3.83 -> DT C7 E0017 : score 6.23392 : x : SER xxxx A0037 <- 3.33 -> DT xxx F0020 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0039 <- 3.43 -> DT xxx F0020 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0040 <- 3.61 -> DC xxx F0019 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0043 <- 3.50 -> DG xxx F0017 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0047 <- 3.72 -> DG xxx F0017 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0037 <- 3.07 -> DT xxx E0022 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0039 <- 3.33 -> DT xxx F0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0040 <- 3.57 -> DC xxx E0021 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0042 <- 3.98 -> DT xxx F0009 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0043 <- 3.22 -> DC xxx E0019 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0047 <- 3.94 -> DC xxx E0019 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0037 <- 3.28 -> DT xxx E0017 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0040 <- 3.42 -> DC xxx E0016 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx C0043 <- 3.71 -> DG xxx E0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0047 <- 4.09 -> DG xxx E0014 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0037 <- 3.08 -> DT xxx F0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0040 <- 3.27 -> DC xxx F0024 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx D0043 <- 3.04 -> DT xxx F0022 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0047 <- 3.42 -> DT xxx F0022 : score x.xxxxx >1u8r_B:Iron-dependent_repressor_protein,_dimerization_domain;"Winged_helix"_DNA-binding_domain;C-terminal_domain_of_transcriptional_repressors; title=CRYSTAL STRUCTURE OF AN IDER-DNA COMPLEX REVEALS A CONFORMATIONAL CHANGE IN ACTIVATED IDER FOR BASE-SPECIFIC INTERACTIONS organism=Mycobacterium tuberculosis : x : SER xxxx B0037 <- 3.07 -> DT xxx E0022 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0039 <- 3.33 -> DT xxx F0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0040 <- 3.57 -> DC xxx E0021 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0042 <- 3.98 -> DT xxx F0009 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0043 <- 3.22 -> DC xxx E0019 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0047 <- 3.94 -> DC xxx E0019 : score x.xxxxx >1u8r_GHIJ:Iron-dependent_repressor_protein,_dimerization_domain;"Winged_helix"_DNA-binding_domain;C-terminal_domain_of_transcriptional_repressors; title=CRYSTAL STRUCTURE OF AN IDER-DNA COMPLEX REVEALS A CONFORMATIONAL CHANGE IN ACTIVATED IDER FOR BASE-SPECIFIC INTERACTIONS organism=Mycobacterium tuberculosis : H : GLN OE1 H0043 <- 3.29 -> DC N4 K0020 : score 4.03472 : V : PRO CG H0039 <- 3.72 -> DT C7 K0022 : score 6.40665 : x : SER xxxx G0037 <- 3.07 -> DT xxx L0020 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx G0039 <- 3.33 -> DT xxx L0020 : score x.xxxxx : x : THR xxxx G0040 <- 3.42 -> DC xxx L0019 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx G0043 <- 3.46 -> DG xxx L0017 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx G0047 <- 3.90 -> DG xxx L0017 : score x.xxxxx : x : SER xxxx H0037 <- 3.23 -> DT xxx K0022 : score x.xxxxx : x : THR xxxx H0040 <- 3.59 -> DC xxx K0021 : score x.xxxxx : x : SER xxxx H0042 <- 3.98 -> DT xxx L0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H0047 <- 3.79 -> DC xxx K0019 : score x.xxxxx : x : SER xxxx I0037 <- 3.26 -> DT xxx K0017 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx I0039 <- 3.41 -> DT xxx K0017 : score x.xxxxx : x : THR xxxx I0040 <- 3.35 -> DC xxx K0016 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx I0043 <- 3.64 -> DG xxx K0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx I0047 <- 4.00 -> DG xxx K0014 : score x.xxxxx : x : SER xxxx J0037 <- 3.14 -> DT xxx L0025 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx J0039 <- 3.37 -> DT xxx K0007 : score x.xxxxx : x : THR xxxx J0040 <- 3.53 -> DC xxx L0024 : score x.xxxxx : x : SER xxxx J0042 <- 4.11 -> DT xxx K0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx J0043 <- 3.08 -> DT xxx L0022 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx J0047 <- 3.20 -> DT xxx L0022 : score x.xxxxx >1ua0_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=AMINOFLUORENE DNA ADDUCT AT THE PRE-INSERTION SITE OF A DNA POLYMERASE organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 3.05 -> DG N3 B0026 : score 1.61744 : w : LYS NZ A0582 <- 5.57 -> DT O2 B0025 : score 0.459 : w : LYS NZ A0582 <- 5.46 -> DA N3 C0008 : score 1.7 : w : THR OG1 A0586 <- 5.42 -> DA N3 C0008 : score 2.6 : H : ARG NH1 A0615 <- 3.00 -> DG N3 B0029 : score 2.81477 : w : ARG NH1 A0615 <- 5.93 -> DA N3 C0005 : score 2.497 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.83 -> DC O2 C0006 : score 1.833 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.15 -> DG N3 B0027 : score 4.49858 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.86 -> DC O2 C0007 : score 1.833 : w : GLU OE2 A0658 <- 5.49 -> DC O2 C0004 : score 1.582 : w : ASN ND2 A0793 <- 5.86 -> DC O2 C0004 : score 1.833 : w : GLN NE2 A0797 <- 5.95 -> DC O2 C0004 : score 3.037 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.37 -> DT O2 B0028 : score 3.881 : x : TYR xxxx A0587 <- 4.46 -> DG xxx B0027 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0629 <- 3.41 -> DG xxx B0029 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.25 -> DC xxx C0004 : score x.xxxxx >1ua1_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=STRUCTURE OF AMINOFLUORENE ADDUCT PAIRED OPPOSITE CYTOSINE AT THE POLYMERASE ACTIVE SITE. organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 3.07 -> DG N3 B0013 : score 1.61063 : w : LYS NZ A0582 <- 6.58 -> DG N3 B0012 : score 1.798 : w : LYS NZ A0582 <- 5.93 -> DC O2 C0031 : score 1.398 : w : THR OG1 A0586 <- 5.78 -> DC O2 C0031 : score 2.01 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.71 -> DC O2 B0016 : score 3.75877 : H : ARG NH2 A0615 <- 3.17 -> DC O2 B0016 : score 3.32766 : w : ARG NH1 A0615 <- 5.80 -> DC O2 C0028 : score 1.194 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.85 -> DA N3 C0029 : score 1.912 : H : ASN ND2 A0625 <- 2.94 -> DT O2 B0014 : score 4.76031 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.81 -> DC O2 C0030 : score 1.833 : w : ASN OD1 A0793 <- 5.96 -> DG N3 C0027 : score 3.331 : x : TYR xxxx A0587 <- 4.47 -> DT xxx B0014 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0710 <- 4.06 -> DG xxx C0027 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 2.97 -> DC xxx B0016 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0716 <- 3.54 -> DG xxx C0027 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0829 <- 4.01 -> DG xxx B0015 : score x.xxxxx >1uaa_AB:P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=E. COLI REP HELICASE/DNA COMPLEX organism=? : H : ARG NH1 A0251 <- 3.04 -> DT O2 C0014 : score 4.16927 : H : ARG NH2 A0350 <- 2.59 -> DT O2 C0012 : score 4.54072 : H : ARG NH2 B0251 <- 2.92 -> DT O2 C0003 : score 4.25311 : H : ARG NH2 B0350 <- 2.87 -> DT O2 C0002 : score 4.29668 : V : TRP CD2 B0250 <- 3.75 -> DT C7 C0002 : score 5.39065 : V : ASP CB B0110 <- 3.83 -> DT C7 C0005 : score 2.69451 : x : HIS xxxx A0085 <- 3.23 -> DT xxx C0016 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0110 <- 3.65 -> DT xxx C0016 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0129 <- 3.95 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0133 <- 2.72 -> DT xxx C0014 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0134 <- 4.33 -> DT xxx C0012 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0137 <- 4.37 -> DT xxx C0014 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0183 <- 3.26 -> DT xxx C0016 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx A0250 <- 3.00 -> DT xxx C0013 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0356 <- 3.46 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0537 <- 4.36 -> DT xxx C0016 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0558 <- 2.90 -> DT xxx C0013 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0580 <- 4.20 -> DT xxx C0012 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0582 <- 3.04 -> DT xxx C0012 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0616 <- 4.37 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0085 <- 3.17 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0090 <- 3.83 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0093 <- 3.19 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0094 <- 3.10 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0103 <- 3.27 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0105 <- 2.60 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0107 <- 3.64 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0133 <- 3.11 -> DT xxx C0003 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0183 <- 3.16 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0558 <- 3.09 -> DT xxx C0002 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0580 <- 2.84 -> DT xxx C0001 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0582 <- 3.11 -> DT xxx C0001 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0583 <- 4.09 -> DT xxx C0001 : score x.xxxxx >1uaa_B:P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases;?; title=E. COLI REP HELICASE/DNA COMPLEX organism=? : H : ARG NH2 B0251 <- 2.92 -> DT O2 C0003 : score 4.25311 : H : ARG NH2 B0350 <- 2.87 -> DT O2 C0002 : score 4.29668 : V : TRP CD2 B0250 <- 3.75 -> DT C7 C0002 : score 5.39065 : V : ASP CB B0110 <- 3.83 -> DT C7 C0005 : score 2.69451 : x : HIS xxxx B0085 <- 3.17 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0090 <- 3.83 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0093 <- 3.19 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0094 <- 3.10 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0103 <- 3.27 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0105 <- 2.60 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0107 <- 3.64 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0133 <- 3.11 -> DT xxx C0003 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0183 <- 3.16 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0558 <- 3.09 -> DT xxx C0002 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0580 <- 2.84 -> DT xxx C0001 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0582 <- 3.11 -> DT xxx C0001 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0583 <- 4.09 -> DT xxx C0001 : score x.xxxxx >1ubd_C:C2H2_and_C2HC_zinc_fingers; title=CO-CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN YY1 ZINC FINGER DOMAIN BOUND TO THE ADENO-ASSOCIATED VIRUS P5 INITIATOR ELEMENT organism=Homo sapiens : H : GLU OE1 C0336 <- 2.86 -> DC N4 A0006 : score 5.69747 : w : SER OG C0338 <- 5.73 -> DT O4 A0007 : score 2.13 : H : LYS NZ C0339 <- 2.69 -> DG N7 B0033 : score 5.51225 : H : LYS NZ C0339 <- 3.08 -> DG O6 B0033 : score 5.4631 : H : ARG NH1 C0342 <- 3.00 -> DG O6 B0032 : score 5.904 : H : ARG NH2 C0342 <- 2.87 -> DG N7 B0032 : score 6.34832 : H : ASN OD1 C0369 <- 3.45 -> DA N6 B0030 : score 5.15196 : H : ASN ND2 C0369 <- 2.86 -> DA N7 B0030 : score 5.63667 : H : GLN OE1 C0396 <- 2.86 -> DA N6 B0028 : score 5.83173 : H : GLN NE2 C0396 <- 2.79 -> DA N7 B0028 : score 6.07109 : w : GLN OE1 C0396 <- 5.27 -> DT O4 A0012 : score 3.148 : w : THR OG1 C0398 <- 5.21 -> DT O4 A0012 : score 2.457 : V : LEU CD1 C0366 <- 3.59 -> DT C7 B0031 : score 5.90587 : x : LYS xxxx C0315 <- 3.82 -> DT xxx A0005 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx C0368 <- 3.22 -> DC xxx A0009 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C0399 <- 2.92 -> DA xxx B0027 : score x.xxxxx >1v14_A:His-Me_finger_endonucleases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE COLICIN E9, MUTANT HIS103ALA, IN COMPLEX WITH MG+2 AND DSDNA (RESOLUTION 2.9A) organism=ESCHERICHIA COLI : H : ASP OD1 A0051 <- 2.90 -> DC N4 E0008 : score 5.17138 : x : ARG xxxx A0005 <- 4.15 -> DC xxx E0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0054 <- 3.64 -> DC xxx E0008 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0096 <- 3.67 -> DT xxx F0013 : score x.xxxxx >1v15_A:His-Me_finger_endonucleases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE COLICIN E9, MUTANT HIS103ALA, IN COMPLEX WITH ZN+2 AND DSDNA (RESOLUTION 2.4A) organism=? : H : ASP OD1 A0051 <- 2.76 -> DC N4 E0008 : score 5.31914 : x : ARG xxxx A0005 <- 3.68 -> DC xxx E0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0054 <- 3.93 -> DC xxx E0008 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0096 <- 3.16 -> DT xxx F0013 : score x.xxxxx >1vas_A:T4_endonuclease_V; title=ATOMIC MODEL OF A PYRIMIDINE DIMER SPECIFIC EXCISION REPAIR ENZYME COMPLEXED WITH A DNA SUBSTRATE: STRUCTURAL BASIS FOR DAMAGED DNA RECOGNITION organism=Enterobacteria phage T4 : w : THR OG1 A0002 <- 6.28 -> DA N3 C0220 : score 2.6 : H : ARG NH1 A0026 <- 2.66 -> DT O2 B0207 : score 4.50211 : w : GLN NE2 A0071 <- 5.80 -> DA N7 C0221 : score 1.864 : x : MET xxxx A0018 <- 4.16 -> DC xxx C0222 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0021 <- 3.40 -> DA xxx C0221 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0022 <- 3.15 -> DG xxx B0206 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0023 <- 2.63 -> DT xxx B0207 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0025 <- 3.29 -> DA xxx C0221 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0075 <- 3.17 -> DA xxx C0221 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0087 <- 3.21 -> DA xxx C0221 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0091 <- 3.11 -> DA xxx C0221 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx A0128 <- 4.23 -> DC xxx B0205 : score x.xxxxx >1vfc_A:Homeodomain-like; title=SOLUTION STRUCTURE OF THE DNA COMPLEX OF HUMAN TRF2 organism=HOMO SAPIENS : x : LYS xxxx A0447 <- 3.17 -> DA xxx C0018 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0484 <- 4.00 -> DT xxx B0003 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0485 <- 3.20 -> DC xxx C0022 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0488 <- 4.11 -> DA xxx B0004 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0489 <- 3.19 -> DG xxx B0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0492 <- 3.59 -> DG xxx B0006 : score x.xxxxx >1vkx_A:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE NFKB P50/P65 HETERODIMER COMPLEXED TO THE IMMUNOGLOBULIN KB DNA organism=MUS MUSCULUS : H : ARG NH1 A0033 <- 3.23 -> DG N7 D0015 : score 5.5918 : H : ARG NH2 A0033 <- 2.65 -> DG O6 D0015 : score 6.82969 : H : ARG NH1 A0035 <- 2.68 -> DG O6 D0014 : score 6.2976 : H : ARG NH2 A0035 <- 2.92 -> DG N7 D0014 : score 6.28394 : H : GLU OE1 A0039 <- 3.25 -> DC N4 C0011 : score 5.24767 : x : TYR xxxx A0036 <- 2.88 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0038 <- 3.99 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0187 <- 3.29 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx >1vkx_AB:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE NFKB P50/P65 HETERODIMER COMPLEXED TO THE IMMUNOGLOBULIN KB DNA organism=MUS MUSCULUS : H : ARG NH1 A0033 <- 3.23 -> DG N7 D0015 : score 5.5918 : H : ARG NH2 A0033 <- 2.65 -> DG O6 D0015 : score 6.82969 : H : ARG NH1 A0035 <- 2.68 -> DG O6 D0014 : score 6.2976 : H : ARG NH2 A0035 <- 2.92 -> DG N7 D0014 : score 6.28394 : H : GLU OE1 A0039 <- 3.25 -> DC N4 C0011 : score 5.24767 : H : ARG NH1 B0354 <- 2.69 -> DG O6 C0005 : score 6.2853 : H : ARG NH2 B0354 <- 2.80 -> DG O6 C0005 : score 6.63077 : H : ARG NH1 B0356 <- 2.56 -> DG O6 C0004 : score 6.4452 : H : ARG NH2 B0356 <- 2.50 -> DG N7 C0004 : score 6.82477 : H : GLU OE1 B0360 <- 2.97 -> DC N4 D0021 : score 5.5706 : H : HIS ND1 B0364 <- 2.51 -> DG N7 C0003 : score 6.77934 : x : TYR xxxx A0036 <- 2.88 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0038 <- 3.99 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0187 <- 3.29 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0357 <- 2.99 -> DT xxx D0020 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0359 <- 3.91 -> DT xxx D0020 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0541 <- 2.84 -> DG xxx D0019 : score x.xxxxx >1vol_AB: title=TFIIB (HUMAN CORE DOMAIN)/TBP (A.THALIANA)/TATA ELEMENT TERNARY COMPLEX organism=HOMO SAPIENS / ARABIDOPSIS THALIANA : H : ASN ND2 B0027 <- 2.55 -> DT O2 D0109 : score 5.14231 : H : ASN ND2 B0027 <- 3.15 -> DT O2 D0110 : score 4.55462 : H : ASN ND2 B0117 <- 3.37 -> DA N3 C0007 : score 3.28502 : H : ASN ND2 B0117 <- 2.93 -> DA N3 C0008 : score 3.61129 : H : THR OG1 B0173 <- 3.45 -> DT O2 C0006 : score 2.28877 : x : VAL xxxx B0029 <- 3.54 -> DA xxx C0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0057 <- 2.91 -> DG xxx C0011 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0072 <- 3.37 -> DA xxx C0010 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0074 <- 3.48 -> DA xxx C0010 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0080 <- 3.47 -> DA xxx C0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0082 <- 3.47 -> DT xxx D0108 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0119 <- 2.78 -> DT xxx D0110 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0148 <- 3.20 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0149 <- 3.36 -> DA xxx D0113 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0163 <- 3.63 -> DA xxx C0005 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0165 <- 3.47 -> DT xxx D0112 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0171 <- 3.24 -> DA xxx D0111 : score x.xxxxx >1vol_B:TATA-box_binding_protein-like; title=TFIIB (HUMAN CORE DOMAIN)/TBP (A.THALIANA)/TATA ELEMENT TERNARY COMPLEX organism=ARABIDOPSIS THALIANA : H : ASN ND2 B0027 <- 2.55 -> DT O2 D0109 : score 5.14231 : H : ASN ND2 B0027 <- 3.15 -> DT O2 D0110 : score 4.55462 : H : ASN ND2 B0117 <- 3.37 -> DA N3 C0007 : score 3.28502 : H : ASN ND2 B0117 <- 2.93 -> DA N3 C0008 : score 3.61129 : H : THR OG1 B0173 <- 3.45 -> DT O2 C0006 : score 2.28877 : x : VAL xxxx B0029 <- 3.54 -> DA xxx C0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0057 <- 2.91 -> DG xxx C0011 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0072 <- 3.37 -> DA xxx C0010 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0074 <- 3.48 -> DA xxx C0010 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0080 <- 3.47 -> DA xxx C0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0082 <- 3.47 -> DT xxx D0108 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0119 <- 2.78 -> DT xxx D0110 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0148 <- 3.20 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0149 <- 3.36 -> DA xxx D0113 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0163 <- 3.63 -> DA xxx C0005 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0165 <- 3.47 -> DT xxx D0112 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0171 <- 3.24 -> DA xxx D0111 : score x.xxxxx >1vpw_A:Periplasmic_binding_protein-like_I;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=STRUCTURE OF THE PURR MUTANT, L54M, BOUND TO HYPOXANTHINE AND PURF OPERATOR DNA organism=Escherichia coli : H : ARG NH1 A0026 <- 2.64 -> DG O6 B0702 : score 6.3468 : H : ARG NH2 A0026 <- 3.03 -> DG N7 B0702 : score 6.14229 : x : SER xxxx A0014 <- 3.92 -> DG xxx B0702 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0016 <- 3.10 -> DC xxx B0703 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0054 <- 3.42 -> DC xxx B0707 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0055 <- 2.96 -> DA xxx B0706 : score x.xxxxx >1vrl_A:DNA-glycosylase;Nudix; title=MUTY ADENINE GLYCOSYLASE IN COMPLEX WITH DNA AND SOAKED ADENINE FREE BASE organism=GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS : w : GLN OE1 A0047 <- 5.95 -> DG N3 C0019 : score 1.492 : w : GLN NE2 A0048 <- 6.45 -> DG N3 C0019 : score 1.492 : x : ARG xxxx A0050 <- 4.36 -> DG xxx B0008 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0088 <- 3.24 -> DC xxx B0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0308 <- 3.61 -> DC xxx B0005 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0309 <- 3.58 -> DC xxx B0005 : score x.xxxxx >1vrr_AB:Restriction_endonuclease-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE RESTRICTION ENDONUCLEASE BSTYI COMPLEX WITH DNA organism=GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS : w : ARG NH2 A0077 <- 6.23 -> DA N3 C0013 : score 1.61 : H : TYR OH A0115 <- 3.06 -> DA N3 D0003 : score 4.08005 : H : LYS NZ A0133 <- 2.69 -> DA N7 C0005 : score 3.06862 : H : SER OG A0172 <- 2.95 -> DT O4 D0010 : score 3.36391 : H : TYR OH B0115 <- 2.89 -> DA N3 C0003 : score 4.22638 : H : LYS NZ B0133 <- 2.93 -> DG N7 D0006 : score 5.25336 : H : LYS NZ B0133 <- 2.77 -> DG O6 D0006 : score 5.8219 : w : LYS NZ B0133 <- 6.25 -> DA N6 D0005 : score 2.036 : H : SER OG B0172 <- 2.83 -> DT O4 C0010 : score 3.44714 : x : GLU xxxx A0046 <- 3.27 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0048 <- 4.41 -> DT xxx C0002 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0134 <- 3.23 -> DA xxx C0005 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0136 <- 3.92 -> DG xxx D0006 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0174 <- 4.30 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx B0046 <- 3.13 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0048 <- 4.37 -> DT xxx D0002 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0134 <- 3.31 -> DA xxx D0005 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0136 <- 3.86 -> DG xxx C0006 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0174 <- 4.17 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx >1vrr_B:Restriction_endonuclease-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE RESTRICTION ENDONUCLEASE BSTYI COMPLEX WITH DNA organism=GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS : H : TYR OH B0115 <- 2.89 -> DA N3 C0003 : score 4.22638 : H : LYS NZ B0133 <- 2.93 -> DG N7 D0006 : score 5.25336 : H : LYS NZ B0133 <- 2.77 -> DG O6 D0006 : score 5.8219 : w : LYS NZ B0133 <- 6.25 -> DA N6 D0005 : score 2.036 : H : SER OG B0172 <- 2.83 -> DT O4 C0010 : score 3.44714 : x : GLU xxxx B0046 <- 3.13 -> DT xxx C0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0048 <- 4.37 -> DT xxx D0002 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0134 <- 3.31 -> DA xxx D0005 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0136 <- 3.86 -> DG xxx C0006 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0174 <- 4.17 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx >1vtl_E:TATA-box_binding_protein-like; title=CO-CRYSTAL STRUCTURE OF TBP RECOGNIZING THE MINOR GROOVE OF A TATA ELEMENT organism=ARABIDOPSIS THALIANA : H : ASN ND2 E0027 <- 3.00 -> DT O2 B0308 : score 4.70154 : H : ASN ND2 E0027 <- 3.11 -> DT O2 B0309 : score 4.59379 : H : ASN ND2 E0117 <- 3.24 -> DA N3 A0206 : score 3.38142 : H : ASN ND2 E0117 <- 3.35 -> DA N3 A0207 : score 3.29985 : H : THR OG1 E0173 <- 3.38 -> DT O2 A0205 : score 2.3256 : x : VAL xxxx E0029 <- 3.68 -> DT xxx B0308 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx E0057 <- 3.36 -> DT xxx B0306 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0072 <- 3.71 -> DT xxx B0307 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx E0074 <- 3.54 -> DA xxx A0209 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx E0080 <- 3.52 -> DA xxx A0208 : score x.xxxxx : x : THR xxxx E0082 <- 3.71 -> DT xxx B0308 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx E0119 <- 3.39 -> DT xxx B0309 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx E0148 <- 3.30 -> DA xxx A0204 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx E0149 <- 2.83 -> DA xxx B0312 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0163 <- 3.97 -> DT xxx A0205 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx E0165 <- 3.29 -> DT xxx B0311 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx E0171 <- 3.41 -> DA xxx B0310 : score x.xxxxx >1vtn_C:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CO-CRYSTAL STRUCTURE OF THE HNF-3/FORK HEAD DNA-RECOGNITION MOTIF RESEMBLES HISTONE H5 organism=Homo sapiens : H : ASN OD1 C0165 <- 3.36 -> DA N6 A0010 : score 5.25855 : H : ASN ND2 C0165 <- 3.12 -> DA N7 A0010 : score 5.34 : H : ARG NH1 C0210 <- 2.65 -> DT O2 A0004 : score 4.51087 : H : ARG NH2 C0210 <- 2.65 -> DT O2 A0004 : score 4.48842 : V : HIS CG C0169 <- 3.78 -> DT C7 A0008 : score 2.99026 : x : SER xxxx C0166 <- 3.90 -> DT xxx A0008 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0168 <- 4.19 -> DG xxx B0022 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0172 <- 2.93 -> DT xxx B0023 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx C0173 <- 4.48 -> DT xxx B0024 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0214 <- 3.65 -> DA xxx A0006 : score x.xxxxx >1vto_A:TATA-box_binding_protein-like; title=1.9 A RESOLUTION REFINED STRUCTURE OF TBP RECOGNIZING THE MINOR GROOVE OF TATAAAAG organism=ARABIDOPSIS THALIANA : H : ASN ND2 A0027 <- 2.89 -> DT O2 D0222 : score 4.80928 : H : ASN ND2 A0027 <- 3.15 -> DT O2 D0223 : score 4.55462 : H : ASN ND2 A0117 <- 3.25 -> DA N3 C0206 : score 3.374 : H : ASN ND2 A0117 <- 3.29 -> DA N3 C0207 : score 3.34434 : H : THR OG1 A0173 <- 2.83 -> DA N3 C0206 : score 2.14602 : x : VAL xxxx A0029 <- 3.73 -> DT xxx D0222 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0057 <- 3.09 -> DT xxx D0220 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0072 <- 3.42 -> DT xxx D0220 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0074 <- 3.72 -> DA xxx C0209 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0080 <- 3.64 -> DA xxx C0208 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0082 <- 3.48 -> DT xxx D0221 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0119 <- 3.56 -> DT xxx D0223 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0148 <- 3.28 -> DA xxx C0204 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0149 <- 3.21 -> DA xxx D0226 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0163 <- 3.69 -> DA xxx C0204 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0165 <- 3.32 -> DT xxx D0225 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0171 <- 3.55 -> DA xxx D0224 : score x.xxxxx >1w0t_A:Homeodomain-like; title=HTRF1 DNA-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH TELOMERIC DNA. organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH2 A0380 <- 2.48 -> DT O2 C0017 : score 4.63658 : H : LYS NZ A0421 <- 2.74 -> DG N7 C0013 : score 5.45831 : H : LYS NZ A0421 <- 3.06 -> DG O6 C0013 : score 5.48625 : H : ASP OD1 A0422 <- 2.75 -> DC N4 D0007 : score 5.32969 : H : ARG NH1 A0425 <- 3.06 -> DG N7 C0014 : score 5.79982 : H : ARG NH2 A0425 <- 2.72 -> DG O6 C0014 : score 6.73686 : x : SER xxxx A0417 <- 4.48 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0418 <- 3.79 -> DC xxx D0008 : score x.xxxxx >1w0t_AB:Homeodomain-like; title=HTRF1 DNA-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH TELOMERIC DNA. organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH2 A0380 <- 2.48 -> DT O2 C0017 : score 4.63658 : H : LYS NZ A0421 <- 2.74 -> DG N7 C0013 : score 5.45831 : H : LYS NZ A0421 <- 3.06 -> DG O6 C0013 : score 5.48625 : H : ASP OD1 A0422 <- 2.75 -> DC N4 D0007 : score 5.32969 : H : ARG NH1 A0425 <- 3.06 -> DG N7 C0014 : score 5.79982 : H : ARG NH2 A0425 <- 2.72 -> DG O6 C0014 : score 6.73686 : H : ARG NH2 B0380 <- 2.71 -> DA N3 D0010 : score 3.53429 : w : ARG NE B0380 <- 5.74 -> DT O2 C0011 : score 0.438 : H : LYS NZ B0421 <- 2.91 -> DG N7 C0007 : score 5.27493 : H : LYS NZ B0421 <- 2.86 -> DG O6 C0007 : score 5.71773 : H : ASP OD2 B0422 <- 2.99 -> DC N4 D0013 : score 5.9311 : H : ARG NH1 B0425 <- 2.96 -> DG N7 C0008 : score 5.92217 : H : ARG NH2 B0425 <- 2.73 -> DG O6 C0008 : score 6.7236 : x : SER xxxx A0417 <- 4.48 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0418 <- 3.79 -> DC xxx D0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0417 <- 4.12 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0418 <- 3.93 -> DC xxx D0014 : score x.xxxxx >1w0u_A:Homeodomain-like; title=HTRF2 DNA-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH TELOMERIC DNA. organism=HOMO SAPIENS : H : LYS NZ A0447 <- 2.93 -> DA N3 D0005 : score 2.54239 : H : LYS NZ A0447 <- 3.15 -> DT O2 C0016 : score 3.45888 : H : LYS NZ A0488 <- 2.74 -> DG N7 C0012 : score 5.45831 : H : LYS NZ A0488 <- 2.79 -> DG O6 C0012 : score 5.79875 : H : ASP OD1 A0489 <- 2.88 -> DC N4 D0007 : score 5.19249 : w : ASP OD2 A0489 <- 6.75 -> DC N4 D0006 : score 3.848 : H : ARG NH1 A0492 <- 2.94 -> DG N7 C0013 : score 5.94665 : H : ARG NH2 A0492 <- 2.67 -> DG O6 C0013 : score 6.80317 : V : VAL CG2 A0485 <- 3.88 -> DT C7 C0010 : score 6.12324 : x : THR xxxx A0493 <- 4.43 -> DA xxx D0005 : score x.xxxxx >1w0u_AB:Homeodomain-like; title=HTRF2 DNA-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH TELOMERIC DNA. organism=HOMO SAPIENS : H : LYS NZ A0447 <- 2.93 -> DA N3 D0005 : score 2.54239 : H : LYS NZ A0447 <- 3.15 -> DT O2 C0016 : score 3.45888 : H : LYS NZ A0488 <- 2.74 -> DG N7 C0012 : score 5.45831 : H : LYS NZ A0488 <- 2.79 -> DG O6 C0012 : score 5.79875 : H : ASP OD1 A0489 <- 2.88 -> DC N4 D0007 : score 5.19249 : w : ASP OD2 A0489 <- 6.75 -> DC N4 D0006 : score 3.848 : H : ARG NH1 A0492 <- 2.94 -> DG N7 C0013 : score 5.94665 : H : ARG NH2 A0492 <- 2.67 -> DG O6 C0013 : score 6.80317 : H : LYS NZ B0447 <- 3.17 -> DA N3 C0011 : score 2.4171 : w : LYS NZ B0447 <- 5.48 -> DA N3 D0010 : score 1.7 : H : LYS NZ B0488 <- 2.89 -> DG N7 C0006 : score 5.2965 : H : LYS NZ B0488 <- 2.80 -> DG O6 C0006 : score 5.78718 : H : ASP OD1 B0489 <- 2.74 -> DC N4 D0013 : score 5.34025 : w : ASP OD2 B0489 <- 6.87 -> DC N4 D0012 : score 3.848 : H : ARG NH1 B0492 <- 3.08 -> DG N7 C0007 : score 5.77534 : H : ARG NH2 B0492 <- 2.77 -> DG O6 C0007 : score 6.67055 : V : VAL CG2 B0485 <- 3.81 -> DT C7 C0004 : score 6.23258 : V : VAL CG2 A0485 <- 3.88 -> DT C7 C0010 : score 6.12324 : x : THR xxxx A0493 <- 4.43 -> DA xxx D0005 : score x.xxxxx >1w36_B:P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases;Restriction_endonuclease-like;?; title=RECBCD:DNA COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI : x : SER xxxx B0249 <- 3.60 -> DC xxx Y0017 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0252 <- 4.27 -> DG xxx Y0016 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0562 <- 4.06 -> DT xxx Y0039 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0824 <- 3.81 -> DC xxx Y0008 : score x.xxxxx >1w36_BC:P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases;Restriction_endonuclease-like; title=RECBCD:DNA COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI : x : SER xxxx B0249 <- 3.60 -> DC xxx Y0017 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0252 <- 4.27 -> DG xxx Y0016 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0562 <- 4.06 -> DT xxx Y0039 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0824 <- 3.81 -> DC xxx Y0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx C1078 <- 3.25 -> DA xxx Y0005 : score x.xxxxx : x : MET xxxx C1079 <- 3.44 -> DT xxx Y0039 : score x.xxxxx : x : MET xxxx C1080 <- 2.90 -> DA xxx Y0005 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx C1081 <- 3.55 -> DA xxx Y0005 : score x.xxxxx >1w36_EF:P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases;Restriction_endonuclease-like; title=RECBCD:DNA COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI : x : SER xxxx E0249 <- 2.86 -> DC xxx Z0017 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx E0252 <- 4.32 -> DG xxx Z0016 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0824 <- 3.77 -> DC xxx Z0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx F1078 <- 3.14 -> DA xxx Z0005 : score x.xxxxx : x : MET xxxx F1079 <- 3.54 -> DT xxx Z0039 : score x.xxxxx : x : MET xxxx F1080 <- 3.11 -> DA xxx Z0005 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx F1081 <- 3.57 -> DA xxx Z0005 : score x.xxxxx >1w7a_AB:DNA_repair_protein_MutS,_domain_III;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=ATP BOUND MUTS organism=ESCHERICHIA COLI : H : GLU OE2 A0038 <- 2.78 -> DT N3 F0022 : score 2.6104 : H : ARG NH1 A0058 <- 3.18 -> DC O2 E0011 : score 3.41169 : H : ARG NH2 A0058 <- 3.01 -> DC O2 E0011 : score 3.44266 : x : MET xxxx A0033 <- 3.73 -> DG xxx E0010 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0035 <- 4.14 -> DA xxx E0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0036 <- 3.45 -> DG xxx E0009 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0068 <- 3.38 -> DT xxx F0022 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0072 <- 3.31 -> DT xxx F0023 : score x.xxxxx >1wb9_AB:DNA_repair_protein_MutS,_domain_III;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI DNA MISMATCH REPAIR ENZYME MUTS, E38T MUTANT, IN COMPLEX WITH A G.T MISMATCH organism=ESCHERICHIA COLI : w : THR OG1 A0038 <- 5.37 -> DT N3 F0022 : score 2.052 : H : ARG NH1 A0058 <- 3.21 -> DC O2 E0011 : score 3.38954 : H : ARG NH2 A0058 <- 2.79 -> DC O2 E0011 : score 3.60078 : x : MET xxxx A0033 <- 3.64 -> DG xxx E0010 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0035 <- 4.08 -> DA xxx E0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0036 <- 3.37 -> DG xxx E0009 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0068 <- 4.43 -> DC xxx F0021 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0072 <- 3.68 -> DT xxx F0023 : score x.xxxxx >1wbb_AB:DNA_repair_protein_MutS,_domain_III;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI DNA MISMATCH REPAIR ENZYME MUTS, E38A MUTANT, IN COMPLEX WITH A G.T MISMATCH organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH2 A0058 <- 3.16 -> DC O2 E0011 : score 3.33485 : V : PHE CZ A0036 <- 3.74 -> DT C7 F0022 : score 7.23617 : x : MET xxxx A0033 <- 3.65 -> DG xxx E0010 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0035 <- 3.84 -> DA xxx E0008 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0068 <- 3.34 -> DT xxx F0022 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0072 <- 3.39 -> DT xxx F0023 : score x.xxxxx >1wbd_AB:DNA_repair_protein_MutS,_domain_III;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI DNA MISMATCH REPAIR ENZYME MUTS, E38Q MUTANT, IN COMPLEX WITH A G.T MISMATCH organism=ESCHERICHIA COLI : w : ASP OD2 A0035 <- 5.46 -> DA N3 E0008 : score 1.363 : H : GLN OE1 A0038 <- 2.95 -> DT N3 F0022 : score 3.27935 : H : GLN NE2 A0038 <- 2.54 -> DT O2 F0022 : score 4.49123 : H : ARG NH1 A0058 <- 3.34 -> DC O2 E0011 : score 3.29354 : H : ARG NH2 A0058 <- 3.27 -> DC O2 E0011 : score 3.25579 : V : PHE CZ A0036 <- 3.88 -> DT C7 F0022 : score 6.98665 : x : MET xxxx A0033 <- 4.39 -> DG xxx E0010 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0068 <- 4.15 -> DT xxx F0022 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0072 <- 3.04 -> DT xxx F0023 : score x.xxxxx >1wd0_A:Chromo_domain-like; title=CRYSTAL STRUCTURES OF THE HYPERTHERMOPHILIC CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D IN COMPLEX WITH DNA DECAMERS organism=SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS : H : TRP NE1 A0024 <- 2.98 -> DA N3 B0106 : score -8.807 : H : SER OG A0031 <- 3.23 -> DT O2 C0115 : score 3.37125 : H : ARG NH2 A0042 <- 3.04 -> DA N3 B0108 : score 3.30515 : w : ARG NE A0042 <- 5.69 -> DT O2 B0107 : score 0.438 : x : VAL xxxx A0026 <- 3.30 -> DT xxx B0105 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0029 <- 3.45 -> DT xxx C0115 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0044 <- 4.23 -> DT xxx C0115 : score x.xxxxx >1wd1_A:Chromo_domain-like; title=CRYSTAL STRUCTURES OF THE HYPERTHERMOPHILIC CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D IN COMPLEX WITH DNA DECAMERS organism=SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS : H : TRP NE1 A0024 <- 2.89 -> DG N3 B0106 : score -8.97145 : H : SER OG A0031 <- 3.04 -> DG N2 B0106 : score 3.38814 : H : ARG NH2 A0042 <- 2.36 -> DT O2 B0107 : score 4.74117 : H : ARG NH2 A0042 <- 3.15 -> DA N3 B0108 : score 3.22877 : x : VAL xxxx A0026 <- 3.44 -> DG xxx B0106 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0029 <- 3.22 -> DG xxx C0116 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0044 <- 4.09 -> DC xxx C0115 : score x.xxxxx >1wet_A:Periplasmic_binding_protein-like_I;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=STRUCTURE OF THE PURR-GUANINE-PURF OPERATOR COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH1 A0026 <- 2.45 -> DG O6 B0702 : score 6.5805 : H : ARG NH2 A0026 <- 3.21 -> DG N7 B0702 : score 5.91051 : x : SER xxxx A0014 <- 3.85 -> DG xxx B0702 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0016 <- 3.46 -> DA xxx B0703 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0054 <- 3.55 -> DC xxx B0707 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0055 <- 3.27 -> DC xxx B0707 : score x.xxxxx >1wte_A:Restriction_endonuclease-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE II RESTRCITION ENDONUCLEASE, ECOO109I COMPLEXED WITH COGNATE DNA organism=ESCHERICHIA COLI : H : THR OG1 A0070 <- 2.89 -> DG N2 X0006 : score 4.10048 : w : LYS NZ A0074 <- 5.51 -> DG N3 X0005 : score 1.798 : w : LYS NZ A0074 <- 5.73 -> DG N3 Y0011 : score 1.798 : H : GLN NE2 A0133 <- 3.05 -> DG O6 Y0006 : score 5.63545 : H : LYS NZ A0173 <- 2.89 -> DA N7 Y0004 : score 2.94852 : x : THR xxxx A0066 <- 3.99 -> DC xxx Y0008 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx A0130 <- 3.24 -> DC xxx X0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0131 <- 3.94 -> DC xxx X0007 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0134 <- 3.68 -> DG xxx Y0005 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0136 <- 3.46 -> DC xxx X0007 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0172 <- 4.03 -> DC xxx Y0003 : score x.xxxxx >1wte_AB:Restriction_endonuclease-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE II RESTRCITION ENDONUCLEASE, ECOO109I COMPLEXED WITH COGNATE DNA organism=ESCHERICHIA COLI : H : THR OG1 A0070 <- 2.89 -> DG N2 X0006 : score 4.10048 : w : LYS NZ A0074 <- 5.73 -> DG N3 Y0011 : score 1.798 : H : GLN NE2 A0133 <- 3.05 -> DG O6 Y0006 : score 5.63545 : H : LYS NZ A0173 <- 2.89 -> DA N7 Y0004 : score 2.94852 : H : THR OG1 B0070 <- 2.94 -> DG N2 Y0006 : score 4.05872 : w : LYS NZ B0074 <- 5.58 -> DG N3 X0011 : score 1.798 : H : GLN NE2 B0133 <- 2.97 -> DG O6 X0006 : score 5.73036 : H : LYS NZ B0173 <- 2.93 -> DG N7 X0004 : score 5.25336 : x : THR xxxx A0066 <- 3.99 -> DC xxx Y0008 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx A0130 <- 3.24 -> DC xxx X0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0131 <- 3.94 -> DC xxx X0007 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0134 <- 3.68 -> DG xxx Y0005 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0136 <- 3.46 -> DC xxx X0007 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0172 <- 4.03 -> DC xxx Y0003 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0032 <- 3.07 -> DT xxx X0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0066 <- 3.70 -> DC xxx X0008 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx B0130 <- 3.37 -> DC xxx Y0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0131 <- 4.00 -> DG xxx Y0007 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0134 <- 3.72 -> DG xxx X0005 : score x.xxxxx : x : MET xxxx B0136 <- 4.08 -> DG xxx Y0007 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0172 <- 4.35 -> DC xxx X0003 : score x.xxxxx >1wto_A:Chromo_domain-like; title=HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D DOUBLE MUTANT V26F/M29F IN COMPLEX WITH DNA GCGATCGC organism=SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS : H : TRP NE1 A0024 <- 3.02 -> DG N3 B0103 : score -8.73392 : w : SER OG A0031 <- 5.49 -> DC O2 C0114 : score 1.788 : H : ARG NH1 A0042 <- 2.98 -> DT O2 B0105 : score 4.22183 : H : ARG NH2 A0042 <- 2.93 -> DT O2 B0105 : score 4.24439 : w : ARG NH1 A0042 <- 5.70 -> DC O2 C0114 : score 1.194 : w : ARG NH2 A0042 <- 5.68 -> DC O2 B0106 : score 1.782 : x : PHE xxxx A0026 <- 3.24 -> DG xxx B0103 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0029 <- 3.50 -> DG xxx C0115 : score x.xxxxx >1wtp_B:Chromo_domain-like; title=HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D SINGLE MUTANT M29F IN COMPLEX WITH DNA GCGA(UBR)CGC organism=SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS : w : TYR OH B0008 <- 5.67 -> DC O2 F0114 : score 2.026 : H : TRP NE1 B0024 <- 2.95 -> DG N3 E0103 : score -8.86182 : H : SER OG B0031 <- 2.90 -> DG N2 E0103 : score 3.48779 : H : ARG NH1 B0042 <- 2.80 -> DC O2 E0106 : score 3.69231 : x : VAL xxxx B0026 <- 3.45 -> DG xxx E0103 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0029 <- 3.28 -> DC xxx F0114 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0044 <- 4.49 -> DC xxx F0114 : score x.xxxxx >1wtq_A:Chromo_domain-like; title=HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D SINGLE MUTANT M29F IN COMPLEX WITH DNA GTAATTAC organism=SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS : w : TYR OH A0008 <- 5.45 -> DA N3 C0112 : score 1.413 : H : TRP NE1 A0024 <- 2.96 -> DA N3 B0104 : score -8.84355 : w : SER OG A0031 <- 5.97 -> DT O2 C0113 : score 1.724 : H : ARG NH1 A0042 <- 2.97 -> DT O2 B0106 : score 4.23058 : H : ARG NH1 A0042 <- 3.09 -> DA N3 B0107 : score 3.43226 : w : ARG NH2 A0042 <- 6.08 -> DA N3 B0107 : score 1.61 : x : VAL xxxx A0026 <- 3.33 -> DA xxx B0104 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0029 <- 3.20 -> DT xxx C0113 : score x.xxxxx >1wtr_A:Chromo_domain-like; title=HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D SINGLE MUTANT M29A IN COMPLEX WITH DNA GCGATCGC organism=SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS : w : TYR OH A0008 <- 5.09 -> DT O2 C0113 : score 2.878 : H : TRP NE1 A0024 <- 2.96 -> DG N3 B0103 : score -8.84355 : H : SER OG A0031 <- 2.76 -> DG N2 B0103 : score 3.58745 : H : ARG NH1 A0042 <- 2.80 -> DT O2 B0105 : score 4.37949 : H : ARG NH1 A0042 <- 3.00 -> DC O2 B0106 : score 3.54462 : w : ARG NH2 A0042 <- 5.67 -> DC O2 B0106 : score 1.782 : x : VAL xxxx A0026 <- 3.43 -> DG xxx B0103 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0029 <- 4.05 -> DG xxx C0115 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0044 <- 3.97 -> DC xxx C0114 : score x.xxxxx >1wtv_A:Chromo_domain-like; title=HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D SINGLE MUTANT M29A IN COMPLEX WITH DNA GTAATTAC organism=SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS : w : TYR OH A0008 <- 5.36 -> DA N3 C0112 : score 1.413 : H : TRP NE1 A0024 <- 2.95 -> DA N3 B0104 : score -8.86182 : w : SER OG A0031 <- 6.03 -> DT O2 C0113 : score 1.724 : H : ARG NH1 A0042 <- 2.91 -> DT O2 B0106 : score 4.28314 : w : ARG NH2 A0042 <- 6.01 -> DA N3 B0107 : score 1.61 : x : VAL xxxx A0026 <- 3.58 -> DA xxx B0104 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0029 <- 4.04 -> DT xxx C0114 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0044 <- 4.22 -> DT xxx C0113 : score x.xxxxx >1wtw_A:Chromo_domain-like; title=HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D SINGLE MUTANT V26A IN COMPLEX WITH DNA GCGATCGC organism=SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS : H : TRP NE1 A0024 <- 3.05 -> DG N3 B0103 : score -8.6791 : H : SER OG A0031 <- 2.83 -> DG N2 B0103 : score 3.53762 : H : ARG NH1 A0042 <- 2.76 -> DT O2 B0105 : score 4.41452 : w : ARG NH2 A0042 <- 5.82 -> DC O2 B0106 : score 1.782 : x : TYR xxxx A0008 <- 4.04 -> DT xxx C0113 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0026 <- 3.76 -> DC xxx B0102 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0029 <- 3.40 -> DC xxx C0114 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0044 <- 4.11 -> DC xxx C0114 : score x.xxxxx >1wtx_A:Chromo_domain-like; title=HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D SINGLE MUTANT V26A IN COMPLEX WITH DNA GTAATTAC organism=SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS : H : TRP NE1 A0024 <- 2.88 -> DA N3 B0104 : score -8.98972 : H : SER OG A0031 <- 3.07 -> DT O2 C0113 : score 3.48928 : H : ARG NH1 A0042 <- 3.24 -> DT O2 B0106 : score 3.99409 : w : ARG NH1 A0042 <- 6.47 -> DA N3 B0107 : score 2.497 : w : ARG NH2 A0042 <- 6.23 -> DA N3 B0107 : score 1.61 : x : ALA xxxx A0026 <- 4.07 -> DA xxx B0103 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0029 <- 3.48 -> DT xxx C0113 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0044 <- 4.04 -> DT xxx C0113 : score x.xxxxx >1wvl_A:Chromo_domain-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF MULTIMERIC DNA-BINDING PROTEIN SAC7D-GCN4 WITH DNA DECAMER organism=Sulfolobus acidocaldarius : H : TRP NE1 A0024 <- 2.66 -> DA N3 C0106 : score -9.3917 : H : SER OG A0031 <- 3.11 -> DT O2 D0115 : score 3.45978 : x : TYR xxxx A0008 <- 4.32 -> DA xxx D0114 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0026 <- 3.10 -> DT xxx C0105 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0029 <- 3.62 -> DT xxx D0115 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0042 <- 3.05 -> DA xxx C0108 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0044 <- 3.90 -> DT xxx D0115 : score x.xxxxx >1x9m_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=T7 DNA POLYMERASE IN COMPLEX WITH AN N-2-ACETYLAMINOFLUORENE-ADDUCTED DNA organism=ENTEROBACTERIA PHAGE T7 : H : LYS NZ A0394 <- 2.93 -> DT O2 C0019 : score 3.62253 : w : ARG NH1 A0429 <- 5.62 -> DT O2 D0006 : score 1.824 : w : ASN ND2 A0436 <- 5.68 -> DC O2 D0007 : score 1.833 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.09 -> DA N3 D0008 : score 3.76317 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.02 -> DG N3 C0020 : score 4.87315 : w : HIS NE2 A0653 <- 5.70 -> DA N3 C0021 : score 3.29 : x : TYR xxxx A0530 <- 3.48 -> DA xxx D0005 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0615 <- 3.52 -> DA xxx D0005 : score x.xxxxx >1x9s_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=T7 DNA POLYMERASE IN COMPLEX WITH A PRIMER/TEMPLATE DNA CONTAINING A DISORDERED N-2 AMINOFLUORENE ON THE TEMPLATE, CRYSTALLIZED WITH DIDEOXY-CTP AS THE INCOMING NUCLEOTIDE. organism=ENTEROBACTERIA PHAGE T7 : w : ASN ND2 A0436 <- 5.54 -> DC O2 T0007 : score 1.833 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.06 -> DG N3 P0020 : score 4.83237 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.22 -> DA N3 T0008 : score 3.6593 : x : LYS xxxx A0394 <- 3.37 -> DT xxx P0019 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0429 <- 3.40 -> DT xxx T0006 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0530 <- 3.82 -> DA xxx T0005 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0615 <- 3.81 -> DA xxx T0005 : score x.xxxxx >1x9w_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=T7 DNA POLYMERASE IN COMPLEX WITH A PRIMER/TEMPLATE DNA CONTAINING A DISORDERED N-2 AMINOFLUORENE ON THE TEMPLATE, CRYSTALLIZED WITH DIDEOXY-ATP AS THE INCOMING NUCLEOTIDE. organism=ENTEROBACTERIA PHAGE T7 : w : ARG NH1 A0429 <- 5.42 -> DT O2 D0006 : score 1.824 : w : ASN ND2 A0436 <- 5.72 -> DC O2 D0007 : score 1.833 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.05 -> DA N3 D0008 : score 3.79513 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.31 -> DG N3 C0020 : score 4.5775 : w : HIS NE2 A0653 <- 5.64 -> DA N3 C0021 : score 3.29 : x : LYS xxxx A0394 <- 3.15 -> DT xxx C0019 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0530 <- 4.02 -> DA xxx D0005 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0615 <- 3.67 -> DA xxx D0005 : score x.xxxxx >1xbr_AB:p53-like_transcription_factors; title=T DOMAIN FROM XENOPUS LAEVIS BOUND TO DNA organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 A0067 <- 2.97 -> DG N7 D0517 : score 6.21955 : H : ARG NH2 B0067 <- 2.92 -> DG N7 C0517 : score 6.28394 : V : ALA CB B0195 <- 3.59 -> DT C7 D0504 : score 5.89616 : V : ALA CB A0195 <- 3.63 -> DT C7 C0504 : score 5.84014 : x : THR xxxx A0194 <- 3.65 -> DT xxx C0504 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0211 <- 3.88 -> DG xxx D0515 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0215 <- 3.50 -> DG xxx D0517 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0194 <- 3.70 -> DT xxx D0504 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0211 <- 3.51 -> DT xxx D0512 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0215 <- 3.45 -> DG xxx C0517 : score x.xxxxx >1xbr_B:p53-like_transcription_factors; title=T DOMAIN FROM XENOPUS LAEVIS BOUND TO DNA organism=XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 B0067 <- 2.92 -> DG N7 C0517 : score 6.28394 : V : ALA CB B0195 <- 3.59 -> DT C7 D0504 : score 5.89616 : x : THR xxxx B0194 <- 3.70 -> DT xxx D0504 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0211 <- 3.51 -> DT xxx D0512 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0215 <- 3.45 -> DG xxx C0517 : score x.xxxxx >1xc8_A:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE COMPLEX BETWEEN THE WILD-TYPE LACTOCOCCUS LACTIS FPG (MUTM) AND A FAPY-DG CONTAINING DNA organism=Lactococcus lactis subsp. cremoris : H : ARG NH1 A0074 <- 2.89 -> DT O2 B0008 : score 4.30066 : H : ARG NH1 A0074 <- 2.89 -> DT O2 B0008 : score 4.30066 : w : ARG NH2 A0074 <- 6.27 -> DT O2 B0009 : score 2.047 : w : GLU OE2 A0076 <- 6.11 -> DT O2 B0006 : score 2.251 : H : ARG NE A0109 <- 2.70 -> DC O2 C0023 : score 2.90831 : H : ARG NH2 A0109 <- 3.08 -> DC N3 C0023 : score 2.39994 : w : ARG NH1 A0109 <- 6.17 -> DT O2 B0006 : score 1.824 : w : ARG NH2 A0109 <- 6.07 -> DT O4 B0006 : score 2.172 : x : MET xxxx A0075 <- 3.52 -> DT xxx B0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0111 <- 3.41 -> DC xxx C0023 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0260 <- 3.42 -> DT xxx B0008 : score x.xxxxx >1xc9_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=STRUCTURE OF A HIGH-FIDELITY POLYMERASE BOUND TO A BENZO[A]PYRENE ADDUCT THAT BLOCKS REPLICATION organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.94 -> DG N3 B0026 : score 1.65489 : w : LYS NZ A0582 <- 5.38 -> DC O2 C0008 : score 1.398 : w : THR OG1 A0586 <- 5.53 -> DC O2 C0008 : score 2.01 : w : ASN ND2 A0622 <- 6.47 -> DA N3 C0006 : score 1.912 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.16 -> DT O2 B0027 : score 4.54482 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.54 -> DC O2 C0007 : score 1.833 : x : TYR xxxx A0587 <- 4.49 -> DT xxx B0027 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0629 <- 3.11 -> DC xxx B0029 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.28 -> DC xxx B0029 : score x.xxxxx >1xhz_D:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=PHI29 DNA POLYMERASE, ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM, SSDNA COMPLEX organism=Bacillus phage phi29 : H : ASN ND2 D0062 <- 2.97 -> DT O2 H0003 : score 4.73092 : H : ASN ND2 D0062 <- 2.80 -> DT O2 H0004 : score 4.89744 : V : LYS CE D0555 <- 3.81 -> DT C7 H0002 : score 2.394 : x : THR xxxx D0017 <- 3.90 -> DT xxx H0005 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx D0065 <- 2.83 -> DT xxx H0004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0148 <- 3.49 -> DT xxx H0005 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx D0528 <- 4.30 -> DT xxx H0001 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0529 <- 4.10 -> DT xxx H0001 : score x.xxxxx : x : MET xxxx D0533 <- 4.27 -> DT xxx H0001 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx D0535 <- 2.96 -> DT xxx H0001 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0538 <- 3.98 -> DT xxx H0001 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx D0567 <- 3.33 -> DT xxx H0005 : score x.xxxxx >1xns_B:DNA_breaking-rejoining_enzymes;lambda_integrase-like,_N-terminal_domain; title=PEPTIDE TRAPPED HOLLIDAY JUNCTION INTERMEDIATE IN CRE-LOXP RECOMBINATION organism=Enterobacteria phage P1 : H : GLN NE2 B0090 <- 2.57 -> DT O4 D0023 : score 5.6484 : H : ARG NH1 B0243 <- 2.84 -> DT O2 D0033 : score 4.34445 : H : LYS NZ B0244 <- 2.26 -> DT O2 D0035 : score 4.12091 : H : ARG NE B0259 <- 2.86 -> DG O6 D0028 : score 3.83673 : H : ARG NH2 B0259 <- 2.76 -> DG N7 D0028 : score 6.48997 : w : GLU OE1 B0262 <- 5.10 -> DC N4 D0027 : score 3.596 : V : HIS CG B0040 <- 3.74 -> DT C7 D0025 : score 3.02002 : x : THR xxxx B0041 <- 3.69 -> DT xxx D0023 : score x.xxxxx : x : MET xxxx B0044 <- 3.57 -> DA xxx D0024 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0094 <- 3.66 -> DT xxx D0023 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0201 <- 2.96 -> DT xxx D0023 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0282 <- 3.24 -> DA xxx D0026 : score x.xxxxx >1xo0_AB:DNA_breaking-rejoining_enzymes;lambda_integrase-like,_N-terminal_domain; title=HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF THE HOLLIDAY JUNCTION INTERMEDIATE IN CRE-LOXP SITE-SPECIFIC RECOMBINATION organism=Enterobacteria phage P1 : H : LYS NZ B0043 <- 2.49 -> DG N7 C0010 : score 5.72799 : H : GLN NE2 B0090 <- 3.17 -> DT O4 D0023 : score 5.0004 : H : LYS NZ B0201 <- 3.00 -> DT O2 D0023 : score 3.57046 : H : LYS NZ B0201 <- 2.55 -> DA N3 C0015 : score 2.74077 : w : ARG NH2 B0241 <- 5.62 -> DA N3 C0005 : score 1.61 : H : ARG NH1 B0243 <- 2.98 -> DT O2 D0033 : score 4.22183 : w : ARG NH1 B0243 <- 5.80 -> DA N3 D0034 : score 2.497 : H : LYS NZ B0244 <- 2.85 -> DT O2 C0003 : score 3.68204 : H : ARG NE B0259 <- 2.70 -> DG O6 D0028 : score 3.961 : H : ARG NH2 B0259 <- 2.91 -> DG N7 D0028 : score 6.29682 : w : GLU OE1 B0262 <- 6.00 -> DC N4 D0027 : score 3.596 : H : ARG NH1 B0282 <- 3.33 -> DA N3 C0012 : score 3.25737 : H : ARG NH2 B0282 <- 3.22 -> DA N3 C0012 : score 3.18016 : w : ARG NH2 B0282 <- 5.78 -> DA N3 D0026 : score 1.61 : V : HIS CG B0040 <- 3.72 -> DT C7 D0025 : score 3.03489 : V : MET CE B0044 <- 3.87 -> DT C7 C0013 : score 6.74448 : x : THR xxxx B0041 <- 3.60 -> DT xxx D0023 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0047 <- 3.56 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0086 <- 3.09 -> DA xxx C0015 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0087 <- 3.48 -> DT xxx C0013 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0094 <- 3.65 -> DT xxx D0023 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0257 <- 3.77 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx >1xpx_A:Homeodomain-like; title=STRUCTURAL BASIS OF PROSPERO-DNA INTERACTION; IMPLICATIONS FOR TRANSCRIPTION REGULATION IN DEVELOPING CELLS organism=Drosophila melanogaster : H : LYS NZ A1290 <- 2.41 -> DG O6 C0406 : score 6.23858 : H : ASN OD1 A1294 <- 3.30 -> DA N6 C0405 : score 5.32962 : H : ASN ND2 A1294 <- 3.22 -> DA N7 C0405 : score 5.2259 : w : GLU OE1 A1297 <- 5.57 -> DT O4 D0308 : score 2.588 >1xs9_A:Homeodomain-like; title=A MODEL OF THE TERNARY COMPLEX FORMED BETWEEN MARA, THE ALPHA-CTD OF RNA POLYMERASE AND DNA organism=ESCHERICHIA COLI : H : HIS ND1 A0043 <- 3.06 -> DG N7 C0430 : score 6.07449 : H : ARG NH1 A0046 <- 2.92 -> DG O6 B0420 : score 6.0024 : H : ARG NH2 A0046 <- 2.95 -> DG N7 B0419 : score 6.24531 : H : ARG NH2 A0046 <- 3.12 -> DG N7 B0420 : score 6.0264 : H : GLN NE2 A0092 <- 2.88 -> DT O4 B0407 : score 5.3136 : H : ARG NH1 A0096 <- 2.86 -> DG O6 C0440 : score 6.0762 : H : ARG NH2 A0096 <- 2.93 -> DG N7 C0440 : score 6.27106 : x : TRP xxxx A0042 <- 3.50 -> DC xxx C0431 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0045 <- 3.42 -> DT xxx B0418 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0091 <- 3.47 -> DT xxx B0407 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0095 <- 3.84 -> DT xxx B0408 : score x.xxxxx >1xsd_A:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE BLAI REPRESSOR IN COMPLEX WITH DNA organism=Staphylococcus aureus : H : THR OG1 A0047 <- 3.16 -> DA N7 B0213 : score 3.09333 : H : THR OG1 A0047 <- 2.88 -> DA N6 B0213 : score 2.12443 : H : ARG NH1 A0051 <- 2.83 -> DG N7 B0211 : score 6.08124 : H : ARG NH2 A0051 <- 2.79 -> DG O6 B0211 : score 6.64403 : x : LYS xxxx A0043 <- 3.67 -> DG xxx B0214 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0044 <- 3.56 -> DA xxx B0213 : score x.xxxxx >1xyi_A:Chromo_domain-like; title=HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D DOUBLE MUTANT VAL26ALA/MET29ALA IN COMPLEX WITH DNA GCGATCGC organism=SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS : H : TRP NE1 A0024 <- 3.00 -> DA N3 B0104 : score -8.77046 : w : SER OG A0031 <- 5.63 -> DC O2 C0114 : score 1.788 : H : ARG NH1 A0042 <- 2.77 -> DT O2 B0105 : score 4.40576 : H : ARG NH2 A0042 <- 2.87 -> DT O2 B0105 : score 4.29668 : H : ARG NH2 A0042 <- 2.90 -> DT O2 C0113 : score 4.27054 : x : ALA xxxx A0026 <- 3.44 -> DG xxx B0103 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0029 <- 3.42 -> DC xxx C0114 : score x.xxxxx >1y1w_AB: title=COMPLETE RNA POLYMERASE II ELONGATION COMPLEX organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : x : ARG xxxx A1386 <- 2.87 -> DT xxx T0015 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0505 <- 3.58 -> DA xxx N0001 : score x.xxxxx >1y1w_B:beta_and_beta-prime_subunits_of_DNA_dependent_RNA-polymerase; title=COMPLETE RNA POLYMERASE II ELONGATION COMPLEX organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : x : ASP xxxx B0505 <- 3.58 -> DA xxx N0001 : score x.xxxxx >1y6f_AB:UDP-Glycosyltransferase/glycogen_phosphorylase; title=ALPHA-GLUCOSYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH UDP-GLUCOSE AND DNA CONTAINING AN ABASIC SITE organism=Enterobacteria phage T4 : w : ASP OD2 A1273 <- 6.37 -> DA N7 C0008 : score 2.056 : V : ALA CB A1239 <- 3.78 -> DT C7 C0006 : score 5.63006 : x : LEU xxxx A1119 <- 3.55 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A1123 <- 3.88 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A1206 <- 3.92 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A1207 <- 3.79 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A1236 <- 3.09 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A1238 <- 3.54 -> DA xxx D0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A1240 <- 3.90 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A1241 <- 3.38 -> DA xxx D0008 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A1244 <- 3.69 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B1119 <- 4.24 -> DA xxx C0012 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B1207 <- 3.95 -> DA xxx C0012 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B1238 <- 3.16 -> DC xxx D0001 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B1239 <- 4.46 -> DG xxx C0013 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B1241 <- 3.99 -> DC xxx D0001 : score x.xxxxx >1y6f_B:UDP-Glycosyltransferase/glycogen_phosphorylase; title=ALPHA-GLUCOSYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH UDP-GLUCOSE AND DNA CONTAINING AN ABASIC SITE organism=Enterobacteria phage T4 : x : LEU xxxx B1119 <- 4.24 -> DA xxx C0012 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B1207 <- 3.95 -> DA xxx C0012 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B1238 <- 3.87 -> DG xxx C0013 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B1239 <- 4.46 -> DG xxx C0013 : score x.xxxxx >1y6g_AB:UDP-Glycosyltransferase/glycogen_phosphorylase; title=ALPHA-GLUCOSYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH UDP AND A 13_MER DNA CONTAINING A HMU BASE AT 2.8 A RESOLUTION organism=Enterobacteria phage T4 : H : LYS NZ A1244 <- 2.62 -> DG N7 D0007 : score 5.58776 : V : ALA CB A1239 <- 3.81 -> DT C7 C0006 : score 5.58805 : V : ARG CB A1236 <- 3.51 -> DT C7 D0006 : score 1.0428 : x : THR xxxx A1206 <- 4.17 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A1207 <- 3.56 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A1238 <- 3.62 -> DA xxx D0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A1240 <- 4.00 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A1241 <- 3.56 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A1242 <- 3.83 -> DA xxx D0008 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A1245 <- 4.39 -> DA xxx D0008 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B1119 <- 3.12 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B1207 <- 3.83 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B1238 <- 3.25 -> DC xxx D0001 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B1239 <- 3.67 -> DC xxx D0001 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B1241 <- 4.14 -> DC xxx D0001 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B1242 <- 4.40 -> DC xxx D0001 : score x.xxxxx >1y6g_B:UDP-Glycosyltransferase/glycogen_phosphorylase; title=ALPHA-GLUCOSYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH UDP AND A 13_MER DNA CONTAINING A HMU BASE AT 2.8 A RESOLUTION organism=Enterobacteria phage T4 : V : THR CG2 B1207 <- 3.83 -> DT C7 C0011 : score 4.29574 : x : LEU xxxx B1119 <- 3.12 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B1238 <- 3.28 -> DG xxx C0013 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B1239 <- 3.98 -> DG xxx C0013 : score x.xxxxx >1y77_A:beta_and_beta-prime_subunits_of_DNA_dependent_RNA-polymerase; title=COMPLETE RNA POLYMERASE II ELONGATION COMPLEX WITH SUBSTRATE ANALOGUE GMPCPP organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ARG NH1 A1386 <- 2.49 -> DT O2 T0015 : score 4.65102 : H : ARG NH2 A1386 <- 2.24 -> DT O2 T0015 : score 4.84575 : x : HIS xxxx A1387 <- 4.41 -> DG xxx N0003 : score x.xxxxx >1y77_AB: title=COMPLETE RNA POLYMERASE II ELONGATION COMPLEX WITH SUBSTRATE ANALOGUE GMPCPP organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ARG NH1 A1386 <- 2.49 -> DT O2 T0015 : score 4.65102 : H : ARG NH2 A1386 <- 2.24 -> DT O2 T0015 : score 4.84575 : x : HIS xxxx A1387 <- 4.41 -> DG xxx N0003 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0505 <- 3.25 -> DA xxx N0001 : score x.xxxxx >1y8z_A:UDP-Glycosyltransferase/glycogen_phosphorylase; title=ALPHA-GLUCOSYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH UDP AND A 13-MER DNA CONTAINING A HMU BASE AT 1.9 A RESOLUTION organism=Enterobacteria phage T4 : H : LYS NZ A1244 <- 2.90 -> DG N7 D0007 : score 5.28572 : V : THR CG2 A1045 <- 3.79 -> DT C7 D0004 : score 4.33903 : x : LEU xxxx A1119 <- 4.08 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A1206 <- 3.63 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A1207 <- 3.27 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A1236 <- 3.42 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A1238 <- 3.40 -> DA xxx D0008 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A1239 <- 3.24 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A1240 <- 3.79 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A1241 <- 3.51 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A1242 <- 4.41 -> DA xxx D0008 : score x.xxxxx >1y8z_AB:UDP-Glycosyltransferase/glycogen_phosphorylase; title=ALPHA-GLUCOSYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH UDP AND A 13-MER DNA CONTAINING A HMU BASE AT 1.9 A RESOLUTION organism=Enterobacteria phage T4 : H : LYS NZ A1244 <- 2.90 -> DG N7 D0007 : score 5.28572 : V : THR CG2 A1045 <- 3.79 -> DT C7 D0004 : score 4.33903 : x : LEU xxxx A1119 <- 4.08 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A1206 <- 3.63 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A1207 <- 3.27 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A1236 <- 3.42 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A1238 <- 3.40 -> DA xxx D0008 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A1239 <- 3.24 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A1240 <- 3.79 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A1241 <- 3.51 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A1242 <- 4.41 -> DA xxx D0008 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B1119 <- 3.28 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B1207 <- 3.60 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B1237 <- 4.43 -> DG xxx C0013 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B1238 <- 3.29 -> DC xxx D0001 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B1239 <- 3.50 -> DC xxx D0001 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B1242 <- 3.78 -> DC xxx D0001 : score x.xxxxx >1ya6_A:UDP-Glycosyltransferase/glycogen_phosphorylase; title=ALPHA-GLUCOSYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH UDP AND A 13-MER DNA CONTAINING A CENTRAL A:G MISMATCH organism=Enterobacteria phage T4 : H : LYS NZ A1244 <- 2.79 -> DG N7 D0007 : score 5.40438 : x : THR xxxx A1045 <- 3.33 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A1206 <- 4.20 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A1207 <- 3.54 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A1235 <- 3.27 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A1236 <- 3.46 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A1237 <- 3.58 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A1238 <- 3.45 -> DA xxx D0008 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A1239 <- 3.31 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A1240 <- 3.85 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A1241 <- 3.49 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A1242 <- 4.40 -> DA xxx D0008 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A1274 <- 3.70 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx >1ya6_AB:UDP-Glycosyltransferase/glycogen_phosphorylase; title=ALPHA-GLUCOSYLTRANSFERASE IN COMPLEX WITH UDP AND A 13-MER DNA CONTAINING A CENTRAL A:G MISMATCH organism=Enterobacteria phage T4 : H : LYS NZ A1244 <- 2.79 -> DG N7 D0007 : score 5.40438 : x : THR xxxx A1045 <- 3.33 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A1206 <- 4.20 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A1207 <- 3.54 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A1235 <- 3.27 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A1236 <- 3.46 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A1237 <- 3.58 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A1238 <- 3.45 -> DA xxx D0008 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A1239 <- 3.31 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A1240 <- 3.85 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A1241 <- 3.49 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A1242 <- 4.40 -> DA xxx D0008 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A1274 <- 3.70 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B1119 <- 3.36 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B1207 <- 4.15 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B1237 <- 4.00 -> DG xxx C0013 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B1238 <- 3.00 -> DC xxx D0001 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B1239 <- 3.31 -> DC xxx D0001 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B1242 <- 3.98 -> DC xxx D0001 : score x.xxxxx >1yfh_A:Methylated_DNA-protein_cysteine_methyltransferase_domain;Methylated_DNA-protein_cysteine_methyltransferase,_C-terminal_domain; title=WT HUMAN O6-ALKYLGUANINE-DNA ALKYLTRANSFERASE BOUND TO DNA CONTAINING AN ALKYLATED CYTOSINE organism=Homo sapiens : x : ARG xxxx A0128 <- 2.80 -> DA xxx G0008 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0129 <- 4.05 -> DC xxx G0007 : score x.xxxxx >1yfh_AB:Methylated_DNA-protein_cysteine_methyltransferase_domain;Methylated_DNA-protein_cysteine_methyltransferase,_C-terminal_domain; title=WT HUMAN O6-ALKYLGUANINE-DNA ALKYLTRANSFERASE BOUND TO DNA CONTAINING AN ALKYLATED CYTOSINE organism=Homo sapiens : H : TYR OH B0114 <- 3.02 -> DT N3 F0016 : score 1.3335 : H : TYR OH B0114 <- 3.25 -> DT O4 F0016 : score 3.14533 : V : SER CB B0159 <- 3.67 -> DT C7 F0016 : score 3.33683 : x : ARG xxxx A0128 <- 2.80 -> DA xxx G0008 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0129 <- 4.05 -> DC xxx G0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0128 <- 3.35 -> DG xxx F0015 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0129 <- 4.22 -> DC xxx G0015 : score x.xxxxx : x : MET xxxx B0134 <- 3.92 -> DT xxx F0016 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0135 <- 3.26 -> DT xxx F0016 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0157 <- 3.76 -> DT xxx F0016 : score x.xxxxx >1yfj_B:S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=T4DAM IN COMPLEX WITH ADOHCY AND 15-MER OLIGONUCLEOTIDE SHOWING SEMI- SPECIFIC AND SPECIFIC CONTACT organism=? : H : ARG NH1 B0130 <- 3.15 -> DG N7 80815 : score 5.68969 : H : ARG NH2 B0130 <- 2.58 -> DG O6 80815 : score 6.92252 : x : SER xxxx B0112 <- 3.46 -> DG xxx 80815 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0113 <- 4.15 -> DG xxx 80815 : score x.xxxxx >1yfj_EF: title=T4DAM IN COMPLEX WITH ADOHCY AND 15-MER OLIGONUCLEOTIDE SHOWING SEMI- SPECIFIC AND SPECIFIC CONTACT organism=ENTEROBACTERIA PHAGE T4 : H : ARG NH1 E0130 <- 3.22 -> DG N7 01015 : score 5.60404 : H : ARG NH2 E0130 <- 3.16 -> DG N7 01015 : score 5.97489 : H : ARG NH2 E0130 <- 2.55 -> DG O6 01015 : score 6.96231 : H : SER OG F0112 <- 2.97 -> DT N3 90909 : score 1.90971 : H : ARG NH1 F0116 <- 2.71 -> DG O6 90907 : score 6.2607 : H : ARG NH2 F0116 <- 2.92 -> DG N7 90907 : score 6.28394 : H : ARG NH1 F0130 <- 3.36 -> DG N7 01007 : score 5.43274 : H : ARG NH2 F0130 <- 3.09 -> DG O6 01007 : score 6.24618 : H : TYR OH F0181 <- 2.41 -> DA N7 01008 : score 4.42671 : V : PHE CD2 F0111 <- 3.83 -> DT C7 90909 : score 6.42224 : x : SER xxxx E0112 <- 3.27 -> DG xxx 01015 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx E0113 <- 4.38 -> DG xxx 01015 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx F0113 <- 4.49 -> DG xxx 01006 : score x.xxxxx : x : MET xxxx F0114 <- 3.67 -> DT xxx 01009 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx F0126 <- 3.15 -> DA xxx 90908 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx F0129 <- 4.11 -> DT xxx 90909 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx F0171 <- 3.14 -> DA xxx 01008 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx F0174 <- 3.43 -> DA xxx 01008 : score x.xxxxx : x : THR xxxx F0177 <- 4.07 -> DA xxx 01008 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx F0178 <- 4.44 -> DT xxx 01009 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx F0179 <- 3.39 -> DA xxx 01008 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx F0180 <- 4.38 -> DT xxx 01009 : score x.xxxxx >1yfl_AB:S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=T4DAM IN COMPLEX WITH SINEFUNGIN AND 16-MER OLIGONUCLEOTIDE SHOWING SEMI-SPECIFIC AND SPECIFIC CONTACT AND FLIPPED BASE organism=Enterobacteria phage T4 : H : SER OG A0112 <- 2.56 -> DT N3 F0501 : score 2.07182 : H : ARG NH1 A0130 <- 3.13 -> DG O6 G0615 : score 5.7441 : H : ARG NH2 A0130 <- 2.76 -> DG N7 G0615 : score 6.48997 : H : ARG NH2 A0130 <- 2.72 -> DG O6 G0615 : score 6.73686 : H : ASP OD1 A0171 <- 3.17 -> DA N6 G0616 : score 3.5283 : H : SER OG B0112 <- 2.49 -> DT N3 F0509 : score 2.09949 : H : ARG NH1 B0116 <- 3.37 -> DG O6 F0507 : score 5.4489 : H : ARG NH2 B0116 <- 3.07 -> DG N7 F0507 : score 6.09078 : H : ARG NH1 B0130 <- 3.19 -> DG O6 G0607 : score 5.6703 : H : ARG NH2 B0130 <- 2.85 -> DG N7 G0607 : score 6.37408 : H : ARG NH2 B0130 <- 2.63 -> DG O6 G0607 : score 6.85622 : H : ASP OD1 B0171 <- 3.24 -> DA N6 G0608 : score 3.47495 : V : PHE CD2 A0111 <- 3.76 -> DT C7 F0501 : score 6.53548 : V : PHE CD2 B0111 <- 3.77 -> DT C7 F0509 : score 6.5193 : x : LYS xxxx A0011 <- 3.11 -> DA xxx G0616 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0113 <- 3.88 -> DG xxx G0615 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0129 <- 4.24 -> DT xxx F0501 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0173 <- 4.45 -> DA xxx G0616 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0174 <- 3.15 -> DA xxx G0616 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0177 <- 2.96 -> DA xxx G0616 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0179 <- 3.60 -> DA xxx G0616 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0181 <- 3.41 -> DA xxx G0616 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0182 <- 4.03 -> DA xxx G0616 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0011 <- 3.46 -> DA xxx G0608 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0113 <- 3.89 -> DG xxx G0607 : score x.xxxxx : x : MET xxxx B0114 <- 3.59 -> DT xxx G0609 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0126 <- 3.32 -> DA xxx F0508 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0129 <- 4.37 -> DT xxx F0509 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0173 <- 4.23 -> DA xxx G0608 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0174 <- 3.13 -> DA xxx G0608 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0177 <- 3.04 -> DA xxx G0608 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0179 <- 3.40 -> DA xxx G0608 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0180 <- 4.24 -> DT xxx G0609 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0181 <- 3.33 -> DA xxx G0608 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0182 <- 3.61 -> DA xxx G0608 : score x.xxxxx >1yfl_D:S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=T4DAM IN COMPLEX WITH SINEFUNGIN AND 16-MER OLIGONUCLEOTIDE SHOWING SEMI-SPECIFIC AND SPECIFIC CONTACT AND FLIPPED BASE organism=Enterobacteria phage T4 : H : SER OG D0112 <- 2.74 -> DT N3 H0501 : score 2.00065 : H : ARG NH1 D0130 <- 3.25 -> DG O6 I0615 : score 5.5965 : H : ARG NH2 D0130 <- 2.65 -> DG N7 I0615 : score 6.63162 : H : ARG NH2 D0130 <- 3.12 -> DG O6 I0615 : score 6.2064 : x : THR xxxx D0008 <- 4.15 -> DA xxx I0616 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0011 <- 3.70 -> DA xxx I0616 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx D0111 <- 3.23 -> DT xxx H0501 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx D0113 <- 3.87 -> DG xxx I0615 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0129 <- 4.00 -> DT xxx H0501 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx D0171 <- 4.05 -> DA xxx I0616 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx D0173 <- 4.15 -> DA xxx I0616 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0174 <- 3.28 -> DA xxx I0616 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0177 <- 3.16 -> DA xxx I0616 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx D0179 <- 3.19 -> DA xxx I0616 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0181 <- 3.29 -> DA xxx I0616 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx D0182 <- 3.43 -> DA xxx I0616 : score x.xxxxx >1yfl_DE:S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=T4DAM IN COMPLEX WITH SINEFUNGIN AND 16-MER OLIGONUCLEOTIDE SHOWING SEMI-SPECIFIC AND SPECIFIC CONTACT AND FLIPPED BASE organism=Enterobacteria phage T4 : H : SER OG D0112 <- 2.74 -> DT N3 H0501 : score 2.00065 : H : ARG NH1 D0130 <- 3.25 -> DG O6 I0615 : score 5.5965 : H : ARG NH2 D0130 <- 2.65 -> DG N7 I0615 : score 6.63162 : H : ARG NH2 D0130 <- 3.12 -> DG O6 I0615 : score 6.2064 : H : SER OG E0112 <- 2.67 -> DT N3 H0509 : score 2.02832 : H : ARG NH1 E0116 <- 2.82 -> DG O6 H0507 : score 6.1254 : H : ARG NH2 E0116 <- 2.58 -> DG N7 H0507 : score 6.72175 : H : ARG NH1 E0130 <- 3.30 -> DG O6 I0607 : score 5.535 : H : ARG NH2 E0130 <- 2.67 -> DG N7 I0607 : score 6.60586 : H : ARG NH2 E0130 <- 3.19 -> DG O6 I0607 : score 6.11357 : H : ASP OD1 E0171 <- 3.39 -> DA N6 I0608 : score 3.36065 : V : PHE CD2 E0111 <- 3.88 -> DT C7 H0509 : score 6.34135 : x : THR xxxx D0008 <- 4.15 -> DA xxx I0616 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0011 <- 3.70 -> DA xxx I0616 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx D0111 <- 3.23 -> DT xxx H0501 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx D0113 <- 3.87 -> DG xxx I0615 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0129 <- 4.00 -> DT xxx H0501 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx D0171 <- 4.05 -> DA xxx I0616 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx D0173 <- 4.15 -> DA xxx I0616 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0174 <- 3.28 -> DA xxx I0616 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0177 <- 3.16 -> DA xxx I0616 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx D0179 <- 3.19 -> DA xxx I0616 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0181 <- 3.29 -> DA xxx I0616 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx D0182 <- 3.43 -> DA xxx I0616 : score x.xxxxx : x : THR xxxx E0008 <- 4.08 -> DA xxx I0608 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx E0011 <- 3.45 -> DA xxx I0608 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx E0113 <- 4.24 -> DG xxx I0607 : score x.xxxxx : x : MET xxxx E0114 <- 3.79 -> DA xxx H0508 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx E0126 <- 3.13 -> DA xxx H0508 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx E0129 <- 4.19 -> DT xxx H0509 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx E0173 <- 4.24 -> DA xxx I0608 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx E0174 <- 3.27 -> DA xxx I0608 : score x.xxxxx : x : THR xxxx E0177 <- 3.39 -> DA xxx I0608 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx E0178 <- 3.56 -> DT xxx I0609 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx E0179 <- 3.25 -> DA xxx I0608 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx E0181 <- 3.21 -> DA xxx I0608 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx E0182 <- 3.73 -> DA xxx I0608 : score x.xxxxx >1ynw_A:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF VITAMIN D RECEPTOR AND 9-CIS RETINOIC ACID RECEPTOR DNA-BINDING DOMAINS BOUND TO A DR3 RESPONSE ELEMENT organism=HOMO SAPIENS : H : GLU OE1 A0042 <- 2.67 -> DC N4 D0433 : score 5.9166 : H : LYS NZ A0045 <- 2.64 -> DG O6 C0404 : score 5.97237 : H : ARG NH1 A0050 <- 3.19 -> DG N7 D0431 : score 5.64075 : x : ARG xxxx A0049 <- 4.31 -> DG xxx C0404 : score x.xxxxx >1ynw_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF VITAMIN D RECEPTOR AND 9-CIS RETINOIC ACID RECEPTOR DNA-BINDING DOMAINS BOUND TO A DR3 RESPONSE ELEMENT organism=HOMO SAPIENS : H : GLU OE1 A0042 <- 2.67 -> DC N4 D0433 : score 5.9166 : H : LYS NZ A0045 <- 2.64 -> DG O6 C0404 : score 5.97237 : H : ARG NH1 A0050 <- 3.19 -> DG N7 D0431 : score 5.64075 : H : GLU OE2 B0253 <- 2.77 -> DC N4 D0424 : score 5.53171 : H : ARG NH1 B0261 <- 2.85 -> DG N7 D0422 : score 6.05677 : x : ARG xxxx A0049 <- 4.31 -> DG xxx C0404 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0256 <- 3.50 -> DG xxx C0413 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0260 <- 3.32 -> DG xxx C0414 : score x.xxxxx >1yo5_C:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=ANALYSIS OF THE 2.0A CRYSTAL STRUCTURE OF THE PROTEIN-DNA COMPLEX OF HUMAN PDEF ETS DOMAIN BOUND TO THE PROSTATE SPECIFIC ANTIGEN REGULATORY SITE organism=Homo sapiens : H : ARG NE C0307 <- 2.72 -> DG O6 A0007 : score 3.94547 : H : ARG NH2 C0307 <- 2.94 -> DG N7 A0007 : score 6.25818 : w : SER OG C0308 <- 5.74 -> DA N7 B0005 : score 2.337 : H : ARG NE C0310 <- 3.03 -> DG N7 A0006 : score 4.22084 : H : ARG NH2 C0310 <- 3.09 -> DG O6 A0006 : score 6.24618 : w : GLN OE1 C0311 <- 5.81 -> DT O4 B0006 : score 3.148 : H : ARG NH2 C0326 <- 3.33 -> DA N3 A0002 : score 3.10378 : w : ARG NE C0326 <- 6.34 -> DT O2 B0012 : score 0.438 : w : ARG NH2 C0326 <- 5.65 -> DT O2 A0001 : score 2.047 : x : LYS xxxx C0304 <- 3.85 -> DT xxx B0006 : score x.xxxxx >1yqk_A:DNA-glycosylase;TATA-box_binding_protein-like; title=HUMAN 8-OXOGUANINE GLYCOSYLASE CROSSLINKED WITH GUANINE CONTAINING DNA organism=Homo sapiens : H : SER OG A0148 <- 3.13 -> DG N3 C0024 : score 2.35296 : H : ARG NH1 A0204 <- 3.13 -> DC O2 B0008 : score 3.44862 : x : CYS xxxx A0149 <- 3.32 -> DG xxx C0024 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0151 <- 4.50 -> DG xxx C0023 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0152 <- 3.30 -> DG xxx C0023 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0203 <- 3.40 -> DG xxx C0024 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0207 <- 3.99 -> DT xxx C0025 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0268 <- 3.43 -> DG xxx C0023 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0270 <- 3.17 -> DG xxx C0023 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0319 <- 3.89 -> DG xxx C0023 : score x.xxxxx >1yql_A:DNA-glycosylase;TATA-box_binding_protein-like; title=CATALYTICALLY INACTIVE HOGG1 CROSSLINKED WITH 7-DEAZA-8-AZAGUANINE CONTAINING DNA organism=Homo sapiens : H : SER OG A0148 <- 2.99 -> DG N3 C0024 : score 2.4235 : H : SER OG A0148 <- 2.99 -> DG N3 C0024 : score 2.4235 : H : ASN ND2 A0151 <- 3.29 -> DA N3 C0022 : score 3.34434 : H : ARG NH1 A0154 <- 3.49 -> DC O2 B0008 : score 3.18277 : H : ARG NH1 A0204 <- 2.88 -> DC O2 B0008 : score 3.63323 : x : CYS xxxx A0149 <- 3.49 -> DA xxx C0022 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0203 <- 3.47 -> DC xxx B0008 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0207 <- 4.35 -> DT xxx C0025 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0293 <- 4.45 -> DT xxx B0003 : score x.xxxxx >1yqm_A:DNA-glycosylase;TATA-box_binding_protein-like; title=CATALYTICALLY INACTIVE HUMAN 8-OXOGUANINE GLYCOSYLASE CROSSLINKED TO 7-DEAZAGUANINE CONTAINING DNA organism=Homo sapiens : H : SER OG A0148 <- 3.26 -> DG N3 C0024 : score 2.28746 : H : ASN ND2 A0151 <- 3.41 -> DA N3 C0022 : score 3.25535 : H : ASN ND2 A0151 <- 3.41 -> DA N3 C0022 : score 3.25535 : H : ARG NH2 A0154 <- 2.88 -> DC O2 B0008 : score 3.53609 : H : ARG NH1 A0204 <- 3.00 -> DC O2 B0008 : score 3.54462 : V : PRO CG A0293 <- 3.82 -> DT C7 B0003 : score 6.24962 : x : CYS xxxx A0149 <- 3.65 -> DA xxx C0022 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0203 <- 3.42 -> DG xxx C0024 : score x.xxxxx >1yqr_A:DNA-glycosylase;TATA-box_binding_protein-like; title=CATALYTICALLY INACTIVE HUMAN 8-OXOGUANINE GLYCOSYLASE CROSSLINKED TO OXOG CONTAINING DNA organism=Homo sapiens : H : SER OG A0148 <- 3.12 -> DG N3 C0024 : score 2.358 : H : ARG NH2 A0204 <- 2.37 -> DC O2 B0008 : score 3.90264 : x : CYS xxxx A0149 <- 3.61 -> DA xxx C0022 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0151 <- 3.77 -> DA xxx C0022 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0154 <- 2.86 -> DT xxx B0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0203 <- 3.59 -> DG xxx C0024 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0207 <- 4.49 -> DT xxx C0025 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0293 <- 4.28 -> DT xxx B0003 : score x.xxxxx >1yrn_A:Homeodomain-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE MATA1/MATALPHA2 HOMEODOMAIN HETERODIMER BOUND TO DNA organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ASN OD1 A0120 <- 3.37 -> DA N6 D0026 : score 5.24671 : H : ASN ND2 A0120 <- 2.99 -> DA N7 D0026 : score 5.48833 : H : ARG NH1 A0124 <- 2.66 -> DG N7 D0025 : score 6.28925 : H : ARG NH2 A0124 <- 3.02 -> DT O4 C0019 : score 3.47469 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.52 -> DG O6 D0025 : score 7.00209 : x : ARG xxxx A0115 <- 3.32 -> DT xxx C0015 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0116 <- 3.87 -> DA xxx D0026 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0119 <- 3.27 -> DT xxx C0015 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0123 <- 3.37 -> DC xxx C0017 : score x.xxxxx >1yrn_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE MATA1/MATALPHA2 HOMEODOMAIN HETERODIMER BOUND TO DNA organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ASN OD1 A0120 <- 3.37 -> DA N6 D0026 : score 5.24671 : H : ASN ND2 A0120 <- 2.99 -> DA N7 D0026 : score 5.48833 : H : ARG NH1 A0124 <- 2.66 -> DG N7 D0025 : score 6.28925 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.52 -> DG O6 D0025 : score 7.00209 : H : ARG NH2 A0124 <- 3.02 -> DT O4 C0019 : score 3.47469 : H : ARG NE B0132 <- 3.20 -> DA N3 D0038 : score 1.89897 : w : ARG NH2 B0132 <- 5.05 -> DC O2 D0039 : score 1.782 : H : ARG NH1 B0135 <- 2.70 -> DT O2 C0011 : score 4.46708 : w : ARG NH1 B0135 <- 5.42 -> DT O2 D0036 : score 1.824 : w : SER OG B0181 <- 5.72 -> DT O4 C0005 : score 2.13 : w : SER OG B0181 <- 5.45 -> DA N7 C0004 : score 2.337 : H : ASN OD1 B0182 <- 3.25 -> DA N6 D0038 : score 5.38883 : H : ARG NH2 B0185 <- 2.34 -> DG N7 C0006 : score 7.0308 : H : ARG NH2 B0185 <- 2.69 -> DG O6 C0006 : score 6.77665 : x : ARG xxxx A0115 <- 3.32 -> DT xxx C0015 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0116 <- 3.87 -> DA xxx D0026 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0119 <- 3.27 -> DT xxx C0015 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0123 <- 3.37 -> DC xxx C0017 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0178 <- 3.44 -> DC xxx D0039 : score x.xxxxx >1ysa_C:Leucine_zipper_domain; title=THE GCN4 BASIC REGION LEUCINE ZIPPER BINDS DNA AS A DIMER OF UNINTERRUPTED ALPHA HELICES: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PROTEIN-DNA COMPLEX organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ASN OD1 C0235 <- 3.01 -> DC N4 A0012 : score 4.05185 : H : ASN ND2 C0235 <- 2.94 -> DT O4 B0029 : score 5.10798 : V : ALA CB C0239 <- 3.90 -> DT C7 A0011 : score 5.462 : x : LYS xxxx C0231 <- 3.93 -> DA xxx B0028 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0236 <- 3.88 -> DT xxx A0011 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx C0238 <- 3.74 -> DA xxx B0028 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0243 <- 4.05 -> DA xxx A0009 : score x.xxxxx >1ysa_CD:Leucine_zipper_domain; title=THE GCN4 BASIC REGION LEUCINE ZIPPER BINDS DNA AS A DIMER OF UNINTERRUPTED ALPHA HELICES: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PROTEIN-DNA COMPLEX organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ASN OD1 C0235 <- 3.01 -> DC N4 A0012 : score 4.05185 : H : ASN ND2 C0235 <- 2.94 -> DT O4 B0029 : score 5.10798 : H : ASN OD1 D0235 <- 2.99 -> DC N4 B0034 : score 4.06877 : H : ASN ND2 D0235 <- 3.17 -> DT O4 A0007 : score 4.86625 : w : ASN ND2 D0235 <- 6.47 -> DA N6 A0006 : score 2.759 : H : ARG NH1 D0243 <- 2.88 -> DG O6 B0032 : score 6.0516 : H : ARG NH2 D0243 <- 2.62 -> DG N7 B0032 : score 6.67025 : V : ALA CB C0239 <- 3.90 -> DT C7 A0011 : score 5.462 : V : ALA CB D0239 <- 3.67 -> DT C7 B0033 : score 5.78412 : x : LYS xxxx C0231 <- 3.93 -> DA xxx B0028 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0236 <- 3.88 -> DT xxx A0011 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx C0238 <- 3.74 -> DA xxx B0028 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0243 <- 4.05 -> DA xxx A0009 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0231 <- 4.45 -> DT xxx A0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0236 <- 4.18 -> DT xxx B0033 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx D0238 <- 3.98 -> DA xxx A0006 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0242 <- 4.14 -> DT xxx A0007 : score x.xxxxx >1ytb_A:TATA-box_binding_protein-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A YEAST TBP/TATA-BOX COMPLEX organism=Saccharomyces cerevisiae : H : ASN ND2 A0069 <- 3.14 -> DA N3 C0024 : score 3.45557 : H : THR OG1 A0124 <- 2.93 -> DA N3 C0024 : score 2.10284 : H : ASN ND2 A0159 <- 3.40 -> DA N3 C0005 : score 3.26277 : H : ASN ND2 A0159 <- 3.28 -> DT O2 C0006 : score 4.42728 : H : THR OG1 A0215 <- 2.90 -> DA N3 C0005 : score 2.11579 : x : VAL xxxx A0071 <- 3.37 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0099 <- 3.34 -> DT xxx C0022 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0114 <- 3.49 -> DT xxx C0022 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0116 <- 3.79 -> DA xxx C0008 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0122 <- 3.57 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0161 <- 3.35 -> DT xxx C0025 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0190 <- 3.36 -> DA xxx C0003 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0191 <- 3.38 -> DA xxx C0028 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0205 <- 3.77 -> DA xxx C0003 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0207 <- 3.32 -> DT xxx C0027 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0213 <- 3.56 -> DA xxx C0026 : score x.xxxxx >1ytf_A:TATA-box_binding_protein-like; title=YEAST TFIIA/TBP/DNA COMPLEX organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ASN ND2 A0069 <- 2.97 -> DT O2 F0004 : score 4.73092 : H : ASN ND2 A0069 <- 3.30 -> DT O2 F0005 : score 4.40769 : H : ASN ND2 A0159 <- 3.26 -> DA N3 E0012 : score 3.36658 : H : ASN ND2 A0159 <- 3.44 -> DA N3 E0013 : score 3.23311 : H : THR OG1 A0215 <- 2.77 -> DA N3 E0012 : score 2.17193 : x : VAL xxxx A0071 <- 3.50 -> DA xxx E0013 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0099 <- 3.33 -> DG xxx F0001 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0114 <- 3.65 -> DA xxx E0015 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0116 <- 3.88 -> DA xxx E0015 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0122 <- 3.76 -> DA xxx E0014 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0124 <- 3.83 -> DT xxx F0003 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0161 <- 3.38 -> DT xxx F0005 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0190 <- 3.31 -> DA xxx E0010 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0191 <- 3.20 -> DA xxx F0008 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0205 <- 3.50 -> DA xxx E0010 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0207 <- 3.36 -> DT xxx F0007 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0213 <- 3.47 -> DA xxx F0006 : score x.xxxxx >1ytf_AC:TATA-box_binding_protein-like; title=YEAST TFIIA/TBP/DNA COMPLEX organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : ASN ND2 A0069 <- 2.97 -> DT O2 F0004 : score 4.73092 : H : ASN ND2 A0069 <- 3.30 -> DT O2 F0005 : score 4.40769 : H : ASN ND2 A0159 <- 3.26 -> DA N3 E0012 : score 3.36658 : H : ASN ND2 A0159 <- 3.44 -> DA N3 E0013 : score 3.23311 : H : THR OG1 A0215 <- 2.77 -> DA N3 E0012 : score 2.17193 : x : VAL xxxx A0071 <- 3.50 -> DA xxx E0013 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0099 <- 3.33 -> DG xxx F0001 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0114 <- 3.65 -> DA xxx E0015 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0116 <- 3.88 -> DA xxx E0015 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0122 <- 3.76 -> DA xxx E0014 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0124 <- 3.83 -> DT xxx F0003 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0161 <- 3.38 -> DT xxx F0005 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0190 <- 3.31 -> DA xxx E0010 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0191 <- 3.20 -> DA xxx F0008 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0205 <- 3.50 -> DA xxx E0010 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0207 <- 3.36 -> DT xxx F0007 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0213 <- 3.47 -> DA xxx F0006 : score x.xxxxx >1yui_A:beta-beta-alpha_zinc_fingers; title=SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE GAGA FACTOR/DNA COMPLEX, REGULARIZED MEAN STRUCTURE organism=DROSOPHILA MELANOGASTER : H : ARG NH1 A0014 <- 2.91 -> DC O2 C0117 : score 3.61108 : H : LYS NZ A0016 <- 3.07 -> DC O2 C0119 : score 2.80647 : H : ARG NH1 A0027 <- 2.41 -> DG O6 B0108 : score 6.6297 : H : ARG NH1 A0047 <- 2.43 -> DG O6 B0106 : score 6.6051 : H : ASN OD1 A0048 <- 3.29 -> DA N6 B0105 : score 5.34146 : H : ASN ND2 A0048 <- 3.46 -> DA N7 B0105 : score 4.95205 : H : ARG NH1 A0051 <- 2.78 -> DG O6 B0104 : score 6.1746 : H : ARG NH2 A0051 <- 2.98 -> DG N7 B0104 : score 6.20668 : H : ARG NH2 A0051 <- 3.26 -> DG O6 B0104 : score 6.02074 : x : SER xxxx A0030 <- 4.10 -> DA xxx C0114 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0045 <- 2.62 -> DA xxx B0105 : score x.xxxxx >1yuj_A:C2H2_and_C2HC_zinc_fingers; title=SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE GAGA FACTOR/DNA COMPLEX, 50 STRUCTURES organism=DROSOPHILA MELANOGASTER : H : ARG NH1 A0014 <- 2.53 -> DC O2 C0117 : score 3.89169 : H : LYS NZ A0016 <- 3.40 -> DT O2 C0118 : score 3.27292 : H : ARG NH1 A0027 <- 2.46 -> DG O6 B0108 : score 6.5682 : H : ARG NH1 A0047 <- 2.94 -> DG O6 B0106 : score 5.9778 : H : ASN OD1 A0048 <- 3.32 -> DA N6 B0105 : score 5.30593 : H : ASN ND2 A0048 <- 3.36 -> DA N7 B0105 : score 5.06615 : H : ARG NH1 A0051 <- 2.79 -> DG O6 B0104 : score 6.1623 : H : ARG NH2 A0051 <- 3.06 -> DG O6 B0104 : score 6.28597 : x : SER xxxx A0030 <- 3.84 -> DA xxx C0114 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0031 <- 4.45 -> DT xxx C0116 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0045 <- 2.98 -> DA xxx B0105 : score x.xxxxx >1z19_B:DNA_breaking-rejoining_enzymes; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A LAMBDA INTEGRASE(75-356) DIMER BOUND TO A COC' CORE SITE organism=ENTEROBACTERIA PHAGE LAMBDA : H : LYS NZ B0095 <- 2.81 -> DG O6 E0057 : score 5.77561 : H : ASN OD1 B0099 <- 3.16 -> DA N6 E0056 : score 5.49543 : H : ASN ND2 B0099 <- 3.21 -> DA N7 E0056 : score 5.23731 : H : LYS NZ B0235 <- 2.67 -> DT O2 C0013 : score 3.81593 : H : ARG NH2 B0287 <- 2.81 -> DG O6 E0060 : score 6.61751 : x : THR xxxx B0096 <- 3.29 -> DA xxx E0055 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0100 <- 3.47 -> DA xxx E0054 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0102 <- 4.36 -> DG xxx C0009 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0138 <- 3.97 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0139 <- 3.86 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0142 <- 3.72 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0276 <- 4.23 -> DC xxx C0003 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0281 <- 4.13 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0284 <- 3.36 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0286 <- 4.19 -> DT xxx E0059 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0288 <- 3.42 -> DC xxx C0003 : score x.xxxxx >1z1b_A:DNA_breaking-rejoining_enzymes;DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A LAMBDA INTEGRASE DIMER BOUND TO A COC' CORE SITE organism=ENTEROBACTERIA PHAGE LAMBDA : H : ARG NH1 A0019 <- 2.66 -> DT O4 F0016 : score 3.20262 : V : TYR CG A0017 <- 3.61 -> DT C7 G0035 : score 3.88058 : x : ASN xxxx A0020 <- 3.33 -> DC xxx G0038 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0023 <- 3.70 -> DA xxx F0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0027 <- 3.06 -> DT xxx G0034 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0034 <- 3.63 -> DT xxx F0016 : score x.xxxxx >1z63_A:P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=SULFOLOBUS SOLFATARICUS SWI2/SNF2 ATPASE CORE IN COMPLEX WITH DSDNA organism=SULFOLOBUS SOLFATARICUS : x : ARG xxxx A0547 <- 4.20 -> DC xxx C0018 : score x.xxxxx >1z9c_A:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF OHRR BOUND TO THE OHRA PROMOTER: STRUCTURE OF MARR FAMILY PROTEIN WITH OPERATOR DNA organism=Bacillus subtilis : w : ASP OD1 A0067 <- 5.51 -> DA N6 H0019 : score 3.154 : x : SER xxxx A0068 <- 2.52 -> DA xxx G0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0070 <- 3.40 -> DA xxx H0017 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0072 <- 4.07 -> DT xxx G0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0077 <- 3.28 -> DT xxx H0016 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0094 <- 3.26 -> DA xxx H0025 : score x.xxxxx >1z9c_AB:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF OHRR BOUND TO THE OHRA PROMOTER: STRUCTURE OF MARR FAMILY PROTEIN WITH OPERATOR DNA organism=Bacillus subtilis : w : ASP OD1 A0067 <- 5.51 -> DA N6 H0019 : score 3.154 : H : SER OG B0068 <- 2.49 -> DA N7 H0010 : score 4.67688 : H : ARG NH1 B0094 <- 2.79 -> DT O2 H0007 : score 4.38825 : x : SER xxxx A0068 <- 2.52 -> DA xxx G0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0070 <- 3.40 -> DA xxx H0017 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0072 <- 4.07 -> DT xxx G0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0077 <- 3.28 -> DT xxx H0016 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0094 <- 3.26 -> DA xxx H0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0070 <- 3.26 -> DA xxx G0017 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0072 <- 3.83 -> DT xxx H0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0077 <- 3.80 -> DT xxx G0016 : score x.xxxxx >1z9c_CD:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF OHRR BOUND TO THE OHRA PROMOTER: STRUCTURE OF MARR FAMILY PROTEIN WITH OPERATOR DNA organism=Bacillus subtilis : H : SER OG C0068 <- 2.65 -> DA N7 I0010 : score 4.53596 : w : ASP OD2 D0067 <- 5.66 -> DA N6 I0019 : score 2.972 : H : SER OG D0068 <- 2.35 -> DA N7 J0010 : score 4.80019 : H : ARG NH1 D0094 <- 3.05 -> DT O2 J0007 : score 4.16051 : w : ARG NH1 D0094 <- 5.96 -> DT O2 J0006 : score 1.824 : w : ARG NH2 D0094 <- 6.04 -> DT O2 J0006 : score 2.047 : x : ASP xxxx C0067 <- 4.15 -> DC xxx J0018 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0070 <- 3.33 -> DA xxx J0017 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0072 <- 3.83 -> DA xxx I0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0077 <- 3.94 -> DT xxx J0016 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0094 <- 3.40 -> DT xxx I0007 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0070 <- 3.20 -> DA xxx I0017 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0072 <- 3.41 -> DA xxx J0010 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx D0073 <- 4.48 -> DT xxx J0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0077 <- 4.18 -> DT xxx I0016 : score x.xxxxx >1z9c_EF:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF OHRR BOUND TO THE OHRA PROMOTER: STRUCTURE OF MARR FAMILY PROTEIN WITH OPERATOR DNA organism=Bacillus subtilis : w : ASP OD1 E0067 <- 6.10 -> DA N6 L0019 : score 3.154 : H : SER OG E0068 <- 2.64 -> DA N7 K0010 : score 4.54477 : H : ARG NH1 E0094 <- 2.87 -> DT O2 K0007 : score 4.31817 : w : ASP OD1 F0067 <- 6.06 -> DA N6 K0019 : score 3.154 : H : SER OG F0068 <- 3.13 -> DA N7 L0010 : score 4.11319 : H : ARG NH1 F0094 <- 2.98 -> DT O2 L0007 : score 4.22183 : x : THR xxxx E0070 <- 3.35 -> DA xxx L0017 : score x.xxxxx : x : THR xxxx E0072 <- 3.87 -> DT xxx K0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0077 <- 3.41 -> DT xxx L0016 : score x.xxxxx : x : THR xxxx F0070 <- 3.38 -> DA xxx K0017 : score x.xxxxx : x : THR xxxx F0072 <- 3.82 -> DA xxx L0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0077 <- 3.69 -> DT xxx K0016 : score x.xxxxx >1zaa_C:beta-beta-alpha_zinc_fingers; title=ZINC FINGER-DNA RECOGNITION: CRYSTAL STRUCTURE OF A ZIF268-DNA COMPLEX AT 2.1 ANGSTROMS organism=? : H : ARG NH1 C0018 <- 2.79 -> DG N7 A0010 : score 6.13018 : H : ARG NH2 C0018 <- 2.67 -> DG O6 A0010 : score 6.80317 : H : ASP OD2 C0020 <- 3.23 -> DA N6 B0002 : score 3.48257 : w : ASP OD2 C0020 <- 6.26 -> DC N4 A0009 : score 3.848 : w : ASP OD2 C0020 <- 6.15 -> DC N4 B0003 : score 3.848 : H : ARG NH1 C0024 <- 2.93 -> DG O6 A0008 : score 5.9901 : H : ARG NH2 C0024 <- 2.78 -> DG N7 A0008 : score 6.46422 : w : ARG NH1 C0024 <- 5.31 -> DG O6 B0004 : score 2.757 : H : ARG NH1 C0046 <- 2.93 -> DG N7 A0007 : score 5.95888 : H : ARG NH2 C0046 <- 2.85 -> DG O6 A0007 : score 6.56446 : w : SER OG C0047 <- 5.71 -> DG N7 B0004 : score 2.881 : H : ASP OD2 C0048 <- 3.00 -> DC N4 B0005 : score 5.91877 : w : ASP OD2 C0048 <- 5.20 -> DC N4 B0006 : score 3.848 : H : HIS NE2 C0049 <- 2.81 -> DG N7 A0006 : score 6.54458 : H : ARG NH1 C0074 <- 2.97 -> DG N7 A0004 : score 5.90994 : H : ARG NH2 C0074 <- 2.54 -> DG O6 A0004 : score 6.97557 : H : ASP OD2 C0076 <- 3.19 -> DA N6 B0008 : score 3.51306 : w : ASP OD2 C0076 <- 6.27 -> DC N4 A0003 : score 3.848 : w : ASP OD2 C0076 <- 5.31 -> DC N4 B0009 : score 3.848 : H : ARG NH1 C0080 <- 2.99 -> DG O6 A0002 : score 5.9163 : H : ARG NH2 C0080 <- 2.86 -> DG N7 A0002 : score 6.3612 : w : ARG NH1 C0080 <- 5.26 -> DG O6 B0010 : score 2.757 : x : GLU xxxx C0021 <- 3.61 -> DC xxx A0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0052 <- 3.94 -> DT xxx A0005 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx C0077 <- 3.90 -> DG xxx A0002 : score x.xxxxx >1zay_A:Periplasmic_binding_protein-like_I;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=PURINE REPRESSOR-HYPOXANTHINE-MODIFIED-PURF-OPERATOR COMPLEX organism=Escherichia coli : H : THR OG1 A0016 <- 2.93 -> DA N6 M0703 : score 2.10284 : H : ARG NH1 A0026 <- 2.68 -> DG O6 M0702 : score 6.2976 : H : ARG NH2 A0026 <- 3.03 -> DG N7 M0702 : score 6.14229 : x : SER xxxx A0014 <- 4.13 -> DG xxx M0702 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0015 <- 4.39 -> DA xxx M0704 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0054 <- 3.62 -> DT xxx M0707 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0055 <- 2.90 -> DA xxx M0706 : score x.xxxxx >1zbb_G:Histone-fold; title=STRUCTURE OF THE 4_601_167 TETRANUCLEOSOME organism=? : H : LYS NZ G0013 <- 2.34 -> DT O2 J0309 : score 4.0614 : x : ARG xxxx G0042 <- 4.18 -> DA xxx J0302 : score x.xxxxx >1zbi_A:Ribonuclease_H-like; title=BACILLUS HALODURANS RNASE H CATALYTIC DOMAIN MUTANT D132N IN COMPLEX WITH 12-MER RNA/DNA HYBRID organism=Bacillus halodurans : H : ASN ND2 A0077 <- 2.82 -> DT O2 D0004 : score 4.87785 : H : ASN ND2 A0105 <- 3.36 -> DC O2 D0005 : score 4.12578 : H : ASN ND2 A0106 <- 3.05 -> DC O2 D0005 : score 4.41385 : w : GLN NE2 A0134 <- 5.84 -> DA N3 D0006 : score 1.864 : w : THR OG1 A0135 <- 5.47 -> DA N3 D0006 : score 2.6 >1zbi_AB:Ribonuclease_H-like; title=BACILLUS HALODURANS RNASE H CATALYTIC DOMAIN MUTANT D132N IN COMPLEX WITH 12-MER RNA/DNA HYBRID organism=Bacillus halodurans : H : ASN ND2 A0077 <- 2.82 -> DT O2 D0004 : score 4.87785 : H : ASN ND2 A0105 <- 3.36 -> DC O2 D0005 : score 4.12578 : H : ASN ND2 A0106 <- 3.05 -> DC O2 D0005 : score 4.41385 : w : GLN NE2 A0134 <- 5.84 -> DA N3 D0006 : score 1.864 : w : THR OG1 A0135 <- 5.47 -> DA N3 D0006 : score 2.6 : H : ASN ND2 B0077 <- 2.89 -> DT O2 D0009 : score 4.80928 : H : ASN OD1 B0106 <- 3.31 -> DG N2 D0010 : score 4.34379 : H : ASN ND2 B0106 <- 3.05 -> DG N3 D0010 : score 4.59532 : w : THR OG1 B0135 <- 5.53 -> DT O2 D0011 : score 2.745 : x : ASN xxxx B0105 <- 3.63 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx >1zbl_AB:Ribonuclease_H-like; title=BACILLUS HALODURANS RNASE H CATALYTIC DOMAIN MUTANT D192N IN COMPLEX WITH 12-MER RNA/DNA HYBRID organism=Bacillus halodurans : H : ASN ND2 A0077 <- 2.53 -> DT O2 D0021 : score 5.1619 : H : ASN ND2 A0105 <- 3.38 -> DG N3 D0022 : score 4.27607 : H : ASN ND2 A0106 <- 3.23 -> DG N3 D0022 : score 4.42118 : w : GLN NE2 A0134 <- 5.80 -> DT O2 D0023 : score 0.847 : w : THR OG1 A0135 <- 6.14 -> DT O2 D0023 : score 2.745 : H : ASN ND2 B0077 <- 2.96 -> DA N3 D0015 : score 3.58905 : H : ASN ND2 B0105 <- 3.20 -> DT O2 D0016 : score 4.50564 : H : ASN ND2 B0106 <- 2.85 -> DT O2 D0016 : score 4.84846 : x : GLN xxxx B0134 <- 4.25 -> DA xxx D0018 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0135 <- 3.31 -> DC xxx D0017 : score x.xxxxx >1zbl_B:Ribonuclease_H-like; title=BACILLUS HALODURANS RNASE H CATALYTIC DOMAIN MUTANT D192N IN COMPLEX WITH 12-MER RNA/DNA HYBRID organism=Bacillus halodurans : H : ASN ND2 B0077 <- 2.96 -> DA N3 D0015 : score 3.58905 : H : ASN ND2 B0105 <- 3.20 -> DT O2 D0016 : score 4.50564 : H : ASN ND2 B0106 <- 2.85 -> DT O2 D0016 : score 4.84846 : x : GLN xxxx B0134 <- 4.25 -> DA xxx D0018 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0135 <- 3.31 -> DC xxx D0017 : score x.xxxxx >1zet_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=X-RAY DATA DO NOT SUPPORT HOOGSTEEN BASE-PAIRING DURING REPLICATION BY HUMAN POLYMERASE IOTA organism=Homo sapiens : w : TYR OH A0039 <- 5.76 -> DG N3 T0006 : score 3.342 : w : GLN OE1 A0059 <- 6.16 -> DG N3 T0006 : score 1.492 : H : ARG NH1 A0343 <- 2.81 -> DG O6 P0008 : score 6.1377 : H : ARG NH2 A0343 <- 2.89 -> DG O6 P0009 : score 6.51142 : x : LEU xxxx A0062 <- 4.12 -> DA xxx T0005 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0064 <- 4.27 -> DA xxx T0005 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0099 <- 4.39 -> DG xxx T0006 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0305 <- 3.01 -> DG xxx T0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0357 <- 3.20 -> DC xxx P0011 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0359 <- 3.30 -> DG xxx P0008 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0361 <- 2.48 -> DA xxx P0007 : score x.xxxxx >1zg1_A:C-terminal_effector_domain_of_the_bipartite_response_regulators; title=NARL COMPLEXED TO NIRB PROMOTER NON-PALINDROMIC TAIL-TO-TAIL DNA SITE organism=Escherichia coli : w : LYS NZ A0192 <- 5.91 -> DG O6 C0015 : score 2.896 : V : VAL CG1 A0189 <- 3.90 -> DT C7 D0023 : score 5.756 : V : LYS CG A0188 <- 3.68 -> DT C7 C0013 : score 2.11599 : x : SER xxxx A0185 <- 3.57 -> DC xxx D0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0186 <- 3.59 -> DA xxx D0024 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0190 <- 3.82 -> DT xxx D0023 : score x.xxxxx >1zg1_AB: title=NARL COMPLEXED TO NIRB PROMOTER NON-PALINDROMIC TAIL-TO-TAIL DNA SITE organism=Escherichia coli : w : LYS NZ A0192 <- 5.91 -> DG O6 C0015 : score 2.896 : H : LYS NZ B0192 <- 3.06 -> DA N7 D0035 : score 2.84643 : V : LYS CG A0188 <- 3.68 -> DT C7 C0013 : score 2.11599 : V : VAL CG1 A0189 <- 3.90 -> DT C7 D0023 : score 5.756 : x : SER xxxx A0185 <- 3.57 -> DC xxx D0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0186 <- 3.59 -> DA xxx D0024 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0190 <- 3.82 -> DT xxx D0023 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0185 <- 3.78 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0186 <- 3.45 -> DA xxx C0004 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0188 <- 4.19 -> DA xxx D0032 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0189 <- 3.80 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0190 <- 3.73 -> DT xxx C0003 : score x.xxxxx >1zg1_EF: title=NARL COMPLEXED TO NIRB PROMOTER NON-PALINDROMIC TAIL-TO-TAIL DNA SITE organism=Escherichia coli : w : LYS NZ E0188 <- 5.39 -> DG O6 G0013 : score 2.896 : H : LYS NZ F0192 <- 2.79 -> DG N7 H0035 : score 5.40438 : V : LYS CG F0188 <- 3.62 -> DT C7 H0033 : score 2.14681 : V : VAL CG1 F0189 <- 3.88 -> DT C7 G0003 : score 5.78552 : x : SER xxxx E0185 <- 3.69 -> DC xxx H0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx E0186 <- 3.59 -> DA xxx H0024 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx E0189 <- 3.72 -> DC xxx H0025 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx E0190 <- 3.75 -> DT xxx H0023 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx E0192 <- 3.55 -> DA xxx G0015 : score x.xxxxx : x : SER xxxx F0185 <- 3.57 -> DC xxx G0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx F0186 <- 3.54 -> DA xxx G0004 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx F0190 <- 3.86 -> DT xxx G0003 : score x.xxxxx >1zg5_A:C-terminal_effector_domain_of_the_bipartite_response_regulators; title=NARL COMPLEXED TO NARG-89 PROMOTER PALINDROMIC TAIL-TO-TAIL DNA SITE organism=Escherichia coli : H : LYS NZ A0188 <- 3.10 -> DG N7 C0013 : score 5.06997 : H : LYS NZ A0192 <- 2.79 -> DG N7 C0015 : score 5.40438 : H : LYS NZ A0192 <- 3.35 -> DG O6 C0016 : score 5.15059 : V : VAL CG1 A0189 <- 3.66 -> DT C7 D0023 : score 6.11022 : x : SER xxxx A0185 <- 3.59 -> DC xxx D0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0186 <- 3.63 -> DA xxx D0024 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0190 <- 3.74 -> DT xxx D0023 : score x.xxxxx >1zg5_AB: title=NARL COMPLEXED TO NARG-89 PROMOTER PALINDROMIC TAIL-TO-TAIL DNA SITE organism=Escherichia coli : H : LYS NZ A0188 <- 3.10 -> DG N7 C0013 : score 5.06997 : H : LYS NZ A0192 <- 2.79 -> DG N7 C0015 : score 5.40438 : H : LYS NZ A0192 <- 3.35 -> DG O6 C0016 : score 5.15059 : H : LYS NZ B0188 <- 2.87 -> DG N7 D0033 : score 5.31808 : w : LYS NZ B0188 <- 5.53 -> DG O6 D0034 : score 2.896 : H : LYS NZ B0192 <- 3.17 -> DG N7 D0035 : score 4.99446 : V : VAL CG1 B0189 <- 3.79 -> DT C7 C0003 : score 5.91835 : V : VAL CG1 A0189 <- 3.66 -> DT C7 D0023 : score 6.11022 : x : SER xxxx A0185 <- 3.59 -> DC xxx D0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0186 <- 3.63 -> DA xxx D0024 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0190 <- 3.74 -> DT xxx D0023 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0185 <- 3.66 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0186 <- 3.61 -> DA xxx C0004 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0190 <- 3.72 -> DT xxx C0003 : score x.xxxxx >1zg5_EF: title=NARL COMPLEXED TO NARG-89 PROMOTER PALINDROMIC TAIL-TO-TAIL DNA SITE organism=Escherichia coli : H : LYS NZ E0188 <- 2.94 -> DG N7 G0013 : score 5.24257 : w : LYS NZ E0188 <- 5.48 -> DG O6 G0014 : score 2.896 : H : LYS NZ E0192 <- 2.98 -> DG N7 G0015 : score 5.19942 : H : LYS NZ E0192 <- 3.22 -> DG O6 G0016 : score 5.30106 : H : LYS NZ F0188 <- 2.88 -> DG N7 H0033 : score 5.30729 : w : LYS NZ F0188 <- 5.71 -> DG O6 H0034 : score 2.896 : H : LYS NZ F0192 <- 2.90 -> DG N7 H0035 : score 5.28572 : H : LYS NZ F0192 <- 3.31 -> DG O6 H0036 : score 5.19689 : V : VAL CG1 E0189 <- 3.74 -> DT C7 H0023 : score 5.99214 : V : VAL CG1 F0189 <- 3.71 -> DT C7 G0003 : score 6.03642 : x : SER xxxx E0185 <- 3.65 -> DC xxx H0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx E0186 <- 3.63 -> DA xxx H0024 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx E0190 <- 3.78 -> DT xxx H0023 : score x.xxxxx : x : SER xxxx F0185 <- 3.57 -> DC xxx G0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx F0186 <- 3.66 -> DA xxx G0004 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx F0190 <- 3.95 -> DT xxx G0003 : score x.xxxxx >1zgw_A:Ada_DNA_repair_protein,_N-terminal_domain_N-Ada_10;Homeodomain-like; title=NMR STRUCTURE OF E. COLI ADA PROTEIN IN COMPLEX WITH DNA organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH1 A0045 <- 2.69 -> DT O2 B0195 : score 4.47584 : H : ARG NH2 A0045 <- 2.43 -> DT O2 B0195 : score 4.68016 : H : ARG NH2 A0045 <- 2.54 -> DT O2 C0234 : score 4.58429 : H : ARG NH1 A0118 <- 2.73 -> DG O6 B0202 : score 6.2361 : x : THR xxxx A0034 <- 3.39 -> DT xxx C0234 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0044 <- 4.49 -> DA xxx C0232 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0071 <- 3.34 -> DA xxx B0198 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0114 <- 3.13 -> DT xxx C0223 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0115 <- 2.56 -> DC xxx B0201 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0117 <- 4.37 -> DT xxx C0224 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0129 <- 3.92 -> DT xxx C0224 : score x.xxxxx >1zla_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=X-RAY STRUCTURE OF A KAPOSI'S SARCOMA HERPESVIRUS LANA PEPTIDE BOUND TO THE NUCLEOSOMAL CORE organism=EXPRESSION VECTOR PET3-H2A / XENOPUS LAEVIS : H : ARG NH2 E0640 <- 2.89 -> DA N3 I0082 : score 3.4093 : x : HIS xxxx A0439 <- 3.86 -> DT xxx I0143 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0440 <- 3.59 -> DA xxx J0229 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0483 <- 4.02 -> DC xxx I0050 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0842 <- 4.33 -> DA xxx J0257 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D1230 <- 4.34 -> DG xxx J0267 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx E0641 <- 4.40 -> DT xxx I0006 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0665 <- 4.04 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0683 <- 4.09 -> DA xxx I0099 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0245 <- 3.88 -> DG xxx J0214 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx H1430 <- 4.36 -> DA xxx J0173 : score x.xxxxx >1zla_C:Histone-fold; title=X-RAY STRUCTURE OF A KAPOSI'S SARCOMA HERPESVIRUS LANA PEPTIDE BOUND TO THE NUCLEOSOMAL CORE organism=? : x : ARG xxxx C0842 <- 4.33 -> DA xxx J0257 : score x.xxxxx >1zlk_A:C-terminal_effector_domain_of_the_bipartite_response_regulators; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS HYPOXIC RESPONSE REGULATOR DOSR C-TERMINAL DOMAIN-DNA COMPLEX organism=Mycobacterium tuberculosis : H : LYS NZ A0179 <- 2.57 -> DG O6 D0016 : score 6.05339 : H : LYS NZ A0182 <- 2.83 -> DA N7 C0022 : score 2.98455 : x : THR xxxx A0180 <- 3.41 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0183 <- 3.18 -> DG xxx D0015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0184 <- 3.65 -> DA xxx D0013 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0186 <- 4.40 -> DT xxx C0024 : score x.xxxxx >1zlk_AB:C-terminal_effector_domain_of_the_bipartite_response_regulators; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS HYPOXIC RESPONSE REGULATOR DOSR C-TERMINAL DOMAIN-DNA COMPLEX organism=Mycobacterium tuberculosis : H : LYS NZ A0179 <- 2.57 -> DG O6 D0016 : score 6.05339 : H : LYS NZ A0182 <- 2.83 -> DA N7 C0022 : score 2.98455 : H : LYS NZ B0179 <- 3.25 -> DG O6 C0016 : score 5.26633 : H : LYS NZ B0182 <- 3.00 -> DA N7 D0022 : score 2.88246 : x : THR xxxx A0180 <- 3.41 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0183 <- 3.18 -> DG xxx D0015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0184 <- 3.65 -> DA xxx D0013 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0186 <- 4.40 -> DT xxx C0024 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0180 <- 3.67 -> DG xxx C0014 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0183 <- 3.33 -> DG xxx C0015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0184 <- 3.82 -> DG xxx C0013 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0186 <- 4.10 -> DT xxx D0024 : score x.xxxxx >1zm5_A:Origin_of_replication-binding_domain,_RBD-like; title=CONJUGATIVE RELAXASE TRWC IN COMPLEX WITH ORIT DNA, COOPER-BOUND STRUCTURE organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH1 A0075 <- 3.02 -> DA N3 B0005 : score 3.48327 : H : ARG NH1 A0128 <- 2.87 -> DG N7 B0015 : score 6.0323 : H : ARG NH2 A0128 <- 2.84 -> DG O6 B0003 : score 6.57772 : H : ARG NH2 A0128 <- 2.82 -> DG O6 B0015 : score 6.60425 : x : ALA xxxx A0073 <- 3.36 -> DG xxx B0013 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0081 <- 4.23 -> DC xxx B0016 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0130 <- 3.13 -> DG xxx B0013 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0178 <- 4.33 -> DA xxx B0010 : score x.xxxxx >1zme_CD:Zn2/Cys6_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF PUT3/DNA COMPLEX organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : HIS ND1 C0041 <- 2.98 -> DG O6 A0003 : score 6.0114 : H : HIS ND1 D0041 <- 2.43 -> DG O6 B0003 : score 6.69735 : w : LYS NZ D0067 <- 5.25 -> DA N3 A0011 : score 1.7 : x : ILE xxxx D0069 <- 3.40 -> DG xxx B0009 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx D0070 <- 3.40 -> DC xxx A0009 : score x.xxxxx >1zme_D:Zn2/Cys6_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF PUT3/DNA COMPLEX organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : H : HIS ND1 D0041 <- 2.43 -> DG O6 B0003 : score 6.69735 : w : LYS NZ D0067 <- 5.25 -> DA N3 A0011 : score 1.7 : x : ILE xxxx D0069 <- 3.40 -> DG xxx B0009 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx D0070 <- 3.40 -> DC xxx A0009 : score x.xxxxx >1zns_A:His-Me_finger_endonucleases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF N-COLE7/12-BP DNA/ZN COMPLEX organism=ESCHERICHIA COLI STR. K12 SUBSTR. : H : ASP OD1 A0493 <- 3.18 -> DA N6 B0007 : score 3.52068 : w : ASP OD1 A0493 <- 5.12 -> DT O4 B0006 : score 2.136 : x : ASP xxxx A0494 <- 3.86 -> DG xxx C0015 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0496 <- 3.20 -> DA xxx B0007 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0497 <- 3.56 -> DG xxx C0015 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0538 <- 3.58 -> DG xxx B0004 : score x.xxxxx >1zq3_P:Homeodomain-like; title=NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE BICOID HOMEODOMAIN BOUND TO THE CONSENSUS DNA BINDING SITE TAATCC organism=DROSOPHILA MELANOGASTER : H : ARG NH2 P0004 <- 3.06 -> DG N3 B0091 : score 3.42495 : H : LYS NZ P0051 <- 2.74 -> DG N7 B0085 : score 5.45831 : H : ARG NH1 P0055 <- 3.27 -> DA N7 B0087 : score 2.39509 : x : ILE xxxx P0048 <- 3.67 -> DA xxx A0075 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx P0052 <- 3.46 -> DA xxx A0074 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx P0056 <- 4.39 -> DA xxx A0074 : score x.xxxxx >1zqa_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF KCL (150 MILLIMOLAR) AT PH 7.5 organism=Homo sapiens : w : LYS NZ A0234 <- 6.25 -> DA N3 T0002 : score 1.7 : w : LYS NZ A0234 <- 5.53 -> DT O2 T0003 : score 0.459 : w : LYS NZ A0234 <- 5.67 -> DG N3 P0007 : score 1.798 >1zqb_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF BACL2 (150 MILLIMOLAR) organism=Homo sapiens : w : LYS NZ A0234 <- 5.87 -> DG N3 P0007 : score 1.798 : w : LYS NZ A0234 <- 6.03 -> DA N3 T0002 : score 1.7 : w : LYS NZ A0234 <- 5.65 -> DT O2 T0003 : score 0.459 >1zqc_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF CACL2 (15 MILLIMOLAR) organism=Homo sapiens : w : LYS NZ A0234 <- 5.56 -> DT O2 T0003 : score 0.459 : w : LYS NZ A0234 <- 5.43 -> DG N3 P0007 : score 1.798 : w : LYS NZ A0234 <- 6.61 -> DA N3 T0002 : score 1.7 >1zqd_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF CACL2 (150 MILLIMOLAR) organism=Homo sapiens : w : LYS NZ A0234 <- 5.70 -> DG N3 P0007 : score 1.798 : w : LYS NZ A0234 <- 5.66 -> DA N3 T0002 : score 1.7 : w : LYS NZ A0234 <- 5.76 -> DT O2 T0003 : score 0.459 : x : MET xxxx A0236 <- 4.44 -> DT xxx P0006 : score x.xxxxx >1zqe_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF CRCL3 (SATURATED SOLUTION) organism=Homo sapiens : w : LYS NZ A0234 <- 5.55 -> DG N3 P0007 : score 1.798 : w : LYS NZ A0234 <- 5.25 -> DT O2 T0003 : score 0.459 >1zqf_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF CSCL (150 MILLIMOLAR) organism=Homo sapiens : x : LYS xxxx A0234 <- 3.34 -> DT xxx P0006 : score x.xxxxx >1zqg_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF A SODIUM-FREE ARTIFICIAL MOTHER LIQUOR AT PH 6.5 organism=Homo sapiens : w : LYS NZ A0234 <- 5.60 -> DG N3 P0007 : score 1.798 : w : LYS NZ A0234 <- 5.58 -> DT O2 T0003 : score 0.459 >1zqh_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF A SODIUM-FREE ARTIFICIAL MOTHER LIQUOR AT PH 7.5 organism=Homo sapiens : w : LYS NZ A0234 <- 5.10 -> DT O2 T0003 : score 0.459 : w : LYS NZ A0234 <- 5.37 -> DG N3 P0007 : score 1.798 >1zqi_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF KCL (150 MILLIMOLAR) organism=Homo sapiens : w : LYS NZ A0234 <- 6.59 -> DA N3 T0002 : score 1.7 : w : LYS NZ A0234 <- 5.48 -> DT O2 T0003 : score 0.459 : w : LYS NZ A0234 <- 5.73 -> DG N3 P0007 : score 1.798 >1zqj_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF CACL2 (15 MILLIMOLAR) AND MGCL2 (15 MILLIMOLAR) organism=Homo sapiens : w : SER OG A0229 <- 5.97 -> DT O2 T0004 : score 1.724 : w : LYS NZ A0234 <- 5.52 -> DT O2 T0003 : score 0.459 >1zqk_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF KCL (75 MILLIMOLAR) AND MGCL2 (75 MILLIMOLAR) organism=Homo sapiens : w : LYS NZ A0234 <- 5.85 -> DT O2 T0003 : score 0.459 : w : LYS NZ A0234 <- 5.41 -> DG N3 P0007 : score 1.798 >1zql_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF MNCL2 (15 MILLIMOLAR) AND MGCL2 (15 MILLIMOLAR) organism=Homo sapiens : w : SER OG A0229 <- 6.52 -> DT O2 T0004 : score 1.724 : w : LYS NZ A0234 <- 5.64 -> DG N3 P0007 : score 1.798 : w : LYS NZ A0234 <- 5.96 -> DA N3 T0002 : score 1.7 : w : LYS NZ A0234 <- 5.47 -> DT O2 T0003 : score 0.459 >1zqm_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF MNCL2 (15 MILLIMOLAR) organism=Homo sapiens : w : LYS NZ A0234 <- 5.89 -> DT O2 T0003 : score 0.459 : w : LYS NZ A0234 <- 5.72 -> DG N3 P0007 : score 1.798 : w : LYS NZ A0234 <- 6.17 -> DA N3 T0002 : score 1.7 >1zqn_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF BACL2 (15 MILLIMOLAR) AND NACL (15 MILLIMOLAR) organism=Homo sapiens : w : SER OG A0229 <- 6.42 -> DT O2 T0004 : score 1.724 : w : LYS NZ A0234 <- 5.61 -> DT O2 T0003 : score 0.459 : w : LYS NZ A0234 <- 5.74 -> DG N3 P0007 : score 1.798 >1zqo_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF CACL2 (15 MILLIMOLAR) AND NACL (15 MILLIMOLAR) organism=Homo sapiens : w : LYS NZ A0234 <- 6.47 -> DA N3 T0002 : score 1.7 : w : LYS NZ A0234 <- 5.13 -> DT O2 T0003 : score 0.459 : w : LYS NZ A0234 <- 5.64 -> DG N3 P0007 : score 1.798 >1zqp_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF KCL (75 MILLIMOLAR) AND NACL (75 MILLIMOLAR) organism=Homo sapiens : w : LYS NZ A0234 <- 6.32 -> DA N3 T0002 : score 1.7 : w : LYS NZ A0234 <- 5.65 -> DT O2 T0003 : score 0.459 : w : LYS NZ A0234 <- 5.86 -> DG N3 P0007 : score 1.798 >1zqq_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF MNCL2 (15 MILLIMOLAR) AND NACL (15 MILLIMOLAR) organism=Homo sapiens : w : LYS NZ A0234 <- 6.32 -> DA N3 T0002 : score 1.7 : w : LYS NZ A0234 <- 5.58 -> DT O2 T0003 : score 0.459 : w : LYS NZ A0234 <- 5.78 -> DG N3 P0007 : score 1.798 >1zqr_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (E.C.2.7.7.7)/DNA COMPLEX, SOAKED IN THE PRESENCE OF NICL2 organism=Homo sapiens : w : LYS NZ A0234 <- 5.01 -> DT O2 T0003 : score 0.459 : w : LYS NZ A0234 <- 5.42 -> DG N3 P0007 : score 1.798 >1zqs_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF TLCL (0.5 MILLIMOLAR) organism=Homo sapiens : w : LYS NZ A0234 <- 5.52 -> DT O2 T0003 : score 0.459 : w : LYS NZ A0234 <- 5.64 -> DG N3 P0007 : score 1.798 : w : LYS NZ A0234 <- 6.23 -> DA N3 T0002 : score 1.7 >1zqt_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7) COMPLEXED WITH SEVEN BASE PAIRS OF DNA; SOAKED IN THE PRESENCE OF DATP (0.01 MILLIMOLAR) AND ZNCL2 (0.02 MILLIMOLAR) organism=Homo sapiens : w : LYS NZ A0234 <- 5.76 -> DG N3 P0007 : score 1.798 : w : LYS NZ A0234 <- 5.57 -> DT O2 T0003 : score 0.459 >1zrc_A:cAMP-binding_domain-like;"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=4 CRYSTAL STRUCTURES OF CAP-DNA WITH ALL BASE-PAIR SUBSTITUTIONS AT POSITION 6, CAP-ICAP38 DNA organism=Escherichia coli : H : ARG NH1 A0180 <- 3.22 -> DG N7 W0005 : score 5.60404 : H : ARG NH2 A0180 <- 2.93 -> DG O6 W0005 : score 6.45837 : H : GLU OE1 A0181 <- 2.78 -> DC N4 X0007 : score 5.78973 : x : GLN xxxx A0170 <- 4.30 -> DT xxx W0004 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0179 <- 4.18 -> DT xxx X0008 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0182 <- 4.36 -> DA xxx X0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0185 <- 3.12 -> DG xxx W0007 : score x.xxxxx >1zrd_A:cAMP-binding_domain-like;"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=4 CRYSTAL STRUCTURES OF CAP-DNA WITH ALL BASE-PAIR SUBSTITUTIONS AT POSITION 6, CAP-[6A;17T]ICAP38 DNA organism=Escherichia coli : H : ARG NH1 A0180 <- 3.30 -> DG N7 W0005 : score 5.50615 : H : ARG NH2 A0180 <- 2.61 -> DG O6 W0005 : score 6.88274 : H : ARG NH2 A0185 <- 3.07 -> DG O6 W0007 : score 6.27271 : V : GLU CB A0181 <- 3.61 -> DT C7 X0008 : score 2.11004 : x : SER xxxx A0179 <- 3.69 -> DT xxx X0008 : score x.xxxxx >1zre_A:cAMP-binding_domain-like;"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=4 CRYSTAL STRUCTURES OF CAP-DNA WITH ALL BASE-PAIR SUBSTITUTIONS AT POSITION 6, CAP-[6G;17C]ICAP38 DNA organism=Escherichia coli : H : ARG NH1 A0180 <- 2.98 -> DG N7 W0005 : score 5.8977 : H : ARG NH2 A0180 <- 2.89 -> DG O6 W0005 : score 6.51142 : H : GLU OE1 A0181 <- 3.20 -> DC N4 X0006 : score 5.30533 : H : ARG NH2 A0185 <- 2.71 -> DG O6 W0007 : score 6.75012 : H : ARG NH2 A0185 <- 2.74 -> DT O4 X0008 : score 3.67823 : x : SER xxxx A0179 <- 3.53 -> DT xxx X0008 : score x.xxxxx >1zrf_B:cAMP-binding_domain-like;"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=4 CRYSTAL STRUCTURES OF CAP-DNA WITH ALL BASE-PAIR SUBSTITUTIONS AT POSITION 6, CAP-[6C;17G]ICAP38 DNA organism=Escherichia coli : H : ARG NH1 B0180 <- 3.32 -> DG N7 Y0005 : score 5.48168 : H : ARG NH2 B0180 <- 2.85 -> DG O6 Y0005 : score 6.56446 : H : GLU OE1 B0181 <- 2.81 -> DC N4 Z0007 : score 5.75513 : x : GLN xxxx B0170 <- 3.79 -> DT xxx Y0004 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0179 <- 3.84 -> DT xxx Z0008 : score x.xxxxx >1zs4_ACD: title=STRUCTURE OF BACTERIOPHAGE LAMBDA CII PROTEIN IN COMPLEX WITH DNA organism=Enterobacteria phage lambda : w : ASP OD1 A0036 <- 5.80 -> DA N6 T0020 : score 3.154 : H : LYS NZ A0037 <- 2.86 -> DG N7 U0007 : score 5.32887 : H : SER OG A0038 <- 2.84 -> DC N4 T0019 : score 3.82937 : H : GLN NE2 A0039 <- 2.80 -> DG N7 T0018 : score 4.20897 : H : ARG NH1 A0042 <- 2.97 -> DG O6 U0010 : score 5.9409 : H : ARG NH2 A0042 <- 2.80 -> DG N7 U0010 : score 6.43846 : w : ASP OD1 C0036 <- 5.66 -> DA N6 T0010 : score 3.154 : w : LYS NZ C0037 <- 5.76 -> DA N6 T0010 : score 2.036 : w : LYS NZ C0037 <- 6.02 -> DA N6 T0011 : score 2.036 : H : SER OG C0038 <- 2.93 -> DC N4 T0009 : score 3.75989 : H : GLN NE2 C0039 <- 2.65 -> DG N7 T0008 : score 4.33524 : H : ARG NH1 C0042 <- 2.83 -> DG O6 U0020 : score 6.1131 : H : ARG NH2 C0042 <- 3.01 -> DG N7 U0020 : score 6.16805 : x : SER xxxx A0041 <- 3.59 -> DT xxx U0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0026 <- 4.49 -> DT xxx U0018 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx C0027 <- 3.47 -> DT xxx U0017 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0041 <- 3.94 -> DT xxx U0019 : score x.xxxxx >1zs4_C:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=STRUCTURE OF BACTERIOPHAGE LAMBDA CII PROTEIN IN COMPLEX WITH DNA organism=Enterobacteria phage lambda : w : ASP OD1 C0036 <- 5.66 -> DA N6 T0010 : score 3.154 : w : LYS NZ C0037 <- 5.76 -> DA N6 T0010 : score 2.036 : w : LYS NZ C0037 <- 6.02 -> DA N6 T0011 : score 2.036 : H : SER OG C0038 <- 2.93 -> DC N4 T0009 : score 3.75989 : H : GLN NE2 C0039 <- 2.65 -> DG N7 T0008 : score 4.33524 : H : ARG NH1 C0042 <- 2.83 -> DG O6 U0020 : score 6.1131 : H : ARG NH2 C0042 <- 3.01 -> DG N7 U0020 : score 6.16805 : V : LYS CG C0037 <- 3.81 -> DT C7 U0018 : score 2.04922 : x : THR xxxx C0026 <- 4.49 -> DT xxx U0018 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx C0027 <- 3.47 -> DT xxx U0017 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0041 <- 3.94 -> DT xxx U0019 : score x.xxxxx >1ztg_AC:Eukaryotic_type_KH-domain_KH-domain_type_I; title=HUMAN ALPHA POLYC BINDING PROTEIN KH1 organism=Homo sapiens : H : ARG NH2 C0040 <- 2.42 -> DC O2 Z0009 : score 3.8667 : H : ARG NH1 C0057 <- 3.35 -> DC N3 Z0008 : score 1.36238 : H : ARG NH2 C0057 <- 2.89 -> DC O2 Z0008 : score 3.52891 : V : ASN CG C0048 <- 3.82 -> DT C7 Z0010 : score 2.84723 >1ztt_A:DNA/RNA_polymerases; title=NETROPSIN BOUND TO D(CTTAATTCGAATTAAG) IN COMPLEX WITH MMLV RT CATALYTIC FRAGMENT organism=Moloney murine leukemia virus : H : ASP OD2 A0114 <- 3.13 -> DG N2 G0016 : score 5.25794 : H : ARG NH1 A0116 <- 3.30 -> DT O2 B0003 : score 3.94154 : H : ARG NH2 A0116 <- 2.81 -> DT O2 B0002 : score 4.34898 : x : TYR xxxx A0064 <- 3.23 -> DC xxx B0001 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0099 <- 3.56 -> DG xxx G0016 : score x.xxxxx >1ztw_A:DNA/RNA_polymerases; title=D(CTTAATTCGAATTAAG) COMPLEXED WITH MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS REVERSE TRANSCRIPTASE CATALYTIC FRAGMENT organism=Moloney murine leukemia virus : H : ASP OD2 A0114 <- 2.98 -> DG N2 G0016 : score 5.42683 : H : ARG NH2 A0116 <- 2.67 -> DT O2 B0002 : score 4.47099 : x : TYR xxxx A0064 <- 3.96 -> DC xxx B0001 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0099 <- 3.01 -> DG xxx G0016 : score x.xxxxx >1zvv_A:Periplasmic_binding_protein-like_I;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A CCPA-CRH-DNA COMPLEX organism=BACILLUS SUBTILIS : H : ARG NH2 A0021 <- 2.48 -> DG O6 O0702 : score 7.05514 : x : SER xxxx A0015 <- 4.17 -> DA xxx O0703 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0017 <- 3.13 -> DA xxx O0703 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0055 <- 3.28 -> DC xxx O0707 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0056 <- 3.74 -> DC xxx O0707 : score x.xxxxx >1zx4_A:KorB_DNA-binding_domain-like; title=STRUCTURE OF PARB BOUND TO DNA organism=Enterobacteria phage P1 : H : ARG NH1 A0184 <- 2.80 -> DG N7 S0020 : score 6.11795 : H : ARG NH2 A0184 <- 2.38 -> DG O6 S0020 : score 7.18775 : H : ARG NH2 A0184 <- 2.63 -> DT O4 T0020 : score 3.75819 : x : SER xxxx A0178 <- 4.20 -> DG xxx S0020 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0179 <- 3.45 -> DA xxx T0017 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0180 <- 3.49 -> DT xxx T0019 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0183 <- 3.32 -> DT xxx T0018 : score x.xxxxx >1zyq_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=T7 DNA POLYMERASE IN COMPLEX WITH 8OG AND INCOMING DDATP organism=ENTEROBACTERIA PHAGE T7 : H : LYS NZ A0394 <- 2.62 -> DC O2 P1019 : score 3.07347 : w : ARG NH1 A0429 <- 5.51 -> DT O2 T2006 : score 1.824 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.08 -> DC O2 P1020 : score 3.67555 : H : GLN NE2 A0439 <- 3.24 -> DG N3 T2008 : score 4.64886 : w : HIS NE2 A0653 <- 5.92 -> DA N3 P1021 : score 3.29 : x : LYS xxxx A0114 <- 4.35 -> DC xxx P1014 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0436 <- 4.19 -> DG xxx T2007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0611 <- 3.84 -> DC xxx T2005 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0615 <- 3.51 -> DC xxx T2005 : score x.xxxxx >1zzi_A:Eukaryotic_type_KH-domain_KH-domain_type_I; title=CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE THIRD KH DOMAIN OF HNRNP K IN COMPLEX WITH SSDNA organism=Homo sapiens : H : ARG NH1 A0040 <- 2.91 -> DC O2 C0004 : score 3.61108 : H : ARG NH2 A0040 <- 2.62 -> DC O2 C0004 : score 3.72296 : H : GLU OE2 A0051 <- 2.38 -> DC N4 C0001 : score 5.96061 : H : ARG NH1 A0059 <- 2.81 -> DC N3 C0003 : score 1.52771 : H : ARG NH2 A0059 <- 2.92 -> DC O2 C0003 : score 3.50734 : V : TYR CD1 A0084 <- 3.89 -> DT C7 C0002 : score 4.31604 : x : ALA xxxx A0025 <- 4.30 -> DC xxx C0003 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0027 <- 3.29 -> DT xxx C0002 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0029 <- 3.43 -> DC xxx C0003 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0036 <- 3.44 -> DC xxx C0004 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0048 <- 3.87 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0049 <- 4.15 -> DC xxx C0004 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0085 <- 3.06 -> DT xxx C0002 : score x.xxxxx >2a07_IK:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF FOXP2 BOUND SPECIFICALLY TO DNA. organism=Homo sapiens : w : ASN OD1 I0550 <- 5.54 -> DT O4 D0015 : score 3.053 : w : ASN ND2 I0550 <- 5.41 -> DT O4 D0015 : score 2.886 : H : ASN OD1 K0550 <- 3.06 -> DA N6 C0013 : score 5.61386 : H : ASN ND2 K0550 <- 3.09 -> DA N7 C0013 : score 5.37423 : H : HIS ND1 K0554 <- 2.86 -> DT O4 D0011 : score 4.63347 : x : HIS xxxx I0554 <- 3.03 -> DT xxx D0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx K0553 <- 3.61 -> DA xxx D0009 : score x.xxxxx : x : SER xxxx K0557 <- 3.56 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx K0558 <- 4.23 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx >2a07_J:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF FOXP2 BOUND SPECIFICALLY TO DNA. organism=Homo sapiens : H : ASN OD1 J0550 <- 3.02 -> DA N6 A0013 : score 5.66124 : H : ASN ND2 J0550 <- 3.06 -> DA N7 A0013 : score 5.40846 : w : ASN OD1 J0550 <- 5.81 -> DT O4 B0010 : score 3.053 : w : ARG NE J0553 <- 5.67 -> DT O4 B0010 : score 1.131 : w : ARG NH2 J0553 <- 6.01 -> DT O4 B0010 : score 2.172 : H : HIS ND1 J0554 <- 2.92 -> DT O4 B0011 : score 4.57719 : x : SER xxxx J0557 <- 3.52 -> DT xxx B0010 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx J0558 <- 4.30 -> DT xxx B0012 : score x.xxxxx >2a66_A:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=HUMAN LIVER RECEPTOR HOMOLOGUE DNA-BINDING DOMAIN (HLRH-1 DBD) IN COMPLEX WITH DSDNA FROM THE HCYP7A1 PROMOTER organism=Homo sapiens : H : GLU OE2 A0104 <- 2.81 -> DC N4 C0305 : score 5.48772 : H : LYS NZ A0107 <- 2.85 -> DG O6 B0207 : score 5.72931 : w : LYS NZ A0107 <- 5.46 -> DA N7 B0206 : score 1.7 : H : LYS NZ A0111 <- 2.62 -> DG N7 B0208 : score 5.58776 : H : ARG NH1 A0112 <- 3.01 -> DG N7 C0303 : score 5.86099 : H : ARG NH1 A0162 <- 3.14 -> DT O2 C0307 : score 4.08168 : H : ARG NH2 A0162 <- 3.08 -> DT O2 C0307 : score 4.11366 : w : ARG NH1 A0162 <- 5.33 -> DA N3 B0206 : score 2.497 : H : ARG NH1 A0165 <- 3.17 -> DT O2 B0203 : score 4.05541 : H : ARG NH2 A0165 <- 2.58 -> DC O2 B0204 : score 3.75171 : w : ARG NH1 A0165 <- 6.07 -> DA N3 C0311 : score 2.497 >2a6o_AB:Transposase_IS200-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE ISHP608 TRANSPOSASE IN COMPLEX WITH STEM- LOOP DNA organism=Helicobacter pylori : H : HIS NE2 A0011 <- 2.85 -> DG N7 D0018 : score 6.49212 : H : HIS NE2 A0011 <- 3.13 -> DG O6 D0018 : score 7.44087 : H : LYS NZ B0082 <- 3.28 -> DC O2 D0008 : score 2.68187 >2a6o_B:Transposase_IS200-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE ISHP608 TRANSPOSASE IN COMPLEX WITH STEM- LOOP DNA organism=Helicobacter pylori : H : LYS NZ B0082 <- 3.28 -> DC O2 D0008 : score 2.68187 >2ac0_AC: title=STRUCTURAL BASIS OF DNA RECOGNITION BY P53 TETRAMERS (COMPLEX I) organism=Homo sapiens : H : LYS NZ A0120 <- 2.81 -> DG N7 E0003 : score 5.3828 : H : LYS NZ A0120 <- 2.76 -> DG O6 E0004 : score 5.83348 : w : LYS NZ A0139 <- 5.43 -> DG N7 G0012 : score 2.357 : H : ARG NH1 A0280 <- 2.76 -> DG O6 F0008 : score 6.1992 : H : ARG NH2 A0280 <- 2.99 -> DG N7 F0008 : score 6.1938 : H : LYS NZ C0120 <- 3.02 -> DG N7 H0003 : score 5.15627 : H : LYS NZ C0120 <- 2.67 -> DG O6 H0003 : score 5.93765 : H : LYS NZ C0120 <- 2.69 -> DG O6 H0004 : score 5.9145 : H : ARG NH1 C0280 <- 2.87 -> DG O6 G0008 : score 6.0639 : H : ARG NH2 C0280 <- 2.93 -> DG N7 G0008 : score 6.27106 : x : SER xxxx A0121 <- 3.24 -> DG xxx E0002 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0123 <- 3.99 -> DG xxx G0012 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0276 <- 3.97 -> DC xxx F0009 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0277 <- 3.61 -> DC xxx F0009 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0121 <- 3.79 -> DC xxx H0001 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx C0276 <- 4.01 -> DG xxx G0008 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx C0277 <- 3.52 -> DC xxx G0009 : score x.xxxxx >2ac0_D:p53-like_transcription_factors; title=STRUCTURAL BASIS OF DNA RECOGNITION BY P53 TETRAMERS (COMPLEX I) organism=Homo sapiens : H : LYS NZ D0120 <- 2.79 -> DG N7 G0003 : score 5.40438 : H : LYS NZ D0120 <- 2.71 -> DG O6 G0003 : score 5.89135 : H : LYS NZ D0120 <- 2.50 -> DG O6 G0004 : score 6.13441 : w : SER OG D0121 <- 5.48 -> DG N7 G0002 : score 2.881 : w : ARG NH1 D0248 <- 5.62 -> DG N3 G0008 : score 1.371 : w : ARG NH2 D0248 <- 5.82 -> DG N2 G0008 : score 1.594 : H : ARG NH1 D0280 <- 2.88 -> DG O6 H0008 : score 6.0516 : H : ARG NH2 D0280 <- 2.97 -> DG N7 H0008 : score 6.21955 : x : ALA xxxx D0276 <- 4.04 -> DG xxx H0008 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx D0277 <- 3.49 -> DC xxx H0009 : score x.xxxxx >2acj_BCD: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE B/Z JUNCTION CONTAINING DNA BOUND TO Z-DNA BINDING PROTEINS organism=Homo sapiens : x : ARG xxxx B0174 <- 3.53 -> DC xxx E0010 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0177 <- 3.39 -> DG xxx E0008 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx C0177 <- 3.36 -> DG xxx F0032 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0177 <- 3.33 -> DG xxx F0028 : score x.xxxxx >2acj_C:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE B/Z JUNCTION CONTAINING DNA BOUND TO Z-DNA BINDING PROTEINS organism=Homo sapiens : x : TYR xxxx C0177 <- 3.36 -> DG xxx F0032 : score x.xxxxx >2ady_AB: title=STRUCTURAL BASIS OF DNA RECOGNITION BY P53 TETRAMERS (COMPLEX IV) organism=Homo sapiens : H : LYS NZ A0120 <- 2.96 -> DT O4 F0009 : score 3.42647 : H : LYS NZ A0120 <- 2.79 -> DG O6 E0003 : score 5.79875 : H : ARG NH1 A0280 <- 2.59 -> DG O6 F0008 : score 6.4083 : H : ARG NH2 A0280 <- 3.03 -> DG N7 F0008 : score 6.14229 : H : LYS NZ B0120 <- 2.72 -> DG O6 F0003 : score 5.87977 : H : LYS NZ B0120 <- 2.99 -> DT O4 E0009 : score 3.40523 : H : ARG NH1 B0280 <- 3.12 -> DG O6 E0008 : score 5.7564 : H : ARG NH2 B0280 <- 3.25 -> DG N7 E0008 : score 5.859 : x : SER xxxx A0121 <- 3.91 -> DC xxx E0001 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0276 <- 3.64 -> DT xxx F0009 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0277 <- 3.79 -> DT xxx F0009 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0121 <- 4.41 -> DG xxx F0002 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0276 <- 3.54 -> DT xxx E0009 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0277 <- 3.60 -> DT xxx E0009 : score x.xxxxx >2ady_B:p53-like_transcription_factors; title=STRUCTURAL BASIS OF DNA RECOGNITION BY P53 TETRAMERS (COMPLEX IV) organism=Homo sapiens : H : LYS NZ B0120 <- 2.99 -> DT O4 E0009 : score 3.40523 : H : LYS NZ B0120 <- 2.72 -> DG O6 F0003 : score 5.87977 : H : ARG NH1 B0280 <- 3.12 -> DG O6 E0008 : score 5.7564 : H : ARG NH2 B0280 <- 3.25 -> DG N7 E0008 : score 5.859 : x : SER xxxx B0121 <- 4.41 -> DG xxx F0002 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0276 <- 3.54 -> DT xxx E0009 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0277 <- 3.60 -> DT xxx E0009 : score x.xxxxx >2ago_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=FIDELITY OF DPO4: EFFECT OF METAL IONS, NUCLEOTIDE SELECTION AND PYROPHOSPHOROLYSIS organism=Sulfolobus solfataricus : x : ALA xxxx A0042 <- 4.46 -> DT xxx C1905 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0244 <- 3.49 -> DT xxx C1909 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0297 <- 4.48 -> DG xxx B1809 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0332 <- 3.05 -> DG xxx C1906 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0336 <- 3.79 -> DA xxx C1908 : score x.xxxxx >2agp_B:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=FIDELITY OF DPO4: EFFECT OF METAL IONS, NUCLEOTIDE SELECTION AND PYROPHOSPHOROLYSIS organism=Sulfolobus solfataricus : w : HIS NE2 B0285 <- 5.66 -> DG N7 E1808 : score 3.611 : x : SER xxxx B0244 <- 4.09 -> DT xxx F1909 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0295 <- 4.48 -> DT xxx E1811 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0336 <- 3.77 -> DA xxx F1908 : score x.xxxxx >2agq_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=FIDELITY OF DPO4: EFFECT OF METAL IONS, NUCLEOTIDE SELECTION AND PYROPHOSPHOROLYSIS organism=Sulfolobus solfataricus : x : SER xxxx A0244 <- 4.41 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0336 <- 4.20 -> DG xxx C0007 : score x.xxxxx >2ahi_A:p53-like_transcription_factors; title=STRUCTURAL BASIS OF DNA RECOGNITION BY P53 TETRAMERS (COMPLEX III) organism=Homo sapiens : H : LYS NZ A0120 <- 3.08 -> DG N7 E0003 : score 5.09155 : w : LYS NZ A0120 <- 6.07 -> DA N6 E0004 : score 2.036 : w : GLN NE2 A0136 <- 6.30 -> DG N7 E0002 : score 2.59 : w : ARG NH1 A0248 <- 5.59 -> DA N3 F0006 : score 2.497 : w : ARG NH1 A0248 <- 5.80 -> DG N2 E0008 : score 1.084 : w : ARG NH2 A0248 <- 5.55 -> DA N3 F0006 : score 1.61 : w : CYS SG A0277 <- 5.96 -> DT O4 F0009 : score 4.101 : H : ARG NH1 A0280 <- 2.74 -> DG O6 F0008 : score 6.2238 : H : ARG NH2 A0280 <- 2.96 -> DG N7 F0008 : score 6.23243 : x : SER xxxx A0121 <- 3.20 -> DG xxx E0002 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0276 <- 3.30 -> DT xxx F0009 : score x.xxxxx >2ahi_AB: title=STRUCTURAL BASIS OF DNA RECOGNITION BY P53 TETRAMERS (COMPLEX III) organism=Homo sapiens : H : LYS NZ A0120 <- 3.08 -> DG N7 E0003 : score 5.09155 : w : LYS NZ A0120 <- 6.07 -> DA N6 E0004 : score 2.036 : w : GLN NE2 A0136 <- 6.30 -> DG N7 E0002 : score 2.59 : H : ARG NH1 A0280 <- 2.74 -> DG O6 F0008 : score 6.2238 : H : ARG NH2 A0280 <- 2.96 -> DG N7 F0008 : score 6.23243 : w : ARG NH2 B0248 <- 5.33 -> DA N3 E0006 : score 1.61 : H : ARG NH1 B0280 <- 2.65 -> DG O6 E0008 : score 6.3345 : H : ARG NH2 B0280 <- 2.93 -> DG N7 E0008 : score 6.27106 : x : SER xxxx A0121 <- 3.20 -> DG xxx E0002 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0276 <- 3.30 -> DT xxx F0009 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0276 <- 3.44 -> DT xxx E0009 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0277 <- 3.75 -> DT xxx E0009 : score x.xxxxx >2ajq_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=STRUCTURE OF REPLICATIVE DNA POLYMERASE PROVIDES INSIGTS INTO THE MECHANISMS FOR PROCESSIVITY, FRAMESHIFTING AND EDITING organism=ENTEROBACTERIA PHAGE T7 : H : LYS NZ A0394 <- 3.17 -> DC O2 P0819 : score 2.74713 : w : LYS NZ A0394 <- 6.02 -> DG N3 P0818 : score 1.798 : w : LYS NZ A0394 <- 5.42 -> DC O2 T0859 : score 1.398 : w : ARG NH1 A0429 <- 6.08 -> DT O2 T0856 : score 1.824 : w : ASN ND2 A0436 <- 6.26 -> DG N3 T0857 : score 3.08 : w : HIS NE2 A0653 <- 6.04 -> DA N3 P0821 : score 3.29 : x : LYS xxxx A0268 <- 4.26 -> DG xxx T0864 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0439 <- 3.15 -> DC xxx P0820 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0615 <- 4.01 -> DA xxx T0855 : score x.xxxxx >2alz_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=TERNARY COMPLEX OF HPOLI WITH DNA AND DCTP organism=Homo sapiens : x : SER xxxx A0301 <- 4.43 -> DT xxx T0844 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0305 <- 3.89 -> DG xxx T0842 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0343 <- 4.33 -> DG xxx P0868 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0361 <- 4.47 -> DA xxx P0867 : score x.xxxxx >2aoq_A:Restriction_endonuclease-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF MUTH-UNMETHYLATED DNA COMPLEX organism=HAEMOPHILUS INFLUENZAE : H : LYS NZ A0048 <- 2.88 -> DT O2 C0007 : score 3.65972 : H : LYS NZ A0048 <- 2.55 -> DT O2 B0007 : score 3.90519 : H : SER OG A0065 <- 3.33 -> DA N3 C0003 : score 2.81381 : w : SER OG A0065 <- 5.76 -> DG N3 B0011 : score 2.37 : H : GLU OE1 A0091 <- 3.09 -> DC N4 C0008 : score 5.4322 : H : ARG NH2 A0129 <- 3.28 -> DA N7 C0009 : score 1.21692 : H : ARG NE A0184 <- 2.83 -> DG N7 B0005 : score 4.39781 : H : ARG NH2 A0184 <- 2.59 -> DG O6 B0005 : score 6.90926 : H : LYS NZ A0186 <- 3.11 -> DG N7 C0005 : score 5.05919 : H : LYS NZ A0186 <- 2.78 -> DG O6 C0005 : score 5.81033 : H : TYR OH A0212 <- 2.86 -> DA N6 C0006 : score 4.2522 : w : LYS NZ A0215 <- 6.23 -> DA N7 B0003 : score 1.7 : x : THR xxxx A0092 <- 4.17 -> DT xxx B0004 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0094 <- 3.65 -> DA xxx C0006 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0097 <- 3.66 -> DA xxx C0003 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0182 <- 4.41 -> DT xxx B0004 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0185 <- 3.93 -> DG xxx B0005 : score x.xxxxx >2aor_A:Restriction_endonuclease-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF MUTH-HEMIMETHYLATED DNA COMPLEX organism=Haemophilus influenzae : H : LYS NZ A0048 <- 2.65 -> DT O2 C0006 : score 3.83081 : H : LYS NZ A0048 <- 2.86 -> DT O2 D0018 : score 3.6746 : w : LYS NZ A0066 <- 5.74 -> DA N3 C0010 : score 1.7 : w : LYS NZ A0066 <- 5.54 -> DT O2 D0013 : score 0.459 : H : GLU OE1 A0091 <- 3.17 -> DC N4 D0019 : score 5.33993 : w : GLU OE1 A0091 <- 5.86 -> DG O6 C0003 : score 2.387 : w : GLU OE2 A0091 <- 5.61 -> DC N4 D0020 : score 3.453 : H : ARG NE A0184 <- 2.95 -> DG N7 C0004 : score 4.29163 : H : ARG NH2 A0184 <- 2.78 -> DG O6 C0004 : score 6.65729 : H : LYS NZ A0186 <- 2.90 -> DG N7 D0016 : score 5.28572 : H : LYS NZ A0186 <- 2.81 -> DG O6 D0016 : score 5.77561 : H : TYR OH A0212 <- 2.73 -> DA N6 D0017 : score 4.3641 : x : MET xxxx A0053 <- 4.19 -> DG xxx D0015 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0094 <- 3.58 -> DA xxx D0017 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0185 <- 3.72 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx >2aor_AB:Restriction_endonuclease-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF MUTH-HEMIMETHYLATED DNA COMPLEX organism=Haemophilus influenzae : H : LYS NZ A0048 <- 2.86 -> DT O2 D0018 : score 3.6746 : H : LYS NZ A0048 <- 2.65 -> DT O2 C0006 : score 3.83081 : w : LYS NZ A0066 <- 5.74 -> DA N3 C0010 : score 1.7 : w : LYS NZ A0066 <- 5.98 -> DG N2 C0011 : score 0.413 : H : GLU OE1 A0091 <- 3.17 -> DC N4 D0019 : score 5.33993 : w : GLU OE1 A0091 <- 5.86 -> DG O6 C0003 : score 2.387 : w : GLU OE2 A0091 <- 5.61 -> DC N4 D0020 : score 3.453 : H : ARG NE A0184 <- 2.95 -> DG N7 C0004 : score 4.29163 : H : ARG NH2 A0184 <- 2.78 -> DG O6 C0004 : score 6.65729 : H : LYS NZ A0186 <- 2.90 -> DG N7 D0016 : score 5.28572 : H : LYS NZ A0186 <- 2.81 -> DG O6 D0016 : score 5.77561 : H : TYR OH A0212 <- 2.73 -> DA N6 D0017 : score 4.3641 : H : LYS NZ B0048 <- 2.80 -> DT O2 D0006 : score 3.71923 : H : LYS NZ B0048 <- 2.78 -> DT O2 C0018 : score 3.73411 : H : GLU OE1 B0091 <- 3.13 -> DC N4 C0019 : score 5.38607 : w : GLU OE1 B0091 <- 5.93 -> DG O6 D0003 : score 2.387 : w : GLU OE2 B0091 <- 5.48 -> DC N4 C0020 : score 3.453 : H : ARG NE B0184 <- 2.92 -> DG N7 D0004 : score 4.31817 : H : ARG NH2 B0184 <- 2.86 -> DG O6 D0004 : score 6.5512 : H : LYS NZ B0186 <- 2.81 -> DG N7 C0016 : score 5.3828 : H : LYS NZ B0186 <- 2.61 -> DG O6 C0016 : score 6.00709 : H : TYR OH B0212 <- 2.94 -> DA N6 C0017 : score 4.18334 : x : MET xxxx A0053 <- 4.19 -> DG xxx D0015 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0094 <- 3.58 -> DA xxx D0017 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0185 <- 3.72 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : MET xxxx B0053 <- 3.47 -> DG xxx C0015 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0066 <- 3.13 -> DT xxx C0014 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0094 <- 3.72 -> DA xxx C0017 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0185 <- 3.70 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx >2aq4_A:DNA/RNA_polymerases; title=TERNARY COMPLEX OF THE CATALYTIC CORE OF REV1 WITH DNA AND DCTP. organism=Saccharomyces cerevisiae : x : SER xxxx A0329 <- 3.94 -> DT xxx T0006 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0626 <- 3.15 -> DT xxx T0006 : score x.xxxxx >2as5_N:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=STRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAINS OF NFAT AND FOXP2 BOUND SPECIFICALLY TO DNA. organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH1 N0421 <- 2.93 -> DG N7 A4005 : score 5.95888 : H : ARG NH2 N0421 <- 2.33 -> DG O6 A4005 : score 7.25406 : H : GLU OE1 N0427 <- 3.08 -> DC N4 B5019 : score 5.44373 : H : ARG NH1 N0430 <- 3.15 -> DG N7 A4004 : score 5.68969 : H : ARG NH2 N0430 <- 3.34 -> DG N7 A4004 : score 5.74311 : H : ARG NH2 N0430 <- 3.04 -> DG O6 A4004 : score 6.31249 : H : GLN OE1 N0571 <- 2.90 -> DA N6 A4006 : score 5.78451 : H : GLN NE2 N0571 <- 2.92 -> DA N7 A4006 : score 5.91356 : w : GLN OE1 N0571 <- 5.92 -> DT O4 B5017 : score 3.148 : x : TYR xxxx N0424 <- 3.30 -> DT xxx B5018 : score x.xxxxx : x : THR xxxx N0426 <- 4.17 -> DT xxx B5018 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx N0572 <- 3.36 -> DT xxx B5015 : score x.xxxxx >2asj_B:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=OXOG-MODIFIED PREINSERTION BINARY COMPLEX organism=Sulfolobus solfataricus : V : ILE CG2 B1295 <- 3.83 -> DT C7 H1808 : score 7.0666 : x : VAL xxxx B1032 <- 4.13 -> DC xxx J1907 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B1042 <- 3.59 -> DC xxx J1907 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B1332 <- 3.48 -> DT xxx J1908 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B1336 <- 3.73 -> DC xxx J1910 : score x.xxxxx >2asl_B:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=OXOG-MODIFIED POSTINSERTION BINARY COMPLEX organism=Sulfolobus solfataricus : x : SER xxxx B1297 <- 4.03 -> DT xxx H1808 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B1332 <- 4.49 -> DC xxx J1907 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B1336 <- 3.91 -> DA xxx J1909 : score x.xxxxx >2ata_D:p53-like_transcription_factors; title=STRUCTURAL BASIS OF DNA RECOGNITION BY P53 TETRAMERS (COMPLEX II) organism=Homo sapiens : w : ARG NH2 D0248 <- 5.32 -> DA N3 H0006 : score 1.61 : H : ARG NH1 D0280 <- 2.84 -> DG O6 H0008 : score 6.1008 : H : ARG NH2 D0280 <- 3.07 -> DG N7 H0008 : score 6.09078 : x : LYS xxxx D0120 <- 4.33 -> DA xxx G0002 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx D0276 <- 4.14 -> DG xxx H0008 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx D0277 <- 3.49 -> DC xxx H0009 : score x.xxxxx >2atl_B:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=UNMODIFIED INSERTION TERNARY COMPLEX organism=Sulfolobus solfataricus : x : SER xxxx B1297 <- 4.10 -> DT xxx H1808 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B1336 <- 4.44 -> DA xxx J1909 : score x.xxxxx >2au0_B:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=UNMODIFIED PREINSERTION BINARY COMPLEX organism=Sulfolobus solfataricus : x : ALA xxxx B1042 <- 3.87 -> DC xxx J1907 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B1189 <- 4.09 -> DT xxx H1811 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B1295 <- 3.33 -> DT xxx H1808 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B1332 <- 3.87 -> DT xxx J1908 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B1336 <- 4.00 -> DC xxx J1910 : score x.xxxxx >2axy_AC:Eukaryotic_type_KH-domain_KH-domain_type_I; title=CRYSTAL STRUCTURE OF KH1 DOMAIN OF HUMAN POLY(C)-BINDING PROTEIN-2 WITH C-RICH STRAND OF HUMAN TELOMERIC DNA organism=Homo sapiens : w : SER OG A0027 <- 6.36 -> DA N6 E0500 : score 2.203 : H : ARG NH1 A0040 <- 2.94 -> DC O2 E0502 : score 3.58892 : H : ARG NH2 A0040 <- 2.95 -> DC O2 E0502 : score 3.48578 : H : GLU OE1 A0051 <- 2.90 -> DC N4 E0503 : score 5.65133 : H : ARG NH1 A0057 <- 2.87 -> DC N3 E0501 : score 1.50934 : H : ARG NH2 A0057 <- 2.90 -> DC O2 E0501 : score 3.52172 >2axy_C:Eukaryotic_type_KH-domain_KH-domain_type_I; title=CRYSTAL STRUCTURE OF KH1 DOMAIN OF HUMAN POLY(C)-BINDING PROTEIN-2 WITH C-RICH STRAND OF HUMAN TELOMERIC DNA organism=Homo sapiens : H : ARG NH1 C0040 <- 2.90 -> DC O2 G0502 : score 3.61846 : H : ARG NH2 C0040 <- 2.83 -> DC O2 G0502 : score 3.57203 : w : ARG NE C0046 <- 5.12 -> DT O4 G0504 : score 1.131 : H : GLU OE2 C0051 <- 2.85 -> DC N4 G0503 : score 5.44373 : H : ARG NH1 C0057 <- 2.85 -> DC N3 G0501 : score 1.51546 : H : ARG NH2 C0057 <- 2.90 -> DC O2 G0501 : score 3.52172 >2ayb_AB:Viral_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF HPV6A E2 DNA BINDING DOMAIN BOUND TO A 16 BASE PAIR DNA TARGET organism=Human papillomavirus type 6a : H : LYS NZ A0297 <- 2.94 -> DG N7 C0012 : score 5.24257 : H : LYS NZ B0297 <- 3.01 -> DG N7 D0012 : score 5.16706 : V : TYR CZ A0301 <- 3.79 -> DT C7 C0014 : score 5.46594 : V : TYR CZ B0301 <- 3.85 -> DT C7 D0014 : score 5.38415 : x : ASN