6t90_ABCDEFGHKL : 3D-footprint complex

structure name	OCT4-SOX2-BOUND NUCLEOSOME - SHL-6
source	AEQUOREA VICTORIA, HOMO SAPIENS
experiment	NMR
links to other resources	NAKB PDIdb DNAproDB
protein sequence	> 6t90_A interface=1,2, RYrpgtvalreirryqkstellirklpfqrlvreiaqdfktdlrfqssavmalqeaceaylvglfedtnlcaihakrvtimpkdiqlarrirge > 6t90_B interface= VLrdniqgitkpairrlarrggvkrisgliyeetrgvlkvflenvirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfgg > 6t90_C interface= GKarakaktrssraglqfpvgrvhrllrkgnyservgagapvylaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlairndeelnkllgrvtiaqggvlpniqavll > 6t90_D interface=2, sRkesysiyvykvlkqvhpdtgisskamgimnsfvndiferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytsa > 6t90_E interface=2, hRyrpgtvalreirryqkstellirklpfqrlvreiaqdfktdlrfqssavmalqeaceaylvglfedtnlcaihakrvtimpkdiqlarrirge > 6t90_F interface= lRdniqgitkpairrlarrggvkrisgliyeetrgvlkvflenvirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfgg > 6t90_G interface=34, karakaktrssraglqfpvgrvhrllrkgnyseRvgagapvylaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlairndeelnkllgrvtiaqggvlpniqavllp > 6t90_H interface= srkesysiyvykvlkqvhpdtgisskamgimnsFvndiferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytsa > 6t90_K interface=44,45,48,49, dikalqkeleqfakllkqkritlgytqadvgltlgvlfgkvfsQTtiCRfealqlsfknmcklrpllqkwvee > 6t90_L interface=3,6,8,9,16,27,28,32,70, vkRpmNaFMvwsrgqRrkmaqenpkmHNseiSkrlgaewkllsetekrpfideakrlralhmkehpdykYrprr
interface signature	RY/VL/GK/R/R/R/R/F/QTCR/RNFMRHNSY

Estimated binding specificities ?

readout + contact

# IC=7.102 IC/col=0.050 n_of_columns=141

specificity:

A |  24  24  24  24  34   6   2   0   0   9   7  20  27  11   8  12  24  24  24  24  24  24  24  22  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  42  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24
C |  24  24  24  24  22  78   2   0   0   9   4  19  22   9   7  60  24  24  24  24  24  24  24  30  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  30  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24
G |  24  24  24  24  20   6   4   0   0  69   4  19  25   9  74  12  24  24  24  24  24  24  24  22  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24
T |  24  24  24  24  20   6  88  96  96   9  81  38  22  67   7  12  24  24  24  24  24  24  24  22  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24

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updated Wed Nov 30 09:43:42 2022