8vfx_ABCDEFGH : 3D-footprint complex

Interface of input file ?

structure name	CRYO-EM STRUCTURE OF 186BP ALBN1 NUCLEOSOME AIDED BY SCFV
experiment	NMR
links to other resources	NAKB PDIdb DNAproDB
protein sequence	> 8vfx_A interface=3,4,5,47,79, kpHRYrpgtvalreirryqkstellirklpfqrlvreiaqdfktdlRfqssavmalqeaceaylvglfedtnlcaihaKrvtimpkdiqlarrirge > 8vfx_B interface= kvLRDniqgitkpairrlarrggvkrisgliyeetrgvlkvflenvIrdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlYgfgg > 8vfx_C interface=2,33, aRakaktrssraglqfpvgrvhrllrkgnyseRvgagapvylaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlairndeelnkllgrvtiaqggvlpniqavllpk > 8vfx_D interface=4, krsRkesysiyvykvlkqvhpdtgisskamgimnsfvndiferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytsa > 8vfx_E interface=4,5,47, kphRYrpgtvalreirryqkstellirklpfqrlvreiaqdfktdlRfqssavmalqeaceaylvglfedtnlcaihakrvtimpkdiqlarrirge > 8vfx_F interface=26, kvlrdniqgitkpairrlarrggvkRisgliyeetrgvlkvflenvirdavtytehakrktvtamdvvyalkrqgrtlygfgg > 8vfx_G interface=2,33, aRakaktrssraglqfpvgrvhrllrkgnyseRvgagapvylaavleyltaeilelagnaardnkktriiprhlqlairndeelnkllgrvtiaqggvlpniqavllpk > 8vfx_H interface= kRsrkesysiyvykvlkqvhpdtgisskamgiMnsfvndiferiageasrlahynkrstitsreiqtavrlllpgelakhavsegtkavtkytsa
interface signature	HRYRK/LRDIY/RR/R/RYR/R/RR/RM

Estimated binding specificities ?

contact

# IC=1.224 IC/col=0.008 n_of_columns=158

specificity:

A |  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  22  24  24  13  60  25  24  24  24  34  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  36  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  14  24  24  24  24  24  24  24  24  24  27  24  24  24  24  21  24  31  45  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  27  30  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  31  24  24  24  42  18  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
C |  24  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  22  24  24  13  12  27  24  24  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  31  24  21  19  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  22  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  23  24  24  24  18  42  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  31  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
G |  24  24  24  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  30  24  24  56  12  22  24  24  24  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  24  25  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  14  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  24  24  24  23  24  23  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  36  25  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  24  24  18  18  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  22  24  21  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
T |  24  24  24  24  27  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  22  24  24  14  12  22  24  24  24  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  24  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  52  24  24  24  24  24  24  24  24  24  25  24  24  24  24  21  24  21  16  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  22  22  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  21  24  24  24  18  18  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  30  24  23  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24

scan!

home
updated Thu Sep 12 10:55:30 2024