6vyp_ABCDEFGHKLMN : 3D-footprint complex

structure name	CRYSTAL STRUCTURE OF THE LSD1/COREST HISTONE DEMETHYLASE BOUND TO ITS NUCLEOSOME SUBSTRATE
reference	Yennawar et al. Mol.Cell 78 903 2020
source	HOMO SAPIENS / XENOPUS LAEVIS
experiment	X-ray (resolution=4.99, R-factor=?)
links to other resources	NAKB PDIdb DNAproDB
protein sequence	> 6vyp_A interface=15,16,17,41,59, tmqtarkstggkapHRYrpgtvalreirryqkstellirkLpfqrlvreiaqdfktdlRfqssavmalqeaseaylvalfedtnlcaihakrvtimpkdiqlarrirger > 6vyp_B interface=15,25, vlrdniqgitkpaiRrlarrggvkRisgliyeetrgvlkvflenvirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfg > 6vyp_C interface=27, trssraglqfpvgrvhrllrkgnyaeRvgagapvylaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlavrndeelnkllgrvtiaqggvlpniqsvllpk > 6vyp_D interface=1, Rkesyaiyvykvlkqvhpdtgisskamsimnsfvndvferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytsa > 6vyp_E interface=19,43,61, artmqtarkstggkaphrYrpgtvalreirryqkstellirkLpfqrlvreiaqdfktdlRfqssavmalqeaseaylvalfedtnlcaihakrvtimpkdiqlarrirg > 6vyp_F interface=21, niqgitkpairrlarrggvkRisgliyeetrgvlkvflenvirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfgg > 6vyp_G interface= aktrssraglqfpvgrvhrlLrkgnyaervgagapvylaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlavrndeelnkllgrvtiaqggvlpniqsvllpk > 6vyp_H interface=2, tRkesyaiyvykvlkqvhpdtgisskamsimnsfvndvferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytsa > 6vyp_K interface= pSgvegaafqsrlphdrmtsqeaacfpdiisgpqqtqkvflfirnrtlqlwldnpkiqltfeatlqqleapynsdtvlvhrvhsylerhglinfgiykrikplptkktgkviiigsgvsglaaarqlqsfgmdvtlleardrvggrvatfrkgnyvadlgamvvtglggnpmavvskqvnmelakikqkcplyeangqavpkekdemveqefnrlleatsylshqldfnvlnnkpvslgqalevviqlqekhvkdeqiehwkkivktqeelkellnkmvnlkekikelhqqykeasevkpprditaeflvkskhrdltalckeydelaetqgkleeklqeleanppsdvylssrdrqildwhfanlefanatplstlslkhwdqdddfeftgshltvrngyscvpvalaegldiklntavrqvrytasgceviavntastsqtfiykcdavlctlplgvlkqqppavqfvpplpewktsavqrmgfgnlnkvvlcfdrvfwdpsvnlfghvgsttasrgelflfwnlykapillalvageaagimeaisdavivgrclailkgifgssavpqpketvvsrwradpwargsysyvaagssgndydlmaqpitpgpsipgapqpiprlffagehtirnypatvhgallsglreagriadqflgamytl > 6vyp_L interface= rKppkgmflsqedveavsanataattvlrqldmelvsvkrqiqnikqtnsalkekldggiepyrlpeviqkcnarwtteeqllavqairkygrdfqaisdvignksvvqvknffvnyrrrfnidevlqeweae > 6vyp_M interface= pSgvegaafqsrlphdrmtsqeaacfpdiisgpqqtqkvflfirnrtlqlwldnpkiqltfeatlqqleapynsdtvlvhrvhsylerhglinfgiykrikplptkktgkviiigsgvsglaaarqlqsfgmdvtlleardrvggrvatfrkgnyvadlgamvvtglggnpmavvskqvnmelakikqkcplyeangqavpkekdemveqefnrlleatsylshqldfnvlnnkpvslgqalevviqlqekhvkdeqiehwkkivktqeelkellnkmvnlkekikelhqqykeasevkpprditaeflvkskhrdltalckeydelaetqgkleeklqeleanppsdvylssrdrqildwhfanlefanatplstlslkhwdqdddfeftgshltvrngyscvpvalaegldiklntavrqvrytasgceviavntastsqtfiykcdavlctlplgvlkqqppavqfvpplpewktsavqrmgfgnlnkvvlcfdrvfwdpsvnlfghvgsttasrgelflfwnlykapillalvageaagimeaisdavivgrclailkgifgssavpqpketvvsrwradpwargsysyvaagssgndydlmaqpitpgpsipgapqpiprlffagehtirnypatvhgallsglreagriadqflgamytl > 6vyp_N interface= rKppkgmflsqedveavsanataattvlrqldmelvsvkrqiqnikqtnsalkekldggiepyrlpeviqkcnarwtteeqllavqairkygrdfqaisdvignksvvqvknffvnyrrrfnidevlqeweae
interface signature	HRYLR/RR/R/R/YLR/R/L/R/S/K/S/K

Estimated binding specificities ?

contact

# IC=0.520 IC/col=0.003 n_of_columns=190

specificity:

A |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  23  24  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  19  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  21  24  19  20  24  24  24  24  24  24  24  21  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  31  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  30  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
C |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  21  24  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  38  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  33  24  16  20  24  24  24  24  24  24  24  21  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  19  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
G |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  30  31  24  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  42  19  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  31  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  34  31  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  21  24  16  36  24  24  24  24  24  24  24  31  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  23  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  38  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
T |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  21  24  36  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  23  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  23  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  21  24  45  20  24  24  24  24  24  24  24  23  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  19  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24

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