xxxx A0294 <- 3.46 -> DA xxx D0003 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0298 <- 3.63 -> DA xxx D0002 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0302 <- 3.33 -> DA xxx D0002 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0294 <- 3.42 -> DC xxx C0004 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0298 <- 3.72 -> DA xxx C0002 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0302 <- 3.49 -> DA xxx C0002 : score x.xxxxx >2ayb_B:Viral_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF HPV6A E2 DNA BINDING DOMAIN BOUND TO A 16 BASE PAIR DNA TARGET organism=Human papillomavirus type 6a : H : LYS NZ B0297 <- 3.01 -> DG N7 D0012 : score 5.16706 : V : TYR CZ B0301 <- 3.85 -> DT C7 D0014 : score 5.38415 : x : ASN xxxx B0294 <- 3.42 -> DC xxx C0004 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0298 <- 3.72 -> DA xxx C0002 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0302 <- 3.49 -> DA xxx C0002 : score x.xxxxx >2ayg_A:Viral_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF HPV6A E2 DNA BINDING DOMAIN BOUND TO AN 18 BASE PAIR DNA TARGET organism=Human papillomavirus type 6a : H : ASN OD1 A0294 <- 3.04 -> DC N4 D0005 : score 4.02647 : H : LYS NZ A0297 <- 2.68 -> DG N7 C0013 : score 5.52304 : H : LYS NZ A0297 <- 3.00 -> DG O6 C0014 : score 5.55569 : V : TYR CZ A0301 <- 3.85 -> DT C7 C0015 : score 5.38415 : x : CYS xxxx A0298 <- 3.90 -> DA xxx D0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0302 <- 2.98 -> DA xxx D0003 : score x.xxxxx >2ayg_AB:Viral_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF HPV6A E2 DNA BINDING DOMAIN BOUND TO AN 18 BASE PAIR DNA TARGET organism=Human papillomavirus type 6a : H : ASN OD1 A0294 <- 3.04 -> DC N4 D0005 : score 4.02647 : H : LYS NZ A0297 <- 2.68 -> DG N7 C0013 : score 5.52304 : H : LYS NZ A0297 <- 3.00 -> DG O6 C0014 : score 5.55569 : H : ASN OD1 B0294 <- 3.18 -> DC N4 C0005 : score 3.90805 : H : LYS NZ B0297 <- 2.95 -> DG N7 D0013 : score 5.23178 : H : LYS NZ B0297 <- 3.01 -> DG O6 D0014 : score 5.54412 : V : TYR CZ A0301 <- 3.85 -> DT C7 C0015 : score 5.38415 : x : CYS xxxx A0298 <- 3.90 -> DA xxx D0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0302 <- 2.98 -> DA xxx D0003 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0298 <- 3.85 -> DA xxx C0004 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0301 <- 3.38 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0302 <- 3.04 -> DA xxx C0003 : score x.xxxxx >2b0d_AB: title=ECORV RESTRICTION ENDONUCLEASE/GAATTC/CA2+ organism=Escherichia coli : H : ASN OD1 A0185 <- 2.90 -> DA N6 D0005 : score 5.80336 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.84 -> DA N7 D0005 : score 5.65949 : H : THR OG1 A0186 <- 3.36 -> DT O4 C0007 : score 3.48711 : H : THR OG1 A0186 <- 2.81 -> DT O4 C0008 : score 3.91907 : H : ASN OD1 B0185 <- 3.03 -> DA N6 C0005 : score 5.64939 : H : ASN ND2 B0185 <- 2.83 -> DA N7 C0005 : score 5.6709 : H : THR OG1 B0186 <- 2.99 -> DT O4 D0007 : score 3.7777 : H : THR OG1 B0186 <- 2.77 -> DT O4 D0008 : score 3.95048 : V : ASN CG A0188 <- 3.53 -> DT C7 C0008 : score 3.05469 : x : ASN xxxx A0070 <- 4.33 -> DA xxx C0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0106 <- 3.61 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 2.94 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0070 <- 3.29 -> DC xxx C0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 3.78 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.29 -> DC xxx D0009 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0188 <- 3.34 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >2b0d_B:Restriction_endonuclease-like; title=ECORV RESTRICTION ENDONUCLEASE/GAATTC/CA2+ organism=Escherichia coli : w : ASN ND2 B0070 <- 5.02 -> DC O2 C0009 : score 1.833 : H : ASN OD1 B0185 <- 3.03 -> DA N6 C0005 : score 5.64939 : H : ASN ND2 B0185 <- 2.83 -> DA N7 C0005 : score 5.6709 : H : THR OG1 B0186 <- 2.99 -> DT O4 D0007 : score 3.7777 : H : THR OG1 B0186 <- 2.77 -> DT O4 D0008 : score 3.95048 : x : THR xxxx B0106 <- 3.78 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0183 <- 3.29 -> DC xxx D0009 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0188 <- 3.34 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >2b0e_AB: title=ECORV RESTRICTION ENDONUCLEASE/GAAUTC/CA2+ organism=Escherichia coli : H : ASN OD1 A0185 <- 3.05 -> DA N6 D0005 : score 5.62571 : H : ASN ND2 A0185 <- 3.00 -> DA N7 D0005 : score 5.47692 : w : THR OG1 A0186 <- 5.59 -> DA N7 C0006 : score 2.089 : H : ASN ND2 B0070 <- 3.05 -> DC O2 C0009 : score 4.41385 : w : LYS NZ B0104 <- 5.13 -> DT O4 D0010 : score 1.845 : H : ASN OD1 B0185 <- 3.21 -> DA N6 C0005 : score 5.43621 : H : ASN ND2 B0185 <- 3.00 -> DA N7 C0005 : score 5.47692 : H : THR OG1 B0186 <- 2.51 -> DT O4 D0008 : score 4.15468 : V : ASN CG A0188 <- 3.60 -> DT C7 C0008 : score 3.00462 : V : SER CB B0183 <- 3.84 -> DT C7 D0008 : score 3.19948 : x : ASN xxxx A0070 <- 2.97 -> DC xxx D0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0106 <- 3.56 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.32 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 3.71 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0188 <- 3.45 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >2b0e_B:Restriction_endonuclease-like; title=ECORV RESTRICTION ENDONUCLEASE/GAAUTC/CA2+ organism=Escherichia coli : H : ASN ND2 B0070 <- 3.05 -> DC O2 C0009 : score 4.41385 : w : LYS NZ B0104 <- 5.13 -> DT O4 D0010 : score 1.845 : H : ASN OD1 B0185 <- 3.21 -> DA N6 C0005 : score 5.43621 : H : ASN ND2 B0185 <- 3.00 -> DA N7 C0005 : score 5.47692 : H : THR OG1 B0186 <- 2.51 -> DT O4 D0008 : score 4.15468 : V : SER CB B0183 <- 3.84 -> DT C7 D0008 : score 3.19948 : x : THR xxxx B0106 <- 3.71 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0188 <- 3.45 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >2bam_A:Restriction_endonuclease-like; title=RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI COMPLEX WITH DNA AND CALCIUM IONS (PRE- REACTIVE COMPLEX). organism=Bacillus amyloliquefaciens : H : ASN ND2 A0116 <- 2.98 -> DT O4 D0007 : score 5.06594 : H : ASN ND2 A0116 <- 2.89 -> DG O6 C0005 : score 5.52942 : H : ASP OD1 A0154 <- 2.95 -> DC N4 D0009 : score 5.11862 : w : ASP OD2 A0154 <- 5.64 -> DT O4 C0003 : score 2.829 : H : ARG NE A0155 <- 2.86 -> DG O6 C0004 : score 3.83673 : H : ARG NH2 A0155 <- 3.18 -> DG N7 C0004 : score 5.94914 : H : ASP OD2 A0196 <- 3.08 -> DG N2 D0005 : score 5.31424 : w : ASP OD2 A0196 <- 5.99 -> DC O2 C0009 : score 1.977 : x : ARG xxxx A0122 <- 4.11 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0153 <- 3.36 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0156 <- 4.20 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0198 <- 3.77 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx >2bam_AB: title=RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI COMPLEX WITH DNA AND CALCIUM IONS (PRE- REACTIVE COMPLEX). organism=Bacillus amyloliquefaciens : H : ASN ND2 A0116 <- 2.89 -> DG O6 C0005 : score 5.52942 : H : ASN ND2 A0116 <- 2.98 -> DT O4 D0007 : score 5.06594 : H : ASP OD1 A0154 <- 2.95 -> DC N4 D0009 : score 5.11862 : w : ASP OD2 A0154 <- 5.64 -> DT O4 C0003 : score 2.829 : H : ARG NE A0155 <- 2.86 -> DG O6 C0004 : score 3.83673 : H : ARG NH2 A0155 <- 3.18 -> DG N7 C0004 : score 5.94914 : H : ASP OD2 A0196 <- 3.08 -> DG N2 D0005 : score 5.31424 : H : ASN ND2 B0116 <- 2.48 -> DT O4 C0007 : score 5.59146 : H : ASN ND2 B0116 <- 2.94 -> DG O6 D0005 : score 5.47311 : w : ASN OD1 B0116 <- 6.48 -> DA N6 D0006 : score 2.759 : w : SER OG B0118 <- 5.93 -> DA N6 D0006 : score 2.203 : H : ASP OD1 B0154 <- 2.82 -> DC N4 C0009 : score 5.25582 : w : ASP OD1 B0154 <- 5.92 -> DA N6 C0010 : score 3.154 : w : ASP OD2 B0154 <- 5.53 -> DT O4 D0003 : score 2.829 : H : ARG NE B0155 <- 2.58 -> DG O6 D0004 : score 4.0542 : H : ARG NH2 B0155 <- 2.97 -> DG N7 D0004 : score 6.21955 : x : ARG xxxx A0122 <- 4.11 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0153 <- 3.36 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0156 <- 4.20 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0198 <- 3.77 -> DT xxx D0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0122 <- 3.71 -> DG xxx C0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0153 <- 3.44 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx >2bdp_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS DNA POLYMERASE I FRAGMENT COMPLEXED TO 9 BASE PAIRS OF DUPLEX DNA organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.98 -> DA N3 P0013 : score 2.51629 : w : LYS NZ A0582 <- 5.84 -> DT O2 T0030 : score 0.459 : w : LYS NZ A0582 <- 6.10 -> DC O2 T0031 : score 1.398 : w : THR OG1 A0586 <- 6.40 -> DC O2 T0031 : score 2.01 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.83 -> DC O2 P0016 : score 3.67015 : H : ARG NH2 A0615 <- 3.13 -> DC O2 P0016 : score 3.35641 : w : ARG NH1 A0615 <- 5.74 -> DC O2 T0028 : score 1.194 : w : ASN ND2 A0622 <- 6.06 -> DA N3 T0029 : score 1.912 : H : ASN ND2 A0625 <- 2.91 -> DT O2 P0014 : score 4.78969 : w : ASN ND2 A0625 <- 6.02 -> DT O2 T0030 : score 2.097 : w : ASN ND2 A0793 <- 6.28 -> DG N3 T0027 : score 3.08 : w : GLN NE2 A0797 <- 6.36 -> DG N3 T0027 : score 1.492 : x : ARG xxxx A0629 <- 2.96 -> DC xxx P0016 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.39 -> DG xxx T0027 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0829 <- 4.13 -> DG xxx P0015 : score x.xxxxx >2bgw_A:Restriction_endonuclease-like;RuvA_domain_2-like; title=XPF FROM AEROPYRUM PERNIX, COMPLEX WITH DNA organism=Aeropyrum pernix : H : ARG NH2 A0182 <- 2.68 -> DG O6 C0014 : score 6.78991 : x : ALA xxxx A0086 <- 3.82 -> DA xxx C0015 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0087 <- 3.89 -> DA xxx C0015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0123 <- 3.71 -> DA xxx C0015 : score x.xxxxx >2bgw_AB:Restriction_endonuclease-like;RuvA_domain_2-like; title=XPF FROM AEROPYRUM PERNIX, COMPLEX WITH DNA organism=Aeropyrum pernix : H : ARG NH2 A0182 <- 2.68 -> DG O6 C0014 : score 6.78991 : x : ALA xxxx A0086 <- 3.82 -> DA xxx C0015 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0087 <- 3.89 -> DA xxx C0015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0123 <- 3.71 -> DA xxx C0015 : score x.xxxxx >2bjc_A:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains; title=NMR STRUCTURE OF A PROTEIN-DNA COMPLEX OF AN ALTERED SPECIFICITY MUTANT OF THE LAC REPRESSOR HEADPIECE THAT MIMICS THE GAL REPRESSOR organism=ESCHERICHIA COLI : H : TYR OH A0007 <- 2.93 -> DC N4 D0113 : score 4.40673 : V : VAL CG2 A0017 <- 3.86 -> DT C7 D0114 : score 6.15448 : x : LEU xxxx A0006 <- 3.63 -> DC xxx D0113 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0016 <- 3.33 -> DG xxx C0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0018 <- 3.19 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0021 <- 3.24 -> DT xxx D0115 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0029 <- 3.75 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0053 <- 3.37 -> DG xxx D0112 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0056 <- 3.13 -> DC xxx C0011 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0057 <- 3.17 -> DC xxx D0113 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0060 <- 3.24 -> DG xxx C0010 : score x.xxxxx >2bjc_AB: title=NMR STRUCTURE OF A PROTEIN-DNA COMPLEX OF AN ALTERED SPECIFICITY MUTANT OF THE LAC REPRESSOR HEADPIECE THAT MIMICS THE GAL REPRESSOR organism=ESCHERICHIA COLI : H : TYR OH A0007 <- 2.93 -> DC N4 D0113 : score 4.40673 : H : TYR OH B0107 <- 2.90 -> DC N4 C0013 : score 4.43387 : V : VAL CG2 A0017 <- 3.86 -> DT C7 D0114 : score 6.15448 : V : VAL CG2 B0117 <- 3.84 -> DT C7 C0014 : score 6.18572 : x : LEU xxxx A0006 <- 3.63 -> DC xxx D0113 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0016 <- 3.33 -> DG xxx C0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0018 <- 3.19 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0021 <- 3.24 -> DT xxx D0115 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0029 <- 3.75 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0053 <- 3.37 -> DG xxx D0112 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0056 <- 3.13 -> DC xxx C0011 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0057 <- 3.17 -> DC xxx D0113 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0060 <- 3.24 -> DG xxx C0010 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0106 <- 3.56 -> DC xxx C0013 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0116 <- 3.38 -> DG xxx D0106 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0118 <- 3.11 -> DT xxx D0107 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0121 <- 3.23 -> DT xxx C0015 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0129 <- 3.80 -> DT xxx D0104 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0153 <- 3.40 -> DG xxx C0012 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0156 <- 3.32 -> DC xxx D0111 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0157 <- 3.12 -> DC xxx C0013 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0160 <- 3.35 -> DG xxx D0110 : score x.xxxxx >2bnw_BCD:Ribbon-helix-helix; title=STRUCTURAL BASIS FOR COOPERATIVE BINDING OF RIBBON-HELIX-HELIX OMEGA REPRESSOR TO DIRECT DNA HEPTAD REPEATS organism=STREPTOCOCCUS PYOGENES : H : THR OG1 B0029 <- 2.91 -> DC N4 E0005 : score 3.75025 : w : ARG NH2 B0031 <- 6.14 -> DG N7 F0031 : score 1.931 : H : THR OG1 C0029 <- 3.27 -> DG N7 F0024 : score 3.13383 : H : THR OG1 C0029 <- 2.63 -> DG O6 F0024 : score 4.31761 : H : ARG NE C0031 <- 2.88 -> DG N7 F0022 : score 4.35357 : H : ARG NH2 C0031 <- 2.76 -> DG O6 F0022 : score 6.68382 : H : THR OG1 D0029 <- 3.20 -> DC N4 E0012 : score 3.52785 : w : ARG NH1 D0031 <- 5.98 -> DA N6 E0010 : score 1.456 : x : ASP xxxx D0027 <- 4.27 -> DT xxx F0021 : score x.xxxxx >2bnw_C:Ribbon-helix-helix; title=STRUCTURAL BASIS FOR COOPERATIVE BINDING OF RIBBON-HELIX-HELIX OMEGA REPRESSOR TO DIRECT DNA HEPTAD REPEATS organism=STREPTOCOCCUS PYOGENES : H : THR OG1 C0029 <- 3.27 -> DG N7 F0024 : score 3.13383 : H : THR OG1 C0029 <- 2.63 -> DG O6 F0024 : score 4.31761 : H : ARG NE C0031 <- 2.88 -> DG N7 F0022 : score 4.35357 : H : ARG NH2 C0031 <- 2.76 -> DG O6 F0022 : score 6.68382 >2bnz_A:Ribbon-helix-helix; title=STRUCTURAL BASIS FOR COOPERATIVE BINDING OF RIBBON-HELIX-HELIX OMEGA REPRESSOR TO INVERTED DNA HEPTAD REPEATS organism=STREPTOCOCCUS PYOGENES : H : THR OG1 A0029 <- 2.89 -> DC N4 E0005 : score 3.76559 : w : ARG NH1 A0031 <- 5.53 -> DG N7 F0031 : score 1.777 >2bnz_ACD:Ribbon-helix-helix; title=STRUCTURAL BASIS FOR COOPERATIVE BINDING OF RIBBON-HELIX-HELIX OMEGA REPRESSOR TO INVERTED DNA HEPTAD REPEATS organism=STREPTOCOCCUS PYOGENES : H : THR OG1 A0029 <- 2.89 -> DC N4 E0005 : score 3.76559 : w : ARG NH1 A0031 <- 5.53 -> DG N7 F0031 : score 1.777 : H : THR OG1 C0029 <- 3.20 -> DC N4 F0024 : score 3.52785 : H : THR OG1 D0029 <- 3.14 -> DG N7 E0012 : score 3.22376 : H : THR OG1 D0029 <- 2.69 -> DG O6 E0012 : score 4.26751 : H : ARG NE D0031 <- 2.83 -> DG N7 E0010 : score 4.39781 : H : ARG NH2 D0031 <- 2.89 -> DG O6 E0010 : score 6.51142 : x : ARG xxxx C0031 <- 3.32 -> DT xxx F0023 : score x.xxxxx >2bop_A:Viral_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE AT 1.7 ANGSTROMS OF THE BOVINE PAPILLOMAVIRUS-1 E2 DNA-BINDING DOMAIN BOUND TO ITS DNA TARGET organism=Bovine papillomavirus type 1 : w : ASN OD1 A0336 <- 6.14 -> DC N4 B0012 : score 2.813 : H : LYS NZ A0339 <- 2.89 -> DG N7 B0013 : score 5.2965 : H : LYS NZ A0339 <- 2.95 -> DG O6 B0014 : score 5.61356 : w : LYS NZ A0339 <- 5.86 -> DG N7 B0014 : score 2.357 : x : CYS xxxx A0340 <- 3.55 -> DG xxx B0014 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0343 <- 3.53 -> DT xxx B0015 : score x.xxxxx >2bpf_A:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=STRUCTURES OF TERNARY COMPLEXES OF RAT DNA POLYMERASE BETA, A DNA TEMPLATE-PRIMER, AND DDCTP organism=Rattus norvegicus : H : TYR OH A0271 <- 2.82 -> DC O2 P0007 : score 3.1042 : x : LYS xxxx A0234 <- 2.95 -> DC xxx T0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0279 <- 3.95 -> DG xxx T0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0283 <- 2.78 -> DG xxx T0004 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0295 <- 4.15 -> DG xxx T0005 : score x.xxxxx >2bpg_B:Nucleotidyltransferase;DNA_polymerase_beta,_N-terminal_domain-like;PsbU/PolX_domain-like; title=STRUCTURES OF TERNARY COMPLEXES OF RAT DNA POLYMERASE BETA, A DNA TEMPLATE-PRIMER, AND DDCTP organism=Rattus norvegicus : H : LYS NZ B0234 <- 2.78 -> DC O2 C0007 : score 2.97853 : H : TYR OH B0271 <- 2.86 -> DC O2 D0007 : score 3.07927 : x : LYS xxxx B0280 <- 4.24 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0283 <- 3.65 -> DG xxx C0004 : score x.xxxxx >2bq3_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=DNA ADDUCT BYPASS POLYMERIZATION BY SULFOLOBUS SOLFATARICUS DPO4. ANALYSIS AND CRYSTAL STRUCTURES OF MULTIPLE BASE-PAIR SUBSTITUTION AND FRAMESHIFT PRODUCTS WITH THE ADDUCT 1,N2-ETHENOGUANINE organism=SULFOLOBUS SOLFATARICUS : w : TYR OH A0012 <- 5.83 -> DA N3 P0014 : score 1.413 : x : VAL xxxx A0032 <- 3.99 -> DT xxx T0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0042 <- 3.91 -> DT xxx T0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0044 <- 4.21 -> DA xxx P0014 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0057 <- 3.58 -> DA xxx P0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0332 <- 4.09 -> DT xxx T0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0336 <- 4.04 -> DA xxx T0007 : score x.xxxxx >2bqu_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=DNA ADDUCT BYPASS POLYMERIZATION BY SULFOLOBUS SOLFATARICUS DPO4. ANALYSIS AND CRYSTAL STRUCTURES OF MULTIPLE BASE-PAIR SUBSTITUTION AND FRAMESHIFT PRODUCTS WITH THE ADDUCT 1,N2-ETHENOGUANINE organism=SULFOLOBUS SOLFATARICUS : V : ALA CB A0042 <- 3.64 -> DT C7 T0004 : score 5.82613 : x : VAL xxxx A0032 <- 4.00 -> DT xxx T0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0336 <- 4.11 -> DA xxx T0007 : score x.xxxxx >2bsq_E:Ribbon-helix-helix; title=FITAB BOUND TO DNA organism=NEISSERIA GONORRHOEAE : H : ARG NH1 E0007 <- 3.24 -> DG N7 I0026 : score 5.57957 : H : ARG NH2 E0007 <- 3.05 -> DG N7 I0026 : score 6.11654 : H : ARG NH2 E0007 <- 2.32 -> DG O6 I0026 : score 7.26732 : V : VAL CG2 E0005 <- 3.52 -> DT C7 I0028 : score 6.68558 : x : SER xxxx E0003 <- 3.78 -> DT xxx I0028 : score x.xxxxx >2bsq_EFGH:PIN_domain-like;Ribbon-helix-helix; title=FITAB BOUND TO DNA organism=NEISSERIA GONORRHOEAE : H : ARG NH1 E0007 <- 3.24 -> DG N7 I0026 : score 5.57957 : H : ARG NH2 E0007 <- 3.05 -> DG N7 I0026 : score 6.11654 : H : ARG NH2 E0007 <- 2.32 -> DG O6 I0026 : score 7.26732 : H : ARG NH1 F0007 <- 2.88 -> DG O6 I0006 : score 6.0516 : H : ARG NH2 F0007 <- 2.61 -> DG N7 I0006 : score 6.68312 : H : ARG NH1 G0007 <- 2.64 -> DG O6 J0062 : score 6.3468 : H : ARG NH2 G0007 <- 2.66 -> DG N7 J0062 : score 6.61874 : H : ARG NH1 H0007 <- 2.96 -> DG O6 J0042 : score 5.9532 : H : ARG NH2 H0007 <- 2.75 -> DG N7 J0042 : score 6.50285 : V : VAL CG2 F0005 <- 3.80 -> DT C7 I0008 : score 6.24821 : V : VAL CG2 E0005 <- 3.52 -> DT C7 I0028 : score 6.68558 : x : SER xxxx E0003 <- 3.78 -> DT xxx I0028 : score x.xxxxx : x : SER xxxx F0003 <- 3.66 -> DT xxx I0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx G0003 <- 3.22 -> DT xxx J0064 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx G0005 <- 3.83 -> DA xxx J0063 : score x.xxxxx : x : SER xxxx H0003 <- 4.41 -> DT xxx J0044 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx H0005 <- 3.69 -> DT xxx J0044 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx H0029 <- 4.28 -> DT xxx I0025 : score x.xxxxx >2c22_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=EFFICIENT AND HIGH FIDELITY INCORPORATION OF DCTP OPPOSITE 7,8- DIHYDRO-8-OXODEOXYGUANOSINE BY SULFOLOBUS SOLFATARICUS DNA POLYMERASE DPO4 organism=SULFOLOBUS SOLFATARICUS : x : ARG xxxx A0336 <- 3.80 -> DA xxx T0007 : score x.xxxxx >2c2d_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=EFFICIENT AND HIGH FIDELITY INCORPORATION OF DCTP OPPOSITE 7,8- DIHYDRO-8-OXODEOXYGUANOSINE BY SULFOLOBUS SOLFATARICUS DNA POLYMERASE DPO4 organism=SULFOLOBUS SOLFATARICUS : x : SER xxxx A0244 <- 4.02 -> DT xxx T0009 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0295 <- 3.95 -> DA xxx P0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0336 <- 3.91 -> DT xxx T0009 : score x.xxxxx >2c2e_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=EFFICIENT AND HIGH FIDELITY INCORPORATION OF DCTP OPPOSITE 7,8- DIHYDRO-8-OXODEOXYGUANOSINE BY SULFOLOBUS SOLFATARICUS DNA POLYMERASE DPO4 organism=SULFOLOBUS SOLFATARICUS : w : ARG NH2 A0332 <- 6.20 -> DG O6 T0006 : score 2.55 : x : PRO xxxx A0060 <- 3.65 -> DC xxx T0004 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0244 <- 4.31 -> DT xxx T0009 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0295 <- 3.44 -> DT xxx P0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0336 <- 3.92 -> DA xxx T0008 : score x.xxxxx >2c2r_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=EFFICIENT AND HIGH FIDELITY INCORPORATION OF DCTP OPPOSITE 7,8- DIHYDRO-8-OXODEOXYGUANOSINE BY SULFOLOBUS SOLFATARICUS DNA POLYMERASE DPO4 organism=SULFOLOBUS SOLFATARICUS : w : LYS NZ A0339 <- 6.00 -> DA N7 P0007 : score 1.7 : x : SER xxxx A0244 <- 3.82 -> DT xxx T0009 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0285 <- 4.22 -> DG xxx P0008 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0295 <- 3.26 -> DA xxx P0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0336 <- 3.96 -> DA xxx T0008 : score x.xxxxx >2c62_AB:ssDNA-binding_transcriptional_regulator_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN TRANSCRIPTION COFACTOR PC4 IN COMPLEX WITH SINGLE-STRANDED DNA organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NE A0075 <- 3.36 -> DT O2 C0008 : score 2.25188 : H : ARG NE A0086 <- 2.99 -> DT O2 C0007 : score 2.43953 : H : LYS NZ A0097 <- 3.01 -> DT O2 C0006 : score 3.56302 : H : ARG NH1 B0075 <- 2.69 -> DT O2 C0019 : score 4.47584 : H : ARG NH2 B0075 <- 2.85 -> DT O2 C0019 : score 4.31412 : H : LYS NZ B0080 <- 2.85 -> DG O6 C0020 : score 5.72931 : H : ARG NE B0086 <- 3.00 -> DT O2 C0018 : score 2.43446 : w : ASP OD2 B0091 <- 5.72 -> DT N3 C0017 : score 2.424 : w : LYS NZ B0097 <- 6.34 -> DT O2 C0017 : score 0.459 : H : ASN ND2 B0106 <- 3.08 -> DG N3 C0020 : score 4.5663 : x : PHE xxxx A0077 <- 3.34 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0080 <- 3.50 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0082 <- 4.27 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0084 <- 2.46 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx A0089 <- 3.28 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0098 <- 3.52 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0100 <- 3.72 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0104 <- 4.02 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0077 <- 3.29 -> DT xxx C0019 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0084 <- 3.29 -> DT xxx C0018 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0088 <- 4.14 -> DT xxx C0018 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx B0089 <- 3.36 -> DT xxx C0016 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0098 <- 3.92 -> DT xxx C0018 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0100 <- 3.95 -> DT xxx C0016 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0101 <- 4.48 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0104 <- 3.84 -> DT xxx C0018 : score x.xxxxx >2c62_B:ssDNA-binding_transcriptional_regulator_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN TRANSCRIPTION COFACTOR PC4 IN COMPLEX WITH SINGLE-STRANDED DNA organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH1 B0075 <- 2.69 -> DT O2 C0019 : score 4.47584 : H : ARG NH2 B0075 <- 2.85 -> DT O2 C0019 : score 4.31412 : H : LYS NZ B0080 <- 2.85 -> DG O6 C0020 : score 5.72931 : H : ARG NE B0086 <- 3.00 -> DT O2 C0018 : score 2.43446 : w : ASP OD2 B0091 <- 5.72 -> DT N3 C0017 : score 2.424 : w : LYS NZ B0097 <- 6.34 -> DT O2 C0017 : score 0.459 : H : ASN ND2 B0106 <- 3.08 -> DG N3 C0020 : score 4.5663 : x : PHE xxxx B0077 <- 3.29 -> DT xxx C0019 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0084 <- 3.29 -> DT xxx C0018 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0088 <- 4.14 -> DT xxx C0018 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx B0089 <- 3.36 -> DT xxx C0016 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0098 <- 3.92 -> DT xxx C0018 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0100 <- 3.95 -> DT xxx C0016 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0101 <- 4.48 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0104 <- 3.84 -> DT xxx C0018 : score x.xxxxx >2c6y_A:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF INTERLEUKIN ENHANCER-BINDING FACTOR 1 BOUND TO DNA organism=HOMO SAPIENS : w : SER OG A0050 <- 6.12 -> DA N7 C0007 : score 2.337 : w : ARG NH2 A0052 <- 5.36 -> DG O6 D0008 : score 2.55 : H : HIS NE2 A0053 <- 2.82 -> DT O4 D0011 : score 5.70657 : H : LYS NZ A0073 <- 3.29 -> DA N3 C0014 : score 2.35445 : w : ARG NH1 A0098 <- 5.61 -> DT O2 C0003 : score 1.824 : V : LEU CD1 A0057 <- 3.76 -> DT C7 D0011 : score 5.6674 : x : ASN xxxx A0049 <- 2.93 -> DA xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0056 <- 3.48 -> DT xxx D0009 : score x.xxxxx >2c6y_AB:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF INTERLEUKIN ENHANCER-BINDING FACTOR 1 BOUND TO DNA organism=HOMO SAPIENS : w : SER OG A0050 <- 6.12 -> DA N7 C0007 : score 2.337 : w : ARG NH2 A0052 <- 5.36 -> DG O6 D0008 : score 2.55 : H : HIS NE2 A0053 <- 2.82 -> DT O4 D0011 : score 5.70657 : H : LYS NZ A0073 <- 3.29 -> DA N3 C0014 : score 2.35445 : w : ARG NH1 A0098 <- 5.61 -> DT O2 C0003 : score 1.824 : w : LYS NZ B0045 <- 5.90 -> DT O4 D0002 : score 1.845 : H : ARG NE B0052 <- 2.80 -> DG N7 D0003 : score 4.42436 : H : ARG NH1 B0052 <- 3.16 -> DG O6 D0003 : score 5.7072 : w : HIS ND1 B0053 <- 5.81 -> DA N7 C0012 : score 2.598 : V : LEU CD1 A0057 <- 3.76 -> DT C7 D0011 : score 5.6674 : x : ASN xxxx A0049 <- 2.93 -> DA xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0056 <- 3.48 -> DT xxx D0009 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0049 <- 4.18 -> DT xxx C0013 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0056 <- 3.50 -> DT xxx D0004 : score x.xxxxx >2c7a_A:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=STRUCTURE OF THE PROGESTERONE RECEPTOR-DNA COMPLEX organism=HOMO SAPIENS : H : LYS NZ A0588 <- 2.56 -> DG N7 C0004 : score 5.65248 : H : ARG NH1 A0593 <- 2.97 -> DG N7 D0013 : score 5.90994 : H : ARG NH2 A0593 <- 2.86 -> DG O6 D0013 : score 6.5512 : H : ARG NE A0637 <- 3.16 -> DC O2 C0002 : score 2.64599 : H : ARG NH2 A0637 <- 3.02 -> DC O2 C0002 : score 3.43547 : x : VAL xxxx A0589 <- 3.40 -> DT xxx D0014 : score x.xxxxx >2c7a_AB:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=STRUCTURE OF THE PROGESTERONE RECEPTOR-DNA COMPLEX organism=HOMO SAPIENS : H : LYS NZ A0588 <- 2.56 -> DG N7 C0004 : score 5.65248 : H : ARG NH1 A0593 <- 2.97 -> DG N7 D0013 : score 5.90994 : H : ARG NH2 A0593 <- 2.86 -> DG O6 D0013 : score 6.5512 : H : ARG NE A0637 <- 3.16 -> DC O2 C0002 : score 2.64599 : H : ARG NH2 A0637 <- 3.02 -> DC O2 C0002 : score 3.43547 : H : LYS NZ B0588 <- 2.60 -> DG N7 D0004 : score 5.60933 : H : ARG NH1 B0593 <- 2.82 -> DG N7 C0013 : score 6.09348 : H : ARG NH2 B0593 <- 2.72 -> DG O6 C0013 : score 6.73686 : x : VAL xxxx A0589 <- 3.40 -> DT xxx D0014 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0589 <- 3.20 -> DT xxx C0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0637 <- 3.28 -> DC xxx D0002 : score x.xxxxx >2c7o_A:S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=HHAI DNA METHYLTRANSFERASE COMPLEX WITH 13MER OLIGONUCLEOTIDE CONTAINING 2-AMINOPURINE ADJACENT TO THE TARGET BASE (PCGC:GMGC) AND SAH organism=HAEMOPHILUS HAEMOLYTICUS : H : GLU OE1 A0119 <- 2.83 -> DC N4 D0427 : score 5.73207 : H : ARG NH2 A0163 <- 2.96 -> DC O2 D0427 : score 3.47859 : H : ARG NE A0165 <- 2.76 -> DC O2 D0427 : score 2.87409 : H : ARG NH2 A0165 <- 2.87 -> DC O2 D0427 : score 3.54328 : H : GLN OE1 A0237 <- 2.91 -> DG N2 C0408 : score 5.3464 : w : LYS NZ A0261 <- 5.42 -> DT O4 C0405 : score 1.845 : V : ALA CB A0260 <- 3.61 -> DT C7 C0405 : score 5.86815 : x : CYS xxxx A0081 <- 2.80 -> DC xxx D0427 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0086 <- 3.66 -> DG xxx C0411 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0087 <- 3.26 -> DG xxx D0428 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0120 <- 4.42 -> DC xxx D0427 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0121 <- 3.96 -> DC xxx D0427 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0240 <- 3.28 -> DA xxx D0425 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0252 <- 4.49 -> DG xxx D0428 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0254 <- 4.34 -> DC xxx D0429 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0304 <- 3.53 -> DC xxx D0427 : score x.xxxxx >2c7p_A:S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=HHAI DNA METHYLTRANSFERASE COMPLEX WITH OLIGONUCLEOTIDE CONTAINING 2- AMINOPURINE OPPOSITE TO THE TARGET BASE (GCGC:GMPC) AND SAH organism=HAEMOPHILUS HAEMOLYTICUS : H : GLU OE1 A0119 <- 2.81 -> DC N4 D0427 : score 5.75513 : H : ARG NH2 A0163 <- 2.85 -> DC O2 D0427 : score 3.55765 : H : ARG NE A0165 <- 2.86 -> DC O2 D0427 : score 2.81707 : H : ARG NH2 A0165 <- 2.93 -> DC O2 D0427 : score 3.50016 : w : ARG NH2 A0228 <- 5.73 -> DA N7 D0425 : score 1.743 : H : ARG NH1 A0240 <- 2.84 -> DG N7 D0426 : score 6.06901 : H : ARG NH2 A0240 <- 2.88 -> DG O6 D0426 : score 6.52468 : w : LYS NZ A0261 <- 5.68 -> DT O4 C0405 : score 1.845 : V : ALA CB A0260 <- 3.61 -> DT C7 C0405 : score 5.86815 : x : CYS xxxx A0081 <- 2.90 -> DC xxx D0427 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0086 <- 3.12 -> DT xxx C0410 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0087 <- 3.29 -> DG xxx D0428 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0120 <- 4.46 -> DC xxx D0427 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0121 <- 4.22 -> DC xxx D0427 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0237 <- 3.38 -> DG xxx D0426 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0252 <- 4.44 -> DG xxx D0428 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0254 <- 4.30 -> DC xxx D0429 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0304 <- 3.62 -> DC xxx D0427 : score x.xxxxx >2c7q_A:S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=HHAI DNA METHYLTRANSFERASE COMPLEX WITH OLIGONUCLEOTIDE CONTAINING 2- AMINOPURINE OUTSIDE THE RECOGNITION SEQUENCE (PAIRED WITH G) AND SAH organism=HAEMOPHILUS HAEMOLYTICUS : H : GLU OE1 A0119 <- 2.88 -> DC N4 D0427 : score 5.6744 : H : ARG NH2 A0163 <- 3.08 -> DC O2 D0427 : score 3.39235 : H : ARG NE A0165 <- 2.70 -> DC O2 D0427 : score 2.90831 : H : ARG NH2 A0165 <- 2.84 -> DC O2 D0427 : score 3.56484 : H : GLN OE1 A0237 <- 3.01 -> DG N2 C0408 : score 5.23707 : H : ARG NH1 A0240 <- 2.93 -> DG N7 D0426 : score 5.95888 : H : ARG NH2 A0240 <- 2.93 -> DG O6 D0426 : score 6.45837 : w : LYS NZ A0261 <- 5.91 -> DG O6 C0405 : score 2.896 : x : ASP xxxx A0042 <- 4.44 -> DT xxx C0401 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0043 <- 3.05 -> DT xxx C0401 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0081 <- 2.67 -> DC xxx D0427 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0086 <- 3.44 -> DT xxx C0410 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0087 <- 3.18 -> DG xxx D0428 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0120 <- 4.27 -> DC xxx D0427 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0121 <- 4.06 -> DC xxx D0427 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0228 <- 4.44 -> DA xxx D0425 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0254 <- 4.36 -> DC xxx D0429 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0304 <- 3.34 -> DC xxx D0427 : score x.xxxxx >2c7r_A:S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=HHAI DNA METHYLTRANSFERASE (T250G MUTANT) COMPLEX WITH OLIGONUCLEOTIDE CONTAINING 2-AMINOPURINE AS A TARGET BASE (GPGC:GMGC) AND SAH organism=HAEMOPHILUS HAEMOLYTICUS : H : GLN OE1 A0237 <- 2.81 -> DG N2 C0408 : score 5.45573 : H : ARG NH1 A0240 <- 2.93 -> DG N7 D0426 : score 5.95888 : H : ARG NH2 A0240 <- 2.83 -> DG O6 D0426 : score 6.59098 : w : LYS NZ A0261 <- 5.35 -> DT O4 C0405 : score 1.845 : V : ALA CB A0260 <- 3.54 -> DT C7 C0405 : score 5.96618 : x : ILE xxxx A0086 <- 3.14 -> DT xxx C0410 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0087 <- 3.44 -> DG xxx D0426 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0252 <- 4.13 -> DG xxx D0428 : score x.xxxxx >2c9l_YZ:Leucine_zipper_domain; title=STRUCTURE OF THE EPSTEIN-BARR VIRUS ZEBRA PROTEIN organism=HUMAN HERPESVIRUS 4 : H : ASN OD1 Y0182 <- 2.83 -> DC N4 A0012 : score 4.20411 : H : ASN ND2 Y0182 <- 2.80 -> DT O4 B0108 : score 5.25513 : w : ASN ND2 Y0182 <- 6.38 -> DA N6 B0107 : score 2.759 : H : ASN OD1 Z0182 <- 2.65 -> DC N4 B0113 : score 4.35637 : H : ASN ND2 Z0182 <- 2.90 -> DT O4 A0007 : score 5.15003 : H : ARG NH1 Z0190 <- 2.95 -> DG N7 B0111 : score 5.93441 : H : ARG NH2 Z0190 <- 2.41 -> DG O6 B0111 : score 7.14797 : V : ALA CB Z0186 <- 3.54 -> DT C7 B0112 : score 5.96618 : V : ALA CB Y0186 <- 3.68 -> DT C7 A0011 : score 5.77011 : x : ALA xxxx Y0185 <- 3.96 -> DT xxx B0108 : score x.xxxxx : x : SER xxxx Y0189 <- 4.17 -> DT xxx B0108 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx Y0190 <- 4.05 -> DA xxx A0009 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx Z0185 <- 4.08 -> DT xxx A0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx Z0189 <- 4.10 -> DT xxx A0007 : score x.xxxxx >2c9l_Z:Leucine_zipper_domain; title=STRUCTURE OF THE EPSTEIN-BARR VIRUS ZEBRA PROTEIN organism=HUMAN HERPESVIRUS 4 : H : ASN OD1 Z0182 <- 2.65 -> DC N4 B0113 : score 4.35637 : H : ASN ND2 Z0182 <- 2.90 -> DT O4 A0007 : score 5.15003 : H : ARG NH1 Z0190 <- 2.95 -> DG N7 B0111 : score 5.93441 : H : ARG NH2 Z0190 <- 2.41 -> DG O6 B0111 : score 7.14797 : V : ALA CB Z0186 <- 3.54 -> DT C7 B0112 : score 5.96618 : x : ALA xxxx Z0185 <- 4.08 -> DT xxx A0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx Z0189 <- 4.10 -> DT xxx A0007 : score x.xxxxx >2c9n_Y:Leucine_zipper_domain; title=STRUCTURE OF THE EPSTEIN-BARR VIRUS ZEBRA PROTEIN AT APPROXIMATELY 3. 5 ANGSTROM RESOLUTION organism=HUMAN HERPESVIRUS 4 : H : SER OG Y0186 <- 3.17 -> DT O4 A0011 : score 3.21132 : x : ASN xxxx Y0182 <- 2.78 -> DC xxx A0012 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx Y0185 <- 3.94 -> DT xxx B0108 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx Y0189 <- 4.20 -> DT xxx B0108 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx Y0190 <- 3.73 -> DA xxx A0009 : score x.xxxxx >2c9n_YZ:Leucine_zipper_domain; title=STRUCTURE OF THE EPSTEIN-BARR VIRUS ZEBRA PROTEIN AT APPROXIMATELY 3. 5 ANGSTROM RESOLUTION organism=HUMAN HERPESVIRUS 4 : H : SER OG Y0186 <- 3.17 -> DT O4 A0011 : score 3.21132 : H : ASN OD1 Z0182 <- 2.48 -> DC N4 B0113 : score 4.50017 : H : ASN ND2 Z0182 <- 2.72 -> DT O4 A0007 : score 5.33921 : H : SER OG Z0186 <- 3.00 -> DT O4 B0112 : score 3.32923 : H : ARG NH1 Z0190 <- 2.89 -> DG N7 B0111 : score 6.00783 : H : ARG NH2 Z0190 <- 2.21 -> DG O6 B0111 : score 7.4132 : V : ALA CB Z0185 <- 3.77 -> DT C7 A0007 : score 5.64407 : x : ASN xxxx Y0182 <- 2.78 -> DC xxx A0012 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx Y0185 <- 3.94 -> DT xxx B0108 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx Y0189 <- 4.20 -> DT xxx B0108 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx Y0190 <- 3.73 -> DA xxx A0009 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx Z0189 <- 4.12 -> DT xxx A0007 : score x.xxxxx >2cax_CD:Ribbon-helix-helix; title=STRUCTURAL BASIS FOR COOPERATIVE BINDING OF RIBBON-HELIX-HELIX REPRESSOR OMEGA TO MUTATED DIRECT DNA HEPTAD REPEATS organism=STREPTOCOCCUS PYOGENES : H : THR OG1 C0029 <- 3.09 -> DG N7 Y0026 : score 3.25835 : H : THR OG1 C0029 <- 2.80 -> DG O6 Y0026 : score 4.17564 : H : ARG NE C0031 <- 2.80 -> DG N7 Y0024 : score 4.42436 : H : ARG NH2 C0031 <- 2.59 -> DG O6 Y0024 : score 6.90926 : x : ASP xxxx D0027 <- 4.32 -> DT xxx Y0023 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0029 <- 3.46 -> DC xxx U0012 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0031 <- 3.45 -> DT xxx U0011 : score x.xxxxx >2cax_D:Ribbon-helix-helix; title=STRUCTURAL BASIS FOR COOPERATIVE BINDING OF RIBBON-HELIX-HELIX REPRESSOR OMEGA TO MUTATED DIRECT DNA HEPTAD REPEATS organism=STREPTOCOCCUS PYOGENES : w : ARG NH1 D0031 <- 6.31 -> DG N7 Y0026 : score 1.777 : x : ASP xxxx D0027 <- 4.32 -> DT xxx Y0023 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0029 <- 3.46 -> DC xxx U0012 : score x.xxxxx >2ccz_AB:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI PRIMOSOMOL PROTEIN PRIB BOUND TO SSDNA organism=ESCHERICHIA COLI : w : ARG NE A0013 <- 6.31 -> DT O2 C0008 : score 0.438 : V : TRP CB B0047 <- 3.51 -> DT C7 C0003 : score 5.7101 : V : TRP CD1 A0047 <- 3.61 -> DT C7 C0013 : score 7.81059 : x : LEU xxxx A0016 <- 4.49 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0018 <- 3.48 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0020 <- 4.45 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0021 <- 3.94 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0022 <- 4.21 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0032 <- 2.85 -> DT xxx C0012 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0034 <- 2.70 -> DT xxx C0013 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0049 <- 4.13 -> DT xxx C0012 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0085 <- 3.84 -> DT xxx C0005 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0089 <- 4.36 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0034 <- 3.72 -> DT xxx C0003 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0082 <- 4.50 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0087 <- 3.76 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx >2ccz_B:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI PRIMOSOMOL PROTEIN PRIB BOUND TO SSDNA organism=ESCHERICHIA COLI : V : TRP CB B0047 <- 3.51 -> DT C7 C0003 : score 5.7101 : x : ARG xxxx B0034 <- 3.72 -> DT xxx C0003 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0082 <- 4.50 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0087 <- 3.76 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx >2cdm_A:Origin_of_replication-binding_domain,_RBD-like; title=THE STRUCTURE OF TRWC COMPLEXED WITH A 27-MER DNA COMPRISING THE RECOGNITION HAIRPIN AND THE CLEAVAGE SITE organism=? : w : SER OG A0003 <- 6.44 -> DT O2 B0025 : score 1.724 : H : HIS NE2 A0004 <- 3.00 -> DA N3 B0019 : score 4.04923 : H : ARG NH1 A0075 <- 2.96 -> DA N3 B0005 : score 3.52699 : H : ARG NH1 A0081 <- 2.79 -> DG O6 B0017 : score 6.1623 : H : ARG NH2 A0081 <- 2.86 -> DG N7 B0017 : score 6.3612 : w : SER OG A0089 <- 5.55 -> DT O2 B0025 : score 1.724 : H : ARG NH1 A0128 <- 3.28 -> DG N7 B0015 : score 5.53063 : H : ARG NH2 A0128 <- 2.89 -> DG O6 B0003 : score 6.51142 : H : ARG NH2 A0128 <- 2.44 -> DG O6 B0015 : score 7.10818 : H : LYS NZ A0130 <- 2.71 -> DG N7 B0013 : score 5.49067 : H : GLN NE2 A0159 <- 2.72 -> DT O2 B0023 : score 4.33754 : H : ASN OD1 A0182 <- 2.93 -> DT N3 B0018 : score 3.71244 : H : ASN ND2 A0182 <- 3.11 -> DT O4 B0018 : score 4.92931 : H : LYS NZ A0262 <- 3.08 -> DG O6 B0022 : score 5.4631 : V : LEU CD2 A0255 <- 3.67 -> DT C7 B0020 : score 5.98638 : x : MET xxxx A0001 <- 3.09 -> DT xxx B0021 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0002 <- 3.97 -> DT xxx B0021 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0005 <- 3.39 -> DA xxx B0026 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0006 <- 3.30 -> DT xxx B0018 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0014 <- 4.08 -> DA xxx B0026 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0073 <- 3.41 -> DC xxx B0007 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0085 <- 4.48 -> DA xxx B0026 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0087 <- 4.06 -> DA xxx B0026 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0091 <- 4.11 -> DT xxx B0023 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0183 <- 2.92 -> DG xxx B0017 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0186 <- 3.65 -> DT xxx B0018 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0187 <- 3.74 -> DT xxx B0018 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0189 <- 3.94 -> DT xxx B0021 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0190 <- 3.55 -> DT xxx B0021 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0216 <- 4.30 -> DT xxx B0021 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0218 <- 2.73 -> DT xxx B0021 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0236 <- 3.28 -> DC xxx B0024 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0239 <- 4.48 -> DC xxx B0024 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0259 <- 3.98 -> DT xxx B0020 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0266 <- 4.06 -> DT xxx B0025 : score x.xxxxx >2cgp_A:cAMP-binding_domain-like;"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN/DNA COMPLEX, ADENOSINE-3',5'-CYCLIC- MONOPHOSPHATE organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH2 A0180 <- 2.92 -> DG O6 C0540 : score 6.47163 : H : GLU OE2 A0181 <- 3.15 -> DC N4 B0505 : score 5.11381 : H : ARG NH1 A0185 <- 2.96 -> DT O4 B0504 : score 3.01569 : H : ARG NH2 A0185 <- 2.65 -> DT O4 B0504 : score 3.74365 : H : ARG NH2 A0185 <- 2.81 -> DG O6 C0542 : score 6.61751 : w : ARG NE A0185 <- 5.69 -> DG N7 C0542 : score 1.594 : x : SER xxxx A0179 <- 3.34 -> DT xxx B0504 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0182 <- 4.04 -> DG xxx B0503 : score x.xxxxx >2crx_A:DNA_breaking-rejoining_enzymes;lambda_integrase-like,_N-terminal_domain; title=STRUCTURE OF THE HOLLIDAY JUNCTION INTERMEDIATE IN CRE-LOXP SITE- SPECIFIC RECOMBINATION organism=Enterobacteria phage P1 : H : MET SD A0044 <- 3.30 -> DA N6 D0012 : score 5.51654 : H : LYS NZ A0086 <- 2.69 -> DG O6 D0015 : score 5.9145 : H : LYS NZ A0244 <- 2.97 -> DT O2 D0003 : score 3.59278 : V : GLN CG A0090 <- 3.65 -> DT C7 D0013 : score 3.34979 : x : LYS xxxx A0043 <- 4.27 -> DT xxx D0011 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0047 <- 3.98 -> DT xxx D0011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0087 <- 3.47 -> DT xxx D0013 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0241 <- 4.06 -> DA xxx D0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0257 <- 3.91 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0259 <- 3.61 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0317 <- 3.71 -> DC xxx D0016 : score x.xxxxx >2cv5_ABCDEFGH:Histone-fold;PH_domain-like;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN NUCLEOSOME CORE PARTICLE organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH2 A0040 <- 2.95 -> DA N3 J0229 : score 3.36764 : H : ARG NH1 C0011 <- 3.46 -> DT O2 J0263 : score 3.80139 : H : ARG NH2 C0011 <- 2.83 -> DT O2 J0264 : score 4.33155 : H : ARG NH2 E0040 <- 2.84 -> DA N3 I0082 : score 3.44402 : x : TYR xxxx A0041 <- 4.48 -> DA xxx J0153 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0065 <- 4.35 -> DT xxx J0238 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0083 <- 4.02 -> DC xxx I0049 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0045 <- 3.77 -> DT xxx J0226 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx D0036 <- 4.10 -> DT xxx J0269 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx E0039 <- 4.33 -> DT xxx J0289 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx E0041 <- 4.18 -> DT xxx I0006 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0065 <- 4.02 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0083 <- 3.64 -> DA xxx I0099 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0045 <- 3.97 -> DC xxx I0079 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx G0077 <- 4.22 -> DA xxx J0165 : score x.xxxxx >2cv5_C:Histone-fold; title=CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN NUCLEOSOME CORE PARTICLE organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH1 C0011 <- 3.46 -> DT O2 J0263 : score 3.80139 : H : ARG NH2 C0011 <- 2.83 -> DT O2 J0264 : score 4.33155 >2d45_A:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE MECI-MECA REPRESSOR-OPERATOR COMPLEX organism=Staphylococcus aureus : H : LYS NZ A0043 <- 3.17 -> DT O4 F0201 : score 3.2778 : H : THR OG1 A0047 <- 2.71 -> DA N6 E0213 : score 2.19784 : H : ARG NH1 A0051 <- 3.35 -> DT O4 E0212 : score 2.77269 : H : ARG NH2 A0051 <- 2.86 -> DG N7 E0211 : score 6.3612 : H : ARG NH2 A0051 <- 3.04 -> DG O6 E0211 : score 6.31249 : V : LEU CD2 A0048 <- 3.90 -> DT C7 E0212 : score 5.653 : x : THR xxxx A0044 <- 3.08 -> DA xxx E0213 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0046 <- 4.29 -> DT xxx F0201 : score x.xxxxx >2d45_AB:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE MECI-MECA REPRESSOR-OPERATOR COMPLEX organism=Staphylococcus aureus : H : LYS NZ A0043 <- 3.17 -> DT O4 F0201 : score 3.2778 : H : THR OG1 A0047 <- 2.71 -> DA N6 E0213 : score 2.19784 : H : ARG NH1 A0051 <- 3.35 -> DT O4 E0212 : score 2.77269 : H : ARG NH2 A0051 <- 2.86 -> DG N7 E0211 : score 6.3612 : H : ARG NH2 A0051 <- 3.04 -> DG O6 E0211 : score 6.31249 : H : THR OG1 B0047 <- 3.13 -> DA N6 F0213 : score 2.01648 : H : ARG NH2 B0051 <- 3.00 -> DG O6 F0211 : score 6.36554 : V : LEU CD2 A0048 <- 3.90 -> DT C7 E0212 : score 5.653 : x : THR xxxx A0044 <- 3.08 -> DA xxx E0213 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0046 <- 4.29 -> DT xxx F0201 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0043 <- 3.44 -> DT xxx E0201 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0044 <- 3.44 -> DT xxx F0212 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0046 <- 4.31 -> DT xxx E0201 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0048 <- 4.46 -> DT xxx F0212 : score x.xxxxx >2d45_CD:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE MECI-MECA REPRESSOR-OPERATOR COMPLEX organism=Staphylococcus aureus : H : ARG NH2 C0051 <- 3.33 -> DG N7 G0211 : score 5.75598 : H : THR OG1 D0047 <- 3.29 -> DA N6 H0213 : score 1.94739 : V : ARG CZ D0046 <- 3.72 -> DT C7 G0201 : score 2.22517 : x : THR xxxx C0044 <- 3.02 -> DT xxx G0212 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0047 <- 4.03 -> DT xxx G0212 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx C0048 <- 4.02 -> DT xxx G0212 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0043 <- 3.46 -> DT xxx G0201 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0044 <- 3.47 -> DT xxx H0212 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0051 <- 3.26 -> DT xxx H0212 : score x.xxxxx >2d5v_B:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;Homeodomain-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF HNF-6ALPHA DNA-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH THE TTR PROMOTER organism=Rattus norvegicus : H : SER OG B0035 <- 2.69 -> DA N7 E2009 : score 4.50073 : H : GLN OE1 B0036 <- 2.79 -> DA N6 F2018 : score 5.91437 : H : GLN NE2 B0036 <- 2.94 -> DA N7 F2018 : score 5.88932 : H : ARG NH1 B0101 <- 2.84 -> DA N3 E2009 : score 3.61444 : w : ASN OD1 B0143 <- 5.61 -> DC N4 F2023 : score 2.813 : H : ASN OD1 B0147 <- 3.14 -> DA N6 F2022 : score 5.51911 : H : ASN ND2 B0147 <- 3.02 -> DA N7 F2022 : score 5.4541 : H : ARG NH1 B0150 <- 2.63 -> DA N7 E2005 : score 2.73347 : H : ARG NH1 B0150 <- 2.69 -> DG N7 E2006 : score 6.25254 : H : ARG NH1 B0150 <- 3.20 -> DG O6 E2006 : score 5.658 : H : ARG NH2 B0150 <- 2.83 -> DG O6 E2006 : score 6.59098 : H : ARG NH1 B0151 <- 3.24 -> DG O6 F2021 : score 5.6088 : H : ARG NH2 B0151 <- 2.76 -> DG N7 F2021 : score 6.48997 : x : THR xxxx B0038 <- 3.30 -> DC xxx E2008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0040 <- 3.26 -> DA xxx F2018 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0041 <- 3.72 -> DT xxx F2020 : score x.xxxxx : x : MET xxxx B0146 <- 4.22 -> DA xxx E2004 : score x.xxxxx >2ddg_A:Uracil-DNA_glycosylase-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF URACIL-DNA GLYCOSYLASE IN COMPLEX WITH AP:G CONTAINING DNA organism=THERMUS THERMOPHILUS : H : ARG NH2 A0193 <- 2.95 -> DC O2 D0010 : score 3.48578 : w : ARG NH1 A0193 <- 5.70 -> DA N3 D0011 : score 2.497 : w : ARG NH2 A0193 <- 5.85 -> DA N3 D0011 : score 1.61 : H : GLN OE1 A0194 <- 3.05 -> DG N2 D0008 : score 5.19333 : w : GLN OE1 A0194 <- 5.94 -> DT O4 C0009 : score 3.148 : w : ASN ND2 A0195 <- 5.34 -> DT O2 C0009 : score 2.097 : w : ARG NE A0200 <- 5.36 -> DT O2 C0009 : score 0.438 : w : ARG NH1 A0200 <- 5.94 -> DG N3 D0008 : score 1.371 : x : ARG xxxx A0031 <- 3.91 -> DA xxx D0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0152 <- 4.43 -> DA xxx C0011 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0197 <- 2.66 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0198 <- 3.42 -> DG xxx D0008 : score x.xxxxx >2dem_A:Uracil-DNA_glycosylase-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF URACIL-DNA GLYCOSYLASE IN COMPLEX WITH AP:A CONTAINING DNA organism=THERMUS THERMOPHILUS : H : ARG NH2 A0193 <- 2.95 -> DC O2 D0010 : score 3.48578 : w : ARG NH1 A0193 <- 5.85 -> DA N3 D0011 : score 2.497 : w : ARG NH2 A0193 <- 5.94 -> DA N3 D0011 : score 1.61 : H : GLN OE1 A0194 <- 3.13 -> DT N3 C0009 : score 3.15764 : w : GLN OE1 A0194 <- 6.10 -> DT O4 C0009 : score 3.148 : w : ASN ND2 A0195 <- 5.44 -> DT O2 C0009 : score 2.097 : w : ARG NE A0200 <- 5.23 -> DT O2 C0009 : score 0.438 : w : ARG NH1 A0200 <- 5.68 -> DT O2 C0009 : score 1.824 : w : ARG NH1 A0200 <- 6.14 -> DA N3 D0007 : score 2.497 : x : ARG xxxx A0031 <- 3.89 -> DA xxx D0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0152 <- 4.42 -> DA xxx C0011 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0197 <- 2.71 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0198 <- 3.46 -> DA xxx D0008 : score x.xxxxx >2dgc_A:Leucine_zipper_domain; title=GCN4 BASIC DOMAIN, LEUCINE ZIPPER COMPLEXED WITH ATF/CREB SITE DNA organism=? : H : ASN OD1 A0235 <- 3.00 -> DC N4 B0003 : score 4.06031 : H : ARG NH2 A0243 <- 2.52 -> DG N7 B0001 : score 6.79902 A : V : ALA CB A0239 <- 3.67 -> DT C7 B0002 : score 5.78412 : x : THR xxxx A0236 <- 4.25 -> DT xxx B0002 : score x.xxxxx >2dnj_A:DNase_I-like; title=DNASE I-INDUCED DNA CONFORMATION. 