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structure nameCRYO-EM STRUCTURE OF FOXA1 IN COMPLEX WITH ALBN1 NUCLEOSOME (CLASS 2)
experimentNMR
structural superfamily"Winged helix" DNA-binding domain;
sequence familyFork head domain;
multimeric complexes7vox_CH
redundant complexes7vox_A
links to other resourcesNAKB PDBSum PDIdb DNAproDB
protein sequence
interface signatureLNRHSR

Estimated binding specificities ?

contactlogo
# IC=2.244 IC/col=0.013 n_of_columns=170 specificity:   
A |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  19  20  14  10  13  49  22  49  10  57  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
C |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  19  22  56   8  10  15  27  17   8  13  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
G |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  20  34  13   8  63  17  25  15  70  13  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
T |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  38  20  13  70  10  15  22  15   8  13  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
scan!

Dendrogram of similar interfaces ?

matrix format
  
  ----------------NAST--RGHT--STFT------RTRA   L                    +------------1vtn_C    
                                                     +--------------4 
  --------------KT--RG----RGYA----KA--------   L     !              +------------5jvt_A    
                                                     ! 
  ----------------NAST--RGHT--STLT----------   L     !                      +-----7cby_C    
                                                     !        +-------------2 
  ------ST--------NAST--RTHT--STLT----------   L   +-9    +---5             +-----4lg0_A    
                                                   ! !    !   ! 
  RT--LA--NTHGTTETYTRG----------------------   L   ! !  +-7   +-------------------1f4k_B    
                                                   ! !  ! ! 
  ----------RGSTRTSTHG----------------RA----   L   ! !  ! !                     +-3zpl_B    
                                                   ! !  ! +---------------------1 
  ------------------RC----YG--------KT------       ! +--8                       +-2acj_B    
                                                 -10    ! 
  ------ST--------NAST--RTHT--ST------------   L   !    !             +----------3l2c_A    
                                                   !    !   +---------3 
  ----------------RGNT--RGSTAT--RA----------   L   !    +---6         +----------2o6g_G    
                                                   !        ! 
  --TT--------KATTQTTG----LTRT----KA--------   L   !        +--------------------2p7c_B    
                                                   !  
  --------------KT--RGAT--RGNT--------------   L   +----------------------------8smh_F    
                                                 

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updated Sun Jan 11 01:39:51 2026