6t90_L : 3D-footprint complex

structure name	OCT4-SOX2-BOUND NUCLEOSOME - SHL-6 (TRANSCRIPTION FACTOR SOX-2)
source	HOMO SAPIENS
experiment	NMR
structural superfamily	HMG-box;
sequence family	HMG high mobility group box;
redundant complexes	6yov
links to other resources	NAKB PDIdb DNAproDB
protein sequence	> 6t90_L interface=3,6,8,9,16,27,28,32,70, vkRpmNaFMvwsrgqRrkmaqenpkmHNseiSkrlgaewkllsetekrpfideakrlralhmkehpdykYrprr
interface signature	RNFMRHNSY

Estimated binding specificities ?

readout + contact

# IC=5.658 IC/col=0.040 n_of_columns=141

specificity:

A |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  33  81  11  96  96  90   6  20  24  24  24  24
C |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21   4  67   0   0   2   6  22  24  24  24  24
G |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21   7   9   0   0   2  78  20  24  24  24  24
T |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21   4   9   0   0   2   6  34  24  24  24  24

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Dendrogram of similar interfaces ?

matrix format

  
  RTNGFTIARA--NASGST--YAPG   L   +-----------------------------1j46_A    
                                 ! 
  RCNAFTIARG--NC--SALTYAKT   L --4   +-------------------------2gzk_A    
                                 !   ! 
  RTNTFTMARA--NGACST--YA--   L   +---3                        +4s2q_D    
                                     !         +--------------1 
  RGNTFTMART--NGRTSA--WANT   L       +---------2              +7m5w_A    
                                               ! 
  RCNTFTMARAHGNAACST------   L                 +---------------4euw_A

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updated Tue Dec 17 07:07:08 2024