structure name | CRYSTAL STRUCTURE OF A DESIGNED ZINC FINGER PROTEIN BOUND TO DNA |
reference | Berg et al. |
experiment | X-ray (resolution=2.20, R-factor=0.224) |
structural superfamily | C2H2 and C2HC zinc fingers; |
sequence family | Zinc finger, C2H2 type; |
multimeric complexes | 1mey_CF |
links to other resources | NAKB PDIdb DNAproDB |
protein sequence | |
interface signature | QSNKQSDKRDHR |
Estimated binding specificities ?
readout + contact |
A | 0 38 0 0 0 96 0 96 96 0 C | 0 19 0 0 96 0 0 0 0 76 G | 96 19 96 96 0 0 96 0 0 1 T | 0 20 0 0 0 0 0 0 0 19scan! |
Dendrogram of similar interfaces ?
matrix formatFT----KAYT----WT--WTST--ET--FTVASGDCSARG-- L +6jnm_A +----------1 --QA--TTNA--STQAQTATSTNTAT--TTLAHGTC--RG-- L ! +1g2f_F +-9 --KG--WTKA--------HCHG--RG--TA--ACNA--KGRG L ! ! +1tf6_A ! ! +-3 NGKT--WTKG--------HTHG--RGTGTT--ACNA--KGRG L +--12 +---------5 +1tf3_A ! ! ! --RGSTDAHARG--RGSTDCHG--TT--RG--DAEG--RG-- L ! ! +5kl3_A +---13 ! --RG--DAQARG--RGSTDCHG--TT--RG--DAEG--RG-- L ! ! +------------6b0o_A +--16 ! --EC--SCKGRG----TCYCKA--RG--QA----TC------ ! ! +----------------5yeg_A ! ! --------YG----WT--WTST--ET--FTVASGDCSART-- L ! +---------------------6a57_A ! --EC--SCKGRG----TCYCKA--RGTCQAST--TC------ L ! +-------5yef_B ! +------------8 --DC--YCKGRG--QA----TC------RC--SCDC--VT-- L ! +--15 +-------5k5i_A ! ! ! TTAT--SCSC----DC--SGATRARG--RG--DCNA------ L ! ! +--------------------6ml4_A -20 ! --EC--SCKGRG--DG--YCKG--RGTCQA----TC------ L ! ! +--5t0u_A ! ! +--------6 --DC--SANA----WC--SCVG--RG--DC--SGNA------ L ! ! +------10 +--5v3g_A ! +-18 ! ! --EC--SCKGRG--DCTCYCKG--RG--QA----TC------ L ! ! ! ! +-----------5und_A ! ! ! +-14 --QARGATNA----QA--ATHG------RG--DCNA--TT-- L ! ! ! ! ! +2i13_A ! ! ! ! ! +------------2 ----TTTGECRG--RG----ET------RG--SCEC--RG-- L ! ! ! ! ! ! +5v3j_F ! ! +-17 +-----11 --VT----NARG------ETTG------YG--ST-------- +-19 ! ! +--6e94_A ! ! +---------7 --EC--SGKGRG--DG--YCKG--RG--QA----TC------ L ! ! +--5k5h_A ! ! ------TCSGRG--LT--ETYC------NTYGQG-------- L ! +---------------------6dfb_A ! RGST--YGYC----QC--TGSTRAYT---------------- L ! +3uk3_C +------------------------4 --NT--STNAVT--QTSTSGKG--RG---------------- L +6u9q_A |
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updated Tue Dec 19 05:54:51 2023