2 ANGSTROMS STRUCTURE OF A DNASE I- OCTAMER COMPLEX organism=BOS TAURUS : w : ARG NH2 A0009 <- 5.86 -> DT O2 C0313 : score 2.047 : w : ARG NH2 A0009 <- 5.55 -> DA N3 B0304 : score 1.61 : w : THR OG1 A0010 <- 5.91 -> DA N3 B0304 : score 2.6 : H : ARG NH1 A0041 <- 2.83 -> DT O2 B0305 : score 4.35321 : H : ARG NH2 A0041 <- 2.94 -> DC O2 B0306 : score 3.49297 : w : SER OG A0075 <- 5.99 -> DG N3 C0311 : score 2.37 : w : SER OG A0075 <- 5.91 -> DA N3 C0312 : score 0.26 : x : TYR xxxx A0076 <- 4.06 -> DA xxx C0312 : score x.xxxxx >2dp6_A:Uracil-DNA_glycosylase-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF URACIL-DNA GLYCOSYLASE IN COMPLEX WITH AP:C CONTAINING DNA organism=THERMUS THERMOPHILUS : H : ARG NH2 A0193 <- 2.93 -> DC O2 D0010 : score 3.50016 : w : ARG NH1 A0193 <- 5.85 -> DA N3 D0011 : score 2.497 : w : ARG NH2 A0193 <- 6.03 -> DA N3 D0011 : score 1.61 : H : GLN OE1 A0194 <- 3.20 -> DT N3 C0009 : score 3.11031 : H : GLN OE1 A0197 <- 2.79 -> DG N2 D0009 : score 5.4776 : H : ARG NH1 A0200 <- 3.01 -> DC O2 D0008 : score 3.53723 : x : ARG xxxx A0031 <- 3.94 -> DC xxx D0013 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0152 <- 4.43 -> DA xxx C0011 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0195 <- 4.26 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0198 <- 3.45 -> DC xxx D0008 : score x.xxxxx >2dpd_A:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE REPLICATION TERMINATION PROTEIN IN COMPLEX WITH A PSEUDOSYMMETRIC B-SITE organism=Bacillus subtilis : H : HIS NE2 A0054 <- 3.38 -> DG O6 E0005 : score 7.04253 : H : THR OG1 A0055 <- 3.20 -> DT O4 D0015 : score 3.61277 : H : ARG NH1 A0059 <- 2.81 -> DG O6 D0014 : score 6.1377 : H : ARG NH2 A0059 <- 2.58 -> DG N7 D0014 : score 6.72175 : H : ARG NH2 A0059 <- 2.90 -> DG O6 D0014 : score 6.49815 : x : LEU xxxx A0035 <- 3.69 -> DT xxx E0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0053 <- 3.90 -> DT xxx D0015 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0056 <- 4.49 -> DT xxx D0013 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0058 <- 3.65 -> DT xxx E0004 : score x.xxxxx >2dpd_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE REPLICATION TERMINATION PROTEIN IN COMPLEX WITH A PSEUDOSYMMETRIC B-SITE organism=Bacillus subtilis : H : HIS NE2 A0054 <- 3.38 -> DG O6 E0005 : score 7.04253 : H : THR OG1 A0055 <- 3.20 -> DT O4 D0015 : score 3.61277 : H : ARG NH1 A0059 <- 2.81 -> DG O6 D0014 : score 6.1377 : H : ARG NH2 A0059 <- 2.58 -> DG N7 D0014 : score 6.72175 : H : ARG NH2 A0059 <- 2.90 -> DG O6 D0014 : score 6.49815 : H : HIS NE2 B0054 <- 3.34 -> DG O6 D0005 : score 7.10627 : H : ARG NH1 B0059 <- 3.01 -> DG O6 E0014 : score 5.8917 : H : ARG NH2 B0059 <- 2.85 -> DG N7 E0014 : score 6.37408 : H : ARG NH2 B0059 <- 2.79 -> DG O6 E0014 : score 6.64403 : x : LEU xxxx A0035 <- 3.69 -> DT xxx E0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0053 <- 3.90 -> DT xxx D0015 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0056 <- 4.49 -> DT xxx D0013 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0058 <- 3.65 -> DT xxx E0004 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0035 <- 4.18 -> DT xxx D0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0053 <- 4.13 -> DG xxx E0014 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0055 <- 3.05 -> DT xxx E0015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0058 <- 3.82 -> DT xxx D0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0083 <- 4.22 -> DT xxx D0002 : score x.xxxxx >2dpi_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=TERNARY COMPLEX OF HPOLI WITH DNA AND DCTP organism=Homo sapiens : w : GLU OE2 A0305 <- 6.40 -> DG N7 T0842 : score 1.981 : w : ARG NH1 A0343 <- 5.12 -> DG O6 P0868 : score 2.757 : x : SER xxxx A0301 <- 4.45 -> DT xxx T0844 : score x.xxxxx >2dpj_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=STRUCTURE OF HPOLI WITH DNA AND DTTP organism=Homo sapiens : w : TYR OH A0039 <- 5.80 -> DG N3 T0841 : score 3.342 : w : TYR OH A0039 <- 5.70 -> DG N2 T0841 : score 2.831 : w : GLN NE2 A0059 <- 5.96 -> DG N3 T0841 : score 1.492 : x : SER xxxx A0301 <- 4.45 -> DT xxx T0844 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0305 <- 3.67 -> DG xxx T0841 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0343 <- 4.42 -> DG xxx P0868 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0361 <- 4.39 -> DA xxx P0867 : score x.xxxxx >2dpu_A:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE REPLICATION TERMINATION PROTEIN IN COMPLEX WITH A PSEUDOSYMMETRIC 21MER B-SITE DNA organism=Bacillus subtilis : H : HIS NE2 A0054 <- 2.75 -> DG O6 E0005 : score 8.04633 : H : THR OG1 A0055 <- 3.43 -> DT O4 D0015 : score 3.43213 : H : ARG NH1 A0059 <- 3.13 -> DG O6 D0014 : score 5.7441 : H : ARG NH2 A0059 <- 2.71 -> DG N7 D0014 : score 6.55435 : x : ARG xxxx A0016 <- 3.20 -> DT xxx D0013 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0035 <- 3.48 -> DT xxx E0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0053 <- 3.42 -> DT xxx D0015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0058 <- 3.00 -> DT xxx E0004 : score x.xxxxx >2drp_D:beta-beta-alpha_zinc_fingers; title=THE CRYSTAL STRUCTURE OF A TWO ZINC-FINGER PEPTIDE REVEALS AN EXTENSION TO THE RULES FOR ZINC-FINGER/DNA RECOGNITION organism=Drosophila melanogaster : H : SER OG D0124 <- 2.89 -> DT O4 E0011 : score 3.40553 : H : ASN OD1 D0125 <- 2.97 -> DA N6 E0010 : score 5.72045 : H : ASN ND2 D0125 <- 2.87 -> DA N7 E0010 : score 5.62526 : w : ASN OD1 D0125 <- 6.08 -> DA N6 F0030 : score 2.759 : H : ARG NH1 D0128 <- 2.73 -> DG O6 E0009 : score 6.2361 : H : ARG NH1 D0128 <- 2.85 -> DT O4 F0031 : score 3.08423 : H : ARG NH2 D0128 <- 2.80 -> DG N7 E0009 : score 6.43846 : H : ARG NH1 D0152 <- 2.81 -> DG N7 E0008 : score 6.10571 : H : ARG NH2 D0152 <- 2.80 -> DG O6 E0008 : score 6.63077 : H : ASP OD2 D0154 <- 2.98 -> DC N4 F0032 : score 5.94343 : H : ASN OD1 D0155 <- 3.17 -> DA N6 E0007 : score 5.48358 : H : ASN ND2 D0155 <- 2.93 -> DA N7 E0007 : score 5.55679 : w : ASN OD1 D0155 <- 6.24 -> DA N6 E0006 : score 2.759 : w : ASN OD1 D0155 <- 6.06 -> DC N4 F0033 : score 2.813 : V : ILE CG2 D0123 <- 3.81 -> DT C7 F0028 : score 7.1022 : V : CYS CB D0127 <- 3.74 -> DT C7 F0029 : score 5.22178 : x : HIS xxxx D0122 <- 3.53 -> DT xxx E0011 : score x.xxxxx >2dtu_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE BETA HAIRPIN LOOP DELETION VARIANT OF RB69 GP43 IN COMPLEX WITH DNA CONTAINING AN ABASIC SITE ANALOG organism=Enterobacteria phage RB69 : x : LYS xxxx A0706 <- 3.26 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx >2dy4_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=CRYSTAL STRUCTURE OF RB69 GP43 IN COMPLEX WITH DNA CONTAINING THYMINE GLYCOL organism=Enterobacteria phage RB69 : H : LYS NZ A0706 <- 2.88 -> DC O2 F0114 : score 2.9192 : x : ASP xxxx A0621 <- 4.18 -> DC xxx F0114 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0622 <- 4.14 -> DA xxx F0115 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0707 <- 3.58 -> DA xxx E0007 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0800 <- 4.21 -> DA xxx E0012 : score x.xxxxx >2e1c_A:Dimeric_alpha+beta_barrel;"Winged_helix"_DNA-binding_domain;Dimeric_alpha+beta_barrel;Dimeric_alpha+beta_barrel; title=STRUCTURE OF PUTATIVE HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR PH1519/DNA COMPLEX organism=Pyrococcus horikoshii : H : SER OG A0056 <- 2.62 -> DG O6 B0004 : score 4.06829 : w : SER OG A0056 <- 6.19 -> DG N7 B0004 : score 2.881 : x : LEU xxxx A0044 <- 3.52 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0054 <- 4.38 -> DG xxx B0004 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0055 <- 3.54 -> DT xxx D0011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0057 <- 3.46 -> DT xxx B0003 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0059 <- 3.86 -> DT xxx D0013 : score x.xxxxx >2e2h_ABE: title=RNA POLYMERASE II ELONGATION COMPLEX AT 5 MM MG2+ WITH GTP organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : x : LYS xxxx A0143 <- 3.96 -> DT xxx N0006 : score x.xxxxx >2e2i_A:beta_and_beta-prime_subunits_of_DNA_dependent_RNA-polymerase; title=RNA POLYMERASE II ELONGATION COMPLEX IN 5 MM MG+2 WITH 2'-DGTP organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : x : GLU xxxx A0833 <- 3.91 -> DC xxx N0001 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A1102 <- 4.31 -> DC xxx N0001 : score x.xxxxx >2e2i_ABE: title=RNA POLYMERASE II ELONGATION COMPLEX IN 5 MM MG+2 WITH 2'-DGTP organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : x : GLU xxxx A0833 <- 3.91 -> DC xxx N0001 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A1102 <- 4.31 -> DC xxx N0001 : score x.xxxxx >2e42_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF C/EBPBETA BZIP HOMODIMER V285A MUTANT BOUND TO A HIGH AFFINITY DNA FRAGMENT organism=Homo sapiens : H : ARG NH1 A0278 <- 3.03 -> DA N7 C0012 : score 2.52198 : H : ASN OD1 A0281 <- 2.79 -> DA N6 C0012 : score 5.93364 : H : ASN ND2 A0281 <- 2.91 -> DT O4 D0105 : score 5.13952 : w : ASN ND2 A0281 <- 5.58 -> DA N7 D0104 : score 1.912 : H : ARG NH1 A0289 <- 2.63 -> DG O6 C0010 : score 6.3591 : H : ARG NH2 A0289 <- 3.04 -> DG N7 C0010 : score 6.12942 : w : ARG NH1 A0289 <- 5.75 -> DG N7 D0107 : score 1.777 : H : ASN OD1 B0281 <- 2.80 -> DA N6 D0111 : score 5.92179 : H : ASN ND2 B0281 <- 3.05 -> DT O4 C0006 : score 4.99237 : w : ASN ND2 B0281 <- 6.16 -> DA N6 C0005 : score 2.759 : w : ASN OD1 B0282 <- 5.77 -> DC N4 D0110 : score 2.813 : H : ARG NH2 B0289 <- 2.96 -> DG O6 C0008 : score 6.41858 : H : ARG NH2 B0289 <- 2.54 -> DG O6 D0109 : score 6.97557 : x : ALA xxxx A0284 <- 3.98 -> DT xxx D0105 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0285 <- 3.56 -> DT xxx D0106 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0288 <- 4.12 -> DT xxx D0106 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0278 <- 3.01 -> DA xxx D0111 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0284 <- 4.05 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0285 <- 3.68 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0288 <- 3.96 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx >2e42_B:Leucine_zipper_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF C/EBPBETA BZIP HOMODIMER V285A MUTANT BOUND TO A HIGH AFFINITY DNA FRAGMENT organism=Homo sapiens : H : ASN OD1 B0281 <- 2.80 -> DA N6 D0111 : score 5.92179 : H : ASN ND2 B0281 <- 3.05 -> DT O4 C0006 : score 4.99237 : w : ASN ND2 B0281 <- 6.16 -> DA N6 C0005 : score 2.759 : w : ASN OD1 B0282 <- 5.77 -> DC N4 D0110 : score 2.813 : H : ARG NH2 B0289 <- 2.54 -> DG O6 D0109 : score 6.97557 : H : ARG NH2 B0289 <- 2.96 -> DG O6 C0008 : score 6.41858 : w : ARG NE B0289 <- 5.82 -> DG N7 C0008 : score 1.594 : x : ARG xxxx B0278 <- 3.01 -> DA xxx D0111 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0284 <- 4.05 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0285 <- 3.68 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0288 <- 3.96 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx >2e43_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF C/EBPBETA BZIP HOMODIMER K269A MUTANT BOUND TO A HIGH AFFINITY DNA FRAGMENT organism=Homo sapiens : H : ARG NH1 A0278 <- 3.04 -> DA N7 C0012 : score 2.5167 : H : ASN OD1 A0281 <- 3.05 -> DA N6 C0012 : score 5.62571 : H : ASN ND2 A0281 <- 2.98 -> DT O4 D0105 : score 5.06594 : w : ASN ND2 A0281 <- 6.17 -> DA N6 D0104 : score 2.759 : H : ARG NH1 A0289 <- 2.67 -> DG O6 C0010 : score 6.3099 : H : ARG NH2 A0289 <- 3.00 -> DG N7 C0010 : score 6.18092 : w : ARG NH1 A0289 <- 6.29 -> DG O6 D0107 : score 2.757 : H : ARG NH1 B0278 <- 2.99 -> DA N7 D0111 : score 2.54313 : H : ASN OD1 B0281 <- 2.82 -> DA N6 D0111 : score 5.89811 : H : ASN ND2 B0281 <- 2.98 -> DT O4 C0006 : score 5.06594 : w : ASN ND2 B0281 <- 6.34 -> DA N6 C0005 : score 2.759 : w : ASN OD1 B0282 <- 5.71 -> DC N4 D0110 : score 2.813 : w : ARG NH1 B0289 <- 5.22 -> DG O6 D0109 : score 2.757 : x : ALA xxxx A0284 <- 4.07 -> DT xxx D0105 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0285 <- 3.31 -> DT xxx D0106 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0288 <- 4.09 -> DT xxx D0106 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0284 <- 4.04 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0285 <- 3.36 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0288 <- 3.80 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx >2e43_B:Leucine_zipper_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF C/EBPBETA BZIP HOMODIMER K269A MUTANT BOUND TO A HIGH AFFINITY DNA FRAGMENT organism=Homo sapiens : H : ARG NH1 B0278 <- 2.99 -> DA N7 D0111 : score 2.54313 : H : ASN OD1 B0281 <- 2.82 -> DA N6 D0111 : score 5.89811 : H : ASN ND2 B0281 <- 2.98 -> DT O4 C0006 : score 5.06594 : w : ASN ND2 B0281 <- 6.34 -> DA N6 C0005 : score 2.759 : w : ASN OD1 B0282 <- 5.71 -> DC N4 D0110 : score 2.813 : w : ARG NH1 B0289 <- 5.22 -> DG O6 D0109 : score 2.757 : V : ARG CZ B0289 <- 3.59 -> DT C7 C0007 : score 2.29607 : x : ALA xxxx B0284 <- 4.04 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0285 <- 3.36 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0288 <- 3.80 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx >2e52_A: title=CRYSTAL STRUCTURAL ANALYSIS OF HINDIII RESTRICTION ENDONUCLEASE IN COMPLEX WITH COGNATE DNA AT 2.0 ANGSTROM RESOLUTION organism=HAEMOPHILUS INFLUENZAE : H : SER OG A0056 <- 2.61 -> DT O2 G0008 : score 3.82862 : w : SER OG A0056 <- 5.54 -> DG N3 E0006 : score 2.37 : w : GLU OE1 A0060 <- 5.51 -> DA N3 E0005 : score 0.968 : H : LYS NZ A0061 <- 2.75 -> DT O2 G0009 : score 3.75642 : w : LYS NZ A0061 <- 5.61 -> DA N3 E0005 : score 1.7 : w : ARG NH2 A0088 <- 5.37 -> DA N3 E0004 : score 1.61 : H : ASN OD1 A0120 <- 3.02 -> DA N6 G0004 : score 5.66124 : H : ASN ND2 A0120 <- 2.92 -> DT O4 E0008 : score 5.129 : H : LYS NZ A0122 <- 2.75 -> DG O6 G0006 : score 5.84505 : H : ASP OD1 A0123 <- 3.03 -> DC N4 E0007 : score 5.03418 : w : LYS NZ A0125 <- 5.60 -> DA N7 E0005 : score 1.7 : x : ARG xxxx A0116 <- 3.43 -> DC xxx E0007 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0117 <- 3.29 -> DT xxx E0008 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0118 <- 3.10 -> DT xxx E0009 : score x.xxxxx >2e52_CD: title=CRYSTAL STRUCTURAL ANALYSIS OF HINDIII RESTRICTION ENDONUCLEASE IN COMPLEX WITH COGNATE DNA AT 2.0 ANGSTROM RESOLUTION organism=HAEMOPHILUS INFLUENZAE : H : SER OG C0056 <- 2.61 -> DT O2 H0008 : score 3.82862 : w : GLU OE1 C0060 <- 5.44 -> DA N3 F0005 : score 0.968 : H : LYS NZ C0061 <- 2.72 -> DT O2 H0009 : score 3.77874 : w : LYS NZ C0061 <- 5.59 -> DA N3 F0005 : score 1.7 : w : ARG NE C0088 <- 6.08 -> DG N3 H0011 : score 1.084 : H : ASN OD1 C0120 <- 2.95 -> DA N6 H0004 : score 5.74414 : H : ASN ND2 C0120 <- 2.82 -> DT O4 F0008 : score 5.23411 : H : LYS NZ C0122 <- 2.79 -> DG O6 H0006 : score 5.79875 : H : ASP OD1 C0123 <- 3.02 -> DC N4 F0007 : score 5.04474 : w : LYS NZ C0125 <- 5.82 -> DA N7 F0005 : score 1.7 : H : SER OG D0056 <- 2.50 -> DT O2 F0008 : score 3.90977 : w : GLU OE1 D0060 <- 5.42 -> DA N3 H0005 : score 0.968 : H : LYS NZ D0061 <- 2.76 -> DT O2 F0009 : score 3.74898 : w : LYS NZ D0061 <- 5.50 -> DA N3 H0005 : score 1.7 : H : ASN OD1 D0120 <- 2.87 -> DA N6 F0004 : score 5.83889 : H : ASN ND2 D0120 <- 2.82 -> DT O4 H0008 : score 5.23411 : H : LYS NZ D0122 <- 2.76 -> DG O6 F0006 : score 5.83348 : H : ASP OD1 D0123 <- 3.08 -> DC N4 H0007 : score 4.98142 : w : LYS NZ D0125 <- 5.56 -> DA N7 H0005 : score 1.7 : x : ARG xxxx C0116 <- 3.47 -> DC xxx F0007 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0117 <- 3.34 -> DT xxx F0009 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx C0118 <- 3.05 -> DT xxx F0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0116 <- 3.50 -> DC xxx H0007 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0117 <- 3.24 -> DT xxx H0009 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx D0118 <- 3.13 -> DT xxx H0009 : score x.xxxxx >2ea0_A:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA REPAIR ENZYME ENDONUCLEASE-VIII (NEI) FROM E. COLI IN COMPLEX WITH AP-SITE CONTAINING DNA SUBSTRATE organism=Escherichia coli : V : SER CB A0251 <- 3.80 -> DT C7 B0404 : score 3.23179 : x : GLN xxxx A0069 <- 2.76 -> DG xxx C0428 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0070 <- 3.74 -> DA xxx C0426 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0071 <- 3.30 -> DT xxx B0408 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0252 <- 3.81 -> DG xxx C0428 : score x.xxxxx >2efw_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE RTP:NRB COMPLEX FROM BACILLUS SUBTILIS organism=Bacillus subtilis : H : HIS NE2 A0054 <- 2.64 -> DG O6 E0005 : score 8.2216 : H : ARG NH1 A0059 <- 2.66 -> DG O6 D0014 : score 6.3222 : H : ARG NH2 A0059 <- 2.72 -> DG N7 D0014 : score 6.54148 : H : HIS NE2 B0054 <- 3.03 -> DG O6 D0005 : score 7.6002 : H : THR OG1 B0055 <- 3.14 -> DT O4 E0015 : score 3.65989 : H : ARG NH1 B0059 <- 2.78 -> DG O6 E0014 : score 6.1746 : H : ARG NH2 B0059 <- 2.94 -> DG N7 E0014 : score 6.25818 : x : ARG xxxx A0016 <- 3.85 -> DT xxx D0013 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0035 <- 4.00 -> DT xxx E0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0053 <- 4.29 -> DT xxx D0015 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0055 <- 2.88 -> DA xxx E0006 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0058 <- 3.31 -> DT xxx E0004 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0081 <- 3.70 -> DG xxx E0001 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0083 <- 3.84 -> DA xxx E0002 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0016 <- 4.30 -> DG xxx E0013 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0038 <- 3.97 -> DA xxx D0003 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0053 <- 4.20 -> DT xxx E0015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0058 <- 4.47 -> DG xxx D0005 : score x.xxxxx >2efw_F:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE RTP:NRB COMPLEX FROM BACILLUS SUBTILIS organism=Bacillus subtilis : H : ARG NH1 F0059 <- 2.72 -> DG O6 I0014 : score 6.2484 : H : ARG NH2 F0059 <- 2.51 -> DG N7 I0014 : score 6.81189 : H : GLN NE2 F0083 <- 2.94 -> DC O2 I0021 : score 3.78457 : x : ARG xxxx F0016 <- 4.37 -> DT xxx I0013 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx F0035 <- 3.64 -> DT xxx J0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx F0053 <- 3.67 -> DT xxx I0015 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx F0054 <- 3.40 -> DG xxx J0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx F0055 <- 3.18 -> DT xxx I0015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx F0058 <- 3.47 -> DT xxx J0004 : score x.xxxxx >2efw_FG: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE RTP:NRB COMPLEX FROM BACILLUS SUBTILIS organism=Bacillus subtilis : H : ARG NH1 F0059 <- 2.72 -> DG O6 I0014 : score 6.2484 : H : ARG NH2 F0059 <- 2.51 -> DG N7 I0014 : score 6.81189 : H : GLN NE2 F0083 <- 2.94 -> DC O2 I0021 : score 3.78457 : H : HIS ND1 G0054 <- 2.67 -> DG O6 I0005 : score 6.39803 : H : HIS ND1 G0054 <- 2.67 -> DG O6 I0005 : score 6.39803 : H : ARG NH1 G0059 <- 2.84 -> DG O6 J0014 : score 6.1008 : H : ARG NH2 G0059 <- 2.65 -> DG N7 J0014 : score 6.63162 : H : ARG NH2 G0059 <- 2.92 -> DG O6 J0014 : score 6.47163 : V : THR CG2 G0055 <- 3.54 -> DT C7 J0015 : score 4.60954 : x : ARG xxxx F0016 <- 4.37 -> DT xxx I0013 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx F0035 <- 3.64 -> DT xxx J0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx F0053 <- 3.67 -> DT xxx I0015 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx F0054 <- 3.40 -> DG xxx J0005 : score x.xxxxx : x : THR xxxx F0055 <- 3.18 -> DT xxx I0015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx F0058 <- 3.47 -> DT xxx J0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx G0053 <- 3.79 -> DT xxx J0015 : score x.xxxxx >2er8_AB:Zn2/Cys6_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF LEU3 DNA-BINDING DOMAIN COMPLEXED WITH A 12MER DNA DUPLEX organism=Saccharomyces cerevisiae : H : LYS NZ A0044 <- 2.61 -> DG N7 F0016 : score 5.59855 : H : LYS NZ A0044 <- 2.78 -> DG O6 F0017 : score 5.81033 : H : LYS NZ B0044 <- 2.65 -> DG N7 E0004 : score 5.5554 : H : LYS NZ B0044 <- 3.05 -> DG O6 E0005 : score 5.49782 : x : GLN xxxx A0043 <- 3.48 -> DC xxx F0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0079 <- 4.39 -> DG xxx E0012 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0043 <- 3.77 -> DC xxx E0002 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0075 <- 4.37 -> DC xxx E0003 : score x.xxxxx >2er8_C:Zn2/Cys6_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF LEU3 DNA-BINDING DOMAIN COMPLEXED WITH A 12MER DNA DUPLEX organism=Saccharomyces cerevisiae : H : LYS NZ C0044 <- 2.70 -> DG N7 H0016 : score 5.50146 : H : LYS NZ C0044 <- 2.97 -> DG O6 H0017 : score 5.59042 : x : GLN xxxx C0043 <- 3.66 -> DC xxx H0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0075 <- 4.45 -> DC xxx H0015 : score x.xxxxx >2er8_CD:Zn2/Cys6_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF LEU3 DNA-BINDING DOMAIN COMPLEXED WITH A 12MER DNA DUPLEX organism=Saccharomyces cerevisiae : H : LYS NZ C0044 <- 2.70 -> DG N7 H0016 : score 5.50146 : H : LYS NZ C0044 <- 2.97 -> DG O6 H0017 : score 5.59042 : H : LYS NZ D0044 <- 2.49 -> DG N7 G0004 : score 5.72799 : H : LYS NZ D0044 <- 3.01 -> DG O6 G0005 : score 5.54412 : w : LYS NZ D0044 <- 6.23 -> DG N7 G0005 : score 2.357 : w : TYR OH D0077 <- 6.57 -> DG N7 G0005 : score 3.524 : x : GLN xxxx C0043 <- 3.66 -> DC xxx H0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0075 <- 4.45 -> DC xxx H0015 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx D0043 <- 3.58 -> DC xxx G0002 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0075 <- 4.31 -> DC xxx G0003 : score x.xxxxx >2ere_AB:Zn2/Cys6_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A LEU3 DNA-BINDING DOMAIN COMPLEXED WITH A 15MER DNA DUPLEX organism=Saccharomyces cerevisiae : H : LYS NZ A0044 <- 2.70 -> DG N7 D0027 : score 5.50146 : H : LYS NZ A0044 <- 3.32 -> DG O6 D0028 : score 5.18531 : H : LYS NZ B0044 <- 2.78 -> DG N7 C0012 : score 5.41516 : H : LYS NZ B0044 <- 3.23 -> DG O6 C0013 : score 5.28948 : x : GLN xxxx A0043 <- 3.58 -> DC xxx D0025 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0075 <- 3.96 -> DC xxx D0026 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0079 <- 4.29 -> DC xxx D0025 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0043 <- 3.68 -> DC xxx C0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0075 <- 3.87 -> DC xxx C0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0079 <- 4.34 -> DC xxx C0010 : score x.xxxxx >2ere_B:Zn2/Cys6_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A LEU3 DNA-BINDING DOMAIN COMPLEXED WITH A 15MER DNA DUPLEX organism=Saccharomyces cerevisiae : H : LYS NZ B0044 <- 2.78 -> DG N7 C0012 : score 5.41516 : H : LYS NZ B0044 <- 3.23 -> DG O6 C0013 : score 5.28948 : x : GLN xxxx B0043 <- 3.68 -> DC xxx C0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0075 <- 3.87 -> DC xxx C0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0079 <- 4.34 -> DC xxx C0010 : score x.xxxxx >2erg_AB:Zn2/Cys6_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF LEU3 DNA-BINDING DOMAIN WITH A SINGLE H50C MUTATION COMPLEXED WITH A 15MER DNA DUPLEX organism=Saccharomyces cerevisiae : H : LYS NZ A0044 <- 2.64 -> DG N7 D0027 : score 5.56618 : H : LYS NZ A0044 <- 3.12 -> DG O6 D0028 : score 5.4168 : H : LYS NZ B0044 <- 2.52 -> DG N7 C0012 : score 5.69563 : H : LYS NZ B0044 <- 3.11 -> DG O6 C0013 : score 5.42837 : x : GLN xxxx A0043 <- 3.76 -> DC xxx D0025 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0075 <- 4.26 -> DC xxx D0026 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0079 <- 4.28 -> DC xxx D0025 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0043 <- 3.72 -> DC xxx C0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0075 <- 4.13 -> DC xxx C0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0079 <- 4.36 -> DC xxx C0010 : score x.xxxxx >2erg_B:Zn2/Cys6_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF LEU3 DNA-BINDING DOMAIN WITH A SINGLE H50C MUTATION COMPLEXED WITH A 15MER DNA DUPLEX organism=Saccharomyces cerevisiae : H : LYS NZ B0044 <- 2.52 -> DG N7 C0012 : score 5.69563 : H : LYS NZ B0044 <- 3.11 -> DG O6 C0013 : score 5.42837 : x : GLN xxxx B0043 <- 3.72 -> DC xxx C0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0075 <- 4.13 -> DC xxx C0011 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0079 <- 4.36 -> DC xxx C0010 : score x.xxxxx >2etw_A:p53-like_transcription_factors; title=PRINCIPLES OF PROTEIN-DNA RECOGNITION REVEALED IN THE STRUCTURAL ANALYSIS OF NDT80-MSE DNA COMPLEXES organism=Saccharomyces cerevisiae : H : ARG NH1 A0058 <- 3.02 -> DT O2 C0006 : score 4.18679 : w : ARG NH1 A0058 <- 6.38 -> DT O2 C0005 : score 1.824 : w : ARG NH2 A0058 <- 6.28 -> DT O2 C0005 : score 2.047 : H : ARG NH1 A0111 <- 2.97 -> DG N7 C0010 : score 5.90994 : H : ARG NH2 A0111 <- 2.73 -> DG O6 C0010 : score 6.7236 : H : ARG NH1 A0177 <- 2.92 -> DG N7 C0008 : score 5.97112 : H : ARG NH2 A0177 <- 2.83 -> DG O6 C0008 : score 6.59098 : w : ASP OD2 A0178 <- 5.85 -> DC N4 B0006 : score 3.848 : x : PRO xxxx A0057 <- 3.25 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0112 <- 4.02 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0326 <- 3.72 -> DC xxx B0003 : score x.xxxxx >2euv_A:p53-like_transcription_factors; title=PRINCIPLES OF PROTEIN-DNA RECOGNITION REVEALED IN THE STRUCTURAL ANALYSIS OF NDT80-MSE DNA COMPLEXES organism=Saccharomyces cerevisiae : H : ARG NH1 A0058 <- 3.23 -> DT O2 C0006 : score 4.00285 : w : ARG NH1 A0058 <- 5.75 -> DT O2 B0012 : score 1.824 : w : ARG NH2 A0058 <- 5.53 -> DT O2 B0012 : score 2.047 : H : ARG NH1 A0111 <- 3.06 -> DG N7 C0010 : score 5.79982 : H : ARG NH2 A0111 <- 2.79 -> DG O6 C0010 : score 6.64403 : H : ARG NH1 A0177 <- 2.91 -> DG N7 C0008 : score 5.98335 : H : ARG NH2 A0177 <- 2.79 -> DG O6 C0008 : score 6.64403 : x : PRO xxxx A0057 <- 3.27 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0112 <- 4.06 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0178 <- 4.11 -> DC xxx B0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0326 <- 3.73 -> DC xxx B0003 : score x.xxxxx >2euw_A:p53-like_transcription_factors; title=STRUCTURE OF A NDT80-DNA COMPLEX (MSE MUTANT MA4T) organism=Saccharomyces cerevisiae : H : ARG NH1 A0058 <- 2.98 -> DT O2 C0006 : score 4.22183 : w : ARG NH1 A0058 <- 5.96 -> DA N3 B0012 : score 2.497 : w : ARG NH2 A0058 <- 5.82 -> DA N3 B0012 : score 1.61 : H : ARG NH1 A0111 <- 3.02 -> DG N7 C0010 : score 5.84876 : H : ARG NH2 A0111 <- 2.75 -> DG O6 C0010 : score 6.69708 : H : ARG NH1 A0177 <- 2.90 -> DG N7 C0008 : score 5.99559 : H : ARG NH2 A0177 <- 2.83 -> DG O6 C0008 : score 6.59098 : H : ARG NH1 A0326 <- 2.91 -> DG N7 B0004 : score 5.98335 : H : ARG NH2 A0326 <- 2.96 -> DT O4 C0011 : score 3.51831 : H : ARG NH2 A0326 <- 2.89 -> DG O6 B0004 : score 6.51142 : x : PRO xxxx A0057 <- 3.24 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0178 <- 4.27 -> DC xxx B0006 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0179 <- 3.95 -> DT xxx B0007 : score x.xxxxx >2eux_A:p53-like_transcription_factors; title=STRUCTURE OF A NDT80-DNA COMPLEX (MSE VARIANT VA4G) organism=Saccharomyces cerevisiae : H : ARG NH1 A0058 <- 2.99 -> DT O2 C0006 : score 4.21307 : w : ARG NH1 A0058 <- 5.97 -> DA N3 B0012 : score 2.497 : w : ARG NH2 A0058 <- 5.82 -> DA N3 B0012 : score 1.61 : H : ARG NH1 A0111 <- 2.99 -> DG N7 C0010 : score 5.88547 : H : ARG NH2 A0111 <- 2.77 -> DG O6 C0010 : score 6.67055 : H : ARG NH1 A0177 <- 2.91 -> DG N7 C0008 : score 5.98335 : H : ARG NH2 A0177 <- 2.83 -> DG O6 C0008 : score 6.59098 : H : ARG NH1 A0326 <- 2.88 -> DG N7 B0004 : score 6.02006 : H : ARG NH2 A0326 <- 3.13 -> DT O4 C0011 : score 3.39473 : H : ARG NH2 A0326 <- 2.80 -> DG O6 B0004 : score 6.63077 : x : PRO xxxx A0057 <- 3.28 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0178 <- 4.21 -> DC xxx B0006 : score x.xxxxx >2euz_A:p53-like_transcription_factors; title=STRUCTURE OF A NDT80-DNA COMPLEX (MSE MUTANT MC5T) organism=Saccharomyces cerevisiae : H : ARG NH1 A0058 <- 3.01 -> DT O2 C0006 : score 4.19555 : w : ARG NH1 A0058 <- 6.51 -> DT O2 C0005 : score 1.824 : w : ARG NH2 A0058 <- 6.32 -> DT O2 C0005 : score 2.047 : H : ARG NH1 A0111 <- 2.99 -> DG N7 C0010 : score 5.88547 : H : ARG NH2 A0111 <- 2.71 -> DG O6 C0010 : score 6.75012 : H : ARG NH1 A0326 <- 2.96 -> DG N7 B0004 : score 5.92217 : H : ARG NH2 A0326 <- 2.88 -> DG O6 B0004 : score 6.52468 : w : ARG NE A0326 <- 6.29 -> DT O4 C0011 : score 1.131 : w : ARG NH2 A0326 <- 6.52 -> DT O4 C0011 : score 2.172 : x : PRO xxxx A0057 <- 3.25 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0112 <- 4.22 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0177 <- 3.35 -> DA xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0178 <- 4.09 -> DC xxx B0006 : score x.xxxxx >2evf_A:p53-like_transcription_factors; title=STRUCTURE OF A NDT80-DNA COMPLEX (MSE MUTANT MA6T) organism=Saccharomyces cerevisiae : H : ARG NH1 A0058 <- 3.00 -> DT O2 C0006 : score 4.20431 : w : ARG NH1 A0058 <- 5.91 -> DA N3 B0012 : score 2.497 : w : ARG NH2 A0058 <- 5.81 -> DA N3 B0012 : score 1.61 : H : ARG NH1 A0111 <- 2.96 -> DG N7 C0010 : score 5.92217 : H : ARG NH2 A0111 <- 2.73 -> DG O6 C0010 : score 6.7236 : H : ARG NH1 A0177 <- 2.92 -> DG N7 C0008 : score 5.97112 : H : ARG NH2 A0177 <- 2.88 -> DG O6 C0008 : score 6.52468 : H : ARG NH1 A0326 <- 2.88 -> DG N7 B0004 : score 6.02006 : H : ARG NH2 A0326 <- 3.03 -> DT O4 C0011 : score 3.46742 : H : ARG NH2 A0326 <- 2.96 -> DG O6 B0004 : score 6.41858 : x : PRO xxxx A0057 <- 3.55 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0112 <- 4.24 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0178 <- 3.86 -> DC xxx B0006 : score x.xxxxx >2evg_A:p53-like_transcription_factors; title=STRUCTURE OF A NDT80-DNA COMPLEX (MSE MUTANT MA7T) organism=Saccharomyces cerevisiae : H : ARG NH1 A0058 <- 3.19 -> DT O2 C0005 : score 4.03789 : H : ARG NH1 A0058 <- 3.11 -> DA N3 C0006 : score 3.41769 : H : ARG NH1 A0111 <- 3.02 -> DG N7 C0010 : score 5.84876 : H : ARG NH2 A0111 <- 2.68 -> DG O6 C0010 : score 6.78991 : H : ARG NH1 A0177 <- 2.95 -> DG N7 C0008 : score 5.93441 : H : ARG NH2 A0177 <- 2.86 -> DG O6 C0008 : score 6.5512 : w : ASP OD2 A0178 <- 6.42 -> DA N6 B0007 : score 2.972 : H : ARG NH1 A0326 <- 2.88 -> DG N7 B0004 : score 6.02006 : H : ARG NH2 A0326 <- 2.83 -> DG O6 B0004 : score 6.59098 : H : ARG NH2 A0326 <- 2.83 -> DT O4 C0011 : score 3.61281 : x : PRO xxxx A0057 <- 3.28 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0112 <- 4.10 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx >2evh_A:p53-like_transcription_factors; title=STRUCTURE OF A NDT80-DNA COMPLEX (MSE MUTANT MA7G) organism=Saccharomyces cerevisiae : H : ARG NH1 A0058 <- 3.21 -> DT O2 C0005 : score 4.02037 : H : ARG NH1 A0058 <- 2.99 -> DC O2 C0006 : score 3.552 : w : ARG NH2 A0058 <- 5.91 -> DA N3 B0012 : score 1.61 : H : ARG NH1 A0111 <- 3.02 -> DG N7 C0010 : score 5.84876 : H : ARG NH2 A0111 <- 2.84 -> DG O6 C0010 : score 6.57772 : H : ARG NH1 A0177 <- 2.96 -> DG N7 C0008 : score 5.92217 : H : ARG NH2 A0177 <- 2.79 -> DG O6 C0008 : score 6.64403 : w : ASP OD2 A0178 <- 5.65 -> DC N4 B0006 : score 3.848 : H : ARG NH1 A0326 <- 3.04 -> DG N7 B0004 : score 5.82429 : H : ARG NH2 A0326 <- 2.80 -> DG O6 B0004 : score 6.63077 : x : PRO xxxx A0057 <- 3.15 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0112 <- 4.19 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx >2evi_A:p53-like_transcription_factors; title=STRUCTURE OF A NDT80-DNA COMPLEX (MSE MUTANT MA8T) organism=Saccharomyces cerevisiae : H : ARG NH1 A0058 <- 3.02 -> DT O2 C0006 : score 4.18679 : w : ARG NH1 A0058 <- 5.88 -> DA N3 B0012 : score 2.497 : w : ARG NH2 A0058 <- 5.73 -> DA N3 B0012 : score 1.61 : H : ARG NH1 A0111 <- 3.02 -> DG N7 C0010 : score 5.84876 : H : ARG NH2 A0111 <- 2.71 -> DG O6 C0010 : score 6.75012 : H : ARG NH1 A0177 <- 2.89 -> DG N7 C0008 : score 6.00783 : H : ARG NH2 A0177 <- 2.77 -> DG O6 C0008 : score 6.67055 : w : ASP OD2 A0178 <- 6.20 -> DA N6 B0007 : score 2.972 : H : ARG NH1 A0326 <- 2.94 -> DG N7 B0004 : score 5.94665 : H : ARG NH2 A0326 <- 2.80 -> DG O6 B0004 : score 6.63077 : x : PRO xxxx A0057 <- 3.20 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0112 <- 4.17 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx >2evj_A:p53-like_transcription_factors; title=STRUCTURE OF AN NDT80-DNA COMPLEX (MSE MUTANT MA9C) organism=Saccharomyces cerevisiae : H : ARG NH1 A0058 <- 3.07 -> DT O2 C0006 : score 4.14299 : w : ARG NH1 A0058 <- 5.81 -> DC O2 B0012 : score 1.194 : w : ARG NH2 A0058 <- 5.66 -> DC O2 B0012 : score 1.782 : H : ARG NH1 A0111 <- 3.03 -> DG N7 C0010 : score 5.83652 : H : ARG NH2 A0111 <- 2.77 -> DG O6 C0010 : score 6.67055 : H : ARG NH1 A0177 <- 2.94 -> DG N7 C0008 : score 5.94665 : H : ARG NH2 A0177 <- 2.85 -> DG O6 C0008 : score 6.56446 : H : ARG NH1 A0326 <- 2.91 -> DG N7 B0004 : score 5.98335 : H : ARG NH2 A0326 <- 2.80 -> DG O6 B0004 : score 6.63077 : x : PRO xxxx A0057 <- 3.23 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0112 <- 4.09 -> DT xxx C0009 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0178 <- 3.91 -> DC xxx B0006 : score x.xxxxx >2ewj_A:Replication_terminator_protein_Tus; title=ESCHERICHIA COLI REPLICATION TERMINATOR PROTEIN (TUS) COMPLEXED WITH DNA- LOCKED FORM organism=Escherichia coli : H : LYS NZ A0089 <- 2.58 -> DT O2 C0332 : score 3.88288 : H : LYS NZ A0089 <- 3.01 -> DT O2 B0322 : score 3.56302 : H : LYS NZ A0175 <- 3.16 -> DT O4 C0337 : score 3.28488 : H : ARG NH2 A0232 <- 2.85 -> DG N7 C0333 : score 6.37408 : H : ARG NH2 A0232 <- 3.39 -> DG O6 C0333 : score 5.84834 : w : GLN NE2 A0237 <- 5.98 -> DG O6 C0336 : score 2.878 : H : GLN NE2 A0250 <- 3.01 -> DA N7 B0312 : score 5.8045 : H : GLN OE1 A0252 <- 3.24 -> DA N6 C0338 : score 5.38314 : V : VAL CG1 A0234 <- 3.89 -> DT C7 C0335 : score 5.77076 : V : ALA CB A0173 <- 3.54 -> DT C7 B0314 : score 5.96618 : x : ARG xxxx A0093 <- 3.96 -> DT xxx C0335 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0153 <- 3.78 -> DG xxx C0333 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0177 <- 3.45 -> DA xxx B0319 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0178 <- 3.62 -> DC xxx B0317 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0239 <- 4.27 -> DG xxx B0313 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0241 <- 3.43 -> DG xxx B0313 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0254 <- 4.36 -> DG xxx C0336 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0288 <- 4.29 -> DA xxx B0312 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0289 <- 3.33 -> DT xxx C0341 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0291 <- 4.09 -> DT xxx B0314 : score x.xxxxx >2ex5_A:Homing_endonucleases; title=GROUP I INTRON-ENCODED HOMING ENDONUCLEASE I-CEUI COMPLEXED WITH DNA organism=Chlamydomonas eugametos : H : LYS NZ A0074 <- 2.56 -> DG N7 Y0720 : score 5.65248 : w : ASP OD1 A0086 <- 6.24 -> DA N7 X0605 : score 2.056 : w : ASP OD2 A0086 <- 6.25 -> DA N7 X0605 : score 2.056 : w : ASP OD2 A0086 <- 6.02 -> DA N6 X0606 : score 2.972 : H : GLU OE1 A0088 <- 2.92 -> DC N4 Y0718 : score 5.62827 : w : GLU OE2 A0088 <- 5.96 -> DG O6 X0608 : score 2.674 : w : GLU OE2 A0088 <- 5.55 -> DC N4 Y0719 : score 3.453 : w : GLU OE2 A0088 <- 5.77 -> DC N4 X0607 : score 3.453 : H : LYS NZ A0116 <- 2.68 -> DG O6 Y0716 : score 5.92607 : w : LYS NZ A0116 <- 6.57 -> DT O4 X0610 : score 1.845 : w : GLN OE1 A0195 <- 5.94 -> DT O2 X0610 : score 2.455 : w : ASN OD1 A0197 <- 5.53 -> DT O2 X0610 : score 2.097 : V : LEU CD1 A0076 <- 3.75 -> DT C7 X0604 : score 5.68142 : x : SER xxxx A0068 <- 4.47 -> DA xxx Y0717 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0070 <- 3.59 -> DC xxx Y0718 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0072 <- 3.74 -> DC xxx Y0719 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0090 <- 3.29 -> DA xxx Y0717 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0092 <- 3.84 -> DG xxx Y0716 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0114 <- 4.43 -> DC xxx X0607 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0117 <- 3.56 -> DT xxx X0610 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0128 <- 3.68 -> DA xxx X0606 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0192 <- 3.20 -> DA xxx Y0717 : score x.xxxxx >2ex5_AB:Homing_endonucleases; title=GROUP I INTRON-ENCODED HOMING ENDONUCLEASE I-CEUI COMPLEXED WITH DNA organism=Chlamydomonas eugametos : H : LYS NZ A0074 <- 2.56 -> DG N7 Y0720 : score 5.65248 : w : ASP OD1 A0086 <- 6.24 -> DA N7 X0605 : score 2.056 : w : ASP OD2 A0086 <- 6.25 -> DA N7 X0605 : score 2.056 : w : ASP OD2 A0086 <- 6.02 -> DA N6 X0606 : score 2.972 : H : GLU OE1 A0088 <- 2.92 -> DC N4 Y0718 : score 5.62827 : w : GLU OE2 A0088 <- 5.96 -> DG O6 X0608 : score 2.674 : w : GLU OE2 A0088 <- 5.55 -> DC N4 Y0719 : score 3.453 : w : GLU OE2 A0088 <- 5.77 -> DC N4 X0607 : score 3.453 : H : LYS NZ A0116 <- 2.68 -> DG O6 Y0716 : score 5.92607 : w : LYS NZ A0116 <- 6.57 -> DT O4 X0610 : score 1.845 : H : LYS NZ B0074 <- 2.83 -> DG N7 X0620 : score 5.36123 : H : LYS NZ B0074 <- 2.76 -> DG O6 X0620 : score 5.83348 : w : GLU OE1 B0088 <- 6.11 -> DA N6 X0619 : score 2.913 : w : GLU OE1 B0088 <- 6.10 -> DC N4 Y0707 : score 3.596 : H : LYS NZ B0116 <- 2.90 -> DG O6 X0616 : score 5.67144 : H : LYS NZ B0116 <- 2.96 -> DG O6 X0617 : score 5.60199 : w : THR OG1 B0122 <- 6.01 -> DA N7 X0615 : score 2.089 : w : ASP OD2 B0128 <- 5.48 -> DG N7 Y0706 : score 2.782 : w : ASP OD2 B0128 <- 6.18 -> DC N4 Y0707 : score 3.848 : H : GLN OE1 B0192 <- 3.04 -> DG N2 X0616 : score 5.20427 : V : LEU CD1 A0076 <- 3.75 -> DT C7 X0604 : score 5.68142 : V : LEU CD2 B0076 <- 3.73 -> DT C7 Y0704 : score 5.89941 : x : SER xxxx A0068 <- 4.47 -> DA xxx Y0717 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0070 <- 3.59 -> DC xxx Y0718 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0072 <- 3.74 -> DC xxx Y0719 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0090 <- 3.29 -> DA xxx Y0717 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0092 <- 3.84 -> DG xxx Y0716 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0114 <- 4.43 -> DC xxx X0607 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0117 <- 3.56 -> DT xxx X0610 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0128 <- 3.68 -> DA xxx X0606 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0192 <- 3.20 -> DA xxx Y0717 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0195 <- 3.29 -> DC xxx X0611 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0197 <- 3.83 -> DT xxx X0610 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0070 <- 4.20 -> DT xxx X0618 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0072 <- 4.13 -> DA xxx X0619 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0078 <- 3.28 -> DT xxx Y0703 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0090 <- 4.00 -> DT xxx X0618 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0092 <- 3.46 -> DG xxx X0616 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0114 <- 3.71 -> DC xxx Y0707 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0117 <- 3.36 -> DA xxx Y0709 : score x.xxxxx >2exf_A:Retrovirus_zinc_finger-like_domains; title=SOLUTION STRUCTURE OF THE HIV-1 NUCLEOCAPSID (NCP7(12-55)) COMPLEXED WITH THE DNA (-) PRIMER BINDING SITE organism=? : H : ARG NE A0026 <- 2.84 -> DC O2 B0105 : score 2.82847 : H : ARG NH2 A0026 <- 2.88 -> DC O2 B0105 : score 3.53609 : H : ASN ND2 A0027 <- 2.80 -> DG O6 B0111 : score 5.63077 : x : VAL xxxx A0013 <- 4.49 -> DC xxx B0105 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0024 <- 3.37 -> DC xxx B0105 : score x.xxxxx >2ezv_A: title=CRYSTAL STRUCTURE OF TETRAMERIC RESTRICTION ENDONUCLEASE SFII BOUND TO COGNATE DNA. organism=? : H : GLU OE2 A0106 <- 3.02 -> DC N4 G0036 : score 5.25677 : H : ARG NH1 A0109 <- 2.85 -> DG N7 F0005 : score 6.05677 : H : ARG NH2 A0109 <- 2.81 -> DG O6 F0005 : score 6.61751 : H : LYS NZ A0208 <- 3.31 -> DG O6 F0006 : score 5.19689 : H : LYS NZ A0208 <- 2.68 -> DG N7 G0035 : score 5.52304 : H : LYS NZ A0208 <- 2.76 -> DG O6 G0035 : score 5.83348 : H : GLU OE1 A0215 <- 3.13 -> DC N4 F0008 : score 5.38607 : H : ARG NH1 A0218 <- 3.30 -> DG N7 G0034 : score 5.50615 : H : ARG NH2 A0218 <- 2.65 -> DG O6 G0034 : score 6.82969 : H : ARG NH1 A0220 <- 2.95 -> DG N7 F0006 : score 5.93441 : H : ARG NH2 A0220 <- 2.68 -> DG O6 F0006 : score 6.78991 : x : GLN xxxx A0113 <- 4.15 -> DT xxx G0033 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0210 <- 3.75 -> DC xxx F0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0213 <- 3.36 -> DC xxx F0008 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0222 <- 4.39 -> DT xxx F0004 : score x.xxxxx >2ezv_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF TETRAMERIC RESTRICTION ENDONUCLEASE SFII BOUND TO COGNATE DNA. organism=? : H : GLU OE2 A0106 <- 3.02 -> DC N4 G0036 : score 5.25677 : H : ARG NH1 A0109 <- 2.85 -> DG N7 F0005 : score 6.05677 : H : ARG NH2 A0109 <- 2.81 -> DG O6 F0005 : score 6.61751 : H : LYS NZ A0208 <- 2.68 -> DG N7 G0035 : score 5.52304 : H : LYS NZ A0208 <- 2.76 -> DG O6 G0035 : score 5.83348 : H : LYS NZ A0208 <- 3.31 -> DG O6 F0006 : score 5.19689 : H : GLU OE1 A0215 <- 3.13 -> DC N4 F0008 : score 5.38607 : H : ARG NH1 A0218 <- 3.30 -> DG N7 G0034 : score 5.50615 : H : ARG NH2 A0218 <- 2.65 -> DG O6 G0034 : score 6.82969 : H : ARG NH1 A0220 <- 2.95 -> DG N7 F0006 : score 5.93441 : H : ARG NH2 A0220 <- 2.68 -> DG O6 F0006 : score 6.78991 : H : GLU OE2 B0106 <- 2.92 -> DC N4 F0016 : score 5.36675 : H : LYS NZ B0208 <- 2.85 -> DG N7 F0015 : score 5.33965 : H : LYS NZ B0208 <- 2.74 -> DG O6 F0015 : score 5.85663 : H : GLU OE2 B0215 <- 3.14 -> DC N4 G0028 : score 5.1248 : H : ARG NH1 B0218 <- 3.33 -> DG N7 F0014 : score 5.46945 : H : ARG NH2 B0218 <- 2.89 -> DG O6 F0014 : score 6.51142 : H : ARG NH1 B0220 <- 3.13 -> DG N7 G0026 : score 5.71416 : H : ARG NH2 B0220 <- 2.83 -> DG O6 G0026 : score 6.59098 : x : GLN xxxx A0113 <- 4.15 -> DT xxx G0033 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0210 <- 3.75 -> DC xxx F0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0213 <- 3.36 -> DC xxx F0008 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0222 <- 4.39 -> DT xxx F0004 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0210 <- 3.59 -> DC xxx G0027 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0213 <- 3.29 -> DC xxx G0028 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0222 <- 4.15 -> DA xxx G0024 : score x.xxxxx >2f03_A: title=CRYSTAL STRUCTURE OF TETRAMERIC RESTRICTION ENDONUCLEASE SFII IN COMPLEX WITH COGNATE DNA (PARTIAL BOUND FORM) organism=? : H : ARG NH1 A0109 <- 3.03 -> DG N7 E0005 : score 5.83652 A : H : ARG NH2 A0109 <- 2.88 -> DG O6 E0005 : score 6.52468 A : H : LYS NZ A0208 <- 3.36 -> DG O6 E0006 : score 5.13902 A : H : LYS NZ A0208 <- 2.78 -> DG N7 F0015 : score 5.41516 A : H : LYS NZ A0208 <- 2.61 -> DG O6 F0015 : score 6.00709 A : H : GLU OE1 A0215 <- 3.14 -> DC N4 E0008 : score 5.37453 A : H : ARG NH1 A0218 <- 3.46 -> DG N7 F0014 : score 5.31038 A : H : ARG NH2 A0218 <- 2.94 -> DG O6 F0014 : score 6.44511 A : x : GLU xxxx A0106 <- 3.52 -> DC xxx F0016 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0108 <- 3.51 -> DT xxx E0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0113 <- 3.49 -> DT xxx F0013 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0210 <- 3.39 -> DC xxx E0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0213 <- 3.40 -> DC xxx E0008 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0220 <- 3.01 -> DG xxx E0006 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0222 <- 4.44 -> DG xxx E0005 : score x.xxxxx >2f5n_A:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=MUTM CROSSLINKED TO UNDAMAGED DNA SAMPLING A:T BASE PAIR IC1 organism=Geobacillus stearothermophilus : H : ARG NE A0076 <- 3.08 -> DG N3 C0008 : score 1.31192 : x : MET xxxx A0077 <- 2.95 -> DA xxx C0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0112 <- 3.02 -> DT xxx B0010 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0114 <- 3.34 -> DC xxx B0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0264 <- 3.56 -> DG xxx C0008 : score x.xxxxx >2f5o_A:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=MUTM CROSSLINKED TO UNDAMAGED DNA SAMPLING G:C BASE PAIR IC3 organism=Geobacillus stearothermophilus : H : ARG NE A0076 <- 3.09 -> DG N3 C0008 : score 1.30914 : H : ARG NH2 A0112 <- 3.20 -> DG N3 B0011 : score 3.32379 : H : ARG NH1 A0264 <- 3.02 -> DG N7 C0008 : score 5.84876 : x : MET xxxx A0077 <- 2.67 -> DG xxx C0007 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0114 <- 3.40 -> DC xxx B0009 : score x.xxxxx >2f5p_A:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=MUTM CROSSLINKED TO UNDAMAGED DNA SAMPLING A:T BASE PAIR IC2 organism=Geobacillus stearothermophilus : w : ARG NH1 A0035 <- 5.76 -> DC O2 C0009 : score 1.194 : H : ARG NE A0076 <- 2.98 -> DG N3 D0008 : score 1.33971 : H : ARG NH1 A0112 <- 3.10 -> DT O2 C0011 : score 4.11672 : x : PHE xxxx A0114 <- 3.39 -> DC xxx C0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0264 <- 4.31 -> DA xxx D0007 : score x.xxxxx >2f5q_A:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CATALYTICALLY INACTIVE (E3Q) MUTM CROSSLINKED TO OXOG:C CONTAINING DNA CC2 organism=Geobacillus stearothermophilus : w : GLU OE1 A0078 <- 5.53 -> DA N3 C0017 : score 0.968 : H : ARG NE A0112 <- 2.97 -> DC O2 B0007 : score 2.75434 : H : ARG NH1 A0112 <- 3.07 -> DC N3 B0007 : score 1.44811 : w : ARG NH2 A0112 <- 5.53 -> DA N3 C0017 : score 1.61 : x : ARG xxxx A0076 <- 3.00 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0077 <- 3.36 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0114 <- 3.33 -> DC xxx B0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0223 <- 3.06 -> DA xxx C0017 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0264 <- 3.42 -> DT xxx C0020 : score x.xxxxx >2f5s_A:N-terminal_domain_of_MutM-like_DNA_repair_proteins;S13-like_H2TH_domain;Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=CATALYTICALLY INACTIVE (E3Q) MUTM CROSSLINKED TO OXOG:C CONTAINING DNA CC1 organism=Geobacillus stearothermophilus : H : ARG NH1 A0076 <- 2.98 -> DA N3 C0019 : score 3.51242 : w : GLU OE2 A0078 <- 6.00 -> DC O2 C0017 : score 1.582 : H : ARG NE A0112 <- 2.85 -> DC O2 B0007 : score 2.82277 : H : ARG NH2 A0112 <- 2.92 -> DC N3 B0007 : score 2.48129 : w : ARG NH1 A0112 <- 6.41 -> DC O2 C0017 : score 1.194 : x : MET xxxx A0077 <- 3.63 -> DA xxx C0019 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0114 <- 3.42 -> DT xxx B0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0264 <- 3.72 -> DA xxx C0019 : score x.xxxxx >2f8n_ABDEFGHK:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=2.9 ANGSTROM X-RAY STRUCTURE OF HYBRID MACROH2A NUCLEOSOMES organism=MUS MUSCULUS / XENOPUS LAEVIS / HOMO SAPIENS : H : ARG NH2 A0440 <- 2.55 -> DA N3 J0227 : score 3.64538 : w : HIS NE2 E0639 <- 5.63 -> DT O2 J0287 : score 3.881 : H : ARG NH2 E0640 <- 3.18 -> DA N3 I0082 : score 3.20794 : H : LYS NZ G1014 <- 2.59 -> DT O2 I0117 : score 3.87544 : H : LYS NZ G1014 <- 3.05 -> DT O2 I0118 : score 3.53327 : H : ARG NH2 G1042 <- 3.02 -> DT O2 I0111 : score 4.16595 : x : HIS xxxx A0439 <- 4.46 -> DA xxx J0150 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0465 <- 3.70 -> DT xxx J0236 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0483 <- 3.57 -> DG xxx J0244 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D1230 <- 4.31 -> DG xxx J0266 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx E0665 <- 4.44 -> DT xxx I0091 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0683 <- 3.93 -> DC xxx J0194 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx H1436 <- 4.22 -> DT xxx I0122 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx K0042 <- 3.74 -> DT xxx J0256 : score x.xxxxx >2f8n_D:Histone-fold; title=2.9 ANGSTROM X-RAY STRUCTURE OF HYBRID MACROH2A NUCLEOSOMES organism=MUS MUSCULUS : x : ARG xxxx D1230 <- 4.31 -> DG xxx J0266 : score x.xxxxx >2f8x_C:p53-like_transcription_factors;DNA-binding_protein_LAG-1_CSL;E_set_domains; title=CRYSTAL STRUCTURE OF ACTIVATED NOTCH, CSL AND MAML ON HES-1 PROMOTER DNA SEQUENCE organism=HOMO SAPIENS : H : ARG NH2 C0051 <- 2.94 -> DG O6 X0008 : score 6.44511 : H : LYS NZ C0152 <- 2.66 -> DT O4 Y0107 : score 3.63886 : H : LYS NZ C0152 <- 2.58 -> DG O6 X0010 : score 6.04182 : x : TYR xxxx C0046 <- 3.66 -> DT xxx Y0107 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx C0049 <- 4.09 -> DC xxx Y0109 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0151 <- 3.60 -> DT xxx Y0106 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0181 <- 3.47 -> DT xxx X0007 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx C0182 <- 2.92 -> DA xxx Y0113 : score x.xxxxx >2fcc_B:T4_endonuclease_V; title=CRYSTAL STRUCTURE OF T4 PYRIMIDINE DIMER GLYCOSYLASE (T4-PDG) COVALENTLY COMPLEXED WITH A DNA SUBSTRATE CONTAINING ABASIC SITE organism=Enterobacteria phage T4 : x : THR xxxx B0002 <- 3.09 -> DG xxx E0208 : score x.xxxxx : x : MET xxxx B0018 <- 4.14 -> DC xxx F0222 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0021 <- 3.53 -> DA xxx F0220 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0022 <- 4.08 -> DA xxx E0206 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0025 <- 3.54 -> DA xxx F0220 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0026 <- 3.32 -> DC xxx F0219 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0071 <- 3.41 -> DA xxx F0220 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0075 <- 4.03 -> DA xxx F0220 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0087 <- 3.15 -> DA xxx F0220 