Interface of input file ?

interface graph
legend  pdf

footprint
legend

structure nameYEAST RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH THE +1 NUCLEOSOME (COMPLEX A)
experimentNMR
links to other resourcesNAKB PDBSum PDIdb DNAproDB
protein sequence
interface signature//RRKHY/QICQD/T/QNVFALFVTNVFPLFVT/DRRMRPTVLRLWVLVFM/F//K/R/RR/R/RRR/RR/RR/R/R/R

Estimated binding specificities ?

readout + contactlogo
# IC=10.603 IC/col=0.051 n_of_columns=209 specificity:   
A |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  14  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  16  13  24  24  22  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  14  20  24  25  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  25  18  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  24  24  24  63  70  22  24  24  24  22  16  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  15  12  20  30  24  31  31  24  24  24  24  24  33  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  19  13  22  24  24  24  24  24  24  24  24  66   2  13  96   0  72   0  85  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24
C |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  13  45  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  14  56  24  24  27  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  56  19  24  22  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  30  22  18  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  31  24  24  24  24  10  10  30  24  24  24  20  48  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  15  12  22  22  24  21  21  24  24  24  24  24  21  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  16  13  22  24  24  24  24  24  24  24  24  10   2  10   0   0   8   0   3  24  24  30  24  24  24  24  24  24  24  24
G |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  56  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  14  13  24  24  25  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  13  38  24  27  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  27  18  30  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  24  24  24  13   8  22  24  24  24  34  16  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  15  60  20  22  24  21  21  24  24  24  24  24  21  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  45  13  25  24  24  24  24  24  24  24  24  10   4  10   0   0   8   0   5  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24
T |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  13  19  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  52  14  24  24  22  36  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  13  19  24  22  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  22  42  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  23  24  24  24  24  10   8  22  24  24  24  20  16  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  33  24  51  12  34  22  24  23  23  24  24  24  24  24  21  48  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  16  57  27  24  24  24  24  24  24  24  24  10  88  63   0  96   8  96   3  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24
scan!

home
updated Fri Dec 2 06:21:50 2022