8vfz_O : 3D-footprint complex

Interface of input file ?

structure name	CRYO-EM STRUCTURE OF FOXA1 IN COMPLEX WITH ALBN1 NUCLEOSOME (CLASS 2)
experiment	NMR
structural superfamily	"Winged helix" DNA-binding domain;
sequence family	Fork head domain;
links to other resources	NAKB PDIdb DNAproDB
protein sequence	> 8vfz_O interface=26,49,52,53,56,94, hakppysyislitmaiqqapskmltLseiyqwimdlfpyyrqnqqrwqNsiRHslSfndcfvkvarspdkpgkgsywtlhpdsgnmfengcylRrqkrfkce
interface signature	LNRHSR

Estimated binding specificities ?

contact

# IC=2.330 IC/col=0.014 n_of_columns=170

specificity:

A |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  14  10  17  22  15  10  72  14  20  38  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
C |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  13  70  15  22  15  66   8  13  34  19  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
G |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  13   8  15  30  17  10   8  56  22  20  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24
T |  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  56   8  49  22  49  10   8  13  20  19  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24  24

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Dendrogram of similar interfaces ?

matrix format

  
  ----------------NAST--RGHT--STLT----   L                      +-------7cby_C    
                                                              +-1 
  ------ST--------NAST--RTHT--ST------   L             +------2 +-------3l2c_A    
                                                       !      ! 
  ----------RGSTRTSTHG--------------RA   L     +-------3      +---------3zpl_B    
                                               !       ! 
  --TT--------KATTQTTG----LTRT----KA--   L   +-4       +----------------2p7c_B    
                                             ! ! 
  RT--LA--NTHGTTETYTRG----------------   L --5 +------------------------1f4k_B    
                                             ! 
  --------------KT--RGAT--RGNT--------   L   +--------------------------8smh_F

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updated Mon Aug 4 02:30:30 2025