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0091 <- 4.38 -> DA xxx F0220 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx B0128 <- 4.22 -> DG xxx E0205 : score x.xxxxx >2fdc_B:P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=STRUCTURAL BASIS OF DNA DAMAGE RECOGNITION AND PROCESSING BY UVRB: CRYSTAL STRUCTURE OF A UVRB/DNA COMPLEX organism=Bacillus caldotenax : x : SER xxxx B0091 <- 4.47 -> DG xxx C0017 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0093 <- 3.55 -> DG xxx C0017 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0096 <- 3.21 -> DG xxx C0017 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0097 <- 3.78 -> DC xxx C0001 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0098 <- 3.48 -> DC xxx C0001 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0146 <- 4.00 -> DC xxx C0016 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0346 <- 4.10 -> DA xxx C0014 : score x.xxxxx : x : MET xxxx B0350 <- 3.22 -> DG xxx C0003 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0357 <- 3.33 -> DG xxx C0017 : score x.xxxxx >2ff0_A:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=SOLUTION STRUCTURE OF STEROIDOGENIC FACTOR 1 DNA BINDING DOMAIN BOUND TO ITS TARGET SEQUENCE IN THE INHIBIN ALPHA-SUBUNIT PROMOTER organism=MUS MUSCULUS : H : GLU OE1 A0031 <- 2.79 -> DC N4 C0022 : score 5.7782 : H : LYS NZ A0034 <- 2.85 -> DG O6 B0008 : score 5.72931 : H : LYS NZ A0034 <- 3.02 -> DG O6 B0009 : score 5.53254 : H : ARG NH2 A0039 <- 2.74 -> DG O6 C0020 : score 6.71034 : x : LYS xxxx A0038 <- 2.78 -> DG xxx B0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0089 <- 3.20 -> DC xxx C0024 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0092 <- 2.82 -> DC xxx B0005 : score x.xxxxx >2fio_A: title=PHAGE PHI29 TRANSCRIPTION REGULATOR P4-DNA COMPLEX organism=Bacillus phage phi29 : H : GLN NE2 A0005 <- 3.21 -> DT O4 D0032 : score 4.9572 : w : GLN NE2 A0005 <- 5.91 -> DT O4 D0031 : score 1.944 : H : ARG NE A0006 <- 2.87 -> DG N7 D0030 : score 4.36242 : H : ARG NH2 A0006 <- 2.56 -> DG O6 D0030 : score 6.94905 >2fio_AB: title=PHAGE PHI29 TRANSCRIPTION REGULATOR P4-DNA COMPLEX organism=Bacillus phage phi29 : H : GLN NE2 A0005 <- 3.21 -> DT O4 D0032 : score 4.9572 : w : GLN NE2 A0005 <- 5.91 -> DT O4 D0031 : score 1.944 : H : ARG NE A0006 <- 2.87 -> DG N7 D0030 : score 4.36242 : H : ARG NH2 A0006 <- 2.56 -> DG O6 D0030 : score 6.94905 : H : GLN NE2 B0005 <- 3.19 -> DT O4 C0040 : score 4.9788 : H : ARG NE B0006 <- 2.86 -> DG N7 C0038 : score 4.37127 : H : ARG NH2 B0006 <- 2.62 -> DG O6 C0038 : score 6.86948 >2fj7_ABCDEFGH:Histone-fold;lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;p53-like_transcription_factors;Nucleic_acid-binding_proteins;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF NUCLEOSOME CORE PARTICLE CONTAINING A POLY (DA.DT) SEQUENCE ELEMENT organism=XENOPUS LAEVIS : H : HIS NE2 A0039 <- 2.87 -> DT O2 J0291 : score 5.13731 : x : ARG xxxx A0063 <- 3.92 -> DG xxx J0206 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0083 <- 3.35 -> DA xxx I0100 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0031 <- 4.41 -> DT xxx J0209 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0032 <- 3.70 -> DT xxx J0209 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0045 <- 4.38 -> DC xxx I0080 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0030 <- 3.87 -> DG xxx I0122 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0083 <- 4.28 -> DG xxx J0187 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx E0039 <- 4.23 -> DG xxx I0145 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx E0040 <- 3.41 -> DA xxx J0229 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx E0043 <- 3.71 -> DT xxx I0068 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx F0045 <- 3.71 -> DA xxx J0227 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx G0042 <- 4.39 -> DT xxx J0258 : score x.xxxxx >2fj7_B:Histone-fold; title=CRYSTAL STRUCTURE OF NUCLEOSOME CORE PARTICLE CONTAINING A POLY (DA.DT) SEQUENCE ELEMENT organism=XENOPUS LAEVIS : V : PRO CG B0032 <- 3.70 -> DT C7 J0209 : score 6.43805 : x : LYS xxxx B0031 <- 4.41 -> DT xxx J0209 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0045 <- 4.38 -> DC xxx I0080 : score x.xxxxx >2fjv_A:DNA/RNA_polymerases; title=RT29 BOUND TO D(CTTAATTCGAATTAAG) IN COMPLEX WITH MMLV RT CATALYTIC FRAGMENT organism=Moloney murine leukemia virus : H : ASP OD2 A0114 <- 3.25 -> DG N2 G0016 : score 5.12283 : H : ARG NH2 A0116 <- 2.74 -> DT O2 B0002 : score 4.40998 : x : TYR xxxx A0064 <- 3.14 -> DC xxx B0001 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0099 <- 3.11 -> DG xxx G0016 : score x.xxxxx >2fjw_A:DNA/RNA_polymerases; title=D(CTTGAATGCATTCAAG) IN COMPLEX WITH MMLV RT CATALYTIC FRAGMENT organism=Moloney murine leukemia virus : H : ASP OD2 A0114 <- 3.00 -> DG N2 G0016 : score 5.40431 : H : ARG NH2 A0116 <- 2.74 -> DT O2 B0002 : score 4.40998 : x : TYR xxxx A0064 <- 3.06 -> DC xxx B0001 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0099 <- 2.90 -> DG xxx G0016 : score x.xxxxx >2fjx_A:DNA/RNA_polymerases; title=RT29 BOUND TO D(CTTGAATGCATTCAAG) IN COMPLEX WITH MMLV RT CATALYTIC FRAGMENT organism=Moloney murine leukemia virus : H : ASP OD2 A0114 <- 3.04 -> DG N2 G0016 : score 5.35927 : H : ARG NH1 A0116 <- 3.16 -> DT O2 B0003 : score 4.06416 : H : ARG NH2 A0116 <- 2.64 -> DT O2 B0002 : score 4.49714 : x : TYR xxxx A0064 <- 3.29 -> DC xxx B0001 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0099 <- 2.98 -> DG xxx G0016 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0112 <- 4.41 -> DG xxx G0016 : score x.xxxxx >2fkc_A:LuxS/MPP-like_metallohydrolase; title=CRYSTAL FORM I OF PRE-REACTIVE COMPLEX OF RESTRICTION ENDONUCLEASE HINP1I WITH COGNATE DNA AND CALCIUM ION organism=HAEMOPHILUS INFLUENZAE : H : GLN OE1 A0093 <- 2.99 -> DC N4 C0005 : score 4.3031 : H : LYS NZ A0096 <- 2.64 -> DG O6 C0004 : score 5.97237 : H : ARG NH1 A0210 <- 2.99 -> DC O2 D0012 : score 3.552 : H : LYS NZ A0223 <- 2.55 -> DG O6 D0016 : score 6.07654 : H : ASP OD1 A0226 <- 2.58 -> DC N4 D0017 : score 5.50911 : w : ARG NH2 A0229 <- 6.01 -> DT O4 D0018 : score 2.172 A : H : GLN NE2 A0236 <- 2.78 -> DG O6 C0006 : score 5.95578 : H : LYS NZ A0238 <- 2.64 -> DG O6 D0014 : score 5.97237 : x : THR xxxx A0010 <- 3.69 -> DG xxx C0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0011 <- 3.31 -> DC xxx D0017 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0015 <- 3.83 -> DT xxx D0018 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0087 <- 3.27 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0091 <- 3.17 -> DA xxx D0013 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0221 <- 3.24 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx >2fkh_B:LuxS/MPP-like_metallohydrolase; title=CRYSTAL FORM II OF PRE-REACTIVE COMPLEX OF RESTRICTION ENDONUCLEASE HINP1I WITH COGNATE DNA AND CALCIUM IONS organism=HAEMOPHILUS INFLUENZAE : H : GLN OE1 B0093 <- 2.78 -> DC N4 E0005 : score 4.49097 : H : LYS NZ B0096 <- 2.73 -> DG O6 E0004 : score 5.8682 : H : LYS NZ B0096 <- 2.73 -> DG O6 E0004 : score 5.8682 : H : LYS NZ B0223 <- 2.64 -> DG O6 F0016 : score 5.97237 : H : ASP OD1 B0226 <- 2.56 -> DC N4 F0017 : score 5.53022 : H : ASP OD1 B0226 <- 2.56 -> DC N4 F0017 : score 5.53022 : H : GLN NE2 B0236 <- 3.00 -> DG O6 E0006 : score 5.69477 : x : THR xxxx B0010 <- 3.82 -> DG xxx F0016 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0011 <- 3.31 -> DC xxx F0017 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0015 <- 3.36 -> DT xxx F0018 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0087 <- 3.04 -> DT xxx E0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0091 <- 3.19 -> DG xxx F0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0210 <- 3.76 -> DC xxx F0012 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0221 <- 3.17 -> DG xxx F0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0229 <- 4.41 -> DC xxx F0017 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0231 <- 3.48 -> DA xxx E0003 : score x.xxxxx : x : MET xxxx B0234 <- 4.02 -> DA xxx E0003 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0238 <- 3.10 -> DG xxx E0006 : score x.xxxxx >2fl3_A:LuxS/MPP-like_metallohydrolase; title=BINARY COMPLEX OF RESTRICTION ENDONUCLEASE HINP1I WITH COGNATE DNA organism=HAEMOPHILUS INFLUENZAE : H : GLN OE1 A0093 <- 3.14 -> DC N4 C0005 : score 4.16891 : H : LYS NZ A0096 <- 2.84 -> DG O6 C0004 : score 5.74088 : H : GLN NE2 A0221 <- 3.21 -> DG N7 D0014 : score 3.86384 : H : LYS NZ A0223 <- 3.08 -> DG O6 D0016 : score 5.4631 : H : ASP OD1 A0226 <- 3.21 -> DC N4 D0017 : score 4.84422 : w : ARG NH1 A0229 <- 6.28 -> DT O4 D0018 : score 1.904 : w : ARG NH2 A0229 <- 6.55 -> DT O4 D0018 : score 2.172 : H : GLN NE2 A0236 <- 3.08 -> DG O6 C0006 : score 5.59986 : H : LYS NZ A0238 <- 2.87 -> DG O6 D0014 : score 5.70616 : x : THR xxxx A0010 <- 3.89 -> DG xxx D0016 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0011 <- 3.06 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0015 <- 3.70 -> DT xxx D0018 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0087 <- 3.21 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0091 <- 3.15 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0210 <- 3.43 -> DG xxx C0010 : score x.xxxxx >2fld_AB:Homing_endonucleases; title=I-MSOI RE-DESIGNED FOR ALTERED DNA CLEAVAGE SPECIFICITY organism=Monomastix sp. : H : ARG NH1 A0032 <- 3.07 -> DG N7 D0553 : score 5.78758 : H : ARG NH1 A0072 <- 2.88 -> DG N7 D0558 : score 6.02006 : H : ARG NH2 A0072 <- 2.93 -> DG O6 D0558 : score 6.45837 : H : ARG NH1 A0075 <- 3.00 -> DG N7 C0515 : score 5.87323 : H : ARG NH2 A0075 <- 2.81 -> DG O6 C0515 : score 6.61751 : w : ARG NH1 A0075 <- 6.05 -> DA N6 C0516 : score 1.456 : w : ASP OD2 A0081 <- 5.84 -> DA N6 C0516 : score 2.972 : H : ARG NH1 A0083 <- 3.39 -> DG N7 D0557 : score 5.39603 : H : ARG NH2 A0083 <- 2.88 -> DG O6 D0557 : score 6.52468 : H : ARG NH1 B0232 <- 2.86 -> DG O6 C0504 : score 6.0762 : H : ARG NH2 B0232 <- 2.99 -> DG N7 C0504 : score 6.1938 : H : ASP OD1 B0234 <- 2.73 -> DC N4 C0502 : score 5.3508 : H : ARG NH1 B0272 <- 3.39 -> DG O6 C0508 : score 5.4243 : H : ARG NH2 B0272 <- 2.66 -> DG N7 C0508 : score 6.61874 : H : ARG NH1 B0275 <- 2.99 -> DG N7 D0565 : score 5.88547 : H : ARG NH2 B0275 <- 2.91 -> DG O6 D0565 : score 6.48489 : w : ASP OD2 B0281 <- 5.64 -> DA N6 D0566 : score 2.972 : H : ARG NH1 B0283 <- 2.56 -> DG O6 C0507 : score 6.4452 : H : ARG NH2 B0283 <- 3.08 -> DG N7 C0507 : score 6.07791 : V : ASP CG A0077 <- 3.83 -> DT C7 D0559 : score 3.10678 : x : SER xxxx A0024 <- 4.10 -> DA xxx C0516 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0026 <- 3.46 -> DC xxx C0517 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0028 <- 3.75 -> DC xxx C0518 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0034 <- 4.40 -> DG xxx D0552 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0035 <- 3.71 -> DG xxx D0552 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0041 <- 3.67 -> DG xxx D0553 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0049 <- 3.63 -> DG xxx C0515 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0070 <- 4.33 -> DA xxx D0555 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0079 <- 4.00 -> DA xxx C0514 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0224 <- 3.88 -> DA xxx D0566 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0226 <- 3.55 -> DC xxx D0567 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0228 <- 3.66 -> DC xxx D0568 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0230 <- 4.18 -> DT xxx D0570 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0235 <- 3.16 -> DA xxx C0503 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0241 <- 4.26 -> DG xxx C0504 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0249 <- 3.80 -> DG xxx D0565 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0270 <- 4.28 -> DA xxx C0505 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0277 <- 3.87 -> DT xxx C0509 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0279 <- 3.83 -> DC xxx D0564 : score x.xxxxx >2fld_B:Homing_endonucleases; title=I-MSOI RE-DESIGNED FOR ALTERED DNA CLEAVAGE SPECIFICITY organism=Monomastix sp. : H : ARG NH1 B0232 <- 2.86 -> DG O6 C0504 : score 6.0762 : H : ARG NH2 B0232 <- 2.99 -> DG N7 C0504 : score 6.1938 : H : ASP OD1 B0234 <- 2.73 -> DC N4 C0502 : score 5.3508 : H : ARG NH1 B0272 <- 3.39 -> DG O6 C0508 : score 5.4243 : H : ARG NH2 B0272 <- 2.66 -> DG N7 C0508 : score 6.61874 : H : ARG NH1 B0275 <- 2.99 -> DG N7 D0565 : score 5.88547 : H : ARG NH2 B0275 <- 2.91 -> DG O6 D0565 : score 6.48489 : w : ASP OD2 B0281 <- 5.64 -> DA N6 D0566 : score 2.972 : H : ARG NH1 B0283 <- 2.56 -> DG O6 C0507 : score 6.4452 : H : ARG NH2 B0283 <- 3.08 -> DG N7 C0507 : score 6.07791 : x : SER xxxx B0224 <- 3.88 -> DA xxx D0566 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0226 <- 3.55 -> DC xxx D0567 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0228 <- 3.66 -> DC xxx D0568 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0230 <- 4.18 -> DT xxx D0570 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0235 <- 3.16 -> DA xxx C0503 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0241 <- 4.26 -> DG xxx C0504 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0249 <- 3.80 -> DG xxx D0565 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0270 <- 4.28 -> DA xxx C0505 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0277 <- 3.87 -> DT xxx C0509 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0279 <- 3.83 -> DC xxx D0564 : score x.xxxxx >2fll_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=TERNARY COMPLEX OF HUMAN DNA POLYMERASE IOTA WITH DNA AND DTTP organism=Homo sapiens : w : TYR OH A0039 <- 5.54 -> DG N3 T0841 : score 3.342 : w : GLN NE2 A0059 <- 6.24 -> DG N3 T0841 : score 1.492 : x : LEU xxxx A0062 <- 4.36 -> DA xxx T0840 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0064 <- 3.68 -> DA xxx T0840 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0078 <- 4.47 -> DA xxx T0840 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0301 <- 4.43 -> DT xxx T0844 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0305 <- 3.16 -> DG xxx T0841 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0343 <- 4.31 -> DG xxx P0868 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0361 <- 4.38 -> DA xxx P0867 : score x.xxxxx >2fln_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=BINARY COMPLEX OF CATALYTIC CORE OF HUMAN DNA POLYMERASE IOTA WITH DNA (TEMPLATE A) organism=Homo sapiens : w : TYR OH A0039 <- 5.48 -> DG N3 T0841 : score 3.342 : w : GLN NE2 A0059 <- 6.12 -> DG N3 T0841 : score 1.492 : x : SER xxxx A0301 <- 4.35 -> DT xxx T0844 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0305 <- 3.21 -> DG xxx T0841 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0361 <- 3.73 -> DA xxx P0867 : score x.xxxxx >2flp_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=BINARY COMPLEX OF THE CATALYTIC CORE OF HUMAN DNA POLYMERASE IOTA WITH DNA (TEMPLATE G) organism=Homo sapiens : w : TYR OH A0039 <- 5.56 -> DG N3 T0841 : score 3.342 : w : GLN NE2 A0059 <- 6.19 -> DG N3 T0841 : score 1.492 : w : GLU OE1 A0305 <- 6.41 -> DG N7 T0842 : score 1.289 : w : GLU OE2 A0305 <- 6.54 -> DG N7 T0842 : score 1.981 : x : GLN xxxx A0361 <- 4.30 -> DA xxx P0867 : score x.xxxxx >2fo1_A:DNA-binding_protein_LAG-1_CSL;p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE CSL-NOTCH-MASTERMIND TERNARY COMPLEX BOUND TO DNA organism=CAENORHABDITIS ELEGANS : H : ARG NH1 A0234 <- 2.95 -> DG N7 B0008 : score 5.93441 : H : ARG NH2 A0234 <- 3.32 -> DG O6 B0008 : score 5.94117 : x : TYR xxxx A0229 <- 3.62 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0232 <- 3.36 -> DT xxx B0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0367 <- 3.75 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0368 <- 3.00 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0400 <- 3.18 -> DG xxx B0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0401 <- 4.21 -> DA xxx C0013 : score x.xxxxx >2fqz_AB:Restriction_endonuclease-like; title=METAL-DEPLETED ECL18KI IN COMPLEX WITH UNCLEAVED DNA organism=ENTEROBACTER CLOACAE : H : GLN OE1 A0114 <- 2.93 -> DG N2 F0001 : score 5.32453 A : H : SER OG A0118 <- 2.99 -> DC O2 F0003 : score 2.42967 : H : ARG NE A0186 <- 2.74 -> DG O6 E0002 : score 3.92993 : H : ARG NH2 A0186 <- 2.81 -> DG N7 E0002 : score 6.42558 : H : GLU OE1 A0187 <- 3.36 -> DC N4 F-002 : score 5.1208 A : H : GLU OE2 A0187 <- 2.68 -> DC N4 F-001 : score 5.63069 A : H : ARG NE A0188 <- 2.62 -> DG O6 E0001 : score 4.02313 : H : ARG NH2 A0188 <- 2.88 -> DG N7 E0001 : score 6.33545 : H : GLN OE1 B0114 <- 3.11 -> DG N2 E0001 : score 5.12773 A : H : SER OG B0118 <- 3.20 -> DG N2 E0003 : score 3.27426 A : H : ARG NE B0186 <- 2.61 -> DG O6 F0002 : score 4.0309 : H : ARG NH2 B0186 <- 2.77 -> DG N7 F0002 : score 6.47709 : H : GLU OE1 B0187 <- 3.31 -> DC N4 E-002 : score 5.17847 A : H : GLU OE2 B0187 <- 2.81 -> DC N4 E-001 : score 5.48772 A : H : ARG NE B0188 <- 2.69 -> DG O6 F0001 : score 3.96877 : H : ARG NH2 B0188 <- 2.92 -> DG N7 F0001 : score 6.28394 : x : ARG xxxx A0117 <- 3.43 -> DG xxx E0001 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0184 <- 3.61 -> DG xxx E0001 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0117 <- 3.27 -> DC xxx F-001 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0184 <- 3.65 -> DG xxx F0001 : score x.xxxxx >2fqz_C:Restriction_endonuclease-like; title=METAL-DEPLETED ECL18KI IN COMPLEX WITH UNCLEAVED DNA organism=ENTEROBACTER CLOACAE : H : GLN OE1 C0114 <- 3.01 -> DG N2 H0001 : score 5.23707 A : H : SER OG C0118 <- 3.22 -> DC O2 H0003 : score 2.31349 : H : ARG NE C0186 <- 2.74 -> DG O6 G0002 : score 3.92993 : H : ARG NH2 C0186 <- 2.81 -> DG N7 G0002 : score 6.42558 : H : GLU OE2 C0187 <- 2.90 -> DC N4 H-001 : score 5.38874 A : H : ARG NE C0188 <- 2.76 -> DG O6 G0001 : score 3.9144 : H : ARG NH2 C0188 <- 2.96 -> DG N7 G0001 : score 6.23243 : x : ARG xxxx C0117 <- 3.22 -> DC xxx G-001 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0184 <- 3.67 -> DG xxx G0001 : score x.xxxxx >2fqz_CD:Restriction_endonuclease-like; title=METAL-DEPLETED ECL18KI IN COMPLEX WITH UNCLEAVED DNA organism=ENTEROBACTER CLOACAE : H : GLN OE1 C0114 <- 3.01 -> DG N2 H0001 : score 5.23707 A : H : SER OG C0118 <- 3.22 -> DC O2 H0003 : score 2.31349 : H : ARG NE C0186 <- 2.74 -> DG O6 G0002 : score 3.92993 : H : ARG NH2 C0186 <- 2.81 -> DG N7 G0002 : score 6.42558 : H : GLU OE2 C0187 <- 2.90 -> DC N4 H-001 : score 5.38874 A : H : ARG NE C0188 <- 2.76 -> DG O6 G0001 : score 3.9144 : H : ARG NH2 C0188 <- 2.96 -> DG N7 G0001 : score 6.23243 : H : GLN OE1 D0114 <- 2.98 -> DG N2 G0001 : score 5.26987 A : H : SER OG D0118 <- 3.10 -> DG N2 G0003 : score 3.34544 A : H : ARG NE D0186 <- 2.80 -> DG O6 H0002 : score 3.88333 : H : ARG NH2 D0186 <- 2.93 -> DG N7 H0002 : score 6.27106 : H : GLU OE1 D0187 <- 3.29 -> DC N4 G-002 : score 5.20153 A : H : GLU OE2 D0187 <- 2.80 -> DC N4 G-001 : score 5.49872 A : H : ARG NE D0188 <- 2.65 -> DG O6 H0001 : score 3.99983 : H : ARG NH2 D0188 <- 2.88 -> DG N7 H0001 : score 6.33545 : x : ARG xxxx C0117 <- 3.22 -> DC xxx G-001 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0184 <- 3.67 -> DG xxx G0001 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0117 <- 3.22 -> DC xxx H-001 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0184 <- 3.64 -> DG xxx H0001 : score x.xxxxx >2fr4_B:Immunoglobulin; title=STRUCTURE OF FAB DNA-1 COMPLEXED WITH A STEM-LOOP DNA LIGAND organism=MUS MUSCULUS : x : ARG xxxx B0098 <- 3.43 -> DG xxx M0014 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0100 <- 3.13 -> DC xxx M0009 : score x.xxxxx >2fr4_BH:Immunoglobulin; title=STRUCTURE OF FAB DNA-1 COMPLEXED WITH A STEM-LOOP DNA LIGAND organism=MUS MUSCULUS : x : ARG xxxx H0098 <- 3.48 -> DG xxx N0014 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx H0100 <- 3.19 -> DC xxx N0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0098 <- 3.43 -> DG xxx M0014 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0100 <- 3.13 -> DC xxx M0009 : score x.xxxxx >2fr4_L:Immunoglobulin; title=STRUCTURE OF FAB DNA-1 COMPLEXED WITH A STEM-LOOP DNA LIGAND organism=MUS MUSCULUS : H : GLU OE2 L0056 <- 2.91 -> DC N4 N0012 : score 5.37775 : H : HIS ND1 L0091 <- 2.96 -> DT O2 N0010 : score -5.88867 : V : ASN CG L0050 <- 3.87 -> DT C7 N0011 : score 2.81146 : x : TYR xxxx L0032 <- 3.52 -> DT xxx N0010 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx L0049 <- 3.40 -> DT xxx N0011 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx L0092 <- 3.50 -> DT xxx N0010 : score x.xxxxx >2fvp_A:DNA/RNA_polymerases; title=A STRUCTURAL STUDY OF THE CA DINUCLEOTIDE STEP IN THE INTEGRASE PROCESSING SITE OF MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS organism=Moloney murine leukemia virus : w : TYR OH A0064 <- 5.16 -> DT O2 B0001 : score 2.878 : w : ASP OD2 A0114 <- 5.71 -> DT O2 B0001 : score 1.039 : H : ARG NH2 A0116 <- 2.82 -> DT O2 B0002 : score 4.34026 : x : LEU xxxx A0099 <- 3.29 -> DT xxx B0001 : score x.xxxxx >2fvq_A:DNA/RNA_polymerases; title=A STRUCTURAL STUDY OF THE CA DINUCLEOTIDE STEP IN THE INTEGRASE PROCESSING SITE OF MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS organism=Moloney murine leukemia virus : H : ARG NH2 A0116 <- 2.73 -> DT O2 B0002 : score 4.4187 : x : TYR xxxx A0064 <- 4.03 -> DC xxx B0001 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0099 <- 3.38 -> DC xxx B0001 : score x.xxxxx >2fvr_A:DNA/RNA_polymerases; title=A STRUCTURAL STUDY OF THE CA DINUCLEOTIDE STEP IN THE INTEGRASE PROCESSING SITE OF MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS organism=Moloney murine leukemia virus : w : TYR OH A0064 <- 5.05 -> DT O2 B0001 : score 2.878 : w : ASP OD2 A0114 <- 5.29 -> DT O2 B0001 : score 1.039 : H : ARG NH2 A0116 <- 2.93 -> DC O2 B0002 : score 3.50016 : x : LEU xxxx A0099 <- 3.67 -> DT xxx B0001 : score x.xxxxx >2fvs_A:DNA/RNA_polymerases; title=A STRUCTURAL STUDY OF THE CA DINUCLEOTIDE STEP IN THE INTEGRASE PROCESSING SITE OF MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS organism=Moloney murine leukemia virus : H : ARG NH2 A0116 <- 2.97 -> DA N3 B0002 : score 3.35375 >2g1p_A:S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=STRUCTURE OF E. COLI DNA ADENINE METHYLTRANSFERASE (DAM) organism=Escherichia coli : H : LYS NZ A0009 <- 3.21 -> DG N7 F0005 : score 4.95132 : H : LYS NZ A0009 <- 3.21 -> DG N7 F0005 : score 4.95132 : w : LYS NZ A0009 <- 5.55 -> DA N7 F0004 : score 1.7 : H : ARG NH1 A0124 <- 2.74 -> DG O6 G0005 : score 6.2238 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.92 -> DG N7 G0005 : score 6.28394 : w : ARG NH1 A0124 <- 5.59 -> DT O4 F0007 : score 1.904 : H : TYR OH A0138 <- 2.53 -> DG O6 F0005 : score 3.27821 : H : TYR OH A0138 <- 2.53 -> DG O6 F0005 : score 3.27821 : x : TYR xxxx A0119 <- 3.33 -> DA xxx G0006 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0120 <- 3.10 -> DG xxx F0005 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0122 <- 3.31 -> DT xxx F0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0132 <- 3.71 -> DA xxx G0004 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0134 <- 3.12 -> DA xxx G0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0137 <- 3.44 -> DT xxx G0007 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0184 <- 3.93 -> DA xxx F0006 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0228 <- 3.47 -> DA xxx F0006 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0260 <- 3.89 -> DA xxx F0006 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0261 <- 3.25 -> DA xxx F0006 : score x.xxxxx >2g1p_AB:S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=STRUCTURE OF E. COLI DNA ADENINE METHYLTRANSFERASE (DAM) organism=Escherichia coli : H : LYS NZ A0009 <- 3.21 -> DG N7 F0005 : score 4.95132 : H : LYS NZ A0009 <- 3.21 -> DG N7 F0005 : score 4.95132 : w : LYS NZ A0009 <- 5.55 -> DA N7 F0004 : score 1.7 : H : ARG NH1 A0124 <- 2.74 -> DG O6 G0005 : score 6.2238 : H : ARG NH2 A0124 <- 2.92 -> DG N7 G0005 : score 6.28394 : w : ARG NH1 A0124 <- 5.59 -> DT O4 F0007 : score 1.904 : H : TYR OH A0138 <- 2.53 -> DG O6 F0005 : score 3.27821 : H : TYR OH A0138 <- 2.53 -> DG O6 F0005 : score 3.27821 : H : ARG NH1 B0124 <- 2.82 -> DG O6 G0011 : score 6.1254 : H : ARG NH2 B0124 <- 2.94 -> DG N7 G0011 : score 6.25818 : w : ARG NH1 B0124 <- 5.78 -> DT O4 F0001 : score 1.904 : x : TYR xxxx A0119 <- 3.33 -> DA xxx G0006 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0120 <- 3.10 -> DG xxx F0005 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0122 <- 3.31 -> DT xxx F0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0132 <- 3.71 -> DA xxx G0004 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0134 <- 3.12 -> DA xxx G0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0137 <- 3.44 -> DT xxx G0007 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0184 <- 3.93 -> DA xxx F0006 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0228 <- 3.47 -> DA xxx F0006 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0260 <- 3.89 -> DA xxx F0006 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0261 <- 3.25 -> DA xxx F0006 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0119 <- 3.27 -> DA xxx G0012 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0122 <- 3.36 -> DT xxx F0001 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0132 <- 3.69 -> DA xxx G0010 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0134 <- 3.23 -> DA xxx G0012 : score x.xxxxx >2g8f_A:Ribonuclease_H-like; title=B. HALODURANS RNASE H CATALYTIC DOMAIN E188A MUTANT IN COMPLEX WITH MG2+ AND RNA/DNA HYBRID (NON-P NICK AT THE ACTIVE SITE) organism=Bacillus halodurans : H : ASN ND2 A0077 <- 2.82 -> DT O2 C0002 : score 4.87785 : H : ASN ND2 A0105 <- 3.36 -> DG N3 C0003 : score 4.29542 : H : ASN OD1 A0106 <- 3.30 -> DG N2 C0003 : score 4.35346 : H : ASN ND2 A0106 <- 3.08 -> DG N3 C0003 : score 4.5663 : w : GLN NE2 A0134 <- 6.11 -> DC O2 C0005 : score 3.037 : w : THR OG1 A0135 <- 5.74 -> DT O2 C0004 : score 2.745 >2g8h_A:Ribonuclease_H-like; title=B. HALODURANS RNASE H CATALYTIC DOMAIN D192N MUTANT IN COMPLEX WITH MG2+ AND RNA/DNA HYBRID (NON-P NICK AT THE ACTIVE SITE) organism=Bacillus halodurans : H : ASN ND2 A0077 <- 2.84 -> DT O2 C0002 : score 4.85826 : H : ASN ND2 A0105 <- 3.33 -> DG N3 C0003 : score 4.32444 : H : ASN OD1 A0106 <- 3.29 -> DG N2 C0003 : score 4.36314 : H : ASN ND2 A0106 <- 3.05 -> DG N3 C0003 : score 4.59532 : w : GLN NE2 A0134 <- 5.56 -> DT O2 C0004 : score 0.847 : w : THR OG1 A0135 <- 5.50 -> DT O2 C0004 : score 2.745 >2g8i_A:Ribonuclease_H-like; title=B. HALODURANS RNASE H CATALYTIC DOMAIN D192N MUTANT IN COMPLEX WITH MN2+ AND RNA/DNA HYBRID (NON-P NICK AT THE ACTIVE SITE) organism=Bacillus halodurans : H : ASN ND2 A0077 <- 2.84 -> DT O2 C0002 : score 4.85826 : H : ASN ND2 A0105 <- 3.36 -> DG N3 C0003 : score 4.29542 : H : ASN OD1 A0106 <- 3.27 -> DG N2 C0003 : score 4.38248 : H : ASN ND2 A0106 <- 3.08 -> DG N3 C0003 : score 4.5663 : w : GLN NE2 A0134 <- 5.62 -> DT O2 C0004 : score 0.847 : w : THR OG1 A0135 <- 5.71 -> DT O2 C0004 : score 2.745 >2g8k_A:Ribonuclease_H-like; title=B. HALODURANS RNASE H CATALYTIC DOMAIN D192N MUTANT IN COMPLEX WITH CA2+ AND RNA/DNA HYBRID (NON-P NICK AT THE ACTIVE SITE) organism=Bacillus halodurans : H : ASN ND2 A0077 <- 2.83 -> DT O2 C0002 : score 4.86805 : H : ASN ND2 A0105 <- 3.32 -> DG N3 C0003 : score 4.33411 : H : ASN OD1 A0106 <- 3.21 -> DG N2 C0003 : score 4.44053 : H : ASN ND2 A0106 <- 3.08 -> DG N3 C0003 : score 4.5663 : w : GLN OE1 A0134 <- 5.59 -> DT O2 C0004 : score 2.455 : w : THR OG1 A0135 <- 5.91 -> DT O2 C0004 : score 2.745 >2g8u_A:Ribonuclease_H-like; title=B. HALODURANS RNASE H CATALYTIC DOMAIN D132N MUTANT IN COMPLEX WITH MG2+ AND RNA/DNA HYBRID (NON-P NICK AT THE ACTIVE SITE) organism=Bacillus halodurans : H : ASN ND2 A0077 <- 2.52 -> DT O2 C0002 : score 5.17169 : H : ASN ND2 A0105 <- 3.39 -> DG N3 C0003 : score 4.26639 : H : ASN ND2 A0106 <- 3.34 -> DG N3 C0003 : score 4.31476 : x : THR xxxx A0135 <- 3.34 -> DT xxx C0004 : score x.xxxxx >2g8v_A:Ribonuclease_H-like; title=B. HALODURANS RNASE H CATALYTIC DOMAIN E188A MUTANT IN COMPLEX WITH MG2+ AND RNA/DNA HYBRID (REACTION PRODUCT) organism=Bacillus halodurans : H : ASN ND2 A0077 <- 2.69 -> DT O2 C0002 : score 5.00518 : H : ASN OD1 A0106 <- 3.36 -> DG N2 C0003 : score 4.29542 : H : ASN ND2 A0106 <- 3.15 -> DG N3 C0003 : score 4.49858 : w : GLN NE2 A0134 <- 5.82 -> DT O2 C0004 : score 0.847 : w : THR OG1 A0135 <- 6.00 -> DT O2 C0004 : score 2.745 : x : ASN xxxx A0105 <- 3.53 -> DG xxx C0003 : score x.xxxxx >2g8w_A:Ribonuclease_H-like; title=B. HALODURANS RNASE H CATALYTIC DOMAIN E188A MUTANT IN COMPLEX WITH CA2+ AND RNA/DNA HYBRID organism=Bacillus halodurans : H : ASN ND2 A0077 <- 3.04 -> DA N3 C0001 : score 3.52972 : H : ASN ND2 A0105 <- 3.32 -> DT O2 C0002 : score 4.3881 : H : ASN ND2 A0106 <- 2.83 -> DT O2 C0002 : score 4.86805 : w : GLN NE2 A0134 <- 5.69 -> DG N2 C0003 : score 1.492 : w : THR OG1 A0135 <- 6.05 -> DG N2 C0003 : score 2.005 >2gat_A:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=SOLUTION STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF CHICKEN GATA-1 BOUND TO DNA, NMR, REGULARIZED MEAN STRUCTURE organism=GALLUS GALLUS : H : LYS NZ A0057 <- 2.66 -> DT O2 B0109 : score 3.82337 : V : LEU CD2 A0037 <- 3.82 -> DT C7 C0122 : score 5.76896 : V : LEU CB A0033 <- 3.64 -> DT C7 C0123 : score 4.55147 : x : THR xxxx A0016 <- 2.65 -> DT xxx C0125 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0017 <- 2.68 -> DG xxx B0107 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0019 <- 2.86 -> DG xxx B0107 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0029 <- 3.81 -> DT xxx C0125 : score x.xxxxx >2gb7_A:Restriction_endonuclease-like; title=METAL-DEPLETED ECL18KI IN COMPLEX WITH UNCLEAVED, MODIFIED DNA organism=ENTEROBACTER CLOACAE : H : GLN OE1 A0114 <- 3.05 -> DG N2 F0001 : score 5.19333 A : H : SER OG A0118 <- 3.00 -> DG N2 E-003 : score 3.41662 A : H : ARG NE A0186 <- 2.79 -> DG O6 E0002 : score 3.8911 : H : ARG NH2 A0186 <- 3.03 -> DG N7 E0002 : score 6.14229 : H : GLU OE2 A0187 <- 2.84 -> DC N4 F-001 : score 5.45473 A : H : ARG NE A0188 <- 2.70 -> DG O6 E0001 : score 3.961 : H : ARG NH2 A0188 <- 2.96 -> DG N7 E0001 : score 6.23243 : x : ARG xxxx A0117 <- 3.31 -> DC xxx E-001 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0184 <- 3.59 -> DG xxx E0001 : score x.xxxxx >2gb7_AB:Restriction_endonuclease-like; title=METAL-DEPLETED ECL18KI IN COMPLEX WITH UNCLEAVED, MODIFIED DNA organism=ENTEROBACTER CLOACAE : H : GLN OE1 A0114 <- 3.05 -> DG N2 F0001 : score 5.19333 A : H : SER OG A0118 <- 3.00 -> DG N2 E-003 : score 3.41662 A : H : ARG NE A0186 <- 2.79 -> DG O6 E0002 : score 3.8911 : H : ARG NH2 A0186 <- 3.03 -> DG N7 E0002 : score 6.14229 : H : GLU OE2 A0187 <- 2.84 -> DC N4 F-001 : score 5.45473 A : H : ARG NE A0188 <- 2.70 -> DG O6 E0001 : score 3.961 : H : ARG NH2 A0188 <- 2.96 -> DG N7 E0001 : score 6.23243 : H : GLN OE1 B0114 <- 3.18 -> DG N2 E0001 : score 5.0512 A : H : SER OG B0118 <- 2.98 -> DG N2 E0003 : score 3.43085 A : H : ARG NE B0186 <- 2.89 -> DG O6 F0002 : score 3.81343 : H : ARG NH2 B0186 <- 2.91 -> DG N7 F0002 : score 6.29682 : H : GLU OE2 B0187 <- 2.90 -> DC N4 E-001 : score 5.38874 A : H : ARG NE B0188 <- 2.75 -> DG O6 F0001 : score 3.92217 : H : ARG NH2 B0188 <- 3.02 -> DG N7 F0001 : score 6.15517 : x : ARG xxxx A0117 <- 3.31 -> DC xxx E-001 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0184 <- 3.59 -> DG xxx E0001 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0117 <- 3.24 -> DC xxx F-001 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0184 <- 3.72 -> DG xxx F0001 : score x.xxxxx >2gb7_CD:Restriction_endonuclease-like; title=METAL-DEPLETED ECL18KI IN COMPLEX WITH UNCLEAVED, MODIFIED DNA organism=ENTEROBACTER CLOACAE : H : GLN OE1 C0114 <- 3.08 -> DG N2 H0001 : score 5.16053 A : H : ARG NE C0186 <- 2.82 -> DG O6 G0002 : score 3.8678 : H : ARG NH2 C0186 <- 2.84 -> DG N7 G0002 : score 6.38695 : H : GLU OE1 C0187 <- 3.30 -> DC N4 H-002 : score 5.19 A : H : GLU OE2 C0187 <- 2.86 -> DC N4 H-001 : score 5.43273 A : H : ARG NE C0188 <- 2.70 -> DG O6 G0001 : score 3.961 : H : ARG NH2 C0188 <- 2.93 -> DG N7 G0001 : score 6.27106 : H : GLN OE1 D0114 <- 3.06 -> DG N2 G0001 : score 5.1824 A : H : SER OG D0118 <- 2.91 -> DG N2 G0003 : score 3.48068 A : H : ARG NE D0186 <- 2.91 -> DG O6 H0002 : score 3.7979 : H : ARG NH2 D0186 <- 3.02 -> DG N7 H0002 : score 6.15517 : H : GLU OE2 D0187 <- 2.85 -> DC N4 G-001 : score 5.44373 A : H : ARG NE D0188 <- 2.75 -> DG O6 H0001 : score 3.92217 : H : ARG NH2 D0188 <- 2.92 -> DG N7 H0001 : score 6.28394 : x : ARG xxxx C0117 <- 3.26 -> DC xxx G-001 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0118 <- 3.42 -> DC xxx H0003 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0184 <- 3.65 -> DG xxx G0001 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0117 <- 3.29 -> DC xxx H-001 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0184 <- 3.68 -> DG xxx H0001 : score x.xxxxx >2ge5_A:Restriction_endonuclease-like; title=ECORV RESTRICTION ENDONUCLEASE C-TERMINAL DELETION MUTANT/GATATC/CA2+ organism=Escherichia coli : H : ASN OD1 A0185 <- 3.12 -> DA N6 D0005 : score 5.5428 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.60 -> DA N7 D0005 : score 5.93333 : H : THR OG1 A0186 <- 2.61 -> DT O4 C0008 : score 4.07615 : V : ASN CG A0188 <- 3.78 -> DT C7 C0008 : score 2.87585 : x : ASN xxxx A0070 <- 3.05 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0106 <- 4.05 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.12 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx >2ge5_AB: title=ECORV RESTRICTION ENDONUCLEASE C-TERMINAL DELETION MUTANT/GATATC/CA2+ organism=Escherichia coli : H : ASN OD1 A0185 <- 3.12 -> DA N6 D0005 : score 5.5428 : H : ASN ND2 A0185 <- 2.60 -> DA N7 D0005 : score 5.93333 : H : THR OG1 A0186 <- 2.61 -> DT O4 C0008 : score 4.07615 : H : ASN ND2 B0070 <- 2.95 -> DC O2 C0009 : score 4.50677 : H : SER OG B0183 <- 2.68 -> DT O4 D0008 : score 3.55118 : H : ASN OD1 B0185 <- 2.70 -> DA N6 C0005 : score 6.04023 : H : ASN ND2 B0185 <- 2.82 -> DA N7 C0005 : score 5.68231 : H : THR OG1 B0186 <- 2.79 -> DT O4 D0008 : score 3.93478 : V : THR CG2 B0106 <- 3.74 -> DT C7 D0008 : score 4.39313 : V : ASN CG A0188 <- 3.78 -> DT C7 C0008 : score 2.87585 : x : ASN xxxx A0070 <- 3.05 -> DT xxx C0006 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0106 <- 4.05 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0183 <- 3.12 -> DG xxx D0004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0188 <- 3.67 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx >2geq_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF A P53 CORE DIMER BOUND TO DNA organism=Mus musculus : H : ARG NH1 A0277 <- 2.91 -> DG O6 C0011 : score 6.0147 : H : ARG NH2 A0277 <- 2.91 -> DG N7 C0011 : score 6.29682 : H : ARG NH1 B0277 <- 2.71 -> DG O6 D0011 : score 6.2607 : H : ARG NH2 B0277 <- 2.86 -> DG N7 D0011 : score 6.3612 : x : ALA xxxx A0273 <- 3.98 -> DG xxx C0011 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0274 <- 3.67 -> DC xxx C0012 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0273 <- 3.81 -> DG xxx D0011 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0274 <- 3.88 -> DC xxx D0012 : score x.xxxxx >2geq_B:p53-like_transcription_factors; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A P53 CORE DIMER BOUND TO DNA organism=Mus musculus : H : ARG NH1 B0277 <- 2.71 -> DG O6 D0011 : score 6.2607 : H : ARG NH2 B0277 <- 2.86 -> DG N7 D0011 : score 6.3612 : x : ALA xxxx B0273 <- 3.81 -> DG xxx D0011 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0274 <- 3.88 -> DC xxx D0012 : score x.xxxxx >2gig_A:Restriction_endonuclease-like; title=ALTERATION OF SEQUENCE SPECIFICITY OF THE TYPE II RESTRICTION ENDONUCLEASE HINCII THROUGH AN INDIRECT READOUT MECHANISM organism=Haemophilus influenzae : w : GLN OE1 A0109 <- 5.58 -> DT O2 F0006 : score 2.455 : w : ASN OD1 A0110 <- 6.49 -> DC O2 E0011 : score 2.12 : w : ASN OD1 A0110 <- 6.28 -> DC O2 E0010 : score 2.12 : w : ASN OD1 A0110 <- 6.38 -> DG N3 F0005 : score 3.331 : H : ASN OD1 A0141 <- 3.05 -> DA N6 F0009 : score 5.62571 : H : ASN ND2 A0141 <- 3.07 -> DG N7 F0008 : score 4.28368 : H : ASN ND2 A0201 <- 3.01 -> DG N7 E0005 : score 4.33802 : H : GLN NE2 A0209 <- 3.02 -> DG O6 E0005 : score 5.67104 : w : GLN OE1 A0209 <- 6.54 -> DG N7 E0004 : score 2.878 : V : ALA CB A0205 <- 3.67 -> DT C7 F0006 : score 5.78412 : x : SER xxxx A0136 <- 3.28 -> DC xxx F0011 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0138 <- 3.31 -> DC xxx F0011 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0140 <- 3.38 -> DA xxx F0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0199 <- 3.36 -> DG xxx E0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0203 <- 4.11 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0204 <- 3.23 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0207 <- 4.17 -> DC xxx F0007 : score x.xxxxx >2gig_AB:Restriction_endonuclease-like; title=ALTERATION OF SEQUENCE SPECIFICITY OF THE TYPE II RESTRICTION ENDONUCLEASE HINCII THROUGH AN INDIRECT READOUT MECHANISM organism=Haemophilus influenzae : H : ASN OD1 A0141 <- 3.05 -> DA N6 F0009 : score 5.62571 : H : ASN ND2 A0141 <- 3.07 -> DG N7 F0008 : score 4.28368 : w : ASN ND2 A0141 <- 5.93 -> DT O4 E0006 : score 2.886 : H : ASN ND2 A0201 <- 3.01 -> DG N7 E0005 : score 4.33802 : H : GLN NE2 A0209 <- 3.02 -> DG O6 E0005 : score 5.67104 : w : GLN OE1 A0209 <- 6.54 -> DG N7 E0004 : score 2.878 : w : SER OG B0136 <- 5.57 -> DG N7 E0012 : score 2.881 : H : ASN OD1 B0141 <- 3.01 -> DA N6 E0009 : score 5.67308 : H : ASN ND2 B0141 <- 2.97 -> DG N7 E0008 : score 4.37425 : H : ASN ND2 B0201 <- 3.01 -> DG N7 F0005 : score 4.33802 : H : GLN NE2 B0209 <- 3.04 -> DG O6 F0005 : score 5.64731 : w : GLN OE1 B0209 <- 6.82 -> DG N7 F0004 : score 2.878 : V : ALA CB A0205 <- 3.67 -> DT C7 F0006 : score 5.78412 : x : GLN xxxx A0109 <- 3.03 -> DA xxx E0009 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0110 <- 4.44 -> DT xxx F0006 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0136 <- 3.28 -> DC xxx F0011 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0138 <- 3.31 -> DC xxx F0011 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0140 <- 3.38 -> DA xxx F0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0199 <- 3.36 -> DG xxx E0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0203 <- 4.11 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0204 <- 3.23 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0207 <- 4.17 -> DC xxx F0007 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0138 <- 3.36 -> DC xxx E0011 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0140 <- 3.68 -> DA xxx E0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0199 <- 3.37 -> DG xxx F0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0203 <- 3.99 -> DT xxx F0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0204 <- 3.26 -> DT xxx F0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0205 <- 3.47 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0207 <- 3.90 -> DC xxx E0007 : score x.xxxxx >2gih_A:Restriction_endonuclease-like; title=Q138F HINCII BOUND TO COGNATE DNA GTCGAC AND CA2+ organism=Haemophilus influenzae : w : GLN NE2 A0109 <- 5.44 -> DC O2 E0010 : score 3.037 : H : ASN ND2 A0141 <- 2.95 -> DG N7 F0008 : score 4.39236 : H : ASN ND2 A0201 <- 3.08 -> DG N7 E0005 : score 4.27463 : H : GLN NE2 A0209 <- 3.25 -> DG O6 E0005 : score 5.39817 : V : ALA CB A0205 <- 3.62 -> DT C7 F0006 : score 5.85414 : V : ALA CB A0203 <- 3.85 -> DT C7 E0006 : score 5.53203 : x : ASN xxxx A0110 <- 4.07 -> DT xxx F0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0137 <- 4.27 -> DC xxx F0011 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0138 <- 3.30 -> DG xxx E0005 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0140 <- 3.98 -> DA xxx F0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0199 <- 3.26 -> DG xxx E0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0204 <- 3.25 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0207 <- 4.00 -> DC xxx F0007 : score x.xxxxx >2gih_AB:Restriction_endonuclease-like; title=Q138F HINCII BOUND TO COGNATE DNA GTCGAC AND CA2+ organism=Haemophilus influenzae : H : ASN ND2 A0141 <- 2.95 -> DG N7 F0008 : score 4.39236 : H : ASN ND2 A0201 <- 3.08 -> DG N7 E0005 : score 4.27463 : H : GLN NE2 A0209 <- 3.25 -> DG O6 E0005 : score 5.39817 : w : GLN OE1 B0109 <- 6.10 -> DT O2 E0006 : score 2.455 : w : SER OG B0136 <- 5.50 -> DG O6 E0012 : score 2.881 : H : ASN OD1 B0141 <- 2.77 -> DA N6 E0009 : score 5.95733 : H : ASN ND2 B0141 <- 3.00 -> DG N7 E0008 : score 4.34708 : H : ASN ND2 B0201 <- 3.05 -> DG N7 F0005 : score 4.3018 : H : GLN NE2 B0209 <- 3.19 -> DG O6 F0005 : score 5.46935 : w : GLN OE1 B0209 <- 5.88 -> DG N7 F0004 : score 2.878 : V : ALA CB A0205 <- 3.62 -> DT C7 F0006 : score 5.85414 : V : ALA CB A0203 <- 3.85 -> DT C7 E0006 : score 5.53203 : x : GLN xxxx A0109 <- 3.12 -> DA xxx E0009 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0110 <- 4.07 -> DT xxx F0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0137 <- 4.27 -> DC xxx F0011 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0138 <- 3.30 -> DG xxx E0005 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0140 <- 3.98 -> DA xxx F0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0199 <- 3.26 -> DG xxx E0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0204 <- 3.25 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0207 <- 4.00 -> DC xxx F0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0110 <- 3.39 -> DG xxx E0005 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0138 <- 3.18 -> DC xxx E0011 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0140 <- 3.56 -> DA xxx E0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0199 <- 3.55 -> DG xxx F0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0203 <- 4.24 -> DT xxx F0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0204 <- 3.60 -> DT xxx F0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0205 <- 3.74 -> DC xxx E0007 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0207 <- 4.17 -> DC xxx E0007 : score x.xxxxx >2gii_AB:Restriction_endonuclease-like; title=Q138F HINCII BOUND TO COGNATE DNA GTTAAC organism=Haemophilus influenzae : w : ASN ND2 A0110 <- 5.60 -> DT O2 F0006 : score 2.097 : w : SER OG A0136 <- 6.01 -> DG O6 F0012 : score 2.881 : H : ASN OD1 A0141 <- 2.59 -> DA N6 F0009 : score 6.17051 : w : ASN ND2 A0141 <- 5.50 -> DA N6 F0008 : score 2.759 : H : ASN ND2 A0201 <- 2.97 -> DG N7 E0005 : score 4.37425 : H : GLN NE2 A0209 <- 2.98 -> DG O6 E0005 : score 5.7185 : w : GLN OE1 A0209 <- 6.00 -> DG N7 E0004 : score 2.878 : w : SER OG B0136 <- 5.67 -> DG N7 E0012 : score 2.881 : H : ASN OD1 B0141 <- 2.77 -> DA N6 E0009 : score 5.95733 : w : ASN ND2 B0141 <- 6.37 -> DT O4 F0007 : score 2.886 : w : ASN ND2 B0141 <- 5.62 -> DA N7 E0008 : score 1.912 : H : ASN ND2 B0201 <- 3.24 -> DG N7 F0005 : score 4.12972 : w : GLN OE1 B0207 <- 6.08 -> DA N7 E0008 : score 1.864 : V : ALA CB B0205 <- 3.57 -> DT C7 E0006 : score 5.92417 : V : ALA CB A0205 <- 3.52 -> DT C7 F0006 : score 5.99419 : x : PHE xxxx A0138 <- 3.32 -> DG xxx E0004 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0140 <- 3.39 -> DA xxx F0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0199 <- 3.17 -> DG xxx E0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0203 <- 4.11 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0204 <- 3.16 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0138 <- 3.34 -> DG xxx F0004 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0140 <- 3.83 -> DA xxx E0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0199 <- 3.14 -> DG xxx F0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0203 <- 4.17 -> DG xxx F0005 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0204 <- 3.33 -> DT xxx F0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0209 <- 3.15 -> DG xxx F0005 : score x.xxxxx >2gii_B:Restriction_endonuclease-like; title=Q138F HINCII BOUND TO COGNATE DNA GTTAAC organism=Haemophilus influenzae : w : SER OG B0136 <- 5.67 -> DG N7 E0012 : score 2.881 : H : ASN OD1 B0141 <- 2.77 -> DA N6 E0009 : score 5.95733 : w : ASN ND2 B0141 <- 5.54 -> DA N6 E0008 : score 2.759 : w : ASN ND2 B0141 <- 5.62 -> DA N7 E0008 : score 1.912 : H : ASN ND2 B0201 <- 3.24 -> DG N7 F0005 : score 4.12972 : w : GLN OE1 B0207 <- 6.08 -> DA N7 E0008 : score 1.864 : V : ALA CB B0205 <- 3.57 -> DT C7 E0006 : score 5.92417 : x : PHE xxxx B0138 <- 3.34 -> DG xxx F0004 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0140 <- 3.83 -> DA xxx E0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0199 <- 3.14 -> DG xxx F0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0203 <- 4.17 -> DG xxx F0005 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0204 <- 3.33 -> DT xxx F0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0209 <- 3.15 -> DG xxx F0005 : score x.xxxxx >2gij_A:Restriction_endonuclease-like; title=Q138F HINCII BOUND TO COGNATE DNA GTTAAC AND CA2+ organism=Haemophilus influenzae : H : ASN OD1 A0141 <- 2.94 -> DA N6 F0009 : score 5.75598 : w : ASN ND2 A0141 <- 5.63 -> DA N7 F0008 : score 1.912 : w : ASN ND2 A0141 <- 5.83 -> DA N6 F0008 : score 2.759 : H : ASN ND2 A0201 <- 2.94 -> DG N7 E0005 : score 4.40142 : H : GLN NE2 A0209 <- 3.00 -> DG O6 E0005 : score 5.69477 : V : ALA CB A0205 <- 3.80 -> DT C7 F0006 : score 5.60205 : x : GLN xxxx A0109 <- 3.16 -> DC xxx E0010 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0110 <- 4.14 -> DG xxx F0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0136 <- 3.39 -> DC xxx F0011 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0138 <- 3.30 -> DG xxx E0005 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0140 <- 3.34 -> DA xxx F0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0199 <- 3.46 -> DG xxx E0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0203 <- 4.06 -> DG xxx E0005 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0204 <- 3.52 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0207 <- 3.63 -> DT xxx F0007 : score x.xxxxx >2gij_AB:Restriction_endonuclease-like; title=Q138F HINCII BOUND TO COGNATE DNA GTTAAC AND CA2+ organism=Haemophilus influenzae : H : ASN OD1 A0141 <- 2.94 -> DA N6 F0009 : score 5.75598 : w : ASN ND2 A0141 <- 5.63 -> DA N7 F0008 : score 1.912 : w : ASN ND2 A0141 <- 5.83 -> DA N6 F0008 : score 2.759 : H : ASN ND2 A0201 <- 2.94 -> DG N7 E0005 : score 4.40142 : H : GLN NE2 A0209 <- 3.00 -> DG O6 E0005 : score 5.69477 : w : ASN OD1 B0141 <- 5.76 -> DT O4 F0006 : score 3.053 : H : ASN ND2 B0201 <- 3.00 -> DG N7 F0005 : score 4.34708 : H : GLN NE2 B0209 <- 3.05 -> DG O6 F0005 : score 5.63545 : V : ALA CB B0205 <- 3.68 -> DT C7 E0006 : score 5.77011 : V : ALA CB A0205 <- 3.80 -> DT C7 F0006 : score 5.60205 : x : GLN xxxx A0109 <- 3.16 -> DC xxx E0010 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0110 <- 4.14 -> DG xxx F0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0136 <- 3.39 -> DC xxx F0011 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0138 <- 3.30 -> DG xxx E0005 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0140 <- 3.34 -> DA xxx F0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0199 <- 3.46 -> DG xxx E0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0203 <- 4.06 -> DG xxx E0005 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0204 <- 3.52 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0207 <- 3.63 -> DT xxx F0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0110 <- 4.41 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0136 <- 3.69 -> DC xxx E0011 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0138 <- 3.31 -> DC xxx E0011 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0140 <- 3.63 -> DA xxx E0009 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0199 <- 3.43 -> DG xxx F0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0203 <- 4.01 -> DG xxx F0005 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0204 <- 3.37 -> DT xxx F0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0207 <- 3.86 -> DT xxx E0007 : score x.xxxxx >2gli_A:C2H2_and_C2HC_zinc_fingers; title=FIVE-FINGER GLI/DNA COMPLEX organism=Homo sapiens : H : SER OG A0215 <- 2.76 -> DG O6 C0010 : score 3.95834 : H : LYS NZ A0219 <- 2.46 -> DG O6 C0011 : score 6.18071 : w : LYS NZ A0219 <- 6.61 -> DG N7 C0012 : score 2.357 : w : ARG NH2 A0223 <- 6.06 -> DT O4 C0013 : score 2.172 : w : ARG NH2 A0223 <- 6.11 -> DG N7 C0012 : score 1.931 : H : ASP OD1 A0244 <- 2.70 -> DC N4 D0009 : score 5.38246 : H : ASP OD2 A0244 <- 3.15 -> DC N4 D0008 : score 5.73381 : H : SER OG A0246 <- 3.05 -> DG N7 C0014 : score 4.29083 : H : SER OG A0246 <- 2.71 -> DG O6 C0014 : score 3.99761 : H : SER OG A0247 <- 2.78 -> DA N7 D0007 : score 4.42146 : H : ARG NH2 A0249 <- 3.26 -> DG N7 C0014 : score 5.84612 : H : LYS NZ A0250 <- 2.55 -> DG N7 D0006 : score 5.66327 : H : LYS NZ A0250 <- 2.90 -> DG O6 D0006 : score 5.67144 : V : ALA CB A0214 <- 3.54 -> DT C7 C0008 : score 5.96618 : x : ALA xxxx A0153 <- 4.41 -> DT xxx C0003 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0155 <- 3.17 -> DC xxx C0004 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0183 <- 4.23 -> DA xxx D0015 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0186 <- 3.90 -> DC xxx D0013 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0216 <- 3.65 -> DC xxx D0011 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0245 <- 3.93 -> DT xxx C0013 : score x.xxxxx >2glo_A:Homeodomain-like; title=SOLUTION STRUCTURE OF THE BRINKER DNA BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH THE OMB ENHANCER organism=DROSOPHILA MELANOGASTER : H : ARG NH1 A0082 <- 2.65 -> DG O6 C0019 : score 6.3345 : H : LYS NZ A0086 <- 3.07 -> DT O4 B0008 : score 3.3486 : x : ARG xxxx A0045 <- 2.85 -> DG xxx C0016 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0080 <- 3.32 -> DC xxx C0018 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0081 <- 3.53 -> DG xxx