8dk5_ABCDEFGH : 3D-footprint complex

Interface of input file ?

structure name	STRUCTURE OF 187BP LIN28B NUCLEOSOME WITH SITE 0 MUTATION
experiment	NMR
links to other resources	NAKB PDIdb DNAproDB
protein sequence	> 8dk5_A interface=3,46, phRyrpgtvalreirryqkstellirklpfqrlvreiaqdfktdlRfqssavmalqeaceaylvglfedtnlcaihakrvtimpkdiqlarrirge > 8dk5_B interface= rdNiqgitkpairrlarrggvkrisgliyeetrgvlkvflenvirDavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfg > 8dk5_C interface=31, akaksrssraglqfpvgrvhrllrkgnyaeRvgagapvymaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlairndeelnkllgkvtiaqggvlpniqavllpk > 8dk5_D interface=4,10, krsRkesysIyvykvlkqvhpdtgisskamgimnsfvndiferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytss > 8dk5_E interface=3,4,28,46, phRYrpgtvalreirryqkstellirkLpfqrlvreiaqdfktdlRfqssavmalqeaceaylvglfedtnlcaihakrvtimpkdiqlarrirger > 8dk5_F interface= vlRDniqgitkpairrlarrggvkrisGliyeetrgvlkvflenvIrdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfgg > 8dk5_G interface=31, akaksrssraglqfpvgrvhrllrkgnyaeRvgagapvymaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlairndeelnkllgkvtiaqggvlpniqavllpk > 8dk5_H interface=3, rsRkesysiyvykvlkqvhpdtgisskamgimnsfvndiferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytssk
interface signature	RR/ND/R/RI/RYLR/RDGI/R/R

Estimated binding specificities ?

contact

# IC=0.695 IC/col=0.005 n_of_columns=148

specificity:

A |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  15  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  19  18  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  34  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  24  24  24  24
C |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  15  19  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  31  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  16  42  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  42  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  23  24  24  24  24  24
G |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  15  45  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  16  18  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  34  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  31  24  24  24  24  24
T |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  51  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  23  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  45  18  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  18  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  34  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  30  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  24  24  24  24

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updated Sun Dec 17 20:40:24 2023