8x7k_ABCDEFGH : 3D-footprint complex

Interface of input file ?

structure name	CRYO-EM STRUCTURES OF RNF168/UBCH5C-UB IN COMPLEX WITH H2AK13UB NUCLEOSOMES DETERMINED BY ACTIVITY-BASED CHEMICAL TRAPPING STRATEGY (ADJACENT H2AK13/15 DUAL-MONOUBIQUITINATION)
experiment	NMR
links to other resources	NAKB PDIdb DNAproDB
protein sequence	> 8x7k_A interface=2,45, hRyrpgtvalreirryqkstellirklpfqrlvreiaqdfktdlRfqssavmalqeaseaylvglfedtnlsaihakrvtimpkdiqlarrirger > 8x7k_B interface=25, vlrdniqgitkpairrlarrggvkRisgliyeetrgvlkvflenvirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfg > 8x7k_C interface= actrssraglqfpvgrvhrllrkgNyservgagapvylaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlairndeelnkllgrvtiaqggvlpniqavllpk > 8x7k_D interface=3, rsRkesysvyvykvlkqvhpdtgisskamgimnsfvndiferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkyts > 8x7k_E interface=2,3,46, pHRyrpgtvalreirryqkstellirklpfqrlvreiaqdfktdlRfqssavmalqeaseaylvglfedtnlsaihakrvtimpkdiqlarrirger > 8x7k_F interface= kVLrdniqgitkpairrlarrggvkrisgliyeetrgvlkvflenVirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfg > 8x7k_G interface=2, aRakaktrssraglqfpvgrvhrllrkgnyservgagapvylaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlairndeelnkllgrvtiaqggvlpniqavllp > 8x7k_H interface= rSrkesysvyvykvlkqvhpdtgisskamgimnsfvndiferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytsa
interface signature	RR/R/N/R/HRR/VLV/R/S

Estimated binding specificities ?

contact

# IC=0.918 IC/col=0.006 n_of_columns=142

specificity:

A |  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  12  22  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  19  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  30  49  13  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
C |  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  34  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  60  22  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  36  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  15  14  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
G |  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  12  27  24  30  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  17  13  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
T |  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  12  25  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  45  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  15  56  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24

scan!

home
updated Thu Sep 12 13:09:56 2024