B0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0083 <- 2.83 -> DA xxx C0017 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0085 <- 2.91 -> DG xxx B0005 : score x.xxxxx >2gxa_ABCDEF:P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF PAPILLOMAVIRUS E1 HEXAMERIC HELICASE WITH SSDNA AND MGADP organism=Bovine papillomavirus type 1 : H : HIS NE2 F0507 <- 2.97 -> DT O2 M0003 : score 5.03311 : x : HIS xxxx C0507 <- 4.03 -> DT xxx M0001 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx D0507 <- 3.62 -> DT xxx M0002 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx E0507 <- 2.98 -> DT xxx M0003 : score x.xxxxx >2gxa_GHIJKL:P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF PAPILLOMAVIRUS E1 HEXAMERIC HELICASE WITH SSDNA AND MGADP organism=Bovine papillomavirus type 1 : H : HIS NE2 K0507 <- 3.00 -> DT O2 N0004 : score 5.00185 : x : HIS xxxx H0463 <- 4.19 -> DT xxx N0003 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx H0464 <- 4.28 -> DT xxx N0003 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx H0507 <- 3.48 -> DT xxx N0001 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx I0507 <- 3.41 -> DT xxx N0002 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx J0507 <- 3.09 -> DT xxx N0003 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx L0507 <- 3.26 -> DT xxx N0004 : score x.xxxxx >2gxa_L:P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF PAPILLOMAVIRUS E1 HEXAMERIC HELICASE WITH SSDNA AND MGADP organism=Bovine papillomavirus type 1 : x : HIS xxxx L0507 <- 3.26 -> DT xxx N0004 : score x.xxxxx >2gzk_A:HMG-box; title=STRUCTURE OF A COMPLEX OF TANDEM HMG BOXES AND DNA organism=HOMO SAPIENS, RATTUS RATTUS : H : ARG NH2 A0007 <- 2.61 -> DC O2 B0211 : score 3.73015 : H : ASN OD1 A0032 <- 2.74 -> DG N2 B0215 : score 4.89523 : H : ASN ND2 A0032 <- 2.90 -> DC O2 B0216 : score 4.55323 : H : SER OG A0036 <- 3.06 -> DA N3 C0219 : score 2.98377 : H : ARG NH1 A0091 <- 2.56 -> DC O2 B0206 : score 3.86954 : H : ARG NH2 A0091 <- 2.74 -> DA N3 C0228 : score 3.51346 : x : ASN xxxx A0010 <- 3.16 -> DA xxx B0212 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0012 <- 3.10 -> DT xxx C0220 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0013 <- 3.40 -> DA xxx B0213 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0020 <- 3.13 -> DG xxx B0215 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0074 <- 4.45 -> DA xxx B0210 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0076 <- 3.20 -> DT xxx C0224 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0078 <- 3.20 -> DA xxx B0209 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0081 <- 4.15 -> DA xxx B0208 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0096 <- 4.34 -> DA xxx B0204 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0097 <- 3.09 -> DT xxx C0229 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0100 <- 3.76 -> DG xxx B0203 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0116 <- 3.33 -> DC xxx C0232 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0120 <- 3.11 -> DG xxx B0203 : score x.xxxxx >2h1o_EFGH:PIN_domain-like;Ribbon-helix-helix; title=STRUCTURE OF FITAB BOUND TO IR36 DNA FRAGMENT organism=NEISSERIA GONORRHOEAE : H : ARG NH1 E0007 <- 3.24 -> DG N7 U0026 : score 5.57957 : H : ARG NH2 E0007 <- 3.05 -> DG N7 U0026 : score 6.11654 : H : ARG NH2 E0007 <- 2.32 -> DG O6 U0026 : score 7.26732 : H : ARG NH1 F0007 <- 2.88 -> DG O6 U0006 : score 6.0516 : H : ARG NH2 F0007 <- 2.61 -> DG N7 U0006 : score 6.68312 : H : ARG NH1 G0007 <- 2.64 -> DG O6 V0062 : score 6.3468 : H : ARG NH2 G0007 <- 2.66 -> DG N7 V0062 : score 6.61874 : H : ARG NH1 H0007 <- 2.96 -> DG O6 V0042 : score 5.9532 : H : ARG NH2 H0007 <- 2.75 -> DG N7 V0042 : score 6.50285 : V : VAL CG2 F0005 <- 3.80 -> DT C7 U0008 : score 6.24821 : V : VAL CG2 E0005 <- 3.52 -> DT C7 U0028 : score 6.68558 : x : SER xxxx E0003 <- 3.78 -> DT xxx U0028 : score x.xxxxx : x : SER xxxx F0003 <- 3.66 -> DT xxx U0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx G0003 <- 3.22 -> DT xxx V0064 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx G0005 <- 3.83 -> DA xxx V0063 : score x.xxxxx : x : SER xxxx H0003 <- 4.41 -> DT xxx V0044 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx H0005 <- 3.69 -> DT xxx V0044 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx H0029 <- 4.28 -> DT xxx U0025 : score x.xxxxx >2h27_A:Sigma3_and_sigma4_domains_of_RNA_polymerase_sigma_factors; title=CRYSTAL STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI SIGMAE REGION 4 BOUND TO ITS-35 ELEMENT DNA organism=Escherichia coli K12 : H : ARG NH1 A0171 <- 3.24 -> DA N7 C0018 : score 2.41095 : H : ARG NH1 A0171 <- 2.86 -> DG N7 C0019 : score 6.04453 : H : SER OG A0172 <- 2.94 -> DG N7 B0005 : score 4.3902 : H : ARG NH1 A0176 <- 2.70 -> DG N7 B0004 : score 6.24031 : H : ARG NH2 A0176 <- 2.86 -> DG O6 B0004 : score 6.5512 : V : PHE CG A0175 <- 3.52 -> DT C7 C0021 : score 5.60241 : x : TYR xxxx A0156 <- 3.93 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0169 <- 3.54 -> DG xxx B0005 : score x.xxxxx >2h3a_AB: title=STRUCTURAL BASIS FOR NUCLEIC ACID AND TOXIN RECOGNITION OF THE BACTERIAL ANTITOXIN CCDA organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NE A0004 <- 3.17 -> DT O4 D0191 : score 1.82351 : H : ARG NH2 A0004 <- 3.18 -> DG N7 D0190 : score 5.94914 : H : ARG NH1 B0104 <- 2.69 -> DA N7 D0192 : score 2.70175 : H : ARG NH1 B0104 <- 2.99 -> DT O4 D0193 : score 2.997 : H : ARG NH2 B0104 <- 2.76 -> DA N7 D0192 : score 1.35692 : x : THR xxxx A0006 <- 2.75 -> DT xxx C0178 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0008 <- 3.36 -> DT xxx C0176 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 3.11 -> DT xxx D0191 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0108 <- 4.20 -> DG xxx D0189 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0162 <- 4.15 -> DG xxx C0177 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0171 <- 3.63 -> DC xxx D0187 : score x.xxxxx >2h3a_B: title=STRUCTURAL BASIS FOR NUCLEIC ACID AND TOXIN RECOGNITION OF THE BACTERIAL ANTITOXIN CCDA organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH1 B0104 <- 2.69 -> DA N7 D0192 : score 2.70175 : H : ARG NH1 B0104 <- 2.99 -> DT O4 D0193 : score 2.997 : H : ARG NH2 B0104 <- 2.76 -> DA N7 D0192 : score 1.35692 : x : THR xxxx B0106 <- 3.11 -> DT xxx D0191 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0108 <- 4.20 -> DG xxx D0189 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0162 <- 4.15 -> DG xxx C0177 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx B0171 <- 3.63 -> DC xxx D0187 : score x.xxxxx >2h3c_A: title=STRUCTURAL BASIS FOR NUCLEIC ACID AND TOXIN RECOGNITION OF THE BACTERIAL ANTITOXIN CCDA organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH1 A0004 <- 2.96 -> DG N7 D0190 : score 5.92217 : H : ARG NH1 A0004 <- 3.30 -> DG O6 D0190 : score 5.535 : H : ARG NH1 A0004 <- 2.72 -> DT O4 D0191 : score 3.16523 : x : THR xxxx A0006 <- 3.24 -> DT xxx C0178 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0008 <- 3.82 -> DT xxx C0176 : score x.xxxxx >2h3c_AB: title=STRUCTURAL BASIS FOR NUCLEIC ACID AND TOXIN RECOGNITION OF THE BACTERIAL ANTITOXIN CCDA organism=ESCHERICHIA COLI : H : ARG NH1 A0004 <- 2.96 -> DG N7 D0190 : score 5.92217 : H : ARG NH1 A0004 <- 3.30 -> DG O6 D0190 : score 5.535 : H : ARG NH1 A0004 <- 2.72 -> DT O4 D0191 : score 3.16523 : x : THR xxxx A0006 <- 3.24 -> DT xxx C0178 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0008 <- 3.82 -> DT xxx C0176 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0104 <- 2.88 -> DG xxx C0177 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0106 <- 2.72 -> DT xxx D0191 : score x.xxxxx >2h7f_X:DNA_breaking-rejoining_enzymes;DNA_topoisomerase_I_domain; title=STRUCTURE OF VARIOLA TOPOISOMERASE COVALENTLY BOUND TO DNA organism=Variola virus : H : GLN OE1 X0069 <- 2.98 -> DA N6 Z0520 : score 5.69007 : H : GLN NE2 X0069 <- 3.45 -> DA N7 Z0520 : score 5.27131 : H : LYS NZ X0133 <- 2.99 -> DG N7 Z0523 : score 5.18863 : H : LYS NZ X0133 <- 2.96 -> DG O6 Z0523 : score 5.60199 : H : TYR OH X0136 <- 3.00 -> DG N7 Z0522 : score 4.11323 : H : LYS NZ X0167 <- 2.80 -> DT O2 Y0511 : score 3.71923 : H : ARG NH2 X0206 <- 2.93 -> DG N7 Y0503 : score 6.27106 : H : ARG NH2 X0206 <- 3.01 -> DG O6 Y0503 : score 6.35228 : x : ARG xxxx X0067 <- 3.97 -> DA xxx Z0520 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx X0070 <- 3.65 -> DC xxx Y0508 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx X0072 <- 3.50 -> DC xxx Y0509 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx X0080 <- 3.49 -> DT xxx Y0511 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx X0209 <- 3.78 -> DG xxx Z0523 : score x.xxxxx >2h7g_X:DNA_breaking-rejoining_enzymes;DNA_topoisomerase_I_domain; title=STRUCTURE OF VARIOLA TOPOISOMERASE NON-COVALENTLY BOUND TO DNA organism=Variola virus : H : GLN OE1 X0069 <- 2.86 -> DA N6 Z0520 : score 5.83173 : H : GLN NE2 X0069 <- 3.08 -> DA N7 Z0520 : score 5.71967 : w : GLN OE1 X0069 <- 5.72 -> DT O4 Y0510 : score 3.148 : w : GLN OE1 X0069 <- 5.89 -> DA N6 Z0519 : score 2.78 : H : LYS NZ X0133 <- 2.98 -> DG N7 Z0523 : score 5.19942 : H : LYS NZ X0135 <- 3.06 -> DG N7 Y0506 : score 5.11312 : H : TYR OH X0136 <- 2.84 -> DG N7 Z0522 : score 4.25034 : H : LYS NZ X0167 <- 2.83 -> DT O2 Y0511 : score 3.69692 : w : ASP OD2 X0168 <- 5.54 -> DA N3 Z0519 : score 1.363 : w : GLU OE1 X0205 <- 5.33 -> DC N4 Y0505 : score 3.596 : H : ARG NH2 X0206 <- 2.63 -> DG O6 Y0503 : score 6.85622 : x : ARG xxxx X0067 <- 4.01 -> DA xxx Z0520 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx X0070 <- 3.52 -> DC xxx Y0508 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx X0072 <- 3.34 -> DT xxx Y0510 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx X0080 <- 3.23 -> DT xxx Y0511 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx X0209 <- 3.61 -> DG xxx Z0523 : score x.xxxxx >2h7h_A:Leucine_zipper_domain;A_DNA-binding_domain_in_eukaryotic_transcription_factors; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE JUN BZIP HOMODIMER COMPLEXED WITH AP-1 DNA organism=Avian sarcoma virus : w : ASN OD1 A0009 <- 5.77 -> DA N7 Y0206 : score 2.199 : V : ALA CB A0013 <- 3.53 -> DT C7 X0211 : score 5.98019 : x : ALA xxxx A0012 <- 3.91 -> DT xxx Y0207 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0016 <- 4.43 -> DT xxx Y0207 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0017 <- 2.55 -> DC xxx X0210 : score x.xxxxx >2h7h_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE JUN BZIP HOMODIMER COMPLEXED WITH AP-1 DNA organism=Avian sarcoma virus : w : ASN OD1 A0009 <- 5.77 -> DA N7 Y0206 : score 2.199 : w : ASN OD1 B0009 <- 5.69 -> DA N7 X0206 : score 2.199 : H : ARG NH2 B0017 <- 3.09 -> DG N7 Y0210 : score 6.06503 A : H : ARG NH2 B0017 <- 2.64 -> DG O6 Y0210 : score 6.84295 A : V : ALA CB B0013 <- 3.59 -> DT C7 Y0211 : score 5.89616 : V : ALA CB A0013 <- 3.53 -> DT C7 X0211 : score 5.98019 : x : ALA xxxx A0012 <- 3.91 -> DT xxx Y0207 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0016 <- 4.43 -> DT xxx Y0207 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0017 <- 2.55 -> DC xxx X0210 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0012 <- 3.93 -> DT xxx X0207 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0016 <- 4.03 -> DT xxx X0207 : score x.xxxxx >2h8c_B:Holliday_junction_resolvase_RusA; title=STRUCTURE OF RUSA D70N IN COMPLEX WITH DNA organism=Escherichia coli : x : ARG xxxx B0067 <- 3.79 -> DG xxx X0005 : score x.xxxxx >2h8r_AB:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;Homeodomain-like; title=HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1B BOUND TO DNA: MODY5 GENE PRODUCT organism=Homo sapiens : H : GLN OE1 A0147 <- 2.75 -> DA N6 E0012 : score 5.96159 : H : SER OG A0148 <- 2.83 -> DA N6 F0009 : score 3.38342 : H : GLN NE2 B0147 <- 3.40 -> DA N7 F0013 : score 5.3319 : H : ASN OD1 B0302 <- 2.97 -> DA N6 E0016 : score 5.72045 : H : LYS NZ B0305 <- 2.63 -> DG N7 F0005 : score 5.57697 : V : THR CG2 B0158 <- 3.89 -> DT C7 E0006 : score 4.23082 : x : ASN xxxx A0146 <- 3.05 -> DG xxx F0008 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0149 <- 4.22 -> DT xxx F0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0151 <- 3.77 -> DT xxx E0013 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0152 <- 3.87 -> DT xxx E0013 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0158 <- 4.34 -> DT xxx F0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0235 <- 3.34 -> DA xxx E0008 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0297 <- 3.79 -> DT xxx E0003 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0298 <- 3.91 -> DC xxx F0018 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0302 <- 3.32 -> DA xxx F0017 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0305 <- 2.72 -> DG xxx E0005 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0146 <- 3.37 -> DT xxx E0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0148 <- 3.35 -> DT xxx F0014 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0149 <- 3.81 -> DT xxx E0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0151 <- 3.70 -> DT xxx F0014 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0152 <- 4.22 -> DT xxx F0015 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0235 <- 3.45 -> DA xxx F0010 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0297 <- 3.05 -> DT xxx F0004 : score x.xxxxx >2h8r_B:lambda_repressor-like_DNA-binding_domains;Homeodomain-like; title=HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1B BOUND TO DNA: MODY5 GENE PRODUCT organism=Homo sapiens : H : GLN NE2 B0147 <- 3.40 -> DA N7 F0013 : score 5.3319 : H : ASN OD1 B0302 <- 2.97 -> DA N6 E0016 : score 5.72045 : H : LYS NZ B0305 <- 2.63 -> DG N7 F0005 : score 5.57697 : V : THR CG2 B0158 <- 3.89 -> DT C7 E0006 : score 4.23082 : x : ASN xxxx B0146 <- 3.37 -> DT xxx E0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0148 <- 3.35 -> DT xxx F0014 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0149 <- 3.81 -> DT xxx E0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0151 <- 3.70 -> DT xxx F0014 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0152 <- 4.22 -> DT xxx F0015 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0235 <- 3.45 -> DA xxx F0010 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0297 <- 3.05 -> DT xxx F0004 : score x.xxxxx >2han_A:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=STRUCTURAL BASIS OF HETERODIMERIC ECDYSTEROID RECEPTOR INTERACTION WITH NATURAL RESPONSE ELEMENT HSP27 GENE PROMOTER organism=DROSOPHILA MELANOGASTER : H : GLU OE1 A0025 <- 2.86 -> DA N6 D0015 : score 2.98047 : w : GLU OE1 A0025 <- 5.84 -> DA N6 D0014 : score 2.913 : H : LYS NZ A0028 <- 2.63 -> DG O6 C0006 : score 5.98394 : w : LYS NZ A0028 <- 5.51 -> DG N7 C0005 : score 2.357 : w : LYS NZ A0032 <- 5.17 -> DT O4 C0008 : score 1.845 : H : ARG NH1 A0033 <- 2.98 -> DG N7 D0013 : score 5.8977 : w : ARG NH1 A0033 <- 5.62 -> DG O6 D0013 : score 2.757 : x : ARG xxxx A0081 <- 3.78 -> DG xxx C0005 : score x.xxxxx >2han_AB:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=STRUCTURAL BASIS OF HETERODIMERIC ECDYSTEROID RECEPTOR INTERACTION WITH NATURAL RESPONSE ELEMENT HSP27 GENE PROMOTER organism=DROSOPHILA MELANOGASTER : H : GLU OE1 A0025 <- 2.86 -> DA N6 D0015 : score 2.98047 : w : GLU OE1 A0025 <- 5.84 -> DA N6 D0014 : score 2.913 : H : LYS NZ A0028 <- 2.63 -> DG O6 C0006 : score 5.98394 : w : LYS NZ A0028 <- 5.51 -> DG N7 C0005 : score 2.357 : w : LYS NZ A0032 <- 5.17 -> DT O4 C0008 : score 1.845 : H : ARG NH1 A0033 <- 2.98 -> DG N7 D0013 : score 5.8977 : H : GLU OE1 B0025 <- 3.26 -> DA N6 C0015 : score 2.73913 : w : GLU OE1 B0025 <- 5.99 -> DC N4 C0014 : score 3.596 : H : LYS NZ B0028 <- 2.72 -> DG O6 D0006 : score 5.87977 : w : LYS NZ B0028 <- 5.48 -> DA N7 D0005 : score 1.7 : w : ARG NE B0033 <- 5.24 -> DG N7 C0013 : score 1.594 : V : ARG CZ B0032 <- 3.63 -> DT C7 D0007 : score 2.27425 A : x : ARG xxxx A0081 <- 3.78 -> DG xxx C0005 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0057 <- 4.38 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx >2han_B:Glucocorticoid_receptor-like_DNA-binding_domain; title=STRUCTURAL BASIS OF HETERODIMERIC ECDYSTEROID RECEPTOR INTERACTION WITH NATURAL RESPONSE ELEMENT HSP27 GENE PROMOTER organism=DROSOPHILA MELANOGASTER : H : GLU OE1 B0025 <- 3.26 -> DA N6 C0015 : score 2.73913 : w : GLU OE1 B0025 <- 5.99 -> DC N4 C0014 : score 3.596 : H : LYS NZ B0028 <- 2.72 -> DG O6 D0006 : score 5.87977 : w : LYS NZ B0028 <- 5.48 -> DA N7 D0005 : score 1.7 : w : ARG NE B0033 <- 5.24 -> DG N7 C0013 : score 1.594 : V : ARG CZ B0032 <- 3.63 -> DT C7 D0007 : score 2.27425 A : x : ARG xxxx B0057 <- 4.38 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx >2hap_CD:Leucine_zipper_domain;Zn2/Cys6_DNA-binding_domain; title=STRUCTURE OF A HAP1-18/DNA COMPLEX REVEALS THAT PROTEIN/DNA INTERACTIONS CAN HAVE DIRECT ALLOSTERIC EFFECTS ON TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION organism=Saccharomyces cerevisiae : H : LYS NZ C0071 <- 3.40 -> DG N7 A0012 : score 4.74636 : H : ARG NH1 D0057 <- 2.54 -> DT O2 B0012 : score 4.60722 : H : ARG NH2 D0057 <- 2.83 -> DT O2 B0012 : score 4.33155 : H : ARG NH1 D0059 <- 2.82 -> DT O2 A0008 : score 4.36197 : H : ARG NH1 D0059 <- 2.87 -> DA N3 B0014 : score 3.59258 : H : ARG NH2 D0059 <- 2.77 -> DT O2 A0008 : score 4.38384 : H : ARG NH1 D0063 <- 2.79 -> DG N7 B0017 : score 6.13018 : V : VAL CG1 C0072 <- 3.70 -> DT C7 A0010 : score 6.05118 : x : ARG xxxx C0063 <- 4.01 -> DA xxx B0007 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0070 <- 4.26 -> DA xxx A0001 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0071 <- 3.27 -> DG xxx B0017 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx D0072 <- 3.45 -> DA xxx A0001 : score x.xxxxx >2hap_D:Leucine_zipper_domain;Zn2/Cys6_DNA-binding_domain; title=STRUCTURE OF A HAP1-18/DNA COMPLEX REVEALS THAT PROTEIN/DNA INTERACTIONS CAN HAVE DIRECT ALLOSTERIC EFFECTS ON TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION organism=Saccharomyces cerevisiae : H : ARG NH1 D0057 <- 2.54 -> DT O2 B0012 : score 4.60722 : H : ARG NH2 D0057 <- 2.83 -> DT O2 B0012 : score 4.33155 : H : ARG NH1 D0059 <- 2.82 -> DT O2 A0008 : score 4.36197 : H : ARG NH1 D0059 <- 2.87 -> DA N3 B0014 : score 3.59258 : H : ARG NH2 D0059 <- 2.77 -> DT O2 A0008 : score 4.38384 : H : ARG NH1 D0063 <- 2.79 -> DG N7 B0017 : score 6.13018 : x : ARG xxxx D0070 <- 4.26 -> DA xxx A0001 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0071 <- 3.27 -> DG xxx B0017 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx D0072 <- 3.45 -> DA xxx A0001 : score x.xxxxx >2hax_AB: title=CRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS CALDOLYTICUS COLD SHOCK PROTEIN IN COMPLEX WITH HEXATHYMIDINE organism=BACILLUS CALDOLYTICUS : H : GLN NE2 A0059 <- 3.00 -> DT O2 D0003 : score 4.09846 : H : GLN NE2 A0059 <- 3.06 -> DT O4 D0004 : score 5.1192 : H : LYS NZ B0007 <- 3.00 -> DT O2 D0005 : score 3.57046 : H : TRP NE1 B0008 <- 3.19 -> DT O2 D0005 : score 5.53318 : H : ASN ND2 B0010 <- 2.71 -> DT O4 D0006 : score 5.34972 : H : ASP OD2 B0025 <- 2.85 -> DT N3 D0005 : score 3.78612 >2hax_B:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS CALDOLYTICUS COLD SHOCK PROTEIN IN COMPLEX WITH HEXATHYMIDINE organism=BACILLUS CALDOLYTICUS : H : GLN NE2 B0059 <- 3.03 -> DT O2 C0003 : score 4.07285 : H : GLN NE2 B0059 <- 2.87 -> DT O4 C0004 : score 5.3244 : V : ARG CB B0056 <- 3.82 -> DT C7 C0004 : score 0.967446 >2hdc_A:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=STRUCTURE OF TRANSCRIPTION FACTOR GENESIS/DNA COMPLEX organism=RATTUS NORVEGICUS : H : ARG NH1 A0052 <- 2.59 -> DG N7 C0354 : score 6.3749 : H : HIS NE2 A0053 <- 2.97 -> DA N7 B0256 : score 4.07454 : H : ARG NE A0098 <- 3.04 -> DA N3 B0254 : score 1.96503 : H : ARG NH2 A0098 <- 2.76 -> DA N3 B0254 : score 3.49957 : x : GLN xxxx A0048 <- 3.29 -> DG xxx C0354 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0049 <- 2.64 -> DA xxx B0259 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0050 <- 3.23 -> DT xxx B0257 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx A0054 <- 2.95 -> DT xxx B0257 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0056 <- 4.50 -> DT xxx C0356 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0066 <- 3.86 -> DT xxx C0352 : score x.xxxxx >2hdd_A:Homeodomain-like; title=ENGRAILED HOMEODOMAIN Q50K VARIANT DNA COMPLEX organism=Drosophila melanogaster : H : ARG NH1 A0005 <- 2.54 -> DT O2 C0011 : score 4.60722 : H : ARG NH2 A0005 <- 2.56 -> DT O2 C0011 : score 4.56686 : w : LYS NZ A0046 <- 6.07 -> DG O6 D0028 : score 2.896 : H : LYS NZ A0050 <- 2.76 -> DG O6 D0029 : score 5.83348 A : w : LYS NZ A0050 <- 6.69 -> DG O6 D0028 : score 2.896 A : H : ASN OD1 A0051 <- 3.09 -> DA N6 C0013 : score 5.57833 : H : ASN ND2 A0051 <- 3.04 -> DA N7 C0013 : score 5.43128 : w : ASN OD1 A0051 <- 6.12 -> DA N6 D0030 : score 2.759 : x : ILE xxxx A0047 <- 3.58 -> DA xxx C0013 : score x.xxxxx >2hdd_AB:Homeodomain-like; title=ENGRAILED HOMEODOMAIN Q50K VARIANT DNA COMPLEX organism=Drosophila melanogaster : H : ARG NH1 A0005 <- 2.54 -> DT O2 C0011 : score 4.60722 : H : ARG NH2 A0005 <- 2.56 -> DT O2 C0011 : score 4.56686 : w : LYS NZ A0046 <- 6.07 -> DG O6 D0028 : score 2.896 : H : LYS NZ A0050 <- 2.76 -> DG O6 D0029 : score 5.83348 A : w : LYS NZ A0050 <- 6.69 -> DG O6 D0028 : score 2.896 A : H : ASN OD1 A0051 <- 3.09 -> DA N6 C0013 : score 5.57833 : H : ASN ND2 A0051 <- 3.04 -> DA N7 C0013 : score 5.43128 : w : ASN OD1 A0051 <- 6.12 -> DA N6 D0030 : score 2.759 : H : LYS NZ B0050 <- 2.76 -> DG O6 C0020 : score 5.83348 : w : LYS NZ B0050 <- 5.28 -> DG N7 C0020 : score 2.357 : w : LYS NZ B0050 <- 5.51 -> DT O4 D0023 : score 1.845 : w : ASN OD1 B0051 <- 6.41 -> DA N6 C0021 : score 2.759 : w : ASN OD1 B0051 <- 5.10 -> DT O4 D0023 : score 3.053 : x : ILE xxxx A0047 <- 3.58 -> DA xxx C0013 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0047 <- 3.70 -> DT xxx D0023 : score x.xxxxx >2heo_D:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=GENERAL STRUCTURE-BASED APPROACH TO THE DESIGN OF PROTEIN LIGANDS: APPLICATION TO THE DESIGN OF KV1.2 POTASSIUM CHANNEL BLOCKERS. organism=Mus musculus : x : TYR xxxx D0150 <- 3.48 -> DG xxx E0204 : score x.xxxxx >2hhq_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=O6-METHYL-GUANINE:T PAIR IN THE POLYMERASE-10 BASEPAIR POSITION organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.85 -> DC O2 B0031 : score 2.937 : w : LYS NZ A0582 <- 5.48 -> DT O2 B0030 : score 0.459 : w : LYS NZ A0582 <- 5.64 -> DA N3 C0008 : score 1.7 : w : THR OG1 A0586 <- 5.43 -> DA N3 C0008 : score 2.6 : w : TYR OH A0587 <- 5.82 -> DG N2 C0007 : score 2.831 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.95 -> DG N3 B0034 : score 2.84409 : w : ARG NH1 A0615 <- 5.85 -> DC O2 C0005 : score 1.194 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.63 -> DT O2 C0006 : score 2.097 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.05 -> DA N3 B0032 : score 3.52231 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.70 -> DG N3 C0007 : score 3.08 : H : ARG NH2 A0629 <- 3.09 -> DG N7 B0034 : score 6.06503 : x : TYR xxxx A0714 <- 3.02 -> DC xxx C0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0797 <- 3.52 -> DC xxx C0004 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0829 <- 4.18 -> DG xxx B0033 : score x.xxxxx >2hhs_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=O6-METHYL:C PAIR IN THE POLYMERASE-10 BASEPAIR POSITION organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.78 -> DC O2 B0031 : score 2.97853 : w : LYS NZ A0582 <- 5.45 -> DT O2 B0030 : score 0.459 : w : LYS NZ A0582 <- 5.54 -> DA N3 C0008 : score 1.7 : w : THR OG1 A0586 <- 5.41 -> DA N3 C0008 : score 2.6 : H : ARG NH1 A0615 <- 3.20 -> DG N3 B0034 : score 2.69749 : w : ARG NH1 A0615 <- 5.53 -> DC O2 C0005 : score 1.194 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.60 -> DT O2 C0006 : score 2.097 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.06 -> DA N3 B0032 : score 3.51489 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.74 -> DG N3 C0007 : score 3.08 : x : TYR xxxx A0587 <- 4.43 -> DA xxx B0032 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0710 <- 3.77 -> DG xxx B0034 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.15 -> DG xxx B0034 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0797 <- 4.25 -> DG xxx B0034 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0829 <- 4.50 -> DG xxx B0033 : score x.xxxxx >2hht_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=C:O6-METHYL-GUANINE PAIR IN THE POLYMERASE-2 BASEPAIR POSITION organism=Geobacillus stearothermophilus : w : TYR OH A0587 <- 6.47 -> DC O2 B0027 : score 2.026 : H : ARG NH1 A0615 <- 3.00 -> DG N3 B0030 : score 2.81477 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.65 -> DA N3 C0008 : score 1.912 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.09 -> DT O2 B0028 : score 4.61338 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.44 -> DG N3 C0009 : score 3.08 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.72 -> DC O2 B0029 : score 3.211 : x : LYS xxxx A0582 <- 3.34 -> DC xxx C0010 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0629 <- 3.19 -> DG xxx B0030 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.34 -> DC xxx C0006 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0797 <- 3.53 -> DC xxx C0006 : score x.xxxxx >2hhu_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=C:O6-METHYL-GUANINE IN THE POLYMERASE POSTINSERTION SITE (-1 BASEPAIR POSITION) organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 3.01 -> DG N3 B0026 : score 1.63106 : w : LYS NZ A0582 <- 6.14 -> DA N3 B0025 : score 1.7 : w : LYS NZ A0582 <- 5.42 -> DT O2 C0010 : score 0.459 : w : THR OG1 A0586 <- 5.29 -> DT O2 C0010 : score 2.745 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.74 -> DC O2 B0029 : score 3.73662 : H : ARG NH2 A0615 <- 3.04 -> DC O2 B0029 : score 3.4211 : w : ARG NH1 A0615 <- 5.83 -> DG N3 C0007 : score 1.371 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.85 -> DG N3 C0008 : score 3.08 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.05 -> DC O2 B0027 : score 4.41385 : w : ASN ND2 A0625 <- 6.10 -> DC O2 C0009 : score 1.833 : w : ASN ND2 A0724 <- 5.63 -> DC N4 C0005 : score 1.833 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.66 -> DC O2 B0028 : score 3.211 : x : TYR xxxx A0587 <- 4.41 -> DC xxx B0027 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0710 <- 4.27 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.77 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0716 <- 3.46 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0717 <- 3.63 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0721 <- 3.74 -> DC xxx C0005 : score x.xxxxx >2hhv_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=T:O6-METHYL-GUANINE IN THE POLYMERASE-2 BASEPAIR POSITION organism=Geobacillus stearothermophilus : w : LYS NZ A0582 <- 6.28 -> DG N2 C0009 : score 0.413 : w : TYR OH A0587 <- 5.32 -> DG N2 C0009 : score 2.831 : H : ARG NH1 A0615 <- 3.01 -> DG N3 B0030 : score 2.80891 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.90 -> DA N3 C0008 : score 1.912 : w : ASN ND2 A0622 <- 6.09 -> DG N3 C0009 : score 3.08 : H : ASN ND2 A0625 <- 2.90 -> DT O2 B0028 : score 4.79949 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.35 -> DG N3 C0009 : score 3.08 : H : ARG NH2 A0629 <- 3.05 -> DG N7 B0030 : score 6.11654 : w : GLU OE1 A0658 <- 6.27 -> DC O2 C0006 : score 2.497 : w : ASN ND2 A0793 <- 6.32 -> DC O2 C0006 : score 1.833 : w : GLN NE2 A0797 <- 6.21 -> DC O2 C0006 : score 3.037 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.76 -> DT O2 B0029 : score 3.881 : x : TYR xxxx A0714 <- 3.27 -> DC xxx C0006 : score x.xxxxx >2hhw_D:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=DDTTP:O6-METHYL-GUANINE PAIR IN THE POLYMERASE ACTIVE SITE, IN THE CLOSED CONFORMATION organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ D0582 <- 2.55 -> DT O2 F0008 : score 3.90519 : w : ARG NH1 D0615 <- 5.77 -> DG N3 F0005 : score 1.371 : w : ASN ND2 D0622 <- 5.90 -> DA N3 F0006 : score 1.912 : H : ASN ND2 D0625 <- 3.00 -> DT O2 E0027 : score 4.70154 : w : ASN ND2 D0625 <- 6.27 -> DG N2 F0007 : score 1.135 : w : HIS NE2 D0829 <- 5.57 -> DC O2 E0028 : score 3.211 : x : ARG xxxx D0629 <- 3.82 -> DC xxx E0028 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx D0797 <- 4.35 -> DG xxx F0005 : score x.xxxxx >2hhx_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=O6-METHYL-GUANINE IN THE POLYMERASE TEMPLATE PREINSERTION SITE organism=Geobacillus stearothermophilus : w : LYS NZ A0582 <- 5.70 -> DA N3 B0025 : score 1.7 : w : LYS NZ A0582 <- 5.42 -> DT O2 C0008 : score 0.459 : w : THR OG1 A0586 <- 5.76 -> DT O2 C0008 : score 2.745 : H : ARG NH2 A0615 <- 2.74 -> DG N3 B0029 : score 3.65617 : w : ARG NE A0615 <- 6.14 -> DG N3 C0005 : score 1.084 : w : ARG NH2 A0615 <- 5.93 -> DG N3 C0005 : score 1.084 : H : ASN ND2 A0625 <- 2.99 -> DT O2 B0027 : score 4.71133 : H : ARG NH2 A0629 <- 2.88 -> DG N7 B0029 : score 6.33545 : w : GLU OE2 A0658 <- 6.00 -> DC O2 C0004 : score 1.582 : w : ASN ND2 A0793 <- 6.45 -> DC O2 C0004 : score 1.833 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.61 -> DC O2 B0028 : score 3.211 : x : TYR xxxx A0714 <- 3.35 -> DC xxx C0004 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0797 <- 3.42 -> DC xxx C0004 : score x.xxxxx >2hmi_AB:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE/FRAGMENT OF FAB 28/DNA COMPLEX organism=HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 : x : ILE xxxx A0094 <- 3.90 -> DG xxx E0804 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0183 <- 3.47 -> DC xxx F0837 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0184 <- 4.28 -> DA xxx F0838 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0258 <- 4.16 -> DG xxx F0833 : score x.xxxxx : x : TRP xxxx A0266 <- 4.15 -> DG xxx F0835 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0475 <- 4.49 -> DG xxx E0817 : score x.xxxxx >2hof_A:DNA_breaking-rejoining_enzymes;lambda_integrase-like,_N-terminal_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE PRE-CLEAVAGE SYNAPTIC COMPLEX IN THE CRE- LOXP SITE-SPECIFIC RECOMBINATION organism=Enterobacteria phage P1 : H : MET SD A0044 <- 3.38 -> DA N6 D0012 : score 5.41847 : H : LYS NZ A0086 <- 2.83 -> DA N7 D0015 : score 2.98455 : H : GLN NE2 A0090 <- 3.24 -> DT O4 D0013 : score 4.9248 : H : GLN NE2 A0090 <- 2.70 -> DT O4 C0023 : score 5.508 : w : ARG NH2 A0241 <- 5.58 -> DA N3 D0005 : score 1.61 : w : ARG NH1 A0243 <- 5.36 -> DT O2 C0033 : score 1.824 : H : LYS NZ A0244 <- 2.59 -> DT O2 D0003 : score 3.87544 : H : LYS NZ A0244 <- 2.96 -> DT O2 C0035 : score 3.60022 : H : ARG NE A0259 <- 2.88 -> DG O6 C0028 : score 3.8212 : H : ARG NH2 A0259 <- 2.85 -> DG N7 C0028 : score 6.37408 : w : GLU OE1 A0262 <- 5.82 -> DC N4 C0027 : score 3.596 : H : ARG NH1 A0282 <- 3.27 -> DA N3 D0012 : score 3.30109 : H : ARG NH2 A0282 <- 2.83 -> DA N3 D0012 : score 3.45096 : x : HIS xxxx A0040 <- 3.51 -> DT xxx C0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0041 <- 3.71 -> DT xxx C0023 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0043 <- 3.49 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0047 <- 3.92 -> DT xxx D0011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0087 <- 3.51 -> DT xxx D0013 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0094 <- 3.53 -> DT xxx C0023 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0257 <- 3.74 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0320 <- 3.73 -> DT xxx D0016 : score x.xxxxx >2hof_AB:DNA_breaking-rejoining_enzymes;lambda_integrase-like,_N-terminal_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE PRE-CLEAVAGE SYNAPTIC COMPLEX IN THE CRE- LOXP SITE-SPECIFIC RECOMBINATION organism=Enterobacteria phage P1 : H : MET SD A0044 <- 3.38 -> DA N6 D0012 : score 5.41847 : H : LYS NZ A0086 <- 2.83 -> DA N7 D0015 : score 2.98455 : H : GLN NE2 A0090 <- 2.70 -> DT O4 C0023 : score 5.508 : H : GLN NE2 A0090 <- 3.24 -> DT O4 D0013 : score 4.9248 : w : ARG NH2 A0241 <- 5.58 -> DA N3 D0005 : score 1.61 : w : ARG NH1 A0243 <- 5.36 -> DT O2 C0033 : score 1.824 : H : LYS NZ A0244 <- 2.96 -> DT O2 C0035 : score 3.60022 : H : LYS NZ A0244 <- 2.59 -> DT O2 D0003 : score 3.87544 : H : ARG NE A0259 <- 2.88 -> DG O6 C0028 : score 3.8212 : H : ARG NH2 A0259 <- 2.85 -> DG N7 C0028 : score 6.37408 : w : GLU OE1 A0262 <- 5.82 -> DC N4 C0027 : score 3.596 : H : ARG NH1 A0282 <- 3.27 -> DA N3 D0012 : score 3.30109 : H : ARG NH2 A0282 <- 2.83 -> DA N3 D0012 : score 3.45096 : H : LYS NZ B0043 <- 2.98 -> DG N7 C0010 : score 5.19942 : w : LYS NZ B0043 <- 5.41 -> DT O4 C0011 : score 1.845 : H : MET SD B0044 <- 3.36 -> DA N6 C0012 : score 5.44298 : H : LYS NZ B0086 <- 2.67 -> DG O6 C0015 : score 5.93765 : w : LYS NZ B0086 <- 6.00 -> DG O6 D0021 : score 2.896 : w : GLN OE1 B0089 <- 6.30 -> DG O6 D0021 : score 3.101 : H : GLN NE2 B0090 <- 2.73 -> DT O4 D0023 : score 5.4756 : H : ARG NH1 B0243 <- 2.72 -> DT O2 D0033 : score 4.44956 : w : ARG NH1 B0243 <- 6.03 -> DA N3 D0034 : score 2.497 : H : LYS NZ B0244 <- 3.04 -> DT O2 D0035 : score 3.54071 : H : ARG NE B0259 <- 2.86 -> DG O6 D0028 : score 3.83673 : H : ARG NH2 B0259 <- 2.89 -> DG N7 D0028 : score 6.32257 : w : GLU OE1 B0262 <- 5.60 -> DC N4 D0027 : score 3.596 : H : ARG NH2 B0282 <- 3.14 -> DA N3 C0012 : score 3.23571 : w : ARG NH2 B0282 <- 5.58 -> DA N3 D0026 : score 1.61 : x : HIS xxxx A0040 <- 3.51 -> DT xxx C0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0041 <- 3.71 -> DT xxx C0023 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0043 <- 3.49 -> DG xxx D0010 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0047 <- 3.92 -> DT xxx D0011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0087 <- 3.51 -> DT xxx D0013 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0094 <- 3.53 -> DT xxx C0023 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0257 <- 3.74 -> DT xxx D0008 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0320 <- 3.73 -> DT xxx D0016 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0040 <- 3.60 -> DT xxx D0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0041 <- 3.50 -> DT xxx D0023 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0047 <- 3.73 -> DT xxx C0011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0087 <- 3.68 -> DT xxx C0013 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx B0094 <- 3.81 -> DT xxx D0023 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0241 <- 4.16 -> DA xxx C0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0257 <- 3.73 -> DT xxx C0008 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0317 <- 3.48 -> DT xxx C0018 : score x.xxxxx >2hoi_G:DNA_breaking-rejoining_enzymes;lambda_integrase-like,_N-terminal_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE TETRAMERIC PRE-CLEAVAGE SYNAPTIC COMPLEX IN THE CRE-LOXP SITE-SPECIFIC RECOMBINATION organism=Enterobacteria phage P1 : H : MET SD G0044 <- 3.31 -> DA N6 F0012 : score 5.50428 : H : GLN NE2 G0090 <- 2.48 -> DT O4 E0023 : score 5.7456 : H : LYS NZ G0244 <- 3.11 -> DT O2 F0003 : score 3.48864 : H : ARG NE G0259 <- 2.86 -> DG O6 E0028 : score 3.83673 : H : ARG NH2 G0259 <- 2.79 -> DG N7 E0028 : score 6.45134 : H : ARG NH2 G0282 <- 3.02 -> DA N3 F0012 : score 3.31904 : V : ILE CG1 G0320 <- 3.87 -> DT C7 F0016 : score 4.14162 : x : HIS xxxx G0040 <- 3.42 -> DT xxx E0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx G0041 <- 3.64 -> DT xxx E0023 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx G0043 <- 4.28 -> DT xxx F0011 : score x.xxxxx : x : SER xxxx G0047 <- 3.81 -> DT xxx F0011 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx G0086 <- 2.96 -> DA xxx F0015 : score x.xxxxx : x : THR xxxx G0087 <- 3.48 -> DT xxx F0013 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx G0094 <- 3.68 -> DT xxx E0023 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx G0241 <- 4.35 -> DA xxx F0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx G0257 <- 3.78 -> DT xxx F0008 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx G0262 <- 3.35 -> DA xxx E0026 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx G0317 <- 3.74 -> DT xxx F0016 : score x.xxxxx >2hoi_GH:DNA_breaking-rejoining_enzymes;lambda_integrase-like,_N-terminal_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE TETRAMERIC PRE-CLEAVAGE SYNAPTIC COMPLEX IN THE CRE-LOXP SITE-SPECIFIC RECOMBINATION organism=Enterobacteria phage P1 : H : MET SD G0044 <- 3.31 -> DA N6 F0012 : score 5.50428 : H : GLN NE2 G0090 <- 2.48 -> DT O4 E0023 : score 5.7456 : H : LYS NZ G0244 <- 3.11 -> DT O2 F0003 : score 3.48864 : H : ARG NE G0259 <- 2.86 -> DG O6 E0028 : score 3.83673 : H : ARG NH2 G0259 <- 2.79 -> DG N7 E0028 : score 6.45134 : H : ARG NH2 G0282 <- 3.02 -> DA N3 F0012 : score 3.31904 : H : LYS NZ H0086 <- 3.10 -> DG N7 E0015 : score 5.06997 : w : LYS NZ H0086 <- 5.56 -> DC N4 E0016 : score 0.705 : H : GLN NE2 H0090 <- 3.19 -> DT O4 E0013 : score 4.9788 : H : GLN NE2 H0090 <- 2.64 -> DT O4 F0023 : score 5.5728 : w : ARG NH2 H0241 <- 5.71 -> DA N3 E0005 : score 1.61 : H : ARG NH1 H0243 <- 2.96 -> DT O2 F0033 : score 4.23934 : H : LYS NZ H0244 <- 2.79 -> DT O2 E0003 : score 3.72667 : H : LYS NZ H0244 <- 2.99 -> DT O2 F0035 : score 3.5779 : H : ARG NE H0259 <- 2.91 -> DG O6 F0028 : score 3.7979 : H : ARG NH2 H0259 <- 3.06 -> DG N7 F0028 : score 6.10366 : w : GLU OE1 H0262 <- 6.21 -> DC N4 F0027 : score 3.596 : H : ARG NH1 H0282 <- 3.24 -> DA N3 E0012 : score 3.32295 : H : ARG NH2 H0282 <- 2.91 -> DA N3 E0012 : score 3.39542 : w : ARG NH2 H0282 <- 5.55 -> DA N3 F0026 : score 1.61 : V : ASN CG H0317 <- 3.62 -> DT C7 E0018 : score 2.99031 : V : ILE CG1 G0320 <- 3.87 -> DT C7 F0016 : score 4.14162 : x : HIS xxxx G0040 <- 3.42 -> DT xxx E0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx G0041 <- 3.64 -> DT xxx E0023 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx G0043 <- 4.28 -> DT xxx F0011 : score x.xxxxx : x : SER xxxx G0047 <- 3.81 -> DT xxx F0011 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx G0086 <- 2.96 -> DA xxx F0015 : score x.xxxxx : x : THR xxxx G0087 <- 3.48 -> DT xxx F0013 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx G0094 <- 3.68 -> DT xxx E0023 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx G0241 <- 4.35 -> DA xxx F0005 : score x.xxxxx : x : SER xxxx G0257 <- 3.78 -> DT xxx F0008 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx G0262 <- 3.35 -> DA xxx E0026 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx G0317 <- 3.74 -> DT xxx F0016 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx H0040 <- 3.59 -> DT xxx F0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx H0041 <- 3.65 -> DT xxx F0023 : score x.xxxxx : x : MET xxxx H0044 <- 3.36 -> DT xxx E0013 : score x.xxxxx : x : SER xxxx H0047 <- 3.78 -> DT xxx E0011 : score x.xxxxx : x : THR xxxx H0087 <- 3.31 -> DT xxx E0013 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx H0094 <- 3.58 -> DT xxx F0023 : score x.xxxxx : x : SER xxxx H0257 <- 3.90 -> DT xxx E0008 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx H0260 <- 4.38 -> DT xxx E0007 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx H0319 <- 3.56 -> DT xxx E0018 : score x.xxxxx >2hos_A:Homeodomain-like; title=PHAGE-SELECTED HOMEODOMAIN BOUND TO UNMODIFIED DNA organism=Drosophila melanogaster : H : ARG NH1 A0005 <- 2.66 -> DT O2 C0011 : score 4.50211 : H : LYS NZ A0050 <- 2.56 -> DG O6 D0029 : score 6.06496 : w : LYS NZ A0050 <- 5.39 -> DT O4 C0014 : score 1.845 : H : ASN OD1 A0051 <- 3.06 -> DA N6 C0013 : score 5.61386 : H : ASN ND2 A0051 <- 3.03 -> DA N7 C0013 : score 5.44269 : w : ASN OD1 A0051 <- 5.30 -> DT O4 C0014 : score 3.053 : w : ASN OD1 A0051 <- 6.40 -> DA N6 D0030 : score 2.759 >2hos_AB:Homeodomain-like; title=PHAGE-SELECTED HOMEODOMAIN BOUND TO UNMODIFIED DNA organism=Drosophila melanogaster : H : ARG NH1 A0005 <- 2.66 -> DT O2 C0011 : score 4.50211 : H : LYS NZ A0050 <- 2.56 -> DG O6 D0029 : score 6.06496 : w : LYS NZ A0050 <- 5.39 -> DT O4 C0014 : score 1.845 : H : ASN OD1 A0051 <- 3.06 -> DA N6 C0013 : score 5.61386 : H : ASN ND2 A0051 <- 3.03 -> DA N7 C0013 : score 5.44269 : w : ASN OD1 A0051 <- 5.30 -> DT O4 C0014 : score 3.053 : w : ASN OD1 A0051 <- 6.40 -> DA N6 D0030 : score 2.759 : H : LYS NZ B0050 <- 3.17 -> DT O4 D0023 : score 3.2778 : H : LYS NZ B0050 <- 2.48 -> DG O6 C0020 : score 6.15756 >2hot_A:Homeodomain-like; title=PHAGE SELECTED HOMEODOMAIN BOUND TO MODIFIED DNA organism=Drosophila melanogaster : H : ARG NH2 A0005 <- 2.53 -> DT O2 C0011 : score 4.59301 : H : LYS NZ A0050 <- 2.46 -> DG O6 D0029 : score 6.18071 : H : LYS NZ A0050 <- 3.37 -> DT O4 C0014 : score 3.13621 : H : ASN OD1 A0051 <- 3.03 -> DA N6 C0013 : score 5.64939 : H : ASN ND2 A0051 <- 3.07 -> DA N7 C0013 : score 5.39705 : w : ASN OD1 A0051 <- 6.57 -> DA N6 C0012 : score 2.759 : w : ASN OD1 A0051 <- 6.14 -> DA N6 D0030 : score 2.759 >2hot_AB:Homeodomain-like; title=PHAGE SELECTED HOMEODOMAIN BOUND TO MODIFIED DNA organism=Drosophila melanogaster : H : ARG NH2 A0005 <- 2.53 -> DT O2 C0011 : score 4.59301 : H : LYS NZ A0050 <- 2.46 -> DG O6 D0029 : score 6.18071 : H : LYS NZ A0050 <- 3.37 -> DT O4 C0014 : score 3.13621 : H : ASN OD1 A0051 <- 3.03 -> DA N6 C0013 : score 5.64939 : H : ASN ND2 A0051 <- 3.07 -> DA N7 C0013 : score 5.39705 : w : ASN OD1 A0051 <- 6.57 -> DA N6 C0012 : score 2.759 : w : ASN OD1 A0051 <- 6.14 -> DA N6 D0030 : score 2.759 : H : LYS NZ B0050 <- 2.68 -> DG O6 C0020 : score 5.92607 : w : LYS NZ B0050 <- 5.73 -> DG N7 C0020 : score 2.357 : w : ASN ND2 B0051 <- 5.90 -> DA N6 C0021 : score 2.759 >2hr1_A:S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=TERNARY STRUCTURE OF WT M.HHAI C5-CYTOSINE DNA METHYLTRANSFERASE WITH UNMODIFIED DNA AND ADOHCY organism=Haemophilus parahaemolyticus : w : ARG NH2 A0228 <- 5.46 -> DA N7 D0425 : score 1.743 : H : ARG NH1 A0240 <- 2.95 -> DG N7 D0426 : score 5.93441 : H : ARG NH2 A0240 <- 2.87 -> DG O6 D0426 : score 6.53794 : x : ILE xxxx A0086 <- 3.38 -> DT xxx C0410 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0087 <- 3.18 -> DG xxx D0428 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0237 <- 3.30 -> DG xxx D0428 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0239 <- 4.32 -> DC xxx C0407 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0254 <- 4.27 -> DC xxx D0429 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0260 <- 4.05 -> DA xxx C0405 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0296 <- 4.13 -> DT xxx C0404 : score x.xxxxx >2hvh_D:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=DDCTP:O6MEG PAIR IN THE POLYMERASE ACTIVE SITE (0 POSITION) organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ D0582 <- 2.54 -> DT O2 F0008 : score 3.91263 : w : ARG NH1 D0615 <- 5.95 -> DG N3 F0005 : score 1.371 : w : ASN ND2 D0622 <- 5.57 -> DA N3 F0006 : score 1.912 : H : ASN ND2 D0625 <- 2.61 -> DT O2 E0027 : score 5.08354 : w : GLU OE1 D0658 <- 5.85 -> DC O2 F0004 : score 2.497 : w : ASN ND2 D0793 <- 5.91 -> DC O2 F0004 : score 1.833 : w : GLN NE2 D0797 <- 5.74 -> DC O2 F0004 : score 3.037 : x : TYR xxxx D0587 <- 4.43 -> DT xxx E0027 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0629 <- 3.93 -> DC xxx E0028 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx D0829 <- 4.12 -> DG xxx F0005 : score x.xxxxx >2hvi_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=DDCTP:G PAIR IN THE POLYMERASE ACTIVE SITE (0 POSITION) organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.66 -> DT O2 C0008 : score 3.82337 : w : ARG NH1 A0615 <- 5.68 -> DG N3 C0005 : score 1.371 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.71 -> DA N3 C0006 : score 1.912 : H : ASN ND2 A0625 <- 3.18 -> DT O2 B0027 : score 4.52523 : w : ASN ND2 A0625 <- 6.02 -> DG N2 C0007 : score 1.135 : w : GLU OE2 A0658 <- 6.20 -> DC O2 C0004 : score 1.582 : w : ASN ND2 A0793 <- 6.39 -> DC O2 C0004 : score 1.833 : w : GLN NE2 A0797 <- 6.16 -> DC O2 C0004 : score 3.037 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.55 -> DC O2 B0028 : score 3.211 : x : ARG xxxx A0629 <- 3.87 -> DC xxx B0028 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0707 <- 4.00 -> DG xxx C0003 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0710 <- 3.99 -> DG xxx C0003 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0714 <- 3.22 -> DG xxx C0003 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0716 <- 4.10 -> DG xxx C0003 : score x.xxxxx >2hw3_A:DNA/RNA_polymerases;Ribonuclease_H-like; title=T:O6-METHYL-GUANINE PAIR IN THE POLYMERASE POSTINSERTION SITE (-1 BASEPAIR POSITION) organism=Geobacillus stearothermophilus : H : LYS NZ A0582 <- 2.93 -> DG N3 B0026 : score 1.6583 : w : LYS NZ A0582 <- 5.98 -> DA N3 B0025 : score 1.7 : w : LYS NZ A0582 <- 5.90 -> DT O2 C0010 : score 0.459 : w : THR OG1 A0586 <- 5.43 -> DT O2 C0010 : score 2.745 : H : ARG NH1 A0615 <- 2.83 -> DT O2 B0029 : score 4.35321 : w : ARG NH1 A0615 <- 6.57 -> DA N3 C0007 : score 2.497 : w : ASN ND2 A0622 <- 5.96 -> DG N3 C0008 : score 3.08 : H : ASN ND2 A0625 <- 2.97 -> DC O2 B0027 : score 4.48818 : w : ASN ND2 A0625 <- 5.71 -> DC O2 C0009 : score 1.833 : w : HIS NE2 A0829 <- 5.63 -> DT O2 B0028 : score 3.881 : x : TYR xxxx A0587 <- 4.45 -> DC xxx B0027 : score x.xxxxx >2hzv_A:ACT-like;Ribbon-helix-helix; title=NIKR-OPERATOR DNA COMPLEX organism=Escherichia coli : H : ARG NE A0003 <- 3.21 -> DT O4 J0024 : score 1.80775 : H : ARG NH1 A0003 <- 3.21 -> DG N7 I0006 : score 5.61628 : H : ARG NH1 A0003 <- 2.60 -> DG O6 I0006 : score 6.396 : H : THR OG1 A0005 <- 2.89 -> DT O4 I0005 : score 3.85624 : x : THR xxxx A0007 <- 3.38 -> DT xxx I0003 : score x.xxxxx >2hzv_ABCD:ACT-like;Ribbon-helix-helix; title=NIKR-OPERATOR DNA COMPLEX organism=Escherichia coli : H : ARG NE A0003 <- 3.21 -> DT O4 J0024 : score 1.80775 : H : ARG NH1 A0003 <- 3.21 -> DG N7 I0006 : score 5.61628 : H : ARG NH1 A0003 <- 2.60 -> DG O6 I0006 : score 6.396 : H : THR OG1 A0005 <- 2.89 -> DT O4 I0005 : score 3.85624 : H : ARG NE B0003 <- 3.20 -> DT O4 I0003 : score 1.81169 : H : ARG NH1 B0003 <- 3.20 -> DG O6 I0002 : score 5.658 : H : ARG NE C0003 <- 3.28 -> DT O4 I0024 : score 1.78018 : H : ARG NH1 C0003 <- 2.95 -> DG O6 J0006 : score 5.9655 : H : THR OG1 C0005 <- 2.83 -> DT O4 J0005 : score 3.90336 : H : ARG NE D0003 <- 3.03 -> DT O4 J0003 : score 1.87865 : H : ARG NH1 D0003 <- 3.04 -> DG O6 J0002 : score 5.8548 : x : THR xxxx A0007 <- 3.38 -> DT xxx I0003 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0005 <- 3.42 -> DC xxx J0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0007 <- 4.00 -> DT xxx J0024 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0007 <- 3.03 -> DT xxx J0003 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0005 <- 3.53 -> DA xxx I0026 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0007 <- 4.02 -> DT xxx I0024 : score x.xxxxx >2hzv_EFGH:ACT-like;Ribbon-helix-helix; title=NIKR-OPERATOR DNA COMPLEX organism=Escherichia coli : H : ARG NE E0003 <- 3.02 -> DT O4 L0024 : score 1.88258 : H : ARG NH1 E0003 <- 3.07 -> DG O6 K0006 : score 5.8179 : H : THR OG1 E0005 <- 2.60 -> DT O4 K0005 : score 4.084 : H : ARG NE F0003 <- 3.22 -> DT O4 K0003 : score 1.80382 : H : ARG NH1 F0003 <- 2.78 -> DG O6 K0002 : score 6.1746 : H : THR OG1 F0005 <- 3.28 -> DT O4 K0005 : score 3.54994 : H : THR OG1 F0005 <- 3.17 -> DC N4 L0025 : score 3.55085 : H : ARG NE G0003 <- 3.19 -> DT O4 K0024 : score 1.81563 : H : THR OG1 G0005 <- 2.70 -> DT O4 L0005 : score 4.00546 : H : ARG NE H0003 <- 3.17 -> DT O4 L0003 : score 1.82351 : H : ARG NH1 H0003 <- 2.70 -> DG O6 L0002 : score 6.273 : H : THR OG1 H0005 <- 3.22 -> DC N4 K0025 : score 3.51251 : x : THR xxxx E0007 <- 3.32 -> DT xxx K0003 : score x.xxxxx : x : THR xxxx F0007 <- 4.03 -> DT xxx L0024 : score x.xxxxx : x : THR xxxx G0007 <- 3.10 -> DT xxx L0003 : score x.xxxxx : x : THR xxxx H0007 <- 4.17 -> DG xxx K0023 : score x.xxxxx >2i05_A:Replication_terminator_protein_Tus; title=ESCHERICHIA COLI REPLICATION TERMINATOR PROTEIN (TUS) COMPLEXED WITH TERA DNA organism=Escherichia coli : H : LYS NZ A0089 <- 2.73 -> DT O2 C0332 : score 3.7713 : H : LYS NZ A0175 <- 3.02 -> DT O4 C0337 : score 3.38399 : H : ARG NH2 A0232 <- 3.05 -> DG N7 C0333 : score 6.11654 : H : ARG NH2 A0232 <- 3.12 -> DG O6 C0333 : score 6.2064 : w : GLN NE2 A0237 <- 5.74 -> DG O6 C0336 : score 2.878 : H : GLN OE1 A0250 <- 3.15 -> DA N6 B0312 : score 5.48938 : H : GLN OE1 A0252 <- 2.78 -> DA N6 C0338 : score 5.92617 : V : ALA CB A0173 <- 3.79 -> DT C7 B0314 : score 5.61606 : x : ARG xxxx A0093 <- 4.03 -> DT xxx C0335 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0136 <- 4.25 -> DT xxx B0322 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0153 <- 4.06 -> DG xxx C0333 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0177 <- 3.84 -> DT xxx C0334 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0178 <- 3.76 -> DC xxx B0317 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0198 <- 3.11 -> DA xxx C0328 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0234 <- 3.97 -> DT xxx C0334 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0239 <- 4.48 -> DG xxx B0313 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0241 <- 3.45 -> DA xxx B0312 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0254 <- 4.40 -> DG xxx C0336 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0288 <- 3.79 -> DA xxx B0312 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0289 <- 3.04 -> DT xxx C0341 : score x.xxxxx >2i06_A:Replication_terminator_protein_Tus; title=ESCHERICHIA COLI REPLICATION TERMINATOR PROTEIN (TUS) COMPLEXED WITH DNA- LOCKED FORM organism=Escherichia coli : H : LYS NZ A0089 <- 2.87 -> DT O2 C0332 : score 3.66716 : H : LYS NZ A0175 <- 3.00 -> DT O4 C0337 : score 3.39815 : w : LYS NZ A0175 <- 5.68 -> DG N7 C0336 : score 2.357 : H : ARG NH2 A0232 <- 2.87 -> DG N7 C0333 : score 6.34832 : H : ARG NH2 A0232 <- 3.17 -> DG O6 C0333 : score 6.14009 : w : GLN OE1 A0237 <- 5.40 -> DG N7 C0336 : score 2.878 : w : GLN NE2 A0237 <- 5.68 -> DG O6 C0336 : score 2.878 : H : GLN NE2 A0250 <- 2.89 -> DA N7 B0312 : score 5.94991 : H : GLN OE1 A0252 <- 2.91 -> DA N6 C0338 : score 5.77271 : H : GLN NE2 A0252 <- 3.32 -> DT O4 B0314 : score 4.8384 : V : VAL CG1 A0234 <- 3.76 -> DT C7 C0335 : score 5.96263 : V : ALA CB A0173 <- 3.61 -> DT C7 B0314 : score 5.86815 : x : ARG xxxx A0093 <- 3.53 -> DT xxx C0335 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0136 <- 4.36 -> DT xxx B0322 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0153 <- 3.92 -> DG xxx C0333 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0177 <- 3.42 -> DT xxx C0334 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0178 <- 3.81 -> DC xxx B0317 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0239 <- 4.36 -> DG xxx B0313 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0241 <- 3.54 -> DA xxx B0312 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0288 <- 4.45 -> DA xxx B0312 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0289 <- 3.08 -> DT xxx C0341 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0291 <- 4.43 -> DT xxx B0314 : score x.xxxxx >2i0q_A:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A TELOMERE SINGLE-STRAND DNA-PROTEIN COMPLEX FROM O. NOVA WITH FULL-LENGTH ALPHA AND BETA TELOMERE PROTEINS organism=STERKIELLA NOVA : H : TYR OH A0072 <- 2.61 -> DT O4 D0012 : score 3.58775 : H : LYS NZ A0077 <- 2.77 -> DG O6 D0007 : score 5.8219 : H : GLN OE1 A0135 <- 2.98 -> DG N2 D0006 : score 5.26987 : H : GLN NE2 A0135 <- 3.13 -> DG N3 D0006 : score 4.761 : H : ASP OD1 A0223 <- 3.14 -> DG N2 D0008 : score 4.98023 : H : ASP OD2 A0223 <- 3.03 -> DG N2 D0007 : score 5.37053 : H : ASP OD2 A0225 <- 2.82 -> DG N2 D0007 : score 5.60697 : H : ARG NE A0274 <- 2.78 -> DG O6 D0008 : score 3.89887 : x : ASP xxxx A0060 <- 3.85 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0062 <- 3.36 -> DG xxx D0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0063 <- 3.43 -> DG xxx D0015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0065 <- 3.65 -> DG xxx D0008 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0066 <- 3.57 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0107 <- 3.74 -> DG xxx D0016 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0112 <- 3.68 -> DG xxx D0015 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0114 <- 3.91 -> DG xxx D0015 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0128 <- 4.37 -> DG xxx D0006 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0130 <- 3.43 -> DG xxx D0006 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0237 <- 4.32 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0239 <- 3.20 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0240 <- 3.49 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0258 <- 4.06 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0260 <- 3.80 -> DG xxx D0015 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0261 <- 4.27 -> DG xxx D0015 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0263 <- 4.38 -> DG xxx D0015 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0272 <- 3.63 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0275 <- 3.25 -> DG xxx D0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0291 <- 4.39 -> DT xxx D0009 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0292 <- 3.41 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0293 <- 3.02 -> DT xxx D0009 : score x.xxxxx >2i0q_AB:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A TELOMERE SINGLE-STRAND DNA-PROTEIN COMPLEX FROM O. NOVA WITH FULL-LENGTH ALPHA AND BETA TELOMERE PROTEINS organism=STERKIELLA NOVA : H : TYR OH A0072 <- 2.61 -> DT O4 D0012 : score 3.58775 : H : LYS NZ A0077 <- 2.77 -> DG O6 D0007 : score 5.8219 : H : GLN OE1 A0135 <- 2.98 -> DG N2 D0006 : score 5.26987 : H : GLN NE2 A0135 <- 3.13 -> DG N3 D0006 : score 4.761 : H : ASP OD1 A0223 <- 3.14 -> DG N2 D0008 : score 4.98023 : H : ASP OD2 A0223 <- 3.03 -> DG N2 D0007 : score 5.37053 : H : ASP OD2 A0225 <- 2.82 -> DG N2 D0007 : score 5.60697 : H : ARG NE A0274 <- 2.78 -> DG O6 D0008 : score 3.89887 : H : GLU OE2 B0045 <- 2.89 -> DG N2 D0013 : score 4.07152 : H : LYS NZ B0145 <- 2.85 -> DG N7 D0014 : score 5.33965 : x : ASP xxxx A0060 <- 3.85 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0062 <- 3.36 -> DG xxx D0008 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0063 <- 3.43 -> DG xxx D0015 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0065 <- 3.65 -> DG xxx D0008 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0066 <- 3.57 -> DT xxx D0012 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0107 <- 3.74 -> DG xxx D0016 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0112 <- 3.68 -> DG xxx D0015 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0114 <- 3.91 -> DG xxx D0015 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0128 <- 4.37 -> DG xxx D0006 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0130 <- 3.43 -> DG xxx D0006 : score x.xxxxx : x : ASP xxxx A0237 <- 4.32 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0239 <- 3.20 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0240 <- 3.49 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0258 <- 4.06 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0260 <- 3.80 -> DG xxx D0015 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0261 <- 4.27 -> DG xxx D0015 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0263 <- 4.38 -> DG xxx D0015 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0272 <- 3.63 -> DG xxx D0007 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0275 <- 3.25 -> DG xxx D0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0291 <- 4.39 -> DT xxx D0009 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0292 <- 3.41 -> DT xxx D0010 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0293 <- 3.02 -> DT xxx D0009 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0044 <- 3.91 -> DT xxx D0011 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0048 <- 4.25 -> DG xxx D0013 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0049 <- 3.41 -> DG xxx D0013 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0051 <- 3.63 -> DG xxx D0013 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0058 <- 4.01 -> DG xxx D0013 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0106 <- 4.00 -> DG xxx D0013 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0109 <- 3.12 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0134 <- 3.52 -> DT xxx D0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0140 <- 3.38 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx >2i0q_B:Nucleic_acid-binding_proteins; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A TELOMERE SINGLE-STRAND DNA-PROTEIN COMPLEX FROM O. NOVA WITH FULL-LENGTH ALPHA AND BETA TELOMERE PROTEINS organism=STERKIELLA NOVA : H : GLU OE2 B0045 <- 2.89 -> DG N2 D0013 : score 4.07152 : H : LYS NZ B0145 <- 2.85 -> DG N7 D0014 : score 5.33965 : x : LYS xxxx B0044 <- 3.91 -> DT xxx D0011 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0048 <- 4.25 -> DG xxx D0013 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx B0049 <- 3.41 -> DG xxx D0013 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx B0051 <- 3.63 -> DG xxx D0013 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0058 <- 4.01 -> DG xxx D0013 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx B0106 <- 4.00 -> DG xxx D0013 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0109 <- 3.12 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0134 <- 3.52 -> DT xxx D0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0140 <- 3.38 -> DG xxx D0014 : score x.xxxxx >2i3p_AB:Homing_endonucleases; title=K28R MUTANT OF HOMING ENDONUCLEASE I-CREI organism=Chlamydomonas reinhardtii : w : GLN NE2 A0026 <- 5.48 -> DA N6 C0518 : score 2.962 : w : ARG NH1 A0028 <- 5.81 -> DA N6 C0518 : score 1.456 : w : ARG NH1 A0028 <- 6.00 -> DA N7 D0555 : score 0.357 : w : ARG NH2 A0028 <- 5.34 -> DA N7 C0519 : score 1.743 : w : ASN ND2 A0030 <- 6.46 -> DT O4 C0521 : score 2.886 : w : ASN ND2 A0030 <- 5.59 -> DT O4 C0522 : score 2.886 : H : SER OG A0032 <- 3.06 -> DG N7 D0552 : score 4.2818 : w : SER OG A0032 <- 6.25 -> DT O4 C0522 : score 2.13 : H : TYR OH A0033 <- 2.77 -> DA N7 D0553 : score 4.13105 : H : TYR OH A0033 <- 3.06 -> DA N6 D0553 : score 4.08005 : H : GLN OE1 A0038 <- 3.23 -> DA N6 D0554 : score 5.39494 : H : GLN NE2 A0038 <- 3.02 -> DA N7 D0554 : score 5.79238 : w : GLN OE1 A0038 <- 6.33 -> DT O4 C0521 : score 3.148 : H : GLN NE2 A0044 <- 2.98 -> DA N7 C0516 : score 5.84085 : w : GLN OE1 A0044 <- 5.44 -> DC N4 C0517 : score 3.576 : H : ARG NH1 A0068 <- 3.01 -> DG N7 D0558 : score 5.86099 : H : ARG NH2 A0068 <- 2.66 -> DG O6 D0558 : score 6.81643 : H : ARG NH1 A0070 <- 2.82 -> DG O6 C0515 : score 6.1254 : H : ARG NH2 A0070 <- 3.01 -> DG N7 C0515 : score 6.16805 : w : THR OG1 A0140 <- 5.58 -> DC O2 C0517 : score 2.01 : w : GLN NE2 B0326 <- 5.68 -> DG O6 D0568 : score 2.878 : w : ARG NH1 B0328 <- 5.12 -> DG O6 D0568 : score 2.757 : w : ARG NH2 B0328 <- 5.19 -> DA N6 C0505 : score 1.861 : w : ASN ND2 B0330 <- 5.69 -> DT O4 D0572 : score 2.886 : w : ASN ND2 B0330 <- 6.44 -> DT O4 D0570 : score 2.886 : H : TYR OH B0333 <- 2.64 -> DA N7 C0503 : score 4.23782 : H : TYR OH B0333 <- 2.97 -> DA N6 C0503 : score 4.15752 : H : GLN OE1 B0338 <- 2.90 -> DA N6 C0504 : score 5.78451 : H : GLN NE2 B0338 <- 2.72 -> DA N7 C0504 : score 6.15592 : w : GLN OE1 B0338 <- 5.82 -> DT O4 D0570 : score 3.148 : w : GLN OE1 B0338 <- 5.50 -> DA N6 C0505 : score 2.78 : w : SER OG B0340 <- 6.12 -> DA N6 C0505 : score 2.203 : H : GLN NE2 B0344 <- 3.16 -> DA N7 D0566 : score 5.62273 : w : GLN OE1 B0344 <- 5.75 -> DC N4 D0567 : score 3.576 : H : ARG NH1 B0368 <- 2.76 -> DG N7 C0508 : score 6.16689 : H : ARG NH2 B0368 <- 2.48 -> DG O6 C0508 : score 7.05514 : H : ARG NH1 B0370 <- 2.84 -> DG O6 D0565 : score 6.1008 : H : ARG NH2 B0370 <- 3.13 -> DG N7 D0565 : score 6.01352 : w : THR OG1 B0440 <- 5.74 -> DC O2 D0567 : score 2.01 : x : SER xxxx A0022 <- 4.39 -> DA xxx C0516 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0024 <- 3.66 -> DA xxx C0516 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0046 <- 3.57 -> DG xxx C0515 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0066 <- 3.45 -> DT xxx D0556 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0073 <- 3.89 -> DA xxx C0514 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0139 <- 3.81 -> DT xxx D0561 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0322 <- 4.42 -> DA xxx D0566 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0324 <- 3.73 -> DA xxx D0566 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0332 <- 3.75 -> DC xxx C0502 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0346 <- 3.66 -> DG xxx D0565 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0366 <- 3.39 -> DT xxx C0506 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0373 <- 4.29 -> DC xxx D0564 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0439 <- 3.46 -> DG xxx D0565 : score x.xxxxx >2i3p_B:Homing_endonucleases; title=K28R MUTANT OF HOMING ENDONUCLEASE I-CREI organism=Chlamydomonas reinhardtii : w : GLN NE2 B0326 <- 5.68 -> DG O6 D0568 : score 2.878 : w : ARG NH1 B0328 <- 5.12 -> DG O6 D0568 : score 2.757 : w : ARG NH2 B0328 <- 5.19 -> DA N6 C0505 : score 1.861 : w : ASN ND2 B0330 <- 5.69 -> DT O4 D0572 : score 2.886 : w : ASN ND2 B0330 <- 6.44 -> DT O4 D0570 : score 2.886 : H : TYR OH B0333 <- 2.64 -> DA N7 C0503 : score 4.23782 : H : TYR OH B0333 <- 2.97 -> DA N6 C0503 : score 4.15752 : H : GLN OE1 B0338 <- 2.90 -> DA N6 C0504 : score 5.78451 : H : GLN NE2 B0338 <- 2.72 -> DA N7 C0504 : score 6.15592 : w : GLN OE1 B0338 <- 5.82 -> DT O4 D0570 : score 3.148 : w : GLN OE1 B0338 <- 5.50 -> DA N6 C0505 : score 2.78 : w : SER OG B0340 <- 6.12 -> DA N6 C0505 : score 2.203 : H : GLN NE2 B0344 <- 3.16 -> DA N7 D0566 : score 5.62273 : w : GLN OE1 B0344 <- 5.75 -> DC N4 D0567 : score 3.576 : H : ARG NH1 B0368 <- 2.76 -> DG N7 C0508 : score 6.16689 : H : ARG NH2 B0368 <- 2.48 -> DG O6 C0508 : score 7.05514 : H : ARG NH1 B0370 <- 2.84 -> DG O6 D0565 : score 6.1008 : H : ARG NH2 B0370 <- 3.13 -> DG N7 D0565 : score 6.01352 : w : THR OG1 B0440 <- 5.74 -> DC O2 D0567 : score 2.01 : x : SER xxxx B0322 <- 4.42 -> DA xxx D0566 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0324 <- 3.73 -> DA xxx D0566 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0332 <- 3.75 -> DC xxx C0502 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0346 <- 3.66 -> DG xxx D0565 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0366 <- 3.39 -> DT xxx C0506 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0373 <- 4.29 -> DC xxx D0564 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0439 <- 3.46 -> DG xxx D0565 : score x.xxxxx >2i3q_A:Homing_endonucleases; title=Q44V MUTANT OF HOMING ENDONUCLEASE I-CREI organism=Chlamydomonas reinhardtii : w : GLN NE2 A0026 <- 5.50 -> DA N6 C0518 : score 2.962 : w : ASN OD1 A0030 <- 6.36 -> DT O4 C0522 : score 3.053 : w : ASN ND2 A0030 <- 6.28 -> DT O4 C0522 : score 2.886 : w : ASN ND2 A0030 <- 6.03 -> DT O4 C0520 : score 2.886 : H : SER OG A0032 <- 3.34 -> DG N7 D0552 : score 4.02887 : w : SER OG A0032 <- 5.91 -> DT O4 C0522 : score 2.13 : H : TYR OH A0033 <- 2.61 -> DA N7 D0553 : score 4.26245 : H : TYR OH A0033 <- 3.00 -> DA N6 D0553 : score 4.13169 : H : GLN OE1 A0038 <- 3.14 -> DA N6 D0554 : score 5.50119 : H : GLN NE2 A0038 <- 2.84 -> DA N7 D0554 : score 6.0105 : w : GLN OE1 A0038 <- 5.97 -> DA N6 D0555 : score 2.78 : w : GLN OE1 A0038 <- 5.95 -> DT O4 C0520 : score 3.148 : w : SER OG A0040 <- 6.25 -> DA N6 D0555 : score 2.203 : H : ARG NH1 A0068 <- 3.06 -> DG N7 D0558 : score 5.79982 : H : ARG NH2 A0068 <- 2.70 -> DG O6 D0558 : score 6.76338 : w : ARG NH2 A0068 <- 6.12 -> DT O4 C0516 : score 2.172 : H : ARG NH1 A0070 <- 2.55 -> DG O6 C0515 : score 6.4575 : H : ARG NH2 A0070 <- 2.97 -> DG N7 C0515 : score 6.21955 : w : ASP OD2 A0075 <- 5.67 -> DT O4 C0516 : score 2.829 : w : THR OG1 A0140 <- 5.59 -> DT O2 C0516 : score 2.745 : V : VAL CG1 A0044 <- 3.67 -> DT C7 C0516 : score 6.09546 : x : SER xxxx A0022 <- 4.09 -> DT xxx C0516 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0024 <- 3.46 -> DT xxx C0516 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0046 <- 3.69 -> DG xxx C0515 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0066 <- 4.42 -> DC xxx D0556 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0073 <- 3.79 -> DA xxx C0514 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0139 <- 3.50 -> DT xxx D0561 : score x.xxxxx >2i3q_AB:Homing_endonucleases; title=Q44V MUTANT OF HOMING ENDONUCLEASE I-CREI organism=Chlamydomonas reinhardtii : w : GLN NE2 A0026 <- 5.50 -> DA N6 C0518 : score 2.962 : w : ASN OD1 A0030 <- 6.36 -> DT O4 C0522 : score 3.053 : w : ASN ND2 A0030 <- 6.28 -> DT O4 C0522 : score 2.886 : w : ASN ND2 A0030 <- 6.03 -> DT O4 C0520 : score 2.886 : H : SER OG A0032 <- 3.34 -> DG N7 D0552 : score 4.02887 : w : SER OG A0032 <- 5.91 -> DT O4 C0522 : score 2.13 : H : TYR OH A0033 <- 2.61 -> DA N7 D0553 : score 4.26245 : H : TYR OH A0033 <- 3.00 -> DA N6 D0553 : score 4.13169 : H : GLN OE1 A0038 <- 3.14 -> DA N6 D0554 : score 5.50119 : H : GLN NE2 A0038 <- 2.84 -> DA N7 D0554 : score 6.0105 : w : GLN OE1 A0038 <- 5.97 -> DA N6 D0555 : score 2.78 : w : GLN OE1 A0038 <- 5.95 -> DT O4 C0520 : score 3.148 : w : SER OG A0040 <- 6.25 -> DA N6 D0555 : score 2.203 : H : ARG NH1 A0068 <- 3.06 -> DG N7 D0558 : score 5.79982 : H : ARG NH2 A0068 <- 2.70 -> DG O6 D0558 : score 6.76338 : w : ARG NH2 A0068 <- 6.12 -> DT O4 C0516 : score 2.172 : H : ARG NH1 A0070 <- 2.55 -> DG O6 C0515 : score 6.4575 : H : ARG NH2 A0070 <- 2.97 -> DG N7 C0515 : score 6.21955 : w : ASP OD2 A0075 <- 5.67 -> DT O4 C0516 : score 2.829 : w : THR OG1 A0140 <- 5.59 -> DT O2 C0516 : score 2.745 : w : GLN NE2 B0326 <- 5.44 -> DG O6 D0568 : score 2.878 : H : SER OG B0332 <- 3.37 -> DC N4 C0502 : score 3.42019 : H : TYR OH B0333 <- 2.58 -> DA N7 C0503 : score 4.28709 : H : TYR OH B0333 <- 3.14 -> DA N6 C0503 : score 4.01118 : H : GLN OE1 B0338 <- 2.95 -> DA N6 C0504 : score 5.72549 : H : GLN NE2 B0338 <- 2.79 -> DA N7 C0504 : score 6.07109 : w : GLN OE1 B0338 <- 5.75 -> DT O4 D0570 : score 3.148 : w : SER OG B0340 <- 6.44 -> DT O4 D0569 : score 2.13 : H : ARG NH2 B0368 <- 2.92 -> DG O6 C0508 : score 6.47163 : w : ARG NH2 B0368 <- 5.99 -> DT O4 D0566 : score 2.172 : H : ARG NH1 B0370 <- 2.76 -> DG O6 D0565 : score 6.1992 : H : ARG NH2 B0370 <- 3.29 -> DG N7 D0565 : score 5.80749 : w : ASP OD2 B0375 <- 5.95 -> DT O4 D0566 : score 2.829 : w : THR OG1 B0440 <- 5.61 -> DC O2 D0567 : score 2.01 : V : VAL CG1 A0044 <- 3.67 -> DT C7 C0516 : score 6.09546 : V : VAL CG1 B0344 <- 3.72 -> DT C7 D0566 : score 6.02166 : x : SER xxxx A0022 <- 4.09 -> DT xxx C0516 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0024 <- 3.46 -> DT xxx C0516 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0046 <- 3.69 -> DG xxx C0515 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0066 <- 4.42 -> DC xxx D0556 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0073 <- 3.79 -> DA xxx C0514 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0139 <- 3.50 -> DT xxx D0561 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0322 <- 4.17 -> DT xxx D0566 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx B0324 <- 4.08 -> DT xxx D0566 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0328 <- 3.92 -> DT xxx D0569 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx B0330 <- 3.11 -> DT xxx D0571 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0346 <- 3.80 -> DG xxx D0565 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx B0373 <- 3.85 -> DC xxx D0564 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0439 <- 4.45 -> DG xxx D0565 : score x.xxxxx >2i5w_A:DNA-glycosylase;TATA-box_binding_protein-like; title=STRUCTURE OF HOGG1 CROSSLINKED TO DNA SAMPLING A NORMAL G ADJACENT TO AN OXOG organism=Homo sapiens : x : CYS xxxx A0149 <- 4.28 -> DA xxx F0022 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0203 <- 3.71 -> DC xxx E0007 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0207 <- 3.96 -> DT xxx F0025 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0293 <- 4.37 -> DT xxx E0003 : score x.xxxxx >2i9k_A:S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=ENGINEERED EXTRAHELICAL BASE DESTABILIZATION ENHANCES SEQUENCE DISCRIMINATION OF DNA METHYLTRANSFERASE M.HHAI organism=HAEMOPHILUS HAEMOLYTICUS : H : ARG NH1 A0240 <- 2.88 -> DG N7 D0426 : score 6.02006 : H : ARG NH2 A0240 <- 2.67 -> DG O6 D0426 : score 6.80317 : x : ILE xxxx A0086 <- 3.25 -> DT xxx C0410 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0087 <- 2.87 -> DG xxx D0428 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0228 <- 4.39 -> DA xxx D0425 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx A0237 <- 3.06 -> DG xxx D0426 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0239 <- 4.23 -> DC xxx C0407 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0252 <- 4.33 -> DG xxx D0428 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0254 <- 4.10 -> DC xxx D0429 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0260 <- 4.03 -> DA xxx C0405 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0296 <- 4.03 -> DT xxx C0404 : score x.xxxxx >2i9t_AB:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=STRUCTURE OF NF-KB P65-P50 HETERODIMER BOUND TO PRDII ELEMENT OF B- INTERFERON PROMOTER organism=MUS MUSCULUS : H : ARG NH1 A0033 <- 3.46 -> DG N7 D0723 : score 5.31038 : H : ARG NH2 A0033 <- 2.49 -> DG O6 D0723 : score 7.04188 : H : ARG NH2 A0035 <- 2.85 -> DG N7 D0722 : score 6.37408 : H : ARG NH2 A0035 <- 3.03 -> DG O6 D0722 : score 6.32575 : H : GLU OE1 A0039 <- 3.20 -> DC N4 C0712 : score 5.30533 : H : ARG NH1 B0354 <- 3.30 -> DG O6 C0706 : score 5.535 : H : ARG NH2 B0354 <- 2.94 -> DG N7 C0706 : score 6.25818 : H : ARG NH2 B0354 <- 3.18 -> DG O6 C0706 : score 6.12683 : H : ARG NH1 B0356 <- 2.83 -> DG O6 C0705 : score 6.1131 : H : ARG NH2 B0356 <- 2.66 -> DG N7 C0705 : score 6.61874 : H : GLU OE1 B0360 <- 3.01 -> DC N4 D0729 : score 5.52447 : H : HIS ND1 B0364 <- 2.93 -> DG N7 C0704 : score 6.24109 : H : LYS NZ B0541 <- 2.99 -> DT O4 D0727 : score 3.40523 : x : TYR xxxx A0036 <- 3.25 -> DT xxx C0711 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx A0038 <- 4.04 -> DT xxx C0711 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0042 <- 4.23 -> DG xxx D0720 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0187 <- 2.85 -> DT xxx C0711 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0357 <- 3.47 -> DT xxx D0728 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0359 <- 3.94 -> DT xxx D0728 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0363 <- 4.15 -> DT xxx C0703 : score x.xxxxx >2i9t_B:p53-like_transcription_factors;E_set_domains; title=STRUCTURE OF NF-KB P65-P50 HETERODIMER BOUND TO PRDII ELEMENT OF B- INTERFERON PROMOTER organism=MUS MUSCULUS : H : ARG NH1 B0354 <- 3.30 -> DG O6 C0706 : score 5.535 : H : ARG NH2 B0354 <- 2.94 -> DG N7 C0706 : score 6.25818 : H : ARG NH2 B0354 <- 3.18 -> DG O6 C0706 : score 6.12683 : H : ARG NH1 B0356 <- 2.83 -> DG O6 C0705 : score 6.1131 : H : ARG NH2 B0356 <- 2.66 -> DG N7 C0705 : score 6.61874 : H : GLU OE1 B0360 <- 3.01 -> DC N4 D0729 : score 5.52447 : H : HIS ND1 B0364 <- 2.93 -> DG N7 C0704 : score 6.24109 : H : LYS NZ B0541 <- 2.99 -> DT O4 D0727 : score 3.40523 : x : TYR xxxx B0357 <- 3.47 -> DT xxx D0728 : score x.xxxxx : x : CYS xxxx B0359 <- 3.94 -> DT xxx D0728 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0363 <- 4.15 -> DT xxx C0703 : score x.xxxxx >2ia6_B:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=BYPASS OF MAJOR BENZOPYRENE-DG ADDUCT BY Y-FAMILY DNA POLYMERASE WITH UNIQUE STRUCTURAL GAP organism=SULFOLOBUS SOLFATARICUS : x : VAL xxxx B0032 <- 3.57 -> DT xxx F1905 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx B0042 <- 3.51 -> DT xxx F1905 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0244 <- 4.39 -> DT xxx F1909 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0336 <- 3.92 -> DA xxx F1908 : score x.xxxxx >2ibk_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=BYPASS OF MAJOR BENZOPYRENE-DG ADDUCT BY Y-FAMILY DNA POLYMERASE WITH UNIQUE STRUCTURAL GAP organism=Sulfolobus solfataricus : w : LYS NZ A0339 <- 5.54 -> DA N7 D0007 : score 1.7 : x : ALA xxxx A0042 <- 3.78 -> DA xxx E0104 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0057 <- 4.33 -> DT xxx D0014 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0244 <- 3.62 -> DT xxx E0109 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0285 <- 4.24 -> DG xxx D0008 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0297 <- 4.39 -> DG xxx D0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0336 <- 3.54 -> DT xxx E0109 : score x.xxxxx >2ibs_D:DNA_methylase_specificity_domain;S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE ADENINE-SPECIFIC DNA METHYLTRANSFERASE M.TAQI COMPLEXED WITH THE COFACTOR ANALOG AETA AND A 10 BP DNA CONTAINING 2-AMINOPURINE AT THE TARGET POSITION organism=Thermus aquaticus : H : LYS NZ D0116 <- 2.81 -> DC O2 F0016 : score 2.96073 : w : LYS NZ D0116 <- 5.56 -> DT O2 F0015 : score 0.459 : H : TYR OH D0117 <- 3.03 -> DG N2 F0017 : score 4.66115 : H : LYS NZ D0139 <- 2.77 -> DT O2 E0003 : score 3.74155 : H : LYS NZ D0200 <- 2.86 -> DG N7 E0008 : score 5.32887 : H : LYS NZ D0200 <- 3.25 -> DG O6 E0008 : score 5.26633 : H : LYS NZ D0200 <- 2.74 -> DT O4 E0009 : score 3.58222 : H : ARG NE D0271 <- 2.76 -> DT O4 E0003 : score 1.98498 : H : ARG NH2 D0271 <- 2.78 -> DG O6 F0017 : score 6.65729 : w : GLU OE2 D0274 <- 5.57 -> DT O4 E0002 : score 2.588 : w : ARG NH2 D0296 <- 5.81 -> DC O2 F0013 : score 1.782 : H : HIS NE2 D0394 <- 3.01 -> DG O6 E0005 : score 7.63207 : V : PRO CG D0393 <- 3.79 -> DT C7 F0015 : score 6.29673 : x : PHE xxxx D0268 <- 3.62 -> DT xxx E0003 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0272 <- 3.55 -> DG xxx F0017 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx D0273 <- 4.15 -> DG xxx F0017 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0323 <- 3.41 -> DT xxx E0002 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx D0335 <- 3.79 -> DC xxx E0004 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0336 <- 3.68 -> DT xxx F0015 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0353 <- 4.04 -> DC xxx F0016 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx D0354 <- 3.21 -> DC xxx F0016 : score x.xxxxx >2ibt_A:DNA_methylase_specificity_domain;S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE ADENINE-SPECIFIC DNA METHYLTRANSFERASE M.TAQI COMPLEXED WITH THE COFACTOR ANALOG AETA AND A 10 BP DNA CONTAINING 2-AMINOPURINE AT THE TARGET POSITION AND AN ABASIC SITE ANALOG AT THE TARGET BASE PARTNER POSITION organism=Thermus aquaticus : H : LYS NZ A0116 <- 2.77 -> DC O2 C0016 : score 2.98447 : H : TYR OH A0117 <- 2.92 -> DG N2 C0017 : score 4.76864 : H : LYS NZ A0139 <- 2.79 -> DT O2 B0003 : score 3.72667 : H : LYS NZ A0200 <- 2.63 -> DG O6 B0008 : score 5.98394 : H : LYS NZ A0200 <- 2.78 -> DT O4 B0009 : score 3.5539 : w : LYS NZ A0200 <- 5.65 -> DG O6 C0011 : score 2.896 : H : ARG NE A0271 <- 2.91 -> DT O4 B0003 : score 1.92591 : H : ARG NH2 A0271 <- 2.81 -> DG O6 C0017 : score 6.61751 : w : GLU OE2 A0274 <- 5.55 -> DT O4 B0002 : score 2.588 : w : ARG NH2 A0296 <- 5.60 -> DC O2 C0013 : score 1.782 : H : HIS NE2 A0394 <- 2.96 -> DG O6 B0005 : score 7.71173 : x : PHE xxxx A0268 <- 3.68 -> DT xxx B0003 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0272 <- 3.44 -> DG xxx C0017 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0273 <- 4.19 -> DG xxx C0017 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0323 <- 3.32 -> DT xxx B0002 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0335 <- 3.68 -> DC xxx B0004 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0336 <- 4.08 -> DA xxx C0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0353 <- 4.08 -> DC xxx C0016 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0354 <- 3.17 -> DC xxx C0016 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0393 <- 3.36 -> DT xxx B0007 : score x.xxxxx >2ief_B:Putative_DNA-binding_domain; title=STRUCTURE OF THE COOPERATIVE EXCISIONASE (XIS)-DNA COMPLEX REVEALS A MICRONUCLEOPROTEIN FILAMENT organism=ENTEROBACTERIA PHAGE LAMBDA : H : GLU OE2 B0019 <- 3.26 -> DC N4 F0052 : score 4.99284 : w : GLU OE1 B0019 <- 5.44 -> DA N6 F0051 : score 2.913 : w : THR OG1 B0020 <- 6.06 -> DA N7 D0015 : score 2.089 : w : ARG NH2 B0023 <- 5.93 -> DA N7 D0015 : score 1.743 : x : ARG xxxx B0022 <- 3.56 -> DT xxx F0050 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0026 <- 3.90 -> DC xxx F0052 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0039 <- 3.17 -> DT xxx E0024 : score x.xxxxx >2ih2_D:S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases;DNA_methylase_specificity_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE ADENINE-SPECIFIC DNA METHYLTRANSFERASE M.TAQI COMPLEXED WITH THE COFACTOR ANALOG AETA AND A 10 BP DNA CONTAINING 5-METHYLPYRIMIDIN-2(1H)-ONE AT THE TARGET BASE PARTNER POSITION organism=Thermus aquaticus : H : LYS NZ D0116 <- 2.77 -> DC O2 F0016 : score 2.98447 : H : LYS NZ D0116 <- 2.77 -> DC O2 F0016 : score 2.98447 : H : TYR OH D0117 <- 3.01 -> DG N2 F0017 : score 4.68069 : H : LYS NZ D0139 <- 2.83 -> DT O2 E0003 : score 3.69692 : H : LYS NZ D0200 <- 2.67 -> DG O6 E0008 : score 5.93765 : w : LYS NZ D0200 <- 6.26 -> DT O4 E0007 : score 1.845 : w : LYS NZ D0200 <- 5.62 -> DA N6 F0012 : score 2.036 : H : ARG NE D0271 <- 2.82 -> DT O4 E0003 : score 1.96135 : H : ARG NH2 D0271 <- 2.80 -> DG O6 F0017 : score 6.63077 : w : GLU OE2 D0274 <- 5.66 -> DT O4 E0002 : score 2.588 : w : ARG NH1 D0296 <- 5.66 -> DC O2 F0013 : score 1.194 : w : ARG NH2 D0296 <- 5.65 -> DC O2 F0013 : score 1.782 : H : HIS NE2 D0394 <- 2.98 -> DG O6 E0005 : score 7.67987 : H : HIS NE2 D0394 <- 2.98 -> DG O6 E0005 : score 7.67987 : x : VAL xxxx D0021 <- 3.38 -> DA xxx E0006 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx D0105 <- 2.93 -> DA xxx E0006 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0108 <- 3.26 -> DA xxx E0006 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx D0196 <- 3.62 -> DA xxx E0006 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0199 <- 3.46 -> DA xxx E0006 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx D0201 <- 4.31 -> DA xxx E0006 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx D0268 <- 3.69 -> DT xxx E0003 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0272 <- 3.39 -> DG xxx F0017 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx D0273 <- 4.14 -> DG xxx F0017 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0323 <- 3.42 -> DT xxx E0002 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx D0335 <- 3.60 -> DC xxx E0004 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0336 <- 3.98 -> DC xxx F0016 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0353 <- 4.01 -> DC xxx F0016 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx D0354 <- 3.12 -> DC xxx F0016 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx D0393 <- 3.39 -> DT xxx E0007 : score x.xxxxx >2ih4_D:DNA_methylase_specificity_domain;S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE ADENINE-SPECIFIC DNA METHYLTRANSFERASE M.TAQI COMPLEXED WITH THE COFACTOR ANALOG AETA AND A 10 BP DNA CONTAINING PYRROLO-DC AT THE TARGET BASE PARTNER POSITION organism=Thermus aquaticus : H : LYS NZ D0116 <- 2.76 -> DC O2 F0016 : score 2.9904 : H : LYS NZ D0139 <- 2.90 -> DT O2 E0003 : score 3.64485 : H : LYS NZ D0200 <- 2.70 -> DG N7 E0008 : score 5.50146 : H : LYS NZ D0200 <- 2.63 -> DT O4 E0009 : score 3.66009 : H : ARG NE D0271 <- 2.70 -> DT O4 E0003 : score 2.00862 : H : ARG NH2 D0271 <- 2.92 -> DG O6 F0017 : score 6.47163 : H : HIS NE2 D0394 <- 3.08 -> DG O6 E0005 : score 7.52053 : V : PHE CD1 D0268 <- 3.66 -> DT C7 E0003 : score 4.25358 : x : VAL xxxx D0021 <- 3.64 -> DA xxx E0006 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx D0105 <- 2.93 -> DA xxx E0006 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0108 <- 3.21 -> DA xxx E0006 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx D0117 <- 3.36 -> DG xxx F0017 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx D0196 <- 3.88 -> DA xxx E0006 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx D0199 <- 3.34 -> DA xxx E0006 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx D0201 <- 4.24 -> DA xxx E0006 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0272 <- 3.72 -> DG xxx F0017 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx D0273 <- 4.30 -> DG xxx F0017 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0296 <- 4.28 -> DC xxx F0013 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx D0335 <- 3.47 -> DC xxx E0004 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0336 <- 3.98 -> DC xxx F0016 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0353 <- 4.20 -> DC xxx F0016 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx D0354 <- 3.19 -> DC xxx F0016 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx D0393 <- 3.66 -> DA xxx F0014 : score x.xxxxx >2ih5_A:DNA_methylase_specificity_domain;S-adenosyl-L-methionine-dependent_methyltransferases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE ADENINE-SPECIFIC DNA METHYLTRANSFERASE M.TAQI COMPLEXED WITH THE COFACTOR ANALOG AETA AND A 10 BP DNA CONTAINING AN ABASIC SITE ANALOG AT THE TARGET BASE PARTNER POSITION organism=Thermus aquaticus : H : ASN OD1 A0105 <- 2.96 -> DA N6 B0006 : score 5.7323 : H : LYS NZ A0116 <- 2.79 -> DC O2 C0016 : score 2.9726 : w : LYS NZ A0116 <- 6.21 -> DT O2 B0007 : score 0.459 : H : TYR OH A0117 <- 2.94 -> DG N2 C0017 : score 4.74909 : H : LYS NZ A0139 <- 2.78 -> DT O2 B0003 : score 3.73411 : H : LYS NZ A0200 <- 3.19 -> DG N7 B0008 : score 4.97289 : H : LYS NZ A0200 <- 3.19 -> DG N7 B0008 : score 4.97289 : H : LYS NZ A0200 <- 2.68 -> DT O4 B0009 : score 3.6247 : H : ARG NE A0271 <- 2.81 -> DT O4 B0003 : score 1.96529 : H : ARG NH2 A0271 <- 2.83 -> DG O6 C0017 : score 6.59098 : w : GLU OE2 A0274 <- 5.64 -> DT O4 B0002 : score 2.588 : H : HIS NE2 A0394 <- 2.93 -> DG O6 B0005 : score 7.75953 : V : PRO CG A0393 <- 3.87 -> DT C7 B0007 : score 6.17111 : x : VAL xxxx A0021 <- 3.81 -> DA xxx B0006 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0108 <- 3.25 -> DA xxx B0006 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0196 <- 3.69 -> DA xxx B0006 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx A0199 <- 3.14 -> DA xxx B0006 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0201 <- 4.13 -> DA xxx B0006 : score x.xxxxx : x : PHE xxxx A0268 <- 3.61 -> DT xxx B0003 : score x.xxxxx : x : SER xxxx A0272 <- 3.47 -> DG xxx C0017 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0273 <- 4.18 -> DG xxx C0017 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0323 <- 3.25 -> DT xxx B0002 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx A0335 <- 3.74 -> DC xxx B0004 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0336 <- 3.78 -> DA xxx C0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0353 <- 4.08 -> DC xxx C0016 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0354 <- 3.17 -> DC xxx C0016 : score x.xxxxx >2ihn_A:PIN_domain-like;5'_to_3'_exonuclease,_C-terminal_subdomain; title=CO-CRYSTAL OF BACTERIOPHAGE T4 RNASE H WITH A FORK DNA SUBSTRATE organism=Enterobacteria phage T4 : H : HIS NE2 A0174 <- 3.34 -> DT O2 C0008 : score 4.64755 : H : ARG NH2 A0220 <- 3.01 -> DT O2 D0005 : score 4.17467 : x : SER xxxx A0026 <- 3.69 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : LEU xxxx A0029 <- 3.45 -> DT xxx C0007 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0030 <- 3.32 -> DA xxx D0012 : score x.xxxxx : x : MET xxxx A0173 <- 3.34 -> DA xxx D0012 : score x.xxxxx >2imw_P:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=MECHANISM OF TEMPLATE-INDEPENDENT NUCLEOTIDE INCORPORATION CATALYZED BY A TEMPLATE-DEPENDENT DNA POLYMERASE organism=Sulfolobus solfataricus : w : LYS NZ P0221 <- 6.05 -> DC O2 T1915 : score 1.398 : x : SER xxxx P0297 <- 4.36 -> DT xxx T1913 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx P0336 <- 4.35 -> DG xxx S1803 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx P0348 <- 3.23 -> DG xxx S1805 : score x.xxxxx >2irf_GH:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF AN IRF-2/DNA COMPLEX. organism=Mus musculus : H : CYS SG G0083 <- 3.62 -> DT O4 F1136 : score 5.87987 : w : HIS NE2 H0240 <- 5.52 -> DA N3 A1002 : score 3.29 : w : LYS NZ H0275 <- 5.34 -> DG O6 A1003 : score 2.896 : w : ARG NH1 H0282 <- 5.82 -> DG O6 A1005 : score 2.757 : w : ARG NH2 H0282 <- 5.38 -> DG O6 A1005 : score 2.55 : H : CYS SG H0283 <- 3.26 -> DT O4 F1130 : score 6.38627 : w : CYS SG H0283 <- 5.89 -> DT O4 F1131 : score 4.101 : w : ASN ND2 H0286 <- 5.70 -> DA N7 A1006 : score 1.912 : x : ASN xxxx G0080 <- 3.48 -> DT xxx F1136 : score x.xxxxx : x : SER xxxx G0087 <- 3.77 -> DC xxx F1134 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx H0279 <- 4.14 -> DT xxx A1004 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx H0280 <- 3.46 -> DT xxx F1130 : score x.xxxxx : x : SER xxxx H0287 <- 3.62 -> DC xxx F1128 : score x.xxxxx >2irf_IJKL:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF AN IRF-2/DNA COMPLEX. organism=Mus musculus : w : HIS NE2 I0440 <- 5.48 -> DT O2 F1130 : score 3.881 : H : ARG NH1 I0482 <- 3.30 -> DG N7 A1011 : score 5.50615 : H : CYS SG I0483 <- 3.46 -> DT O4 E1124 : score 6.10493 : w : CYS SG I0483 <- 6.68 -> DA N7 A1012 : score 4.425 : w : ASN ND2 I0486 <- 5.79 -> DA N7 A1012 : score 1.912 : H : ARG NH1 J0682 <- 3.15 -> DG N7 B1017 : score 5.68969 : H : CYS SG J0683 <- 3.38 -> DT O4 E1118 : score 6.21747 : w : ASN ND2 J0686 <- 5.80 -> DA N7 B1018 : score 1.912 : H : ARG NH1 K0882 <- 3.24 -> DG N7 B1023 : score 5.57957 : H : CYS SG K0883 <- 3.73 -> DT O4 D1112 : score 5.72513 : w : CYS SG K0883 <- 6.55 -> DA N7 B1024 : score 4.425 : w : ASN ND2 K0886 <- 5.88 -> DA N7 B1024 : score 1.912 : H : LYS NZ L2075 <- 3.07 -> DG N7 C1027 : score 5.10234 : H : ARG NH1 L2082 <- 3.30 -> DG N7 C1029 : score 5.50615 : H : CYS SG L2083 <- 3.22 -> DT O4 D1106 : score 6.44253 : w : ASN ND2 L2086 <- 5.75 -> DA N7 C1030 : score 1.912 : x : ASN xxxx I0480 <- 3.39 -> DT xxx E1124 : score x.xxxxx : x : SER xxxx I0487 <- 3.90 -> DC xxx E1122 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx J0679 <- 4.26 -> DT xxx B1016 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx J0680 <- 3.31 -> DT xxx E1118 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx J0684 <- 4.45 -> DT xxx E1117 : score x.xxxxx : x : SER xxxx J0687 <- 3.75 -> DC xxx E1116 : score x.xxxxx : x : HIS xxxx K0840 <- 4.34 -> DA xxx B1020 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx K0880 <- 3.42 -> DT xxx D1112 : score x.xxxxx : x : SER xxxx K0887 <- 3.84 -> DC xxx D1110 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx L2079 <- 4.29 -> DT xxx C1028 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx L2080 <- 3.31 -> DT xxx D1106 : score x.xxxxx : x : SER xxxx L2087 <- 3.59 -> DC xxx D1104 : score x.xxxxx >2irf_L:"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF AN IRF-2/DNA COMPLEX. organism=Mus musculus : w : HIS NE2 L2040 <- 5.62 -> DT O2 D1112 : score 3.881 : H : LYS NZ L2075 <- 3.07 -> DG N7 C1027 : score 5.10234 : H : ARG NH1 L2082 <- 3.30 -> DG N7 C1029 : score 5.50615 : H : CYS SG L2083 <- 3.22 -> DT O4 D1106 : score 6.44253 : w : ASN ND2 L2086 <- 5.75 -> DA N7 C1030 : score 1.912 : x : ALA xxxx L2079 <- 4.29 -> DT xxx C1028 : score x.xxxxx : x : ASN xxxx L2080 <- 3.31 -> DT xxx D1106 : score x.xxxxx : x : SER xxxx L2087 <- 3.59 -> DC xxx D1104 : score x.xxxxx >2is2_AB:?;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF UVRD-DNA BINARY COMPLEX organism=Escherichia coli : H : ARG NH2 A0453 <- 2.95 -> DC O2 D0014 : score 3.48578 : H : ARG NH2 B0453 <- 2.52 -> DC O2 C0014 : score 3.79483 : x : ARG xxxx A0421 <- 2.80 -> DG xxx C0017 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx A0621 <- 3.10 -> DC xxx D0001 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0421 <- 3.07 -> DG xxx D0017 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0621 <- 3.29 -> DC xxx C0001 : score x.xxxxx >2is2_B:P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF UVRD-DNA BINARY COMPLEX organism=Escherichia coli : H : ARG NH2 B0453 <- 2.52 -> DC O2 C0014 : score 3.79483 : x : ARG xxxx B0421 <- 3.07 -> DG xxx D0017 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0621 <- 3.29 -> DC xxx C0001 : score x.xxxxx >2is4_A:P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF UVRD-DNA-ADPNP TERNARY COMPLEX organism=Escherichia coli : x : TYR xxxx A0621 <- 3.03 -> DT xxx D0020 : score x.xxxxx >2is4_AB:?;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF UVRD-DNA-ADPNP TERNARY COMPLEX organism=Escherichia coli : x : TYR xxxx A0621 <- 3.03 -> DT xxx D0020 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0621 <- 3.26 -> DG xxx C0019 : score x.xxxxx >2is6_AB:?;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF UVRD-DNA-ADPMGF3 TERNARY COMPLEX organism=Escherichia coli : x : TYR xxxx A0621 <- 3.37 -> DG xxx C0018 : score x.xxxxx : x : TYR xxxx B0621 <- 3.15 -> DG xxx D0018 : score x.xxxxx >2is6_B:?;P-loop_containing_nucleoside_triphosphate_hydrolases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF UVRD-DNA-ADPMGF3 TERNARY COMPLEX organism=Escherichia coli : x : TYR xxxx B0621 <- 3.15 -> DG xxx D0018 : score x.xxxxx >2isz_ABCD:Iron-dependent_repressor_protein,_dimerization_domain;"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A TWO-DOMAIN IDER-DNA COMPLEX CRYSTAL FORM I organism=Mycobacterium tuberculosis : H : GLN OE1 A0043 <- 3.07 -> DC N4 F0018 : score 4.23153 : w : GLN OE1 A0043 <- 5.54 -> DC N4 F0019 : score 3.576 : w : ARG NH1 A0060 <- 5.45 -> DG N3 E0009 : score 1.371 : w : ARG NH2 A0060 <- 6.27 -> DG N2 E0009 : score 1.594 : H : GLN OE1 B0043 <- 2.70 -> DC N4 E0020 : score 4.56254 : w : GLN OE1 B0043 <- 6.05 -> DC N4 E0021 : score 3.576 : w : GLN NE2 B0043 <- 5.80 -> DG O6 F0013 : score 2.878 : w : ARG NH2 B0060 <- 6.14 -> DT O2 E0028 : score 2.047 : w : ARG NH1 C0060 <- 5.25 -> DG N3 F0012 : score 1.371 : V : PRO CG A0039 <- 3.65 -> DT C7 F0020 : score 6.51656 : V : PRO CG C0039 <- 3.71 -> DT C7 E0017 : score 6.42235 : x : SER xxxx A0037 <- 3.38 -> DT xxx F0020 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0040 <- 3.13 -> DC xxx F0019 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0047 <- 3.66 -> DG xxx F0017 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0037 <- 3.40 -> DT xxx E0022 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0039 <- 3.19 -> DT xxx F0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0040 <- 3.18 -> DC xxx E0021 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0042 <- 4.49 -> DT xxx F0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0047 <- 3.67 -> DC xxx E0019 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0037 <- 3.42 -> DT xxx E0017 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0040 <- 3.18 -> DC xxx E0016 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0047 <- 3.56 -> DG xxx E0014 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0037 <- 3.34 -> DT xxx F0025 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx D0039 <- 3.26 -> DT xxx F0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0040 <- 3.39 -> DC xxx F0024 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0042 <- 4.15 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0047 <- 3.51 -> DT xxx F0022 : score x.xxxxx >2isz_B:Iron-dependent_repressor_protein,_dimerization_domain;"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A TWO-DOMAIN IDER-DNA COMPLEX CRYSTAL FORM I organism=Mycobacterium tuberculosis : H : GLN OE1 B0043 <- 2.70 -> DC N4 E0020 : score 4.56254 : w : GLN OE1 B0043 <- 6.05 -> DC N4 E0021 : score 3.576 : w : GLN NE2 B0043 <- 5.80 -> DG O6 F0013 : score 2.878 : w : ARG NH2 B0060 <- 6.14 -> DT O2 E0028 : score 2.047 : x : SER xxxx B0037 <- 3.40 -> DT xxx E0022 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0039 <- 3.19 -> DT xxx F0010 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0040 <- 3.18 -> DC xxx E0021 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0042 <- 4.49 -> DT xxx F0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0047 <- 3.67 -> DC xxx E0019 : score x.xxxxx >2it0_ABCD:Iron-dependent_repressor_protein,_dimerization_domain;"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A TWO-DOMAIN IDER-DNA COMPLEX CRYSTAL FORM II organism=Mycobacterium tuberculosis : H : GLN OE1 A0043 <- 3.38 -> DC N4 F0018 : score 3.9542 : w : GLN NE2 A0043 <- 5.87 -> DG O6 E0014 : score 2.878 : H : GLN OE1 B0043 <- 2.81 -> DC N4 E0020 : score 4.46413 : H : GLN OE1 C0043 <- 3.23 -> DC N4 E0016 : score 4.08839 : H : GLN NE2 C0043 <- 3.35 -> DG O6 F0017 : score 5.27953 : w : ARG NH1 C0060 <- 6.19 -> DG N2 F0012 : score 1.084 : w : ARG NH2 C0060 <- 5.72 -> DG N2 F0012 : score 1.594 : V : PRO CG A0039 <- 3.89 -> DT C7 F0020 : score 6.1397 : V : PRO CG D0039 <- 3.74 -> DT C7 F0025 : score 6.37524 : x : SER xxxx A0037 <- 3.49 -> DT xxx F0020 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0040 <- 3.37 -> DC xxx F0019 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0047 <- 3.81 -> DG xxx F0017 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0060 <- 4.41 -> DG xxx E0009 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0037 <- 3.28 -> DT xxx E0022 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx B0039 <- 3.18 -> DA xxx E0023 : score x.xxxxx : x : THR xxxx B0040 <- 3.20 -> DC xxx E0021 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0042 <- 4.23 -> DT xxx F0009 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0047 <- 3.83 -> DC xxx E0019 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0037 <- 3.29 -> DT xxx E0017 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx C0039 <- 3.13 -> DT xxx E0017 : score x.xxxxx : x : THR xxxx C0040 <- 3.19 -> DC xxx E0016 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx C0047 <- 3.64 -> DG xxx E0014 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0037 <- 3.22 -> DT xxx F0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0040 <- 3.10 -> DC xxx F0024 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0042 <- 4.29 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0047 <- 3.47 -> DT xxx F0022 : score x.xxxxx >2it0_D:Iron-dependent_repressor_protein,_dimerization_domain;"Winged_helix"_DNA-binding_domain; title=CRYSTAL STRUCTURE OF A TWO-DOMAIN IDER-DNA COMPLEX CRYSTAL FORM II organism=Mycobacterium tuberculosis : V : PRO CG D0039 <- 3.74 -> DT C7 F0025 : score 6.37524 : x : SER xxxx D0037 <- 3.22 -> DT xxx F0025 : score x.xxxxx : x : THR xxxx D0040 <- 3.10 -> DC xxx F0024 : score x.xxxxx : x : SER xxxx D0042 <- 4.29 -> DT xxx E0006 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx D0047 <- 3.47 -> DT xxx F0022 : score x.xxxxx >2itl_AB:Origin_of_replication-binding_domain,_RBD-like; title=THE ORIGIN BINDING DOMAIN OF THE SV40 LARGE T ANTIGEN BOUND TO THE FUNCTIONAL PEN PALINDROME DNA (23 BP) organism=Simian virus 40 : H : ARG NE A0204 <- 2.97 -> DG N7 W0032 : score 4.27393 : H : ARG NH2 A0204 <- 2.59 -> DG O6 W0032 : score 6.90926 : H : SER OG B0152 <- 2.71 -> DA N7 W0021 : score 4.48312 : H : ASN ND2 B0153 <- 2.90 -> DG O6 W0023 : score 5.51815 : H : ARG NE B0154 <- 2.91 -> DG N7 W0020 : score 4.32702 : H : ARG NH2 B0154 <- 2.54 -> DG O6 W0020 : score 6.97557 : x : ASN xxxx A0153 <- 3.29 -> DC xxx W0033 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0154 <- 3.66 -> DT xxx W0035 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0155 <- 4.04 -> DC xxx W0033 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx B0204 <- 4.25 -> DC xxx W0024 : score x.xxxxx >2itl_B:Origin_of_replication-binding_domain,_RBD-like; title=THE ORIGIN BINDING DOMAIN OF THE SV40 LARGE T ANTIGEN BOUND TO THE FUNCTIONAL PEN PALINDROME DNA (23 BP) organism=Simian virus 40 : H : SER OG B0152 <- 2.71 -> DA N7 W0021 : score 4.48312 : H : ASN ND2 B0153 <- 2.90 -> DG O6 W0023 : score 5.51815 : H : ARG NE B0154 <- 2.91 -> DG N7 W0020 : score 4.32702 : H : ARG NH2 B0154 <- 2.54 -> DG O6 W0020 : score 6.97557 : x : ARG xxxx B0204 <- 4.25 -> DC xxx W0024 : score x.xxxxx >2ivh_A:His-Me_finger_endonucleases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE NUCLEASE DOMAIN OF COLE7 (H545Q MUTANT) IN COMPLEX WITH AN 18-BP DUPLEX DNA organism=ESCHERICHIA COLI : H : ASP OD2 A0493 <- 2.75 -> DA N6 B0013 : score 3.84836 : w : ASP OD1 A0493 <- 6.26 -> DG O6 B0012 : score 3.293 : w : ASP OD2 A0493 <- 6.34 -> DG O6 B0012 : score 3.07 : H : ARG NH2 A0538 <- 3.09 -> DT O2 C0028 : score 4.10495 : w : ARG NH2 A0538 <- 5.78 -> DT O2 B0010 : score 2.047 : x : ARG xxxx A0496 <- 3.21 -> DA xxx B0013 : score x.xxxxx >2ivk_BC:His-Me_finger_endonucleases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE PERIPLASMIC ENDONUCLEASE VVN COMPLEXED WITH A 16-BP DNA organism=VIBRIO VULNIFICUS : H : ARG NH2 B0072 <- 2.90 -> DC O2 F0032 : score 3.52172 : H : ARG NH2 C0072 <- 2.83 -> DC O2 H0032 : score 3.57203 : x : ARG xxxx B0075 <- 4.49 -> DG xxx J0017 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx B0100 <- 3.62 -> DG xxx J0017 : score x.xxxxx : x : SER xxxx B0131 <- 4.21 -> DT xxx F0031 : score x.xxxxx : x : GLN xxxx C0069 <- 4.44 -> DA xxx G0002 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx C0100 <- 3.57 -> DG xxx I0001 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0131 <- 4.24 -> DT xxx H0031 : score x.xxxxx >2ivk_C:His-Me_finger_endonucleases; title=CRYSTAL STRUCTURE OF THE PERIPLASMIC ENDONUCLEASE VVN COMPLEXED WITH A 16-BP DNA organism=VIBRIO VULNIFICUS : H : ARG NH2 C0072 <- 2.83 -> DC O2 H0032 : score 3.57203 : x : GLN xxxx C0069 <- 4.44 -> DA xxx G0002 : score x.xxxxx : x : LYS xxxx C0100 <- 3.57 -> DG xxx I0001 : score x.xxxxx : x : SER xxxx C0131 <- 4.24 -> DT xxx H0031 : score x.xxxxx >2j6s_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=TERNARY COMPLEX OF SULFOLOBUS SOLFATARICUS DPO4 DNA POLYMERASE, O6- METHYLGUANINE MODIFIED DNA, AND DATP. organism=SULFOLOBUS SOLFATARICUS : x : VAL xxxx A0032 <- 3.77 -> DT xxx T0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0042 <- 3.58 -> DT xxx T0004 : score x.xxxxx >2j6u_A:DNA/RNA_polymerases;Lesion_bypass_DNA_polymerase_Y-family,_little_finger_domain; title=TERNARY COMPLEX OF SULFOLOBUS SOLFATARICUS DPO4 DNA POLYMERASE, O6- METHYLGUANINE MODIFIED DNA, AND DGTP. organism=SULFOLOBUS SOLFATARICUS : x : TYR xxxx A0015 <- 4.40 -> DT xxx P0014 : score x.xxxxx : x : VAL xxxx A0035 <- 3.67 -> DC xxx T0004 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0045 <- 3.92 -> DC xxx T0004 : score x.xxxxx : x : ILE xxxx A0107 <- 4.23 -> DT xxx P0014 : score x.xxxxx : x : ARG xxxx A0339 <- 4.40 -> DA xxx T0007 : score x.xxxxx >2ja5_A:beta_and_beta-prime_subunits_of_DNA_dependent_RNA-polymerase; title=CPD LESION CONTAINING RNA POLYMERASE II ELONGATION COMPLEX A organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : x : ARG xxxx A0350 <- 4.28 -> DC xxx T0020 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0448 <- 4.17 -> DT xxx T0019 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0831 <- 3.14 -> DT xxx T0018 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0832 <- 3.20 -> DT xxx T0018 : score x.xxxxx >2ja5_AB: title=CPD LESION CONTAINING RNA POLYMERASE II ELONGATION COMPLEX A organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : x : ARG xxxx A0350 <- 4.28 -> DC xxx T0020 : score x.xxxxx : x : PRO xxxx A0448 <- 4.17 -> DT xxx T0019 : score x.xxxxx : x : THR xxxx A0831 <- 3.14 -> DT xxx T0018 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0832 <- 3.20 -> DT xxx T0018 : score x.xxxxx >2ja6_A:beta_and_beta-prime_subunits_of_DNA_dependent_RNA-polymerase; title=CPD LESION CONTAINING RNA POLYMERASE II ELONGATION COMPLEX B organism=SACCHAROMYCES CEREVISIAE : x : THR xxxx A0831 <- 4.01 -> DT xxx T0019 : score x.xxxxx : x : ALA xxxx A0832 <- 4.37 -> DT xxx T0019 : score x.xxxxx : x : GLU xxxx A0833 <- 3.58 -> DT